Wikiversité frwikiversity https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Accueil MediaWiki 1.39.0-wmf.22 first-letter Média Spécial Discussion Utilisateur Discussion utilisateur Wikiversité Discussion Wikiversité Fichier Discussion fichier MediaWiki Discussion MediaWiki Modèle Discussion modèle Aide Discussion aide Catégorie Discussion catégorie Projet Discussion Projet Recherche Discussion Recherche Faculté Discussion Faculté Département Discussion Département Transwiki Discussion Transwiki TimedText TimedText talk Module Discussion module Gadget Discussion gadget Définition de gadget Discussion définition de gadget Sujet 0 3742 880976 790614 2022-07-31T02:22:51Z 90.52.168.37 /* Table de vérité */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = sciences de l'ingénieur | niveau = 12 | numéro = 1 | titre = Les bascules RS | précédent = [[../|Sommaire]] | suivant = [[../JK/|Les bascules JK]] }} On désigne par bascule une microstructure séquentielle qui, pour une combinaison d'états d'entrée, présente sur ses sorties 2 états stables complémentaires l'un de l'autre. == Prérequis == === État antérieur === Étant donné que l’on travaille en logique séquentielle (c'est-à-dire que l'état de la sortie est le résultat d’une séquence, c'est-à-dire de combinaisons temporellement successives des entrées), à un certain moment, il faut connaitre l'état précédant un évènement. Pour cela nous utiliserons la notation suivante : * <math>Q_n</math> est l'état de la sortie logique Q à l'instant n. Par convention, l'instant n est l'instant actuel. * <math>Q_{n-1}</math> était donc l'état de la sortie logique Q à l'instant n-1, c'est-à-dire à l'instant précédant l'évènement faisant évoluer la bascule. * <math>Q_{n+1}</math> sera donc l'état de la sortie logique Q à l'instant n+1, c'est-à-dire à l'instant suivant l'évènement et faisant donc évoluer la bascule. == À 2 portes NAND == [[Fichier:Flipflop SR2.svg|150px|thumb|Bascule RS à 2 portes NAND]] À la mise sous tension de la bascule, les sorties peuvent prendre l'une des deux combinaisons possibles complémentaires : * Q = 0 et <math>\overline {Q}</math> = 1 * Q = 1 et <math>\overline {Q}</math> = 0 Il en résulte le fonctionnement suivant : * Un niveau logique bas sur l'entrée S si l'entrée R est au niveau logique haut provoque la mise à 1 de Q et la mise à 0 de <math>\overline {Q}</math> * Un niveau logique bas sur l'entrée R si l'entrée S est au niveau logique haut provoque la mise à 0 de Q et la mise à 1 de <math>\overline {Q}</math> * Lorsque R et S sont à un niveau logique haut, Q et <math>\overline {Q}</math> ne changent pas d'état * Lorsque R et S sont à un état logique bas, Q et <math>\overline {Q}</math> sont dans un état non logique. Cette situation est donc à proscrire === Table de vérité === <math> \begin{array}{|c|c||c|c|} \bar{S} & \bar{R} & Q_{n} & \overline {Q_{n}} \\ \hline \color{Red}{0}&\color{Red}{0}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ 0&1&1&0\\ 1&0&0&1\\ 1&1& Q_{n-1} & \overline {Q_{n-1}} \end{array} </math> Cette bascule, simple, a quelques inconvénients : * Les entrées fonctionnent l'une sur un front descendant alors que l'autre entrée doit être à un état haut. Il serait plutôt logique que les entrées soient naturellement de niveau bas et qu'ensuite ce soit un front montant qui fasse évoluer la bascule. Ceci peut être facilement fait en rajoutant 2 portes inverseuses en entrée, ou alors en remplaçant les 2 portes NAND par 2 portes NOR == À 2 portes NOR == [[Fichier:Flipflop SR1.svg|150px|thumb|bascules RS à 2 portes NOR]] À la mise sous tension de la bascule, les sorties peuvent prendre l'une des deux combinaisons possibles complémentaires : * Q = 0 et <math>\overline {Q}</math> = 1 * Q = 1 et <math>\overline {Q}</math> = 0 Il en résulte le fonctionnement suivant : * Un niveau logique haut sur l'entrée S si l'entrée R est au niveau logique bas provoque la mise à 1 de Q et la mise à 0 de <math>\overline {Q}</math> * Un niveau logique haut sur l'entrée R si l'entrée S est au niveau logique bas provoque la mise à 0 de Q et la mise à 1 de <math>\overline {Q}</math> * Lorsque R et S sont à un niveau logique bas, Q et <math>\overline {Q}</math> ne changent pas d'état * Lorsque R et S sont à un niveau logique haut, Q et <math>\overline {Q}</math> sont dans un état non logique. Cette situation est donc à proscrire. === Table de vérité === <math> \begin{array}{c} S & R & Q_{n+1} & \overline {Q_{n+1}} \\ \hline 0&0&Q_n & \overline {Q_{n}}\\ 0&1&0&1\\ 1&0&1&0\\ \color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ \end{array} </math> == Conclusion 1 == On se retrouve ainsi avec cette microstructure, appelée '''Bascule RS''', et dont la représentation est la suivante :<br /> [[Fichier:Flipflop SR0.svg|200 px|thumb|bascule RS]] L'entrée '''S''' est celle qui met à 1 la sortie Q, elle porte ainsi le nom de '''S'''et, et inversement l'entrée '''R''' mettant à 0 la sortie Q porte le nom de '''R'''eset. Mais cette porte a un inconvénient majeur, à savoir qu'elle peut ''enregistrer'' un signal parasite sur l'entrée R ou S, faisant évoluer la bascule alors qu’il n'y avait pas lieu d'être. Pour éviter ce problème, il suffit de ''valider ''la bascule pendant un temps très court durant lequel la bascule va observer l'état de ses entrées, et ensuite évoluera en fonction de celles-ci, c’est la '''bascule RSH''' == Bascule RSH == === Fonctionnement asynchrone et synchrone === ;Fonctionnement asynchrone En fonctionnement asynchrone, les changements d'état des fonctions s'effectuent au fur et à mesure de la propagation des signaux le long d’une chaine de bascules. ;Fonctionnement synchrone En fonctionnement synchrone, les changements d'état des fonctions sont commandés à des instants déterminés par une base de temps (appelée '''H'''orloge ou '''C'''lock), très souvent commune à plusieurs parties d’un circuit. [[Fichier:Flipflop SR4.svg|thumb|bascule RSH]] === Tables de vérité === <math> \begin{array}{|c|c|c||c|c|} C & S & R & Q_{n+1} & \overline {Q_{n+1}} \\ \hline 0&X&X&Q_n & \overline{Q_{n}}\\ X&0&0&Q_n & \overline{Q_{n}}\\ 1&0&1&0&1\\ 1&1&0&1&0\\ \color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ \end{array} </math> === Conclusion 2 === [[Fichier:Flipflop SR3.svg|thumb|bascule RS]] L'inconvénient de la bascule RS est réduit par la présence et la prise en compte des informations R et S sur un état logique de C, sans toutefois être éliminé. En effet, tant que C valide les entrées R et S, la bascule peut toujours enregistrer un parasite. Il faut donc réduire la validité par C à son strict minimum, c'est-à-dire non plus sur un état logique, mais sur un changement de valeur du signal, c'est-à-dire un front. On construit ainsi une bascule qui n'est plus une bascule RS, mais une bascule '''JK'''. {{Bas de page | idfaculté = sciences de l'ingénieur | précédent = [[../|Sommaire]] | suivant = [[../JK/|Les bascules JK]] }} 5ogvlu16zdlfo0xk48vg484k4iw8g7p 880977 880976 2022-07-31T02:27:36Z 90.52.168.37 /* Table de vérité */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = sciences de l'ingénieur | niveau = 12 | numéro = 1 | titre = Les bascules RS | précédent = [[../|Sommaire]] | suivant = [[../JK/|Les bascules JK]] }} On désigne par bascule une microstructure séquentielle qui, pour une combinaison d'états d'entrée, présente sur ses sorties 2 états stables complémentaires l'un de l'autre. == Prérequis == === État antérieur === Étant donné que l’on travaille en logique séquentielle (c'est-à-dire que l'état de la sortie est le résultat d’une séquence, c'est-à-dire de combinaisons temporellement successives des entrées), à un certain moment, il faut connaitre l'état précédant un évènement. Pour cela nous utiliserons la notation suivante : * <math>Q_n</math> est l'état de la sortie logique Q à l'instant n. Par convention, l'instant n est l'instant actuel. * <math>Q_{n-1}</math> était donc l'état de la sortie logique Q à l'instant n-1, c'est-à-dire à l'instant précédant l'évènement faisant évoluer la bascule. * <math>Q_{n+1}</math> sera donc l'état de la sortie logique Q à l'instant n+1, c'est-à-dire à l'instant suivant l'évènement et faisant donc évoluer la bascule. == À 2 portes NAND == [[Fichier:Flipflop SR2.svg|150px|thumb|Bascule RS à 2 portes NAND]] À la mise sous tension de la bascule, les sorties peuvent prendre l'une des deux combinaisons possibles complémentaires : * Q = 0 et <math>\overline {Q}</math> = 1 * Q = 1 et <math>\overline {Q}</math> = 0 Il en résulte le fonctionnement suivant : * Un niveau logique bas sur l'entrée S si l'entrée R est au niveau logique haut provoque la mise à 1 de Q et la mise à 0 de <math>\overline {Q}</math> * Un niveau logique bas sur l'entrée R si l'entrée S est au niveau logique haut provoque la mise à 0 de Q et la mise à 1 de <math>\overline {Q}</math> * Lorsque R et S sont à un niveau logique haut, Q et <math>\overline {Q}</math> ne changent pas d'état * Lorsque R et S sont à un état logique bas, Q et <math>\overline {Q}</math> sont dans un état non logique. Cette situation est donc à proscrire === Table de vérité === <math> \begin{array}{|c|c||c|c|} \bar{S} & \bar{R} & Q_{n} & \overline {Q_{n}} \\ \hline \color{Red}{0}&\color{Red}{0}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ 0&1&1&0\\ 1&0&0&1\\ 1&1& Q_{n-1} & \overline {Q_{n-1}} \end{array} </math> Cette bascule, simple, a quelques inconvénients : * Les entrées fonctionnent l'une sur un front descendant alors que l'autre entrée doit être à un état haut. Il serait plutôt logique que les entrées soient naturellement de niveau bas et qu'ensuite ce soit un front montant qui fasse évoluer la bascule. Ceci peut être facilement fait en rajoutant 2 portes inverseuses en entrée, ou alors en remplaçant les 2 portes NAND par 2 portes NOR == À 2 portes NOR == [[Fichier:Flipflop SR1.svg|150px|thumb|bascules RS à 2 portes NOR]] À la mise sous tension de la bascule, les sorties peuvent prendre l'une des deux combinaisons possibles complémentaires : * Q = 0 et <math>\overline {Q}</math> = 1 * Q = 1 et <math>\overline {Q}</math> = 0 Il en résulte le fonctionnement suivant : * Un niveau logique haut sur l'entrée S si l'entrée R est au niveau logique bas provoque la mise à 1 de Q et la mise à 0 de <math>\overline {Q}</math> * Un niveau logique haut sur l'entrée R si l'entrée S est au niveau logique bas provoque la mise à 0 de Q et la mise à 1 de <math>\overline {Q}</math> * Lorsque R et S sont à un niveau logique bas, Q et <math>\overline {Q}</math> ne changent pas d'état * Lorsque R et S sont à un niveau logique haut, Q et <math>\overline {Q}</math> sont dans un état non logique. Cette situation est donc à proscrire. === Table de vérité === <math> \begin{array}{c} S & R & Q_{n} & \overline {Q_{n}} \\ \hline 0&0&Q_{n-1} & \overline {Q_{n-1}}\\ 0&1&0&1\\ 1&0&1&0\\ \color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ \end{array} </math> == Conclusion 1 == On se retrouve ainsi avec cette microstructure, appelée '''Bascule RS''', et dont la représentation est la suivante :<br /> [[Fichier:Flipflop SR0.svg|200 px|thumb|bascule RS]] L'entrée '''S''' est celle qui met à 1 la sortie Q, elle porte ainsi le nom de '''S'''et, et inversement l'entrée '''R''' mettant à 0 la sortie Q porte le nom de '''R'''eset. Mais cette porte a un inconvénient majeur, à savoir qu'elle peut ''enregistrer'' un signal parasite sur l'entrée R ou S, faisant évoluer la bascule alors qu’il n'y avait pas lieu d'être. Pour éviter ce problème, il suffit de ''valider ''la bascule pendant un temps très court durant lequel la bascule va observer l'état de ses entrées, et ensuite évoluera en fonction de celles-ci, c’est la '''bascule RSH''' == Bascule RSH == === Fonctionnement asynchrone et synchrone === ;Fonctionnement asynchrone En fonctionnement asynchrone, les changements d'état des fonctions s'effectuent au fur et à mesure de la propagation des signaux le long d’une chaine de bascules. ;Fonctionnement synchrone En fonctionnement synchrone, les changements d'état des fonctions sont commandés à des instants déterminés par une base de temps (appelée '''H'''orloge ou '''C'''lock), très souvent commune à plusieurs parties d’un circuit. [[Fichier:Flipflop SR4.svg|thumb|bascule RSH]] === Tables de vérité === <math> \begin{array}{|c|c|c||c|c|} C & S & R & Q_{n} & \overline {Q_{n}} \\ \hline 0&X&X&Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}}\\ X&0&0&Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}}\\ 1&0&1&0&1\\ 1&1&0&1&0\\ \color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{1}&\color{Red}{X}&\color{Red}{X}\\ \end{array} </math> === Conclusion 2 === [[Fichier:Flipflop SR3.svg|thumb|bascule RS]] L'inconvénient de la bascule RS est réduit par la présence et la prise en compte des informations R et S sur un état logique de C, sans toutefois être éliminé. En effet, tant que C valide les entrées R et S, la bascule peut toujours enregistrer un parasite. Il faut donc réduire la validité par C à son strict minimum, c'est-à-dire non plus sur un état logique, mais sur un changement de valeur du signal, c'est-à-dire un front. On construit ainsi une bascule qui n'est plus une bascule RS, mais une bascule '''JK'''. {{Bas de page | idfaculté = sciences de l'ingénieur | précédent = [[../|Sommaire]] | suivant = [[../JK/|Les bascules JK]] }} 0deoyg34ehy8zvw0vcivikylh2o67k0 0 3772 880978 773892 2022-07-31T03:09:02Z 90.52.168.37 /* Table de vérité */ Le tableau parle de la mesure courente (Qn et not Qn.) Donc on se réfère à l'état précédent. Qn-1 et not Qn-1. Tenter de se référer à l'état suivant n'a aucun sens en électronique. Même si les calculs n'étaient pas forcément faux, ils n'ont aucun sens et peuvent embrouiller les étudiants au sens qu'eux, ils mesurent la valeur courante et ont la valeur précédente. En aucun cas le futur ne les intéresse à l'instant Tn de la mesure. wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = sciences de l'ingénieur | niveau = 12 | numéro = 2 | titre = Les bascules JK | précédent = [[../RS/|Les bascules RS]] | suivant = [[../T/|Les bascules T]] }} == Prérequis == === Front d’un signal logique === On parle de front montant (respectivement de front descendant), lors du passage d’un signal d’un état logique bas à un état logique haut (respectivement lors du passage d’un signal d’un état logique haut à un état logique bas). === La bascule RS === La bascule RS (pour '''S'''et et '''R'''eset) est une bascule dite asynchrone, c'est-à-dire que l'évolution de la bascule se fait à n’importe quel moment, lors d’une modification de l'une des deux entrées.<br />Cette bascule a aussi un état interdit, car les sorties, qui sont complémentaires, peuvent avoir le même état. Pour cela, on modifie l'étage d'entrée de la bascule RS afin que les entrées soient prises en compte lors d’un front, montant ou descendant, d’un signal d'horloge.<br />On obtient une bascule JK. == Un mode synchrone et un mode asynchrone == On garde en place 2 entrées R et S afin de prépositionner à n’importe quel moment la bascule (asynchronisme).<br /> Devant cela, on place les entrées qui seront prises en compte avec les informations de l'horloge (synchronisation). [[Fichier:Bascule JK.svg]] === Table de vérité === <math> \begin{array} {|c|c|c|c|c||c|c|} J & K & R & S & H & Q_{n} & \overline{Q_{n}} \\ \hline X & X & 0 & 0 & X & X & X \\ X & X & 1 & 0 & X & 0 & 1 \\ X & X & 0 & 1 & X & 1 & 0 \\ X & X & 1 & 1 & 0 & Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}} \\ X & X & 1 & 1 & 1 & Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}} \\ 0 & 0 & 1 & 1 & \uparrow & Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}} \\ 0 & 1 & 1 & 1 & \uparrow & 0 & 1 \\ 1 & 0 & 1 & 1 & \uparrow & 1 & 0 \\ 1 & 1 & 1 & 1 & \uparrow & \overline{Q_{n-1}} & Q_{n-1} \\ \end{array} </math> {{Bas de page | idfaculté = sciences de l'ingénieur | précédent = [[../RS/|Les bascules RS]] | suivant = [[../T/|Les bascules T]] }} 3x07knardwoxw9505n0zutvbab2y1dg 880979 880978 2022-07-31T03:29:31Z 90.52.168.37 /* Table de vérité */ La bascule J/K n'a pas de plage interdite. La RS contenu dans la JK ne peut pas être piloté depuis l'extérieur. Il ne sert à rien de donner les états intermédiaires instables. wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = sciences de l'ingénieur | niveau = 12 | numéro = 2 | titre = Les bascules JK | précédent = [[../RS/|Les bascules RS]] | suivant = [[../T/|Les bascules T]] }} == Prérequis == === Front d’un signal logique === On parle de front montant (respectivement de front descendant), lors du passage d’un signal d’un état logique bas à un état logique haut (respectivement lors du passage d’un signal d’un état logique haut à un état logique bas). === La bascule RS === La bascule RS (pour '''S'''et et '''R'''eset) est une bascule dite asynchrone, c'est-à-dire que l'évolution de la bascule se fait à n’importe quel moment, lors d’une modification de l'une des deux entrées.<br />Cette bascule a aussi un état interdit, car les sorties, qui sont complémentaires, peuvent avoir le même état. Pour cela, on modifie l'étage d'entrée de la bascule RS afin que les entrées soient prises en compte lors d’un front, montant ou descendant, d’un signal d'horloge.<br />On obtient une bascule JK. == Un mode synchrone et un mode asynchrone == On garde en place 2 entrées R et S afin de prépositionner à n’importe quel moment la bascule (asynchronisme).<br /> Devant cela, on place les entrées qui seront prises en compte avec les informations de l'horloge (synchronisation). [[Fichier:Bascule JK.svg]] === Table de vérité === <math> \begin{array} {|c|c|c||c|c|} J & K & H & Q_{n} & \overline{Q_{n}} \\ \hline X & X & 0 & Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}} \\ 0 & 0 & \uparrow & Q_{n-1} & \overline{Q_{n-1}} \\ 0 & 1 & \uparrow & 0 & 1 \\ 1 & 0 & \uparrow & 1 & 0 \\ 1 & 1 & \uparrow & \overline{Q_{n-1}} & Q_{n-1} \\ \end{array} </math> {{Bas de page | idfaculté = sciences de l'ingénieur | précédent = [[../RS/|Les bascules RS]] | suivant = [[../T/|Les bascules T]] }} 7x56awb7wkzdwy08f3flz4pwt83rh64 0 16009 880982 878444 2022-07-31T07:13:32Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 1-9 */ +1 : caractérisations de "3 sev sont en somme directe" wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | chapitre = [[../../Définitions/]] | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Rang, dimension/]] | numéro = 1 | niveau = 14 }} * <math>K</math> désigne <math>\R</math> ou <math>\C</math> * ''E'' est un <math>K</math>-espace vectoriel. == Être ou ne pas être un espace vectoriel ? == '''1.''' Les espaces suivants sont-ils des sous-espaces vectoriels de <math>\R^2</math> ? :'''a.''' <math>E_{1a}=\{(x,y)\in\R^2\mid x-y\ge m\}</math> (où <math>m</math> est un réel fixé) :'''b.''' <math>E_{1b}=\{(x,y)\in\R^2\mid xy=0\}</math> :'''c.''' <math>E_{1c}=\{(x,y)\in\R^2\mid x=y\}</math> :'''d.''' <math>E_{1d}=\{(x,y)\in\R^2\mid x+y=1\}</math> :'''e.''' <math>E_{1d}=\{(x,y)\in\R^2\mid\sin x=y\}</math> '''2.''' Les espaces suivants sont-ils des sous-espaces vectoriels de <math>\R^\N</math> ? :'''a.''' E_2a = Ensemble des suites bornées :'''b.''' E_2b = Ensemble des suites monotones :'''c.''' E_2c = Ensemble des suites convergentes :'''d.''' E_2d = Ensemble des suites arithmétiques '''3.''' Les espaces suivants sont-ils des sous-espaces vectoriels de <math>\R^\R</math> ? :'''a.''' <math>E_{3a}=\{f\in\R^\R\mid f\text{ monotone}\}</math> :'''b.''' <math>E_{3b}=\{f\in\R^\R\mid f\text{ s'annule en }0\}</math> :'''c.''' <math>E_{3c}=\{f\in\R^\R\mid f\text{ s'annule}\}</math> :'''d.''' <math>E_{3d}=\{f\in\R^\R\mid f\text{ est impaire}\}</math> '''4.''' Les espaces suivants sont-ils des sous-espaces vectoriels de <math>\mathrm M_2(\R)</math> ? :'''a.''' <math>E_{4a}=</math> le sous-ensemble des matrices <math>A</math> vérifiant <math>A\begin{pmatrix}1\\1\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0\\0\end{pmatrix}</math> :'''b.''' <math>E_{4b}=</math> le sous-ensemble des matrices <math>A</math> vérifiant <math>A\begin{pmatrix}0\\0\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}1\\1\end{pmatrix}</math> {{Solution|contenu= ;Série 1 :'''a.''' Non car <math>v:=(|m|+1,0)\in E_{1a}</math> et <math>-v=(-|m|-1,0)\notin E_{1a}</math>. :'''b.''' Non : cf. Exercice 1-3. :'''c.''' Oui car <math>E_{1c}=\operatorname{Vect}(\{(1,1)\})</math>. :'''d.''' Non car <math>(0,0)\not\in E_{1d}</math>. :'''e.''' Non car (par exemple) <math>(\pi/2,1)\in E_{1e}</math> mais <math>2(\pi/2,1)\notin E_{1e}</math>. ;Série 2 :'''a.''' : Oui. '''b.''' : Non. '''c.''' : Oui. '''d.''' : Oui. ;Série 3 :'''a.''' : Non. '''b.''' : Oui. '''c.''' : Non. '''d.''' : Oui. ;Série 4 :'''a.''' : Oui. '''b.''' : Non. }} ==Exercice 1-1== Soient <math>F=\{(x,y,z)\in\R^3\mid x+y-z=0\}</math> et <math>G=\{(a-b,a+b,a-3b)\mid (a,b)\in\R^2\}</math>. #Montrer que ''F'' et ''G'' sont des sous-espaces vectoriels de <math>\R^3</math>. #Déterminer <math>F\cap G</math>. {{Solution|contenu= # #*Soient <math>\lambda \in \R, u_1 = (x_1,y_1,z_1)\in F, u_2 = (x_2,y_2,z_2) \in F</math>. Alors <math>\lambda u_1 + u_2 = (\lambda x_1 + x_2,\lambda y_1 + y_2,\lambda z_1 + z_2)</math> et <math>(\lambda x_1 + x_2) + (\lambda y_1 + y_2) - (\lambda z_1 + z_2) = \lambda (x_1 + y_1 - z_1) + (x_2 + y_2 - z_2)=0</math>. Donc ''F'' est bien un sous-espace vectoriel de <math>\R^3</math>. #*<math>G=\operatorname{Vect}\left\{(1,1,1),(-1,1,-3)\right\}</math> donc ''G'' est bien un sous-espace vectoriel de <math>\R^3</math>. #&nbsp; #:<math>\begin{align}u\in F\cap G&\Leftrightarrow\exists(a,b)\in\R^2\quad\begin{cases}u=(a-b,a+b,a-3b)\\ (a-b) + (a+b)-(a-3b) = 0\end{cases}\\ &\Leftrightarrow\exists(a,b)\in\R^2\quad\begin{cases}u=(a-b,a+b,a-3b)\\ a=-3b\end{cases}\\ &\Leftrightarrow\exists b\in\R\quad u=(-3b-b,-3b+b,-3b-3b)\\ &\Leftrightarrow\exists b\in\R\quad u=b(-4,-2,-6).\end{align}</math> #:Ainsi, <math>F\cap G=\operatorname{Vect} \{(-4,-2,-6)\}= \operatorname{Vect} \{(2,1,3)\}</math>. }} ==Exercice 1-2== Soient ''F'' et ''G'' deux sous-espaces vectoriels de ''E''. Montrer que <math>F\cap G=F+G\Leftrightarrow F=G</math>. {{Solution|contenu= <math>F+G=F\cap G\Longleftrightarrow F+G\subset F\cap G\Longleftrightarrow F\cup G\subset F\cap G\Longleftrightarrow F=G</math>, où : *la première équivalence se déduit du fait que l'inclusion <math>F\cap G\subset F+G</math> est toujours vraie (par exemple parce que <math>F\cap G\subset F=F+0\subset F+G</math>) ; *la deuxième, de l'égalité <math>F+G=\operatorname{Vect}(F\cup G)</math> (et du fait que <math>F\cap G</math> est un sous-espace vectoriel) ; *la dernière est une propriété purement [[Ensemble (mathématiques)|ensembliste]]. }} ==Exercice 1-3== Soient <math>F</math> et <math>G</math> deux sous-espaces vectoriels de <math>E</math>. Montrer que <math>F\cup G</math> est un sous-espace vectoriel de <math>E</math> (si et) seulement si <math>F\subset G</math> ou <math>G\subset F</math>. {{Solution|contenu= <math>\Leftarrow</math> est immédiat. Pour prouver <math>\Rightarrow</math>, démontrons la [[w:Proposition contraposée|contraposée]], c'est-à-dire : supposons que <math>F\not\subset G</math> et <math>G\not\subset F</math> et montrons qu'alors, <math>F\cup G</math> n'est pas un sous-espace vectoriel de <math>E</math>. Par hypothèse, il existe un vecteur <math>x\in F\setminus G</math> et un vecteur <math>y\in G\setminus F</math>. Ces deux vecteurs appartiennent à <math>F\cup G</math> mais leur somme <math>z</math> n'appartient ni à <math>F</math> (sinon, puisque <math>x\in F</math> et que <math>F</math> est stable par différences, on aurait <math>y=z-x\in F</math>, ce qui est contraire au choix de <math>y</math>), ni à <math>G</math> (de même en intervertissant les couples <math>(x,F)</math> et <math>(y,G)</math>). Donc <math>F\cup G</math> n'est pas stable par <math>+</math>. }} ==Exercice 1-4== Soient <math>F=\left\{f\in\mathcal C([-1,1],\C)~\left|~\int_{-1}^1f=0\right.\right\}</math> et <math>G=\left\{f\in\mathcal C([-1,1],\C)\mid f\text{ constante}\right\}</math>. Montrer que ces deux sous-espaces de <math>\mathcal C([-1,1],\C)</math> sont supplémentaires. {{Solution|contenu={{Wikipédia|Raisonnement par analyse-synthèse}} Il s'agit de montrer que toute fonction <math>f\in \mathcal C([-1,1],\C)</math> s’écrit de façon unique <math>f=\alpha+\beta</math> avec <math>\alpha\in F</math> et <math>\beta\in G</math>. *Analyse : Si <math>f=\alpha+\beta</math> avec <math>\alpha\in F</math> et <math>\beta\in G</math> alors <math>\int_{-1}^1f=\int_{-1}^1\beta=2\beta</math> donc <math>\beta=\frac12\int_{-1}^1f</math> et <math>\alpha=f-\beta</math>. *Synthèse : Soient <math>\beta=\frac12\int_{-1}^1f</math> et <math>\alpha=f-\beta</math>. Alors, <math>f=\alpha+\beta</math>, <math>\beta\in G</math>, et <math>\int_{-1}^1\alpha=\int_{-1}^1f-\int_{-1}^1\beta=2\beta-2\beta=0</math> donc <math>\alpha\in F</math>. }} ==Exercice 1-5== Soit <math>Q\in\R[X]</math>, <math>Q\ne0</math>. Montrer que les sous-espaces <math>A:=\{P\in\R[X];Q\mid P\}</math> et <math>B:=\{P\in\R[X];\deg(P)<\deg(Q)\}</math> sont supplémentaires dans <math>\R[X]</math>. {{Solution|contenu= Par [[Polynôme/Arithmétique des polynômes|division euclidienne]], tout polynôme est, de façon unique, somme d'un élément de <math>A</math> et d'un élément de <math>B</math>. }} ==Exercice 1-6== Soit <math>\R_+^*</math> muni de la loi interne <math>\oplus</math> définie par <math>a\oplus b=ab\;(\forall a,b\in\R_+^*)</math> et de la loi externe <math>\otimes</math> définie par <math>\lambda\otimes a=a^\lambda\;(\forall a\in\R_+^*,\forall\lambda\in\R)</math>. Montrer que <math>E:=(\R_+^*,\oplus,\otimes)</math> est un <math>\R</math>-espace vectoriel. {{Solution|contenu=Simple [[Théorie des groupes/Groupes, premières notions#Transport de structure|transport de structure]] de la structure canonique de <math>\R</math>-espace vectoriel de <math>\R</math>, par la bijection <math>\exp:\R\to\R_+^*</math>. }} ==Exercice 1-7== Soient <math>n\in\N^*</math> et <math>E=\R_n[X]</math> l'espace vectoriel des polynômes de degré <math>\le n</math>. On définit (pour tout réel <math>a</math>) :<math>E_a=\left\{P\in E,\;(X-a)\mid P\right\}</math>. Montrer que si <math>a\ne b</math> alors <math>E=E_a+E_b</math>. La somme est-elle directe ? {{Solution|contenu= Pour tout <math>P\in E</math>, <math>P=(X-a)c+R</math> avec <math>c\in\R</math> et <math>R=P-(X-a)c</math>. On a <math>(X-a)c\in E_a</math>, et <math>R\in E_b\Leftrightarrow 0=R(b)=P(b)-(b-a)c\Leftrightarrow c=\frac{P(b)}{b-a}</math>. La somme n'est directe que si <math>n=1</math>. }} ==Exercice 1-8== Soient <math>D,D'</math> deux droites d'un même espace vectoriel. Montrer que si un vecteur non nul appartient à <math>D\cap D'</math>, alors <math>D=D'</math>. {{Solution|contenu= Si un vecteur non nul <math>u</math> appartient à <math>D</math>, alors <math>D=\operatorname{Vect}(u)</math>. Idem pour <math>D'</math>. }} ==Exercice 1-9== Soient <math>u=(1,2,3,4)</math> et <math>v=(1,-2,3,-4)</math>. #Déterminer l'ensemble des couples <math>(x,y)\in\R^2</math> tels que <math>(x,1,y,1)\in\operatorname{Vect}(u,v)</math>. #Même question pour les couples tels que <math>(x,1,1,y)\in\operatorname{Vect}(u,v)</math>. {{Solution|contenu=<math>\operatorname{Vect}(u,v)=\operatorname{Vect}(u+v,u-v)=\operatorname{Vect}((1,0,3,0),(0,1,0,2))=\{(a,b,3a,2b)\mid a,b\in\R\}=\{(a,b,c,d)\in\R^4\mid c=3a\text{ et }d=2b\}</math>. #<math>y=3x\text{ et }1=2</math> n'a pas de solution <math>(x,y)</math>. #<math>1=3x\text{ et }y=2</math> a pour solution <math>(x,y)=(1/3,2)</math>. }} Déterminer des équations cartésiennes des sous-espaces vectoriels suivants : *<math>F=\operatorname{Vect}\left((1,3,-1)\right)\subset\R^3</math> ; *<math>G=\operatorname{Vect}\left((1,2,3),(1,0,1)\right)\subset\R^3</math> ; *<math>H=\operatorname{Vect}\left((1,0,1,0),(2,1,3,1),(1,1,2,1)\right)\subset\R^4</math> ; *<math>I=\operatorname{Vect}\left((1,-2)\right)\subset\R^2</math> ; *<math>J=\operatorname{Vect}\left((1,0,1),(0,2,-3)\right)\subset\R^3</math> ; *<math>K=\operatorname{Vect}\left((1,1,1)\right)\subset\R^3</math> ; {{Solution|contenu= *<math>F=\{(x,y,z)\in\R^3\mid y=3x\text{ et }z=-x\}</math>. *<math>\exists(a,b)\in\R^2\quad(x,y,z)=a(1,2,3)+b(1,0,1)\Leftrightarrow\exists(a,b)\in\R^2\quad a=y/2,\;b=x-y/2,\;a=y/2\;z=3a+b\Leftrightarrow z=x+y</math> (une autre méthode est de calculer le [[produit vectoriel]] <math>u\land v=n</math> de ces deux vecteurs, puis d'écrire que <math>(x,y,z)</math> appartient à <math>G</math> si et seulement si son [[Produit scalaire dans l'espace|produit scalaire]] par ce vecteur <math>n</math> est nul, ou plus directement, d'écrire que le [[Matrice/Déterminant|déterminant]] des trois vecteurs <math>u</math>, <math>v</math> et <math>(x,y,z)</math> est nul). *<math>(2,1,3,1)=(1,0,1,0)+(1,1,2,1)</math> donc <math>H=\operatorname{Vect}\left((1,0,1,0),(1,1,2,1)\right)</math>.<br><math>\exists(a,b)\in\R^2\quad(x,y,z,t)=a(1,0,1,0)+b(1,1,2,1)\Leftrightarrow\exists(a,b)\in\R^2\quad a=x-y,\;b=y,\;z=x+y,\;t=y\Leftrightarrow z=x+y,\;t=y</math>. *<math>I=\{(x,y)\in\R^2\mid y=-2x\}</math>. *<math>0=\begin{vmatrix}1&0&x\\0&2&y\\1&-3&z\end{vmatrix}=-2x+3y+2z</math> (analogue à <math>G</math>). *<math>K=\{(x,y,z)\in\R^3\mid x=y=z\}</math> (analogue à <math>F</math>). }} ==Exercice 1-10== Soient <math>U,\,V,\,W</math> trois s.e.v. de <math>E</math>. On va comparer trois propriétés : *<math>(i):U\cap V=\{0\}=(U+V)\cap W</math> ; *<math>(ii):V\cap W=\{0\}=(V+W)\cap U</math> ; *<math>(iii):\forall x \in U+V+W\quad\exists!(u,v,w)\in U\times V\times W\quad x=u+v+w</math>. a) Démontrer que <math>(i)</math> équivaut à <math>(iii)</math>. b) En déduire que <math>(i)</math> équivaut à <math>(ii)</math>. {{Solution|contenu= b) résultera immédiatement de a), puisque <math>(iii)</math> est symétrique en <math>U,V,W</math>. Supposons <math>(i)</math> et montrons <math>(iii)</math>. Soient <math>u,u'\in U</math>, <math>v,v'\in V</math>, <math>w,w'\in W</math> tels que <math>u+v+w=u'+v'+w'</math>. Alors <math>w'-w=(u-u')+(v-v')\in(U+V)\cap W</math>, donc <math>w'=w</math> et <math>v'-v=u-u'\in U\cap V</math>, donc <math>u'=u</math> et <math>v'=v</math>. Supposons <math>(iii)</math> et montrons <math>(i)</math> : si <math>x\in U\cap V</math> alors, de <math>x+0+0=0+x+0</math> on déduit <math>x=0</math>, et si <math>w=u+v\in(U+V)\cap W</math>, de <math>u+v+0=0+0+w</math> on déduit <math>w=0</math>. }} ==Voir aussi== {{Lien web|url=http://exo7.emath.fr/search.php|titre=Rechercher des exercices → L1 Algèbre, 106 Espace vectoriel|site={{w|exo7}}}} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../../|Sommaire]] | suivant = [[../Rang, dimension/]] }} oxi5b8r6yobv84zn97x8vo69i8zzvsq 0 17473 880984 880061 2022-07-31T07:26:55Z Anne Bauval 6580 /* Rotation */ +exo : endomorphismes préservant le produit vectoriel wikitext text/x-wiki {{ébauche mathématiques}} {{Chapitre | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Double produit vectoriel/]] | suivant = [[../|Sommaire]] | numéro = 3 | niveau = 14 }} == Aire d'un triangle == {{Théorème | contenu= Dans un espace euclidien orienté de dimension 3, l'aire d'un triangle ABC quelconque vaut : <math>\mathcal A_{ABC}=\frac{\|\overrightarrow{AB}\wedge\overrightarrow{AC}\|}2</math>. }} ==Rotation== {{Proposition|contenu=Soient <math>E</math> euclidien orienté de dimension 3 et <math>u</math> la rotation d'axe orienté par un vecteur unitaire <math>k</math> et d'angle <math>\theta</math>. Alors, pour tout <math>x\in E</math> : *<math>u(x)=(\cos\theta)\,x+\sin\theta\,(k\land x)+(1-\cos\theta)\langle x,k\rangle k</math> ; *si <math>x</math> n'est pas colinéaire à <math>k</math>, le signe du [[../Avancé#Caractérisation algébrique|produit mixte]] <math>[x,u(x),k]</math> est égal au signe de <math>\sin\theta</math>. }} {{Démonstration déroulante|contenu= Soit <math>v(x)</math> donné par la formule, alors <math>v(k)=k=u(k)</math>, et pour tout <math>x\perp k,v(x)= \cos\theta x+\sin\theta(k\land x)=u(x)</math>, donc <math>v=u</math>. D'où <math>[x,u(x),k]=[x,(\cos\theta)x+\sin\theta(k\land x)+(1-\cos\theta)\langle x,k\rangle k,k]=[x,\sin\theta(k\land x),k]=\langle k\land x,\sin\theta(k\land x)\rangle=\sin\theta\|k\land x\|^2</math>. }} {{Exemple|titre=Exemples|contenu= Soient <math>k\in E</math> un vecteur unitaire et <math>u\in\mathrm L(E)</math> définie par :<math>\forall x\in E\quad u(x)=\langle x,k\rangle k+k\land x</math>. Montrer que <math>u</math> est une rotation, dont on précisera l'axe et l'angle. {{Solution|contenu= <math>u(k)=k</math> et pour tout <math>x\perp k</math>, <math>u(x)=k\land x</math>. Donc <math>u</math> est la rotation d'axe orienté par <math>k</math> et d'angle <math>\pi/2</math>. }} Soit <math>u\in\mathrm L(\R^3)</math> de matrice (dans la base canonique) :<math>U:=\frac17\begin{pmatrix}2&6&-3\\-6&3&2\\3&2&6\end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>u</math> est une rotation, dont on déterminera l'axe et l'angle. {{Solution|contenu= On vérifie facilement que <math>U</math> est orthogonale directe et <math>\ker(u-\mathrm{id})=\R k</math> avec <math>k=(0,1/\sqrt 5,2/\sqrt 5)</math>, donc <math>u</math> est une rotation d'axe <math>\R k</math>, et il existe un unique <math>\theta\pmod{2\pi}</math> vérifiant la formule précédente pour tout <math>x</math>. Soit <math>x:=(0,2,-1)\perp k</math>, alors <math>(15,2,-2)/7=u(x)=\cos\theta x+\sin\theta(k\land x)=\cos\theta (0,2,-1)+\sin\theta (-\sqrt5,0,0)</math>, d'où <math>\sin\theta=-3\sqrt 5/7,\cos\theta=2/7</math>. }} Donner (en fonction de <math>a,b,c,\theta</math>) la matrice (dans la base canonique) de la rotation <math>u</math> d'axe orienté par un vecteur unitaire <math>k=(a,b,c)</math> et d'angle <math>\theta</math>. {{Solution|contenu= :<math>\begin{align}u(x,y,z)&= \cos\theta(x,y,z)+\sin\theta(bz-cy,cx-az,ay-bx)+(1-\cos\theta)(ax+by+cz)(a,b,c)\\ &=((\cos\theta+a^2(1-\cos\theta))x+(-c(\sin\theta)+ab(1-\cos\theta))y+(b\sin\theta+ac(1-\cos\theta))z,\\ &(c\sin\theta+ab(1-\cos\theta))x+(\cos\theta+b^2(1-\cos\theta))y+(-a\sin\theta+bc(1-\cos\theta))z,\\ &(-b\sin\theta+ac(1-\cos\theta))x+(a\sin\theta+bc(1-\cos\theta))y+(\cos\theta+c^2(1-\cos\theta))z)\end{align}</math>, donc <math>u</math> a pour matrice :<math>\begin{pmatrix}\cos\theta+a^2(1-\cos\theta)&-c(\sin\theta)+ab(1-\cos\theta)&b\sin\theta+ac(1-\cos\theta)\\ c\sin\theta+ab(1-\cos\theta)&\cos\theta+b^2(1-\cos\theta)&-a\sin\theta+bc(1-\cos\theta)\\ -b\sin\theta+ac(1-\cos\theta)&a\sin\theta+bc(1-\cos\theta)&\cos\theta+c^2(1-\cos\theta)\end{pmatrix}</math> (pour <math>k=(0,0,1)</math> ou pour <math>\theta=0</math>, on retrouve bien les cas connus). }} }} {{Exemple|titre=Exercice|contenu= Déterminer tous les endomorphismes <math>f</math> de <math>\R^3</math> (euclidien orienté) vérifiant :<math>\forall x,y\in\R^3\quad f(x\land y)=f(x)\land f(y)</math>. {{Solution|contenu= Soit <math>(i,j,k)</math> une b.o.n. directe de <math>E:=\R^3</math>. Pour tout <math>f\in {\rm L}(E)</math>, les deux applications <math>u:(x,y)\mapsto f(x\land y)</math> et <math>v:(x,y)\mapsto f(x)\land f(y)</math> sont bilinéaires antisymétriques, donc sont égales si et seulement si elles coïncident sur <math>\{(i,j),(j,k),(k,i)\}</math>. Le problème revient donc à déterminer les <math>(i',j',k')\in E^3</math> tels que <math>k'=i'\land j',i'=j'\land k',j'=k'\land i'</math>. Ceci équivaut à : <math>i'=j'=k'=0</math> ou <math>(i',j',k')</math> b.o.n. directe. Les solutions <math>f</math> sont donc <math>0</math> et les rotations. }} }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Double produit vectoriel/]] | suivant = [[../|Sommaire]] }} 9vagox4zsyyd0jys8gf3sj7tdqkj3a1 0 19844 880970 772688 2022-07-30T22:12:26Z 78.115.16.110 /* Exemple */ wikitext text/x-wiki {{Chapitre | idfaculté = physique | numéro = 2 | précédent = [[../Forme d'un signal/]] | suivant = [[../|Sommaire]] | page_liée = Exercices/Valeurs caractéristiques | niveau = 11 }} == Comment lire un oscillographe == [[Fichier:Oscillographe vide.svg|thumb|300px|right|Exemple d'un oscillographe.]] Un oscillographe est la représentation de ce que l’on peut voir sur un oscillogramme. Comme on peut le voir sur l'image ci-contre, il est composé d'un quadrillage (souvent 10 divisions sur l'horizontale et 8 sur sa verticale), chacune de ces divisions étant elle-même divisée par 5 , ce qui donne à chaque graduation 0,2 division. === Lecture d'une valeur === Comme à peu près pour un appareil analogique, il suffit tout simplement de multiplier le nombre de divisions par le calibre de l'appareil {{Définition | contenu = Résultat = Lecture en nombre de division × calibre de l'appareil }} {{Attention | Avec_fond = oui | Attention, le 0 est très souvent indiqué par la ligne graduée, mais il se peut que celle-ci soit décalée (on parle de 0 fictif) . Dans ce cas il faut mesurer le nombre de graduations par rapport au 0 fictif, celui que l'utilisateur à imposé }} === Valeur minimale === {{Définition | contenu = C'est tout simplement la valeur la plus basse atteinte par le signal sur l'oscillographe | titre = Définition d'une valeur minimale }} === Valeur maximale === {{Définition | contenu = C'est tout simplement la valeur la plus haute atteinte par le signal sur l'oscillographe | titre = Définition d'une valeur maximale }} == Exemple == [[Fichier:Oscillographe courant bidirectionnel.svg|300px|thumb|right]] Sur cet exemple : * La valeur minimale est de : -2,8 divisions * La valeur maximale est de : +3,2 divisions Si 1 division correspond à {{Unité|5|{{abréviation|V|volt}}}}, cela donne : * La valeur minimale : {{Unité|-14|{{abréviation|V|volt}}}} * La valeur maximale : {{Unité|16|{{abréviation|V|volt}}}} == Exercice == {{CfExo | idfaculté = physique | exercice = [[Lecture d'un oscillographe/Exercices/Valeurs caractéristiques|Valeurs caractéristiques]] }} {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Forme d'un signal/]] | suivant = [[../|Sommaire]] }} bchy8xs57bk4znmat9i2hsakz39ao5s 2 42534 880968 880784 2022-07-30T21:33:49Z Ambre Troizat 8860 /* Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, Saint Domingue, Antilles, Noirs, 1788-1789, {{BNF|45702775p}} */ Louis de Sacy.- Traité de l'amitié, 1704 wikitext text/x-wiki <Center> <gallery> File:Vittore Carpaccio - Miracle of the Relic of the Cross at the Ponte di Rialto, c. 1496 (détail).png| Vittore Carpaccio - Miracle of the Relic of the Cross at the Ponte di Rialto, c. 1496. Détail montrant un Africain batelier à Venise, c. 1496 Fichier:Pieter Bruegel the Elder - The Fair of Saint George's Day - Google Art Project.jpg|400px|Pieter Bruegel the Elder.- La Foire de la Saint Georges, (1559 - 1562) File:Chafariz d’El-Rey, c. 1570-80 (Colecção Berardo).png|400px|La Chafariz d'El-Rey (fontaine du roi) dans le quartier de l'Alfama, à Lisbonne. Néerlandais, vers 1570-80<ref>Cf. Abbé Grégoire.</ref> </gallery> </Center> <br> <br> [[Fichier:Développement humain depuis -60 000.png|150px|vignette|Développement humain depuis -60 000]] [[Fichier:Marque distinctive St-Georges France.png|150px|vignette]] [[Fichier:Monsieur de St-George.jpg|150px|vignette|Monsieur de St-George]] [[Fichier:Alexandre Dumas Impressions de voyages, 1838.jpg|150px|vignette|Alexandre Dumas Impressions de voyages, 1838]] [[File:Blaise Diagne et Gratien Candace (1921).png|150px|vignette|Blaise Diagne et Gratien Candace]] [[Fichier:Boat People from Haiti.jpg|150px|vignette|Boat People, Haïti]] == Qui suis-je ? == Contribuant aux projets Wikimedia, utilisant les Big Data, plusieurs projets Wikimedia, les logiciels libres & les distributions Emmabuntus et Emma DE, je suis devenue une historirienne spécialisée dans la recherche à propos de Joseph Bologne Chevalier de Saint-George & Gratien Candace, J'ai fait mes études à Paris 7 Denis Diderot entre 30 & {{Unité|40|ans}}. Mes mémoires ont été rédigés sous la direction de Jean Piel<ref>[https://www.institutdesameriques.fr/fr/article/jean-piel-memoriam Jean PIEL In memoriam, Institut des Amériques]<br>[https://www.youtube.com/watch?v=FCkVu0pNFOU&list=PLe-PDf4w60sZqRdiH3JK7KgFhtIoumTkV Une certaine idée de l'Histoire avec Jean Piel]</ref>. Je collabore avec Florence Gauthier, spécialiste du droit naturel & de la Révolution française. Florence Gauthier a créé l'équipe de recherche Révolution-francaise.net dont le [https://revolution-francaise.net/ site]<ref>[[d:Q22829088|Révolution Française.net]]</ref> est sous licence Creative Commons CC-By-nc-nd : ''Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification''<ref>[https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr/ CC-By-nc-nd]</ref>. {{Citation bloc|Révolution Française.net interroge les catégories du politique en les inscrivant dans le champ des études révolutionnaires. Son ambition est de favoriser les croisements disciplinaires et d'articuler les problématiques de la recherche historique et les préoccupations du temps présent.|<strong>Révolution Francaise</strong>.net<ref>[https://revolution-francaise.net/qui-sommes-nous Révolution Francaise.net/Qui sommes-nous ?]</ref>}} Les recherches de cette équipe de travail portent sur la Révolution française, la fin des colonies, l'abolition des esclavages & servitudes analysées sous l'angle du droit naturel. [[Fichier:Guerra de independencia.png|600px|vignette|centré|La guerre des petites boîtes & des sentiments]] Pour ma part, j'étudie les abolitions des traites et des esclavages en m'appuyant sur deux personnages liés à la [[w:Guadeloupe|Guadeloupe]] : [[w:Joseph Bologne de Saint-George|Joseph Bologne de Saint-George]] & [[w:Gratien Candace|Gratien Candace]]. Pour ce faire je travaille ''sur-&-avec'' les projets Wikimedia : surtout Wikisource, Commons & Wikipedia. Le développement de ces projets, mes capacités de formation autodidacte & collaborative puis à mettre en œuvre toutes les potentialités des projets au profit de la rédaction d'une thèse, influencent les progrès de mon travail de recherche depuis 2006. J'utilise depuis le mois de mars 2016 à la construction de mes sources & de ma bibliographie sous Wikidata qui permet de gérer une bibliothèque et des sources à la dimension de l'Internet. Mon objectif est que le lecteur parviennent "en deux clics" aux documents & ouvrages qui ont servi à l'argumentation. Wikiversité est l'espace numérique carrefour où je rédige des notes, la bibliographie par ordre chronologique, la chronologie, et, pour l’heure, des ébauches de rédaction. Me contater : [[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 21 mai 2017 à 11:37 (UTC) == Mon cabinet d'histoire == # [[Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages|Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Les abolitions des traites et des esclavages-pages perso|Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages-pages perso]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Mon_cabinet_d%27histoire|Joseph Bologne de Saint-George, un écosystème dans l’industrie des Arts, 1745-1799]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson|Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Troisième partie avec les projets Wikimedia|Troisième partie avec les projets Wikimedia]] -*-*-*-* # [[w:Utilisateur:Ambre_Troizat/Adaptation du plan classique des projets Wikimedia|Adaptation du plan classique des projets Wikimedia]] # [http://cths.fr/an/societe.php?id=4009&fbclid=IwAR2Lb5YoZdUTYlVCB-uxJJWEkeCom668Nbl67ZfSyYcDhU7g0ZKwOvRZ1wE Société d'histoire de Saint-Georges et Dalayrac - Fontenay-sous-Bois] # [https://en.wikibooks.org/wiki/How_to_Write_a_Research_Paper_in_History How to Write a Research Paper in History] # [[Aide:Comment créer un travail de recherche|Aide : Comment créer un travail de recherche]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Ouvrages à propos de Saint-George]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Troisième partie avec les projets Wikimedia|Troisième partie avec les projets Wikimedia]] # Œuvre : édition # Version... : édition ou traduction de == Le plan, 28 novembre 2021 == # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Introduction|Introduction]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Première partie avec Saint-George|Première partie avec Saint-George]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/La traversée du long dix-neuvième siècle|La traversée du long dix-neuvième siècle]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson|Deuxième partie avec Michaël Jackson]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Chercheur dans l’univers wikimédien|Chercheur dans l’univers wikimédien]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conclusion|Conclusion]] == A uploader sur Wikidata, Commons, Wikisource == <nowiki>{{BNF|}}</nowiki> '''<big>Modifier</big>''' [https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Permission_en_1748_pour_Mme._St-Georges_d%E2%80%99ammener_Nanon_et_Joseph_en_France.jpeg Permission donnée à Madame Saint-Georges Bologne d’ammener Nanon et Joseph en France] ([https://www.wikidata.org/wiki/Q19223131 Q19223131]) '''<big>Mettre à Joly de Fleury</big>''' * 1881 - {{bibliographie|Q107110690}} <!-- Inventaire sommaire de la collection Joly de Fleury --> === Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens === # [http://www.sudoc.abes.fr/cbs/DB=2.1/SET=1/TTL=11/NXT?FRST=1 Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens, Sudoc] # Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens, ou, Systeme general des principes les plus importans de la morale, de la jurisprudence, et de la politique, Volume 1, 1734 # Le droit de la nature et des gens, ou Systeme general des principes les plus importants de la moral, de la jurisprudence et de la politique. Par le baron de Pufendorf, traduit du latin par Jean Barbeyrac. ... avec des notes du traducteur; & une preface qui sert d'introduction a tout l'ouvrage, [https://archive.org/details/bub_gb_kJ1bWFaeiYAC/mode/2up tome second, 1740], Internet Archive == François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales == [[File:Kreyatif.jpg|Culture|200px|right]] # François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Orient, Grèce, Rome : (FR-BNF 30751308f). 3 volumes : 1- L'Orient, {{Gallica|bpt6k5834159z}} : 2 - La Grèce, {{Gallica|bpt6k58360048}} ; 3 - Rome, {{Gallica|bpt6k5834128d}}. [https://archive.org/search.php?query=Histoire%20du%20droit%20des%20gens%20et%20des%20relations%20internationales François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Internet Archives] # [https://archive.org/details/histoiredudroit10laurgoog Tome I, L'Orient, 1850] # [https://archive.org/details/histoiredudroit17laurgoog Tome XI, la politique royale, 1865] # [https://archive.org/details/histoiredudroit15laurgoog Tome XIII, La Révolution française, 1867] # [https://archive.org/details/histoiredudroit00unkngoog Tome XIV, La Révolution française, deuxième Partie, 1868] # [https://archive.org/details/histoiredudroit14laurgoog Tome XVII, La religion de l'avenir, 1870] # François Laurent.- [https://www.google.fr/books/edition/%C3%89tudes_sur_l_histoire_de_l_humanit%C3%A9_La/wVNGAAAAYAAJ?hl=fr&gbpv=1&dq=esclavage+%2B+crime+%2B+humanit%C3%A9&pg=PA50&printsec=frontcover SUR L HISTOIRE DE L HUMANITÉ LA PHILOSOPHIE De l'HISTOIRE PAR F LAURENT PROFESSEUR А L UNIVERSITÉ DE GAND ÉTUDES], Études sur l'histoire de l'humanité: La philosophie de l'histoire. 1870. == Droit naturel + esclavage == * Page Wikipédia à corriger : [[w:Privilège de la terre de France|Privilège de la terre de France]] * Payer pour être citoyen, c'est le principe de l'impôt. C'est ce que faisaient les esclaves au XIXème siècle quand ils en avaient les moyens. Sortir du droit naturel pour entrer dans l'espace du droit civil c'est se couper des droits économiques naturels pour entrer dans l'espace marchand et financiarisé. * 1865 - {{bibliographie|Q106781910}}, <nowiki>{{Gallica|bpt6k96258538|page=137}}</nowiki> <!-- Revue critique de législation et de jurisprudence --> * 1865 - {{bibliographie|Q106781910}}, {{Gallica|bpt6k96258538|page=137}} <!-- Revue critique de législation et de jurisprudence --> * [https://www.google.com/search?tbm=bks&q=%C3%A9galit%C3%A9+%2B+droits+naturels Egalité + droits naturels] == Le droit du seigneur == [[Fichier:Le droit du Seigneur by Vasiliy Polenov.jpg|100px|gauche|vignette|Vasiliy Polenov.- Le droit du Seigneur]] [[w:Vassili Polenov|Vassili Polenov]] * 1779 - {{bibliographie|Q23937513}} <!-- Édit portant suppression du droit de main-morte et de servitude --> ** 1996 - {{bibliographie|Q26158057}} <!--Un épisode important et méconnu du procès du régime seigneurial en France --> ==== Ouvrages à créer sur Wikidata ==== '''Victor Buot (1822-1883)''' * 1879 - Victor Buot (1822-1883), d'après l'opéra-comique de Léon Vasseur (1844-1917), Coquelicot-valse (pour piano) par Olivier Métra.- Le droit du seigneur : grande valse pour piano, Musique imprimée, {{BNF|41333803q}} '''Léon Vasseur (1844-1917)''' * 1881 - Léon Vasseur (1844-1917).- Le Droit du Seigneur, Léon Vasseur, arrangé pour musique militaire par Léon Valentin {{BNF|43316127c]] ; <https://imslp.org/wiki/Le_droit_du_seigneur_(Vasseur,_L%C3%A9on)> * Léon Vasseur (1844-1917).- Fichue Idée ! Opérette en 1 acte. N° 2. Chanson de la négresse (Air populaire). Paroles de Lucien Puech, musique de Léon Vasseur, {{BNF|433161470}} == Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies == [[Fichier:Louis XV - Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies, octobre 1716.png|100px|vignette|gauche|1716 -Louis XV, Le Régent.- Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies, octobre 1716]] [[Fichier:Louis XV - Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716, p1, Manioc, SCD Université Antilles.png|100px|vignette|gauche|1716 - Louis XV, Le Régent.- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716]] '''Document de référence''' * 1716-1738 - {{bibliographie|Q107214589}}, <!-- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716 --> * 1738 - {{bibliographie|Q107214589}}, [https://www.wikidata.org/wiki/Q87921376 Edit concernant les Esclaves des Colonies de 1685 & 1716] (Q87921376) {{bibliographie|Q87921376}} <!-- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716 --> * 1777 - {{bibliographie|Q110636902}} <!-- Arrêt du Conseil d'état du Roi, concernant le retour des noirs, mulâtres ou autres gens de couleur aux colonies --> * '''A créer sur Wikidata''' : Livre:Edit Concernant les Esclaves des Colonies du mois d'Octobre 1716 Registré au Greffe du Conseil Supérieur du Cap le 3 février 1717.djvu <https://books.google.fr/books?id=aVWiqfUq32YC&lpg=PA435&ots=bnuL_8g-Rr&dq=Edit%20concernant%20les%20Esclaves%20des%20Colonies%20qui%20seront%20conduits%20ou%20envoy%C3%A9s%20en%20France%20par%20leurs%20Ma%C3%AEtres.&hl=fr&pg=PA434#v=onepage&q&f=false>. * <https://books.google.fr/books?id=aVWiqfUq32YC&lpg=PA435&hl=fr&pg=PA434#v=onepage&q&f=false> * Recueil général des anciennes lois françaises depuis l'an 420 ..., Volume 15 * Paris 25 octobre 1716 Archiv Edit concernant les esclaves nègres des colonies Paris octobre 1716 Reg PP 7 décembre Aix 2 Besançon 24 nov Bordeaux jer décemb Dijon 7 Grenoble 2 Metz 26 novemb Rouen 3 cons souv d Alsace 20 Archivi Mureau de SaintMéry II 525 Louis etc Depuis notre avènement à la couronne nos N 102 i <https://books.google.fr/books?id=z_JQAAAAcAAJ&pg=PA122&#v=onepage&q=Edit%20concernant%20les%20esclaves&f=false>. ------ [[Fichier:Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779.png|100px|vignette|gauche|1779 - Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779]] ------ '''A modifier sur Wikisource''' ** '''Document à modifier''' : [https://www.wikidata.org/wiki/Q87921376 Edit concernant les Esclaves des Colonies de 1685 & 1716] (Q87921376) {{bibliographie|Q87921376}} ------ ## Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies <https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9618765s/f212.item> {{BNF|451688508}}. # Edit concernant les Esclaves qui seront conduits ou envoyés en France par leurs Maîtres des Colonies, (Q23692477) {{bibliographie|Q23692477}} # '''Recueil des declarations, edits, lettres patentes, et arrets du Conseil d'Etat du Roi''', enregistrés au Parlement de Dijon ## Edit du roy, concernant les esclaves Nègres des colonies<br><https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9618765s/f212.item.r=%C3%89dit%20royal%20d'octobre%201716%20concernant%20les%20esclaves%20n%C3%A8gres%20des%20colonies>. {{BNF|451688508}} ------ * [[Recherche:Les_abolitions_des_traites_et_des_esclavages/Annexe/Bibliographie_du_XVIIIè_siècle/1750#Nouveau_commentaire_sur_l'ordonnance_de_la_marine_du_mois_d'août_1681,_1760-1841|Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681, 1760-1841]] Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine par M. René-Josué Valin <https://archive.org/details/Edit1685-1716CodeNoir/page/n3/mode/2up?view=theater> == Louis Rondonneau.- Table générale par ordre alphabétique de matières, des lois, 5 mai 1789 - 1er avril 1814, 1816 == # [https://www.google.fr/books/edition/Table_g%C3%A9n%C3%A9rale_par_ordre_alphab%C3%A9tique/IkVHAAAAcAAJ?hl=fr&gbpv=1&dq=Arr%C3%AAt%C3%A9+concernant+le+retour+des+propri%C3%A9taires+blancs+dans+les+colonies+%2B+26+fructidor+an+X&pg=PA552&printsec=frontcover Table générale par ordre alphabétique de matières, des lois, sénatus-consultes, décrets, arrêtes] ... publiés dans le bulletin des lois et les collections officielles, depuis l'ouverture des États généraux, au 5 mai 1789, jusqu'à la restauration de la monarchie Française, Colonies, p. 560. Arrêté concernant le retour des propriétaires blancs dans les colonies + 26 fructidor an X, p. 572. == Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, Saint Domingue, Antilles, Noirs, 1788-1789, {{BNF|45702775p}} == [[Fichier:Loi n° 1396 portant que tout homme eſt libre en France, Paris, 16 octobre 1791.png|100px|vignette|gauche|Loi n° 1396 portant que tout homme eſt libre en France, Paris, 16 octobre 1791]] [[Fichier:Décret d'abolition de l’esclavage par la Convention- Archives nationales-BB-34-1-58.jpg|100px|vignette|gauche|Décret d'abolition de l’esclavage par la Convention, Paris, 4 février 1794]] * [https://catalog.hathitrust.org/Record/008607015 Catalogue général des livres composant les bibliothèques du Département de la marine et des colonies], [[d:Q86473521|volumes]] 1, 36 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f7.item, Cahier d'un philosophe, commissaire de la noblesse dans deux bailliages ou Doléances d'un Américain persécuté. [Par M de Portelance, propriétaire d'une sucrerie au quartier Morin à St Domingue]... le 20 avril 1789 <https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f9.item> 2, 15 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f45.item, Lettre des colons résidens à S Domingue, au Roi. le 31 mai 1788. Signé, les propriétaires planteurs de la colonie de Saint Domingue [Mention manuscrite Certifié véritable par L M Gouy, p. 1] 3, 8 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f61.item, Lettre des Commissaires de la Colonie de Saint Domingue, au Roi ... [lettre remise le 4 septembre 1788 au Ministre de la Marine, Comte de la Luzerne]. À Paris, chez Clousier, imprimeur du Roi, rue de Sorbonne 4, 16 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f69.item, Lettre bien importante de la Chambre d'agriculture de Saint Domingue, adressée au membre du Comité colonial séant à Paris. Du 10 décembre 1788 5, 7 p. , https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f85.item, Extrait registre des délibérations du Comité colonial de St Domingue, séant à Paris, du 27 janvier 1789 6, 32 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f93.item, Extrait registre des délibérations du Comité colonial de St Domingue, séant à Paris, du 21 mars 1789 7, 24 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f125.item, Aux colons de Saint Domingue. De l'imprimerie de L M Cellot, rue des Grands Augustins. 1789 [Lettre des colons lue Assemblée nationale le 4 juillet 1789] 8, p. 251-266 , https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f148.item, Assemblée nationale. Du 27 juin. Majorité de la noblesse. 9, 42 p. , https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f165.item, Réclamations pour les colonies des Antilles adressées au Roi et à la Nation. 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Année 1789. 18 , 1 f. manuscrite, https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f421.item , "Table" , liste des documents * [https://www.google.fr/search?hl=fr&tbm=bks&ei=XZO1XemRJcuejLsPufuogAI&q=%C3%89mancipation+des+esclaves.+Aux+protestants+de+France%2C+pasteurs%2C+anciens+et+fid%C3%A8les&oq=%C3%89mancipation+des+esclaves.+Aux+protestants+de+France%2C+pasteurs%2C+anciens+et+fid%C3%A8les&gs_l=psy-ab.12...37813.37813.0.40364.1.1.0.0.0.0.55.55.1.1.0....0...1c.1.64.psy-ab..0.0.0....0.VrKzQmr6kzE Émancipation des esclaves. Aux protestants de France, pasteurs, anciens et fidèles] === Traité de l'amitié === * [https://www.google.fr/books/edition/Traité_de_l_amitié/INAGAAAAcAAJ Louis de Sacy.- Traité de l'amitié, 1704] === Autres === * Boufflers, Stanislas-Jean de (1738-1815).- Sur l'emploi des biens du clergé. Par le C. D. B***., [S.l., 1789 ou 1790], 15 p. ; in-8. Titre de départ. - Par Boufflers, d'après une note ms.. - Probablement impr. fin 1789 ou début 1790, {{BNF|36302716h}}. * {{bibliographie|Q97011933}} * Chambon - Le commerce de l'Amérique par Marseille, T.1, 1764.djvu * Joseph-Nicolas Guyot - [https://books.google.fr/books?id=uC7AMG8Rd1EC Traité des droits, fonctions, franchises, exemptions, privilèges et ...]. La maison du roi. * Jobez, Alphonse (1813-1893) La France sous Louis XV (1715-1774), {{BNF|306550119}} * Adresse votée par le conseil colonial, séance du 24 octobre 1845 {{BNF|341444736}} * [https://books.google.fr/books?id=HYEOAAAAYAAJ Bulletin des lois de France], page 116 {{Google Livres|HYEOAAAAYAAJ}} * Rapport relatif à l'état des hommes de couleur et au régime législatif des colonies + Jean-Élie Gautier (Recherche) * Édouard Biot.- De l'abolition de l'esclavage ancien en occident: Examen des ..., Parties 1 à 5 * De la liberté commerciale et de la réforme de nos lois de douanes / par A.-J. Lherbette... {{BNF|30813713z}} * Pierre François Charles Foncin.- [https://books.google.fr/books?id=P1hfyAEACAAJ Essai sur le ministère de Turgot], Volume 25, Germer-Baillière, 1877 - 622 pages * [https://www.histoire-image.org/fr/etudes/france-offrant-liberte-amerique La France offrant la Liberté à l’Amérique] * [https://www.google.com/search?newwindow=1&hl=fr&ei=J1dQXty3BpHMaInErtAL&q=Le+Th%C3%A9%C3%A2tre+des+voyages.+Une+sc%C3%A9nographie+de+l%E2%80%99%C3%82ge+classique%2C+Paris%2C+PUPS%2C+coll.+%C2%AB+Imago+Mundi+%C2%BB%2C2005&oq=Le+Th%C3%A9%C3%A2tre+des+voyages.+Une+sc%C3%A9nographie+de+l%E2%80%99%C3%82ge+classique%2C+Paris%2C+PUPS%2C+coll.+%C2%AB+Imago+Mundi+%C2%BB%2C2005&gs_l=psy-ab.12...54386.54863..56984...1.0..0.70.203.3......0....2j1..gws-wiz.VpKaoQ0xmZ0&ved=0ahUKEwic5-Gu1uPnAhURJhoKHQmiC7oQ4dUDCAo Le Théâtre des voyages. Une scénographie de l’Âge classique, Paris, PUPS, coll. « Imago Mundi »,2005] * [[w:Le Modèle noir, de Géricault à Matisse|Le Modèle noir, de Géricault à Matisse]] Beethoven + Chevalier de Saint-George permettent de trouver un grand nombre d'ouvrages du début du XXème siècle citant le Chevalier de Saint-George. Joel Augustus Rogers.- Sex and Race: Why white and black mix in spite of opposition, 1944, <Google Book|P_XUAAAAMAAJ> Negro Year Book: An Annual Encyclopedia of the Negro ... ... - Page 476, 1937, <Google books|FkjjAAAAMAAJ> == 10 mai 2021 - Saint-George Dalayrac a commenté sur facebook == <https://www.facebook.com/saintgeorge.dalayrac/posts/10208499487280776:10> Emeric Gomis Bonjour, aujourd'hui 10 mai, commémoration de l'esclavage et des traites négrières. Du chemin a été parcouru depuis, mais la route est longue. Courage.... 6 commentaires, 2 partages Sokona Niakhate Une pensée mon grand pour toi et ton équipe...du chemin accompli depuis ! Inoubliable notre première réunion chez Marion,j’étais même pas encore élue...sur l’idée du collectif 💪🏾👏🏾🙏🏾🙌🏾! Votre démarche est inoubliable et votre concertation à mon égard avec Marion,qui nous avait fait un formidable accueil sur l’avenir d’un tel projet collectif chez elle ! Bref le chemin est longue mais le travail reste et encrée sur nos villes avec les associations en partenariat avec la ville ! Merci à vous pour la confiance et le boulot depuis tant d’années sur notre ville ! Après la crise sanitaire du moment vivement un monde meilleur ! Johann Menard Sokona Niakhate Marion Triollier une vrai sista avec un sale caractère mais qui sait et n'oublie jamais d'où elle vient ❤️❤️❤️❤️ Saint-George Dalayrac Sauf, Sokona Niakhate, que votre activité n'a pas conduit à une meilleure connaissance collective des questions des traites & des esclavages. Seulement à la réalisation de projets n'ayant leurs racines que dans le présent. J'espère que Héloïse ou la Fille des Trois-Rivières n'a pas été abandonnée. Sokona Niakhate Saint-George Dalayrac si même ce soir je fais pas de la politique c’est notre adn et notre histoire aussi ! Saint-George Dalayrac Je vois que vous êtes toujours égale à vous même. Saint-George Dalayrac <https://www.facebook.com/saintgeorge.dalayrac/videos/10211185721310627>. == Notes & Références == {{Références}} ac8r6ffp1919vxscepqivmyquk64fh2 880972 880968 2022-07-30T22:21:54Z Ambre Troizat 8860 /* Traité de l'amitié */ Pensées sur la révolution de l'Amérique-Unie wikitext text/x-wiki <Center> <gallery> File:Vittore Carpaccio - Miracle of the Relic of the Cross at the Ponte di Rialto, c. 1496 (détail).png| Vittore Carpaccio - Miracle of the Relic of the Cross at the Ponte di Rialto, c. 1496. Détail montrant un Africain batelier à Venise, c. 1496 Fichier:Pieter Bruegel the Elder - The Fair of Saint George's Day - Google Art Project.jpg|400px|Pieter Bruegel the Elder.- La Foire de la Saint Georges, (1559 - 1562) File:Chafariz d’El-Rey, c. 1570-80 (Colecção Berardo).png|400px|La Chafariz d'El-Rey (fontaine du roi) dans le quartier de l'Alfama, à Lisbonne. Néerlandais, vers 1570-80<ref>Cf. Abbé Grégoire.</ref> </gallery> </Center> <br> <br> [[Fichier:Développement humain depuis -60 000.png|150px|vignette|Développement humain depuis -60 000]] [[Fichier:Marque distinctive St-Georges France.png|150px|vignette]] [[Fichier:Monsieur de St-George.jpg|150px|vignette|Monsieur de St-George]] [[Fichier:Alexandre Dumas Impressions de voyages, 1838.jpg|150px|vignette|Alexandre Dumas Impressions de voyages, 1838]] [[File:Blaise Diagne et Gratien Candace (1921).png|150px|vignette|Blaise Diagne et Gratien Candace]] [[Fichier:Boat People from Haiti.jpg|150px|vignette|Boat People, Haïti]] == Qui suis-je ? == Contribuant aux projets Wikimedia, utilisant les Big Data, plusieurs projets Wikimedia, les logiciels libres & les distributions Emmabuntus et Emma DE, je suis devenue une historirienne spécialisée dans la recherche à propos de Joseph Bologne Chevalier de Saint-George & Gratien Candace, J'ai fait mes études à Paris 7 Denis Diderot entre 30 & {{Unité|40|ans}}. Mes mémoires ont été rédigés sous la direction de Jean Piel<ref>[https://www.institutdesameriques.fr/fr/article/jean-piel-memoriam Jean PIEL In memoriam, Institut des Amériques]<br>[https://www.youtube.com/watch?v=FCkVu0pNFOU&list=PLe-PDf4w60sZqRdiH3JK7KgFhtIoumTkV Une certaine idée de l'Histoire avec Jean Piel]</ref>. Je collabore avec Florence Gauthier, spécialiste du droit naturel & de la Révolution française. Florence Gauthier a créé l'équipe de recherche Révolution-francaise.net dont le [https://revolution-francaise.net/ site]<ref>[[d:Q22829088|Révolution Française.net]]</ref> est sous licence Creative Commons CC-By-nc-nd : ''Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification''<ref>[https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr/ CC-By-nc-nd]</ref>. {{Citation bloc|Révolution Française.net interroge les catégories du politique en les inscrivant dans le champ des études révolutionnaires. Son ambition est de favoriser les croisements disciplinaires et d'articuler les problématiques de la recherche historique et les préoccupations du temps présent.|<strong>Révolution Francaise</strong>.net<ref>[https://revolution-francaise.net/qui-sommes-nous Révolution Francaise.net/Qui sommes-nous ?]</ref>}} Les recherches de cette équipe de travail portent sur la Révolution française, la fin des colonies, l'abolition des esclavages & servitudes analysées sous l'angle du droit naturel. [[Fichier:Guerra de independencia.png|600px|vignette|centré|La guerre des petites boîtes & des sentiments]] Pour ma part, j'étudie les abolitions des traites et des esclavages en m'appuyant sur deux personnages liés à la [[w:Guadeloupe|Guadeloupe]] : [[w:Joseph Bologne de Saint-George|Joseph Bologne de Saint-George]] & [[w:Gratien Candace|Gratien Candace]]. Pour ce faire je travaille ''sur-&-avec'' les projets Wikimedia : surtout Wikisource, Commons & Wikipedia. Le développement de ces projets, mes capacités de formation autodidacte & collaborative puis à mettre en œuvre toutes les potentialités des projets au profit de la rédaction d'une thèse, influencent les progrès de mon travail de recherche depuis 2006. J'utilise depuis le mois de mars 2016 à la construction de mes sources & de ma bibliographie sous Wikidata qui permet de gérer une bibliothèque et des sources à la dimension de l'Internet. Mon objectif est que le lecteur parviennent "en deux clics" aux documents & ouvrages qui ont servi à l'argumentation. Wikiversité est l'espace numérique carrefour où je rédige des notes, la bibliographie par ordre chronologique, la chronologie, et, pour l’heure, des ébauches de rédaction. Me contater : [[Utilisateur:Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[Discussion utilisateur:Ambre Troizat|discussion]]) 21 mai 2017 à 11:37 (UTC) == Mon cabinet d'histoire == # [[Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages|Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Les abolitions des traites et des esclavages-pages perso|Recherche:Les abolitions des traites et des esclavages-pages perso]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Mon_cabinet_d%27histoire|Joseph Bologne de Saint-George, un écosystème dans l’industrie des Arts, 1745-1799]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson|Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Troisième partie avec les projets Wikimedia|Troisième partie avec les projets Wikimedia]] -*-*-*-* # [[w:Utilisateur:Ambre_Troizat/Adaptation du plan classique des projets Wikimedia|Adaptation du plan classique des projets Wikimedia]] # [http://cths.fr/an/societe.php?id=4009&fbclid=IwAR2Lb5YoZdUTYlVCB-uxJJWEkeCom668Nbl67ZfSyYcDhU7g0ZKwOvRZ1wE Société d'histoire de Saint-Georges et Dalayrac - Fontenay-sous-Bois] # [https://en.wikibooks.org/wiki/How_to_Write_a_Research_Paper_in_History How to Write a Research Paper in History] # [[Aide:Comment créer un travail de recherche|Aide : Comment créer un travail de recherche]] # [[Utilisateur:Ambre Troizat/Ouvrages à propos de Saint-George]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Troisième partie avec les projets Wikimedia|Troisième partie avec les projets Wikimedia]] # Œuvre : édition # Version... : édition ou traduction de == Le plan, 28 novembre 2021 == # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Introduction|Introduction]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Première partie avec Saint-George|Première partie avec Saint-George]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/La traversée du long dix-neuvième siècle|La traversée du long dix-neuvième siècle]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson|Deuxième partie avec Michaël Jackson]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Chercheur dans l’univers wikimédien|Chercheur dans l’univers wikimédien]] # [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conclusion|Conclusion]] == A uploader sur Wikidata, Commons, Wikisource == <nowiki>{{BNF|}}</nowiki> '''<big>Modifier</big>''' [https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Permission_en_1748_pour_Mme._St-Georges_d%E2%80%99ammener_Nanon_et_Joseph_en_France.jpeg Permission donnée à Madame Saint-Georges Bologne d’ammener Nanon et Joseph en France] ([https://www.wikidata.org/wiki/Q19223131 Q19223131]) '''<big>Mettre à Joly de Fleury</big>''' * 1881 - {{bibliographie|Q107110690}} <!-- Inventaire sommaire de la collection Joly de Fleury --> === Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens === # [http://www.sudoc.abes.fr/cbs/DB=2.1/SET=1/TTL=11/NXT?FRST=1 Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens, Sudoc] # Samuel Freiherr von Pufendorf, Jean Barbeyrac.- “Le” droit de la nature et des gens, ou, Systeme general des principes les plus importans de la morale, de la jurisprudence, et de la politique, Volume 1, 1734 # Le droit de la nature et des gens, ou Systeme general des principes les plus importants de la moral, de la jurisprudence et de la politique. Par le baron de Pufendorf, traduit du latin par Jean Barbeyrac. ... avec des notes du traducteur; & une preface qui sert d'introduction a tout l'ouvrage, [https://archive.org/details/bub_gb_kJ1bWFaeiYAC/mode/2up tome second, 1740], Internet Archive == François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales == [[File:Kreyatif.jpg|Culture|200px|right]] # François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Orient, Grèce, Rome : (FR-BNF 30751308f). 3 volumes : 1- L'Orient, {{Gallica|bpt6k5834159z}} : 2 - La Grèce, {{Gallica|bpt6k58360048}} ; 3 - Rome, {{Gallica|bpt6k5834128d}}. [https://archive.org/search.php?query=Histoire%20du%20droit%20des%20gens%20et%20des%20relations%20internationales François Laurent.- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Internet Archives] # [https://archive.org/details/histoiredudroit10laurgoog Tome I, L'Orient, 1850] # [https://archive.org/details/histoiredudroit17laurgoog Tome XI, la politique royale, 1865] # [https://archive.org/details/histoiredudroit15laurgoog Tome XIII, La Révolution française, 1867] # [https://archive.org/details/histoiredudroit00unkngoog Tome XIV, La Révolution française, deuxième Partie, 1868] # [https://archive.org/details/histoiredudroit14laurgoog Tome XVII, La religion de l'avenir, 1870] # François Laurent.- [https://www.google.fr/books/edition/%C3%89tudes_sur_l_histoire_de_l_humanit%C3%A9_La/wVNGAAAAYAAJ?hl=fr&gbpv=1&dq=esclavage+%2B+crime+%2B+humanit%C3%A9&pg=PA50&printsec=frontcover SUR L HISTOIRE DE L HUMANITÉ LA PHILOSOPHIE De l'HISTOIRE PAR F LAURENT PROFESSEUR А L UNIVERSITÉ DE GAND ÉTUDES], Études sur l'histoire de l'humanité: La philosophie de l'histoire. 1870. == Droit naturel + esclavage == * Page Wikipédia à corriger : [[w:Privilège de la terre de France|Privilège de la terre de France]] * Payer pour être citoyen, c'est le principe de l'impôt. C'est ce que faisaient les esclaves au XIXème siècle quand ils en avaient les moyens. Sortir du droit naturel pour entrer dans l'espace du droit civil c'est se couper des droits économiques naturels pour entrer dans l'espace marchand et financiarisé. * 1865 - {{bibliographie|Q106781910}}, <nowiki>{{Gallica|bpt6k96258538|page=137}}</nowiki> <!-- Revue critique de législation et de jurisprudence --> * 1865 - {{bibliographie|Q106781910}}, {{Gallica|bpt6k96258538|page=137}} <!-- Revue critique de législation et de jurisprudence --> * [https://www.google.com/search?tbm=bks&q=%C3%A9galit%C3%A9+%2B+droits+naturels Egalité + droits naturels] == Le droit du seigneur == [[Fichier:Le droit du Seigneur by Vasiliy Polenov.jpg|100px|gauche|vignette|Vasiliy Polenov.- Le droit du Seigneur]] [[w:Vassili Polenov|Vassili Polenov]] * 1779 - {{bibliographie|Q23937513}} <!-- Édit portant suppression du droit de main-morte et de servitude --> ** 1996 - {{bibliographie|Q26158057}} <!--Un épisode important et méconnu du procès du régime seigneurial en France --> ==== Ouvrages à créer sur Wikidata ==== '''Victor Buot (1822-1883)''' * 1879 - Victor Buot (1822-1883), d'après l'opéra-comique de Léon Vasseur (1844-1917), Coquelicot-valse (pour piano) par Olivier Métra.- Le droit du seigneur : grande valse pour piano, Musique imprimée, {{BNF|41333803q}} '''Léon Vasseur (1844-1917)''' * 1881 - Léon Vasseur (1844-1917).- Le Droit du Seigneur, Léon Vasseur, arrangé pour musique militaire par Léon Valentin {{BNF|43316127c]] ; <https://imslp.org/wiki/Le_droit_du_seigneur_(Vasseur,_L%C3%A9on)> * Léon Vasseur (1844-1917).- Fichue Idée ! Opérette en 1 acte. N° 2. Chanson de la négresse (Air populaire). Paroles de Lucien Puech, musique de Léon Vasseur, {{BNF|433161470}} == Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies == [[Fichier:Louis XV - Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies, octobre 1716.png|100px|vignette|gauche|1716 -Louis XV, Le Régent.- Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies, octobre 1716]] [[Fichier:Louis XV - Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716, p1, Manioc, SCD Université Antilles.png|100px|vignette|gauche|1716 - Louis XV, Le Régent.- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716]] '''Document de référence''' * 1716-1738 - {{bibliographie|Q107214589}}, <!-- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716 --> * 1738 - {{bibliographie|Q107214589}}, [https://www.wikidata.org/wiki/Q87921376 Edit concernant les Esclaves des Colonies de 1685 & 1716] (Q87921376) {{bibliographie|Q87921376}} <!-- Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716 --> * 1777 - {{bibliographie|Q110636902}} <!-- Arrêt du Conseil d'état du Roi, concernant le retour des noirs, mulâtres ou autres gens de couleur aux colonies --> * '''A créer sur Wikidata''' : Livre:Edit Concernant les Esclaves des Colonies du mois d'Octobre 1716 Registré au Greffe du Conseil Supérieur du Cap le 3 février 1717.djvu <https://books.google.fr/books?id=aVWiqfUq32YC&lpg=PA435&ots=bnuL_8g-Rr&dq=Edit%20concernant%20les%20Esclaves%20des%20Colonies%20qui%20seront%20conduits%20ou%20envoy%C3%A9s%20en%20France%20par%20leurs%20Ma%C3%AEtres.&hl=fr&pg=PA434#v=onepage&q&f=false>. * <https://books.google.fr/books?id=aVWiqfUq32YC&lpg=PA435&hl=fr&pg=PA434#v=onepage&q&f=false> * Recueil général des anciennes lois françaises depuis l'an 420 ..., Volume 15 * Paris 25 octobre 1716 Archiv Edit concernant les esclaves nègres des colonies Paris octobre 1716 Reg PP 7 décembre Aix 2 Besançon 24 nov Bordeaux jer décemb Dijon 7 Grenoble 2 Metz 26 novemb Rouen 3 cons souv d Alsace 20 Archivi Mureau de SaintMéry II 525 Louis etc Depuis notre avènement à la couronne nos N 102 i <https://books.google.fr/books?id=z_JQAAAAcAAJ&pg=PA122&#v=onepage&q=Edit%20concernant%20les%20esclaves&f=false>. ------ [[Fichier:Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779.png|100px|vignette|gauche|1779 - Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779]] ------ '''A modifier sur Wikisource''' ** '''Document à modifier''' : [https://www.wikidata.org/wiki/Q87921376 Edit concernant les Esclaves des Colonies de 1685 & 1716] (Q87921376) {{bibliographie|Q87921376}} ------ ## Edit du roy, concernant les esclaves nègres des Colonies <https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9618765s/f212.item> {{BNF|451688508}}. # Edit concernant les Esclaves qui seront conduits ou envoyés en France par leurs Maîtres des Colonies, (Q23692477) {{bibliographie|Q23692477}} # '''Recueil des declarations, edits, lettres patentes, et arrets du Conseil d'Etat du Roi''', enregistrés au Parlement de Dijon ## Edit du roy, concernant les esclaves Nègres des colonies<br><https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9618765s/f212.item.r=%C3%89dit%20royal%20d'octobre%201716%20concernant%20les%20esclaves%20n%C3%A8gres%20des%20colonies>. {{BNF|451688508}} ------ * [[Recherche:Les_abolitions_des_traites_et_des_esclavages/Annexe/Bibliographie_du_XVIIIè_siècle/1750#Nouveau_commentaire_sur_l'ordonnance_de_la_marine_du_mois_d'août_1681,_1760-1841|Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681, 1760-1841]] Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine par M. René-Josué Valin <https://archive.org/details/Edit1685-1716CodeNoir/page/n3/mode/2up?view=theater> == Louis Rondonneau.- Table générale par ordre alphabétique de matières, des lois, 5 mai 1789 - 1er avril 1814, 1816 == # [https://www.google.fr/books/edition/Table_g%C3%A9n%C3%A9rale_par_ordre_alphab%C3%A9tique/IkVHAAAAcAAJ?hl=fr&gbpv=1&dq=Arr%C3%AAt%C3%A9+concernant+le+retour+des+propri%C3%A9taires+blancs+dans+les+colonies+%2B+26+fructidor+an+X&pg=PA552&printsec=frontcover Table générale par ordre alphabétique de matières, des lois, sénatus-consultes, décrets, arrêtes] ... publiés dans le bulletin des lois et les collections officielles, depuis l'ouverture des États généraux, au 5 mai 1789, jusqu'à la restauration de la monarchie Française, Colonies, p. 560. Arrêté concernant le retour des propriétaires blancs dans les colonies + 26 fructidor an X, p. 572. == Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, Saint Domingue, Antilles, Noirs, 1788-1789, {{BNF|45702775p}} == [[Fichier:Loi n° 1396 portant que tout homme eſt libre en France, Paris, 16 octobre 1791.png|100px|vignette|gauche|Loi n° 1396 portant que tout homme eſt libre en France, Paris, 16 octobre 1791]] [[Fichier:Décret d'abolition de l’esclavage par la Convention- Archives nationales-BB-34-1-58.jpg|100px|vignette|gauche|Décret d'abolition de l’esclavage par la Convention, Paris, 4 février 1794]] * [https://catalog.hathitrust.org/Record/008607015 Catalogue général des livres composant les bibliothèques du Département de la marine et des colonies], [[d:Q86473521|volumes]] 1, 36 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f7.item, Cahier d'un philosophe, commissaire de la noblesse dans deux bailliages ou Doléances d'un Américain persécuté. [Par M de Portelance, propriétaire d'une sucrerie au quartier Morin à St Domingue]... le 20 avril 1789 <https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f9.item> 2, 15 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f45.item, Lettre des colons résidens à S Domingue, au Roi. le 31 mai 1788. Signé, les propriétaires planteurs de la colonie de Saint Domingue [Mention manuscrite Certifié véritable par L M Gouy, p. 1] 3, 8 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f61.item, Lettre des Commissaires de la Colonie de Saint Domingue, au Roi ... [lettre remise le 4 septembre 1788 au Ministre de la Marine, Comte de la Luzerne]. À Paris, chez Clousier, imprimeur du Roi, rue de Sorbonne 4, 16 p., https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f69.item, Lettre bien importante de la Chambre d'agriculture de Saint Domingue, adressée au membre du Comité colonial séant à Paris. 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Année 1789. 18 , 1 f. manuscrite, https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9796462b/f421.item , "Table" , liste des documents * [https://www.google.fr/search?hl=fr&tbm=bks&ei=XZO1XemRJcuejLsPufuogAI&q=%C3%89mancipation+des+esclaves.+Aux+protestants+de+France%2C+pasteurs%2C+anciens+et+fid%C3%A8les&oq=%C3%89mancipation+des+esclaves.+Aux+protestants+de+France%2C+pasteurs%2C+anciens+et+fid%C3%A8les&gs_l=psy-ab.12...37813.37813.0.40364.1.1.0.0.0.0.55.55.1.1.0....0...1c.1.64.psy-ab..0.0.0....0.VrKzQmr6kzE Émancipation des esclaves. Aux protestants de France, pasteurs, anciens et fidèles] === Traité de l'amitié === * [https://www.google.fr/books/edition/Traité_de_l_amitié/INAGAAAAcAAJ Louis de Sacy.- Traité de l'amitié, 1704] === Bibliographie à propos de la révolution de l'Amérique === * [https://www.livre-rare-book.com/book/5472866/7037 Livres rares à propos de la révolution de l'Amérique RAYNAL. Guillaume-Thomas.- Révolution de l'Amérique]. ‎ * Pownall, Thomas, 1722-1805; Adams, John, 1735-1826, tr; Jenings, Edmund, 1731-1819; Adams, John, 1735-1826, former owner; Boston Public Library) John Adams Library.- [https://archive.org/details/pensessurlarvolu00pown Pensées sur la révolution de l'Amérique-Unie]] : extraites de l'ouvrage anglois, intitulé mémoire, adressé aux souverains de l'Europe, sur l'état présent des affaires de l'Ancien & du Nouveau-monde, 1780 === Révolution française === * [[w:René Louis de Voyer de Paulmy d'Argenson|René Louis de Voyer de Paulmy d'Argenson]] ; ARGENSON. René-Louis de Voyer de Paulmy, marquis d’, secrétaire d'État des Affaires étrangères de Louis XV de 1744 à 1747.- [https://www.livre-rare-book.com/book/5472866/7037 Considérations sur le gouvernement ancien et présent de la France]. Amsterdam. Marc-Michel Rey. 1764. XVI pp.; 328 pp. Edition originale de cet ouvrage politique de première importance, rédigé par l'ancien === Autres === * Boufflers, Stanislas-Jean de (1738-1815).- Sur l'emploi des biens du clergé. Par le C. D. B***., [S.l., 1789 ou 1790], 15 p. ; in-8. Titre de départ. - Par Boufflers, d'après une note ms.. - Probablement impr. fin 1789 ou début 1790, {{BNF|36302716h}}. * {{bibliographie|Q97011933}} * Chambon - Le commerce de l'Amérique par Marseille, T.1, 1764.djvu * Joseph-Nicolas Guyot - [https://books.google.fr/books?id=uC7AMG8Rd1EC Traité des droits, fonctions, franchises, exemptions, privilèges et ...]. La maison du roi. * Jobez, Alphonse (1813-1893) La France sous Louis XV (1715-1774), {{BNF|306550119}} * Adresse votée par le conseil colonial, séance du 24 octobre 1845 {{BNF|341444736}} * [https://books.google.fr/books?id=HYEOAAAAYAAJ Bulletin des lois de France], page 116 {{Google Livres|HYEOAAAAYAAJ}} * Rapport relatif à l'état des hommes de couleur et au régime législatif des colonies + Jean-Élie Gautier (Recherche) * Édouard Biot.- De l'abolition de l'esclavage ancien en occident: Examen des ..., Parties 1 à 5 * De la liberté commerciale et de la réforme de nos lois de douanes / par A.-J. Lherbette... {{BNF|30813713z}} * Pierre François Charles Foncin.- [https://books.google.fr/books?id=P1hfyAEACAAJ Essai sur le ministère de Turgot], Volume 25, Germer-Baillière, 1877 - 622 pages * [https://www.histoire-image.org/fr/etudes/france-offrant-liberte-amerique La France offrant la Liberté à l’Amérique] * [https://www.google.com/search?newwindow=1&hl=fr&ei=J1dQXty3BpHMaInErtAL&q=Le+Th%C3%A9%C3%A2tre+des+voyages.+Une+sc%C3%A9nographie+de+l%E2%80%99%C3%82ge+classique%2C+Paris%2C+PUPS%2C+coll.+%C2%AB+Imago+Mundi+%C2%BB%2C2005&oq=Le+Th%C3%A9%C3%A2tre+des+voyages.+Une+sc%C3%A9nographie+de+l%E2%80%99%C3%82ge+classique%2C+Paris%2C+PUPS%2C+coll.+%C2%AB+Imago+Mundi+%C2%BB%2C2005&gs_l=psy-ab.12...54386.54863..56984...1.0..0.70.203.3......0....2j1..gws-wiz.VpKaoQ0xmZ0&ved=0ahUKEwic5-Gu1uPnAhURJhoKHQmiC7oQ4dUDCAo Le Théâtre des voyages. Une scénographie de l’Âge classique, Paris, PUPS, coll. « Imago Mundi »,2005] * [[w:Le Modèle noir, de Géricault à Matisse|Le Modèle noir, de Géricault à Matisse]] Beethoven + Chevalier de Saint-George permettent de trouver un grand nombre d'ouvrages du début du XXème siècle citant le Chevalier de Saint-George. Joel Augustus Rogers.- Sex and Race: Why white and black mix in spite of opposition, 1944, <Google Book|P_XUAAAAMAAJ> Negro Year Book: An Annual Encyclopedia of the Negro ... ... - Page 476, 1937, <Google books|FkjjAAAAMAAJ> == 10 mai 2021 - Saint-George Dalayrac a commenté sur facebook == <https://www.facebook.com/saintgeorge.dalayrac/posts/10208499487280776:10> Emeric Gomis Bonjour, aujourd'hui 10 mai, commémoration de l'esclavage et des traites négrières. Du chemin a été parcouru depuis, mais la route est longue. Courage.... 6 commentaires, 2 partages Sokona Niakhate Une pensée mon grand pour toi et ton équipe...du chemin accompli depuis ! Inoubliable notre première réunion chez Marion,j’étais même pas encore élue...sur l’idée du collectif 💪🏾👏🏾🙏🏾🙌🏾! Votre démarche est inoubliable et votre concertation à mon égard avec Marion,qui nous avait fait un formidable accueil sur l’avenir d’un tel projet collectif chez elle ! Bref le chemin est longue mais le travail reste et encrée sur nos villes avec les associations en partenariat avec la ville ! Merci à vous pour la confiance et le boulot depuis tant d’années sur notre ville ! Après la crise sanitaire du moment vivement un monde meilleur ! Johann Menard Sokona Niakhate Marion Triollier une vrai sista avec un sale caractère mais qui sait et n'oublie jamais d'où elle vient ❤️❤️❤️❤️ Saint-George Dalayrac Sauf, Sokona Niakhate, que votre activité n'a pas conduit à une meilleure connaissance collective des questions des traites & des esclavages. Seulement à la réalisation de projets n'ayant leurs racines que dans le présent. J'espère que Héloïse ou la Fille des Trois-Rivières n'a pas été abandonnée. Sokona Niakhate Saint-George Dalayrac si même ce soir je fais pas de la politique c’est notre adn et notre histoire aussi ! Saint-George Dalayrac Je vois que vous êtes toujours égale à vous même. Saint-George Dalayrac <https://www.facebook.com/saintgeorge.dalayrac/videos/10211185721310627>. == Notes & Références == {{Références}} 2udrwzsp7tnrv35uvtyimbufp1onjmc 104 46075 880957 879124 2022-07-30T12:17:33Z 192.226.186.56 /* Relations gammes/accords */ wikitext text/x-wiki == Travail de recherche : Les relations gammes-accords à la guitare : Laboratoire de Claude Reid == {{Travail de recherche | idfaculté = musique }} == Relations gammes/accords == === Préface === [[File:Au sujet des relations gammes-accords.pdf|thumb|Au sujet des relations gammes-accords]] Ce laboratoire est dédié aux guitaristes classiques désirant s’approprier l’harmonie tonale, la création, l’exploration mélodique en symbiose avec la technique, la sonorité et la complexité de leur instrument. Ce qui, selon moi, devrait être une approche pédagogique complémentaire, mais vitale au programme de la guitare classique. J’aimerais préciser que j’emploie le terme laboratoire de guitare car, précisément un laboratoire n’est pas conçu pour reprendre des théories centenaires voir millénaires, mais pour expérimenter. Remettre les choses comme on les entend ou comme on les vit. La musique jazz et populaire sont de bons exemples d’indisciplines créatives, alors il ne faut surtout pas les figer. Pourquoi la guitare classique ne serait-elle pas également un outil de création au même titre qu’une guitare acoustique ou jazz? Qu'elle soit amplifiée ou non qu'importe, elle vous mènera ailleurs et ailleurs est sûrement préférable à la copie. Très peu d’élèves en guitare classique font carrière en tant que concertistes car les exigences sont extrêmes tout comme pour les pianistes ou violonistes d’ailleurs. Mais en plus, mais surtout en moins, la guitare n’est pas un instrument d’orchestre et n’a pas la prétention d’être concertant et aussi autonome que le piano. Soit, l’instrument est harmonique mais à un degré minime, comparé avec les instruments à clavier. Pourtant, la guitare dans toutes ses formes a permis la création de la majorité des chansons existantes. Un chansonnier peu composer une très belle chanson en n’apprenant que quelques accords à la guitare et il peut jouer dans toutes les tonalités avec huit à dix positions d’accords seulement. L’apprenti créateur constate immédiatement que les sons se transforment par le simple changement d’accord, je donnerais ici l’exemple de la chanson de Françoise Hardi ''Tous les garçons et les filles''. Il y a sûrement des centaines, voire des milliers de chansons sur les accords de C, Am, Dm, G7. Puisque l’on peut improviser pendant des heures sur ces quatre accords avec seulement la gamme de ''do majeur'' (les notes blanches du piano) on peut conclure que sur un scénario harmonique plus complexe ce soit également possible, en autant que l’on suggère un guide. Pour se faire, il faut absolument que le créateur, chanteur ou musicien se libère de toutes contraintes techniques. S’il y a un arrangement pour guitare seule que ce soit idéalement après la création. Notez que le présent laboratoire ne remplace pas le professeur de guitare, il vous guide harmoniquement et mélodiquement vers la création et non pas sur la technique de la guitare comme telle. {{clr}} === Harmonie et relations gammes-accords. === Tous les styles de musiques tonales y trouvent leur compte, puisqu’il est question d'une approche universelle de l'analyse harmonique où se côtoient le mode majeur, le mode mineur harmonique , le mode mineur jazz (mineur mélodique ascendant) et le majeur b6 (majeur harmonique). Le musicien doit pouvoir recréer ces quatre échelles sonores sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ici, la référence au mode relatif est inutile et même à éviter. Tous les accords majeurs ou mineur peuvent jouer le rôle de I{{e}} degré quelle que soit la fonction harmonique de l’accord en autant que la septième est majeure. Un accord majeur avec la septième abaissée devient automatiquement le V⁷ d’une autre tonalité majeure ou mineure et la septième abaissée d’un accord mineur devient à coup sûr un IIm⁷ puisque c’est la fonction la plus forte avec le V⁷. === L’accord majeur (exemple en ''do majeur'') === On sait maintenant qu’un accord de C majeur peut être le premier degré en majeur et en majeur b6. L’enchaînement Dm⁷ – G⁷ annonce la tonalité de ''do'' majeur et l’enchaînement Dm^7b5 – G^7b9 annonce la tonalité de ''do'' majeur b6. La tonalité majeure étant la plus pure des tonalités et la plus employée depuis des siècles, le musicien aura normalement le réflexe d’employer la sixième abaissée seulement de passage. Très souvent on aura l’emprunt sur le Ve degré comme Dm⁷-G^7b9 vers C maj⁷ qui nous donne un mouvement chromatique majeur, majeurb6, majeur. De là, il n’y a qu’un pas vers l’accord de Db⁷ qui se substitue à l’accord de G^7b9 dans un mouvement chromatique à la basse : Dm⁷ – Db⁷ – C maj⁷. Si l’accord de Db⁷ ne fait que remplacer l’accord de G^7b9, il n’affectera pas ou très peu la mélodie en majeur, mais si l’accent est mis sur cet accord, on conseille dans les bonnes écoles américaines de le considérer comme un IV⁷ , accord que l’on retrouve uniquement dans la tonalité mineure jazz(mineure mélodique ascendante). L’analyse mélodique sera ''do'' majeur – ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. === L’accord mineur === Si l’accord mineur joue le rôle de I{{e}} degré, même temporairement, il peut être précédé d’un accord IIm^7b5 – V^7b9 pour une tonalité mineure harmonique ou IIm⁷ – V⁹ pour une tonalité mineure jazz. Exemple : Dans la tonalité de ''do'' majeur, l’accord de Dm peut être précédé de Em^7b5- A^7b9 pour l’emprunt à la tonalité de ''ré'' mineur harmonique ou de Em⁷- A⁹ pour un emprunt à ''ré'' mineur jazz. Le Dm conserve généralement sa nouvelle tonalité jusqu’à l’arrivée probable de la 7e mineure qui lui confère de nouveau le rôle de II{{e}} degré mineur (mode dorien) en ''do'' majeur. On verra aussi en ''do'' majeur le VI{{e}} degré (Am) être précédé de Bm^7b5 – E^7(b9) pour une tonalité de ''la'' mineure harmonique et quelque fois Bm⁷ – E⁷ pour une tonalité temporaire de ''la'' mineur jazz. Vous reconnaîtrez sûrement une des mélodies les plus connues sur terre dont le scénario harmonique est C, Bm⁷, E⁷, Am, F, G, C. La mélodie ne laissant aucun doute sur l’emprunt au ''la'' mineur jazz (mineur mélodique ascendant) Le même constat que pour l’accord majeur s’applique pour le mouvement chromatique l’accord bII⁷ . === La création mélodique sur le canevas harmonique de ''do majeur''. === Le plus étonnant est la résistance qu’a la mémoire à retenir la tonalité première. À titre d’exemple, demandez à un jeune élève de jouer les sons de son choix uniquement en ''do'' majeur (disons les notes blanches du piano) sur un enchaînement harmonique de C, Am, Dm, G7. Puis de C, G, Am, Em, F, C, F, G . Plus souvent qu’autrement, il est stupéfiant de constater que la plupart des élèves résolvent les tensions mélodiques avec une facilité de plus en plus grande au fur et à mesure de l’exercice. La deuxième étape consiste à garder la même tonalité mais d’ajouter des accord de 7{{e}}, de 9{{e}}, de 11{{e}} et même de 13{{e}} dans un ordre aléatoire. À cet exercice, je n’ai jamais perçu de blocage créatif ou mélodique chez les élèves, bien au contraire. Les tensions mélodiques sont beaucoup moins fortes sur des accords de 7{{e}} et 9{{e}} et complètement absente sur un accord de 13{{e}} puisque toutes les notes de la gamme font parties de l’accord. Ma grande surprise est de constater que le chromatisme Fmaj⁷, Em⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷ ne déstabilise aucunement notre jeune créateur. Il en est de même pour un enchaînement connu comme Em⁷, Eb⁷, D^sus4, Db^7#11, C⁶. Il faut donc ajouter à toute gamme majeure l’harmonisation altéré du bIII⁷ et du bII⁷. === La gamme de ''do mineur jazz'' (mineur mélodique ascendant) === Demandons à notre nouveau créateur mélodique de substituer au mi la note mib sur toute l’étendue du piano. Il obtiendra grâce à ce mib, la gamme de ''do'' mineur jazz formée des notes do, ré, mib, fa, sol, la, si, do. C’est une gamme très employée en jazz et pour cause, car son harmonisation la rend plus qu’intéressante. Attention ici car, bien qu’il n’y est que la tierce d’altérée (mib), le réflexe auditif et digital n’est pas automatique. Il faut explorer ce mode très souvent pour en reconnaître toutes les subtilités mélodiques. La première reconnaissance mélodique peut être sur la cadence typique des accords de Am^7b5 – G⁷- Cm^6/9. Puis : Cm – F⁷ – Cm – G⁷ – Cm ou encore Cm – F⁹ – Cm – G⁹ – Cm L’accord de F⁷ ou F⁹ verra souvent sa 11e altérée ( F^7#11, F^9#11). Le traitement mélodique sur l’accord du IV⁷ ou IV^7#11 sera très utile dans le futur car on le propose souvent sur les accords étrangers à la tonalité. Comme en ''do'' majeur pour les accords de : Eb⁷(''sib'' mineur jazz) ou Db⁷(''lab'' mineur jazz). Sur ce mode il y a aussi deux accords de type m7b5 , sur le VI{{e}} (Am^7b5) et VII{{e}} (Bm^7b5) degré que l’on peut explorer en alternance ou en cadence. Un dernier exercice, afin de vérifier la compréhension tonale, est d’alterner l’accord de Cmaj⁷ avec Cm⁶ (ou F⁹) pour ''do'' majeur et ''do'' mineur jazz. Remarque : J’aurais tendance à laisser notre jeune élève assimiler ce nouveau traitement mélodique pendant quelque temps, car si l’on peut chanter une gamme majeur dans toutes les tonalités ,il faut un certain temps avant de pouvoir en faire autant avec le mineur jazz. === La gamme de ''do mineur harmonique'' === Le mineur harmonique quant à lui est très identifiable puisque l’on côtoie cette relation mélodiquement et harmoniquement depuis des siècles. À l’état pur, la gamme de ''do'' mineur harmonique n’a que deux altérations , la tierce abaissée et la sixte abaissée. Sur le clavier on abaissera en plus du mib, qui défini un mode mineur, la note lab pour une gamme de : do , ré, mib, fa, sol, lab, si, do. Ici, plus que jamais, le musicien doit avoir les réflexes aiguisés et reconnaître immédiatement la cadence V⁷-Im puisque c’est la relation la plus employée pour les dominantes secondaires mineures. Cette relation qui ne dure souvent qu’une seule mesure en laisse plus d’un sans voix. Pour explorer ce mode, je conseille la cadence Dm^7b5 – G^7(b9) – Cm en boucle. Puis Fm – Dm^7b5 – G^7(b9) - Cm ou encore Ab – G - Ab – G – Fm – Cm. N’oubliez pas l’accord de B ^dim7 et ses renversements D ^dim7, F ^dim7 et Ab ^dim7. === Réflexion === Nous venons de voir ce qui se consomme harmoniquement le plus souvent chez les créateurs de mélodies. Dans l’ordre d’utilisation il y a le mode majeur, le mode mineur harmonique et depuis peu le mode mineur jazz. L’harmonisation ne génère pas un système mélodique parfait, loin de là. Même le plus idéal des modes comporte des dissonances et l’improvisation est l’art de louvoyer et de surfer sur les consonances et dissonances. Si on accepte aujourd’hui la 7e majeure sur un accord de C il faut tout de même éviter le frottement de seconde. La note fa sur un accord de Em ne doit être que de passage etc… Sur les deux modes mineurs, le troisième degré est un accord augmenté que très peu de gens fréquentent. Ce qui est étonnant, c’est la grande capacité qu’ont les élèves, même débutants, à surfer sur les dissonances et consonances de la gamme majeure. En peu de temps, nous incorporons des renversements d’accords, des notes pédales et pour couronner le tout, des degrés altérés. On peut choisir des jeux de créations mélodiques sur plusieurs tonalités majeures sans aucun problème si toutefois il y a un guide. Là, où il y a une perte de contrôle c’est sur les dominantes secondaires comme C – A⁷ – Dm⁷ – G⁷ – C ou C – Em^7b5 – A^7b9 – Dm – Dm^ma7 – Dm⁷ – G⁷ – C. ou encore Cmaj⁷- Gm⁷ – C⁷ – Fmaj⁷… Pendant une mesure ou deux, l’élève perd tous ses repères mélodiques. Pourtant il n’est pas plus difficile de faire une gamme mineure jazz ou harmonique qu’une gamme majeure et c’est pour cette raison que je considère qu’il faut se donner des repères aussi forts qu’en majeur. Surfer sur la gamme mineure harmonique et surtout mineure jazz demande des heures et des heures d’explorations mélodiques. La première condition est de pouvoir faire ces deux gammes mineures à partir de n’importe quelle note aussi facilement qu’une gamme majeure. === La gamme de ''do'' ''majeur b6'' (majeur harmonique) === '''Exemples sur quatre modes''':[[Fichier:Exemples sur quatre modes.pdf|thumb|Exemples sur quatre modes]] Si le simple fait d’abaisser la tierce d’une gamme majeure pour obtenir une gamme mineure jazz vous déstabilise, la prochaine gamme risque d’être pire encore. On a donné à la gamme mineure la possibilité d’abaisser la sixte pour créer le mode mineur harmonique, il serait injuste de ne pas donner la même chance au mode majeur : do, ré, mi, fa, sol, lab, si, do L’intégration de la 6te abaissée permet au mode majeur de s’enrichir des accords de IIm^7b5, V^7b9(V^13b9), IVm et VII^dim7. Le I{{e}} degré et le III{{e}} reste inchangé tandis que le bVI sera un accord augmenté et peu fréquenté. Cette note apporte son lot de consonances et de dissonances tout comme d’autres modes auparavant. Le traitement mélodique du lab sur le premier degré demeure le plus fragile. On choisit habituellement l’option du la bécarre qui nous ramène à la tonalité de ''do'' majeur. On peut profiter de l’occasion pour explorer le chromatisme sur sol, lab, la, lab, sol ou encore sol, lab, la, la#, si do qui se marie admirablement à cette harmonisation vieux jazz. Il est essentiel pour le musicien, appelé à louvoyer sur cette nouvelle harmonisation, d’avoir en mémoire la tierce majeure. Il faut rester dans un monde majeur. Je conseille d’explorer mélodiquement les sonorités plus évidentes comme : IIm^7b5 (Dm^7b5) avec le V^7b9 (G^7b9) vers I majeur naturel (C maj⁷). Le choix de l’accord G^13b9 est idéal car cet accord se retrouve uniquement dans cette gamme et renferme tous les sons de la gamme majeure b6. L’alternance des deux modes se fait souvent sur la cadence V¹³(G¹³), V^13b9(G^13b9), Cmaj⁷ ou IIm⁷(Dm⁷) IIm^7b5(Dm^7b5), G⁷, C. L’accord du IV{{e}} degré mineur sous la forme de Fm, Fm⁶ et Fm6^maj7 (accord unique à la gamme majeure b6) demande à être explorer en boucle et/ou en alternance avec l’accord bVI augmenté (Ab^aug). Le mi bécarre peut surprendre au départ, mais s’intègre facilement par la suite à la mélodie. L’accord de VII^dim7(B^dim7 et les renversements D^dim7, F^dim7, Ab^dim7) que l’on ne retrouvait que dans le mode mineur harmonique a maintenant une sonorité plus douce et surtout moins prévisible avec le mi bécarre, un peu à la Cole Porter. C’est d’ailleurs une de mes préférences sur un VII^dim7 de V (F#^dim7- G⁷ ) pour ''sol'' majeur b6 et ''do'' majeur. Les emprunts harmoniques au majeur b6 permettent de fréquenter d’autres avenues mélodiques et peuvent influencer les dominantes secondaires conduisant à une tonalité majeure. {{clr}} === Le chemin le plus rapide… === [[Fichier:Exploration mélodique no1.pdf|thumb|Exploration mélodique no1]] Il faut que le musicien puisse explorer à l’oreille (sans partition) toutes les tonalités majeures et mineures sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ceci afin d’éviter le chemin tortueux du mineur relatif tel qu’enseigné encore dans nos écoles. Il faut redonner à chaque mode sa propre autonomie qu’il détient du V7 . Ex : Cmaj⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷, le traitement mélodique pour cet enchaînement pourrait être : ''do'' majeur, ''sib'' mineur jazz, ''do'' majeur, ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. Je ne crois pas que l’armure d’un ''réb'' (pour ''sib'' mineur jazz) et d’un ''dob'' (pour ''lab'' mineur jazz) soit d’une grande utilité mais plutôt un énorme boulet. Il faut connaitre l’harmonisation de chaque mode sur le bout des doigts et en explorer les avenues le plus souvent possible. L’analyse des grands standards est indispensable et n’ayez pas peur des exceptions à la règle. Souvenez-vous que les dominantes secondaires (V⁷ , IIm⁷ – V⁷ ou IIm^7b5 – V⁷ ) n’affectent que les accords majeurs et mineurs quelle que soit leur fonction harmonique dans la pièce. Le retour à la tonalité se fait généralement en abaissant la 7{{e}} de l’accord majeur ou mineur. '' '''IMPORTANT : Toutes les explorations mélodiques (''improvisées'') sont enregistrées avec ma Takamine TC132SC (https://www.takamine.com/TC132SC), branchée directement dans la carte de sons de mon ordinateur afin d’éviter tous les bruits extérieurs. Bien sûr, la prise de son par un micro procure plus de chaleur, mais demande des conditions d’enregistrements exceptionnelles et beaucoup plus d’équipement professionnel dont un studio insonorisé. ''''' '''[[File:A1-Exploration mélodique no1 en wav.wav|thumb|A1-Exploration mélodique no1_en wav]]''' {{clr}} === Traitement mélodique sur une harmonisation chromatique descendante. === [[Fichier:Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013).pdf|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013)]] Le prochain exemple concerne le mouvement harmonique IIIm⁷, IIIb⁷, IIm⁷, IIb⁷, I, que plusieurs compositeurs ont traité musicalement. Théoriquement le IIIb⁷ et le IIb⁷ devraient être sur des modes mineurs jazz mais l’équilibre tonal est raffermi si l’on conserve la tonalité majeure. On pourrait presque dire une illusion auditive. Même dans le prochain exercice où le premier degré (A) n’apparait qu’à la seizième mesure, je vous conseille d’explorer ce chromatisme harmonique avec la tonalité de ''la'' majeur. '''[[File:Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav.wav|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav]]''' {{clr}}''' === L'accord du IV^7#11 sur des degrés de la tonalité. === [[Fichier:Exploration mélodique no4 sur IV7 11.pdf|thumb|Exploration mélodique no4 sur IV7 11]] On connait bien les enchaînements harmoniques par la dominante sur les degrés majeurs ou mineurs d’une tonalité (n’oubliez pas que le V⁷ est aussi un accord majeur) mais les compositeurs nous ont donnés aussi des mélodies fantastiques grâce à l’emploi du IV⁷ sur des degrés tonals. On peut penser à Desafinado et Triste de A.C. Jobim. Ainsi on pourrait avoir dans la même tonalité un IV^7#11 de Fm, un IV^7#11 de Cm, un IV^7#11 de Em ou un IV^7#11 de Dm tout en conservant un lien tonal à la pièce. C’est une avenue fort intéressante pour la création de nouveaux thèmes musicaux. '''[[File:Exploration mélodique no4-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique no4-en wav]]''' {{clr}} === L'imbroglio des modes === [[Fichier:Au clair de la lune (traditionnel).pdf|thumb|Au clair de la lune (traditionnel)]] Comme je le disais au début ce n’est pas l’ordre des sons qui détermine un mode mais bien le rôle qu’ils jouent dans l’harmonie. Ainsi do, ré, mi, fa, sol, la, si, do, pourraient être doriens s’ils sont apposés sur un accord de Dm, lydiens s’ils sont apposés sur un accord de F, myxolydiens sur un accord de G⁷ et même éoliens sur un accord de Am. Souvenez-vous que Jobim a composé une pièce qui s’appelle One Note Samba en faisant évoluer une seule note sur quatre accords différents. Sans harmonie l’ordre des sons ne veut rien dire. Sur une mélodie aussi simple que «Au clair de la lune» l’harmonisation peut être à deux accords, ce qui ne laissera que peu de place à l’exploration mélodique, mais si je donne aux mêmes notes une harmonisation différente, je peux changer la donne complètement. '''[[File:Au clair de la lune-en wav.wav|thumb|Au clair de la lune-en wav]]''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/au-clair-de-la-lune''' {{clr}} [[Fichier:Ballade pour film français.pdf|thumb|Ballade pour film français]] Je vous ai donné dans le pdf d’introduction, l’exemple d’un accord majeur du I{{e}} degré qui évolue bien malgré lui sur d’autres degrés, démontrant bien que l’ordre des sons est souvent mauvais juge. Avant d’écouter la prochaine pièce, je vous propose de lire la mélodie sans accompagnement, puis d’essayer d’imaginer ce qu’elle peut devenir pour le compositeur. Cet exercice ne peut se faire qu’une seule fois, car la mémoire aura retenue toutes les fonctions par la suite. '''[[File:Ballade pour film francais-en wav.wav|thumb|Ballade pour film francais-en wav]]''' ''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/1966-ballade-pour-film-francais-pour-deux-guitaresclaude-reid''' {{clr}} === Le chef d’orchestre === [[Fichier:Gammes du 4e schéma.pdf|thumb|Gammes du 4e schéma]] Nous avons tendance à penser que l’harmonie commence par le I^e degré mais le véritable maître d’œuvre est le V⁷ qui a lui seul orchestre tout le système harmonique tonal. C’est le seul accord qui respecte le spectre des harmoniques naturels et sur lequel tout le chromatisme mélodique est possible. Il est possible de faire des pièces uniquement avec des accords de type V⁷ (accord majeur et septième mineur) comme dans l’enchaînement blues typique : I⁷, IV⁷, I⁷, V⁷, IV⁷ I⁷, V⁷ . Chaque accord de ce type accepte mélodiquement la gamme pentatonique (ou blues) majeure et mineure sur tous les degrés. Ce n’est qu’à partir de la cadence V⁷ – I que tous les accords majeurs, mineurs, de quintes diminuées ou de quintes augmentées se mettent en place. Si on accepte tout ce que cette résolution apporte d’harmonie, il faut conclure que : # Cette résolution ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur. # Cette résolution génère soit une gamme majeure ou mineure (jazz) selon que la tierce est majeure ou mineure. # La gamme majeure et mineure (jazz) peuvent avoir une sixte abaissée pour former une gamme majeure b6 et mineure harmonique. # Chacune des gammes (4) génère sept degrés harmoniques (7 X 4= 28 degrés) # Chacun des 28 degrés forme une échelle sonore différente que l’on appelle mode (dorien, phrygien, lydien, etc.…) [[Fichier:Le chromatisme sur l'accord de V7.pdf|thumb|Le chromatisme sur l'accord de V7]] Le guitariste que je suis est nettement avantagé quant à la formation de tous ces modes car je profite de la symétrie des accords et des gammes. Les 28 modes sont à la portée de mes doigts comme le sont tous les accords de la guitare et me permettent en plus de transposer chromatiquement les informations harmoniques de chaque tonalité. Nous devons réaliser que le réflexe de chaque instrument est très différent. Si le flûtiste ou le saxophoniste doit apprendre les 28 modes dans les 12 tonalités chromatiques pour gérer l’éventail tonal, le guitariste peut tout visualiser en 5 positions. Ceci n’empêche pas les guitaristes d’être de différentes écoles quant à la vision harmonique et l’interprétation des modes. Cependant il va de soi que l’univers du jazz est devenu une référence tonale indéniable et un outil indispensable à tout musicien moderne. '''C’est pourquoi le guitariste classique doit s’approprier cette connaissance harmonique et mélodique à la mesure de son instrument et de sa technique.''' {{clr}} Voici un tableau sur le chromatisme harmonique de l’accord du V⁷. La seule exception est naturellement la 7{{e}} majeure qui harmoniquement ne peut s’intégrer à l’accord de dominante puisque celle-ci annulerait l’accord V⁷. Mélodiquement, en tant que note de passage, elle est acceptée. En regardant le tableau on comprend mieux pourquoi l’accord de Db⁷(bII⁷) et même l’accord de Dbmaj⁷ (bIImaj⁷) peut se substituer à l’accord de G⁷ (V⁷) puisque toutes les notes font parties des possibilités harmoniques du V⁷ . {{clr}} == Une vision guitaristique de l’harmonie == [[Fichier:Harmonisation des 5 schémas de gammes.pdf|thumb|Harmonisation des 5 schémas de gammes]] Aucun instrument ne peut avoir un rapport chromatique aussi visuel et efficace que la guitare. Les données harmoniques que l’on retrouve à l’intérieur d’un schéma de gamme se transposent intégralement de case en case sans exception, que ce soit pour une gamme majeure, majeure b6, mineure jazz ou mineure harmonique. Pour le guitariste, l’idée de partir d’un schéma de gamme majeure pour créer un mode majeur b6 en abaissant uniquement la sixième note est tellement évidente et chromatiquement sans faille qu’on ne peut la concevoir autrement. De même qu’abaisser la tierce d’un schéma de gamme majeure pour créer une gamme mineure jazz est sans faille également. De là à abaisser une sixte supplémentaire pour le mode mineur harmonique…rien de plus facile. '''La seule façon pour que tout autre instrumentiste acquiert une efficacité aussi rapidement que le guitariste est de rendre à chaque gamme sa propre autonomie par un calcul simple de : bémol 3 et/ou bémol 6 dans un rapport V7- I.''' Peu importe la tonalité, il y a dans un schéma de gamme à la guitare que la tierce et la sixte qui s’abaissent en alternance pour créer les quatre modes harmoniques. Si l’harmonisation change, le V7 lui demeure invariable. Inutile de vous rappeler que de contrôler 28 modalités (dorien, phrygien, lydien etc…) avec seulement deux notes est un avantage incroyable et qui plus est, quand il se transpose chromatiquement. Dans le prochain exemple, le réflexe guitaristique est repris intégralement dans l’écriture musicale afin de traduire tel qu’il apparait pour le guitariste à l’intérieur d’un schéma de gamme. N.B- Il faut conserver l’armure du mode majeur car le cycle de quinte est basé uniquement sur le tétracorde majeur. Vous possédez maintenant l’harmonie en cinq schémas majeurs et mineurs à la guitare. Les cinq schémas sont issus des positions accords de C, G, D, A, E que tous les guitaristes connaissent bien. Ces accords forment le cycle de quinte qui est à la base de l’harmonisation à la guitare. Le schéma no1 c’est aussi la transposition chromatique de l’harmonisation de C, le schéma no2 la transposition de G, le schéma no3 de D, le schéma no4 de A et le schéma no5 de E . Il est essentiel de travailler la transposition de chaque schéma aussi bien mélodiquement qu’harmoniquement car il permettra au guitariste de visualiser toutes les tonalités majeures et mineures sur toute l’étendue du manche. {{clr}} === Tableau harmonique et guide d'exploration mélodique === [[Fichier:Tableau et guide harmonique.pdf|thumb|Tableau et guide harmonique]] {{clr}} === Projet de création sur une valse jazz === [[Fichier:Projet de création sur une valse jazz plus exemple.pdf|thumb|Projet et exemple de création sur une valse jazz]] Le projet de création suivant vous propose d’explorer mélodiquement dans six tonalités différentes, situées pour cet exercice en VII^e et VIII^e position à la guitare. Les différents phrasés devraient se diviser en quatre mesures, ce qui est la norme la plus fréquente en musique. Au début vous aurez tendance à vous accrocher au côté visuel des gammes, mais il faut travailler jusqu’à ce que les transferts se fassent tout naturellement à partir de n’importe quelle note. ''N.B- Le point encerclé représente la fondamentale de la gamme et donc détermine sa position sur le manche.  '' '''[[File:Valse jazz labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Valse jazz labo (mélodie)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (mélodie)-en wav]]''' {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°1 === Il faut être en mesure de visualiser toutes les informations que nous suggère un schéma d’accord qu’il soit majeur, mineur ou dominante. Étudions d’abord le schéma no1 qui débute sur la position de do. Il faut apprendre à reconstruire tout de qui gravite autour de la fondamentale, la tierce(majeure ou mineure) et la quinte de l’accord et ceci chromatiquement sur le manche. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no1 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°1 sur do et mi]]''' | '''[[Fichier:Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord no1.pdf|thumb|Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord n°1]]''' |} </div> {{clr}} Voici trois exercices qui vous permettront de vous familiariser avec l’harmonisation du schéma d’accord no1. Ces exercices devront être transposés chromatiquement sur le manche. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°4 === Les cinq positions fondamentales à la guitare se réfèrent aux tonalités majeures du cycle de quintes soit : ''do, sol, ré, la, mi'' . Nous voyons alors que le schéma no4 s’intègre également entre le schéma no1 et no2 en abaissant celui-ci d’une octave. Ceci est valable pour le schéma no5 que l’on retrouve entre le no2 et no3. Si l’on demeure à l’intérieur des cases I à XII, l’ordre des schémas dans la tonalité de ''do'' sera : no1, no4, no2, no5, no3. Toutes les tonalités majeures et mineures empruntent les cinq positions harmoniques mais dans un ordre différent à chaque fois. Ce qui, pour le guitariste qui connait chaque gamme et harmonisation, ne posera pas de difficulté. Donc, il est normal de retrouver dans les schémas no1 et no4 des harmonisations identiques et qui aideront souvent à résoudre des harmonisations plus complexes. N’oubliez pas que l’important est de mémoriser tout ce qui autour de chaque schéma d’accord. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no4 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°4 sur do et mi]]''' |'''[[Fichier:Exercices sur schéma d'accord no4.pdf|thumb|Cinq exercices d'harmonisation sur le schéma d'accord n°4]]''' |} </div> {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°2 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib]]''' Le schéma d’accord no2, représenté par sol dans le cycle de quintes, est bien sûr une position incontournable à la guitare. Les cordes ouvertes rendent cet accord très résonnant sur les six cordes de la guitare. Malheureusement son application s’arrête souvent à la tonalité de ''sol'' majeur à cause de la difficulté de transposer chromatiquement ce schéma d’accord sur le manche. Le guitariste choisi plutôt de le remplacer par son schéma voisin immédiat, le schéma d’accord no5. Il y a par contre de belles sonorités à explorer et facilement transposables sur les accords de V⁷, V^7b9, V¹¹ ,V^{13/sans fond.} , V^{13b9/sans fond}. La version mineure en surprendra peut être quelques uns car elle est généralement sous-estimée. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°5 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no5 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord n°5]]''' Le schéma d’accord no5 représenté dans le cycle de quintes par l’accord de mi est certainement la position la plus utilisée à la guitare. Sous la forme majeure, mineure ou dominante (7), elle demeure la transposition la plus facile sur les six cordes de la guitare. Par contre, l’accord de mi avec cordes ouvertes ne se prête pas à l’harmonisation du schéma no5 puisque six notes manquent à la version intégrale. On peut cependant combler ce manque en empruntant au schéma no3 mais la transposition harmonique et mélodique n’est pas à conseiller. J’ai choisi l’harmonisation sur les accords de sol et de sib en schéma no5 car elle remplace souvent l’harmonisation des accords de sol et sib que nous venons de voir en schéma no2. Pour le guitariste classique, le traitement harmonique et mélodique du schéma no5 se retrouve surtout de fa à ré. Il faut porter une attention particulière à ce schéma car il contient beaucoup d’informations harmoniques et pour cette raison il demeure le plus sollicité. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°3 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no3 sur fa et la.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no°]]''' Le schéma d’accord no3, correspondant à ré dans le cycle de quintes, n’a que quatre cordes à l’état fondamental ce qui lui enlève beaucoup de possibilités harmoniques. Il emprunte quelques fois son harmonisation au schéma no5 et aussi au schéma no1. Pour le guitariste classique son application se situe surtout de mi à do. '''En résumé :''' Les cinq schémas harmoniques visualisent tout ce qui se transpose chromatiquement sur le manche. Il y aura toujours des exceptions sur les accords avec cordes ouvertes, qui offrent des harmonisations intéressantes, mais il faut les analyser individuellement quand la transposition chromatique est impossible. Quoi qu’il en soit, même s’il y a une grande quantité d’informations sur les cinq schémas, cela est nettement mieux que d’apprendre de façon aléatoire et sans repère le dictionnaire complet de tous les accords à la guitare. Il ne s’agit pas d’apprendre tout par cœur, mais uniquement de se familiariser avec tout ce qui gravite autour de la fondamentale, la tierce, la quinte, la septième, la neuvième. {{clr}} === Le premier degré sur les tonalités de : ''do, sol, ré, la, mi'' === '''[[Fichier:L'ordre des schémas selon les tonalités (deuxième version).pdf|thumb|L'ordre des schémas selon les tonalités de do, sol, ré, la et mi]]''' Afin de mieux se familiariser avec l’ordre des schémas, analysons d’abord l’accord du I{{e}} degré sur cinq positions pour ensuite appliquer ce principe à toutes autres tonalités. Si pour la tonalité de ''do'', l’ordre des schémas est : no1, no4, no2, no5 et no3, pour la tonalité de ''sol'' il sera de : no2, no5, no3, no1, no4 et ainsi de suite pour toutes les tonalités majeures et mineures. (Voir tableau) {{clr}} === Harmonisation des sept degrés d’une tonalité sur cinq schémas === '''[[Fichier:Harmonisation- do maj. do maj.b6 , do min.jazz et do min.harm.sur cinq schémas.pdf|thumb|Harmonisation des tonalités de do, do maj.b6, do min. jazz et do min. harm. sur cinq schémas]]''' Il s’agit maintenant de suivre une harmonisation sur les sept degrés d’une tonalité, laquelle est représentée verticalement, vers une progression sur cinq schémas représentée horizontalement. Ce tableau nous permet d’avoir une vision complète de l’harmonisation d’une tonalité sur le manche. La première analyse se fait d’abord sur les quatre modes qui gravitent autour de l’accord de G⁷ (V⁷), soit ''do'' majeur, ''do'' majeur ''b6'', ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique, en référence au tableau 2.1. N’oubliez pas qu’il faut se référer à la position des schémas pour les doigtés de main gauche. '''Rappel :''' Il est impensable pour moi d’emprunter l’armure de la tonalité de ''mib'' pour les modes de ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique car il ne peut y avoir d’accord de G⁷ (V⁷) avec un sib à l’armure. Le maître d’œuvre reste toujours le V⁷ . {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sol''. ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sol en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur le groupe harmonique de sol en 5 schémas et 4 modes]]''' Comme toujours, chaque groupe tonal comprend le mode majeur, le mode majeur b6, le mode mineur jazz et le mode mineur harmonique. On retrouve dans le groupe tonal de ''sol'', issu de la relation V⁷-I (D⁷-G), les mêmes formations d’accords que dans le groupe tonal de ''do'' mais dans un ordre différent. Dans ce cas-ci l’ordre des schémas sera : schéma no2, schéma no5, schéma no3, schéma no1 et schéma no4 tel que démontré dans la section 2.8. {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''ré'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''ré'' sera : schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 et schéma no5 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''la'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''la'' sera : schéma n°4, schéma n°2, schéma n°5, schéma n°3 et schéma n°1 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''mi'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''mi'' sera : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''fa'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''fa'' est le même que la tonalité de ''mi'' : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sib'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''sib'' est le même que la tonalité de ''la'' : schéma no4, schéma no2, schéma no5, schéma no3 et schéma no1 {{clr}} ==== Conclusion ==== [[Fichier:Conclusion exemple.pdf|thumb|Traitements harmoniques sur des dominantes secondaires]] Le guitariste expérimenté aura compris que la formule est répétitive et qu’il n’y a que l’ordre des schémas qui varie d’une tonalité à l’autre. L’exercice permet aussi de constater que la formule ''b3'' et ''b6'' est très simple, mais surtout très efficace visuellement et digitalement. Il faut se rappeler qu’en musique tonale, la relation V⁷-I est permise sur tous les accords majeurs et mineurs et sert de tremplin à toutes modulations même chromatiques. Vous aurez pris note que la formule II^m7- V⁷ et II^m7b5 - V^7(b9) s’applique autant en majeur qu’en mineur et que l’accord de VII^dim7 peut aussi être associé au mode majeur. Le IV{{e}} degré accède tant au majeur qu’au mineur mais surtout au majeur avec septième mineur (IV⁷). Cet accord est le seul à avoir une 11{{e}} aug, souvent appelé ''7b5'' dans la musique populaire et jazz (voir chapitre 1.11). Ne faîtes surtout pas l’erreur d’associer le V⁷ de II min. au mode dorien, le V⁷ de III min. au mode phrygien, le V⁷ de IV au mode lydien, le V⁷ de V au mode myxolydien et le V⁷ de VI m au mode éolien car le V⁷ appartient toujours au I{{e}} degré majeur, majeur ''b6'', mineur jazz ou mineur harmonique qui, par la suite ou immédiatement pourra devenir, selon le désir du compositeur, II min., III min., IV, V⁷, VI min. de tout autre tonalité ou de la tonalité première. {{clr}} == L'exploration mélodique == [[Fichier:Exploration mélodique en mib majeur et mineur.pdf|thumb|Exploration mélodique en mib majeur et mineur]] Je vous propose d’abord une exploration mélodique sur les tonalités de ''mi'' ''b majeur'', ''mi'' ''b majeur b6'', ''mi'' ''b mineur jazz'' et ''mi'' ''b mineur harmonique'' que l’on peut travailler seul ou avec des élèves. Cette exploration mélodique peut se faire sur tous les schémas de gammes mais pour la tonalité de ''mib'' le schéma de gamme no4 convient parfaitement. Après une introduction de quatre mesures, je vous propose un premier thème de huit mesures, suivi de huit mesures d’accompagnement qui vous permettrons d’explorer vos propres idées. Puis deux autres enchaînements de huit mesures séparées également par huit mesures d’exploration. La tonalité importe peu car, puisque la recherche se fait sur la guitare, ce sont les réflexes de gammes qui primeront. D’ailleurs, les quatre gammes du schéma no4 peuvent très bien se faire de ''do'' à ''mi''. J’ai mis en caractère gras le matériau harmonique de la présente exploration mélodique, sans compter l’introduction. Ce n’est qu’une petite quantité des possibilités harmoniques que nous offrent ces quatre modes. Puisque le V⁷ est le même pour les quatre modes et que mélodiquement ces modes ne se différencient que par deux notes (la tierce et la sixte), l’exploration mélodique devient un apprentissage très simple sans pour autant rien enlever à l’esprit créateur. N’ayez crainte de créer vos propres enchaînements harmoniques afin d’explorer d’autres possibilités. {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et majeur b6. === [[Fichier:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6.pdf|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6]] Toujours dans la tonalité de ''mib'', la prochaine exploration mélodique suppose le mode majeur en priorité puis majeur b6 comme mode complémentaire. Ce dernier est indiqué dans les mesures où cela est préférable. C’est un exercice stimulant et une excellente façon de vous familiariser en très peu de temps avec le schéma de gamme no4 dans ses deux formes majeures. '''[[File:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav.wav|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et mineur jazz === [[Fichier:En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz.pdf|thumb|En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz]] Vous devez cette fois compléter le thème de quatre mesures en louvoyant sur le mode majeur et mineur jazz. L’effet est simple mais très efficace car le thème comporte deux modes. Pour la suite, votre attention doit se porter sur la tierce majeure et mineure qui différencient les deux modes. . Le ré''b'' n’est qu’une note de passage qui n’affecte en rien la tonalité. '''[[File:En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode mineur harmonique === [[Fichier:En boucle sur Mib min.harmonique.pdf|thumb|En boucle sur Mib min.harmonique]] Nous terminons l’exploration des quatre modes reliés à la dominante Bb⁷ avec la tonalité de ''mib'' mineur harmonique. Toujours sur le schéma no4, afin de bien percevoir cette fois-ci la tierce et la sixte abaissées, cet exercice à de quoi plaire à tous pour son rythme, mais aussi parce que c’est le mode mineur le plus employé depuis des siècles. Il y aurait des centaines d’exercices à faire sur les quatre modes dérivés de la relation V⁷-I en ''mib'' ou autre, mais le plus intéressant est de suivre dorénavant ces quatre relations à travers différentes modulations. '''[[File:En boucle sur Mib min. harmonique-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib min. harmonique-en wav]]''' {{clr}} === Exercice en deux temps === [[Fichier:Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7.pdf|thumb|Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7]] Les compositeurs aiment généralement explorer d’autres avenues afin de stimuler leur inspiration et c’est bien naturel. Il suffit d’une mesure ou deux pour que la magie s’opère et que l’expérience prenne la relève. Que de perles j’ai entendu de la part de mes élèves qui se sont inutilement perdues fautes d’avoir retenu l’évènement. Il ne faut pas hésiter à répéter les tentatives de développement et mettre sur papier ou d’enregistrer vos idées afin de pouvoir y revenir plus tard. Bien sûr il faut avoir le réflexe digital et pour ce faire vous avez cinq schémas de gammes qui par une simple variante de tierce et de sixte vous permet de voyager à travers 28 modalités. Ce que je vous propose dans ces petites capsules en boucle est surtout une réflexion auditive sur diverses relations tonales tantôt évidentes, tantôt surprenantes. Je suggère de vous familiariser dans un '''premier temps''' avec la relation IIm⁷ – V⁷ et IIm^7b5 – V⁷ sur trois exercices en boucle. Puis, dans un '''deuxième temps''' suivra le traitement mélodique de l’accord maj^9#11, afin de compléter notre pièce musicale. '''Partie B, Premier temps :''' Il faut explorer trois choix pour la partie B dont les modes alternent entre le ''ré'' mineur jazz, le ''ré'' mineur harmonique, le ''do'' majeur et le ''d''o majeur ''b6''. Votre choix se fera sur une seule option de huit mesures qu’il faudra ajouter à la partie A. Naturellement, il ne faut pas prendre ma version mais en créer une nouvelle qui vous est propre. '''[[File:B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav.wav|thumb|B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' {{clr}} '''Partie A : Deuxième temps''' [[Fichier:Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3.pdf|thumb|Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3]] Je conseille de travailler la partie A en boucle puis d'ajouter l'harmonisation de votre choix pour la partie B. Ce n'est qu'une simple gamme de ''lab'' majeur placée sur l'accord de Dbmaj^9#11 mais il faut apprivoiser sa consonance. '''Accompagnement : [[File:B6-Exercice en deux temps Partie A en wav.wav|thumb|B6-Exercice en deux temps Partie A en wav]] ''' '''[[File:B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav.wav|thumb|B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav]]''' '''[[File:B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav.wav|thumb|B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav]]''' '''[[File:B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav.wav|thumb|B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav]]''' {{clr}} == Deux tableaux de références harmoniques == [[Fichier:Le matériau harmonique autour de l'accord de G7.pdf|thumb|Le matériau harmonique autour de l'accord de G7]] Je vous propose deux nouveaux tableaux pour vous imprégner des principaux matériaux harmoniques gravitant autour de l’accord de dominante. Nous voyons ici un accord de G⁷, responsable de l’harmonisation de quatre modes, lesquels se divisent en sept degrés harmoniques. Il ne s’agit plus de dire je suis en majeur ou en mineur, mais bien de connaître tout ce que me propose l’accord de dominante comme harmonisation. '''Dans le premier tableau''' il est question des différentes harmonisations que l’on rencontre le plus souvent sur chaque degré. Comme exemple, je constate que le I{{e}} degré des quatre modes a toujours une septième majeur, si septième il y a, et que l’accord du III{{e}} degré ne peut avoir de 9 min. Il faut donc se familiariser avec tous les états harmoniques que l’accord de dominante nous propose et qui, pour le mélodiste, deviendra un simple jeu de tierce et de sixte. ''N.B. Une erreur s'est glissée sur l'accord de G7 en mineur jazz, il n'y a pas de b9 sur cet accord.'' {{clr}} '''Le deuxième tableau''' suppose des emprunts harmoniques sur chaque accord majeur ou mineur. [[File:Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs.pdf|thumb|Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs]] Tous les accords majeurs et mineurs de ce tableau peuvent emprunter un V{{e}} degré (souvent précédé d’un II{{e}} degré) si la quinte de l’accord n’est pas altérée. Dans ce tableau les accords de Bm^7b5, Dm^7b5, Ab ^aug, Bdim⁷, Eb aug, Am^7b5 ne peuvent être précédés d’un V⁷ et encore moins d’un IIm⁷ ou IIm^7b5. À partir de là, la règle est simple. Un accord majeur peut emprunter en majeur et majeur b6 et un accord mineur peut emprunter en mineur jazz et mineur harmonique. N’oubliez pas que l’accord de dominante (V⁷) et sous-dominante (IV⁷) sont des accords majeurs. Bien sûr, tout ce beau monde se mêle à volonté. {{clr}} == En passant par le IVe degré == [[File:En passant par le IVe.pdf|thumb|En passant par le IVe]] '''[[File:En passant par le IVe degré, en wav.wav|thumb|En passant par le IVe degré, en wav]]''' J’ai emprunté ici quelques formules harmoniques employées couramment par les compositeurs de standards américains ayant le IVe degré du mode majeur comme point commun. Cet exemple a pour but de vous familiariser avec le jeu mélodique que permet le mode majeur associé au mineur jazz et au majeur b6 le tout agrémenté d’une petite modulation chromatique de type «copié/collé» et retour à la tonalité de do majeur. {{clr}} == En passant par le Ve degré == [[File:En passant par le Ve degré (partition et gammes).pdf|thumb|En passant par le Ve degré (partition et gammes)]] '''[[File:En passant par le Ve degré.wav|thumb|En passant par le Ve degré, en wav]]''' Le V{{e}} degré est un accord majeur et peut donc emprunter dans sa tonalité majeure et majeure b6. L’exercice no1 est très commun et s’emploi régulièrement dans les mélodies tandis que l’exercice no2, suggère le mode majeur b6. Bien que très consonnant, il est moins fréquenté, c’est pourquoi je vous propose d’y porter une attention particulière. L’accord de F#^dim7 correspond au VII{{e}} degré du mode majeur b6 et peut être remplacé par l’accord de D^7b9 , quant à l’accord de A^dim7 il s’agit simplement du renversement de l’accord de F#^dim7 . L’accord de Am⁶ peut facilement être associé à la tonalité de ''la'' mineure jazz en ajoutant la sensible sol# à la gamme. Mélodiquement, c’est une belle alternative à explorer. {{clr}}{{clr}} == En passant par le VI{{e}} degré mineur == [[Fichier:En passant par le VIe (partition).pdf|thumb|Exploration mélodique sur le VIe degré mineur]] '''[[File:En passant par le VIe (guide no1) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no1) en wav]]''' '''[[File:En passant par le VIe (guide no2) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no2) en wav]]''' Le VI{{e}} degré est également appelé le mineur relatif, mineur naturel ou mineur éolien. Le traitement du VI{{e}} degré mineur est aussi élémentaire que pour le II{{e}} degré mineur ou III{{e}} degré mineur car comme tout autre accord mineur il peut être mineur harmonique ou mineur jazz si celui-ci est précédé de son V⁷. Ce dernier souvent précédé du II^m7b5 ou du II^m7 selon que l’emprunt se fait sur le mineur harmonique ou mélodique. Vous constaterez en explorant mélodiquement le premier exercice que la transition entre ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur harmonique'' est très évidente. Le deuxième exercice entre le ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur jazz'' est moins courant, mais son emploi a créé de véritables succès commerciaux. {{clr}} == Exploration mélodique sur quatre modes == [[Fichier:Exploration sur 4 niveaux.pdf|thumb|Exploration sur 4 niveaux]] La prochaine exploration nécessite un premier thème à deux tonalités puisque les accords de Am et F^9(#11), bien que très conjoints, ne sont pas du même mode. La tonalité principale est bien sûr de ''la'' mineur harmonique et/ou jazz, mais comme l’accord de F⁹ suggère une 11{{e}} augmentée et oblige un mib comme 7{{e}} mineure, il faut considérer cet accord comme un IV{{e}} degré de ''do'' mineur jazz. Certains y verront un prétexte à une gamme blues, mais je préfère grandement explorer sur deux possibilités plutôt qu’une seule, et ainsi avoir une création moins prévisible. À ces deux accords, j’ai ajouté une descente en ''fa'' majeur, ''mib'' majeur puis retour au thème. Vous trouverez en page 3 du pdf les schémas de gammes suggérés. '''[[File:Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration mélodique sur les accords de Tenderly == [[Fichier:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly.pdf|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly]] La chanson Tenderly, que je ne peux malheureusement pas reproduire pour respecter les droits d’auteurs, emprunte son harmonie sur six modes, lesquelles sont l’essence même de cette superbe mélodie. On peut cependant explorer ou créer des centaines de mélodies sur une harmonisation existante sans problème ou encore, comme je vous le propose, s’en inspirer pour votre culture personnelle. Ici, l’exploration mélodique glisse admirablement sur l’harmonie même si les emprunts harmoniques sont fréquents. C’est un exercice valorisant qui devient rapidement enivrant. L’accord de Db^9#11 demande cependant une attention particulière en tant que IV{{e}} degré du mode de ''lab mineur jazz'' car quelque peu imprévisible. Si l’on veut garder l’ambiance modale de la pièce sur les accords de Fm^7b5 et de Bb¹³, je suggère une exploration sur ''mib maj.b6'' en alternance avec ''mib maj.'' car la mélodie originale se situe sur la sixième abaissée et la tierce majeure de la tonalité de ''mib''. N’oubliez pas que le terme I{{e}}, II{{e}}, III{{e}} position correspond toujours au premier doigt (index) sur le manche. Les schémas de gammes proposés sont soit en III{{e}} position ou IX{{e}} position pour les huit premières mesures et en V{{e}} et VI{{e}} position pour les mesures 9 à 16. Généralement, la mélodie est plus fluide sur les notes aigues que sur les notes graves. '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Quand le mode majeur devient jazz... == === Premier volet === [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-partition et gammes]] J’ai choisi cette fois une exploration simple autour de trois tonalités majeures mais combien efficaces. Je n’invente rien ici car ce sont des tendances harmoniques très fréquentées par les mélodistes jazz. Il y a tout de même deux nouveautés dans cet exercice. D’abord l’emploi de la gamme de ''ré majb6'' sur l’accord de Bb^dim , compte tenu que cet accord est aussi le renversement de l’accord de C#^dim (VII{{e}} degré en majeur b6) et la gamme de ''do majeur'', qui sans prévenir remplace la tonalité de ''ré majeur''. Comme quoi une simple gamme de ''do majeur'' peut sonner plus jazz que tout autre gamme blues. Il est fréquent d’employer l’accord de V^7b9 en majeur mais il ne faut pas oublier que c’est un emprunt au mode ''majeur b6''. L’oreille tolère facilement la sixte majeure en autant qu’elle n’est pas une valeur longue. Il faut noter que l’accord de Gm⁶ pourrait tout aussi bien être traité comme un IVmin⁶ en ''rémaj.b6'' sans problème. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} ==== Deuxième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz, volet no2.pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (partition et gammes)]] Nous retrouvons dans ce deuxième volet trois emprunts aux modes majeurs et un au mode mineur jazz. Dans la tonalité de ''la'' ''majeur'', l’accord de Fmaj⁷ apparait comme un accord étranger et nous pouvons le traiter comme un IV{{e}} degré de la tonalité de ''do'' ''majeur'' comme le veut la tendance ou comme I{{e}} degré en ''fa'' ''majeur''. L’accord de Bb^9#11 doit, quant à lui, être considéré comme un IV{{e}} degré en ''fa'' ''min. jazz''. Puis, comme dans l’exemple précédent, le I{{e}} degré se transforme en IIm⁷–V⁷ en ''sol'' ''majeur''. Ce transfert de tonalité peut se faire sur de courtes périodes et permet au compositeur de sortir d’un cadre trop prévisible. D’ailleurs, je prévois que vous aurez un peu de mal à insérer la tonalité de ''fa'' ''min.jazz'' à la mesure 4 si la tonalité de ''do'' ''majeu''r est affirmée sur l’accord de Fmaj⁷ de la mesure précédente. L’effet est incontestable quand il est bien inséré. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Troisième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no3 (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3]] Je fais maintenant un retour sur le chapitre 1.1, lequel est l’exemple parfait de la mémoire tonale dans notre tradition musicale. Nous sommes tellement conditionnés au mode majeur que même les accords de passage bIII⁷ et bII⁷ ne nécessitent plus aucun changement de gamme, si on le désire. Bien au contraire, la mémoire tonale apprécie de rester dans la tonalité majeure. Sur un rythme plus rapide que le précédent « scénario harmonique à la Jobim », je vous propose encore cet exercice comme troisième volet sur le mode majeur. J’ai opté pour la tonalité de ''la majeur'' au lieu de ''sib majeur'' afin de donner la chance aux guitaristes classiques qui n’ont pas de ''cutaway'' d’employer le schéma no1 qui se situe en IXe position. Je suggère que le guitariste explore toutes les avenues mélodiques en IV{{e}} position, VI{{e}} et VII{{e}} position et en IX{{e}} position pour ensuite se déplacer à volonté sur tout le manche. '''Remarque :''' ''Pour une analyse plus adéquate, on emploie de plus en plus l’appellation 7#11 pour l’accord 7b5.'' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav]]''' ''P.S.- Si vous préférez un accompagnement plus lent voir le chapitre 1.1'' {{clr}} ==== Quatrième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes)]] Puisque le volet no4 est construit sur une seule tonalité majeure, l’exploration mélodique sera en principe beaucoup plus simple, par contre, si l’on veut soutenir l’intérêt, il faut se renouveler davantage ce qui n’est pas sans maintes expérimentations. Vous trouverez sur la page 2, les quatre schémas de gammes majeures qu’il faut apposer bien sûr sur la note ''ré'' (le point encerclé). '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Cinquième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes)]] Pour ce cinquième volet, je vous propose de surfer sur quatre tonalités majeures, ce qui n’est pas plus exigeant qu’un seul si les schémas de gammes sont bien maîtrisés. Les deux premières tonalités de ''ré majeur'' et ''do majeur'' passent très rapidement mais procurent aussi un léger déséquilibre tonal qui ne manque pas d’intérêt, suivra immédiatement la tonalité de ''sol majeur'' puis une transition de huit mesures en ''mib majeur''. Remarquez qu’il est possible de considérer les deux premiers accords dans la tonalité de ''sol majeur'' en tant que VIm⁷ et IIIm⁷, mais ici je leur prête le rôle de IIm⁷ et VIm⁷ en ''ré majeur''. Comme toujours, tous ces exercices ont pour but de se familiariser avec les principaux scénarios harmoniques qui constituent nos plus beaux standards mélodiques. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Sixième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz- volet no 6 (partition et gammes)]] Le volet no6 comporte cinq tonalités majeures et une mineure harmonique sur un rythme de boléro cubain lequel vous permettra de bien saisir chaque tonalité. Je vous propose les schémas de gammes en VII{{e}} et VIII{{e}} position de façon à pouvoir sentir les yeux fermés les changements de tonalités. Si vous connaissez bien les schémas de gammes il devrait être assez facile de surfer sur les six tonalités en essayant de réinventer le mouvement mélodique d’une fois à l’autre. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav]]''' ===== Volet 6.1 ===== Il faut absolument terminer ce chapitre avec un rythme de valse jazz posé sur le présent scénario harmonique. Donc, imaginez une armure de 3/4 au lieu de 4/4 pour la partition avec une exploration mélodique sur les mêmes schémas de gammes que vous connaissez maintenant parfaitement. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} == Exploration sur The Shadow Of Your Smile (J. Mandel) == [[Fichier:Shadow exploration.pdf|thumb|Exploration et exercices sur l'harmonisation de la pièce The Shadow of Your Smile]] Pour le présent laboratoire, j’ai choisi d’emprunter l’harmonisation de la pièce The Shadow Of Your Smile composée par Johnny Mandel. Comme dans la plupart des pièces du répertoire standard le compositeur ne se limite plus à une tonalité majeure et sa relative mineure. Ici le mode mineur sera tantôt harmonique, tantôt jazz et les emprunts harmoniques se feront sur plusieurs degrés. Certaines gammes, comme dans les mesures 17 et 18 et 30, sont un choix personnel car elles pourraient tout aussi bien faire appel à une gamme mineure harmonique (si min. harm.) et majeure (sib maj.). Dans ces cas-là, c’est en explorant que le choix s’impose de lui-même. Je vous propose trois exercices en boucles pour vous familiariser avec les schémas de gammes majeures et mineures que j’ai installés en VIIe position surtout. '''[[File:Shadow en boucle no1-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no1-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no2-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no2-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no3-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no3-en wave]]''' '''[[File:Shadow exploration (avec guitare)-en wav.wav|thumb|Shadow exploration (avec guitare)-en wav]]''' '''[[File:Shadow exploration (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Shadow exploration (accompagnement)-en wave]]''' Il s’agit toujours d’explorations qui ont pour but de côtoyer (flirter avec) le monde de la création. Le but n’est pas non plus de faire un arrangement ni une improvisation inspirée de la pièce mais plutôt de créer de nouveaux horizons mélodiques sur un schéma harmonique. C’est pour cette raison que certains accords de passage ont été enlevés car trop dépendants de la mélodie. Pour les schémas de gammes no5 min. jazz et maj.b6 je vous conseille d’employer, du moins au début, les quatre premières cordes. {{clr}} == Analyse harmonique de Corcovado (Antonio Carlos Jobim) == [[Fichier:Corcovado (partition).pdf|thumb|Corcovado : Analyse harmonique pour fin d'exploration mélodique]] À mes débuts, dans les années soixante, alors que nous étions submergés par la musique rock anglaise, une autre musique envahissait le monde du jazz et même populaire et c’est la musique brésilienne avec A.C. Jobim, Stan Getz, J. Gilberto, L. Bonfa et bien d’autres encore. La plupart des thèmes étaient simples, mais sur une harmonisation très riche et une rythmique irrésistible. Tous les musiciens de jazz ont alors adopté cette musique que l’on entend encore aujourd’hui. Il m’arrivait à cette époque de vouloir jouer cette musique mais sans vraiment en comprendre toutes les subtilités harmoniques et bien sûr je ne pouvais les explorer que maladroitement. Comme professeur, j’ai mis de côté ceux qui croient que la musique est une inspiration divine pour au contraire donner ici un coup de main aux muses et à leurs élèves. J’ai choisi comme exemple la pièce Corcovado d’Antonio Carlos Jobim. Cette pièce ne dévoile pas immédiatement ses emprunts harmoniques, ce qui rend le musicien quelque peu instable sur les quatre premières mesures. On découvre en parcourant la pièce que la tonalité de ''do majeur'' est toujours présente dans l’esprit de Jobim et que toute l’harmonisation gravite toujours autour de celle-ci. Je vous conseille aussi de revoir le chapitre 4 sur les références harmoniques. Attention, car les accords de B^dim, D^dim, F^dim et Ab^dim sont ici considérés comme VII^e degré en ''do majb6'' et peuvent être remplacés facilement par les accords de G^7b9 ou G^13b9. Cependant l‘accord de Ab^dim offre un meilleur transfert vers l’accord de Gm⁷. Procédé aussi employé par Jobim dans sa pièce Wave. ''P.S.- Le Corcovado est le mont où surplombe le Christ Rédempteur à Rio. Voir la référence sur Wikipédia : http://fr.wikipedia.org/wiki/Christ_Rédempteur'' '''[[File:Corcovado (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Corcovado (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Corcovado (exploration)-en wave.wav|thumb|Corcovado (exploration)-en wave]]''' {{clr}} == Jobim encore == '''Séquence no1''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no1) partition.pdf|thumb|Séquence harmonique sur Desafinado]] Il faudra plusieurs explorations pour bien anticiper le traitement mélodique de la prochaine séquence harmonique. L’accord de G^7#11 est analysé comme un IV^e degré de la tonalité de ''ré min. jazz'' puis l’accord de Gb^maj7 comme IV^e degré de la tonalité de ''réb maj. '''[[File:Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no2''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no2).pdf|thumb|Jobim séquence no2]] Dans la séquence no2 le compositeur courtise huit tonalités en vingt-quatre mesures seulement. On peut souvent s’en tirer honnêtement sans tenir compte de tous ces emprunts harmoniques car beaucoup de notes sont communes à chaque tonalité mais il en résulte souvent des phrases courtes sans aucun lien entre elles. Une séquence mélodique doit être idéalement de quatre ou mieux encore de huit mesures. L’exercice ultime est d’anticiper au mieux l’harmonisation de la pièce de fois en fois et de jours en jours. D’avoir aussi les yeux sur la partition vous aideront énormément à structurer vos séquences mélodiques même improvisées. ''Conseil encore : Les schémas de gammes suggérés sont généralement sur les six cordes de la guitare, mais il est plus facile d’explorer mélodiquement sur les quatre premières cordes.'' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no3''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no3) partition.pdf|thumb|Jobim encore séquence no3]] Très peu de changements pour la troisième séquence sinon un accord surprenant de Ab^dim7 que l’on peut analyser comme un VII^e degré en ''do majb6'' puis la tonalité de ''lab maj.'' sur les accords de Bbm⁷ et Eb⁷ . '''[[File:Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave]]''' {{clr}} '''Conclusion''' [[Fichier:Jobim encore (Desafinado) partition.pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Desafinado]] En conclusion, je vous propose l’harmonisation intégrale de la pièce Desafinado avec huit mesures d’introduction en ''fa majeur''. J’ai ajouté la gamme de ''do maj.b6'' (au lieu de ''do maj''.) sur l’accord de G^7b9 à la fin de la séquence no1 puisque la mélodie originale insiste sur la note ''la'' bémol. La vitesse est légèrement plus rapide pour cette version finale (140). Ces trois exercices vous permettront, si constance il y a bien-sûr, de flirter avec une des plus belles compositions d’Antonio Carlos Jobim. '''[[File:Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav]]''' {{clr}} == Summertime == [[Fichier:Summertime (partition).pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Summertime]] La prochaine exploration risque de plaire à beaucoup de gens car la pièce Summertime de George Gershwin est certainement l’une des plus belles chansons du répertoire jazz. Harmoniquement, l’emploi du mineur jazz ne laisse aucun doute sur les accords de F#m⁶ et G#m⁶, ce dernier en remplacement de l’accord de C#⁷ ou encore de C#⁹/G#. Puis, sur les quatre accords de Bm j’analyse en dorien, c’est-à-dire en la majeur¹ et en fa# mineur harmonique pour C#⁷ et G#m^7b5/D. Je fais la même analyse sur les quatre dernières mesures. Certains seront tentés par la gamme pentatonique ou mineure blues, c’est bien aussi, mais personnellement je me sens prisonnier avec ces deux modes, ce qui ne m’empêche pas un emprunt surprise quelquefois. C’est aussi le temps d’explorer un peu de chromatisme lorsqu’une structure harmonique est aussi forte. Comme toujours je n’écris pas la mélodie, question de droit d’auteur, mais vous trouverez facilement plusieurs versions sur internet. '''[[File:Summertime (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Summertime (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Summertime (exploration)-en wav.wav|thumb|Summertime (exploration)-en wav]]''' ''1- Cette analyse convient mieux car normalement l’accord du IV degré en mineur jazz est un accord IV7 (B7 ou B9).'' {{clr}} == Gipsy de novembre == [[Fichier:Samba de novembre (partition et gammes).pdf|thumb|Samba de novembre (analyse et gammes)]] Un exercice, plus rapide cette fois, sur une harmonisation assez conventionnelle. D’abord on transforme le I^{^e} degré (Gmaj⁷) en IIm⁷ (Gm⁷) pour visiter la tonalité de ''fa majeur'' sur quatre mesures puis retour à la tonalité de ''sol majeu''r en passant par la tonalité de ''la min. harm.'' Pour la partie B, c’est le IV^e degré qui devient IIm⁷ (Cm⁷) en ''Sib majeur'' sur huit mesures, retour en ''sol majeur'' suivi d’une une visite surprise en ''mi majeur'' et retour en ''sol majeur.'' Tous ces enchaînements harmoniques de type IIm⁷-V⁷ ou IIm^7b5-V^7(b9) permettent aux compositeurs d’explorer des modalités nouvelles en un quart de tour sur des thèmes très simples quelquefois. À vous d’en faire maintenant l’expérience. '''Remarque :''' Les schémas de gammes suggérés pour cet exercice sont conjointement en VI^e, VII^e ou VIII^e position, mais c’est sans obligation bien sûr. '''[[File:Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav]]''' {{clr}} == Like a Masquerade == [[Fichier:Like a Masquerade (partition et gammes).pdf|thumb|Harmonisation et analyse en ''si min.'']] Je propose pour cette harmonisation très ''light jazz'', une exploration en alternant les gammes de ''si min. jazz, si min. harm., si dorien (la maj.)'' et même ''si min. blues.'' Pour la partie '''B''', une transition dans les tonalités de ''sol maj.'' et de ''fa# maj.'' puis retour à ''si min.'' Les VI^e et VII^e positions sont idéales pour cet exercice de création. '''[[File:Like a Masquerade (accompagnement).flac|thumb|Like a Masquerade (accompagnement)]]''' '''[[File:Wave-Like a Masquerade (exploration).wav|thumb|Wave-Like a Masquerade (exploration)]]''' {{clr}} == Gipsy Minor == [[Fichier:Gipsy Minor.pdf|thumb|Exploration en la min. harm.]] Voici un exercice de réchauffement qui remplacera avantageusement les exercices de gammes traditionnelles. Nous avons trois accords extraits de la tonalité de ''la mineur harmonique'', ce qui suppose d’altérer le sol en sol#, mais qui permet également l’emploi du sol bécarre sur les accords de Am et Dm. Le tout, mêlé d’un peu de chromatisme, vous permettra des variantes intéressantes. Afin de donner l’illusion de jouer avec plusieurs musiciens, j’ai inclus dans l’accompagnement une partie violon solo, ce qui vous permettra de préparer la réplique. '''[[File:Gipsy Minor (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy Minor (exploration)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Le rockabilly en labo == [[Fichier:Rockabilly (partition).pdf|thumb|Rockabilly analyse]] Il n’est pas très courant de jouer dans un style rockabilly à la guitare classique, mais si l’aventure vous amuse je vous suggère un exercice intéressant. Il faut savoir que la structure harmonique est souvent la même que la structure blues c’est-à-dire construite sur des accords de dominante auxquels on attribue le rôle de premier degré (I⁷), quatrième degré (IV⁷) et cinquième degré (V⁷). Certains musiciens joueront la gamme blues sur les trois accords mais cette option devient rapidement prévisible et surexploitée. Je vous propose d’explorer d’abord la gamme myxolydienne de chaque accord qui donnera dans la tonalité de la majeur : ''la myxolydien (ré majeur), ré myxolydien (sol majeur) et mi myxolydien (la majeur)''. A⁷ = I⁷ = ''ré maj.'' D⁷ = IV ⁷ = ''sol maj.'' E⁷ = V⁷ = ''la maj.'' Dans un premier temps, il faut se familiariser avec les trois gammes myxolydiennes puis, là où ça devient intéressant c’est d’y ajouter quelques notes de passage ou tension mélodique. Puisque chaque accord de dominante accepte la gamme chromatique, les possibilités sont nombreuses en autant que l’on conserve un équilibre tonal. J’ai construit l’exploration en trois volets. Le premier sans notes de passage, le deuxième avec notes de passage et le troisième avec notes de passage mais en VIIe position. Comme je dis souvent il ne faut pas reproduire l’exploration que je propose, mais d’en composer une ou plusieurs autres. Amusez-vous surtout! '''[[File:Rockabilly labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rockabilly labo (exploration)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == On Broadway Labo == [[Fichier:On Broadway Labo (partition).pdf|thumb|On Broadway Labo (analyse harmonique)]] Pour faire suite au style ''rockabilly'', rien de mieux que d’explorer la pièce ''On Broadway'' en se servant des mêmes schémas de gammes. Cette pièce est divisée en plusieurs groupes de deux accords ayant chaque fois les fonctions de Ve et IVe degré du mode majeur. Si la pièce précédente avait un mode par accord, cette fois nous avons plutôt deux accords par tonalité. On peut accepter la définition de mode mixolydien sur le V^e degré mais le IV^e degré fausse certainement cette appellation unique. C’est pourquoi j’indique sur la partition la tonalité source des deux accords. La formule est de huit mesures en ''ré majeur'', sept et demi en ''sol majeur'' plus une demi-mesure en ''la majeur'' et quatre mesures en ''ré majeur''. Je dois préciser que je n’ai pas employé la tonalité de ''la majeur'' dans mon exploration mélodique la jugeant superflue. Si vous êtes familier avec les schémas de gammes, il vous sera très facile de moduler un demi-ton à la fois. '''[[File:On Broadway Labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:On Broadway Labo (exploration)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === Fichiers manquants au chapitre 2 === '''L’harmonisation des cinq schémas d’accords''' '''[[Fichier:Harmonisation des cinq schémas d'accords.pdf|thumb|Harmonisation des cinq schémas d'accords à la guitare]]''' La connaissance de l’harmonisation des cinq schémas d’accords majeurs et mineurs est fondamentale pour tout guitariste professionnel. À chacune des cinq positions se greffe toutes les altérations, indépendamment du rôle harmonique de l’accord. L’avantage de cette visualisation harmonique est de pouvoir multiplier par douze les possibilités harmoniques de chaque schéma. Il n’est pas nécessaire de tout apprendre par cœur mais plutôt de comprendre le principe des altérations qui gravitent autour de chaque schéma d’accord. Il est très important de constater dans les prochains tableaux que les altérations sont les mêmes pour l’accord majeur, l’accord de dominante et mineur. Il y a seulement la tierce de l’accord mineur qui bouge. Le chiffre 7 sous-entend une septième mineure et le #5 peut être une sixte mineure pour certains modes ou un b13 si la 7e de dominante est présente. '''Harmonisation des schémas 1 à 5 :''' '''https://www.dropbox.com/sh/qd4m0w6f462vso8/AACqQqiTdTeZzuMeiSU0CBi8a?dl=0''' {{clr}} == Schéma harmonique sur Hotel C == [[Fichier:Schéma harmonique sur Hotel C.pdf|thumb|Schéma harmonique et gammes sur Hotel C]] On pourrait explorer pendant des heures et des heures sur cet enchainement d’accords qui est devenu la signature musicale du style californien des années 1970. Ce genre musical s’adapte bien à la guitare classique si on évite bien-sûr le piège de la copie intégrale. Peut-être que l’élève qui ne connait aucunement la pièce originale sera avantagé, c’est pourquoi pour ma part, je ne ferais pas entendre ce grand succès des Eagles, au début du moins. Je serais même curieux de comparer les versions des élèves qui ne connaissent pas ce succès et ceux qui ont subi l’amertume des ainés. J’ai choisi les accords avec renversements pour créer un mouvement chromatique, mais ce n’est pas obligatoire surtout si vous avez un bassiste. '''[[File:Hotel C (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Hotel C (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Hotel C (exploration)-en wav.wav|thumb|Hotel C (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Grilles (schémas) de gammes == [[Fichier:Grilles de gammes.pdf|thumb|Grilles de gammes]] Veuillez conserver les deux pages de grilles de gammes qui se divisent en cinq positions (schémas no1 à 5) dans les quatre modes (majeur, mineur harmonique, mineur jazz et majeur b6). Chaque groupe (schéma no1, no2, no3, no4, no5) ne se distingue que par la tierce (majeure ou mineure) et la sixte (majeure ou mineure) et renferme chacun tout le matériau harmonique qui lui est propre (voir chapitre 2). Chaque groupe dissimule 28 modalités différentes, d’ou l’importance de les assimiler parfaitement, sans oublier que tout ce bagage harmonique et mélodique se transpose chromatiquement. '''''Mes suggestions de gammes sont toujours en fonction de ces schémas.''''' ''P.S.-Mineur mélodique = mineur jazz et majeur harmonique = majeur b6'' {{clr}} == Acoustic Jazz Quartet no1 == [[Fichier:Acoustic Jazz Quartet no1.pdf|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 partition]] Voici un exercice qui s’inspire de nombreux standards jazz. On a ici une formule harmonique typique au standard jazz. La formule V⁷ ou IIm⁷-V⁷ s’applique aux différents degrés de la tonalité ce qui permet des emprunts mélodiques très variés. La séquence Fm⁷, Bb⁷, Eb^maj7 qui représente la formule IIm⁷, V⁷ de IV^maj7 est reprise en modulation temporaire (IV=IIm⁷) sur Ebm⁷, Ab⁷, Db^maj7. Cette formule est très souvent employée et facilement prévisible. L’exercice peut se faire au métronome à 100 ou à 140. '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Dire Rhythm == [[Fichier:Dire Rhythm (partition).pdf|thumb|Dire Rhythm (partition)]] Il faut voir le prochain exercice comme un stimulant au travail des gammes. Point besoin de créer une mélodie, je propose plutôt de laisser les doigts s’inspirer de l’harmonie de ''mi majeur'', tonalité très prisée par les guitaristes puisqu’elle permet l’emploi de plusieurs cordes ouvertes. L’accompagnement est dans le style [[w:Dire_Straits|Dire Straits]] d’où le titre Dire Rhythm à ce chapitre. Pour le guitariste classique, les schémas de gammes no1, no4 et no2 demeurent les meilleurs choix. '''[[File:Dire Rhythm (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Dire Rhythm (exploration)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no1 == [[Fichier:Rio Quartet no1 (partition).pdf|thumb|Rio Quartet no1 (partition)]] L’exercice Rio Quartet no1 vous paraîtra peut-être très déstabilisant à la première écoute, mais rassurez-vous car les nombreuses tonalités qui colorent cette pièce sont toutes majeures. Ce qui me plaît particulièrement dans cette pièce, ce sont les modulations rapides de l’intro qui rappellent la dynamique qui caractérise souvent les arrangements pour grands orchestres de jazz (stage band). Après l’intro, nous retrouvons le calme de la tonalité de ''do majeur'' en alternance avec la tonalité de ''mib majeur'' pendant 32 mesures puis, c’est le retour à l’intro par la tonalité de ''sol majeur''. '''[[File:Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Calling You du film Bagdad Café == [[Fichier:Analyse harmonique de Calling You.pdf|thumb|Analyse Harmonique de Calling You]] Tous les musiciens rêvent d’écrire une chanson aussi touchante que le thème du superbe film Bagdad Café, Calling You, composée par Bob Telson. Ceux qui ont vu le film reconnaîtront immédiatement les premiers arpèges lesquels appartiennent aux tonalités de ''sol majeur'' et ''ré majeur''. La coloration la plus frappante de la pièce est certainement l’emploi direct des fonctions IIm^7b5 – V⁷ en ''sol'', en ''la min.'' et en ''si min''. sans résolution afin de conserver l’intrigue harmonique (voir le tableau d’analyse). Bien sûr l’enchainement IIm^7b5 – V⁷ de I fait référence à la tonalité ''majeure b6''. Comme l’accord m7b5 peut jouer le rôle de IIm^7b5 aussi bien en ''majeur b6'' qu’en ''mineur harmonique'', il ne faut pas oublier qu’il peut être le VIIm^7b5 en ''majeur'' et VIm^7b5 et VIIm^7b5 en ''mineur jazz''. J’ai ajouté une deuxième option pour les mesures 9 à 16 pour vous permettre d’explorer d’autres avenues. Même si la pièce est logiquement en ''sol majeur'', je suggère également l’emploi de la gamme de ''ré majeur'' (excepté sur Cmaj9#11) ce qui donne une coloration lydienne souvent employée en jazz. Juste au moment de résoudre sur la tonalité de ''sol majeur'' le compositeur choisit de passer directement en ''sib majeur'' lequel sera le seul accord parfait majeur de toute la pièce. J’ai ajouté une version plus facile sur la portée supérieure qui sonnera très bien surtout si vous êtes soutenu par un bassiste. La tonalité originale (version Bob Telson) est en ''sol'' mais la version du film Bagdad Café est en ''sib''. Pour le guitariste, il suffit de mettre le capo en troisième position. Cette pièce vous donnera une belle occasion de vous familiariser avec l’accord IIm^7b5 que malheureusement certains musiciens populaires évitent toute leur vie. Il vous sera très facile d’entendre la version chantée sur Youtube en faisant référence au film Bagdad Café. '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no2 == [[Fichier:Rio Quartet no2 (Partition).pdf|thumb|Rio Quartet no2 (partition)]] La prochaine exploration, plus rythmée cette fois, comporte quelques modulations plus inattendues, mais demeure toujours dans les tonalités majeures et mineures habituelles. Quelques auditions avec la partition suffiront pour anticiper les événements. Comme toujours, les exercices d’explorations demandent beaucoup d’heures de travail, si travail il y a quand la recherche nous passionne. '''[[File:Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no1 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no1.pdf|thumb|Partition et analyse harmonique]] Dans la série Smooth Jazz Ballad, je vous propose de surfer sur l’harmonisation de la pièce ''Cry Me A River'' écrite par Arthur Hamilton en 1953 puis interprétée par de nombreux artistes, y compris en jazz instrumental. Comme à l’habitude, je ne reproduis que le scénario harmonique et vous propose une analyse pour faciliter la création mélodique. Il y a une option qui pourrait être également intéressante en ajoutant l’accord de Cm''b6'' afin de donner l’effet James Bond, mais malheureusement aucun logiciel ne reconnait cet accord pour le moment. Essayez-le plutôt en duo avec un ami. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (exploration).wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (exploration)]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no2 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no2.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 -Partition et analyse harmonique]] Ce laboratoire peut sembler un peu déstabilisant à la première écoute, mais en se référant à l’analyse harmonique de ''fa majeur'' à la page 3, il sera plus facile d’anticiper le mouvement mélodique qui ne demande souvent que peu d’altérations. Comme exemple, la note '''do#''' nous projette immédiatement en ''ré mineur harmonique'', le '''la bémol''' en ''fa mineur harmonique'', le '''fa#''' en ''sol majeur'' etc… Bien sûr, les doigtés de gammes (chapitre 23) doivent être complètement assimilés. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === À propos du IV^e degré === [[Fichier:À propos du IVe degré ( partition).pdf|thumb|À propos du IVe degré, analyse]] Vous aurez sans doute remarqué que la structure harmonique du IV^e degré passe souvent du IVmaj⁷ à IVmin⁶ ou IV⁷ et même IVm⁷=IIm⁷ dans de nombreux standards populaires ou jazz. Mélodiquement, il n’y aura que la tierce ou la sixte dans les tonalités de ''fa'' et de ''sib'' à surveiller, excepté si le IV^e degré devient IIm⁷ comme le font souvent les musiciens. Cette pratique découle sûrement de la tendance qu’on ceux-ci d’abaisser systématiquement la septième de tous les accords mineurs. Personnellement, j’aime bien conserver la septième majeure sur un accord mineur quand l’harmonie le suggère. Regardez l’évolution de l’accord de Bb comme IV, IVm⁶, IVm⁷, IV⁷ en ''fa majeur'' et ''mineur'', Imaj⁷, Im⁶ en ''sib majeur'' et ''mineur jazz'' ( IV=I) et IIm⁷ en ''lab majeur'' (IV=IIm⁷). Ces transformations sont monnaies courantes sur le IV^e degré, lequel ne devait être au départ qu’un accord majeur. {{clr}} == Bolero Labo No1 A et No1 B == [[Fichier:Bolero Labo No 1-A et B.pdf|thumb|Bolero Labo No 1A et 1B]] Dans le prochain scénario harmonique, l’accord mineur est sollicité plus qu’il n’en faut. On le retrouve sur le I^er degré, le V^e, le IV^e et même le VI^e degré de la tonalité de ''ré mineur''. Cependant, chaque accord peut être appelé à jouer plusieurs rôles harmoniques. Ainsi sur l’accord de Am, j’emploie à volonté la gamme de ''la mineur harmonique'' ou ''do majeur'', sur l’accord de Gm ma préférence est la gamme de ''fa majeur'' qui m’amène à son IV^em⁶ (Bbm⁶) puis, quand le même accord devient Bbm⁹, la gamme qui s’impose sera ''lab majeur'' (''mode dorien''). Je vous propose deux accompagnements légèrement différents mais qui proposent des chemins mélodiques semblables. Dans la version B, j’ajoute les notes de passages souvent employées sur les accords mineurs c’est-à-dire : (Dm, Dm^maj7, Dm⁷, Dm⁶) pour l’accord de Dm; (Am, Am^maj7, Am⁷, Am⁶) pour l’accord de Am puis (Gm, Gm^maj7, Gm⁷, Gm⁶) pour l’accord de Gm. C’est un procédé vieux comme le monde que l’on emploi lorsque la mélodie bouge très peu. J’ai collé d’ailleurs mon exploration sur les deux accompagnements pour démontrer le peu d’influence sur la mélodie. Peu importe la version qui vous inspire, le choix vous appartient. '''[[File:Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (exploration)-en wave.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Réflexion sur la fondamentale de l'accord majeur ou mineur == [[Fichier:La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde.pdf|thumb|La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde]] On sait tous que chaque son peut jouer le rôle de note fondamentale d’un accord majeur, mineur ou autres. Donc, sur chaque corde on retrouve douze notes fondamentales pour les douze cases de la gamme chromatique. Pour éviter la confusion des cordes ouvertes, je fais ici mon analyse à partir de la position III de la guitare. On constate que la note '''sol''' sur la 6e corde peut être la fondamentale du schéma harmonique no2 ou no5 seulement et que cela impliquera invariablement toutes les notes fondamentales sur la 6e corde. En continuant l’analyse sur les six cordes de la guitare, on découvre que l’harmonisation à l’état fondamental ne peut se faire que sur cinq schémas harmoniques. '''Sol sur la 6e corde :''' schéma no2 ou no5 '''Do sur la 5e corde :''' schéma no1 ou no4 '''Fa sur la 4e corde :''' schéma no5 ou no3 '''Sib sur la 3e corde :''' schéma no4 ou no2 '''Ré sur la 2e corde :''' schéma no3 ou no1 '''Sol sur la 1e corde :''' schéma no2 ou no5 '''La grande question est : Est-ce qu’on peut avoir plus de 7e, 9e, 11e, 13e que de fondamentales?''' '''Il est de toute évidence que toutes altérations harmoniques soient liées à leur fondamentale.''' Mais le chemin n’est pas simple pour autant. À la deuxième analyse, je me suis amusé à donner à la note '''do''' sur la troisième corde, un rôle harmonique différent, allant de la fondamentale à la treizième. Même si l’analyse n’est pas complète, on comprendra que chaque note sur la troisième corde peut recevoir le même traitement harmonique et que tout nous ramène aux cinq schémas harmoniques. On pourrait faire le même exercice sur les six cordes de la guitare qu’on arriverait au même constat. (Voir aussi le chapitre 2) Si vous êtes le moindrement visuel, le tableau des cinq schémas vous aidera grandement à mémoriser les très nombreuses possibilités harmoniques que les cinq schémas vous proposent. === Enchainement V⁷ avec la 7^e de dominante à la basse === [[Fichier:Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout.pdf|thumb|Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout]] S’il n’y a que cinq schémas de base, il faut aussi découvrir et retenir les innombrables possibilités que chacun d’eux renferme. Dans le diagramme le chiffre trois indique la tierce de l’accord, le chiffre 5 indique la quinte de l’accord, mais retenez surtout le chiffre ''7 en rouge'', car il détermine la 7e de dominante lorsque l’accord est majeur et la 7e mineure lorsque l’accord est mineur. Le chiffre 6 devient automatiquement une 13e de dominante lorsque la 7e est présente. Ainsi vous pouvez déjà visualiser des formules harmoniques qui vous permettrons de mieux mémoriser les nombreuses possibilités de chaque schéma harmonique. ''P.S. Le b5 n’est pas indiqué sur le schéma no1, mais vous aurez deviné qu’il est sur la 3e corde juste derrière le 5.'' {{clr}} == Les formules harmoniques des cinq schémas d'accords == [[Fichier:Les formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5.pdf|thumb|Formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5]] Je vous suggère fortement de conserver l' annexe du prochain chapitre car elle fait la synthèse de l’harmonie à la guitare sous forme, cette fois-ci, de formules universelles qui s’adaptent chromatiquement à toutes les tonalités. L’avantage est de permettre aux guitaristes de construire un accord spécifique dans toutes les tonalités sans la nécessité de mémoriser tout le dictionnaire des accords. On découvre ainsi que chaque schéma d’accord possède ses caractéristiques et ses limites harmoniques. Les formules harmoniques que j’ai répertoriées totalisent 262 sur cinq schémas majeurs et 125 sur cinq schémas mineurs pour un total de 387. Ces chiffres sont variables car on peut certainement trouver d’autres formules intéressantes. J’ai éliminé les accords trop acrobatiques afin d’éviter tout découragement. On se retrouve donc avec un dictionnaire de 387 formules harmoniques x 12 demi-tons chromatiques, pour un total de 4644 minimalement. Et je n’ai pas encore inclus les accords de quinte diminuée. Il n’est pas question d’apprendre tous les accords par cœur mais d’apprendre à les structurer grâce à la position majeure ou mineure originale. Il faut d’abord retenir où se situe la 7e mineure (rouge) qui annonce la dominante, ensuite les 9e, b9 et #9, M7, 6 de chaque schéma avant de tout essayer. Si vous apprenez les accords de façon aléatoire, il vous faudra un siècle pour tout retenir. N’oubliez pas que la différence entre un schéma majeur et mineur est minime. Les altérations sont au même endroit. Il n’y a que la tierce qui est déplacée, mais indispensable à l’accord. {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no3 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no3.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no3]] Une exploration tout en détente sur la gamme de ''ré majeur'' et un soupçon de ''si mineur harmonique''. Vous n’avez qu’à fermer les yeux et surfer sur la tonalité. N’oubliez pas d’enregistrer car la première version est souvent la meilleure. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav]]''' '''Exploration : https://soundcloud.com/user-608160828/smooth-jazz-ballad-no3-exploration-guitare-et-trompette''' {{clr}} == Jazz Funk no1 == [[Fichier:Jazz Funk no1 (guitare).pdf|thumb|Jazz Funk no1 (guitare)]] Voici un double exercice puisqu’il s’agit d’abord de combler l’accompagnement de la guitare pendant le solo de saxophone puis, si vous désirez, vous pourrez explorer à votre façon sur l’accompagnement (sans solo de saxophone) dans la tonalité de ''sib majeur'' sur un style jazz funk. '''[[File:Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav]]''' '''[[File:Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == All of Me (Gerald Marks and Seymour Simons) == [[Fichier:All Of Me (exploration).pdf|thumb|All of Me (exploration)]] C’est sur l’harmonisation d’un standard américain composé en 1931 que je vous propose de ''mélodier''* cette fois. La première version est telle que la version originale en ''do majeur'' et la deuxième est avec quelques ajouts harmoniques supplémentaires. J’ai choisi en premier lieu le style latin gipsy (manouche et bossa) qui confirme davantage l’harmonie sur chaque mesure. Une fois les réflexes bien établis, il sera plus facile d’anticiper les tonalités de ''la mineur jazz et/ou harmonique'', de ''ré mineur harmonique'', de ''sol majeur'' et même ''sol majeur b6'' dans un style jazz swing. Puisque l’accord de F#^dim7 dure une mesure complète, je le considère comme un VII^dim7 de G (''en majeur b6'') mais je conserve la tonalité de ''do majeur'' sur l’accord de Eb^dim7 puisqu’il ne dure que deux temps. Il faut préciser que les deux accords ont une structure harmonique identique. Vous constaterez que pour cette pièce les compositeurs ont choisis, comme c’est souvent le cas, des segments mélodiques de quatre mesures. C’est une façon traditionnelle mais combien efficace. • ''Dans le sens de créer une ou des mélodies sur un schéma harmonique.'' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:All of Me no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|All of Me no2 (exploration)-en wav]]''' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no3 == [[Fichier:Rio Quartet no3.pdf|thumb|Rio Quartet no3]] Comme on peut le constater dans le chapitre précédent, la plupart des mélodies de style standard jazz sont plutôt simples, mais elles ont la particularité d’emprunter l’harmonisation sur plusieurs modalités, ce qui procure aux mélomanes un intérêt indéniable. Par contre, l’élève s’y perd souvent, trop dépendant de l’armure qui lui est proposé, car si on indique une tonalité de ''do mineur'', il ne s’attend sûrement pas à explorer à la deuxième mesure la tonalité de ''mib mineur jazz'', à la cinquième mesure, la tonalité de ''sol mineur harmonique'', par la suite de ''fa mineur'' ou de ''lab majeur'' etc. Je conseille, puisque qu’il s’agit d’exercices sur des scénarios de standards existants, d’explorer mélodiquement sur les emprunts harmoniques suggérés jusqu’à ce que ceux-ci deviennent prévisibles à deux et même quatre mesures près. Bientôt le phrasé mélodique deviendra cohérant même s’il est différent à chaque fois. '''[[File:Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Ipanima == [[File:Ipanima.pdf|thumb|Harmonisation sans mélodie]] Le prochain exercice vous paraîtra déstabilisant à la première tentative d’exploration, mais en se référant continuellement à la partition et aux gammes suggérées, vous trouverez graduellement d’excellentes idées mélodiques. Il est donc préférable d’avoir la partition complète sous les yeux au départ. J’ai écrit, pour la partie A, l’accompagnement de guitare avec la quinte à la basse, mais c’est sans obligation. Ça ne change en rien l’analyse harmonique. Si vous aimez, celle-ci peut être jouée en II^e ou en VII^e position. Comme vous le savez déjà, je préconise la tonalité plutôt que l’accord pour la création mélodique, ce qui permet une anticipation plus large du mouvement globale d’une pièce. Les mesures 33 à 36 sont un bon exemple, car la mémoire harmonique nous rappelle à la tonalité de ''fa majeur'' malgré l’accord de D^7b9 et C^7b9. C’est aussi pour cette raison qu’un arrangement pour guitare seule devrait se faire bien après la création mélodique car ce sont des exercices très éblouissants mais qui figent et limitent la création. Mettez-vous plutôt en situation du musicien professionnel qui doit assurer un contrat en studio. Ce n’est pas un arrangement pour guitare seule qu’on vous demandera, mais beaucoup plus pour un esprit d’ensemble (accompagnement/solo) exactement comme l’exercice que je vous propose. '''[[File:Ipanima (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Ipanima (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Ipanima (exploration)-en wav.wav|thumb|Ipanima (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration sur 28 modes en abaissant la tierce et/ou la sixte d’une gamme majeure == [[File:28 modes dérivés.pdf|thumb|28 modes dérivés]] J’aimerais vous proposer cette fois un jeu d’exploration sur 28 modes. Il faut pour cela respecter l’ordre de la gamme et résister à la tentation de changer la tonalité. Le jeu consiste à surfer sur chaque mode et d’apprivoiser les tensions afin d’en découvrir toutes les subtilités. Comme les enchaînements harmoniques sont diatoniques, ils ne se prêtent pas vraiment à la création mélodique. Chaque accompagnement est fait sur sept modes dérivés d’une même tonalité. Ainsi, pour explorer sept modes, il suffit simplement d’improviser sur une seule gamme par exercice. Le mode s’établit de lui-même sur chaque degré. Il n’est absolument pas nécessaire de connaître tous les noms de modes, seule l’oreille musicale jugera. '''[[File:Modes dérivés de do maj (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj (accompagnement)]]''' '''1- Le mode iolien (gamme majeure)''' 2- Le mode dorien 3- Le mode phrygien 4- Le mode lydien 5- Le mode mixolydien 6- Le mode éolien (gamme mineure naturelle) 7- Le mode locrien '''[[File:Modes dérivés de do min jazz (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min jazz (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur jazz''' 2- Le mode dorien b2 3- Le mode lydien augmenté 4- Le mode Bartok 5- Le mode mixolydien b6 6- Le mode locrien bécarre 2 7- Le mode altéré '''[[File:Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur harmonique''' 2- Le mode locrien bécarre 6 3- Le mode majeur augmenté 4- Le mode dorien #4 5- Le mode phrygien majeur* (mode andalou) (''*La logique serait mixolydien b2 et b6'') 6- Le mode lydien #2 7- Le mode super-locrien diminué '''[[File:Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement)]]''' '''1- Le mode majeur b6''' 2- Le mode dorien b5 3- Le mode phrygien b4 4- Le mode lydien mineur 5- Le mode mixolydien b2 6- Le mode lydien augmenté #2 7- Le mode locrien diminué '''N.B. Les seules notes qui bougent dans ces 28 modes sont la tierce et la sixte. Pour transposer ces 28 modes, il suffit d’abaisser la tierce et /ou la sixte d’une gamme majeure. ''' Les 28 modes présentés de cette façon démontrent que le simple fait d’abaisser la tierce et/ou la sixte d’une gamme influence tout le système tonal. Heureusement les pièces de notre répertoire ne sont pas aussi diatoniques que ces exercices, mais elles se réfèrent aux mêmes sonorités. Le seul mode qui frise la perfection est sûrement le ''mode majeur'' où les tensions sont les moins dures. Je mets le ''mode mineur jazz'' en deuxième car, avec seulement une tierce mineure abaissée, il réussit à nous transporter dans une ambiance totalement différente. Que dire du ''mode Bartok'' et du ''mode mixolydien b''6, sans oublier le mode ''locrien bécarre 2'' et le ''mode altéré'' si souvent visités. Le ''mode mineur harmonique'' n’étonne plus aujourd’hui et sa coloration est évidente. Sur le premier degré, la sensible est toujours plus dure mélodiquement car, le réflexe dorien, très fort en musique tonale, nous interpelle à chaque fois. Le Ve degré est évident sur toutes les relations V7-Im et l’enchaînement V et VI, unique au ''mode mineur harmonique'', nous rappelle la musique andalouse. Le ''mode majeur b6'', comme son nom l’indique a seulement une sixte abaissée qui diffère du ''mode majeur''. Le I^e degré est le seul qui tolère difficilement la sixième mineure (lab), mais tous les autres degrés sont très consonants et facile à mélodier. Mes degrés préférés sur ce mode sont le ''dorien b5'', le ''lydien mineur'', le ''mixolydien b2'' et le ''locrien diminué'' sans oublier le ''lydien augmenté #2'' qui adoucit énormément l’accord augmenté et majeur7#5. On a souvent ajouté ces harmonies au ''mode majeur'' conventionnel sans vraiment réaliser l’emprunt au ''majeur b6''. '''Remarque :''' Bien sûr, analyser les modes de façon traditionnelle, c’est-à-dire en passant par le mode relatif pour expliquer les modalités issues des modes mineures rendrait cet exercice extrêmement complexe et gênerait comme toujours le bien fondé du mode ''majeur b6 (majeur harmonique). Tous ceux qui considèrent l’accord IV<small>7#11</small> comme le point central de l’harmonie devraient plutôt constater que le seul accord pouvant générer 28 modes, incluant le mode ''Bartok,'' est l’accord de dominante (V<small>7</small>). '''''Il faut toujours se rappeler qu’un mode ne s'identifie pas par une suite de sons, mais par la relation avec l’accord.''''' {{clr}} === Exploration (suite) === [[File:Exploration sur quatre modes.pdf|thumb|Exploration sur quatre modes]] '''[[File:Exploration en do majeur.wav|thumb|Exploration en do majeur]]''' '''[[File:Exploration en do mineur jazz.wav|thumb|Exploration en do mineur jazz]]''' '''[[File:Exploration en do mineur harmonique.wav|thumb|Exploration en do mineur harmonique]]''' '''[[File:Exploration en do majeur b6.wav|thumb|Exploration en do majeur b6]]''' L’exercice est le même que le précédent, mais sur des enchaînements harmoniques moins rigides et plus conformes aux standards musicaux. Pendant que vos doigts s’affairent sur la tonalité principale, l’harmonie transforme chaque note en relation modale à chaque accord. À ce jeu, le ''mode majeur'' remporte la Palme d’Or car il est de loin le plus souple et le plus fluide sur tous les sept modes qui le composent. Le ''mode mineur harmonique'' n’a pas la souplesse du mode majeur, mais il est tout de même très employé grâce à sa fusion avec le ''mineur éolien''. L’exercice que je vous propose concerne uniquement le ''mineur harmonique'' à l’état pur ainsi que les modes qu’il renferme. Le ''mode mineur jazz'' comme son nom l’indique est très important en jazz surtout à cause du IVe degré (''mode Bartók'') avec une structure de dominante (septième mineure sur un accord majeur) et une onzième augmentée. Le ''mode majeur b6 (harmonique)'' est le dernier arrivé dans nos habitudes harmoniques. Comme je disais auparavant, pourquoi on permettrait au ''mode mineur'' d’abaisser la sixième et pas au ''mode majeur''. Si on fait fi de la sixième mineure sur l’accord du Ier degré, l’harmonisation est très fluide et plus qu’intéressante sur tous les degrés. D’ailleurs, il est tellement avantageux de fusionner les deux modes majeurs comme on le fait déjà en mineur. Pour les besoins de l’exercice vous pouvez employer une sixième majeure sur le Ier degré et/ou en alternance. {{clr}} === G⁷ sur cinq modes === [[File:G7 sur cinq modes.pdf|thumb|G7 sur cinq modes]] Voici une analyse comparative de l’accord de G⁷ en tant que V^e degré des modes de ''do majeur, do mineur jazz, do mineur harmonique, do majeur b6'' et comme IV^e degré du mode de ''ré mineur jazz''. Les quatre modes de ''do majeur et mineur'' se différencient comme toujours par la tierce et la sixte, mais ceux-ci, transposées sur l’accord du V^e degré, deviennent la 13^e pour la note '''mi''' et 9^e pour la note '''la'''. Donc, pour les quatre tonalités de ''do'', les seules notes qui peuvent être abaissées sur le V^e degré sont le '''mi''' (13e) et le '''la''' (9e). En tant que IV^e degré du mode ''mineur jazz'', c’est la 11^e augmentée ('''do#''') sur l’accord de G⁷ qui fera de cet accord le seul et unique en son genre. Pour certains musiciens, il demeure la relation harmonique la plus fréquentée. Généralement, tous les accords de 7^e étrangers à la tonalité sont considérés comme des IV⁷ (mode Bartók). J’ai harmonisé le tout sur le schéma d’accord no5 et pour les modes, les chiffres en caractère gras représentent la fondamentale (1), la tierce (3), la quinte (5), la septième (7) et en petit caractère la neuvième (9), la onzième (11) et la treizième (13). ''N.B. – Il n’y a aucun lien mélodique entre les portées.'' {{clr}} == La gamme par tons == [[File:Gammes par tons et les accords.pdf|thumb|Gammes par tons et les accords]] La ''gamme par tons'' génère sur chaque note un accord de dominante dont la quinte est soit augmentée (#5) ou diminuée (b5), mais qui, contrairement aux accords 7b13 ou 7#11, n’implique pas la relation V7-I majeur ou mineur. La ''gamme par tons'' sera sûrement acceptée sur ces derniers accords, mais il ne faudrait pas qu’elle devienne un automatisme sans suivi mélodique. Si la ''gamme par tons'' vous intéresse, je vous suggère de vous familiariser avec différents doigtés d’accords de 7#5, 7b5, 9#5, 9b5 à l’intérieur des cinq schémas de base. La gamme par tons peut se jouer sur les six degrés de la gamme et dans n’importe quel ordre. Vous aurez donc deux gammes pour couvrir tout l’éventail des ''gammes par tons''. Vous pourrez vous inspirer des deux exercices d’accompagnements pour vous en convaincre. '''[[File:Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5.wav|thumb|Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5]]''' {{clr}} == Harmonisation en fonction de la fondamentale sur la 6e corde == [[File:Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde.pdf|thumb|Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde]] Voici quelques constats à observer : -Toutes les fondamentales se trouvant sur la sixième corde à partir de sol (troisième case) génèrent harmoniquement les mêmes intervalles. -Comme ces intervalles sont invariables, ils engendrent chromatiquement les mêmes positions d’accords : les schémas no2 majeurs et mineurs et les schémas no5 majeurs et mineurs. -On remarque aussi qu’à la guitare les accords majeurs débutent toujours par I, 3, 5, I ou I, 5, I, 3 et en mineur par I, 3m, 5, I ou I, 5, I, 3m. -Si la cinquième corde prend charge de la tierce et la quinte, il faut retenir que dans le cas présent l’harmonie empruntera souvent à la quatrième corde la 7e majeure et mineure ainsi que la 6e majeure et mineure (b6). C’est d’ailleurs la 7e et la 6e de l’accord qui serviront de pont vers les accords de 9e, 11e et 13e. -C’est aussi une vision différente permettant de réaliser des harmonisations complémentaires aux schémas no2 et no5. (Voir Les formules harmoniques des schémas no2 et no5) - Sur la seule fondamentale de la note ''la'' on peut compter près de 200 formules harmoniques, donc 2400 si l’on transpose le tout chromatiquement. ''N.B. Les cordes ouvertes E, A, D, G, B, E peuvent en tout temps alléger la main gauche si l’harmonie le permet. '' {{clr}} == Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde == [[File:Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde.pdf|thumb|Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde]] Comme dans l’exemple précédent, l’harmonisation de la fondamentale sur la 5e corde nous contraint à deux positions d’accords majeurs (schémas no1 et no4) et deux positions d’accords mineurs (schémas no1 min. et no4 min.). Je conseille à tous d’étudier ces quatre schémas, d’abord sans renversements afin de bien repérer les intervalles. Vous constaterez par la suite les nombreuses possibilités de renversements à la tierce, à la quinte et à la septième sur les cordes 5 et 6. Ne bouder surtout pas le schéma no1 mineur car les positions min9 (1, 3min, 7min, 9) et min6/9 (1, 3min, 6, 9) sont très prisées en jazz. Les renversements d’accords ainsi que les accords sans fondamentale ne doivent pas vous faire perdre de vue le schéma original car l’ordre des intervalles harmoniques en dépend entièrement. {{clr}} == Réflexion sur les positions harmoniques == [[File:Réflexion sur les positions harmoniques.pdf|thumb|Réflexion sur les positions harmoniques]] Il serait légitime de penser qu’il y a douze positions harmoniques à la guitare puisque chaque corde génère deux positions ou schémas harmoniques. Mais on constate déjà sur la quatrième corde un double du schéma no5 puis des doubles sur toutes les autres cordes. Il est donc inutile de refaire tout le travail harmonique puisqu’il est déjà structuré. Il faut donc éliminer toutes les positions en double et se concentrer sur les cinq positions majeures et mineures, lesquelles résument tout le squelette harmonique de la guitare. (Voir les pages 4 et 5). Quand on y réfléchit bien, on réalise que les 7^e majeures, mineures et/ou de dominante, les 9^e majeures, mineures ou les 13^e sont toutes générées par une fondamentale laquelle ne peut être issue que des cinq positions harmoniques de la guitare. Trouver la fondamentale c’est trouver le schéma harmonique. N.B. – J’ai mis toutes les positions sur les six cordes à titre de consultation, mais il faut seulement maîtriser les schémas majeurs et mineurs de 1 à 5. {{clr}} == Exercice de chiffrage d'accords == [[File:Exercices de chiffrage d'accords (partition).pdf|thumb|Exercices de chiffrage d'accords]] Pour le guitariste, la façon la plus rapide est de lire les accords tels qu’indiqués sur la portée, mais ce privilège n’existe pas pour l’arrangeur ou le musicien de studio. On sait tous que la plupart des partitions de studio n’indiquent que le nom des accords avec quelquefois la mélodie. Quant au compositeur, il est certainement celui qui se laisse le plus inspirer par la structure harmonique d’un accord ou d’un enchaînement d’accords, de là l’importance d’en explorer toutes les avenues possibles. Je vous propose un bref regard d’harmonisations extrait des cinq schémas majeurs et mineurs. Il ne faut pas oublier que la septième mineure est représentée en rouge sur les graphiques et que les chiffres 2, 4, 6, sont similaires aux chiffres 9, 11 et 13. Les cordes ouvertes offrent certes un allègement de la main, mais ne permettent pas la transposition chromatique de l’accord. {{clr}} == Étude en bebop == [[File:Étude en bebop.pdf|thumb|Étude en bebop]] Cette fois, je vous propose une petite étude en bebop, question de réchauffer les doigts et l’ambiance. Dans ces cas-là, la partition doit toujours être jouée en swing. Comme à l’habitude, vous avez la version accompagnement puis comme guide, la version avec mélodie. [[File:Étude en bebop (accompagnement).wav|thumb|Étude en bebop (accompagnement)]] [[File:Étude en bebop.wav|thumb|Étude en bebop]] {{clr}} == Rappel sur l'analyse harmonique == [[File:Rappel sur l'analyse harmonique.pdf|thumb|Rappel sur l'analyse harmonique]] Il est possible de créer 28 modalités en n’altérant que la tierce et la sixte d’une gamme majeure, mais il faut se rappeler que la cadence V⁷- I ne s’applique que pour la ''gamme majeure'', ''majeure b6,'' ''mineure harmonique et mineure jazz (b6)'' et non les modes qui en découlent. Les appellations V⁷ de IIm, V⁷ de IIIm, V⁷ de IV, V⁷ de V, V⁷ de VIm etc. sont trompeuses car qu’il n’existe pas de V⁷ en ''mode dorien, phrygien, lydien, myxolydien ou éolien''. Les dominantes secondaires empruntent la tonalité majeure ou mineure de l’accord placé sur un IIm, IIIm, IV ou autres mais pas sa modalité. Il faut toujours interpréter cette expression comme V⁷ - Im = IIm ou V⁷ - I = IV. Par contre, l’accord de la cadence jouera le rôle que le compositeur désire qui, là encore, sera une modalité dérivée des quatre modes majeurs et mineurs de base. C’est pour cette raison que les ''gammes majeures, majeures b6, mineures harmoniques et mineures jazz'' doivent devenir un réflexe instantané sur toutes les tonalités. (voir aussi le chapitre 43) ''P.S.- Il ne faut pas non plus confondre l’accord du IV⁷ qui lui suppose uniquement l’emploi du mode ''mineur jazz.'' '' {{clr}} == Projet d'exploration sur douze tonalités majeures == [[File:Exploration mélodique sur douze tonalités majeures.pdf|thumb|Partition pour exploration sur douze tonalités]] [[File:Projet d'exploration sur douze tonalités majeures.wav|thumb|Projet d'exploration sur douze tonalités majeures]] Il n’y a pas beaucoup d’élèves qui aiment faire des gammes surtout s’il n’existe aucune harmonisation pour les valoriser. On peut par contre suggérer aux élèves un exercice de création mélodique (improvisation, exploration) sur plusieurs tonalités mais dans un espace restreint sur le manche. Cet espace restreint oblige l’élève à travailler différents schémas de gammes, lesquels pourront être transposés facilement par la suite. '''Diaporama (partition et accompagnement)''' '''https://www.dropbox.com/s/6podzxl51mm0pg5/Exploration%20m%C3%A9lodique%20sur%20douze%20tonalit%C3%A9s%20majeures.avi?dl=0''' Je suggère l’exercice suivant afin que l’élève assimile avec intérêt les cinq schémas de gammes majeures. Les premières tentatives peuvent être plus ou moins décousues, mais le plaisir viendra avec le temps. Afin de vous donner une idée d'ensemble, voici un premier jet (impro) sur le jeu d'exploration mélodique à douze tonalités majeures. Il y a autant de jeux qu'il y a d'élèves et d'explorations et c'est là tout l'intérêt. J'ai ajouté un double jeu d'impro en contrepoint sur le deuxième exemple car, ce jeu est toujours intrigant pour les élèves. '''PREMIER JET : '''https://www.dropbox.com/s/br4sgmacu2jwwew/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20no1%29.wav?dl=0''' '''DEUXIÈME JET : '''https://www.dropbox.com/s/acpxklllfd8pleh/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20et%20jeu%20de%20contrepoint%20no1%29.wav?dl=0''' {{clr}} == Projet d'exploration sur modes mineurs harmoniques == [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes).pdf|thumb|Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes)]] [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (accompagnement).wav|thumb|Bande sonore d'accompagnement pour l'exercice de modulations en mode mineurs harmoniques]] Le point de départ d’une gamme mineure harmonique est le même que pour le cycle de quintes majeures dont on a abaissé la tierce et la sixte. On se souviendra que la gamme majeure, mineure harmonique, mineure jazz et majeure b6 (harmonique) sont toutes construites sur la même dominante. Il est donc inutile de passer par le mode éolien. Il faut accepter aussi le fait que la symétrie dans les doigtés de gammes est souvent impossible et qu’il faut changer de position de la main gauche. C’est un mouvement beaucoup plus souple qu’une extension des doigts et qui ne demande que très peu de mémoire digitale. Je conseille de glisser le premier doigt lorsqu’il y a quatre sons sur la même corde (1-1-3-4 ou 4-3-1-1). Dans une exploration ou une impro musicale, il faut être prêt à l’emploi de la gamme mineure harmonique de façon instantanée, surtout si la dominante annonce un accord mineur. Pour plus d’informations sur la nomenclature des schémas de gammes, vous pouvez consulter le chapitre 22 du Laboratoire de Guitare Pour le prochain exercice, vous allez constater que les gammes mineures harmoniques sont très évidentes et faciles, seule la transition entre deux gammes mérite votre attention. {{clr}} == Les modes mixolydiens == [[File:Les modes mixolydiens (partition).pdf|thumb|Trois exercices sur les modes mixolydiens (partition)]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no1.wav|thumb|Les modes mixolydiens,accompagnement pour exercice no1]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no2.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no2]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no3.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no3]] L’accord de dominante (V⁷) annonce généralement le I^er degré majeur ou mineur de la tonalité d’une pièce, sinon de la phrase musicale. La cadence V⁷- I ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur car la quinte du I^er degré représente la fondamentale de la dominante. On peut certainement avoir une cadence sur un autre accord de dominante puisque cet accord est majeur (quinte juste), mais les deux tonalités seront forcément différentes. Lorsque l’on construit une gamme sur la dominante d’une tonalité majeure ou mineure on parle alors du mode mixolydien. On y retrouve quatre formes de modes mixolydiens tel que démontré au chapitre 43. Pour annoncer une cadence sur un accord mineur on choisira un mode mixolydien b2, b6 ou mixolidien b6 et si la cadence est majeure on choisira surtout le mode mixolidien pur ou le mixolydien b2 pour les plus aventureux. Si la cadence annonce un autre accord de dominante les quatre possibilités sont possibles. Bien sûr, il n’y a aucune différence entre une gamme tonale et le mode mixolydien sinon que le lien entre l’accord de dominante (V⁷) et la gamme est immédiat. Beaucoup d’enchaînements traditionnels comme C, Am, Dm, G⁷, C se transforment en C, A⁷, D⁷, G⁷, C ou l’enchaînement C, Em, Am⁷, Dm⁷, G⁷, C en C, E⁷, A⁷, D⁷, G⁷, C, ce qui force le musicien à quitter temporairement la tonalité première pour d’autres horizons d’où l’emploi du mode mixolydien afin d’avoir une réaction directe à l’emprunt. Je vous suggère trois petits exercices où vous trouverez le mode mixolydien pour chaque accord de dominante ainsi que la source tonale de chaque mode. Pour ceux qui ont travaillé les cinq schémas de gammes majeures et mineures, il n’y aura aucune difficulté supplémentaire mais une réaction plus directe avec l’accord de dominante. La seule contrainte est de choisir si vous désirez annoncer à tout prix une cadence vers un accord mineur. Dans ce cas, le choix se portera sur les modes mixolydiens b6 ou b2, b6 qui sont les références pour les tonalités mineures jazz et mineures harmoniques. {{clr}} == Les grands oubliés… == '''Harmonisation sur les schémas de gammes majeures et mineures no1''' [[File:Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes]] Malgré la grande simplicité des positions d’accords de base à la guitare, les principes harmoniques de l’instrument restent toujours en suspens. On sait qu’il y a cinq positions majeures de base lesquelles se transposent chromatiquement sur le manche, mais pour les positions d’accords mineures les guitaristes n’emploient généralement que trois positions sur cinq, car les positions des schémas mineurs no1 et 2 sont à la fois difficiles et moins efficaces. (Voir le tableau des accords majeurs et mineurs) Malheureusement, cet oubli laisse beaucoup de lacunes dans l’apprentissage de l’harmonisation. De ce fait, vous constaterez dans les prochains tableaux que l’harmonisation des gammes mineures jazz, mineures harmoniques et majeures b6 en première position (schéma no1) ne font jamais partie des leçons d’harmonie à la guitare. Bien sûr, les guitaristes préféreront toujours la position mineure no4 à la position mineure no1 mais ils le feront maintenant avec discernement. J’ai volontairement réduit l’harmonisation à des positions qui se transposent chromatiquement afin de partager la connaissance sur toute la longueur du manche. ''N.B. La raison pour laquelle je n’identifie pas le mode de Do min. jazz et Do min. harmonique à la tonalité de Mib majeur est que le seul responsable de ces tonalités ainsi que Do maj. b6 est l’accord de G7 et non le Bb7.'' {{clr}} == Composer comme un Beatles… == Personne ne peut contester que les Beatles aient transformé la musique dans les années 60 en composant une quantité phénoménale de chansons souvent dans des styles très loin du rock populaire. Et pourtant, tout le monde suivait leur évolution religieusement. Comment de jeunes musiciens sans connaissances approfondies de la musique et avec des moyens techniques très modestes ont-ils pu avoir tant de créations musicales en si peu de temps? Il est évident qu’aucune composition de John Lennon, Paul McCartney ou George Harrison n’a été composée pour guitare seule, vous n’avez qu’à regarder la série Get Back pour comprendre l’évolution de plusieurs de leurs compositions. (https://www.imdb.com/title/tt9735318/?ref_=nv_sr_srsg_0) La composition ne doit pas être imposée par les doigts, ni au piano et surtout pas à la guitare qui demande encore plus de concessions. Dans le cas des Beatles, l’instrument soutient l’harmonie mais les voix sont complètement libérées ce qui leur permet d’aller dans toutes les avenues mélodiques et rythmiques. Les explorations mélodiques que je vous propose dans ce laboratoire sont d’excellentes façons d’apprendre à composer comme un Beatles, car elle libère le musicien de toutes les lourdeurs que suggèrent les arrangements pour guitare seule. Elles vous amèneront plus loin que l’instrument, plus loin que la voix et dans toutes les avenues des musiques tonales de votre choix. {{clr}} qv4z98yhj88s9m59ftufmu039yuwed2 880959 880957 2022-07-30T15:06:20Z Claude Reid 19138 /* La gamme de do majeur b6 (majeur harmonique) */ wikitext text/x-wiki == Travail de recherche : Les relations gammes-accords à la guitare : Laboratoire de Claude Reid == {{Travail de recherche | idfaculté = musique }} == Relations gammes/accords == === Préface === [[File:Au sujet des relations gammes-accords.pdf|thumb|Au sujet des relations gammes-accords]] Ce laboratoire est dédié aux guitaristes classiques désirant s’approprier l’harmonie tonale, la création, l’exploration mélodique en symbiose avec la technique, la sonorité et la complexité de leur instrument. Ce qui, selon moi, devrait être une approche pédagogique complémentaire, mais vitale au programme de la guitare classique. J’aimerais préciser que j’emploie le terme laboratoire de guitare car, précisément un laboratoire n’est pas conçu pour reprendre des théories centenaires voir millénaires, mais pour expérimenter. Remettre les choses comme on les entend ou comme on les vit. La musique jazz et populaire sont de bons exemples d’indisciplines créatives, alors il ne faut surtout pas les figer. Pourquoi la guitare classique ne serait-elle pas également un outil de création au même titre qu’une guitare acoustique ou jazz? Qu'elle soit amplifiée ou non qu'importe, elle vous mènera ailleurs et ailleurs est sûrement préférable à la copie. Très peu d’élèves en guitare classique font carrière en tant que concertistes car les exigences sont extrêmes tout comme pour les pianistes ou violonistes d’ailleurs. Mais en plus, mais surtout en moins, la guitare n’est pas un instrument d’orchestre et n’a pas la prétention d’être concertant et aussi autonome que le piano. Soit, l’instrument est harmonique mais à un degré minime, comparé avec les instruments à clavier. Pourtant, la guitare dans toutes ses formes a permis la création de la majorité des chansons existantes. Un chansonnier peu composer une très belle chanson en n’apprenant que quelques accords à la guitare et il peut jouer dans toutes les tonalités avec huit à dix positions d’accords seulement. L’apprenti créateur constate immédiatement que les sons se transforment par le simple changement d’accord, je donnerais ici l’exemple de la chanson de Françoise Hardi ''Tous les garçons et les filles''. Il y a sûrement des centaines, voire des milliers de chansons sur les accords de C, Am, Dm, G7. Puisque l’on peut improviser pendant des heures sur ces quatre accords avec seulement la gamme de ''do majeur'' (les notes blanches du piano) on peut conclure que sur un scénario harmonique plus complexe ce soit également possible, en autant que l’on suggère un guide. Pour se faire, il faut absolument que le créateur, chanteur ou musicien se libère de toutes contraintes techniques. S’il y a un arrangement pour guitare seule que ce soit idéalement après la création. Notez que le présent laboratoire ne remplace pas le professeur de guitare, il vous guide harmoniquement et mélodiquement vers la création et non pas sur la technique de la guitare comme telle. {{clr}} === Harmonie et relations gammes-accords. === Tous les styles de musiques tonales y trouvent leur compte, puisqu’il est question d'une approche universelle de l'analyse harmonique où se côtoient le mode majeur, le mode mineur harmonique , le mode mineur jazz (mineur mélodique ascendant) et le majeur b6 (majeur harmonique). Le musicien doit pouvoir recréer ces quatre échelles sonores sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ici, la référence au mode relatif est inutile et même à éviter. Tous les accords majeurs ou mineur peuvent jouer le rôle de I{{e}} degré quelle que soit la fonction harmonique de l’accord en autant que la septième est majeure. Un accord majeur avec la septième abaissée devient automatiquement le V⁷ d’une autre tonalité majeure ou mineure et la septième abaissée d’un accord mineur devient à coup sûr un IIm⁷ puisque c’est la fonction la plus forte avec le V⁷. === L’accord majeur (exemple en ''do majeur'') === On sait maintenant qu’un accord de C majeur peut être le premier degré en majeur et en majeur b6. L’enchaînement Dm⁷ – G⁷ annonce la tonalité de ''do'' majeur et l’enchaînement Dm^7b5 – G^7b9 annonce la tonalité de ''do'' majeur b6. La tonalité majeure étant la plus pure des tonalités et la plus employée depuis des siècles, le musicien aura normalement le réflexe d’employer la sixième abaissée seulement de passage. Très souvent on aura l’emprunt sur le Ve degré comme Dm⁷-G^7b9 vers C maj⁷ qui nous donne un mouvement chromatique majeur, majeurb6, majeur. De là, il n’y a qu’un pas vers l’accord de Db⁷ qui se substitue à l’accord de G^7b9 dans un mouvement chromatique à la basse : Dm⁷ – Db⁷ – C maj⁷. Si l’accord de Db⁷ ne fait que remplacer l’accord de G^7b9, il n’affectera pas ou très peu la mélodie en majeur, mais si l’accent est mis sur cet accord, on conseille dans les bonnes écoles américaines de le considérer comme un IV⁷ , accord que l’on retrouve uniquement dans la tonalité mineure jazz(mineure mélodique ascendante). L’analyse mélodique sera ''do'' majeur – ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. === L’accord mineur === Si l’accord mineur joue le rôle de I{{e}} degré, même temporairement, il peut être précédé d’un accord IIm^7b5 – V^7b9 pour une tonalité mineure harmonique ou IIm⁷ – V⁹ pour une tonalité mineure jazz. Exemple : Dans la tonalité de ''do'' majeur, l’accord de Dm peut être précédé de Em^7b5- A^7b9 pour l’emprunt à la tonalité de ''ré'' mineur harmonique ou de Em⁷- A⁹ pour un emprunt à ''ré'' mineur jazz. Le Dm conserve généralement sa nouvelle tonalité jusqu’à l’arrivée probable de la 7e mineure qui lui confère de nouveau le rôle de II{{e}} degré mineur (mode dorien) en ''do'' majeur. On verra aussi en ''do'' majeur le VI{{e}} degré (Am) être précédé de Bm^7b5 – E^7(b9) pour une tonalité de ''la'' mineure harmonique et quelque fois Bm⁷ – E⁷ pour une tonalité temporaire de ''la'' mineur jazz. Vous reconnaîtrez sûrement une des mélodies les plus connues sur terre dont le scénario harmonique est C, Bm⁷, E⁷, Am, F, G, C. La mélodie ne laissant aucun doute sur l’emprunt au ''la'' mineur jazz (mineur mélodique ascendant) Le même constat que pour l’accord majeur s’applique pour le mouvement chromatique l’accord bII⁷ . === La création mélodique sur le canevas harmonique de ''do majeur''. === Le plus étonnant est la résistance qu’a la mémoire à retenir la tonalité première. À titre d’exemple, demandez à un jeune élève de jouer les sons de son choix uniquement en ''do'' majeur (disons les notes blanches du piano) sur un enchaînement harmonique de C, Am, Dm, G7. Puis de C, G, Am, Em, F, C, F, G . Plus souvent qu’autrement, il est stupéfiant de constater que la plupart des élèves résolvent les tensions mélodiques avec une facilité de plus en plus grande au fur et à mesure de l’exercice. La deuxième étape consiste à garder la même tonalité mais d’ajouter des accord de 7{{e}}, de 9{{e}}, de 11{{e}} et même de 13{{e}} dans un ordre aléatoire. À cet exercice, je n’ai jamais perçu de blocage créatif ou mélodique chez les élèves, bien au contraire. Les tensions mélodiques sont beaucoup moins fortes sur des accords de 7{{e}} et 9{{e}} et complètement absente sur un accord de 13{{e}} puisque toutes les notes de la gamme font parties de l’accord. Ma grande surprise est de constater que le chromatisme Fmaj⁷, Em⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷ ne déstabilise aucunement notre jeune créateur. Il en est de même pour un enchaînement connu comme Em⁷, Eb⁷, D^sus4, Db^7#11, C⁶. Il faut donc ajouter à toute gamme majeure l’harmonisation altéré du bIII⁷ et du bII⁷. === La gamme de ''do mineur jazz'' (mineur mélodique ascendant) === Demandons à notre nouveau créateur mélodique de substituer au mi la note mib sur toute l’étendue du piano. Il obtiendra grâce à ce mib, la gamme de ''do'' mineur jazz formée des notes do, ré, mib, fa, sol, la, si, do. C’est une gamme très employée en jazz et pour cause, car son harmonisation la rend plus qu’intéressante. Attention ici car, bien qu’il n’y est que la tierce d’altérée (mib), le réflexe auditif et digital n’est pas automatique. Il faut explorer ce mode très souvent pour en reconnaître toutes les subtilités mélodiques. La première reconnaissance mélodique peut être sur la cadence typique des accords de Am^7b5 – G⁷- Cm^6/9. Puis : Cm – F⁷ – Cm – G⁷ – Cm ou encore Cm – F⁹ – Cm – G⁹ – Cm L’accord de F⁷ ou F⁹ verra souvent sa 11e altérée ( F^7#11, F^9#11). Le traitement mélodique sur l’accord du IV⁷ ou IV^7#11 sera très utile dans le futur car on le propose souvent sur les accords étrangers à la tonalité. Comme en ''do'' majeur pour les accords de : Eb⁷(''sib'' mineur jazz) ou Db⁷(''lab'' mineur jazz). Sur ce mode il y a aussi deux accords de type m7b5 , sur le VI{{e}} (Am^7b5) et VII{{e}} (Bm^7b5) degré que l’on peut explorer en alternance ou en cadence. Un dernier exercice, afin de vérifier la compréhension tonale, est d’alterner l’accord de Cmaj⁷ avec Cm⁶ (ou F⁹) pour ''do'' majeur et ''do'' mineur jazz. Remarque : J’aurais tendance à laisser notre jeune élève assimiler ce nouveau traitement mélodique pendant quelque temps, car si l’on peut chanter une gamme majeur dans toutes les tonalités ,il faut un certain temps avant de pouvoir en faire autant avec le mineur jazz. === La gamme de ''do mineur harmonique'' === Le mineur harmonique quant à lui est très identifiable puisque l’on côtoie cette relation mélodiquement et harmoniquement depuis des siècles. À l’état pur, la gamme de ''do'' mineur harmonique n’a que deux altérations , la tierce abaissée et la sixte abaissée. Sur le clavier on abaissera en plus du mib, qui défini un mode mineur, la note lab pour une gamme de : do , ré, mib, fa, sol, lab, si, do. Ici, plus que jamais, le musicien doit avoir les réflexes aiguisés et reconnaître immédiatement la cadence V⁷-Im puisque c’est la relation la plus employée pour les dominantes secondaires mineures. Cette relation qui ne dure souvent qu’une seule mesure en laisse plus d’un sans voix. Pour explorer ce mode, je conseille la cadence Dm^7b5 – G^7(b9) – Cm en boucle. Puis Fm – Dm^7b5 – G^7(b9) - Cm ou encore Ab – G - Ab – G – Fm – Cm. N’oubliez pas l’accord de B ^dim7 et ses renversements D ^dim7, F ^dim7 et Ab ^dim7. === Réflexion === Nous venons de voir ce qui se consomme harmoniquement le plus souvent chez les créateurs de mélodies. Dans l’ordre d’utilisation il y a le mode majeur, le mode mineur harmonique et depuis peu le mode mineur jazz. L’harmonisation ne génère pas un système mélodique parfait, loin de là. Même le plus idéal des modes comporte des dissonances et l’improvisation est l’art de louvoyer et de surfer sur les consonances et dissonances. Si on accepte aujourd’hui la 7e majeure sur un accord de C il faut tout de même éviter le frottement de seconde. La note fa sur un accord de Em ne doit être que de passage etc… Sur les deux modes mineurs, le troisième degré est un accord augmenté que très peu de gens fréquentent. Ce qui est étonnant, c’est la grande capacité qu’ont les élèves, même débutants, à surfer sur les dissonances et consonances de la gamme majeure. En peu de temps, nous incorporons des renversements d’accords, des notes pédales et pour couronner le tout, des degrés altérés. On peut choisir des jeux de créations mélodiques sur plusieurs tonalités majeures sans aucun problème si toutefois il y a un guide. Là, où il y a une perte de contrôle c’est sur les dominantes secondaires comme C – A⁷ – Dm⁷ – G⁷ – C ou C – Em^7b5 – A^7b9 – Dm – Dm^ma7 – Dm⁷ – G⁷ – C. ou encore Cmaj⁷- Gm⁷ – C⁷ – Fmaj⁷… Pendant une mesure ou deux, l’élève perd tous ses repères mélodiques. Pourtant il n’est pas plus difficile de faire une gamme mineure jazz ou harmonique qu’une gamme majeure et c’est pour cette raison que je considère qu’il faut se donner des repères aussi forts qu’en majeur. Surfer sur la gamme mineure harmonique et surtout mineure jazz demande des heures et des heures d’explorations mélodiques. La première condition est de pouvoir faire ces deux gammes mineures à partir de n’importe quelle note aussi facilement qu’une gamme majeure. === La gamme de ''do'' ''majeur b6'' (majeur harmonique) === '''Exemples sur quatre modes''':[[Fichier:Exemples sur quatre modes.pdf|thumb|Exemples sur quatre modes]] Si le simple fait d’abaisser la tierce d’une gamme majeure pour obtenir une gamme mineure jazz vous déstabilise, la prochaine gamme risque d’être pire encore. On a donné à la gamme mineure la possibilité d’abaisser la sixte pour créer le mode mineur harmonique, il serait injuste de ne pas donner la même chance au mode majeur : do, ré, mi, fa, sol, lab, si, do L’intégration de la 6te abaissée permet au mode majeur de s’enrichir des accords de IIm^7b5, V^7b9(V^13b9), IVm et VII^dim7. Le I{{e}} degré et le III{{e}} reste inchangé tandis que le bVI sera un accord augmenté, peu fréquenté mais qui donne à la gamme lydien augmenté #2 un excellent choix mélodique (voir 37.1). Cette note apporte son lot de consonances et de dissonances tout comme d’autres modes auparavant. Le traitement mélodique du lab sur le premier degré demeure le plus fragile. On choisit habituellement l’option du la bécarre qui nous ramène à la tonalité de ''do'' majeur. On peut profiter de l’occasion pour explorer le chromatisme sur sol, lab, la, lab, sol ou encore sol, lab, la, la#, si do qui se marie admirablement à cette harmonisation vieux jazz. Il est essentiel pour le musicien, appelé à louvoyer sur cette nouvelle harmonisation, d’avoir en mémoire la tierce majeure. Il faut rester dans un monde majeur. Je conseille d’explorer mélodiquement les sonorités plus évidentes comme : IIm^7b5 (Dm^7b5) avec le V^7b9 (G^7b9) vers I majeur naturel (C maj⁷). Le choix de l’accord G^13b9 est idéal car cet accord se retrouve uniquement dans cette gamme et renferme tous les sons de la gamme majeure b6. L’alternance des deux modes se fait souvent sur la cadence V¹³(G¹³), V^13b9(G^13b9), Cmaj⁷ ou IIm⁷(Dm⁷) IIm^7b5(Dm^7b5), G⁷, C. L’accord du IV{{e}} degré mineur sous la forme de Fm, Fm⁶ et Fm6^maj7 (accord unique à la gamme majeure b6) demande à être explorer en boucle et/ou en alternance avec l’accord bVI augmenté (Ab^aug). Le mi bécarre peut surprendre au départ, mais s’intègre facilement par la suite à la mélodie. L’accord de VII^dim7(B^dim7 et les renversements D^dim7, F^dim7, Ab^dim7) que l’on ne retrouvait que dans le mode mineur harmonique a maintenant une sonorité plus douce et surtout moins prévisible avec le mi bécarre, un peu à la Cole Porter. C’est d’ailleurs une de mes préférences sur un VII^dim7 de V (F#^dim7- G⁷ ) pour ''sol'' majeur b6 et ''do'' majeur. Les emprunts harmoniques au majeur b6 permettent de fréquenter d’autres avenues mélodiques et peuvent influencer les dominantes secondaires conduisant à une tonalité majeure. {{clr}} === Le chemin le plus rapide… === [[Fichier:Exploration mélodique no1.pdf|thumb|Exploration mélodique no1]] Il faut que le musicien puisse explorer à l’oreille (sans partition) toutes les tonalités majeures et mineures sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ceci afin d’éviter le chemin tortueux du mineur relatif tel qu’enseigné encore dans nos écoles. Il faut redonner à chaque mode sa propre autonomie qu’il détient du V7 . Ex : Cmaj⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷, le traitement mélodique pour cet enchaînement pourrait être : ''do'' majeur, ''sib'' mineur jazz, ''do'' majeur, ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. Je ne crois pas que l’armure d’un ''réb'' (pour ''sib'' mineur jazz) et d’un ''dob'' (pour ''lab'' mineur jazz) soit d’une grande utilité mais plutôt un énorme boulet. Il faut connaitre l’harmonisation de chaque mode sur le bout des doigts et en explorer les avenues le plus souvent possible. L’analyse des grands standards est indispensable et n’ayez pas peur des exceptions à la règle. Souvenez-vous que les dominantes secondaires (V⁷ , IIm⁷ – V⁷ ou IIm^7b5 – V⁷ ) n’affectent que les accords majeurs et mineurs quelle que soit leur fonction harmonique dans la pièce. Le retour à la tonalité se fait généralement en abaissant la 7{{e}} de l’accord majeur ou mineur. '' '''IMPORTANT : Toutes les explorations mélodiques (''improvisées'') sont enregistrées avec ma Takamine TC132SC (https://www.takamine.com/TC132SC), branchée directement dans la carte de sons de mon ordinateur afin d’éviter tous les bruits extérieurs. Bien sûr, la prise de son par un micro procure plus de chaleur, mais demande des conditions d’enregistrements exceptionnelles et beaucoup plus d’équipement professionnel dont un studio insonorisé. ''''' '''[[File:A1-Exploration mélodique no1 en wav.wav|thumb|A1-Exploration mélodique no1_en wav]]''' {{clr}} === Traitement mélodique sur une harmonisation chromatique descendante. === [[Fichier:Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013).pdf|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013)]] Le prochain exemple concerne le mouvement harmonique IIIm⁷, IIIb⁷, IIm⁷, IIb⁷, I, que plusieurs compositeurs ont traité musicalement. Théoriquement le IIIb⁷ et le IIb⁷ devraient être sur des modes mineurs jazz mais l’équilibre tonal est raffermi si l’on conserve la tonalité majeure. On pourrait presque dire une illusion auditive. Même dans le prochain exercice où le premier degré (A) n’apparait qu’à la seizième mesure, je vous conseille d’explorer ce chromatisme harmonique avec la tonalité de ''la'' majeur. '''[[File:Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav.wav|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav]]''' {{clr}}''' === L'accord du IV^7#11 sur des degrés de la tonalité. === [[Fichier:Exploration mélodique no4 sur IV7 11.pdf|thumb|Exploration mélodique no4 sur IV7 11]] On connait bien les enchaînements harmoniques par la dominante sur les degrés majeurs ou mineurs d’une tonalité (n’oubliez pas que le V⁷ est aussi un accord majeur) mais les compositeurs nous ont donnés aussi des mélodies fantastiques grâce à l’emploi du IV⁷ sur des degrés tonals. On peut penser à Desafinado et Triste de A.C. Jobim. Ainsi on pourrait avoir dans la même tonalité un IV^7#11 de Fm, un IV^7#11 de Cm, un IV^7#11 de Em ou un IV^7#11 de Dm tout en conservant un lien tonal à la pièce. C’est une avenue fort intéressante pour la création de nouveaux thèmes musicaux. '''[[File:Exploration mélodique no4-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique no4-en wav]]''' {{clr}} === L'imbroglio des modes === [[Fichier:Au clair de la lune (traditionnel).pdf|thumb|Au clair de la lune (traditionnel)]] Comme je le disais au début ce n’est pas l’ordre des sons qui détermine un mode mais bien le rôle qu’ils jouent dans l’harmonie. Ainsi do, ré, mi, fa, sol, la, si, do, pourraient être doriens s’ils sont apposés sur un accord de Dm, lydiens s’ils sont apposés sur un accord de F, myxolydiens sur un accord de G⁷ et même éoliens sur un accord de Am. Souvenez-vous que Jobim a composé une pièce qui s’appelle One Note Samba en faisant évoluer une seule note sur quatre accords différents. Sans harmonie l’ordre des sons ne veut rien dire. Sur une mélodie aussi simple que «Au clair de la lune» l’harmonisation peut être à deux accords, ce qui ne laissera que peu de place à l’exploration mélodique, mais si je donne aux mêmes notes une harmonisation différente, je peux changer la donne complètement. '''[[File:Au clair de la lune-en wav.wav|thumb|Au clair de la lune-en wav]]''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/au-clair-de-la-lune''' {{clr}} [[Fichier:Ballade pour film français.pdf|thumb|Ballade pour film français]] Je vous ai donné dans le pdf d’introduction, l’exemple d’un accord majeur du I{{e}} degré qui évolue bien malgré lui sur d’autres degrés, démontrant bien que l’ordre des sons est souvent mauvais juge. Avant d’écouter la prochaine pièce, je vous propose de lire la mélodie sans accompagnement, puis d’essayer d’imaginer ce qu’elle peut devenir pour le compositeur. Cet exercice ne peut se faire qu’une seule fois, car la mémoire aura retenue toutes les fonctions par la suite. '''[[File:Ballade pour film francais-en wav.wav|thumb|Ballade pour film francais-en wav]]''' ''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/1966-ballade-pour-film-francais-pour-deux-guitaresclaude-reid''' {{clr}} === Le chef d’orchestre === [[Fichier:Gammes du 4e schéma.pdf|thumb|Gammes du 4e schéma]] Nous avons tendance à penser que l’harmonie commence par le I^e degré mais le véritable maître d’œuvre est le V⁷ qui a lui seul orchestre tout le système harmonique tonal. C’est le seul accord qui respecte le spectre des harmoniques naturels et sur lequel tout le chromatisme mélodique est possible. Il est possible de faire des pièces uniquement avec des accords de type V⁷ (accord majeur et septième mineur) comme dans l’enchaînement blues typique : I⁷, IV⁷, I⁷, V⁷, IV⁷ I⁷, V⁷ . Chaque accord de ce type accepte mélodiquement la gamme pentatonique (ou blues) majeure et mineure sur tous les degrés. Ce n’est qu’à partir de la cadence V⁷ – I que tous les accords majeurs, mineurs, de quintes diminuées ou de quintes augmentées se mettent en place. Si on accepte tout ce que cette résolution apporte d’harmonie, il faut conclure que : # Cette résolution ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur. # Cette résolution génère soit une gamme majeure ou mineure (jazz) selon que la tierce est majeure ou mineure. # La gamme majeure et mineure (jazz) peuvent avoir une sixte abaissée pour former une gamme majeure b6 et mineure harmonique. # Chacune des gammes (4) génère sept degrés harmoniques (7 X 4= 28 degrés) # Chacun des 28 degrés forme une échelle sonore différente que l’on appelle mode (dorien, phrygien, lydien, etc.…) [[Fichier:Le chromatisme sur l'accord de V7.pdf|thumb|Le chromatisme sur l'accord de V7]] Le guitariste que je suis est nettement avantagé quant à la formation de tous ces modes car je profite de la symétrie des accords et des gammes. Les 28 modes sont à la portée de mes doigts comme le sont tous les accords de la guitare et me permettent en plus de transposer chromatiquement les informations harmoniques de chaque tonalité. Nous devons réaliser que le réflexe de chaque instrument est très différent. Si le flûtiste ou le saxophoniste doit apprendre les 28 modes dans les 12 tonalités chromatiques pour gérer l’éventail tonal, le guitariste peut tout visualiser en 5 positions. Ceci n’empêche pas les guitaristes d’être de différentes écoles quant à la vision harmonique et l’interprétation des modes. Cependant il va de soi que l’univers du jazz est devenu une référence tonale indéniable et un outil indispensable à tout musicien moderne. '''C’est pourquoi le guitariste classique doit s’approprier cette connaissance harmonique et mélodique à la mesure de son instrument et de sa technique.''' {{clr}} Voici un tableau sur le chromatisme harmonique de l’accord du V⁷. La seule exception est naturellement la 7{{e}} majeure qui harmoniquement ne peut s’intégrer à l’accord de dominante puisque celle-ci annulerait l’accord V⁷. Mélodiquement, en tant que note de passage, elle est acceptée. En regardant le tableau on comprend mieux pourquoi l’accord de Db⁷(bII⁷) et même l’accord de Dbmaj⁷ (bIImaj⁷) peut se substituer à l’accord de G⁷ (V⁷) puisque toutes les notes font parties des possibilités harmoniques du V⁷ . {{clr}} == Une vision guitaristique de l’harmonie == [[Fichier:Harmonisation des 5 schémas de gammes.pdf|thumb|Harmonisation des 5 schémas de gammes]] Aucun instrument ne peut avoir un rapport chromatique aussi visuel et efficace que la guitare. Les données harmoniques que l’on retrouve à l’intérieur d’un schéma de gamme se transposent intégralement de case en case sans exception, que ce soit pour une gamme majeure, majeure b6, mineure jazz ou mineure harmonique. Pour le guitariste, l’idée de partir d’un schéma de gamme majeure pour créer un mode majeur b6 en abaissant uniquement la sixième note est tellement évidente et chromatiquement sans faille qu’on ne peut la concevoir autrement. De même qu’abaisser la tierce d’un schéma de gamme majeure pour créer une gamme mineure jazz est sans faille également. De là à abaisser une sixte supplémentaire pour le mode mineur harmonique…rien de plus facile. '''La seule façon pour que tout autre instrumentiste acquiert une efficacité aussi rapidement que le guitariste est de rendre à chaque gamme sa propre autonomie par un calcul simple de : bémol 3 et/ou bémol 6 dans un rapport V7- I.''' Peu importe la tonalité, il y a dans un schéma de gamme à la guitare que la tierce et la sixte qui s’abaissent en alternance pour créer les quatre modes harmoniques. Si l’harmonisation change, le V7 lui demeure invariable. Inutile de vous rappeler que de contrôler 28 modalités (dorien, phrygien, lydien etc…) avec seulement deux notes est un avantage incroyable et qui plus est, quand il se transpose chromatiquement. Dans le prochain exemple, le réflexe guitaristique est repris intégralement dans l’écriture musicale afin de traduire tel qu’il apparait pour le guitariste à l’intérieur d’un schéma de gamme. N.B- Il faut conserver l’armure du mode majeur car le cycle de quinte est basé uniquement sur le tétracorde majeur. Vous possédez maintenant l’harmonie en cinq schémas majeurs et mineurs à la guitare. Les cinq schémas sont issus des positions accords de C, G, D, A, E que tous les guitaristes connaissent bien. Ces accords forment le cycle de quinte qui est à la base de l’harmonisation à la guitare. Le schéma no1 c’est aussi la transposition chromatique de l’harmonisation de C, le schéma no2 la transposition de G, le schéma no3 de D, le schéma no4 de A et le schéma no5 de E . Il est essentiel de travailler la transposition de chaque schéma aussi bien mélodiquement qu’harmoniquement car il permettra au guitariste de visualiser toutes les tonalités majeures et mineures sur toute l’étendue du manche. {{clr}} === Tableau harmonique et guide d'exploration mélodique === [[Fichier:Tableau et guide harmonique.pdf|thumb|Tableau et guide harmonique]] {{clr}} === Projet de création sur une valse jazz === [[Fichier:Projet de création sur une valse jazz plus exemple.pdf|thumb|Projet et exemple de création sur une valse jazz]] Le projet de création suivant vous propose d’explorer mélodiquement dans six tonalités différentes, situées pour cet exercice en VII^e et VIII^e position à la guitare. Les différents phrasés devraient se diviser en quatre mesures, ce qui est la norme la plus fréquente en musique. Au début vous aurez tendance à vous accrocher au côté visuel des gammes, mais il faut travailler jusqu’à ce que les transferts se fassent tout naturellement à partir de n’importe quelle note. ''N.B- Le point encerclé représente la fondamentale de la gamme et donc détermine sa position sur le manche.  '' '''[[File:Valse jazz labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Valse jazz labo (mélodie)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (mélodie)-en wav]]''' {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°1 === Il faut être en mesure de visualiser toutes les informations que nous suggère un schéma d’accord qu’il soit majeur, mineur ou dominante. Étudions d’abord le schéma no1 qui débute sur la position de do. Il faut apprendre à reconstruire tout de qui gravite autour de la fondamentale, la tierce(majeure ou mineure) et la quinte de l’accord et ceci chromatiquement sur le manche. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no1 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°1 sur do et mi]]''' | '''[[Fichier:Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord no1.pdf|thumb|Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord n°1]]''' |} </div> {{clr}} Voici trois exercices qui vous permettront de vous familiariser avec l’harmonisation du schéma d’accord no1. Ces exercices devront être transposés chromatiquement sur le manche. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°4 === Les cinq positions fondamentales à la guitare se réfèrent aux tonalités majeures du cycle de quintes soit : ''do, sol, ré, la, mi'' . Nous voyons alors que le schéma no4 s’intègre également entre le schéma no1 et no2 en abaissant celui-ci d’une octave. Ceci est valable pour le schéma no5 que l’on retrouve entre le no2 et no3. Si l’on demeure à l’intérieur des cases I à XII, l’ordre des schémas dans la tonalité de ''do'' sera : no1, no4, no2, no5, no3. Toutes les tonalités majeures et mineures empruntent les cinq positions harmoniques mais dans un ordre différent à chaque fois. Ce qui, pour le guitariste qui connait chaque gamme et harmonisation, ne posera pas de difficulté. Donc, il est normal de retrouver dans les schémas no1 et no4 des harmonisations identiques et qui aideront souvent à résoudre des harmonisations plus complexes. N’oubliez pas que l’important est de mémoriser tout ce qui autour de chaque schéma d’accord. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no4 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°4 sur do et mi]]''' |'''[[Fichier:Exercices sur schéma d'accord no4.pdf|thumb|Cinq exercices d'harmonisation sur le schéma d'accord n°4]]''' |} </div> {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°2 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib]]''' Le schéma d’accord no2, représenté par sol dans le cycle de quintes, est bien sûr une position incontournable à la guitare. Les cordes ouvertes rendent cet accord très résonnant sur les six cordes de la guitare. Malheureusement son application s’arrête souvent à la tonalité de ''sol'' majeur à cause de la difficulté de transposer chromatiquement ce schéma d’accord sur le manche. Le guitariste choisi plutôt de le remplacer par son schéma voisin immédiat, le schéma d’accord no5. Il y a par contre de belles sonorités à explorer et facilement transposables sur les accords de V⁷, V^7b9, V¹¹ ,V^{13/sans fond.} , V^{13b9/sans fond}. La version mineure en surprendra peut être quelques uns car elle est généralement sous-estimée. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°5 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no5 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord n°5]]''' Le schéma d’accord no5 représenté dans le cycle de quintes par l’accord de mi est certainement la position la plus utilisée à la guitare. Sous la forme majeure, mineure ou dominante (7), elle demeure la transposition la plus facile sur les six cordes de la guitare. Par contre, l’accord de mi avec cordes ouvertes ne se prête pas à l’harmonisation du schéma no5 puisque six notes manquent à la version intégrale. On peut cependant combler ce manque en empruntant au schéma no3 mais la transposition harmonique et mélodique n’est pas à conseiller. J’ai choisi l’harmonisation sur les accords de sol et de sib en schéma no5 car elle remplace souvent l’harmonisation des accords de sol et sib que nous venons de voir en schéma no2. Pour le guitariste classique, le traitement harmonique et mélodique du schéma no5 se retrouve surtout de fa à ré. Il faut porter une attention particulière à ce schéma car il contient beaucoup d’informations harmoniques et pour cette raison il demeure le plus sollicité. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°3 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no3 sur fa et la.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no°]]''' Le schéma d’accord no3, correspondant à ré dans le cycle de quintes, n’a que quatre cordes à l’état fondamental ce qui lui enlève beaucoup de possibilités harmoniques. Il emprunte quelques fois son harmonisation au schéma no5 et aussi au schéma no1. Pour le guitariste classique son application se situe surtout de mi à do. '''En résumé :''' Les cinq schémas harmoniques visualisent tout ce qui se transpose chromatiquement sur le manche. Il y aura toujours des exceptions sur les accords avec cordes ouvertes, qui offrent des harmonisations intéressantes, mais il faut les analyser individuellement quand la transposition chromatique est impossible. Quoi qu’il en soit, même s’il y a une grande quantité d’informations sur les cinq schémas, cela est nettement mieux que d’apprendre de façon aléatoire et sans repère le dictionnaire complet de tous les accords à la guitare. Il ne s’agit pas d’apprendre tout par cœur, mais uniquement de se familiariser avec tout ce qui gravite autour de la fondamentale, la tierce, la quinte, la septième, la neuvième. {{clr}} === Le premier degré sur les tonalités de : ''do, sol, ré, la, mi'' === '''[[Fichier:L'ordre des schémas selon les tonalités (deuxième version).pdf|thumb|L'ordre des schémas selon les tonalités de do, sol, ré, la et mi]]''' Afin de mieux se familiariser avec l’ordre des schémas, analysons d’abord l’accord du I{{e}} degré sur cinq positions pour ensuite appliquer ce principe à toutes autres tonalités. Si pour la tonalité de ''do'', l’ordre des schémas est : no1, no4, no2, no5 et no3, pour la tonalité de ''sol'' il sera de : no2, no5, no3, no1, no4 et ainsi de suite pour toutes les tonalités majeures et mineures. (Voir tableau) {{clr}} === Harmonisation des sept degrés d’une tonalité sur cinq schémas === '''[[Fichier:Harmonisation- do maj. do maj.b6 , do min.jazz et do min.harm.sur cinq schémas.pdf|thumb|Harmonisation des tonalités de do, do maj.b6, do min. jazz et do min. harm. sur cinq schémas]]''' Il s’agit maintenant de suivre une harmonisation sur les sept degrés d’une tonalité, laquelle est représentée verticalement, vers une progression sur cinq schémas représentée horizontalement. Ce tableau nous permet d’avoir une vision complète de l’harmonisation d’une tonalité sur le manche. La première analyse se fait d’abord sur les quatre modes qui gravitent autour de l’accord de G⁷ (V⁷), soit ''do'' majeur, ''do'' majeur ''b6'', ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique, en référence au tableau 2.1. N’oubliez pas qu’il faut se référer à la position des schémas pour les doigtés de main gauche. '''Rappel :''' Il est impensable pour moi d’emprunter l’armure de la tonalité de ''mib'' pour les modes de ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique car il ne peut y avoir d’accord de G⁷ (V⁷) avec un sib à l’armure. Le maître d’œuvre reste toujours le V⁷ . {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sol''. ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sol en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur le groupe harmonique de sol en 5 schémas et 4 modes]]''' Comme toujours, chaque groupe tonal comprend le mode majeur, le mode majeur b6, le mode mineur jazz et le mode mineur harmonique. On retrouve dans le groupe tonal de ''sol'', issu de la relation V⁷-I (D⁷-G), les mêmes formations d’accords que dans le groupe tonal de ''do'' mais dans un ordre différent. Dans ce cas-ci l’ordre des schémas sera : schéma no2, schéma no5, schéma no3, schéma no1 et schéma no4 tel que démontré dans la section 2.8. {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''ré'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''ré'' sera : schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 et schéma no5 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''la'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''la'' sera : schéma n°4, schéma n°2, schéma n°5, schéma n°3 et schéma n°1 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''mi'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''mi'' sera : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''fa'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''fa'' est le même que la tonalité de ''mi'' : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sib'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''sib'' est le même que la tonalité de ''la'' : schéma no4, schéma no2, schéma no5, schéma no3 et schéma no1 {{clr}} ==== Conclusion ==== [[Fichier:Conclusion exemple.pdf|thumb|Traitements harmoniques sur des dominantes secondaires]] Le guitariste expérimenté aura compris que la formule est répétitive et qu’il n’y a que l’ordre des schémas qui varie d’une tonalité à l’autre. L’exercice permet aussi de constater que la formule ''b3'' et ''b6'' est très simple, mais surtout très efficace visuellement et digitalement. Il faut se rappeler qu’en musique tonale, la relation V⁷-I est permise sur tous les accords majeurs et mineurs et sert de tremplin à toutes modulations même chromatiques. Vous aurez pris note que la formule II^m7- V⁷ et II^m7b5 - V^7(b9) s’applique autant en majeur qu’en mineur et que l’accord de VII^dim7 peut aussi être associé au mode majeur. Le IV{{e}} degré accède tant au majeur qu’au mineur mais surtout au majeur avec septième mineur (IV⁷). Cet accord est le seul à avoir une 11{{e}} aug, souvent appelé ''7b5'' dans la musique populaire et jazz (voir chapitre 1.11). Ne faîtes surtout pas l’erreur d’associer le V⁷ de II min. au mode dorien, le V⁷ de III min. au mode phrygien, le V⁷ de IV au mode lydien, le V⁷ de V au mode myxolydien et le V⁷ de VI m au mode éolien car le V⁷ appartient toujours au I{{e}} degré majeur, majeur ''b6'', mineur jazz ou mineur harmonique qui, par la suite ou immédiatement pourra devenir, selon le désir du compositeur, II min., III min., IV, V⁷, VI min. de tout autre tonalité ou de la tonalité première. {{clr}} == L'exploration mélodique == [[Fichier:Exploration mélodique en mib majeur et mineur.pdf|thumb|Exploration mélodique en mib majeur et mineur]] Je vous propose d’abord une exploration mélodique sur les tonalités de ''mi'' ''b majeur'', ''mi'' ''b majeur b6'', ''mi'' ''b mineur jazz'' et ''mi'' ''b mineur harmonique'' que l’on peut travailler seul ou avec des élèves. Cette exploration mélodique peut se faire sur tous les schémas de gammes mais pour la tonalité de ''mib'' le schéma de gamme no4 convient parfaitement. Après une introduction de quatre mesures, je vous propose un premier thème de huit mesures, suivi de huit mesures d’accompagnement qui vous permettrons d’explorer vos propres idées. Puis deux autres enchaînements de huit mesures séparées également par huit mesures d’exploration. La tonalité importe peu car, puisque la recherche se fait sur la guitare, ce sont les réflexes de gammes qui primeront. D’ailleurs, les quatre gammes du schéma no4 peuvent très bien se faire de ''do'' à ''mi''. J’ai mis en caractère gras le matériau harmonique de la présente exploration mélodique, sans compter l’introduction. Ce n’est qu’une petite quantité des possibilités harmoniques que nous offrent ces quatre modes. Puisque le V⁷ est le même pour les quatre modes et que mélodiquement ces modes ne se différencient que par deux notes (la tierce et la sixte), l’exploration mélodique devient un apprentissage très simple sans pour autant rien enlever à l’esprit créateur. N’ayez crainte de créer vos propres enchaînements harmoniques afin d’explorer d’autres possibilités. {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et majeur b6. === [[Fichier:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6.pdf|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6]] Toujours dans la tonalité de ''mib'', la prochaine exploration mélodique suppose le mode majeur en priorité puis majeur b6 comme mode complémentaire. Ce dernier est indiqué dans les mesures où cela est préférable. C’est un exercice stimulant et une excellente façon de vous familiariser en très peu de temps avec le schéma de gamme no4 dans ses deux formes majeures. '''[[File:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav.wav|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et mineur jazz === [[Fichier:En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz.pdf|thumb|En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz]] Vous devez cette fois compléter le thème de quatre mesures en louvoyant sur le mode majeur et mineur jazz. L’effet est simple mais très efficace car le thème comporte deux modes. Pour la suite, votre attention doit se porter sur la tierce majeure et mineure qui différencient les deux modes. . Le ré''b'' n’est qu’une note de passage qui n’affecte en rien la tonalité. '''[[File:En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode mineur harmonique === [[Fichier:En boucle sur Mib min.harmonique.pdf|thumb|En boucle sur Mib min.harmonique]] Nous terminons l’exploration des quatre modes reliés à la dominante Bb⁷ avec la tonalité de ''mib'' mineur harmonique. Toujours sur le schéma no4, afin de bien percevoir cette fois-ci la tierce et la sixte abaissées, cet exercice à de quoi plaire à tous pour son rythme, mais aussi parce que c’est le mode mineur le plus employé depuis des siècles. Il y aurait des centaines d’exercices à faire sur les quatre modes dérivés de la relation V⁷-I en ''mib'' ou autre, mais le plus intéressant est de suivre dorénavant ces quatre relations à travers différentes modulations. '''[[File:En boucle sur Mib min. harmonique-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib min. harmonique-en wav]]''' {{clr}} === Exercice en deux temps === [[Fichier:Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7.pdf|thumb|Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7]] Les compositeurs aiment généralement explorer d’autres avenues afin de stimuler leur inspiration et c’est bien naturel. Il suffit d’une mesure ou deux pour que la magie s’opère et que l’expérience prenne la relève. Que de perles j’ai entendu de la part de mes élèves qui se sont inutilement perdues fautes d’avoir retenu l’évènement. Il ne faut pas hésiter à répéter les tentatives de développement et mettre sur papier ou d’enregistrer vos idées afin de pouvoir y revenir plus tard. Bien sûr il faut avoir le réflexe digital et pour ce faire vous avez cinq schémas de gammes qui par une simple variante de tierce et de sixte vous permet de voyager à travers 28 modalités. Ce que je vous propose dans ces petites capsules en boucle est surtout une réflexion auditive sur diverses relations tonales tantôt évidentes, tantôt surprenantes. Je suggère de vous familiariser dans un '''premier temps''' avec la relation IIm⁷ – V⁷ et IIm^7b5 – V⁷ sur trois exercices en boucle. Puis, dans un '''deuxième temps''' suivra le traitement mélodique de l’accord maj^9#11, afin de compléter notre pièce musicale. '''Partie B, Premier temps :''' Il faut explorer trois choix pour la partie B dont les modes alternent entre le ''ré'' mineur jazz, le ''ré'' mineur harmonique, le ''do'' majeur et le ''d''o majeur ''b6''. Votre choix se fera sur une seule option de huit mesures qu’il faudra ajouter à la partie A. Naturellement, il ne faut pas prendre ma version mais en créer une nouvelle qui vous est propre. '''[[File:B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav.wav|thumb|B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' {{clr}} '''Partie A : Deuxième temps''' [[Fichier:Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3.pdf|thumb|Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3]] Je conseille de travailler la partie A en boucle puis d'ajouter l'harmonisation de votre choix pour la partie B. Ce n'est qu'une simple gamme de ''lab'' majeur placée sur l'accord de Dbmaj^9#11 mais il faut apprivoiser sa consonance. '''Accompagnement : [[File:B6-Exercice en deux temps Partie A en wav.wav|thumb|B6-Exercice en deux temps Partie A en wav]] ''' '''[[File:B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav.wav|thumb|B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav]]''' '''[[File:B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav.wav|thumb|B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav]]''' '''[[File:B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav.wav|thumb|B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav]]''' {{clr}} == Deux tableaux de références harmoniques == [[Fichier:Le matériau harmonique autour de l'accord de G7.pdf|thumb|Le matériau harmonique autour de l'accord de G7]] Je vous propose deux nouveaux tableaux pour vous imprégner des principaux matériaux harmoniques gravitant autour de l’accord de dominante. Nous voyons ici un accord de G⁷, responsable de l’harmonisation de quatre modes, lesquels se divisent en sept degrés harmoniques. Il ne s’agit plus de dire je suis en majeur ou en mineur, mais bien de connaître tout ce que me propose l’accord de dominante comme harmonisation. '''Dans le premier tableau''' il est question des différentes harmonisations que l’on rencontre le plus souvent sur chaque degré. Comme exemple, je constate que le I{{e}} degré des quatre modes a toujours une septième majeur, si septième il y a, et que l’accord du III{{e}} degré ne peut avoir de 9 min. Il faut donc se familiariser avec tous les états harmoniques que l’accord de dominante nous propose et qui, pour le mélodiste, deviendra un simple jeu de tierce et de sixte. ''N.B. Une erreur s'est glissée sur l'accord de G7 en mineur jazz, il n'y a pas de b9 sur cet accord.'' {{clr}} '''Le deuxième tableau''' suppose des emprunts harmoniques sur chaque accord majeur ou mineur. [[File:Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs.pdf|thumb|Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs]] Tous les accords majeurs et mineurs de ce tableau peuvent emprunter un V{{e}} degré (souvent précédé d’un II{{e}} degré) si la quinte de l’accord n’est pas altérée. Dans ce tableau les accords de Bm^7b5, Dm^7b5, Ab ^aug, Bdim⁷, Eb aug, Am^7b5 ne peuvent être précédés d’un V⁷ et encore moins d’un IIm⁷ ou IIm^7b5. À partir de là, la règle est simple. Un accord majeur peut emprunter en majeur et majeur b6 et un accord mineur peut emprunter en mineur jazz et mineur harmonique. N’oubliez pas que l’accord de dominante (V⁷) et sous-dominante (IV⁷) sont des accords majeurs. Bien sûr, tout ce beau monde se mêle à volonté. {{clr}} == En passant par le IVe degré == [[File:En passant par le IVe.pdf|thumb|En passant par le IVe]] '''[[File:En passant par le IVe degré, en wav.wav|thumb|En passant par le IVe degré, en wav]]''' J’ai emprunté ici quelques formules harmoniques employées couramment par les compositeurs de standards américains ayant le IVe degré du mode majeur comme point commun. Cet exemple a pour but de vous familiariser avec le jeu mélodique que permet le mode majeur associé au mineur jazz et au majeur b6 le tout agrémenté d’une petite modulation chromatique de type «copié/collé» et retour à la tonalité de do majeur. {{clr}} == En passant par le Ve degré == [[File:En passant par le Ve degré (partition et gammes).pdf|thumb|En passant par le Ve degré (partition et gammes)]] '''[[File:En passant par le Ve degré.wav|thumb|En passant par le Ve degré, en wav]]''' Le V{{e}} degré est un accord majeur et peut donc emprunter dans sa tonalité majeure et majeure b6. L’exercice no1 est très commun et s’emploi régulièrement dans les mélodies tandis que l’exercice no2, suggère le mode majeur b6. Bien que très consonnant, il est moins fréquenté, c’est pourquoi je vous propose d’y porter une attention particulière. L’accord de F#^dim7 correspond au VII{{e}} degré du mode majeur b6 et peut être remplacé par l’accord de D^7b9 , quant à l’accord de A^dim7 il s’agit simplement du renversement de l’accord de F#^dim7 . L’accord de Am⁶ peut facilement être associé à la tonalité de ''la'' mineure jazz en ajoutant la sensible sol# à la gamme. Mélodiquement, c’est une belle alternative à explorer. {{clr}}{{clr}} == En passant par le VI{{e}} degré mineur == [[Fichier:En passant par le VIe (partition).pdf|thumb|Exploration mélodique sur le VIe degré mineur]] '''[[File:En passant par le VIe (guide no1) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no1) en wav]]''' '''[[File:En passant par le VIe (guide no2) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no2) en wav]]''' Le VI{{e}} degré est également appelé le mineur relatif, mineur naturel ou mineur éolien. Le traitement du VI{{e}} degré mineur est aussi élémentaire que pour le II{{e}} degré mineur ou III{{e}} degré mineur car comme tout autre accord mineur il peut être mineur harmonique ou mineur jazz si celui-ci est précédé de son V⁷. Ce dernier souvent précédé du II^m7b5 ou du II^m7 selon que l’emprunt se fait sur le mineur harmonique ou mélodique. Vous constaterez en explorant mélodiquement le premier exercice que la transition entre ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur harmonique'' est très évidente. Le deuxième exercice entre le ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur jazz'' est moins courant, mais son emploi a créé de véritables succès commerciaux. {{clr}} == Exploration mélodique sur quatre modes == [[Fichier:Exploration sur 4 niveaux.pdf|thumb|Exploration sur 4 niveaux]] La prochaine exploration nécessite un premier thème à deux tonalités puisque les accords de Am et F^9(#11), bien que très conjoints, ne sont pas du même mode. La tonalité principale est bien sûr de ''la'' mineur harmonique et/ou jazz, mais comme l’accord de F⁹ suggère une 11{{e}} augmentée et oblige un mib comme 7{{e}} mineure, il faut considérer cet accord comme un IV{{e}} degré de ''do'' mineur jazz. Certains y verront un prétexte à une gamme blues, mais je préfère grandement explorer sur deux possibilités plutôt qu’une seule, et ainsi avoir une création moins prévisible. À ces deux accords, j’ai ajouté une descente en ''fa'' majeur, ''mib'' majeur puis retour au thème. Vous trouverez en page 3 du pdf les schémas de gammes suggérés. '''[[File:Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration mélodique sur les accords de Tenderly == [[Fichier:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly.pdf|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly]] La chanson Tenderly, que je ne peux malheureusement pas reproduire pour respecter les droits d’auteurs, emprunte son harmonie sur six modes, lesquelles sont l’essence même de cette superbe mélodie. On peut cependant explorer ou créer des centaines de mélodies sur une harmonisation existante sans problème ou encore, comme je vous le propose, s’en inspirer pour votre culture personnelle. Ici, l’exploration mélodique glisse admirablement sur l’harmonie même si les emprunts harmoniques sont fréquents. C’est un exercice valorisant qui devient rapidement enivrant. L’accord de Db^9#11 demande cependant une attention particulière en tant que IV{{e}} degré du mode de ''lab mineur jazz'' car quelque peu imprévisible. Si l’on veut garder l’ambiance modale de la pièce sur les accords de Fm^7b5 et de Bb¹³, je suggère une exploration sur ''mib maj.b6'' en alternance avec ''mib maj.'' car la mélodie originale se situe sur la sixième abaissée et la tierce majeure de la tonalité de ''mib''. N’oubliez pas que le terme I{{e}}, II{{e}}, III{{e}} position correspond toujours au premier doigt (index) sur le manche. Les schémas de gammes proposés sont soit en III{{e}} position ou IX{{e}} position pour les huit premières mesures et en V{{e}} et VI{{e}} position pour les mesures 9 à 16. Généralement, la mélodie est plus fluide sur les notes aigues que sur les notes graves. '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Quand le mode majeur devient jazz... == === Premier volet === [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-partition et gammes]] J’ai choisi cette fois une exploration simple autour de trois tonalités majeures mais combien efficaces. Je n’invente rien ici car ce sont des tendances harmoniques très fréquentées par les mélodistes jazz. Il y a tout de même deux nouveautés dans cet exercice. D’abord l’emploi de la gamme de ''ré majb6'' sur l’accord de Bb^dim , compte tenu que cet accord est aussi le renversement de l’accord de C#^dim (VII{{e}} degré en majeur b6) et la gamme de ''do majeur'', qui sans prévenir remplace la tonalité de ''ré majeur''. Comme quoi une simple gamme de ''do majeur'' peut sonner plus jazz que tout autre gamme blues. Il est fréquent d’employer l’accord de V^7b9 en majeur mais il ne faut pas oublier que c’est un emprunt au mode ''majeur b6''. L’oreille tolère facilement la sixte majeure en autant qu’elle n’est pas une valeur longue. Il faut noter que l’accord de Gm⁶ pourrait tout aussi bien être traité comme un IVmin⁶ en ''rémaj.b6'' sans problème. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} ==== Deuxième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz, volet no2.pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (partition et gammes)]] Nous retrouvons dans ce deuxième volet trois emprunts aux modes majeurs et un au mode mineur jazz. Dans la tonalité de ''la'' ''majeur'', l’accord de Fmaj⁷ apparait comme un accord étranger et nous pouvons le traiter comme un IV{{e}} degré de la tonalité de ''do'' ''majeur'' comme le veut la tendance ou comme I{{e}} degré en ''fa'' ''majeur''. L’accord de Bb^9#11 doit, quant à lui, être considéré comme un IV{{e}} degré en ''fa'' ''min. jazz''. Puis, comme dans l’exemple précédent, le I{{e}} degré se transforme en IIm⁷–V⁷ en ''sol'' ''majeur''. Ce transfert de tonalité peut se faire sur de courtes périodes et permet au compositeur de sortir d’un cadre trop prévisible. D’ailleurs, je prévois que vous aurez un peu de mal à insérer la tonalité de ''fa'' ''min.jazz'' à la mesure 4 si la tonalité de ''do'' ''majeu''r est affirmée sur l’accord de Fmaj⁷ de la mesure précédente. L’effet est incontestable quand il est bien inséré. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Troisième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no3 (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3]] Je fais maintenant un retour sur le chapitre 1.1, lequel est l’exemple parfait de la mémoire tonale dans notre tradition musicale. Nous sommes tellement conditionnés au mode majeur que même les accords de passage bIII⁷ et bII⁷ ne nécessitent plus aucun changement de gamme, si on le désire. Bien au contraire, la mémoire tonale apprécie de rester dans la tonalité majeure. Sur un rythme plus rapide que le précédent « scénario harmonique à la Jobim », je vous propose encore cet exercice comme troisième volet sur le mode majeur. J’ai opté pour la tonalité de ''la majeur'' au lieu de ''sib majeur'' afin de donner la chance aux guitaristes classiques qui n’ont pas de ''cutaway'' d’employer le schéma no1 qui se situe en IXe position. Je suggère que le guitariste explore toutes les avenues mélodiques en IV{{e}} position, VI{{e}} et VII{{e}} position et en IX{{e}} position pour ensuite se déplacer à volonté sur tout le manche. '''Remarque :''' ''Pour une analyse plus adéquate, on emploie de plus en plus l’appellation 7#11 pour l’accord 7b5.'' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav]]''' ''P.S.- Si vous préférez un accompagnement plus lent voir le chapitre 1.1'' {{clr}} ==== Quatrième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes)]] Puisque le volet no4 est construit sur une seule tonalité majeure, l’exploration mélodique sera en principe beaucoup plus simple, par contre, si l’on veut soutenir l’intérêt, il faut se renouveler davantage ce qui n’est pas sans maintes expérimentations. Vous trouverez sur la page 2, les quatre schémas de gammes majeures qu’il faut apposer bien sûr sur la note ''ré'' (le point encerclé). '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Cinquième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes)]] Pour ce cinquième volet, je vous propose de surfer sur quatre tonalités majeures, ce qui n’est pas plus exigeant qu’un seul si les schémas de gammes sont bien maîtrisés. Les deux premières tonalités de ''ré majeur'' et ''do majeur'' passent très rapidement mais procurent aussi un léger déséquilibre tonal qui ne manque pas d’intérêt, suivra immédiatement la tonalité de ''sol majeur'' puis une transition de huit mesures en ''mib majeur''. Remarquez qu’il est possible de considérer les deux premiers accords dans la tonalité de ''sol majeur'' en tant que VIm⁷ et IIIm⁷, mais ici je leur prête le rôle de IIm⁷ et VIm⁷ en ''ré majeur''. Comme toujours, tous ces exercices ont pour but de se familiariser avec les principaux scénarios harmoniques qui constituent nos plus beaux standards mélodiques. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Sixième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz- volet no 6 (partition et gammes)]] Le volet no6 comporte cinq tonalités majeures et une mineure harmonique sur un rythme de boléro cubain lequel vous permettra de bien saisir chaque tonalité. Je vous propose les schémas de gammes en VII{{e}} et VIII{{e}} position de façon à pouvoir sentir les yeux fermés les changements de tonalités. Si vous connaissez bien les schémas de gammes il devrait être assez facile de surfer sur les six tonalités en essayant de réinventer le mouvement mélodique d’une fois à l’autre. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav]]''' ===== Volet 6.1 ===== Il faut absolument terminer ce chapitre avec un rythme de valse jazz posé sur le présent scénario harmonique. Donc, imaginez une armure de 3/4 au lieu de 4/4 pour la partition avec une exploration mélodique sur les mêmes schémas de gammes que vous connaissez maintenant parfaitement. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} == Exploration sur The Shadow Of Your Smile (J. Mandel) == [[Fichier:Shadow exploration.pdf|thumb|Exploration et exercices sur l'harmonisation de la pièce The Shadow of Your Smile]] Pour le présent laboratoire, j’ai choisi d’emprunter l’harmonisation de la pièce The Shadow Of Your Smile composée par Johnny Mandel. Comme dans la plupart des pièces du répertoire standard le compositeur ne se limite plus à une tonalité majeure et sa relative mineure. Ici le mode mineur sera tantôt harmonique, tantôt jazz et les emprunts harmoniques se feront sur plusieurs degrés. Certaines gammes, comme dans les mesures 17 et 18 et 30, sont un choix personnel car elles pourraient tout aussi bien faire appel à une gamme mineure harmonique (si min. harm.) et majeure (sib maj.). Dans ces cas-là, c’est en explorant que le choix s’impose de lui-même. Je vous propose trois exercices en boucles pour vous familiariser avec les schémas de gammes majeures et mineures que j’ai installés en VIIe position surtout. '''[[File:Shadow en boucle no1-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no1-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no2-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no2-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no3-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no3-en wave]]''' '''[[File:Shadow exploration (avec guitare)-en wav.wav|thumb|Shadow exploration (avec guitare)-en wav]]''' '''[[File:Shadow exploration (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Shadow exploration (accompagnement)-en wave]]''' Il s’agit toujours d’explorations qui ont pour but de côtoyer (flirter avec) le monde de la création. Le but n’est pas non plus de faire un arrangement ni une improvisation inspirée de la pièce mais plutôt de créer de nouveaux horizons mélodiques sur un schéma harmonique. C’est pour cette raison que certains accords de passage ont été enlevés car trop dépendants de la mélodie. Pour les schémas de gammes no5 min. jazz et maj.b6 je vous conseille d’employer, du moins au début, les quatre premières cordes. {{clr}} == Analyse harmonique de Corcovado (Antonio Carlos Jobim) == [[Fichier:Corcovado (partition).pdf|thumb|Corcovado : Analyse harmonique pour fin d'exploration mélodique]] À mes débuts, dans les années soixante, alors que nous étions submergés par la musique rock anglaise, une autre musique envahissait le monde du jazz et même populaire et c’est la musique brésilienne avec A.C. Jobim, Stan Getz, J. Gilberto, L. Bonfa et bien d’autres encore. La plupart des thèmes étaient simples, mais sur une harmonisation très riche et une rythmique irrésistible. Tous les musiciens de jazz ont alors adopté cette musique que l’on entend encore aujourd’hui. Il m’arrivait à cette époque de vouloir jouer cette musique mais sans vraiment en comprendre toutes les subtilités harmoniques et bien sûr je ne pouvais les explorer que maladroitement. Comme professeur, j’ai mis de côté ceux qui croient que la musique est une inspiration divine pour au contraire donner ici un coup de main aux muses et à leurs élèves. J’ai choisi comme exemple la pièce Corcovado d’Antonio Carlos Jobim. Cette pièce ne dévoile pas immédiatement ses emprunts harmoniques, ce qui rend le musicien quelque peu instable sur les quatre premières mesures. On découvre en parcourant la pièce que la tonalité de ''do majeur'' est toujours présente dans l’esprit de Jobim et que toute l’harmonisation gravite toujours autour de celle-ci. Je vous conseille aussi de revoir le chapitre 4 sur les références harmoniques. Attention, car les accords de B^dim, D^dim, F^dim et Ab^dim sont ici considérés comme VII^e degré en ''do majb6'' et peuvent être remplacés facilement par les accords de G^7b9 ou G^13b9. Cependant l‘accord de Ab^dim offre un meilleur transfert vers l’accord de Gm⁷. Procédé aussi employé par Jobim dans sa pièce Wave. ''P.S.- Le Corcovado est le mont où surplombe le Christ Rédempteur à Rio. Voir la référence sur Wikipédia : http://fr.wikipedia.org/wiki/Christ_Rédempteur'' '''[[File:Corcovado (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Corcovado (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Corcovado (exploration)-en wave.wav|thumb|Corcovado (exploration)-en wave]]''' {{clr}} == Jobim encore == '''Séquence no1''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no1) partition.pdf|thumb|Séquence harmonique sur Desafinado]] Il faudra plusieurs explorations pour bien anticiper le traitement mélodique de la prochaine séquence harmonique. L’accord de G^7#11 est analysé comme un IV^e degré de la tonalité de ''ré min. jazz'' puis l’accord de Gb^maj7 comme IV^e degré de la tonalité de ''réb maj. '''[[File:Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no2''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no2).pdf|thumb|Jobim séquence no2]] Dans la séquence no2 le compositeur courtise huit tonalités en vingt-quatre mesures seulement. On peut souvent s’en tirer honnêtement sans tenir compte de tous ces emprunts harmoniques car beaucoup de notes sont communes à chaque tonalité mais il en résulte souvent des phrases courtes sans aucun lien entre elles. Une séquence mélodique doit être idéalement de quatre ou mieux encore de huit mesures. L’exercice ultime est d’anticiper au mieux l’harmonisation de la pièce de fois en fois et de jours en jours. D’avoir aussi les yeux sur la partition vous aideront énormément à structurer vos séquences mélodiques même improvisées. ''Conseil encore : Les schémas de gammes suggérés sont généralement sur les six cordes de la guitare, mais il est plus facile d’explorer mélodiquement sur les quatre premières cordes.'' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no3''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no3) partition.pdf|thumb|Jobim encore séquence no3]] Très peu de changements pour la troisième séquence sinon un accord surprenant de Ab^dim7 que l’on peut analyser comme un VII^e degré en ''do majb6'' puis la tonalité de ''lab maj.'' sur les accords de Bbm⁷ et Eb⁷ . '''[[File:Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave]]''' {{clr}} '''Conclusion''' [[Fichier:Jobim encore (Desafinado) partition.pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Desafinado]] En conclusion, je vous propose l’harmonisation intégrale de la pièce Desafinado avec huit mesures d’introduction en ''fa majeur''. J’ai ajouté la gamme de ''do maj.b6'' (au lieu de ''do maj''.) sur l’accord de G^7b9 à la fin de la séquence no1 puisque la mélodie originale insiste sur la note ''la'' bémol. La vitesse est légèrement plus rapide pour cette version finale (140). Ces trois exercices vous permettront, si constance il y a bien-sûr, de flirter avec une des plus belles compositions d’Antonio Carlos Jobim. '''[[File:Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav]]''' {{clr}} == Summertime == [[Fichier:Summertime (partition).pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Summertime]] La prochaine exploration risque de plaire à beaucoup de gens car la pièce Summertime de George Gershwin est certainement l’une des plus belles chansons du répertoire jazz. Harmoniquement, l’emploi du mineur jazz ne laisse aucun doute sur les accords de F#m⁶ et G#m⁶, ce dernier en remplacement de l’accord de C#⁷ ou encore de C#⁹/G#. Puis, sur les quatre accords de Bm j’analyse en dorien, c’est-à-dire en la majeur¹ et en fa# mineur harmonique pour C#⁷ et G#m^7b5/D. Je fais la même analyse sur les quatre dernières mesures. Certains seront tentés par la gamme pentatonique ou mineure blues, c’est bien aussi, mais personnellement je me sens prisonnier avec ces deux modes, ce qui ne m’empêche pas un emprunt surprise quelquefois. C’est aussi le temps d’explorer un peu de chromatisme lorsqu’une structure harmonique est aussi forte. Comme toujours je n’écris pas la mélodie, question de droit d’auteur, mais vous trouverez facilement plusieurs versions sur internet. '''[[File:Summertime (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Summertime (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Summertime (exploration)-en wav.wav|thumb|Summertime (exploration)-en wav]]''' ''1- Cette analyse convient mieux car normalement l’accord du IV degré en mineur jazz est un accord IV7 (B7 ou B9).'' {{clr}} == Gipsy de novembre == [[Fichier:Samba de novembre (partition et gammes).pdf|thumb|Samba de novembre (analyse et gammes)]] Un exercice, plus rapide cette fois, sur une harmonisation assez conventionnelle. D’abord on transforme le I^{^e} degré (Gmaj⁷) en IIm⁷ (Gm⁷) pour visiter la tonalité de ''fa majeur'' sur quatre mesures puis retour à la tonalité de ''sol majeu''r en passant par la tonalité de ''la min. harm.'' Pour la partie B, c’est le IV^e degré qui devient IIm⁷ (Cm⁷) en ''Sib majeur'' sur huit mesures, retour en ''sol majeur'' suivi d’une une visite surprise en ''mi majeur'' et retour en ''sol majeur.'' Tous ces enchaînements harmoniques de type IIm⁷-V⁷ ou IIm^7b5-V^7(b9) permettent aux compositeurs d’explorer des modalités nouvelles en un quart de tour sur des thèmes très simples quelquefois. À vous d’en faire maintenant l’expérience. '''Remarque :''' Les schémas de gammes suggérés pour cet exercice sont conjointement en VI^e, VII^e ou VIII^e position, mais c’est sans obligation bien sûr. '''[[File:Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav]]''' {{clr}} == Like a Masquerade == [[Fichier:Like a Masquerade (partition et gammes).pdf|thumb|Harmonisation et analyse en ''si min.'']] Je propose pour cette harmonisation très ''light jazz'', une exploration en alternant les gammes de ''si min. jazz, si min. harm., si dorien (la maj.)'' et même ''si min. blues.'' Pour la partie '''B''', une transition dans les tonalités de ''sol maj.'' et de ''fa# maj.'' puis retour à ''si min.'' Les VI^e et VII^e positions sont idéales pour cet exercice de création. '''[[File:Like a Masquerade (accompagnement).flac|thumb|Like a Masquerade (accompagnement)]]''' '''[[File:Wave-Like a Masquerade (exploration).wav|thumb|Wave-Like a Masquerade (exploration)]]''' {{clr}} == Gipsy Minor == [[Fichier:Gipsy Minor.pdf|thumb|Exploration en la min. harm.]] Voici un exercice de réchauffement qui remplacera avantageusement les exercices de gammes traditionnelles. Nous avons trois accords extraits de la tonalité de ''la mineur harmonique'', ce qui suppose d’altérer le sol en sol#, mais qui permet également l’emploi du sol bécarre sur les accords de Am et Dm. Le tout, mêlé d’un peu de chromatisme, vous permettra des variantes intéressantes. Afin de donner l’illusion de jouer avec plusieurs musiciens, j’ai inclus dans l’accompagnement une partie violon solo, ce qui vous permettra de préparer la réplique. '''[[File:Gipsy Minor (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy Minor (exploration)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Le rockabilly en labo == [[Fichier:Rockabilly (partition).pdf|thumb|Rockabilly analyse]] Il n’est pas très courant de jouer dans un style rockabilly à la guitare classique, mais si l’aventure vous amuse je vous suggère un exercice intéressant. Il faut savoir que la structure harmonique est souvent la même que la structure blues c’est-à-dire construite sur des accords de dominante auxquels on attribue le rôle de premier degré (I⁷), quatrième degré (IV⁷) et cinquième degré (V⁷). Certains musiciens joueront la gamme blues sur les trois accords mais cette option devient rapidement prévisible et surexploitée. Je vous propose d’explorer d’abord la gamme myxolydienne de chaque accord qui donnera dans la tonalité de la majeur : ''la myxolydien (ré majeur), ré myxolydien (sol majeur) et mi myxolydien (la majeur)''. A⁷ = I⁷ = ''ré maj.'' D⁷ = IV ⁷ = ''sol maj.'' E⁷ = V⁷ = ''la maj.'' Dans un premier temps, il faut se familiariser avec les trois gammes myxolydiennes puis, là où ça devient intéressant c’est d’y ajouter quelques notes de passage ou tension mélodique. Puisque chaque accord de dominante accepte la gamme chromatique, les possibilités sont nombreuses en autant que l’on conserve un équilibre tonal. J’ai construit l’exploration en trois volets. Le premier sans notes de passage, le deuxième avec notes de passage et le troisième avec notes de passage mais en VIIe position. Comme je dis souvent il ne faut pas reproduire l’exploration que je propose, mais d’en composer une ou plusieurs autres. Amusez-vous surtout! '''[[File:Rockabilly labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rockabilly labo (exploration)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == On Broadway Labo == [[Fichier:On Broadway Labo (partition).pdf|thumb|On Broadway Labo (analyse harmonique)]] Pour faire suite au style ''rockabilly'', rien de mieux que d’explorer la pièce ''On Broadway'' en se servant des mêmes schémas de gammes. Cette pièce est divisée en plusieurs groupes de deux accords ayant chaque fois les fonctions de Ve et IVe degré du mode majeur. Si la pièce précédente avait un mode par accord, cette fois nous avons plutôt deux accords par tonalité. On peut accepter la définition de mode mixolydien sur le V^e degré mais le IV^e degré fausse certainement cette appellation unique. C’est pourquoi j’indique sur la partition la tonalité source des deux accords. La formule est de huit mesures en ''ré majeur'', sept et demi en ''sol majeur'' plus une demi-mesure en ''la majeur'' et quatre mesures en ''ré majeur''. Je dois préciser que je n’ai pas employé la tonalité de ''la majeur'' dans mon exploration mélodique la jugeant superflue. Si vous êtes familier avec les schémas de gammes, il vous sera très facile de moduler un demi-ton à la fois. '''[[File:On Broadway Labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:On Broadway Labo (exploration)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === Fichiers manquants au chapitre 2 === '''L’harmonisation des cinq schémas d’accords''' '''[[Fichier:Harmonisation des cinq schémas d'accords.pdf|thumb|Harmonisation des cinq schémas d'accords à la guitare]]''' La connaissance de l’harmonisation des cinq schémas d’accords majeurs et mineurs est fondamentale pour tout guitariste professionnel. À chacune des cinq positions se greffe toutes les altérations, indépendamment du rôle harmonique de l’accord. L’avantage de cette visualisation harmonique est de pouvoir multiplier par douze les possibilités harmoniques de chaque schéma. Il n’est pas nécessaire de tout apprendre par cœur mais plutôt de comprendre le principe des altérations qui gravitent autour de chaque schéma d’accord. Il est très important de constater dans les prochains tableaux que les altérations sont les mêmes pour l’accord majeur, l’accord de dominante et mineur. Il y a seulement la tierce de l’accord mineur qui bouge. Le chiffre 7 sous-entend une septième mineure et le #5 peut être une sixte mineure pour certains modes ou un b13 si la 7e de dominante est présente. '''Harmonisation des schémas 1 à 5 :''' '''https://www.dropbox.com/sh/qd4m0w6f462vso8/AACqQqiTdTeZzuMeiSU0CBi8a?dl=0''' {{clr}} == Schéma harmonique sur Hotel C == [[Fichier:Schéma harmonique sur Hotel C.pdf|thumb|Schéma harmonique et gammes sur Hotel C]] On pourrait explorer pendant des heures et des heures sur cet enchainement d’accords qui est devenu la signature musicale du style californien des années 1970. Ce genre musical s’adapte bien à la guitare classique si on évite bien-sûr le piège de la copie intégrale. Peut-être que l’élève qui ne connait aucunement la pièce originale sera avantagé, c’est pourquoi pour ma part, je ne ferais pas entendre ce grand succès des Eagles, au début du moins. Je serais même curieux de comparer les versions des élèves qui ne connaissent pas ce succès et ceux qui ont subi l’amertume des ainés. J’ai choisi les accords avec renversements pour créer un mouvement chromatique, mais ce n’est pas obligatoire surtout si vous avez un bassiste. '''[[File:Hotel C (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Hotel C (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Hotel C (exploration)-en wav.wav|thumb|Hotel C (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Grilles (schémas) de gammes == [[Fichier:Grilles de gammes.pdf|thumb|Grilles de gammes]] Veuillez conserver les deux pages de grilles de gammes qui se divisent en cinq positions (schémas no1 à 5) dans les quatre modes (majeur, mineur harmonique, mineur jazz et majeur b6). Chaque groupe (schéma no1, no2, no3, no4, no5) ne se distingue que par la tierce (majeure ou mineure) et la sixte (majeure ou mineure) et renferme chacun tout le matériau harmonique qui lui est propre (voir chapitre 2). Chaque groupe dissimule 28 modalités différentes, d’ou l’importance de les assimiler parfaitement, sans oublier que tout ce bagage harmonique et mélodique se transpose chromatiquement. '''''Mes suggestions de gammes sont toujours en fonction de ces schémas.''''' ''P.S.-Mineur mélodique = mineur jazz et majeur harmonique = majeur b6'' {{clr}} == Acoustic Jazz Quartet no1 == [[Fichier:Acoustic Jazz Quartet no1.pdf|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 partition]] Voici un exercice qui s’inspire de nombreux standards jazz. On a ici une formule harmonique typique au standard jazz. La formule V⁷ ou IIm⁷-V⁷ s’applique aux différents degrés de la tonalité ce qui permet des emprunts mélodiques très variés. La séquence Fm⁷, Bb⁷, Eb^maj7 qui représente la formule IIm⁷, V⁷ de IV^maj7 est reprise en modulation temporaire (IV=IIm⁷) sur Ebm⁷, Ab⁷, Db^maj7. Cette formule est très souvent employée et facilement prévisible. L’exercice peut se faire au métronome à 100 ou à 140. '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Dire Rhythm == [[Fichier:Dire Rhythm (partition).pdf|thumb|Dire Rhythm (partition)]] Il faut voir le prochain exercice comme un stimulant au travail des gammes. Point besoin de créer une mélodie, je propose plutôt de laisser les doigts s’inspirer de l’harmonie de ''mi majeur'', tonalité très prisée par les guitaristes puisqu’elle permet l’emploi de plusieurs cordes ouvertes. L’accompagnement est dans le style [[w:Dire_Straits|Dire Straits]] d’où le titre Dire Rhythm à ce chapitre. Pour le guitariste classique, les schémas de gammes no1, no4 et no2 demeurent les meilleurs choix. '''[[File:Dire Rhythm (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Dire Rhythm (exploration)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no1 == [[Fichier:Rio Quartet no1 (partition).pdf|thumb|Rio Quartet no1 (partition)]] L’exercice Rio Quartet no1 vous paraîtra peut-être très déstabilisant à la première écoute, mais rassurez-vous car les nombreuses tonalités qui colorent cette pièce sont toutes majeures. Ce qui me plaît particulièrement dans cette pièce, ce sont les modulations rapides de l’intro qui rappellent la dynamique qui caractérise souvent les arrangements pour grands orchestres de jazz (stage band). Après l’intro, nous retrouvons le calme de la tonalité de ''do majeur'' en alternance avec la tonalité de ''mib majeur'' pendant 32 mesures puis, c’est le retour à l’intro par la tonalité de ''sol majeur''. '''[[File:Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Calling You du film Bagdad Café == [[Fichier:Analyse harmonique de Calling You.pdf|thumb|Analyse Harmonique de Calling You]] Tous les musiciens rêvent d’écrire une chanson aussi touchante que le thème du superbe film Bagdad Café, Calling You, composée par Bob Telson. Ceux qui ont vu le film reconnaîtront immédiatement les premiers arpèges lesquels appartiennent aux tonalités de ''sol majeur'' et ''ré majeur''. La coloration la plus frappante de la pièce est certainement l’emploi direct des fonctions IIm^7b5 – V⁷ en ''sol'', en ''la min.'' et en ''si min''. sans résolution afin de conserver l’intrigue harmonique (voir le tableau d’analyse). Bien sûr l’enchainement IIm^7b5 – V⁷ de I fait référence à la tonalité ''majeure b6''. Comme l’accord m7b5 peut jouer le rôle de IIm^7b5 aussi bien en ''majeur b6'' qu’en ''mineur harmonique'', il ne faut pas oublier qu’il peut être le VIIm^7b5 en ''majeur'' et VIm^7b5 et VIIm^7b5 en ''mineur jazz''. J’ai ajouté une deuxième option pour les mesures 9 à 16 pour vous permettre d’explorer d’autres avenues. Même si la pièce est logiquement en ''sol majeur'', je suggère également l’emploi de la gamme de ''ré majeur'' (excepté sur Cmaj9#11) ce qui donne une coloration lydienne souvent employée en jazz. Juste au moment de résoudre sur la tonalité de ''sol majeur'' le compositeur choisit de passer directement en ''sib majeur'' lequel sera le seul accord parfait majeur de toute la pièce. J’ai ajouté une version plus facile sur la portée supérieure qui sonnera très bien surtout si vous êtes soutenu par un bassiste. La tonalité originale (version Bob Telson) est en ''sol'' mais la version du film Bagdad Café est en ''sib''. Pour le guitariste, il suffit de mettre le capo en troisième position. Cette pièce vous donnera une belle occasion de vous familiariser avec l’accord IIm^7b5 que malheureusement certains musiciens populaires évitent toute leur vie. Il vous sera très facile d’entendre la version chantée sur Youtube en faisant référence au film Bagdad Café. '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no2 == [[Fichier:Rio Quartet no2 (Partition).pdf|thumb|Rio Quartet no2 (partition)]] La prochaine exploration, plus rythmée cette fois, comporte quelques modulations plus inattendues, mais demeure toujours dans les tonalités majeures et mineures habituelles. Quelques auditions avec la partition suffiront pour anticiper les événements. Comme toujours, les exercices d’explorations demandent beaucoup d’heures de travail, si travail il y a quand la recherche nous passionne. '''[[File:Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no1 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no1.pdf|thumb|Partition et analyse harmonique]] Dans la série Smooth Jazz Ballad, je vous propose de surfer sur l’harmonisation de la pièce ''Cry Me A River'' écrite par Arthur Hamilton en 1953 puis interprétée par de nombreux artistes, y compris en jazz instrumental. Comme à l’habitude, je ne reproduis que le scénario harmonique et vous propose une analyse pour faciliter la création mélodique. Il y a une option qui pourrait être également intéressante en ajoutant l’accord de Cm''b6'' afin de donner l’effet James Bond, mais malheureusement aucun logiciel ne reconnait cet accord pour le moment. Essayez-le plutôt en duo avec un ami. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (exploration).wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (exploration)]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no2 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no2.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 -Partition et analyse harmonique]] Ce laboratoire peut sembler un peu déstabilisant à la première écoute, mais en se référant à l’analyse harmonique de ''fa majeur'' à la page 3, il sera plus facile d’anticiper le mouvement mélodique qui ne demande souvent que peu d’altérations. Comme exemple, la note '''do#''' nous projette immédiatement en ''ré mineur harmonique'', le '''la bémol''' en ''fa mineur harmonique'', le '''fa#''' en ''sol majeur'' etc… Bien sûr, les doigtés de gammes (chapitre 23) doivent être complètement assimilés. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === À propos du IV^e degré === [[Fichier:À propos du IVe degré ( partition).pdf|thumb|À propos du IVe degré, analyse]] Vous aurez sans doute remarqué que la structure harmonique du IV^e degré passe souvent du IVmaj⁷ à IVmin⁶ ou IV⁷ et même IVm⁷=IIm⁷ dans de nombreux standards populaires ou jazz. Mélodiquement, il n’y aura que la tierce ou la sixte dans les tonalités de ''fa'' et de ''sib'' à surveiller, excepté si le IV^e degré devient IIm⁷ comme le font souvent les musiciens. Cette pratique découle sûrement de la tendance qu’on ceux-ci d’abaisser systématiquement la septième de tous les accords mineurs. Personnellement, j’aime bien conserver la septième majeure sur un accord mineur quand l’harmonie le suggère. Regardez l’évolution de l’accord de Bb comme IV, IVm⁶, IVm⁷, IV⁷ en ''fa majeur'' et ''mineur'', Imaj⁷, Im⁶ en ''sib majeur'' et ''mineur jazz'' ( IV=I) et IIm⁷ en ''lab majeur'' (IV=IIm⁷). Ces transformations sont monnaies courantes sur le IV^e degré, lequel ne devait être au départ qu’un accord majeur. {{clr}} == Bolero Labo No1 A et No1 B == [[Fichier:Bolero Labo No 1-A et B.pdf|thumb|Bolero Labo No 1A et 1B]] Dans le prochain scénario harmonique, l’accord mineur est sollicité plus qu’il n’en faut. On le retrouve sur le I^er degré, le V^e, le IV^e et même le VI^e degré de la tonalité de ''ré mineur''. Cependant, chaque accord peut être appelé à jouer plusieurs rôles harmoniques. Ainsi sur l’accord de Am, j’emploie à volonté la gamme de ''la mineur harmonique'' ou ''do majeur'', sur l’accord de Gm ma préférence est la gamme de ''fa majeur'' qui m’amène à son IV^em⁶ (Bbm⁶) puis, quand le même accord devient Bbm⁹, la gamme qui s’impose sera ''lab majeur'' (''mode dorien''). Je vous propose deux accompagnements légèrement différents mais qui proposent des chemins mélodiques semblables. Dans la version B, j’ajoute les notes de passages souvent employées sur les accords mineurs c’est-à-dire : (Dm, Dm^maj7, Dm⁷, Dm⁶) pour l’accord de Dm; (Am, Am^maj7, Am⁷, Am⁶) pour l’accord de Am puis (Gm, Gm^maj7, Gm⁷, Gm⁶) pour l’accord de Gm. C’est un procédé vieux comme le monde que l’on emploi lorsque la mélodie bouge très peu. J’ai collé d’ailleurs mon exploration sur les deux accompagnements pour démontrer le peu d’influence sur la mélodie. Peu importe la version qui vous inspire, le choix vous appartient. '''[[File:Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (exploration)-en wave.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Réflexion sur la fondamentale de l'accord majeur ou mineur == [[Fichier:La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde.pdf|thumb|La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde]] On sait tous que chaque son peut jouer le rôle de note fondamentale d’un accord majeur, mineur ou autres. Donc, sur chaque corde on retrouve douze notes fondamentales pour les douze cases de la gamme chromatique. Pour éviter la confusion des cordes ouvertes, je fais ici mon analyse à partir de la position III de la guitare. On constate que la note '''sol''' sur la 6e corde peut être la fondamentale du schéma harmonique no2 ou no5 seulement et que cela impliquera invariablement toutes les notes fondamentales sur la 6e corde. En continuant l’analyse sur les six cordes de la guitare, on découvre que l’harmonisation à l’état fondamental ne peut se faire que sur cinq schémas harmoniques. '''Sol sur la 6e corde :''' schéma no2 ou no5 '''Do sur la 5e corde :''' schéma no1 ou no4 '''Fa sur la 4e corde :''' schéma no5 ou no3 '''Sib sur la 3e corde :''' schéma no4 ou no2 '''Ré sur la 2e corde :''' schéma no3 ou no1 '''Sol sur la 1e corde :''' schéma no2 ou no5 '''La grande question est : Est-ce qu’on peut avoir plus de 7e, 9e, 11e, 13e que de fondamentales?''' '''Il est de toute évidence que toutes altérations harmoniques soient liées à leur fondamentale.''' Mais le chemin n’est pas simple pour autant. À la deuxième analyse, je me suis amusé à donner à la note '''do''' sur la troisième corde, un rôle harmonique différent, allant de la fondamentale à la treizième. Même si l’analyse n’est pas complète, on comprendra que chaque note sur la troisième corde peut recevoir le même traitement harmonique et que tout nous ramène aux cinq schémas harmoniques. On pourrait faire le même exercice sur les six cordes de la guitare qu’on arriverait au même constat. (Voir aussi le chapitre 2) Si vous êtes le moindrement visuel, le tableau des cinq schémas vous aidera grandement à mémoriser les très nombreuses possibilités harmoniques que les cinq schémas vous proposent. === Enchainement V⁷ avec la 7^e de dominante à la basse === [[Fichier:Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout.pdf|thumb|Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout]] S’il n’y a que cinq schémas de base, il faut aussi découvrir et retenir les innombrables possibilités que chacun d’eux renferme. Dans le diagramme le chiffre trois indique la tierce de l’accord, le chiffre 5 indique la quinte de l’accord, mais retenez surtout le chiffre ''7 en rouge'', car il détermine la 7e de dominante lorsque l’accord est majeur et la 7e mineure lorsque l’accord est mineur. Le chiffre 6 devient automatiquement une 13e de dominante lorsque la 7e est présente. Ainsi vous pouvez déjà visualiser des formules harmoniques qui vous permettrons de mieux mémoriser les nombreuses possibilités de chaque schéma harmonique. ''P.S. Le b5 n’est pas indiqué sur le schéma no1, mais vous aurez deviné qu’il est sur la 3e corde juste derrière le 5.'' {{clr}} == Les formules harmoniques des cinq schémas d'accords == [[Fichier:Les formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5.pdf|thumb|Formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5]] Je vous suggère fortement de conserver l' annexe du prochain chapitre car elle fait la synthèse de l’harmonie à la guitare sous forme, cette fois-ci, de formules universelles qui s’adaptent chromatiquement à toutes les tonalités. L’avantage est de permettre aux guitaristes de construire un accord spécifique dans toutes les tonalités sans la nécessité de mémoriser tout le dictionnaire des accords. On découvre ainsi que chaque schéma d’accord possède ses caractéristiques et ses limites harmoniques. Les formules harmoniques que j’ai répertoriées totalisent 262 sur cinq schémas majeurs et 125 sur cinq schémas mineurs pour un total de 387. Ces chiffres sont variables car on peut certainement trouver d’autres formules intéressantes. J’ai éliminé les accords trop acrobatiques afin d’éviter tout découragement. On se retrouve donc avec un dictionnaire de 387 formules harmoniques x 12 demi-tons chromatiques, pour un total de 4644 minimalement. Et je n’ai pas encore inclus les accords de quinte diminuée. Il n’est pas question d’apprendre tous les accords par cœur mais d’apprendre à les structurer grâce à la position majeure ou mineure originale. Il faut d’abord retenir où se situe la 7e mineure (rouge) qui annonce la dominante, ensuite les 9e, b9 et #9, M7, 6 de chaque schéma avant de tout essayer. Si vous apprenez les accords de façon aléatoire, il vous faudra un siècle pour tout retenir. N’oubliez pas que la différence entre un schéma majeur et mineur est minime. Les altérations sont au même endroit. Il n’y a que la tierce qui est déplacée, mais indispensable à l’accord. {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no3 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no3.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no3]] Une exploration tout en détente sur la gamme de ''ré majeur'' et un soupçon de ''si mineur harmonique''. Vous n’avez qu’à fermer les yeux et surfer sur la tonalité. N’oubliez pas d’enregistrer car la première version est souvent la meilleure. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav]]''' '''Exploration : https://soundcloud.com/user-608160828/smooth-jazz-ballad-no3-exploration-guitare-et-trompette''' {{clr}} == Jazz Funk no1 == [[Fichier:Jazz Funk no1 (guitare).pdf|thumb|Jazz Funk no1 (guitare)]] Voici un double exercice puisqu’il s’agit d’abord de combler l’accompagnement de la guitare pendant le solo de saxophone puis, si vous désirez, vous pourrez explorer à votre façon sur l’accompagnement (sans solo de saxophone) dans la tonalité de ''sib majeur'' sur un style jazz funk. '''[[File:Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav]]''' '''[[File:Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == All of Me (Gerald Marks and Seymour Simons) == [[Fichier:All Of Me (exploration).pdf|thumb|All of Me (exploration)]] C’est sur l’harmonisation d’un standard américain composé en 1931 que je vous propose de ''mélodier''* cette fois. La première version est telle que la version originale en ''do majeur'' et la deuxième est avec quelques ajouts harmoniques supplémentaires. J’ai choisi en premier lieu le style latin gipsy (manouche et bossa) qui confirme davantage l’harmonie sur chaque mesure. Une fois les réflexes bien établis, il sera plus facile d’anticiper les tonalités de ''la mineur jazz et/ou harmonique'', de ''ré mineur harmonique'', de ''sol majeur'' et même ''sol majeur b6'' dans un style jazz swing. Puisque l’accord de F#^dim7 dure une mesure complète, je le considère comme un VII^dim7 de G (''en majeur b6'') mais je conserve la tonalité de ''do majeur'' sur l’accord de Eb^dim7 puisqu’il ne dure que deux temps. Il faut préciser que les deux accords ont une structure harmonique identique. Vous constaterez que pour cette pièce les compositeurs ont choisis, comme c’est souvent le cas, des segments mélodiques de quatre mesures. C’est une façon traditionnelle mais combien efficace. • ''Dans le sens de créer une ou des mélodies sur un schéma harmonique.'' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:All of Me no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|All of Me no2 (exploration)-en wav]]''' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no3 == [[Fichier:Rio Quartet no3.pdf|thumb|Rio Quartet no3]] Comme on peut le constater dans le chapitre précédent, la plupart des mélodies de style standard jazz sont plutôt simples, mais elles ont la particularité d’emprunter l’harmonisation sur plusieurs modalités, ce qui procure aux mélomanes un intérêt indéniable. Par contre, l’élève s’y perd souvent, trop dépendant de l’armure qui lui est proposé, car si on indique une tonalité de ''do mineur'', il ne s’attend sûrement pas à explorer à la deuxième mesure la tonalité de ''mib mineur jazz'', à la cinquième mesure, la tonalité de ''sol mineur harmonique'', par la suite de ''fa mineur'' ou de ''lab majeur'' etc. Je conseille, puisque qu’il s’agit d’exercices sur des scénarios de standards existants, d’explorer mélodiquement sur les emprunts harmoniques suggérés jusqu’à ce que ceux-ci deviennent prévisibles à deux et même quatre mesures près. Bientôt le phrasé mélodique deviendra cohérant même s’il est différent à chaque fois. '''[[File:Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Ipanima == [[File:Ipanima.pdf|thumb|Harmonisation sans mélodie]] Le prochain exercice vous paraîtra déstabilisant à la première tentative d’exploration, mais en se référant continuellement à la partition et aux gammes suggérées, vous trouverez graduellement d’excellentes idées mélodiques. Il est donc préférable d’avoir la partition complète sous les yeux au départ. J’ai écrit, pour la partie A, l’accompagnement de guitare avec la quinte à la basse, mais c’est sans obligation. Ça ne change en rien l’analyse harmonique. Si vous aimez, celle-ci peut être jouée en II^e ou en VII^e position. Comme vous le savez déjà, je préconise la tonalité plutôt que l’accord pour la création mélodique, ce qui permet une anticipation plus large du mouvement globale d’une pièce. Les mesures 33 à 36 sont un bon exemple, car la mémoire harmonique nous rappelle à la tonalité de ''fa majeur'' malgré l’accord de D^7b9 et C^7b9. C’est aussi pour cette raison qu’un arrangement pour guitare seule devrait se faire bien après la création mélodique car ce sont des exercices très éblouissants mais qui figent et limitent la création. Mettez-vous plutôt en situation du musicien professionnel qui doit assurer un contrat en studio. Ce n’est pas un arrangement pour guitare seule qu’on vous demandera, mais beaucoup plus pour un esprit d’ensemble (accompagnement/solo) exactement comme l’exercice que je vous propose. '''[[File:Ipanima (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Ipanima (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Ipanima (exploration)-en wav.wav|thumb|Ipanima (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration sur 28 modes en abaissant la tierce et/ou la sixte d’une gamme majeure == [[File:28 modes dérivés.pdf|thumb|28 modes dérivés]] J’aimerais vous proposer cette fois un jeu d’exploration sur 28 modes. Il faut pour cela respecter l’ordre de la gamme et résister à la tentation de changer la tonalité. Le jeu consiste à surfer sur chaque mode et d’apprivoiser les tensions afin d’en découvrir toutes les subtilités. Comme les enchaînements harmoniques sont diatoniques, ils ne se prêtent pas vraiment à la création mélodique. Chaque accompagnement est fait sur sept modes dérivés d’une même tonalité. Ainsi, pour explorer sept modes, il suffit simplement d’improviser sur une seule gamme par exercice. Le mode s’établit de lui-même sur chaque degré. Il n’est absolument pas nécessaire de connaître tous les noms de modes, seule l’oreille musicale jugera. '''[[File:Modes dérivés de do maj (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj (accompagnement)]]''' '''1- Le mode iolien (gamme majeure)''' 2- Le mode dorien 3- Le mode phrygien 4- Le mode lydien 5- Le mode mixolydien 6- Le mode éolien (gamme mineure naturelle) 7- Le mode locrien '''[[File:Modes dérivés de do min jazz (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min jazz (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur jazz''' 2- Le mode dorien b2 3- Le mode lydien augmenté 4- Le mode Bartok 5- Le mode mixolydien b6 6- Le mode locrien bécarre 2 7- Le mode altéré '''[[File:Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur harmonique''' 2- Le mode locrien bécarre 6 3- Le mode majeur augmenté 4- Le mode dorien #4 5- Le mode phrygien majeur* (mode andalou) (''*La logique serait mixolydien b2 et b6'') 6- Le mode lydien #2 7- Le mode super-locrien diminué '''[[File:Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement)]]''' '''1- Le mode majeur b6''' 2- Le mode dorien b5 3- Le mode phrygien b4 4- Le mode lydien mineur 5- Le mode mixolydien b2 6- Le mode lydien augmenté #2 7- Le mode locrien diminué '''N.B. Les seules notes qui bougent dans ces 28 modes sont la tierce et la sixte. Pour transposer ces 28 modes, il suffit d’abaisser la tierce et /ou la sixte d’une gamme majeure. ''' Les 28 modes présentés de cette façon démontrent que le simple fait d’abaisser la tierce et/ou la sixte d’une gamme influence tout le système tonal. Heureusement les pièces de notre répertoire ne sont pas aussi diatoniques que ces exercices, mais elles se réfèrent aux mêmes sonorités. Le seul mode qui frise la perfection est sûrement le ''mode majeur'' où les tensions sont les moins dures. Je mets le ''mode mineur jazz'' en deuxième car, avec seulement une tierce mineure abaissée, il réussit à nous transporter dans une ambiance totalement différente. Que dire du ''mode Bartok'' et du ''mode mixolydien b''6, sans oublier le mode ''locrien bécarre 2'' et le ''mode altéré'' si souvent visités. Le ''mode mineur harmonique'' n’étonne plus aujourd’hui et sa coloration est évidente. Sur le premier degré, la sensible est toujours plus dure mélodiquement car, le réflexe dorien, très fort en musique tonale, nous interpelle à chaque fois. Le Ve degré est évident sur toutes les relations V7-Im et l’enchaînement V et VI, unique au ''mode mineur harmonique'', nous rappelle la musique andalouse. Le ''mode majeur b6'', comme son nom l’indique a seulement une sixte abaissée qui diffère du ''mode majeur''. Le I^e degré est le seul qui tolère difficilement la sixième mineure (lab), mais tous les autres degrés sont très consonants et facile à mélodier. Mes degrés préférés sur ce mode sont le ''dorien b5'', le ''lydien mineur'', le ''mixolydien b2'' et le ''locrien diminué'' sans oublier le ''lydien augmenté #2'' qui adoucit énormément l’accord augmenté et majeur7#5. On a souvent ajouté ces harmonies au ''mode majeur'' conventionnel sans vraiment réaliser l’emprunt au ''majeur b6''. '''Remarque :''' Bien sûr, analyser les modes de façon traditionnelle, c’est-à-dire en passant par le mode relatif pour expliquer les modalités issues des modes mineures rendrait cet exercice extrêmement complexe et gênerait comme toujours le bien fondé du mode ''majeur b6 (majeur harmonique). Tous ceux qui considèrent l’accord IV<small>7#11</small> comme le point central de l’harmonie devraient plutôt constater que le seul accord pouvant générer 28 modes, incluant le mode ''Bartok,'' est l’accord de dominante (V<small>7</small>). '''''Il faut toujours se rappeler qu’un mode ne s'identifie pas par une suite de sons, mais par la relation avec l’accord.''''' {{clr}} === Exploration (suite) === [[File:Exploration sur quatre modes.pdf|thumb|Exploration sur quatre modes]] '''[[File:Exploration en do majeur.wav|thumb|Exploration en do majeur]]''' '''[[File:Exploration en do mineur jazz.wav|thumb|Exploration en do mineur jazz]]''' '''[[File:Exploration en do mineur harmonique.wav|thumb|Exploration en do mineur harmonique]]''' '''[[File:Exploration en do majeur b6.wav|thumb|Exploration en do majeur b6]]''' L’exercice est le même que le précédent, mais sur des enchaînements harmoniques moins rigides et plus conformes aux standards musicaux. Pendant que vos doigts s’affairent sur la tonalité principale, l’harmonie transforme chaque note en relation modale à chaque accord. À ce jeu, le ''mode majeur'' remporte la Palme d’Or car il est de loin le plus souple et le plus fluide sur tous les sept modes qui le composent. Le ''mode mineur harmonique'' n’a pas la souplesse du mode majeur, mais il est tout de même très employé grâce à sa fusion avec le ''mineur éolien''. L’exercice que je vous propose concerne uniquement le ''mineur harmonique'' à l’état pur ainsi que les modes qu’il renferme. Le ''mode mineur jazz'' comme son nom l’indique est très important en jazz surtout à cause du IVe degré (''mode Bartók'') avec une structure de dominante (septième mineure sur un accord majeur) et une onzième augmentée. Le ''mode majeur b6 (harmonique)'' est le dernier arrivé dans nos habitudes harmoniques. Comme je disais auparavant, pourquoi on permettrait au ''mode mineur'' d’abaisser la sixième et pas au ''mode majeur''. Si on fait fi de la sixième mineure sur l’accord du Ier degré, l’harmonisation est très fluide et plus qu’intéressante sur tous les degrés. D’ailleurs, il est tellement avantageux de fusionner les deux modes majeurs comme on le fait déjà en mineur. Pour les besoins de l’exercice vous pouvez employer une sixième majeure sur le Ier degré et/ou en alternance. {{clr}} === G⁷ sur cinq modes === [[File:G7 sur cinq modes.pdf|thumb|G7 sur cinq modes]] Voici une analyse comparative de l’accord de G⁷ en tant que V^e degré des modes de ''do majeur, do mineur jazz, do mineur harmonique, do majeur b6'' et comme IV^e degré du mode de ''ré mineur jazz''. Les quatre modes de ''do majeur et mineur'' se différencient comme toujours par la tierce et la sixte, mais ceux-ci, transposées sur l’accord du V^e degré, deviennent la 13^e pour la note '''mi''' et 9^e pour la note '''la'''. Donc, pour les quatre tonalités de ''do'', les seules notes qui peuvent être abaissées sur le V^e degré sont le '''mi''' (13e) et le '''la''' (9e). En tant que IV^e degré du mode ''mineur jazz'', c’est la 11^e augmentée ('''do#''') sur l’accord de G⁷ qui fera de cet accord le seul et unique en son genre. Pour certains musiciens, il demeure la relation harmonique la plus fréquentée. Généralement, tous les accords de 7^e étrangers à la tonalité sont considérés comme des IV⁷ (mode Bartók). J’ai harmonisé le tout sur le schéma d’accord no5 et pour les modes, les chiffres en caractère gras représentent la fondamentale (1), la tierce (3), la quinte (5), la septième (7) et en petit caractère la neuvième (9), la onzième (11) et la treizième (13). ''N.B. – Il n’y a aucun lien mélodique entre les portées.'' {{clr}} == La gamme par tons == [[File:Gammes par tons et les accords.pdf|thumb|Gammes par tons et les accords]] La ''gamme par tons'' génère sur chaque note un accord de dominante dont la quinte est soit augmentée (#5) ou diminuée (b5), mais qui, contrairement aux accords 7b13 ou 7#11, n’implique pas la relation V7-I majeur ou mineur. La ''gamme par tons'' sera sûrement acceptée sur ces derniers accords, mais il ne faudrait pas qu’elle devienne un automatisme sans suivi mélodique. Si la ''gamme par tons'' vous intéresse, je vous suggère de vous familiariser avec différents doigtés d’accords de 7#5, 7b5, 9#5, 9b5 à l’intérieur des cinq schémas de base. La gamme par tons peut se jouer sur les six degrés de la gamme et dans n’importe quel ordre. Vous aurez donc deux gammes pour couvrir tout l’éventail des ''gammes par tons''. Vous pourrez vous inspirer des deux exercices d’accompagnements pour vous en convaincre. '''[[File:Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5.wav|thumb|Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5]]''' {{clr}} == Harmonisation en fonction de la fondamentale sur la 6e corde == [[File:Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde.pdf|thumb|Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde]] Voici quelques constats à observer : -Toutes les fondamentales se trouvant sur la sixième corde à partir de sol (troisième case) génèrent harmoniquement les mêmes intervalles. -Comme ces intervalles sont invariables, ils engendrent chromatiquement les mêmes positions d’accords : les schémas no2 majeurs et mineurs et les schémas no5 majeurs et mineurs. -On remarque aussi qu’à la guitare les accords majeurs débutent toujours par I, 3, 5, I ou I, 5, I, 3 et en mineur par I, 3m, 5, I ou I, 5, I, 3m. -Si la cinquième corde prend charge de la tierce et la quinte, il faut retenir que dans le cas présent l’harmonie empruntera souvent à la quatrième corde la 7e majeure et mineure ainsi que la 6e majeure et mineure (b6). C’est d’ailleurs la 7e et la 6e de l’accord qui serviront de pont vers les accords de 9e, 11e et 13e. -C’est aussi une vision différente permettant de réaliser des harmonisations complémentaires aux schémas no2 et no5. (Voir Les formules harmoniques des schémas no2 et no5) - Sur la seule fondamentale de la note ''la'' on peut compter près de 200 formules harmoniques, donc 2400 si l’on transpose le tout chromatiquement. ''N.B. Les cordes ouvertes E, A, D, G, B, E peuvent en tout temps alléger la main gauche si l’harmonie le permet. '' {{clr}} == Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde == [[File:Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde.pdf|thumb|Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde]] Comme dans l’exemple précédent, l’harmonisation de la fondamentale sur la 5e corde nous contraint à deux positions d’accords majeurs (schémas no1 et no4) et deux positions d’accords mineurs (schémas no1 min. et no4 min.). Je conseille à tous d’étudier ces quatre schémas, d’abord sans renversements afin de bien repérer les intervalles. Vous constaterez par la suite les nombreuses possibilités de renversements à la tierce, à la quinte et à la septième sur les cordes 5 et 6. Ne bouder surtout pas le schéma no1 mineur car les positions min9 (1, 3min, 7min, 9) et min6/9 (1, 3min, 6, 9) sont très prisées en jazz. Les renversements d’accords ainsi que les accords sans fondamentale ne doivent pas vous faire perdre de vue le schéma original car l’ordre des intervalles harmoniques en dépend entièrement. {{clr}} == Réflexion sur les positions harmoniques == [[File:Réflexion sur les positions harmoniques.pdf|thumb|Réflexion sur les positions harmoniques]] Il serait légitime de penser qu’il y a douze positions harmoniques à la guitare puisque chaque corde génère deux positions ou schémas harmoniques. Mais on constate déjà sur la quatrième corde un double du schéma no5 puis des doubles sur toutes les autres cordes. Il est donc inutile de refaire tout le travail harmonique puisqu’il est déjà structuré. Il faut donc éliminer toutes les positions en double et se concentrer sur les cinq positions majeures et mineures, lesquelles résument tout le squelette harmonique de la guitare. (Voir les pages 4 et 5). Quand on y réfléchit bien, on réalise que les 7^e majeures, mineures et/ou de dominante, les 9^e majeures, mineures ou les 13^e sont toutes générées par une fondamentale laquelle ne peut être issue que des cinq positions harmoniques de la guitare. Trouver la fondamentale c’est trouver le schéma harmonique. N.B. – J’ai mis toutes les positions sur les six cordes à titre de consultation, mais il faut seulement maîtriser les schémas majeurs et mineurs de 1 à 5. {{clr}} == Exercice de chiffrage d'accords == [[File:Exercices de chiffrage d'accords (partition).pdf|thumb|Exercices de chiffrage d'accords]] Pour le guitariste, la façon la plus rapide est de lire les accords tels qu’indiqués sur la portée, mais ce privilège n’existe pas pour l’arrangeur ou le musicien de studio. On sait tous que la plupart des partitions de studio n’indiquent que le nom des accords avec quelquefois la mélodie. Quant au compositeur, il est certainement celui qui se laisse le plus inspirer par la structure harmonique d’un accord ou d’un enchaînement d’accords, de là l’importance d’en explorer toutes les avenues possibles. Je vous propose un bref regard d’harmonisations extrait des cinq schémas majeurs et mineurs. Il ne faut pas oublier que la septième mineure est représentée en rouge sur les graphiques et que les chiffres 2, 4, 6, sont similaires aux chiffres 9, 11 et 13. Les cordes ouvertes offrent certes un allègement de la main, mais ne permettent pas la transposition chromatique de l’accord. {{clr}} == Étude en bebop == [[File:Étude en bebop.pdf|thumb|Étude en bebop]] Cette fois, je vous propose une petite étude en bebop, question de réchauffer les doigts et l’ambiance. Dans ces cas-là, la partition doit toujours être jouée en swing. Comme à l’habitude, vous avez la version accompagnement puis comme guide, la version avec mélodie. [[File:Étude en bebop (accompagnement).wav|thumb|Étude en bebop (accompagnement)]] [[File:Étude en bebop.wav|thumb|Étude en bebop]] {{clr}} == Rappel sur l'analyse harmonique == [[File:Rappel sur l'analyse harmonique.pdf|thumb|Rappel sur l'analyse harmonique]] Il est possible de créer 28 modalités en n’altérant que la tierce et la sixte d’une gamme majeure, mais il faut se rappeler que la cadence V⁷- I ne s’applique que pour la ''gamme majeure'', ''majeure b6,'' ''mineure harmonique et mineure jazz (b6)'' et non les modes qui en découlent. Les appellations V⁷ de IIm, V⁷ de IIIm, V⁷ de IV, V⁷ de V, V⁷ de VIm etc. sont trompeuses car qu’il n’existe pas de V⁷ en ''mode dorien, phrygien, lydien, myxolydien ou éolien''. Les dominantes secondaires empruntent la tonalité majeure ou mineure de l’accord placé sur un IIm, IIIm, IV ou autres mais pas sa modalité. Il faut toujours interpréter cette expression comme V⁷ - Im = IIm ou V⁷ - I = IV. Par contre, l’accord de la cadence jouera le rôle que le compositeur désire qui, là encore, sera une modalité dérivée des quatre modes majeurs et mineurs de base. C’est pour cette raison que les ''gammes majeures, majeures b6, mineures harmoniques et mineures jazz'' doivent devenir un réflexe instantané sur toutes les tonalités. (voir aussi le chapitre 43) ''P.S.- Il ne faut pas non plus confondre l’accord du IV⁷ qui lui suppose uniquement l’emploi du mode ''mineur jazz.'' '' {{clr}} == Projet d'exploration sur douze tonalités majeures == [[File:Exploration mélodique sur douze tonalités majeures.pdf|thumb|Partition pour exploration sur douze tonalités]] [[File:Projet d'exploration sur douze tonalités majeures.wav|thumb|Projet d'exploration sur douze tonalités majeures]] Il n’y a pas beaucoup d’élèves qui aiment faire des gammes surtout s’il n’existe aucune harmonisation pour les valoriser. On peut par contre suggérer aux élèves un exercice de création mélodique (improvisation, exploration) sur plusieurs tonalités mais dans un espace restreint sur le manche. Cet espace restreint oblige l’élève à travailler différents schémas de gammes, lesquels pourront être transposés facilement par la suite. '''Diaporama (partition et accompagnement)''' '''https://www.dropbox.com/s/6podzxl51mm0pg5/Exploration%20m%C3%A9lodique%20sur%20douze%20tonalit%C3%A9s%20majeures.avi?dl=0''' Je suggère l’exercice suivant afin que l’élève assimile avec intérêt les cinq schémas de gammes majeures. Les premières tentatives peuvent être plus ou moins décousues, mais le plaisir viendra avec le temps. Afin de vous donner une idée d'ensemble, voici un premier jet (impro) sur le jeu d'exploration mélodique à douze tonalités majeures. Il y a autant de jeux qu'il y a d'élèves et d'explorations et c'est là tout l'intérêt. J'ai ajouté un double jeu d'impro en contrepoint sur le deuxième exemple car, ce jeu est toujours intrigant pour les élèves. '''PREMIER JET : '''https://www.dropbox.com/s/br4sgmacu2jwwew/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20no1%29.wav?dl=0''' '''DEUXIÈME JET : '''https://www.dropbox.com/s/acpxklllfd8pleh/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20et%20jeu%20de%20contrepoint%20no1%29.wav?dl=0''' {{clr}} == Projet d'exploration sur modes mineurs harmoniques == [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes).pdf|thumb|Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes)]] [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (accompagnement).wav|thumb|Bande sonore d'accompagnement pour l'exercice de modulations en mode mineurs harmoniques]] Le point de départ d’une gamme mineure harmonique est le même que pour le cycle de quintes majeures dont on a abaissé la tierce et la sixte. On se souviendra que la gamme majeure, mineure harmonique, mineure jazz et majeure b6 (harmonique) sont toutes construites sur la même dominante. Il est donc inutile de passer par le mode éolien. Il faut accepter aussi le fait que la symétrie dans les doigtés de gammes est souvent impossible et qu’il faut changer de position de la main gauche. C’est un mouvement beaucoup plus souple qu’une extension des doigts et qui ne demande que très peu de mémoire digitale. Je conseille de glisser le premier doigt lorsqu’il y a quatre sons sur la même corde (1-1-3-4 ou 4-3-1-1). Dans une exploration ou une impro musicale, il faut être prêt à l’emploi de la gamme mineure harmonique de façon instantanée, surtout si la dominante annonce un accord mineur. Pour plus d’informations sur la nomenclature des schémas de gammes, vous pouvez consulter le chapitre 22 du Laboratoire de Guitare Pour le prochain exercice, vous allez constater que les gammes mineures harmoniques sont très évidentes et faciles, seule la transition entre deux gammes mérite votre attention. {{clr}} == Les modes mixolydiens == [[File:Les modes mixolydiens (partition).pdf|thumb|Trois exercices sur les modes mixolydiens (partition)]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no1.wav|thumb|Les modes mixolydiens,accompagnement pour exercice no1]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no2.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no2]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no3.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no3]] L’accord de dominante (V⁷) annonce généralement le I^er degré majeur ou mineur de la tonalité d’une pièce, sinon de la phrase musicale. La cadence V⁷- I ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur car la quinte du I^er degré représente la fondamentale de la dominante. On peut certainement avoir une cadence sur un autre accord de dominante puisque cet accord est majeur (quinte juste), mais les deux tonalités seront forcément différentes. Lorsque l’on construit une gamme sur la dominante d’une tonalité majeure ou mineure on parle alors du mode mixolydien. On y retrouve quatre formes de modes mixolydiens tel que démontré au chapitre 43. Pour annoncer une cadence sur un accord mineur on choisira un mode mixolydien b2, b6 ou mixolidien b6 et si la cadence est majeure on choisira surtout le mode mixolidien pur ou le mixolydien b2 pour les plus aventureux. Si la cadence annonce un autre accord de dominante les quatre possibilités sont possibles. Bien sûr, il n’y a aucune différence entre une gamme tonale et le mode mixolydien sinon que le lien entre l’accord de dominante (V⁷) et la gamme est immédiat. Beaucoup d’enchaînements traditionnels comme C, Am, Dm, G⁷, C se transforment en C, A⁷, D⁷, G⁷, C ou l’enchaînement C, Em, Am⁷, Dm⁷, G⁷, C en C, E⁷, A⁷, D⁷, G⁷, C, ce qui force le musicien à quitter temporairement la tonalité première pour d’autres horizons d’où l’emploi du mode mixolydien afin d’avoir une réaction directe à l’emprunt. Je vous suggère trois petits exercices où vous trouverez le mode mixolydien pour chaque accord de dominante ainsi que la source tonale de chaque mode. Pour ceux qui ont travaillé les cinq schémas de gammes majeures et mineures, il n’y aura aucune difficulté supplémentaire mais une réaction plus directe avec l’accord de dominante. La seule contrainte est de choisir si vous désirez annoncer à tout prix une cadence vers un accord mineur. Dans ce cas, le choix se portera sur les modes mixolydiens b6 ou b2, b6 qui sont les références pour les tonalités mineures jazz et mineures harmoniques. {{clr}} == Les grands oubliés… == '''Harmonisation sur les schémas de gammes majeures et mineures no1''' [[File:Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes]] Malgré la grande simplicité des positions d’accords de base à la guitare, les principes harmoniques de l’instrument restent toujours en suspens. On sait qu’il y a cinq positions majeures de base lesquelles se transposent chromatiquement sur le manche, mais pour les positions d’accords mineures les guitaristes n’emploient généralement que trois positions sur cinq, car les positions des schémas mineurs no1 et 2 sont à la fois difficiles et moins efficaces. (Voir le tableau des accords majeurs et mineurs) Malheureusement, cet oubli laisse beaucoup de lacunes dans l’apprentissage de l’harmonisation. De ce fait, vous constaterez dans les prochains tableaux que l’harmonisation des gammes mineures jazz, mineures harmoniques et majeures b6 en première position (schéma no1) ne font jamais partie des leçons d’harmonie à la guitare. Bien sûr, les guitaristes préféreront toujours la position mineure no4 à la position mineure no1 mais ils le feront maintenant avec discernement. J’ai volontairement réduit l’harmonisation à des positions qui se transposent chromatiquement afin de partager la connaissance sur toute la longueur du manche. ''N.B. La raison pour laquelle je n’identifie pas le mode de Do min. jazz et Do min. harmonique à la tonalité de Mib majeur est que le seul responsable de ces tonalités ainsi que Do maj. b6 est l’accord de G7 et non le Bb7.'' {{clr}} == Composer comme un Beatles… == Personne ne peut contester que les Beatles aient transformé la musique dans les années 60 en composant une quantité phénoménale de chansons souvent dans des styles très loin du rock populaire. Et pourtant, tout le monde suivait leur évolution religieusement. Comment de jeunes musiciens sans connaissances approfondies de la musique et avec des moyens techniques très modestes ont-ils pu avoir tant de créations musicales en si peu de temps? Il est évident qu’aucune composition de John Lennon, Paul McCartney ou George Harrison n’a été composée pour guitare seule, vous n’avez qu’à regarder la série Get Back pour comprendre l’évolution de plusieurs de leurs compositions. (https://www.imdb.com/title/tt9735318/?ref_=nv_sr_srsg_0) La composition ne doit pas être imposée par les doigts, ni au piano et surtout pas à la guitare qui demande encore plus de concessions. Dans le cas des Beatles, l’instrument soutient l’harmonie mais les voix sont complètement libérées ce qui leur permet d’aller dans toutes les avenues mélodiques et rythmiques. Les explorations mélodiques que je vous propose dans ce laboratoire sont d’excellentes façons d’apprendre à composer comme un Beatles, car elle libère le musicien de toutes les lourdeurs que suggèrent les arrangements pour guitare seule. Elles vous amèneront plus loin que l’instrument, plus loin que la voix et dans toutes les avenues des musiques tonales de votre choix. {{clr}} e94arltg7iv6spcxkys2698zepoeaxh 880961 880959 2022-07-30T16:17:31Z Claude Reid 19138 /* La gamme de do majeur b6 (majeur harmonique) */ wikitext text/x-wiki == Travail de recherche : Les relations gammes-accords à la guitare : Laboratoire de Claude Reid == {{Travail de recherche | idfaculté = musique }} == Relations gammes/accords == === Préface === [[File:Au sujet des relations gammes-accords.pdf|thumb|Au sujet des relations gammes-accords]] Ce laboratoire est dédié aux guitaristes classiques désirant s’approprier l’harmonie tonale, la création, l’exploration mélodique en symbiose avec la technique, la sonorité et la complexité de leur instrument. Ce qui, selon moi, devrait être une approche pédagogique complémentaire, mais vitale au programme de la guitare classique. J’aimerais préciser que j’emploie le terme laboratoire de guitare car, précisément un laboratoire n’est pas conçu pour reprendre des théories centenaires voir millénaires, mais pour expérimenter. Remettre les choses comme on les entend ou comme on les vit. La musique jazz et populaire sont de bons exemples d’indisciplines créatives, alors il ne faut surtout pas les figer. Pourquoi la guitare classique ne serait-elle pas également un outil de création au même titre qu’une guitare acoustique ou jazz? Qu'elle soit amplifiée ou non qu'importe, elle vous mènera ailleurs et ailleurs est sûrement préférable à la copie. Très peu d’élèves en guitare classique font carrière en tant que concertistes car les exigences sont extrêmes tout comme pour les pianistes ou violonistes d’ailleurs. Mais en plus, mais surtout en moins, la guitare n’est pas un instrument d’orchestre et n’a pas la prétention d’être concertant et aussi autonome que le piano. Soit, l’instrument est harmonique mais à un degré minime, comparé avec les instruments à clavier. Pourtant, la guitare dans toutes ses formes a permis la création de la majorité des chansons existantes. Un chansonnier peu composer une très belle chanson en n’apprenant que quelques accords à la guitare et il peut jouer dans toutes les tonalités avec huit à dix positions d’accords seulement. L’apprenti créateur constate immédiatement que les sons se transforment par le simple changement d’accord, je donnerais ici l’exemple de la chanson de Françoise Hardi ''Tous les garçons et les filles''. Il y a sûrement des centaines, voire des milliers de chansons sur les accords de C, Am, Dm, G7. Puisque l’on peut improviser pendant des heures sur ces quatre accords avec seulement la gamme de ''do majeur'' (les notes blanches du piano) on peut conclure que sur un scénario harmonique plus complexe ce soit également possible, en autant que l’on suggère un guide. Pour se faire, il faut absolument que le créateur, chanteur ou musicien se libère de toutes contraintes techniques. S’il y a un arrangement pour guitare seule que ce soit idéalement après la création. Notez que le présent laboratoire ne remplace pas le professeur de guitare, il vous guide harmoniquement et mélodiquement vers la création et non pas sur la technique de la guitare comme telle. {{clr}} === Harmonie et relations gammes-accords. === Tous les styles de musiques tonales y trouvent leur compte, puisqu’il est question d'une approche universelle de l'analyse harmonique où se côtoient le mode majeur, le mode mineur harmonique , le mode mineur jazz (mineur mélodique ascendant) et le majeur b6 (majeur harmonique). Le musicien doit pouvoir recréer ces quatre échelles sonores sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ici, la référence au mode relatif est inutile et même à éviter. Tous les accords majeurs ou mineur peuvent jouer le rôle de I{{e}} degré quelle que soit la fonction harmonique de l’accord en autant que la septième est majeure. Un accord majeur avec la septième abaissée devient automatiquement le V⁷ d’une autre tonalité majeure ou mineure et la septième abaissée d’un accord mineur devient à coup sûr un IIm⁷ puisque c’est la fonction la plus forte avec le V⁷. === L’accord majeur (exemple en ''do majeur'') === On sait maintenant qu’un accord de C majeur peut être le premier degré en majeur et en majeur b6. L’enchaînement Dm⁷ – G⁷ annonce la tonalité de ''do'' majeur et l’enchaînement Dm^7b5 – G^7b9 annonce la tonalité de ''do'' majeur b6. La tonalité majeure étant la plus pure des tonalités et la plus employée depuis des siècles, le musicien aura normalement le réflexe d’employer la sixième abaissée seulement de passage. Très souvent on aura l’emprunt sur le Ve degré comme Dm⁷-G^7b9 vers C maj⁷ qui nous donne un mouvement chromatique majeur, majeurb6, majeur. De là, il n’y a qu’un pas vers l’accord de Db⁷ qui se substitue à l’accord de G^7b9 dans un mouvement chromatique à la basse : Dm⁷ – Db⁷ – C maj⁷. Si l’accord de Db⁷ ne fait que remplacer l’accord de G^7b9, il n’affectera pas ou très peu la mélodie en majeur, mais si l’accent est mis sur cet accord, on conseille dans les bonnes écoles américaines de le considérer comme un IV⁷ , accord que l’on retrouve uniquement dans la tonalité mineure jazz(mineure mélodique ascendante). L’analyse mélodique sera ''do'' majeur – ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. === L’accord mineur === Si l’accord mineur joue le rôle de I{{e}} degré, même temporairement, il peut être précédé d’un accord IIm^7b5 – V^7b9 pour une tonalité mineure harmonique ou IIm⁷ – V⁹ pour une tonalité mineure jazz. Exemple : Dans la tonalité de ''do'' majeur, l’accord de Dm peut être précédé de Em^7b5- A^7b9 pour l’emprunt à la tonalité de ''ré'' mineur harmonique ou de Em⁷- A⁹ pour un emprunt à ''ré'' mineur jazz. Le Dm conserve généralement sa nouvelle tonalité jusqu’à l’arrivée probable de la 7e mineure qui lui confère de nouveau le rôle de II{{e}} degré mineur (mode dorien) en ''do'' majeur. On verra aussi en ''do'' majeur le VI{{e}} degré (Am) être précédé de Bm^7b5 – E^7(b9) pour une tonalité de ''la'' mineure harmonique et quelque fois Bm⁷ – E⁷ pour une tonalité temporaire de ''la'' mineur jazz. Vous reconnaîtrez sûrement une des mélodies les plus connues sur terre dont le scénario harmonique est C, Bm⁷, E⁷, Am, F, G, C. La mélodie ne laissant aucun doute sur l’emprunt au ''la'' mineur jazz (mineur mélodique ascendant) Le même constat que pour l’accord majeur s’applique pour le mouvement chromatique l’accord bII⁷ . === La création mélodique sur le canevas harmonique de ''do majeur''. === Le plus étonnant est la résistance qu’a la mémoire à retenir la tonalité première. À titre d’exemple, demandez à un jeune élève de jouer les sons de son choix uniquement en ''do'' majeur (disons les notes blanches du piano) sur un enchaînement harmonique de C, Am, Dm, G7. Puis de C, G, Am, Em, F, C, F, G . Plus souvent qu’autrement, il est stupéfiant de constater que la plupart des élèves résolvent les tensions mélodiques avec une facilité de plus en plus grande au fur et à mesure de l’exercice. La deuxième étape consiste à garder la même tonalité mais d’ajouter des accord de 7{{e}}, de 9{{e}}, de 11{{e}} et même de 13{{e}} dans un ordre aléatoire. À cet exercice, je n’ai jamais perçu de blocage créatif ou mélodique chez les élèves, bien au contraire. Les tensions mélodiques sont beaucoup moins fortes sur des accords de 7{{e}} et 9{{e}} et complètement absente sur un accord de 13{{e}} puisque toutes les notes de la gamme font parties de l’accord. Ma grande surprise est de constater que le chromatisme Fmaj⁷, Em⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷ ne déstabilise aucunement notre jeune créateur. Il en est de même pour un enchaînement connu comme Em⁷, Eb⁷, D^sus4, Db^7#11, C⁶. Il faut donc ajouter à toute gamme majeure l’harmonisation altéré du bIII⁷ et du bII⁷. === La gamme de ''do mineur jazz'' (mineur mélodique ascendant) === Demandons à notre nouveau créateur mélodique de substituer au mi la note mib sur toute l’étendue du piano. Il obtiendra grâce à ce mib, la gamme de ''do'' mineur jazz formée des notes do, ré, mib, fa, sol, la, si, do. C’est une gamme très employée en jazz et pour cause, car son harmonisation la rend plus qu’intéressante. Attention ici car, bien qu’il n’y est que la tierce d’altérée (mib), le réflexe auditif et digital n’est pas automatique. Il faut explorer ce mode très souvent pour en reconnaître toutes les subtilités mélodiques. La première reconnaissance mélodique peut être sur la cadence typique des accords de Am^7b5 – G⁷- Cm^6/9. Puis : Cm – F⁷ – Cm – G⁷ – Cm ou encore Cm – F⁹ – Cm – G⁹ – Cm L’accord de F⁷ ou F⁹ verra souvent sa 11e altérée ( F^7#11, F^9#11). Le traitement mélodique sur l’accord du IV⁷ ou IV^7#11 sera très utile dans le futur car on le propose souvent sur les accords étrangers à la tonalité. Comme en ''do'' majeur pour les accords de : Eb⁷(''sib'' mineur jazz) ou Db⁷(''lab'' mineur jazz). Sur ce mode il y a aussi deux accords de type m7b5 , sur le VI{{e}} (Am^7b5) et VII{{e}} (Bm^7b5) degré que l’on peut explorer en alternance ou en cadence. Un dernier exercice, afin de vérifier la compréhension tonale, est d’alterner l’accord de Cmaj⁷ avec Cm⁶ (ou F⁹) pour ''do'' majeur et ''do'' mineur jazz. Remarque : J’aurais tendance à laisser notre jeune élève assimiler ce nouveau traitement mélodique pendant quelque temps, car si l’on peut chanter une gamme majeur dans toutes les tonalités ,il faut un certain temps avant de pouvoir en faire autant avec le mineur jazz. === La gamme de ''do mineur harmonique'' === Le mineur harmonique quant à lui est très identifiable puisque l’on côtoie cette relation mélodiquement et harmoniquement depuis des siècles. À l’état pur, la gamme de ''do'' mineur harmonique n’a que deux altérations , la tierce abaissée et la sixte abaissée. Sur le clavier on abaissera en plus du mib, qui défini un mode mineur, la note lab pour une gamme de : do , ré, mib, fa, sol, lab, si, do. Ici, plus que jamais, le musicien doit avoir les réflexes aiguisés et reconnaître immédiatement la cadence V⁷-Im puisque c’est la relation la plus employée pour les dominantes secondaires mineures. Cette relation qui ne dure souvent qu’une seule mesure en laisse plus d’un sans voix. Pour explorer ce mode, je conseille la cadence Dm^7b5 – G^7(b9) – Cm en boucle. Puis Fm – Dm^7b5 – G^7(b9) - Cm ou encore Ab – G - Ab – G – Fm – Cm. N’oubliez pas l’accord de B ^dim7 et ses renversements D ^dim7, F ^dim7 et Ab ^dim7. === Réflexion === Nous venons de voir ce qui se consomme harmoniquement le plus souvent chez les créateurs de mélodies. Dans l’ordre d’utilisation il y a le mode majeur, le mode mineur harmonique et depuis peu le mode mineur jazz. L’harmonisation ne génère pas un système mélodique parfait, loin de là. Même le plus idéal des modes comporte des dissonances et l’improvisation est l’art de louvoyer et de surfer sur les consonances et dissonances. Si on accepte aujourd’hui la 7e majeure sur un accord de C il faut tout de même éviter le frottement de seconde. La note fa sur un accord de Em ne doit être que de passage etc… Sur les deux modes mineurs, le troisième degré est un accord augmenté que très peu de gens fréquentent. Ce qui est étonnant, c’est la grande capacité qu’ont les élèves, même débutants, à surfer sur les dissonances et consonances de la gamme majeure. En peu de temps, nous incorporons des renversements d’accords, des notes pédales et pour couronner le tout, des degrés altérés. On peut choisir des jeux de créations mélodiques sur plusieurs tonalités majeures sans aucun problème si toutefois il y a un guide. Là, où il y a une perte de contrôle c’est sur les dominantes secondaires comme C – A⁷ – Dm⁷ – G⁷ – C ou C – Em^7b5 – A^7b9 – Dm – Dm^ma7 – Dm⁷ – G⁷ – C. ou encore Cmaj⁷- Gm⁷ – C⁷ – Fmaj⁷… Pendant une mesure ou deux, l’élève perd tous ses repères mélodiques. Pourtant il n’est pas plus difficile de faire une gamme mineure jazz ou harmonique qu’une gamme majeure et c’est pour cette raison que je considère qu’il faut se donner des repères aussi forts qu’en majeur. Surfer sur la gamme mineure harmonique et surtout mineure jazz demande des heures et des heures d’explorations mélodiques. La première condition est de pouvoir faire ces deux gammes mineures à partir de n’importe quelle note aussi facilement qu’une gamme majeure. === La gamme de ''do'' ''majeur b6'' (majeur harmonique) === '''Exemples sur quatre modes''':[[Fichier:Exemples sur quatre modes.pdf|thumb|Exemples sur quatre modes]] Si le simple fait d’abaisser la tierce d’une gamme majeure pour obtenir une gamme mineure jazz vous déstabilise, la prochaine gamme risque d’être pire encore. On a donné à la gamme mineure la possibilité d’abaisser la sixte pour créer le mode mineur harmonique, il serait injuste de ne pas donner la même chance au mode majeur : do, ré, mi, fa, sol, lab, si, do L’intégration de la 6te abaissée permet au mode majeur de s’enrichir des accords de IIm^7b5, V^7b9(V^13b9), IVm et VII^dim7. Le I{{e}} degré et le III{{e}} reste inchangé tandis que le bVI sera un accord augmenté, peu fréquenté mais qui donne à la gamme lydien augmenté #2 un excellent choix mélodique pour cet accord (voir 37.1). Cette note apporte son lot de consonances et de dissonances tout comme d’autres modes auparavant. Le traitement mélodique du lab sur le premier degré demeure le plus fragile. On choisit habituellement l’option du la bécarre qui nous ramène à la tonalité de ''do'' majeur. On peut profiter de l’occasion pour explorer le chromatisme sur sol, lab, la, lab, sol ou encore sol, lab, la, la#, si do qui se marie admirablement à cette harmonisation vieux jazz. Il est essentiel pour le musicien, appelé à louvoyer sur cette nouvelle harmonisation, d’avoir en mémoire la tierce majeure. Il faut rester dans un monde majeur. Je conseille d’explorer mélodiquement les sonorités plus évidentes comme : IIm^7b5 (Dm^7b5) avec le V^7b9 (G^7b9) vers I majeur naturel (C maj⁷). Le choix de l’accord G^13b9 est idéal car cet accord se retrouve uniquement dans cette gamme et renferme tous les sons de la gamme majeure b6. L’alternance des deux modes se fait souvent sur la cadence V¹³(G¹³), V^13b9(G^13b9), Cmaj⁷ ou IIm⁷(Dm⁷) IIm^7b5(Dm^7b5), G⁷, C. L’accord du IV{{e}} degré mineur sous la forme de Fm, Fm⁶ et Fm6^maj7 (accord unique à la gamme majeure b6) demande à être explorer en boucle et/ou en alternance avec l’accord bVI augmenté (Ab^aug). Le mi bécarre peut surprendre au départ, mais s’intègre facilement par la suite à la mélodie. L’accord de VII^dim7(B^dim7 et les renversements D^dim7, F^dim7, Ab^dim7) que l’on ne retrouvait que dans le mode mineur harmonique a maintenant une sonorité plus douce et surtout moins prévisible avec le mi bécarre, un peu à la Cole Porter. C’est d’ailleurs une de mes préférences sur un VII^dim7 de V (F#^dim7- G⁷ ) pour ''sol'' majeur b6 et ''do'' majeur. Les emprunts harmoniques au majeur b6 permettent de fréquenter d’autres avenues mélodiques et peuvent influencer les dominantes secondaires conduisant à une tonalité majeure. {{clr}} === Le chemin le plus rapide… === [[Fichier:Exploration mélodique no1.pdf|thumb|Exploration mélodique no1]] Il faut que le musicien puisse explorer à l’oreille (sans partition) toutes les tonalités majeures et mineures sur toutes les notes aussi facilement qu’il le ferait pour une gamme majeure. Ceci afin d’éviter le chemin tortueux du mineur relatif tel qu’enseigné encore dans nos écoles. Il faut redonner à chaque mode sa propre autonomie qu’il détient du V7 . Ex : Cmaj⁷, Eb⁷, Dm⁷, Db⁷, Cmaj⁷, le traitement mélodique pour cet enchaînement pourrait être : ''do'' majeur, ''sib'' mineur jazz, ''do'' majeur, ''lab'' mineur jazz et ''do'' majeur. Je ne crois pas que l’armure d’un ''réb'' (pour ''sib'' mineur jazz) et d’un ''dob'' (pour ''lab'' mineur jazz) soit d’une grande utilité mais plutôt un énorme boulet. Il faut connaitre l’harmonisation de chaque mode sur le bout des doigts et en explorer les avenues le plus souvent possible. L’analyse des grands standards est indispensable et n’ayez pas peur des exceptions à la règle. Souvenez-vous que les dominantes secondaires (V⁷ , IIm⁷ – V⁷ ou IIm^7b5 – V⁷ ) n’affectent que les accords majeurs et mineurs quelle que soit leur fonction harmonique dans la pièce. Le retour à la tonalité se fait généralement en abaissant la 7{{e}} de l’accord majeur ou mineur. '' '''IMPORTANT : Toutes les explorations mélodiques (''improvisées'') sont enregistrées avec ma Takamine TC132SC (https://www.takamine.com/TC132SC), branchée directement dans la carte de sons de mon ordinateur afin d’éviter tous les bruits extérieurs. Bien sûr, la prise de son par un micro procure plus de chaleur, mais demande des conditions d’enregistrements exceptionnelles et beaucoup plus d’équipement professionnel dont un studio insonorisé. ''''' '''[[File:A1-Exploration mélodique no1 en wav.wav|thumb|A1-Exploration mélodique no1_en wav]]''' {{clr}} === Traitement mélodique sur une harmonisation chromatique descendante. === [[Fichier:Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013).pdf|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (30 mars 2013)]] Le prochain exemple concerne le mouvement harmonique IIIm⁷, IIIb⁷, IIm⁷, IIb⁷, I, que plusieurs compositeurs ont traité musicalement. Théoriquement le IIIb⁷ et le IIb⁷ devraient être sur des modes mineurs jazz mais l’équilibre tonal est raffermi si l’on conserve la tonalité majeure. On pourrait presque dire une illusion auditive. Même dans le prochain exercice où le premier degré (A) n’apparait qu’à la seizième mesure, je vous conseille d’explorer ce chromatisme harmonique avec la tonalité de ''la'' majeur. '''[[File:Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Scénario à la Jobim (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav.wav|thumb|Scénario harmonique à la Jobim (exploration)-en wav]]''' {{clr}}''' === L'accord du IV^7#11 sur des degrés de la tonalité. === [[Fichier:Exploration mélodique no4 sur IV7 11.pdf|thumb|Exploration mélodique no4 sur IV7 11]] On connait bien les enchaînements harmoniques par la dominante sur les degrés majeurs ou mineurs d’une tonalité (n’oubliez pas que le V⁷ est aussi un accord majeur) mais les compositeurs nous ont donnés aussi des mélodies fantastiques grâce à l’emploi du IV⁷ sur des degrés tonals. On peut penser à Desafinado et Triste de A.C. Jobim. Ainsi on pourrait avoir dans la même tonalité un IV^7#11 de Fm, un IV^7#11 de Cm, un IV^7#11 de Em ou un IV^7#11 de Dm tout en conservant un lien tonal à la pièce. C’est une avenue fort intéressante pour la création de nouveaux thèmes musicaux. '''[[File:Exploration mélodique no4-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique no4-en wav]]''' {{clr}} === L'imbroglio des modes === [[Fichier:Au clair de la lune (traditionnel).pdf|thumb|Au clair de la lune (traditionnel)]] Comme je le disais au début ce n’est pas l’ordre des sons qui détermine un mode mais bien le rôle qu’ils jouent dans l’harmonie. Ainsi do, ré, mi, fa, sol, la, si, do, pourraient être doriens s’ils sont apposés sur un accord de Dm, lydiens s’ils sont apposés sur un accord de F, myxolydiens sur un accord de G⁷ et même éoliens sur un accord de Am. Souvenez-vous que Jobim a composé une pièce qui s’appelle One Note Samba en faisant évoluer une seule note sur quatre accords différents. Sans harmonie l’ordre des sons ne veut rien dire. Sur une mélodie aussi simple que «Au clair de la lune» l’harmonisation peut être à deux accords, ce qui ne laissera que peu de place à l’exploration mélodique, mais si je donne aux mêmes notes une harmonisation différente, je peux changer la donne complètement. '''[[File:Au clair de la lune-en wav.wav|thumb|Au clair de la lune-en wav]]''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/au-clair-de-la-lune''' {{clr}} [[Fichier:Ballade pour film français.pdf|thumb|Ballade pour film français]] Je vous ai donné dans le pdf d’introduction, l’exemple d’un accord majeur du I{{e}} degré qui évolue bien malgré lui sur d’autres degrés, démontrant bien que l’ordre des sons est souvent mauvais juge. Avant d’écouter la prochaine pièce, je vous propose de lire la mélodie sans accompagnement, puis d’essayer d’imaginer ce qu’elle peut devenir pour le compositeur. Cet exercice ne peut se faire qu’une seule fois, car la mémoire aura retenue toutes les fonctions par la suite. '''[[File:Ballade pour film francais-en wav.wav|thumb|Ballade pour film francais-en wav]]''' ''' '''https://soundcloud.com/user-608160828/1966-ballade-pour-film-francais-pour-deux-guitaresclaude-reid''' {{clr}} === Le chef d’orchestre === [[Fichier:Gammes du 4e schéma.pdf|thumb|Gammes du 4e schéma]] Nous avons tendance à penser que l’harmonie commence par le I^e degré mais le véritable maître d’œuvre est le V⁷ qui a lui seul orchestre tout le système harmonique tonal. C’est le seul accord qui respecte le spectre des harmoniques naturels et sur lequel tout le chromatisme mélodique est possible. Il est possible de faire des pièces uniquement avec des accords de type V⁷ (accord majeur et septième mineur) comme dans l’enchaînement blues typique : I⁷, IV⁷, I⁷, V⁷, IV⁷ I⁷, V⁷ . Chaque accord de ce type accepte mélodiquement la gamme pentatonique (ou blues) majeure et mineure sur tous les degrés. Ce n’est qu’à partir de la cadence V⁷ – I que tous les accords majeurs, mineurs, de quintes diminuées ou de quintes augmentées se mettent en place. Si on accepte tout ce que cette résolution apporte d’harmonie, il faut conclure que : # Cette résolution ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur. # Cette résolution génère soit une gamme majeure ou mineure (jazz) selon que la tierce est majeure ou mineure. # La gamme majeure et mineure (jazz) peuvent avoir une sixte abaissée pour former une gamme majeure b6 et mineure harmonique. # Chacune des gammes (4) génère sept degrés harmoniques (7 X 4= 28 degrés) # Chacun des 28 degrés forme une échelle sonore différente que l’on appelle mode (dorien, phrygien, lydien, etc.…) [[Fichier:Le chromatisme sur l'accord de V7.pdf|thumb|Le chromatisme sur l'accord de V7]] Le guitariste que je suis est nettement avantagé quant à la formation de tous ces modes car je profite de la symétrie des accords et des gammes. Les 28 modes sont à la portée de mes doigts comme le sont tous les accords de la guitare et me permettent en plus de transposer chromatiquement les informations harmoniques de chaque tonalité. Nous devons réaliser que le réflexe de chaque instrument est très différent. Si le flûtiste ou le saxophoniste doit apprendre les 28 modes dans les 12 tonalités chromatiques pour gérer l’éventail tonal, le guitariste peut tout visualiser en 5 positions. Ceci n’empêche pas les guitaristes d’être de différentes écoles quant à la vision harmonique et l’interprétation des modes. Cependant il va de soi que l’univers du jazz est devenu une référence tonale indéniable et un outil indispensable à tout musicien moderne. '''C’est pourquoi le guitariste classique doit s’approprier cette connaissance harmonique et mélodique à la mesure de son instrument et de sa technique.''' {{clr}} Voici un tableau sur le chromatisme harmonique de l’accord du V⁷. La seule exception est naturellement la 7{{e}} majeure qui harmoniquement ne peut s’intégrer à l’accord de dominante puisque celle-ci annulerait l’accord V⁷. Mélodiquement, en tant que note de passage, elle est acceptée. En regardant le tableau on comprend mieux pourquoi l’accord de Db⁷(bII⁷) et même l’accord de Dbmaj⁷ (bIImaj⁷) peut se substituer à l’accord de G⁷ (V⁷) puisque toutes les notes font parties des possibilités harmoniques du V⁷ . {{clr}} == Une vision guitaristique de l’harmonie == [[Fichier:Harmonisation des 5 schémas de gammes.pdf|thumb|Harmonisation des 5 schémas de gammes]] Aucun instrument ne peut avoir un rapport chromatique aussi visuel et efficace que la guitare. Les données harmoniques que l’on retrouve à l’intérieur d’un schéma de gamme se transposent intégralement de case en case sans exception, que ce soit pour une gamme majeure, majeure b6, mineure jazz ou mineure harmonique. Pour le guitariste, l’idée de partir d’un schéma de gamme majeure pour créer un mode majeur b6 en abaissant uniquement la sixième note est tellement évidente et chromatiquement sans faille qu’on ne peut la concevoir autrement. De même qu’abaisser la tierce d’un schéma de gamme majeure pour créer une gamme mineure jazz est sans faille également. De là à abaisser une sixte supplémentaire pour le mode mineur harmonique…rien de plus facile. '''La seule façon pour que tout autre instrumentiste acquiert une efficacité aussi rapidement que le guitariste est de rendre à chaque gamme sa propre autonomie par un calcul simple de : bémol 3 et/ou bémol 6 dans un rapport V7- I.''' Peu importe la tonalité, il y a dans un schéma de gamme à la guitare que la tierce et la sixte qui s’abaissent en alternance pour créer les quatre modes harmoniques. Si l’harmonisation change, le V7 lui demeure invariable. Inutile de vous rappeler que de contrôler 28 modalités (dorien, phrygien, lydien etc…) avec seulement deux notes est un avantage incroyable et qui plus est, quand il se transpose chromatiquement. Dans le prochain exemple, le réflexe guitaristique est repris intégralement dans l’écriture musicale afin de traduire tel qu’il apparait pour le guitariste à l’intérieur d’un schéma de gamme. N.B- Il faut conserver l’armure du mode majeur car le cycle de quinte est basé uniquement sur le tétracorde majeur. Vous possédez maintenant l’harmonie en cinq schémas majeurs et mineurs à la guitare. Les cinq schémas sont issus des positions accords de C, G, D, A, E que tous les guitaristes connaissent bien. Ces accords forment le cycle de quinte qui est à la base de l’harmonisation à la guitare. Le schéma no1 c’est aussi la transposition chromatique de l’harmonisation de C, le schéma no2 la transposition de G, le schéma no3 de D, le schéma no4 de A et le schéma no5 de E . Il est essentiel de travailler la transposition de chaque schéma aussi bien mélodiquement qu’harmoniquement car il permettra au guitariste de visualiser toutes les tonalités majeures et mineures sur toute l’étendue du manche. {{clr}} === Tableau harmonique et guide d'exploration mélodique === [[Fichier:Tableau et guide harmonique.pdf|thumb|Tableau et guide harmonique]] {{clr}} === Projet de création sur une valse jazz === [[Fichier:Projet de création sur une valse jazz plus exemple.pdf|thumb|Projet et exemple de création sur une valse jazz]] Le projet de création suivant vous propose d’explorer mélodiquement dans six tonalités différentes, situées pour cet exercice en VII^e et VIII^e position à la guitare. Les différents phrasés devraient se diviser en quatre mesures, ce qui est la norme la plus fréquente en musique. Au début vous aurez tendance à vous accrocher au côté visuel des gammes, mais il faut travailler jusqu’à ce que les transferts se fassent tout naturellement à partir de n’importe quelle note. ''N.B- Le point encerclé représente la fondamentale de la gamme et donc détermine sa position sur le manche.  '' '''[[File:Valse jazz labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Valse jazz labo (mélodie)-en wav.wav|thumb|Valse jazz labo (mélodie)-en wav]]''' {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°1 === Il faut être en mesure de visualiser toutes les informations que nous suggère un schéma d’accord qu’il soit majeur, mineur ou dominante. Étudions d’abord le schéma no1 qui débute sur la position de do. Il faut apprendre à reconstruire tout de qui gravite autour de la fondamentale, la tierce(majeure ou mineure) et la quinte de l’accord et ceci chromatiquement sur le manche. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no1 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°1 sur do et mi]]''' | '''[[Fichier:Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord no1.pdf|thumb|Harmonisation chromatique sur le schéma d'accord n°1]]''' |} </div> {{clr}} Voici trois exercices qui vous permettront de vous familiariser avec l’harmonisation du schéma d’accord no1. Ces exercices devront être transposés chromatiquement sur le manche. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°4 === Les cinq positions fondamentales à la guitare se réfèrent aux tonalités majeures du cycle de quintes soit : ''do, sol, ré, la, mi'' . Nous voyons alors que le schéma no4 s’intègre également entre le schéma no1 et no2 en abaissant celui-ci d’une octave. Ceci est valable pour le schéma no5 que l’on retrouve entre le no2 et no3. Si l’on demeure à l’intérieur des cases I à XII, l’ordre des schémas dans la tonalité de ''do'' sera : no1, no4, no2, no5, no3. Toutes les tonalités majeures et mineures empruntent les cinq positions harmoniques mais dans un ordre différent à chaque fois. Ce qui, pour le guitariste qui connait chaque gamme et harmonisation, ne posera pas de difficulté. Donc, il est normal de retrouver dans les schémas no1 et no4 des harmonisations identiques et qui aideront souvent à résoudre des harmonisations plus complexes. N’oubliez pas que l’important est de mémoriser tout ce qui autour de chaque schéma d’accord. <div style="text-align: center;"> {| |'''[[Fichier:Harmonisation du schéma no4 sur do et mi.pdf|thumb|Harmonisation du schéma n°4 sur do et mi]]''' |'''[[Fichier:Exercices sur schéma d'accord no4.pdf|thumb|Cinq exercices d'harmonisation sur le schéma d'accord n°4]]''' |} </div> {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°2 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no2 sur sol et sib]]''' Le schéma d’accord no2, représenté par sol dans le cycle de quintes, est bien sûr une position incontournable à la guitare. Les cordes ouvertes rendent cet accord très résonnant sur les six cordes de la guitare. Malheureusement son application s’arrête souvent à la tonalité de ''sol'' majeur à cause de la difficulté de transposer chromatiquement ce schéma d’accord sur le manche. Le guitariste choisi plutôt de le remplacer par son schéma voisin immédiat, le schéma d’accord no5. Il y a par contre de belles sonorités à explorer et facilement transposables sur les accords de V⁷, V^7b9, V¹¹ ,V^{13/sans fond.} , V^{13b9/sans fond}. La version mineure en surprendra peut être quelques uns car elle est généralement sous-estimée. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°5 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no5 sur sol et sib.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord n°5]]''' Le schéma d’accord no5 représenté dans le cycle de quintes par l’accord de mi est certainement la position la plus utilisée à la guitare. Sous la forme majeure, mineure ou dominante (7), elle demeure la transposition la plus facile sur les six cordes de la guitare. Par contre, l’accord de mi avec cordes ouvertes ne se prête pas à l’harmonisation du schéma no5 puisque six notes manquent à la version intégrale. On peut cependant combler ce manque en empruntant au schéma no3 mais la transposition harmonique et mélodique n’est pas à conseiller. J’ai choisi l’harmonisation sur les accords de sol et de sib en schéma no5 car elle remplace souvent l’harmonisation des accords de sol et sib que nous venons de voir en schéma no2. Pour le guitariste classique, le traitement harmonique et mélodique du schéma no5 se retrouve surtout de fa à ré. Il faut porter une attention particulière à ce schéma car il contient beaucoup d’informations harmoniques et pour cette raison il demeure le plus sollicité. {{clr}} === Harmonisation du schéma d'accord n°3 === '''[[Fichier:Harmonisation du schéma d'accord no3 sur fa et la.pdf|thumb|Harmonisation du schéma d'accord no°]]''' Le schéma d’accord no3, correspondant à ré dans le cycle de quintes, n’a que quatre cordes à l’état fondamental ce qui lui enlève beaucoup de possibilités harmoniques. Il emprunte quelques fois son harmonisation au schéma no5 et aussi au schéma no1. Pour le guitariste classique son application se situe surtout de mi à do. '''En résumé :''' Les cinq schémas harmoniques visualisent tout ce qui se transpose chromatiquement sur le manche. Il y aura toujours des exceptions sur les accords avec cordes ouvertes, qui offrent des harmonisations intéressantes, mais il faut les analyser individuellement quand la transposition chromatique est impossible. Quoi qu’il en soit, même s’il y a une grande quantité d’informations sur les cinq schémas, cela est nettement mieux que d’apprendre de façon aléatoire et sans repère le dictionnaire complet de tous les accords à la guitare. Il ne s’agit pas d’apprendre tout par cœur, mais uniquement de se familiariser avec tout ce qui gravite autour de la fondamentale, la tierce, la quinte, la septième, la neuvième. {{clr}} === Le premier degré sur les tonalités de : ''do, sol, ré, la, mi'' === '''[[Fichier:L'ordre des schémas selon les tonalités (deuxième version).pdf|thumb|L'ordre des schémas selon les tonalités de do, sol, ré, la et mi]]''' Afin de mieux se familiariser avec l’ordre des schémas, analysons d’abord l’accord du I{{e}} degré sur cinq positions pour ensuite appliquer ce principe à toutes autres tonalités. Si pour la tonalité de ''do'', l’ordre des schémas est : no1, no4, no2, no5 et no3, pour la tonalité de ''sol'' il sera de : no2, no5, no3, no1, no4 et ainsi de suite pour toutes les tonalités majeures et mineures. (Voir tableau) {{clr}} === Harmonisation des sept degrés d’une tonalité sur cinq schémas === '''[[Fichier:Harmonisation- do maj. do maj.b6 , do min.jazz et do min.harm.sur cinq schémas.pdf|thumb|Harmonisation des tonalités de do, do maj.b6, do min. jazz et do min. harm. sur cinq schémas]]''' Il s’agit maintenant de suivre une harmonisation sur les sept degrés d’une tonalité, laquelle est représentée verticalement, vers une progression sur cinq schémas représentée horizontalement. Ce tableau nous permet d’avoir une vision complète de l’harmonisation d’une tonalité sur le manche. La première analyse se fait d’abord sur les quatre modes qui gravitent autour de l’accord de G⁷ (V⁷), soit ''do'' majeur, ''do'' majeur ''b6'', ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique, en référence au tableau 2.1. N’oubliez pas qu’il faut se référer à la position des schémas pour les doigtés de main gauche. '''Rappel :''' Il est impensable pour moi d’emprunter l’armure de la tonalité de ''mib'' pour les modes de ''do'' mineur jazz et ''do'' mineur harmonique car il ne peut y avoir d’accord de G⁷ (V⁷) avec un sib à l’armure. Le maître d’œuvre reste toujours le V⁷ . {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sol''. ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sol en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur le groupe harmonique de sol en 5 schémas et 4 modes]]''' Comme toujours, chaque groupe tonal comprend le mode majeur, le mode majeur b6, le mode mineur jazz et le mode mineur harmonique. On retrouve dans le groupe tonal de ''sol'', issu de la relation V⁷-I (D⁷-G), les mêmes formations d’accords que dans le groupe tonal de ''do'' mais dans un ordre différent. Dans ce cas-ci l’ordre des schémas sera : schéma no2, schéma no5, schéma no3, schéma no1 et schéma no4 tel que démontré dans la section 2.8. {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''ré'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur ré en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''ré'' sera : schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 et schéma no5 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''la'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version).pdf|thumb|Harmonisation sur la en 5 schémas et 4 modes (deuxième version)]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''la'' sera : schéma n°4, schéma n°2, schéma n°5, schéma n°3 et schéma n°1 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''mi'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur mi en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''mi'' sera : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''fa'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur fa en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''fa'' est le même que la tonalité de ''mi'' : schéma no5, schéma no3, schéma no1, schéma no4, schéma no2 {{clr}} ==== Harmonisation sur quatre modes issus de la relation V⁷-I en ''sib'' ==== '''[[Fichier:Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation sur sib en 5 schémas et 4 modes]]''' L'ordre des schémas pour la relation V⁷-I sur ''sib'' est le même que la tonalité de ''la'' : schéma no4, schéma no2, schéma no5, schéma no3 et schéma no1 {{clr}} ==== Conclusion ==== [[Fichier:Conclusion exemple.pdf|thumb|Traitements harmoniques sur des dominantes secondaires]] Le guitariste expérimenté aura compris que la formule est répétitive et qu’il n’y a que l’ordre des schémas qui varie d’une tonalité à l’autre. L’exercice permet aussi de constater que la formule ''b3'' et ''b6'' est très simple, mais surtout très efficace visuellement et digitalement. Il faut se rappeler qu’en musique tonale, la relation V⁷-I est permise sur tous les accords majeurs et mineurs et sert de tremplin à toutes modulations même chromatiques. Vous aurez pris note que la formule II^m7- V⁷ et II^m7b5 - V^7(b9) s’applique autant en majeur qu’en mineur et que l’accord de VII^dim7 peut aussi être associé au mode majeur. Le IV{{e}} degré accède tant au majeur qu’au mineur mais surtout au majeur avec septième mineur (IV⁷). Cet accord est le seul à avoir une 11{{e}} aug, souvent appelé ''7b5'' dans la musique populaire et jazz (voir chapitre 1.11). Ne faîtes surtout pas l’erreur d’associer le V⁷ de II min. au mode dorien, le V⁷ de III min. au mode phrygien, le V⁷ de IV au mode lydien, le V⁷ de V au mode myxolydien et le V⁷ de VI m au mode éolien car le V⁷ appartient toujours au I{{e}} degré majeur, majeur ''b6'', mineur jazz ou mineur harmonique qui, par la suite ou immédiatement pourra devenir, selon le désir du compositeur, II min., III min., IV, V⁷, VI min. de tout autre tonalité ou de la tonalité première. {{clr}} == L'exploration mélodique == [[Fichier:Exploration mélodique en mib majeur et mineur.pdf|thumb|Exploration mélodique en mib majeur et mineur]] Je vous propose d’abord une exploration mélodique sur les tonalités de ''mi'' ''b majeur'', ''mi'' ''b majeur b6'', ''mi'' ''b mineur jazz'' et ''mi'' ''b mineur harmonique'' que l’on peut travailler seul ou avec des élèves. Cette exploration mélodique peut se faire sur tous les schémas de gammes mais pour la tonalité de ''mib'' le schéma de gamme no4 convient parfaitement. Après une introduction de quatre mesures, je vous propose un premier thème de huit mesures, suivi de huit mesures d’accompagnement qui vous permettrons d’explorer vos propres idées. Puis deux autres enchaînements de huit mesures séparées également par huit mesures d’exploration. La tonalité importe peu car, puisque la recherche se fait sur la guitare, ce sont les réflexes de gammes qui primeront. D’ailleurs, les quatre gammes du schéma no4 peuvent très bien se faire de ''do'' à ''mi''. J’ai mis en caractère gras le matériau harmonique de la présente exploration mélodique, sans compter l’introduction. Ce n’est qu’une petite quantité des possibilités harmoniques que nous offrent ces quatre modes. Puisque le V⁷ est le même pour les quatre modes et que mélodiquement ces modes ne se différencient que par deux notes (la tierce et la sixte), l’exploration mélodique devient un apprentissage très simple sans pour autant rien enlever à l’esprit créateur. N’ayez crainte de créer vos propres enchaînements harmoniques afin d’explorer d’autres possibilités. {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et majeur b6. === [[Fichier:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6.pdf|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6]] Toujours dans la tonalité de ''mib'', la prochaine exploration mélodique suppose le mode majeur en priorité puis majeur b6 comme mode complémentaire. Ce dernier est indiqué dans les mesures où cela est préférable. C’est un exercice stimulant et une excellente façon de vous familiariser en très peu de temps avec le schéma de gamme no4 dans ses deux formes majeures. '''[[File:En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav.wav|thumb|En boucle sur Eb maj. et Eb maj.b6-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode majeur et mineur jazz === [[Fichier:En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz.pdf|thumb|En boucle sur Mib maj. et Mib min.jazz]] Vous devez cette fois compléter le thème de quatre mesures en louvoyant sur le mode majeur et mineur jazz. L’effet est simple mais très efficace car le thème comporte deux modes. Pour la suite, votre attention doit se porter sur la tierce majeure et mineure qui différencient les deux modes. . Le ré''b'' n’est qu’une note de passage qui n’affecte en rien la tonalité. '''[[File:En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib maj et Mib min jazz-en wav]]''' {{clr}} === En boucle sur le mode mineur harmonique === [[Fichier:En boucle sur Mib min.harmonique.pdf|thumb|En boucle sur Mib min.harmonique]] Nous terminons l’exploration des quatre modes reliés à la dominante Bb⁷ avec la tonalité de ''mib'' mineur harmonique. Toujours sur le schéma no4, afin de bien percevoir cette fois-ci la tierce et la sixte abaissées, cet exercice à de quoi plaire à tous pour son rythme, mais aussi parce que c’est le mode mineur le plus employé depuis des siècles. Il y aurait des centaines d’exercices à faire sur les quatre modes dérivés de la relation V⁷-I en ''mib'' ou autre, mais le plus intéressant est de suivre dorénavant ces quatre relations à travers différentes modulations. '''[[File:En boucle sur Mib min. harmonique-en wav.wav|thumb|En boucle sur Mib min. harmonique-en wav]]''' {{clr}} === Exercice en deux temps === [[Fichier:Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7.pdf|thumb|Trois exercices en boucle sur IIm7 - V7]] Les compositeurs aiment généralement explorer d’autres avenues afin de stimuler leur inspiration et c’est bien naturel. Il suffit d’une mesure ou deux pour que la magie s’opère et que l’expérience prenne la relève. Que de perles j’ai entendu de la part de mes élèves qui se sont inutilement perdues fautes d’avoir retenu l’évènement. Il ne faut pas hésiter à répéter les tentatives de développement et mettre sur papier ou d’enregistrer vos idées afin de pouvoir y revenir plus tard. Bien sûr il faut avoir le réflexe digital et pour ce faire vous avez cinq schémas de gammes qui par une simple variante de tierce et de sixte vous permet de voyager à travers 28 modalités. Ce que je vous propose dans ces petites capsules en boucle est surtout une réflexion auditive sur diverses relations tonales tantôt évidentes, tantôt surprenantes. Je suggère de vous familiariser dans un '''premier temps''' avec la relation IIm⁷ – V⁷ et IIm^7b5 – V⁷ sur trois exercices en boucle. Puis, dans un '''deuxième temps''' suivra le traitement mélodique de l’accord maj^9#11, afin de compléter notre pièce musicale. '''Partie B, Premier temps :''' Il faut explorer trois choix pour la partie B dont les modes alternent entre le ''ré'' mineur jazz, le ''ré'' mineur harmonique, le ''do'' majeur et le ''d''o majeur ''b6''. Votre choix se fera sur une seule option de huit mesures qu’il faudra ajouter à la partie A. Naturellement, il ne faut pas prendre ma version mais en créer une nouvelle qui vous est propre. '''[[File:B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav.wav|thumb|B3-En boucle sur IIm7 - V7 no1 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' '''[[File:B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav.wav|thumb|B4-En boucle sur IIm7 - V7 no2 en wav]]''' {{clr}} '''Partie A : Deuxième temps''' [[Fichier:Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3.pdf|thumb|Exercice en deux temps - Partie A + B1, B2, B3]] Je conseille de travailler la partie A en boucle puis d'ajouter l'harmonisation de votre choix pour la partie B. Ce n'est qu'une simple gamme de ''lab'' majeur placée sur l'accord de Dbmaj^9#11 mais il faut apprivoiser sa consonance. '''Accompagnement : [[File:B6-Exercice en deux temps Partie A en wav.wav|thumb|B6-Exercice en deux temps Partie A en wav]] ''' '''[[File:B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav.wav|thumb|B7-Exercice en deux temps Partie A et B1 en wav]]''' '''[[File:B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav.wav|thumb|B8-Exercice en deux temps Partie A et B2 en wav]]''' '''[[File:B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav.wav|thumb|B9-Exercice en deux temps Partie A et B3 en wav]]''' {{clr}} == Deux tableaux de références harmoniques == [[Fichier:Le matériau harmonique autour de l'accord de G7.pdf|thumb|Le matériau harmonique autour de l'accord de G7]] Je vous propose deux nouveaux tableaux pour vous imprégner des principaux matériaux harmoniques gravitant autour de l’accord de dominante. Nous voyons ici un accord de G⁷, responsable de l’harmonisation de quatre modes, lesquels se divisent en sept degrés harmoniques. Il ne s’agit plus de dire je suis en majeur ou en mineur, mais bien de connaître tout ce que me propose l’accord de dominante comme harmonisation. '''Dans le premier tableau''' il est question des différentes harmonisations que l’on rencontre le plus souvent sur chaque degré. Comme exemple, je constate que le I{{e}} degré des quatre modes a toujours une septième majeur, si septième il y a, et que l’accord du III{{e}} degré ne peut avoir de 9 min. Il faut donc se familiariser avec tous les états harmoniques que l’accord de dominante nous propose et qui, pour le mélodiste, deviendra un simple jeu de tierce et de sixte. ''N.B. Une erreur s'est glissée sur l'accord de G7 en mineur jazz, il n'y a pas de b9 sur cet accord.'' {{clr}} '''Le deuxième tableau''' suppose des emprunts harmoniques sur chaque accord majeur ou mineur. [[File:Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs.pdf|thumb|Le matériau harmonique et les emprunts sur les accords majeurs et mineurs]] Tous les accords majeurs et mineurs de ce tableau peuvent emprunter un V{{e}} degré (souvent précédé d’un II{{e}} degré) si la quinte de l’accord n’est pas altérée. Dans ce tableau les accords de Bm^7b5, Dm^7b5, Ab ^aug, Bdim⁷, Eb aug, Am^7b5 ne peuvent être précédés d’un V⁷ et encore moins d’un IIm⁷ ou IIm^7b5. À partir de là, la règle est simple. Un accord majeur peut emprunter en majeur et majeur b6 et un accord mineur peut emprunter en mineur jazz et mineur harmonique. N’oubliez pas que l’accord de dominante (V⁷) et sous-dominante (IV⁷) sont des accords majeurs. Bien sûr, tout ce beau monde se mêle à volonté. {{clr}} == En passant par le IVe degré == [[File:En passant par le IVe.pdf|thumb|En passant par le IVe]] '''[[File:En passant par le IVe degré, en wav.wav|thumb|En passant par le IVe degré, en wav]]''' J’ai emprunté ici quelques formules harmoniques employées couramment par les compositeurs de standards américains ayant le IVe degré du mode majeur comme point commun. Cet exemple a pour but de vous familiariser avec le jeu mélodique que permet le mode majeur associé au mineur jazz et au majeur b6 le tout agrémenté d’une petite modulation chromatique de type «copié/collé» et retour à la tonalité de do majeur. {{clr}} == En passant par le Ve degré == [[File:En passant par le Ve degré (partition et gammes).pdf|thumb|En passant par le Ve degré (partition et gammes)]] '''[[File:En passant par le Ve degré.wav|thumb|En passant par le Ve degré, en wav]]''' Le V{{e}} degré est un accord majeur et peut donc emprunter dans sa tonalité majeure et majeure b6. L’exercice no1 est très commun et s’emploi régulièrement dans les mélodies tandis que l’exercice no2, suggère le mode majeur b6. Bien que très consonnant, il est moins fréquenté, c’est pourquoi je vous propose d’y porter une attention particulière. L’accord de F#^dim7 correspond au VII{{e}} degré du mode majeur b6 et peut être remplacé par l’accord de D^7b9 , quant à l’accord de A^dim7 il s’agit simplement du renversement de l’accord de F#^dim7 . L’accord de Am⁶ peut facilement être associé à la tonalité de ''la'' mineure jazz en ajoutant la sensible sol# à la gamme. Mélodiquement, c’est une belle alternative à explorer. {{clr}}{{clr}} == En passant par le VI{{e}} degré mineur == [[Fichier:En passant par le VIe (partition).pdf|thumb|Exploration mélodique sur le VIe degré mineur]] '''[[File:En passant par le VIe (guide no1) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no1) en wav]]''' '''[[File:En passant par le VIe (guide no2) en wav.wav|thumb|En passant par le VIe (guide no2) en wav]]''' Le VI{{e}} degré est également appelé le mineur relatif, mineur naturel ou mineur éolien. Le traitement du VI{{e}} degré mineur est aussi élémentaire que pour le II{{e}} degré mineur ou III{{e}} degré mineur car comme tout autre accord mineur il peut être mineur harmonique ou mineur jazz si celui-ci est précédé de son V⁷. Ce dernier souvent précédé du II^m7b5 ou du II^m7 selon que l’emprunt se fait sur le mineur harmonique ou mélodique. Vous constaterez en explorant mélodiquement le premier exercice que la transition entre ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur harmonique'' est très évidente. Le deuxième exercice entre le ''do'' ''majeur'' et le ''la'' ''mineur jazz'' est moins courant, mais son emploi a créé de véritables succès commerciaux. {{clr}} == Exploration mélodique sur quatre modes == [[Fichier:Exploration sur 4 niveaux.pdf|thumb|Exploration sur 4 niveaux]] La prochaine exploration nécessite un premier thème à deux tonalités puisque les accords de Am et F^9(#11), bien que très conjoints, ne sont pas du même mode. La tonalité principale est bien sûr de ''la'' mineur harmonique et/ou jazz, mais comme l’accord de F⁹ suggère une 11{{e}} augmentée et oblige un mib comme 7{{e}} mineure, il faut considérer cet accord comme un IV{{e}} degré de ''do'' mineur jazz. Certains y verront un prétexte à une gamme blues, mais je préfère grandement explorer sur deux possibilités plutôt qu’une seule, et ainsi avoir une création moins prévisible. À ces deux accords, j’ai ajouté une descente en ''fa'' majeur, ''mib'' majeur puis retour au thème. Vous trouverez en page 3 du pdf les schémas de gammes suggérés. '''[[File:Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration sur 4 niveaux (Exploration et accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration mélodique sur les accords de Tenderly == [[Fichier:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly.pdf|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly]] La chanson Tenderly, que je ne peux malheureusement pas reproduire pour respecter les droits d’auteurs, emprunte son harmonie sur six modes, lesquelles sont l’essence même de cette superbe mélodie. On peut cependant explorer ou créer des centaines de mélodies sur une harmonisation existante sans problème ou encore, comme je vous le propose, s’en inspirer pour votre culture personnelle. Ici, l’exploration mélodique glisse admirablement sur l’harmonie même si les emprunts harmoniques sont fréquents. C’est un exercice valorisant qui devient rapidement enivrant. L’accord de Db^9#11 demande cependant une attention particulière en tant que IV{{e}} degré du mode de ''lab mineur jazz'' car quelque peu imprévisible. Si l’on veut garder l’ambiance modale de la pièce sur les accords de Fm^7b5 et de Bb¹³, je suggère une exploration sur ''mib maj.b6'' en alternance avec ''mib maj.'' car la mélodie originale se situe sur la sixième abaissée et la tierce majeure de la tonalité de ''mib''. N’oubliez pas que le terme I{{e}}, II{{e}}, III{{e}} position correspond toujours au premier doigt (index) sur le manche. Les schémas de gammes proposés sont soit en III{{e}} position ou IX{{e}} position pour les huit premières mesures et en V{{e}} et VI{{e}} position pour les mesures 9 à 16. Généralement, la mélodie est plus fluide sur les notes aigues que sur les notes graves. '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav.wav|thumb|Exploration mélodique sur les accords de Tenderly (Exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Quand le mode majeur devient jazz... == === Premier volet === [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-partition et gammes]] J’ai choisi cette fois une exploration simple autour de trois tonalités majeures mais combien efficaces. Je n’invente rien ici car ce sont des tendances harmoniques très fréquentées par les mélodistes jazz. Il y a tout de même deux nouveautés dans cet exercice. D’abord l’emploi de la gamme de ''ré majb6'' sur l’accord de Bb^dim , compte tenu que cet accord est aussi le renversement de l’accord de C#^dim (VII{{e}} degré en majeur b6) et la gamme de ''do majeur'', qui sans prévenir remplace la tonalité de ''ré majeur''. Comme quoi une simple gamme de ''do majeur'' peut sonner plus jazz que tout autre gamme blues. Il est fréquent d’employer l’accord de V^7b9 en majeur mais il ne faut pas oublier que c’est un emprunt au mode ''majeur b6''. L’oreille tolère facilement la sixte majeure en autant qu’elle n’est pas une valeur longue. Il faut noter que l’accord de Gm⁶ pourrait tout aussi bien être traité comme un IVmin⁶ en ''rémaj.b6'' sans problème. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} ==== Deuxième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz, volet no2.pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (partition et gammes)]] Nous retrouvons dans ce deuxième volet trois emprunts aux modes majeurs et un au mode mineur jazz. Dans la tonalité de ''la'' ''majeur'', l’accord de Fmaj⁷ apparait comme un accord étranger et nous pouvons le traiter comme un IV{{e}} degré de la tonalité de ''do'' ''majeur'' comme le veut la tendance ou comme I{{e}} degré en ''fa'' ''majeur''. L’accord de Bb^9#11 doit, quant à lui, être considéré comme un IV{{e}} degré en ''fa'' ''min. jazz''. Puis, comme dans l’exemple précédent, le I{{e}} degré se transforme en IIm⁷–V⁷ en ''sol'' ''majeur''. Ce transfert de tonalité peut se faire sur de courtes périodes et permet au compositeur de sortir d’un cadre trop prévisible. D’ailleurs, je prévois que vous aurez un peu de mal à insérer la tonalité de ''fa'' ''min.jazz'' à la mesure 4 si la tonalité de ''do'' ''majeu''r est affirmée sur l’accord de Fmaj⁷ de la mesure précédente. L’effet est incontestable quand il est bien inséré. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Troisième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no3 (partition).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3]] Je fais maintenant un retour sur le chapitre 1.1, lequel est l’exemple parfait de la mémoire tonale dans notre tradition musicale. Nous sommes tellement conditionnés au mode majeur que même les accords de passage bIII⁷ et bII⁷ ne nécessitent plus aucun changement de gamme, si on le désire. Bien au contraire, la mémoire tonale apprécie de rester dans la tonalité majeure. Sur un rythme plus rapide que le précédent « scénario harmonique à la Jobim », je vous propose encore cet exercice comme troisième volet sur le mode majeur. J’ai opté pour la tonalité de ''la majeur'' au lieu de ''sib majeur'' afin de donner la chance aux guitaristes classiques qui n’ont pas de ''cutaway'' d’employer le schéma no1 qui se situe en IXe position. Je suggère que le guitariste explore toutes les avenues mélodiques en IV{{e}} position, VI{{e}} et VII{{e}} position et en IX{{e}} position pour ensuite se déplacer à volonté sur tout le manche. '''Remarque :''' ''Pour une analyse plus adéquate, on emploie de plus en plus l’appellation 7#11 pour l’accord 7b5.'' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no3 (exploration)-en wav]]''' ''P.S.- Si vous préférez un accompagnement plus lent voir le chapitre 1.1'' {{clr}} ==== Quatrième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz - volet no4 (partition et gammes)]] Puisque le volet no4 est construit sur une seule tonalité majeure, l’exploration mélodique sera en principe beaucoup plus simple, par contre, si l’on veut soutenir l’intérêt, il faut se renouveler davantage ce qui n’est pas sans maintes expérimentations. Vous trouverez sur la page 2, les quatre schémas de gammes majeures qu’il faut apposer bien sûr sur la note ''ré'' (le point encerclé). '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no4 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le majeur devient jazz-volet no4 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Cinquième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (partition et gammes)]] Pour ce cinquième volet, je vous propose de surfer sur quatre tonalités majeures, ce qui n’est pas plus exigeant qu’un seul si les schémas de gammes sont bien maîtrisés. Les deux premières tonalités de ''ré majeur'' et ''do majeur'' passent très rapidement mais procurent aussi un léger déséquilibre tonal qui ne manque pas d’intérêt, suivra immédiatement la tonalité de ''sol majeur'' puis une transition de huit mesures en ''mib majeur''. Remarquez qu’il est possible de considérer les deux premiers accords dans la tonalité de ''sol majeur'' en tant que VIm⁷ et IIIm⁷, mais ici je leur prête le rôle de IIm⁷ et VIm⁷ en ''ré majeur''. Comme toujours, tous ces exercices ont pour but de se familiariser avec les principaux scénarios harmoniques qui constituent nos plus beaux standards mélodiques. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz -volet no5 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no5 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} ==== Sixième volet ==== [[Fichier:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (partition et gammes).pdf|thumb|Quand le mode majeur devient jazz- volet no 6 (partition et gammes)]] Le volet no6 comporte cinq tonalités majeures et une mineure harmonique sur un rythme de boléro cubain lequel vous permettra de bien saisir chaque tonalité. Je vous propose les schémas de gammes en VII{{e}} et VIII{{e}} position de façon à pouvoir sentir les yeux fermés les changements de tonalités. Si vous connaissez bien les schémas de gammes il devrait être assez facile de surfer sur les six tonalités en essayant de réinventer le mouvement mélodique d’une fois à l’autre. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6 (exploration)-en wav]]''' ===== Volet 6.1 ===== Il faut absolument terminer ce chapitre avec un rythme de valse jazz posé sur le présent scénario harmonique. Donc, imaginez une armure de 3/4 au lieu de 4/4 pour la partition avec une exploration mélodique sur les mêmes schémas de gammes que vous connaissez maintenant parfaitement. '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no 6.1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Quand le mode majeur devient jazz-volet no6.1 (exploration)-en wav]] ''' {{clr}} == Exploration sur The Shadow Of Your Smile (J. Mandel) == [[Fichier:Shadow exploration.pdf|thumb|Exploration et exercices sur l'harmonisation de la pièce The Shadow of Your Smile]] Pour le présent laboratoire, j’ai choisi d’emprunter l’harmonisation de la pièce The Shadow Of Your Smile composée par Johnny Mandel. Comme dans la plupart des pièces du répertoire standard le compositeur ne se limite plus à une tonalité majeure et sa relative mineure. Ici le mode mineur sera tantôt harmonique, tantôt jazz et les emprunts harmoniques se feront sur plusieurs degrés. Certaines gammes, comme dans les mesures 17 et 18 et 30, sont un choix personnel car elles pourraient tout aussi bien faire appel à une gamme mineure harmonique (si min. harm.) et majeure (sib maj.). Dans ces cas-là, c’est en explorant que le choix s’impose de lui-même. Je vous propose trois exercices en boucles pour vous familiariser avec les schémas de gammes majeures et mineures que j’ai installés en VIIe position surtout. '''[[File:Shadow en boucle no1-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no1-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no2-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no2-en wave]]''' '''[[File:Shadow en boucle no3-en wave.wav|thumb|Shadow en boucle no3-en wave]]''' '''[[File:Shadow exploration (avec guitare)-en wav.wav|thumb|Shadow exploration (avec guitare)-en wav]]''' '''[[File:Shadow exploration (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Shadow exploration (accompagnement)-en wave]]''' Il s’agit toujours d’explorations qui ont pour but de côtoyer (flirter avec) le monde de la création. Le but n’est pas non plus de faire un arrangement ni une improvisation inspirée de la pièce mais plutôt de créer de nouveaux horizons mélodiques sur un schéma harmonique. C’est pour cette raison que certains accords de passage ont été enlevés car trop dépendants de la mélodie. Pour les schémas de gammes no5 min. jazz et maj.b6 je vous conseille d’employer, du moins au début, les quatre premières cordes. {{clr}} == Analyse harmonique de Corcovado (Antonio Carlos Jobim) == [[Fichier:Corcovado (partition).pdf|thumb|Corcovado : Analyse harmonique pour fin d'exploration mélodique]] À mes débuts, dans les années soixante, alors que nous étions submergés par la musique rock anglaise, une autre musique envahissait le monde du jazz et même populaire et c’est la musique brésilienne avec A.C. Jobim, Stan Getz, J. Gilberto, L. Bonfa et bien d’autres encore. La plupart des thèmes étaient simples, mais sur une harmonisation très riche et une rythmique irrésistible. Tous les musiciens de jazz ont alors adopté cette musique que l’on entend encore aujourd’hui. Il m’arrivait à cette époque de vouloir jouer cette musique mais sans vraiment en comprendre toutes les subtilités harmoniques et bien sûr je ne pouvais les explorer que maladroitement. Comme professeur, j’ai mis de côté ceux qui croient que la musique est une inspiration divine pour au contraire donner ici un coup de main aux muses et à leurs élèves. J’ai choisi comme exemple la pièce Corcovado d’Antonio Carlos Jobim. Cette pièce ne dévoile pas immédiatement ses emprunts harmoniques, ce qui rend le musicien quelque peu instable sur les quatre premières mesures. On découvre en parcourant la pièce que la tonalité de ''do majeur'' est toujours présente dans l’esprit de Jobim et que toute l’harmonisation gravite toujours autour de celle-ci. Je vous conseille aussi de revoir le chapitre 4 sur les références harmoniques. Attention, car les accords de B^dim, D^dim, F^dim et Ab^dim sont ici considérés comme VII^e degré en ''do majb6'' et peuvent être remplacés facilement par les accords de G^7b9 ou G^13b9. Cependant l‘accord de Ab^dim offre un meilleur transfert vers l’accord de Gm⁷. Procédé aussi employé par Jobim dans sa pièce Wave. ''P.S.- Le Corcovado est le mont où surplombe le Christ Rédempteur à Rio. Voir la référence sur Wikipédia : http://fr.wikipedia.org/wiki/Christ_Rédempteur'' '''[[File:Corcovado (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Corcovado (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Corcovado (exploration)-en wave.wav|thumb|Corcovado (exploration)-en wave]]''' {{clr}} == Jobim encore == '''Séquence no1''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no1) partition.pdf|thumb|Séquence harmonique sur Desafinado]] Il faudra plusieurs explorations pour bien anticiper le traitement mélodique de la prochaine séquence harmonique. L’accord de G^7#11 est analysé comme un IV^e degré de la tonalité de ''ré min. jazz'' puis l’accord de Gb^maj7 comme IV^e degré de la tonalité de ''réb maj. '''[[File:Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no1) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no2''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no2).pdf|thumb|Jobim séquence no2]] Dans la séquence no2 le compositeur courtise huit tonalités en vingt-quatre mesures seulement. On peut souvent s’en tirer honnêtement sans tenir compte de tous ces emprunts harmoniques car beaucoup de notes sont communes à chaque tonalité mais il en résulte souvent des phrases courtes sans aucun lien entre elles. Une séquence mélodique doit être idéalement de quatre ou mieux encore de huit mesures. L’exercice ultime est d’anticiper au mieux l’harmonisation de la pièce de fois en fois et de jours en jours. D’avoir aussi les yeux sur la partition vous aideront énormément à structurer vos séquences mélodiques même improvisées. ''Conseil encore : Les schémas de gammes suggérés sont généralement sur les six cordes de la guitare, mais il est plus facile d’explorer mélodiquement sur les quatre premières cordes.'' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no2) exploration-en wav]]''' {{clr}} '''Séquence no3''' [[Fichier:Jobim encore (séquence no3) partition.pdf|thumb|Jobim encore séquence no3]] Très peu de changements pour la troisième séquence sinon un accord surprenant de Ab^dim7 que l’on peut analyser comme un VII^e degré en ''do majb6'' puis la tonalité de ''lab maj.'' sur les accords de Bbm⁷ et Eb⁷ . '''[[File:Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave.wav|thumb|Jobim encore (séquence no3) exploration-en wave]]''' {{clr}} '''Conclusion''' [[Fichier:Jobim encore (Desafinado) partition.pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Desafinado]] En conclusion, je vous propose l’harmonisation intégrale de la pièce Desafinado avec huit mesures d’introduction en ''fa majeur''. J’ai ajouté la gamme de ''do maj.b6'' (au lieu de ''do maj''.) sur l’accord de G^7b9 à la fin de la séquence no1 puisque la mélodie originale insiste sur la note ''la'' bémol. La vitesse est légèrement plus rapide pour cette version finale (140). Ces trois exercices vous permettront, si constance il y a bien-sûr, de flirter avec une des plus belles compositions d’Antonio Carlos Jobim. '''[[File:Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) accompagnement-en wav]]''' '''[[File:Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav.wav|thumb|Jobim encore (Desafinado) exploration-en wav]]''' {{clr}} == Summertime == [[Fichier:Summertime (partition).pdf|thumb|Harmonisation de la pièce Summertime]] La prochaine exploration risque de plaire à beaucoup de gens car la pièce Summertime de George Gershwin est certainement l’une des plus belles chansons du répertoire jazz. Harmoniquement, l’emploi du mineur jazz ne laisse aucun doute sur les accords de F#m⁶ et G#m⁶, ce dernier en remplacement de l’accord de C#⁷ ou encore de C#⁹/G#. Puis, sur les quatre accords de Bm j’analyse en dorien, c’est-à-dire en la majeur¹ et en fa# mineur harmonique pour C#⁷ et G#m^7b5/D. Je fais la même analyse sur les quatre dernières mesures. Certains seront tentés par la gamme pentatonique ou mineure blues, c’est bien aussi, mais personnellement je me sens prisonnier avec ces deux modes, ce qui ne m’empêche pas un emprunt surprise quelquefois. C’est aussi le temps d’explorer un peu de chromatisme lorsqu’une structure harmonique est aussi forte. Comme toujours je n’écris pas la mélodie, question de droit d’auteur, mais vous trouverez facilement plusieurs versions sur internet. '''[[File:Summertime (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Summertime (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Summertime (exploration)-en wav.wav|thumb|Summertime (exploration)-en wav]]''' ''1- Cette analyse convient mieux car normalement l’accord du IV degré en mineur jazz est un accord IV7 (B7 ou B9).'' {{clr}} == Gipsy de novembre == [[Fichier:Samba de novembre (partition et gammes).pdf|thumb|Samba de novembre (analyse et gammes)]] Un exercice, plus rapide cette fois, sur une harmonisation assez conventionnelle. D’abord on transforme le I^{^e} degré (Gmaj⁷) en IIm⁷ (Gm⁷) pour visiter la tonalité de ''fa majeur'' sur quatre mesures puis retour à la tonalité de ''sol majeu''r en passant par la tonalité de ''la min. harm.'' Pour la partie B, c’est le IV^e degré qui devient IIm⁷ (Cm⁷) en ''Sib majeur'' sur huit mesures, retour en ''sol majeur'' suivi d’une une visite surprise en ''mi majeur'' et retour en ''sol majeur.'' Tous ces enchaînements harmoniques de type IIm⁷-V⁷ ou IIm^7b5-V^7(b9) permettent aux compositeurs d’explorer des modalités nouvelles en un quart de tour sur des thèmes très simples quelquefois. À vous d’en faire maintenant l’expérience. '''Remarque :''' Les schémas de gammes suggérés pour cet exercice sont conjointement en VI^e, VII^e ou VIII^e position, mais c’est sans obligation bien sûr. '''[[File:Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre avec violon (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav.wav|thumb|Gipsy de novembre (exploration avec violon et guitare)-en wav]]''' {{clr}} == Like a Masquerade == [[Fichier:Like a Masquerade (partition et gammes).pdf|thumb|Harmonisation et analyse en ''si min.'']] Je propose pour cette harmonisation très ''light jazz'', une exploration en alternant les gammes de ''si min. jazz, si min. harm., si dorien (la maj.)'' et même ''si min. blues.'' Pour la partie '''B''', une transition dans les tonalités de ''sol maj.'' et de ''fa# maj.'' puis retour à ''si min.'' Les VI^e et VII^e positions sont idéales pour cet exercice de création. '''[[File:Like a Masquerade (accompagnement).flac|thumb|Like a Masquerade (accompagnement)]]''' '''[[File:Wave-Like a Masquerade (exploration).wav|thumb|Wave-Like a Masquerade (exploration)]]''' {{clr}} == Gipsy Minor == [[Fichier:Gipsy Minor.pdf|thumb|Exploration en la min. harm.]] Voici un exercice de réchauffement qui remplacera avantageusement les exercices de gammes traditionnelles. Nous avons trois accords extraits de la tonalité de ''la mineur harmonique'', ce qui suppose d’altérer le sol en sol#, mais qui permet également l’emploi du sol bécarre sur les accords de Am et Dm. Le tout, mêlé d’un peu de chromatisme, vous permettra des variantes intéressantes. Afin de donner l’illusion de jouer avec plusieurs musiciens, j’ai inclus dans l’accompagnement une partie violon solo, ce qui vous permettra de préparer la réplique. '''[[File:Gipsy Minor (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Gipsy Minor (exploration)-en wav.wav|thumb|Gipsy Minor (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Le rockabilly en labo == [[Fichier:Rockabilly (partition).pdf|thumb|Rockabilly analyse]] Il n’est pas très courant de jouer dans un style rockabilly à la guitare classique, mais si l’aventure vous amuse je vous suggère un exercice intéressant. Il faut savoir que la structure harmonique est souvent la même que la structure blues c’est-à-dire construite sur des accords de dominante auxquels on attribue le rôle de premier degré (I⁷), quatrième degré (IV⁷) et cinquième degré (V⁷). Certains musiciens joueront la gamme blues sur les trois accords mais cette option devient rapidement prévisible et surexploitée. Je vous propose d’explorer d’abord la gamme myxolydienne de chaque accord qui donnera dans la tonalité de la majeur : ''la myxolydien (ré majeur), ré myxolydien (sol majeur) et mi myxolydien (la majeur)''. A⁷ = I⁷ = ''ré maj.'' D⁷ = IV ⁷ = ''sol maj.'' E⁷ = V⁷ = ''la maj.'' Dans un premier temps, il faut se familiariser avec les trois gammes myxolydiennes puis, là où ça devient intéressant c’est d’y ajouter quelques notes de passage ou tension mélodique. Puisque chaque accord de dominante accepte la gamme chromatique, les possibilités sont nombreuses en autant que l’on conserve un équilibre tonal. J’ai construit l’exploration en trois volets. Le premier sans notes de passage, le deuxième avec notes de passage et le troisième avec notes de passage mais en VIIe position. Comme je dis souvent il ne faut pas reproduire l’exploration que je propose, mais d’en composer une ou plusieurs autres. Amusez-vous surtout! '''[[File:Rockabilly labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rockabilly labo (exploration)-en wav.wav|thumb|Rockabilly labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == On Broadway Labo == [[Fichier:On Broadway Labo (partition).pdf|thumb|On Broadway Labo (analyse harmonique)]] Pour faire suite au style ''rockabilly'', rien de mieux que d’explorer la pièce ''On Broadway'' en se servant des mêmes schémas de gammes. Cette pièce est divisée en plusieurs groupes de deux accords ayant chaque fois les fonctions de Ve et IVe degré du mode majeur. Si la pièce précédente avait un mode par accord, cette fois nous avons plutôt deux accords par tonalité. On peut accepter la définition de mode mixolydien sur le V^e degré mais le IV^e degré fausse certainement cette appellation unique. C’est pourquoi j’indique sur la partition la tonalité source des deux accords. La formule est de huit mesures en ''ré majeur'', sept et demi en ''sol majeur'' plus une demi-mesure en ''la majeur'' et quatre mesures en ''ré majeur''. Je dois préciser que je n’ai pas employé la tonalité de ''la majeur'' dans mon exploration mélodique la jugeant superflue. Si vous êtes familier avec les schémas de gammes, il vous sera très facile de moduler un demi-ton à la fois. '''[[File:On Broadway Labo (accompagnement)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:On Broadway Labo (exploration)-en wav.wav|thumb|On Broadway Labo (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === Fichiers manquants au chapitre 2 === '''L’harmonisation des cinq schémas d’accords''' '''[[Fichier:Harmonisation des cinq schémas d'accords.pdf|thumb|Harmonisation des cinq schémas d'accords à la guitare]]''' La connaissance de l’harmonisation des cinq schémas d’accords majeurs et mineurs est fondamentale pour tout guitariste professionnel. À chacune des cinq positions se greffe toutes les altérations, indépendamment du rôle harmonique de l’accord. L’avantage de cette visualisation harmonique est de pouvoir multiplier par douze les possibilités harmoniques de chaque schéma. Il n’est pas nécessaire de tout apprendre par cœur mais plutôt de comprendre le principe des altérations qui gravitent autour de chaque schéma d’accord. Il est très important de constater dans les prochains tableaux que les altérations sont les mêmes pour l’accord majeur, l’accord de dominante et mineur. Il y a seulement la tierce de l’accord mineur qui bouge. Le chiffre 7 sous-entend une septième mineure et le #5 peut être une sixte mineure pour certains modes ou un b13 si la 7e de dominante est présente. '''Harmonisation des schémas 1 à 5 :''' '''https://www.dropbox.com/sh/qd4m0w6f462vso8/AACqQqiTdTeZzuMeiSU0CBi8a?dl=0''' {{clr}} == Schéma harmonique sur Hotel C == [[Fichier:Schéma harmonique sur Hotel C.pdf|thumb|Schéma harmonique et gammes sur Hotel C]] On pourrait explorer pendant des heures et des heures sur cet enchainement d’accords qui est devenu la signature musicale du style californien des années 1970. Ce genre musical s’adapte bien à la guitare classique si on évite bien-sûr le piège de la copie intégrale. Peut-être que l’élève qui ne connait aucunement la pièce originale sera avantagé, c’est pourquoi pour ma part, je ne ferais pas entendre ce grand succès des Eagles, au début du moins. Je serais même curieux de comparer les versions des élèves qui ne connaissent pas ce succès et ceux qui ont subi l’amertume des ainés. J’ai choisi les accords avec renversements pour créer un mouvement chromatique, mais ce n’est pas obligatoire surtout si vous avez un bassiste. '''[[File:Hotel C (accompagnement)-en wave.wav|thumb|Hotel C (accompagnement)-en wave]]''' '''[[File:Hotel C (exploration)-en wav.wav|thumb|Hotel C (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Grilles (schémas) de gammes == [[Fichier:Grilles de gammes.pdf|thumb|Grilles de gammes]] Veuillez conserver les deux pages de grilles de gammes qui se divisent en cinq positions (schémas no1 à 5) dans les quatre modes (majeur, mineur harmonique, mineur jazz et majeur b6). Chaque groupe (schéma no1, no2, no3, no4, no5) ne se distingue que par la tierce (majeure ou mineure) et la sixte (majeure ou mineure) et renferme chacun tout le matériau harmonique qui lui est propre (voir chapitre 2). Chaque groupe dissimule 28 modalités différentes, d’ou l’importance de les assimiler parfaitement, sans oublier que tout ce bagage harmonique et mélodique se transpose chromatiquement. '''''Mes suggestions de gammes sont toujours en fonction de ces schémas.''''' ''P.S.-Mineur mélodique = mineur jazz et majeur harmonique = majeur b6'' {{clr}} == Acoustic Jazz Quartet no1 == [[Fichier:Acoustic Jazz Quartet no1.pdf|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 partition]] Voici un exercice qui s’inspire de nombreux standards jazz. On a ici une formule harmonique typique au standard jazz. La formule V⁷ ou IIm⁷-V⁷ s’applique aux différents degrés de la tonalité ce qui permet des emprunts mélodiques très variés. La séquence Fm⁷, Bb⁷, Eb^maj7 qui représente la formule IIm⁷, V⁷ de IV^maj7 est reprise en modulation temporaire (IV=IIm⁷) sur Ebm⁷, Ab⁷, Db^maj7. Cette formule est très souvent employée et facilement prévisible. L’exercice peut se faire au métronome à 100 ou à 140. '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Acoustic Jazz Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Dire Rhythm == [[Fichier:Dire Rhythm (partition).pdf|thumb|Dire Rhythm (partition)]] Il faut voir le prochain exercice comme un stimulant au travail des gammes. Point besoin de créer une mélodie, je propose plutôt de laisser les doigts s’inspirer de l’harmonie de ''mi majeur'', tonalité très prisée par les guitaristes puisqu’elle permet l’emploi de plusieurs cordes ouvertes. L’accompagnement est dans le style [[w:Dire_Straits|Dire Straits]] d’où le titre Dire Rhythm à ce chapitre. Pour le guitariste classique, les schémas de gammes no1, no4 et no2 demeurent les meilleurs choix. '''[[File:Dire Rhythm (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Dire Rhythm (exploration)-en wav.wav|thumb|Dire Rhythm (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no1 == [[Fichier:Rio Quartet no1 (partition).pdf|thumb|Rio Quartet no1 (partition)]] L’exercice Rio Quartet no1 vous paraîtra peut-être très déstabilisant à la première écoute, mais rassurez-vous car les nombreuses tonalités qui colorent cette pièce sont toutes majeures. Ce qui me plaît particulièrement dans cette pièce, ce sont les modulations rapides de l’intro qui rappellent la dynamique qui caractérise souvent les arrangements pour grands orchestres de jazz (stage band). Après l’intro, nous retrouvons le calme de la tonalité de ''do majeur'' en alternance avec la tonalité de ''mib majeur'' pendant 32 mesures puis, c’est le retour à l’intro par la tonalité de ''sol majeur''. '''[[File:Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no1 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no1 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Calling You du film Bagdad Café == [[Fichier:Analyse harmonique de Calling You.pdf|thumb|Analyse Harmonique de Calling You]] Tous les musiciens rêvent d’écrire une chanson aussi touchante que le thème du superbe film Bagdad Café, Calling You, composée par Bob Telson. Ceux qui ont vu le film reconnaîtront immédiatement les premiers arpèges lesquels appartiennent aux tonalités de ''sol majeur'' et ''ré majeur''. La coloration la plus frappante de la pièce est certainement l’emploi direct des fonctions IIm^7b5 – V⁷ en ''sol'', en ''la min.'' et en ''si min''. sans résolution afin de conserver l’intrigue harmonique (voir le tableau d’analyse). Bien sûr l’enchainement IIm^7b5 – V⁷ de I fait référence à la tonalité ''majeure b6''. Comme l’accord m7b5 peut jouer le rôle de IIm^7b5 aussi bien en ''majeur b6'' qu’en ''mineur harmonique'', il ne faut pas oublier qu’il peut être le VIIm^7b5 en ''majeur'' et VIm^7b5 et VIIm^7b5 en ''mineur jazz''. J’ai ajouté une deuxième option pour les mesures 9 à 16 pour vous permettre d’explorer d’autres avenues. Même si la pièce est logiquement en ''sol majeur'', je suggère également l’emploi de la gamme de ''ré majeur'' (excepté sur Cmaj9#11) ce qui donne une coloration lydienne souvent employée en jazz. Juste au moment de résoudre sur la tonalité de ''sol majeur'' le compositeur choisit de passer directement en ''sib majeur'' lequel sera le seul accord parfait majeur de toute la pièce. J’ai ajouté une version plus facile sur la portée supérieure qui sonnera très bien surtout si vous êtes soutenu par un bassiste. La tonalité originale (version Bob Telson) est en ''sol'' mais la version du film Bagdad Café est en ''sib''. Pour le guitariste, il suffit de mettre le capo en troisième position. Cette pièce vous donnera une belle occasion de vous familiariser avec l’accord IIm^7b5 que malheureusement certains musiciens populaires évitent toute leur vie. Il vous sera très facile d’entendre la version chantée sur Youtube en faisant référence au film Bagdad Café. '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav.wav|thumb|Calling You du film Bagdad Café (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no2 == [[Fichier:Rio Quartet no2 (Partition).pdf|thumb|Rio Quartet no2 (partition)]] La prochaine exploration, plus rythmée cette fois, comporte quelques modulations plus inattendues, mais demeure toujours dans les tonalités majeures et mineures habituelles. Quelques auditions avec la partition suffiront pour anticiper les événements. Comme toujours, les exercices d’explorations demandent beaucoup d’heures de travail, si travail il y a quand la recherche nous passionne. '''[[File:Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no1 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no1.pdf|thumb|Partition et analyse harmonique]] Dans la série Smooth Jazz Ballad, je vous propose de surfer sur l’harmonisation de la pièce ''Cry Me A River'' écrite par Arthur Hamilton en 1953 puis interprétée par de nombreux artistes, y compris en jazz instrumental. Comme à l’habitude, je ne reproduis que le scénario harmonique et vous propose une analyse pour faciliter la création mélodique. Il y a une option qui pourrait être également intéressante en ajoutant l’accord de Cm''b6'' afin de donner l’effet James Bond, mais malheureusement aucun logiciel ne reconnait cet accord pour le moment. Essayez-le plutôt en duo avec un ami. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no1 (exploration).wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no1 (exploration)]]''' {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no2 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no2.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 -Partition et analyse harmonique]] Ce laboratoire peut sembler un peu déstabilisant à la première écoute, mais en se référant à l’analyse harmonique de ''fa majeur'' à la page 3, il sera plus facile d’anticiper le mouvement mélodique qui ne demande souvent que peu d’altérations. Comme exemple, la note '''do#''' nous projette immédiatement en ''ré mineur harmonique'', le '''la bémol''' en ''fa mineur harmonique'', le '''fa#''' en ''sol majeur'' etc… Bien sûr, les doigtés de gammes (chapitre 23) doivent être complètement assimilés. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no2 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} === À propos du IV^e degré === [[Fichier:À propos du IVe degré ( partition).pdf|thumb|À propos du IVe degré, analyse]] Vous aurez sans doute remarqué que la structure harmonique du IV^e degré passe souvent du IVmaj⁷ à IVmin⁶ ou IV⁷ et même IVm⁷=IIm⁷ dans de nombreux standards populaires ou jazz. Mélodiquement, il n’y aura que la tierce ou la sixte dans les tonalités de ''fa'' et de ''sib'' à surveiller, excepté si le IV^e degré devient IIm⁷ comme le font souvent les musiciens. Cette pratique découle sûrement de la tendance qu’on ceux-ci d’abaisser systématiquement la septième de tous les accords mineurs. Personnellement, j’aime bien conserver la septième majeure sur un accord mineur quand l’harmonie le suggère. Regardez l’évolution de l’accord de Bb comme IV, IVm⁶, IVm⁷, IV⁷ en ''fa majeur'' et ''mineur'', Imaj⁷, Im⁶ en ''sib majeur'' et ''mineur jazz'' ( IV=I) et IIm⁷ en ''lab majeur'' (IV=IIm⁷). Ces transformations sont monnaies courantes sur le IV^e degré, lequel ne devait être au départ qu’un accord majeur. {{clr}} == Bolero Labo No1 A et No1 B == [[Fichier:Bolero Labo No 1-A et B.pdf|thumb|Bolero Labo No 1A et 1B]] Dans le prochain scénario harmonique, l’accord mineur est sollicité plus qu’il n’en faut. On le retrouve sur le I^er degré, le V^e, le IV^e et même le VI^e degré de la tonalité de ''ré mineur''. Cependant, chaque accord peut être appelé à jouer plusieurs rôles harmoniques. Ainsi sur l’accord de Am, j’emploie à volonté la gamme de ''la mineur harmonique'' ou ''do majeur'', sur l’accord de Gm ma préférence est la gamme de ''fa majeur'' qui m’amène à son IV^em⁶ (Bbm⁶) puis, quand le même accord devient Bbm⁹, la gamme qui s’impose sera ''lab majeur'' (''mode dorien''). Je vous propose deux accompagnements légèrement différents mais qui proposent des chemins mélodiques semblables. Dans la version B, j’ajoute les notes de passages souvent employées sur les accords mineurs c’est-à-dire : (Dm, Dm^maj7, Dm⁷, Dm⁶) pour l’accord de Dm; (Am, Am^maj7, Am⁷, Am⁶) pour l’accord de Am puis (Gm, Gm^maj7, Gm⁷, Gm⁶) pour l’accord de Gm. C’est un procédé vieux comme le monde que l’on emploi lorsque la mélodie bouge très peu. J’ai collé d’ailleurs mon exploration sur les deux accompagnements pour démontrer le peu d’influence sur la mélodie. Peu importe la version qui vous inspire, le choix vous appartient. '''[[File:Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-A (exploration)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Bolero Labo no1-B (exploration)-en wave.wav|thumb|Bolero Labo no1-B (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Réflexion sur la fondamentale de l'accord majeur ou mineur == [[Fichier:La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde.pdf|thumb|La fondamentale sur les six cordes + analyse de la note do sur la troisième corde]] On sait tous que chaque son peut jouer le rôle de note fondamentale d’un accord majeur, mineur ou autres. Donc, sur chaque corde on retrouve douze notes fondamentales pour les douze cases de la gamme chromatique. Pour éviter la confusion des cordes ouvertes, je fais ici mon analyse à partir de la position III de la guitare. On constate que la note '''sol''' sur la 6e corde peut être la fondamentale du schéma harmonique no2 ou no5 seulement et que cela impliquera invariablement toutes les notes fondamentales sur la 6e corde. En continuant l’analyse sur les six cordes de la guitare, on découvre que l’harmonisation à l’état fondamental ne peut se faire que sur cinq schémas harmoniques. '''Sol sur la 6e corde :''' schéma no2 ou no5 '''Do sur la 5e corde :''' schéma no1 ou no4 '''Fa sur la 4e corde :''' schéma no5 ou no3 '''Sib sur la 3e corde :''' schéma no4 ou no2 '''Ré sur la 2e corde :''' schéma no3 ou no1 '''Sol sur la 1e corde :''' schéma no2 ou no5 '''La grande question est : Est-ce qu’on peut avoir plus de 7e, 9e, 11e, 13e que de fondamentales?''' '''Il est de toute évidence que toutes altérations harmoniques soient liées à leur fondamentale.''' Mais le chemin n’est pas simple pour autant. À la deuxième analyse, je me suis amusé à donner à la note '''do''' sur la troisième corde, un rôle harmonique différent, allant de la fondamentale à la treizième. Même si l’analyse n’est pas complète, on comprendra que chaque note sur la troisième corde peut recevoir le même traitement harmonique et que tout nous ramène aux cinq schémas harmoniques. On pourrait faire le même exercice sur les six cordes de la guitare qu’on arriverait au même constat. (Voir aussi le chapitre 2) Si vous êtes le moindrement visuel, le tableau des cinq schémas vous aidera grandement à mémoriser les très nombreuses possibilités harmoniques que les cinq schémas vous proposent. === Enchainement V⁷ avec la 7^e de dominante à la basse === [[Fichier:Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout.pdf|thumb|Enchainement V7-I avec 7e de dom. à la basse + ajout]] S’il n’y a que cinq schémas de base, il faut aussi découvrir et retenir les innombrables possibilités que chacun d’eux renferme. Dans le diagramme le chiffre trois indique la tierce de l’accord, le chiffre 5 indique la quinte de l’accord, mais retenez surtout le chiffre ''7 en rouge'', car il détermine la 7e de dominante lorsque l’accord est majeur et la 7e mineure lorsque l’accord est mineur. Le chiffre 6 devient automatiquement une 13e de dominante lorsque la 7e est présente. Ainsi vous pouvez déjà visualiser des formules harmoniques qui vous permettrons de mieux mémoriser les nombreuses possibilités de chaque schéma harmonique. ''P.S. Le b5 n’est pas indiqué sur le schéma no1, mais vous aurez deviné qu’il est sur la 3e corde juste derrière le 5.'' {{clr}} == Les formules harmoniques des cinq schémas d'accords == [[Fichier:Les formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5.pdf|thumb|Formules harmoniques des schémas majeurs et mineurs no1 à 5]] Je vous suggère fortement de conserver l' annexe du prochain chapitre car elle fait la synthèse de l’harmonie à la guitare sous forme, cette fois-ci, de formules universelles qui s’adaptent chromatiquement à toutes les tonalités. L’avantage est de permettre aux guitaristes de construire un accord spécifique dans toutes les tonalités sans la nécessité de mémoriser tout le dictionnaire des accords. On découvre ainsi que chaque schéma d’accord possède ses caractéristiques et ses limites harmoniques. Les formules harmoniques que j’ai répertoriées totalisent 262 sur cinq schémas majeurs et 125 sur cinq schémas mineurs pour un total de 387. Ces chiffres sont variables car on peut certainement trouver d’autres formules intéressantes. J’ai éliminé les accords trop acrobatiques afin d’éviter tout découragement. On se retrouve donc avec un dictionnaire de 387 formules harmoniques x 12 demi-tons chromatiques, pour un total de 4644 minimalement. Et je n’ai pas encore inclus les accords de quinte diminuée. Il n’est pas question d’apprendre tous les accords par cœur mais d’apprendre à les structurer grâce à la position majeure ou mineure originale. Il faut d’abord retenir où se situe la 7e mineure (rouge) qui annonce la dominante, ensuite les 9e, b9 et #9, M7, 6 de chaque schéma avant de tout essayer. Si vous apprenez les accords de façon aléatoire, il vous faudra un siècle pour tout retenir. N’oubliez pas que la différence entre un schéma majeur et mineur est minime. Les altérations sont au même endroit. Il n’y a que la tierce qui est déplacée, mais indispensable à l’accord. {{clr}} == Smooth Jazz Ballad no3 == [[Fichier:Smooth Jazz Ballad no3.pdf|thumb|Smooth Jazz Ballad no3]] Une exploration tout en détente sur la gamme de ''ré majeur'' et un soupçon de ''si mineur harmonique''. Vous n’avez qu’à fermer les yeux et surfer sur la tonalité. N’oubliez pas d’enregistrer car la première version est souvent la meilleure. '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav.wav|thumb|Smooth Jazz Ballad no3 (exploration guitare et trompette)-en wav]]''' '''Exploration : https://soundcloud.com/user-608160828/smooth-jazz-ballad-no3-exploration-guitare-et-trompette''' {{clr}} == Jazz Funk no1 == [[Fichier:Jazz Funk no1 (guitare).pdf|thumb|Jazz Funk no1 (guitare)]] Voici un double exercice puisqu’il s’agit d’abord de combler l’accompagnement de la guitare pendant le solo de saxophone puis, si vous désirez, vous pourrez explorer à votre façon sur l’accompagnement (sans solo de saxophone) dans la tonalité de ''sib majeur'' sur un style jazz funk. '''[[File:Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (saxophone sans guitare)-en wav]]''' '''[[File:Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Jazz Funk no1 (accompagnement)-en wav]]''' {{clr}} == All of Me (Gerald Marks and Seymour Simons) == [[Fichier:All Of Me (exploration).pdf|thumb|All of Me (exploration)]] C’est sur l’harmonisation d’un standard américain composé en 1931 que je vous propose de ''mélodier''* cette fois. La première version est telle que la version originale en ''do majeur'' et la deuxième est avec quelques ajouts harmoniques supplémentaires. J’ai choisi en premier lieu le style latin gipsy (manouche et bossa) qui confirme davantage l’harmonie sur chaque mesure. Une fois les réflexes bien établis, il sera plus facile d’anticiper les tonalités de ''la mineur jazz et/ou harmonique'', de ''ré mineur harmonique'', de ''sol majeur'' et même ''sol majeur b6'' dans un style jazz swing. Puisque l’accord de F#^dim7 dure une mesure complète, je le considère comme un VII^dim7 de G (''en majeur b6'') mais je conserve la tonalité de ''do majeur'' sur l’accord de Eb^dim7 puisqu’il ne dure que deux temps. Il faut préciser que les deux accords ont une structure harmonique identique. Vous constaterez que pour cette pièce les compositeurs ont choisis, comme c’est souvent le cas, des segments mélodiques de quatre mesures. C’est une façon traditionnelle mais combien efficace. • ''Dans le sens de créer une ou des mélodies sur un schéma harmonique.'' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:All of Me no2 (exploration)-en wav.wav|thumb|All of Me no2 (exploration)-en wav]]''' '''[[File:All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav.wav|thumb|All Of Me no2 (accompagnement swing)-en wav]]''' {{clr}} == Rio Quartet no3 == [[Fichier:Rio Quartet no3.pdf|thumb|Rio Quartet no3]] Comme on peut le constater dans le chapitre précédent, la plupart des mélodies de style standard jazz sont plutôt simples, mais elles ont la particularité d’emprunter l’harmonisation sur plusieurs modalités, ce qui procure aux mélomanes un intérêt indéniable. Par contre, l’élève s’y perd souvent, trop dépendant de l’armure qui lui est proposé, car si on indique une tonalité de ''do mineur'', il ne s’attend sûrement pas à explorer à la deuxième mesure la tonalité de ''mib mineur jazz'', à la cinquième mesure, la tonalité de ''sol mineur harmonique'', par la suite de ''fa mineur'' ou de ''lab majeur'' etc. Je conseille, puisque qu’il s’agit d’exercices sur des scénarios de standards existants, d’explorer mélodiquement sur les emprunts harmoniques suggérés jusqu’à ce que ceux-ci deviennent prévisibles à deux et même quatre mesures près. Bientôt le phrasé mélodique deviendra cohérant même s’il est différent à chaque fois. '''[[File:Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Rio Quartet no3 (exploration)-en wav.wav|thumb|Rio Quartet no3 (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Ipanima == [[File:Ipanima.pdf|thumb|Harmonisation sans mélodie]] Le prochain exercice vous paraîtra déstabilisant à la première tentative d’exploration, mais en se référant continuellement à la partition et aux gammes suggérées, vous trouverez graduellement d’excellentes idées mélodiques. Il est donc préférable d’avoir la partition complète sous les yeux au départ. J’ai écrit, pour la partie A, l’accompagnement de guitare avec la quinte à la basse, mais c’est sans obligation. Ça ne change en rien l’analyse harmonique. Si vous aimez, celle-ci peut être jouée en II^e ou en VII^e position. Comme vous le savez déjà, je préconise la tonalité plutôt que l’accord pour la création mélodique, ce qui permet une anticipation plus large du mouvement globale d’une pièce. Les mesures 33 à 36 sont un bon exemple, car la mémoire harmonique nous rappelle à la tonalité de ''fa majeur'' malgré l’accord de D^7b9 et C^7b9. C’est aussi pour cette raison qu’un arrangement pour guitare seule devrait se faire bien après la création mélodique car ce sont des exercices très éblouissants mais qui figent et limitent la création. Mettez-vous plutôt en situation du musicien professionnel qui doit assurer un contrat en studio. Ce n’est pas un arrangement pour guitare seule qu’on vous demandera, mais beaucoup plus pour un esprit d’ensemble (accompagnement/solo) exactement comme l’exercice que je vous propose. '''[[File:Ipanima (accompagnement)-en wav.wav|thumb|Ipanima (accompagnement)-en wav]]''' '''[[File:Ipanima (exploration)-en wav.wav|thumb|Ipanima (exploration)-en wav]]''' {{clr}} == Exploration sur 28 modes en abaissant la tierce et/ou la sixte d’une gamme majeure == [[File:28 modes dérivés.pdf|thumb|28 modes dérivés]] J’aimerais vous proposer cette fois un jeu d’exploration sur 28 modes. Il faut pour cela respecter l’ordre de la gamme et résister à la tentation de changer la tonalité. Le jeu consiste à surfer sur chaque mode et d’apprivoiser les tensions afin d’en découvrir toutes les subtilités. Comme les enchaînements harmoniques sont diatoniques, ils ne se prêtent pas vraiment à la création mélodique. Chaque accompagnement est fait sur sept modes dérivés d’une même tonalité. Ainsi, pour explorer sept modes, il suffit simplement d’improviser sur une seule gamme par exercice. Le mode s’établit de lui-même sur chaque degré. Il n’est absolument pas nécessaire de connaître tous les noms de modes, seule l’oreille musicale jugera. '''[[File:Modes dérivés de do maj (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj (accompagnement)]]''' '''1- Le mode iolien (gamme majeure)''' 2- Le mode dorien 3- Le mode phrygien 4- Le mode lydien 5- Le mode mixolydien 6- Le mode éolien (gamme mineure naturelle) 7- Le mode locrien '''[[File:Modes dérivés de do min jazz (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min jazz (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur jazz''' 2- Le mode dorien b2 3- Le mode lydien augmenté 4- Le mode Bartok 5- Le mode mixolydien b6 6- Le mode locrien bécarre 2 7- Le mode altéré '''[[File:Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do min harmonique (accompagnement)]]''' '''1- Le mode mineur harmonique''' 2- Le mode locrien bécarre 6 3- Le mode majeur augmenté 4- Le mode dorien #4 5- Le mode phrygien majeur* (mode andalou) (''*La logique serait mixolydien b2 et b6'') 6- Le mode lydien #2 7- Le mode super-locrien diminué '''[[File:Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement).wav|thumb|Modes dérivés de do maj b6 (accompagnement)]]''' '''1- Le mode majeur b6''' 2- Le mode dorien b5 3- Le mode phrygien b4 4- Le mode lydien mineur 5- Le mode mixolydien b2 6- Le mode lydien augmenté #2 7- Le mode locrien diminué '''N.B. Les seules notes qui bougent dans ces 28 modes sont la tierce et la sixte. Pour transposer ces 28 modes, il suffit d’abaisser la tierce et /ou la sixte d’une gamme majeure. ''' Les 28 modes présentés de cette façon démontrent que le simple fait d’abaisser la tierce et/ou la sixte d’une gamme influence tout le système tonal. Heureusement les pièces de notre répertoire ne sont pas aussi diatoniques que ces exercices, mais elles se réfèrent aux mêmes sonorités. Le seul mode qui frise la perfection est sûrement le ''mode majeur'' où les tensions sont les moins dures. Je mets le ''mode mineur jazz'' en deuxième car, avec seulement une tierce mineure abaissée, il réussit à nous transporter dans une ambiance totalement différente. Que dire du ''mode Bartok'' et du ''mode mixolydien b''6, sans oublier le mode ''locrien bécarre 2'' et le ''mode altéré'' si souvent visités. Le ''mode mineur harmonique'' n’étonne plus aujourd’hui et sa coloration est évidente. Sur le premier degré, la sensible est toujours plus dure mélodiquement car, le réflexe dorien, très fort en musique tonale, nous interpelle à chaque fois. Le Ve degré est évident sur toutes les relations V7-Im et l’enchaînement V et VI, unique au ''mode mineur harmonique'', nous rappelle la musique andalouse. Le ''mode majeur b6'', comme son nom l’indique a seulement une sixte abaissée qui diffère du ''mode majeur''. Le I^e degré est le seul qui tolère difficilement la sixième mineure (lab), mais tous les autres degrés sont très consonants et facile à mélodier. Mes degrés préférés sur ce mode sont le ''dorien b5'', le ''lydien mineur'', le ''mixolydien b2'' et le ''locrien diminué'' sans oublier le ''lydien augmenté #2'' qui adoucit énormément l’accord augmenté et majeur7#5. On a souvent ajouté ces harmonies au ''mode majeur'' conventionnel sans vraiment réaliser l’emprunt au ''majeur b6''. '''Remarque :''' Bien sûr, analyser les modes de façon traditionnelle, c’est-à-dire en passant par le mode relatif pour expliquer les modalités issues des modes mineures rendrait cet exercice extrêmement complexe et gênerait comme toujours le bien fondé du mode ''majeur b6 (majeur harmonique). Tous ceux qui considèrent l’accord IV<small>7#11</small> comme le point central de l’harmonie devraient plutôt constater que le seul accord pouvant générer 28 modes, incluant le mode ''Bartok,'' est l’accord de dominante (V<small>7</small>). '''''Il faut toujours se rappeler qu’un mode ne s'identifie pas par une suite de sons, mais par la relation avec l’accord.''''' {{clr}} === Exploration (suite) === [[File:Exploration sur quatre modes.pdf|thumb|Exploration sur quatre modes]] '''[[File:Exploration en do majeur.wav|thumb|Exploration en do majeur]]''' '''[[File:Exploration en do mineur jazz.wav|thumb|Exploration en do mineur jazz]]''' '''[[File:Exploration en do mineur harmonique.wav|thumb|Exploration en do mineur harmonique]]''' '''[[File:Exploration en do majeur b6.wav|thumb|Exploration en do majeur b6]]''' L’exercice est le même que le précédent, mais sur des enchaînements harmoniques moins rigides et plus conformes aux standards musicaux. Pendant que vos doigts s’affairent sur la tonalité principale, l’harmonie transforme chaque note en relation modale à chaque accord. À ce jeu, le ''mode majeur'' remporte la Palme d’Or car il est de loin le plus souple et le plus fluide sur tous les sept modes qui le composent. Le ''mode mineur harmonique'' n’a pas la souplesse du mode majeur, mais il est tout de même très employé grâce à sa fusion avec le ''mineur éolien''. L’exercice que je vous propose concerne uniquement le ''mineur harmonique'' à l’état pur ainsi que les modes qu’il renferme. Le ''mode mineur jazz'' comme son nom l’indique est très important en jazz surtout à cause du IVe degré (''mode Bartók'') avec une structure de dominante (septième mineure sur un accord majeur) et une onzième augmentée. Le ''mode majeur b6 (harmonique)'' est le dernier arrivé dans nos habitudes harmoniques. Comme je disais auparavant, pourquoi on permettrait au ''mode mineur'' d’abaisser la sixième et pas au ''mode majeur''. Si on fait fi de la sixième mineure sur l’accord du Ier degré, l’harmonisation est très fluide et plus qu’intéressante sur tous les degrés. D’ailleurs, il est tellement avantageux de fusionner les deux modes majeurs comme on le fait déjà en mineur. Pour les besoins de l’exercice vous pouvez employer une sixième majeure sur le Ier degré et/ou en alternance. {{clr}} === G⁷ sur cinq modes === [[File:G7 sur cinq modes.pdf|thumb|G7 sur cinq modes]] Voici une analyse comparative de l’accord de G⁷ en tant que V^e degré des modes de ''do majeur, do mineur jazz, do mineur harmonique, do majeur b6'' et comme IV^e degré du mode de ''ré mineur jazz''. Les quatre modes de ''do majeur et mineur'' se différencient comme toujours par la tierce et la sixte, mais ceux-ci, transposées sur l’accord du V^e degré, deviennent la 13^e pour la note '''mi''' et 9^e pour la note '''la'''. Donc, pour les quatre tonalités de ''do'', les seules notes qui peuvent être abaissées sur le V^e degré sont le '''mi''' (13e) et le '''la''' (9e). En tant que IV^e degré du mode ''mineur jazz'', c’est la 11^e augmentée ('''do#''') sur l’accord de G⁷ qui fera de cet accord le seul et unique en son genre. Pour certains musiciens, il demeure la relation harmonique la plus fréquentée. Généralement, tous les accords de 7^e étrangers à la tonalité sont considérés comme des IV⁷ (mode Bartók). J’ai harmonisé le tout sur le schéma d’accord no5 et pour les modes, les chiffres en caractère gras représentent la fondamentale (1), la tierce (3), la quinte (5), la septième (7) et en petit caractère la neuvième (9), la onzième (11) et la treizième (13). ''N.B. – Il n’y a aucun lien mélodique entre les portées.'' {{clr}} == La gamme par tons == [[File:Gammes par tons et les accords.pdf|thumb|Gammes par tons et les accords]] La ''gamme par tons'' génère sur chaque note un accord de dominante dont la quinte est soit augmentée (#5) ou diminuée (b5), mais qui, contrairement aux accords 7b13 ou 7#11, n’implique pas la relation V7-I majeur ou mineur. La ''gamme par tons'' sera sûrement acceptée sur ces derniers accords, mais il ne faudrait pas qu’elle devienne un automatisme sans suivi mélodique. Si la ''gamme par tons'' vous intéresse, je vous suggère de vous familiariser avec différents doigtés d’accords de 7#5, 7b5, 9#5, 9b5 à l’intérieur des cinq schémas de base. La gamme par tons peut se jouer sur les six degrés de la gamme et dans n’importe quel ordre. Vous aurez donc deux gammes pour couvrir tout l’éventail des ''gammes par tons''. Vous pourrez vous inspirer des deux exercices d’accompagnements pour vous en convaincre. '''[[File:Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5.wav|thumb|Gamme par tons de G7-5 et Ab7-5]]''' {{clr}} == Harmonisation en fonction de la fondamentale sur la 6e corde == [[File:Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde.pdf|thumb|Intervalles Harmoniques avec fondamentale sur la 6e corde]] Voici quelques constats à observer : -Toutes les fondamentales se trouvant sur la sixième corde à partir de sol (troisième case) génèrent harmoniquement les mêmes intervalles. -Comme ces intervalles sont invariables, ils engendrent chromatiquement les mêmes positions d’accords : les schémas no2 majeurs et mineurs et les schémas no5 majeurs et mineurs. -On remarque aussi qu’à la guitare les accords majeurs débutent toujours par I, 3, 5, I ou I, 5, I, 3 et en mineur par I, 3m, 5, I ou I, 5, I, 3m. -Si la cinquième corde prend charge de la tierce et la quinte, il faut retenir que dans le cas présent l’harmonie empruntera souvent à la quatrième corde la 7e majeure et mineure ainsi que la 6e majeure et mineure (b6). C’est d’ailleurs la 7e et la 6e de l’accord qui serviront de pont vers les accords de 9e, 11e et 13e. -C’est aussi une vision différente permettant de réaliser des harmonisations complémentaires aux schémas no2 et no5. (Voir Les formules harmoniques des schémas no2 et no5) - Sur la seule fondamentale de la note ''la'' on peut compter près de 200 formules harmoniques, donc 2400 si l’on transpose le tout chromatiquement. ''N.B. Les cordes ouvertes E, A, D, G, B, E peuvent en tout temps alléger la main gauche si l’harmonie le permet. '' {{clr}} == Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde == [[File:Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde.pdf|thumb|Intervalles harmoniques avec fondamentale sur la 5e corde]] Comme dans l’exemple précédent, l’harmonisation de la fondamentale sur la 5e corde nous contraint à deux positions d’accords majeurs (schémas no1 et no4) et deux positions d’accords mineurs (schémas no1 min. et no4 min.). Je conseille à tous d’étudier ces quatre schémas, d’abord sans renversements afin de bien repérer les intervalles. Vous constaterez par la suite les nombreuses possibilités de renversements à la tierce, à la quinte et à la septième sur les cordes 5 et 6. Ne bouder surtout pas le schéma no1 mineur car les positions min9 (1, 3min, 7min, 9) et min6/9 (1, 3min, 6, 9) sont très prisées en jazz. Les renversements d’accords ainsi que les accords sans fondamentale ne doivent pas vous faire perdre de vue le schéma original car l’ordre des intervalles harmoniques en dépend entièrement. {{clr}} == Réflexion sur les positions harmoniques == [[File:Réflexion sur les positions harmoniques.pdf|thumb|Réflexion sur les positions harmoniques]] Il serait légitime de penser qu’il y a douze positions harmoniques à la guitare puisque chaque corde génère deux positions ou schémas harmoniques. Mais on constate déjà sur la quatrième corde un double du schéma no5 puis des doubles sur toutes les autres cordes. Il est donc inutile de refaire tout le travail harmonique puisqu’il est déjà structuré. Il faut donc éliminer toutes les positions en double et se concentrer sur les cinq positions majeures et mineures, lesquelles résument tout le squelette harmonique de la guitare. (Voir les pages 4 et 5). Quand on y réfléchit bien, on réalise que les 7^e majeures, mineures et/ou de dominante, les 9^e majeures, mineures ou les 13^e sont toutes générées par une fondamentale laquelle ne peut être issue que des cinq positions harmoniques de la guitare. Trouver la fondamentale c’est trouver le schéma harmonique. N.B. – J’ai mis toutes les positions sur les six cordes à titre de consultation, mais il faut seulement maîtriser les schémas majeurs et mineurs de 1 à 5. {{clr}} == Exercice de chiffrage d'accords == [[File:Exercices de chiffrage d'accords (partition).pdf|thumb|Exercices de chiffrage d'accords]] Pour le guitariste, la façon la plus rapide est de lire les accords tels qu’indiqués sur la portée, mais ce privilège n’existe pas pour l’arrangeur ou le musicien de studio. On sait tous que la plupart des partitions de studio n’indiquent que le nom des accords avec quelquefois la mélodie. Quant au compositeur, il est certainement celui qui se laisse le plus inspirer par la structure harmonique d’un accord ou d’un enchaînement d’accords, de là l’importance d’en explorer toutes les avenues possibles. Je vous propose un bref regard d’harmonisations extrait des cinq schémas majeurs et mineurs. Il ne faut pas oublier que la septième mineure est représentée en rouge sur les graphiques et que les chiffres 2, 4, 6, sont similaires aux chiffres 9, 11 et 13. Les cordes ouvertes offrent certes un allègement de la main, mais ne permettent pas la transposition chromatique de l’accord. {{clr}} == Étude en bebop == [[File:Étude en bebop.pdf|thumb|Étude en bebop]] Cette fois, je vous propose une petite étude en bebop, question de réchauffer les doigts et l’ambiance. Dans ces cas-là, la partition doit toujours être jouée en swing. Comme à l’habitude, vous avez la version accompagnement puis comme guide, la version avec mélodie. [[File:Étude en bebop (accompagnement).wav|thumb|Étude en bebop (accompagnement)]] [[File:Étude en bebop.wav|thumb|Étude en bebop]] {{clr}} == Rappel sur l'analyse harmonique == [[File:Rappel sur l'analyse harmonique.pdf|thumb|Rappel sur l'analyse harmonique]] Il est possible de créer 28 modalités en n’altérant que la tierce et la sixte d’une gamme majeure, mais il faut se rappeler que la cadence V⁷- I ne s’applique que pour la ''gamme majeure'', ''majeure b6,'' ''mineure harmonique et mineure jazz (b6)'' et non les modes qui en découlent. Les appellations V⁷ de IIm, V⁷ de IIIm, V⁷ de IV, V⁷ de V, V⁷ de VIm etc. sont trompeuses car qu’il n’existe pas de V⁷ en ''mode dorien, phrygien, lydien, myxolydien ou éolien''. Les dominantes secondaires empruntent la tonalité majeure ou mineure de l’accord placé sur un IIm, IIIm, IV ou autres mais pas sa modalité. Il faut toujours interpréter cette expression comme V⁷ - Im = IIm ou V⁷ - I = IV. Par contre, l’accord de la cadence jouera le rôle que le compositeur désire qui, là encore, sera une modalité dérivée des quatre modes majeurs et mineurs de base. C’est pour cette raison que les ''gammes majeures, majeures b6, mineures harmoniques et mineures jazz'' doivent devenir un réflexe instantané sur toutes les tonalités. (voir aussi le chapitre 43) ''P.S.- Il ne faut pas non plus confondre l’accord du IV⁷ qui lui suppose uniquement l’emploi du mode ''mineur jazz.'' '' {{clr}} == Projet d'exploration sur douze tonalités majeures == [[File:Exploration mélodique sur douze tonalités majeures.pdf|thumb|Partition pour exploration sur douze tonalités]] [[File:Projet d'exploration sur douze tonalités majeures.wav|thumb|Projet d'exploration sur douze tonalités majeures]] Il n’y a pas beaucoup d’élèves qui aiment faire des gammes surtout s’il n’existe aucune harmonisation pour les valoriser. On peut par contre suggérer aux élèves un exercice de création mélodique (improvisation, exploration) sur plusieurs tonalités mais dans un espace restreint sur le manche. Cet espace restreint oblige l’élève à travailler différents schémas de gammes, lesquels pourront être transposés facilement par la suite. '''Diaporama (partition et accompagnement)''' '''https://www.dropbox.com/s/6podzxl51mm0pg5/Exploration%20m%C3%A9lodique%20sur%20douze%20tonalit%C3%A9s%20majeures.avi?dl=0''' Je suggère l’exercice suivant afin que l’élève assimile avec intérêt les cinq schémas de gammes majeures. Les premières tentatives peuvent être plus ou moins décousues, mais le plaisir viendra avec le temps. Afin de vous donner une idée d'ensemble, voici un premier jet (impro) sur le jeu d'exploration mélodique à douze tonalités majeures. Il y a autant de jeux qu'il y a d'élèves et d'explorations et c'est là tout l'intérêt. J'ai ajouté un double jeu d'impro en contrepoint sur le deuxième exemple car, ce jeu est toujours intrigant pour les élèves. '''PREMIER JET : '''https://www.dropbox.com/s/br4sgmacu2jwwew/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20no1%29.wav?dl=0''' '''DEUXIÈME JET : '''https://www.dropbox.com/s/acpxklllfd8pleh/Modulation%20en%20mode%20majeur%20%C3%A0%20la%20douzaine%20%28Jeu%20d%27impro%20et%20jeu%20de%20contrepoint%20no1%29.wav?dl=0''' {{clr}} == Projet d'exploration sur modes mineurs harmoniques == [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes).pdf|thumb|Modulations en modes mineurs harmoniques (partition et gammes)]] [[File:Modulations en modes mineurs harmoniques (accompagnement).wav|thumb|Bande sonore d'accompagnement pour l'exercice de modulations en mode mineurs harmoniques]] Le point de départ d’une gamme mineure harmonique est le même que pour le cycle de quintes majeures dont on a abaissé la tierce et la sixte. On se souviendra que la gamme majeure, mineure harmonique, mineure jazz et majeure b6 (harmonique) sont toutes construites sur la même dominante. Il est donc inutile de passer par le mode éolien. Il faut accepter aussi le fait que la symétrie dans les doigtés de gammes est souvent impossible et qu’il faut changer de position de la main gauche. C’est un mouvement beaucoup plus souple qu’une extension des doigts et qui ne demande que très peu de mémoire digitale. Je conseille de glisser le premier doigt lorsqu’il y a quatre sons sur la même corde (1-1-3-4 ou 4-3-1-1). Dans une exploration ou une impro musicale, il faut être prêt à l’emploi de la gamme mineure harmonique de façon instantanée, surtout si la dominante annonce un accord mineur. Pour plus d’informations sur la nomenclature des schémas de gammes, vous pouvez consulter le chapitre 22 du Laboratoire de Guitare Pour le prochain exercice, vous allez constater que les gammes mineures harmoniques sont très évidentes et faciles, seule la transition entre deux gammes mérite votre attention. {{clr}} == Les modes mixolydiens == [[File:Les modes mixolydiens (partition).pdf|thumb|Trois exercices sur les modes mixolydiens (partition)]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no1.wav|thumb|Les modes mixolydiens,accompagnement pour exercice no1]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no2.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no2]] [[File:Les modes mixolydiens exercice no3.wav|thumb|Les modes mixolydiens, accompagnement pour exercice no3]] L’accord de dominante (V⁷) annonce généralement le I^er degré majeur ou mineur de la tonalité d’une pièce, sinon de la phrase musicale. La cadence V⁷- I ne peut se faire que sur un accord majeur ou mineur car la quinte du I^er degré représente la fondamentale de la dominante. On peut certainement avoir une cadence sur un autre accord de dominante puisque cet accord est majeur (quinte juste), mais les deux tonalités seront forcément différentes. Lorsque l’on construit une gamme sur la dominante d’une tonalité majeure ou mineure on parle alors du mode mixolydien. On y retrouve quatre formes de modes mixolydiens tel que démontré au chapitre 43. Pour annoncer une cadence sur un accord mineur on choisira un mode mixolydien b2, b6 ou mixolidien b6 et si la cadence est majeure on choisira surtout le mode mixolidien pur ou le mixolydien b2 pour les plus aventureux. Si la cadence annonce un autre accord de dominante les quatre possibilités sont possibles. Bien sûr, il n’y a aucune différence entre une gamme tonale et le mode mixolydien sinon que le lien entre l’accord de dominante (V⁷) et la gamme est immédiat. Beaucoup d’enchaînements traditionnels comme C, Am, Dm, G⁷, C se transforment en C, A⁷, D⁷, G⁷, C ou l’enchaînement C, Em, Am⁷, Dm⁷, G⁷, C en C, E⁷, A⁷, D⁷, G⁷, C, ce qui force le musicien à quitter temporairement la tonalité première pour d’autres horizons d’où l’emploi du mode mixolydien afin d’avoir une réaction directe à l’emprunt. Je vous suggère trois petits exercices où vous trouverez le mode mixolydien pour chaque accord de dominante ainsi que la source tonale de chaque mode. Pour ceux qui ont travaillé les cinq schémas de gammes majeures et mineures, il n’y aura aucune difficulté supplémentaire mais une réaction plus directe avec l’accord de dominante. La seule contrainte est de choisir si vous désirez annoncer à tout prix une cadence vers un accord mineur. Dans ce cas, le choix se portera sur les modes mixolydiens b6 ou b2, b6 qui sont les références pour les tonalités mineures jazz et mineures harmoniques. {{clr}} == Les grands oubliés… == '''Harmonisation sur les schémas de gammes majeures et mineures no1''' [[File:Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes.pdf|thumb|Harmonisation de la gamme de do schéma no1 en 4 modes]] Malgré la grande simplicité des positions d’accords de base à la guitare, les principes harmoniques de l’instrument restent toujours en suspens. On sait qu’il y a cinq positions majeures de base lesquelles se transposent chromatiquement sur le manche, mais pour les positions d’accords mineures les guitaristes n’emploient généralement que trois positions sur cinq, car les positions des schémas mineurs no1 et 2 sont à la fois difficiles et moins efficaces. (Voir le tableau des accords majeurs et mineurs) Malheureusement, cet oubli laisse beaucoup de lacunes dans l’apprentissage de l’harmonisation. De ce fait, vous constaterez dans les prochains tableaux que l’harmonisation des gammes mineures jazz, mineures harmoniques et majeures b6 en première position (schéma no1) ne font jamais partie des leçons d’harmonie à la guitare. Bien sûr, les guitaristes préféreront toujours la position mineure no4 à la position mineure no1 mais ils le feront maintenant avec discernement. J’ai volontairement réduit l’harmonisation à des positions qui se transposent chromatiquement afin de partager la connaissance sur toute la longueur du manche. ''N.B. La raison pour laquelle je n’identifie pas le mode de Do min. jazz et Do min. harmonique à la tonalité de Mib majeur est que le seul responsable de ces tonalités ainsi que Do maj. b6 est l’accord de G7 et non le Bb7.'' {{clr}} == Composer comme un Beatles… == Personne ne peut contester que les Beatles aient transformé la musique dans les années 60 en composant une quantité phénoménale de chansons souvent dans des styles très loin du rock populaire. Et pourtant, tout le monde suivait leur évolution religieusement. Comment de jeunes musiciens sans connaissances approfondies de la musique et avec des moyens techniques très modestes ont-ils pu avoir tant de créations musicales en si peu de temps? Il est évident qu’aucune composition de John Lennon, Paul McCartney ou George Harrison n’a été composée pour guitare seule, vous n’avez qu’à regarder la série Get Back pour comprendre l’évolution de plusieurs de leurs compositions. (https://www.imdb.com/title/tt9735318/?ref_=nv_sr_srsg_0) La composition ne doit pas être imposée par les doigts, ni au piano et surtout pas à la guitare qui demande encore plus de concessions. Dans le cas des Beatles, l’instrument soutient l’harmonie mais les voix sont complètement libérées ce qui leur permet d’aller dans toutes les avenues mélodiques et rythmiques. Les explorations mélodiques que je vous propose dans ce laboratoire sont d’excellentes façons d’apprendre à composer comme un Beatles, car elle libère le musicien de toutes les lourdeurs que suggèrent les arrangements pour guitare seule. Elles vous amèneront plus loin que l’instrument, plus loin que la voix et dans toutes les avenues des musiques tonales de votre choix. {{clr}} lnm86ca0vj95ah3vxe84363rl79xnfi 0 63482 880971 880925 2022-07-30T22:16:03Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique"> Supposant l'axe optique principal horizontal avec les espaces objets réel et virtuel respectivement situés à gauche et à droite du miroir, <br>{{Al|3}}la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être {{Nobr|quelconque<math>\big)\;</math>}} mesurée dans ce sens, le sens étant rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}la partie réfléchie de l'axe optique principal est alors orientée dans le sens <math>\;\leftarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être quelconque et différente de celle des points de la partie incidente de l'axe<math>\big)\;</math> mesurée dans ce sens, le sens étant aussi rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}voir les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Repérage_d'un_point_objet_ou_d'un_point_image_sur_l'axe_optique_principal|repérage d'un point objet ou d'un point image sur l'axe optique principal]] (surface réfléchissante) » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une 1^ère relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une 2^ème relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center>«<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;\vert \theta_o \vert\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, «<math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math>» <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » <math>\;\big(</math>propriété utilisant des angles non algébrisés<math>\big)</math>.</ref>{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et {{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, «<math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math>» <ref name="relation dans un triangle" />{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ; en utilisant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> «<math>\;i' = -i\;</math>» <math>\Rightarrow</math> la relation ci-dessus se réécrit <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}«<math>\;\theta_i = \omega - i\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin «<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché" />.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre «<math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <math>\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\vert \theta_o \vert \ll 1\\ \vert \omega \vert \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> on en déduit <center>«<math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math>» c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal.</center> # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|En travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_oIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, «<math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{CIH}</math>, }}«<math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit «<math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, après simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, <br>{{Transparent|des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{a})}\;</math> réécrite selon <math>\;\color{transparent}{2\, \omega = \theta_i + \theta_o}</math>, on en déduit }}«<math>\;\dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;\vert \omega \vert\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#D.L._d'ordre_deux_de_quelques_fonctions_usuelles_au_voisinage_de_zéro|développements limités à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles au voisinage de zéro]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref> Voir aussi la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> d'où <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>», soit «<math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» ou finalement <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math>» ; {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center>«<math>\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier }}le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que }}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation <math>\;\big(</math>ou propriété<math>\big)\;</math> établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\;\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math><ref name="dioptrie"> Pour que la vergence s'exprime en dioptries, les abscisses doivent l'être en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V}\;</math>» }}exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave ou convexe<math>\big)</math>, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|7}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu dans les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Newton|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Newton]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Newton|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Newton]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] », nous obtenons la même relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big\{</math>ou de grandissement transverse<math>\big\}\;</math> de Descartes <math>\;\big[</math>ou de Newton<math>\big]\;</math> que celle d'une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours<math>\big)</math> <math>\;\big\{</math>revoir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] »<math>\big\}</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> « pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math>» <ref name="Ao autre que C et S"> <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que l'axe optique principal associé à <math>\;A_o\;</math> soit unique et <br>{{Al|3}}<math>\;\color{transparent}{A_o}</math><math>\;\neq S\;</math> pour que l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> ne soit pas nulle, ce qui permet à son inverse d'exister</ref> puisque, <br>{{Al|9}}{{Transparent|La relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique « }}pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\;\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la « vergence » du miroir sphérique selon <center>«<math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les « abscisses de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}dont l'image est confondue avec l'objet <math>\;\big(</math>c.-à-d. des points doubles<math>\big)</math>. {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> est applicable à <math>\;\color{transparent}{C}</math>, }}bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir <ref> Mais évidemment pas sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle <math>\;\ldots</math></ref>, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> puis <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}vérifier, sur cette dernière forme, que <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>«<math>\;S\;</math> est effectivement un point double » et <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>« il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C\;</math>». {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|600px|Schémas de vérification du fait que, pour <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, le miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math> est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i\;</math> l'image du point objet <math>\;C</math>, ce dernier étant d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, si on appelle <math>\;\color{transparent}{C_i}\;</math> l'image du point objet <math>\;\color{transparent}{C}</math>, ce dernier }}<math>\;C_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}\;</math>», nous obtenons, <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, }}en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, «<math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}\;</math> soit «<math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> «<math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation"> En effet quand on change le sens d'orientation d'un axe les abscisses sont changées en leurs opposées.</ref> prouvant que <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, en remplaçant <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> par <math>\;\color{transparent}{\dfrac{-2}{\overline{R}}}</math>, «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}}\;</math>» d'où <math>\;\color{transparent}{p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}}\;</math>» <math>\color{transparent}{\Leftrightarrow}</math> }}<math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que «<math>\;C\;</math> est un point double ». {{Al|5}}De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit «<math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}\;</math>» <math>\;\big(</math>forme permettant à l'abscisse objet d'être nulle<math>\big)</math> ; sous cette forme on vérifie que {{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» }}le point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(S) = 0\;</math> <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}a une image d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, a }}une image confondue avec <math>\;S</math>, prouvant que «<math>\;S\;</math> est bien un point double » ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> s'écrivant «<math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} =</math> <math>-\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" /> avec «<math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» obéissent à l'équation «<math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» c.-à-d. «<math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace\;</math>», <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> sommet du miroir et <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 2^ème équation conduisant à «<math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math>» c.-à-d. <math>\;C\;</math> centre du miroir ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis {{Al|5}}déterminer <math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|déterminer }}<math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant <math>\;\succ\;</math>la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal objet <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Définissant }}<math>\;\succ\;</math>la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal image <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal » car le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double <ref name="caractère non double du point à l'infini de l'axe optique principal"> En effet nous avons établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, voir la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Points_pour_lesquels_la_conjugaison_du_miroir_sphérique_est_rigoureuse_et_points_doubles|points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles]] » plus haut dans cet exercice.</ref>. * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, }}étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, étant l'image du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{o,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, }}étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Al|6}}{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, étant l'antécédent du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{i,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" />, on en déduit «<math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. {{Al|5}}<u>Notion de distances focales objet et image</u> : * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; <center>on en déduit la relation «<math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>» <ref name="interprétation de la vergence"> Pratiquement « la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math>», appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Pratiquement « la vergence <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}}\;</math>», }}appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur «<math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>».</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » <math>\;\big(</math>respectivement « négative »<math>\big)\;</math> est dit « convergent » <math>\;\big(</math>respectivement « divergent »<math>\big)\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)</math>.</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image suivant la nature <math>\;\big(</math>convergente ou divergente<math>\big)\;</math> du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir concave étant convergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)\;</math> le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir convexe étant divergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite dans la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss]] » plus haut dans cet exercice <ref> Plus exactement dans la solution des questions successives « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Établissement_de_la_relation_liant_θo,_θi_et_ω|établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Évaluation_des_angles_θo,_θi_et_ω_en_fonction_des_abscisses_de_Ao,_Ai_et_C_repérées_relativement_à_H|évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H]] » plus haut dans cet exercice.</ref> mais <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}en conservant les notations introduites dans « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|cette question]] » <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> <math>\big[</math>point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]\;</math> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> et par suite <br>{{Al|5}}{{Transparent|vérifier }}qu'il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math><ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <center><gallery mode="packed" heights="355px> Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal </gallery> </center> {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> et pour cela il suffit de montrer <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;\vert \omega \vert\; \cancel{\ll}\; 1\;</math><ref> Voir schéma ci-dessus.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement qu'un rayon incident <math>\;\color{transparent}{\parallel}\;</math> à l'axe optique principal, }}donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math><ref> En effet les angles sont alternes-internes, leurs mesures ont donc mêmes valeurs absolues mais <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors «<math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math>» <ref> En effet l'angle que fait <math>\;\left[ F_i(\omega)I(\omega) \right]\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal et celui que fait le rayon réfléchi en <math>\;I(\omega)\;</math> avec la <math>\;\parallel\;</math> en <math>\;I(\omega)\;</math> à la partie réfléchie à l'axe optique principal sont alternes-internes, la mesure de la valeur absolue du 1^er étant <math>\;\vert i \vert + \vert i' \vert = 2\;\vert \omega \vert\;</math> <math>\Rightarrow</math> la mesure de <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace}\;</math> sachant qu'il est <math>\;> 0\;</math> sur le schéma tout comme <math>\;\omega</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{H(\omega)I(\omega)} = CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\\ \sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)\end{array}\right\rbrace\;</math> et simplification par <math>\;\sin(\omega)</math>, <br>{{Al|18}}{{Transparent|<math>\;\color{transparent}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> se détermine par <math>\;\color{transparent}{\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}}\;</math>{{,}} <math>\color{transparent}{\Rightarrow}</math> }}«<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math> expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math> d'où <math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} =</math> <math>R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center><math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;|\omega|\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> établissant que <math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> <br>et par suite que le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet (autre que le centre et le sommet) de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1^ère question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1^ère condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2^ème relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2^ème équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1^ère relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1^ère question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1^ère ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2^ème ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2^ème relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} 8gsmvpam6blevo70zr1y12bmtlezjtt 880981 880971 2022-07-31T06:16:59Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique"> Supposant l'axe optique principal horizontal avec les espaces objets réel et virtuel respectivement situés à gauche et à droite du miroir, <br>{{Al|3}}la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être {{Nobr|quelconque<math>\big)\;</math>}} mesurée dans ce sens, le sens étant rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}la partie réfléchie de l'axe optique principal est alors orientée dans le sens <math>\;\leftarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être quelconque et différente de celle des points de la partie incidente de l'axe<math>\big)\;</math> mesurée dans ce sens, le sens étant aussi rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}voir les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Repérage_d'un_point_objet_ou_d'un_point_image_sur_l'axe_optique_principal|repérage d'un point objet ou d'un point image sur l'axe optique principal]] (surface réfléchissante) » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une 1^ère relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une 2^ème relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center>«<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;\vert \theta_o \vert\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, «<math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math>» <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » <math>\;\big(</math>propriété utilisant des angles non algébrisés<math>\big)</math>.</ref>{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et {{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, «<math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math>» <ref name="relation dans un triangle" />{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ; en utilisant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> «<math>\;i' = -i\;</math>» <math>\Rightarrow</math> la relation ci-dessus se réécrit <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}«<math>\;\theta_i = \omega - i\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin «<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché" />.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre «<math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <math>\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\vert \theta_o \vert \ll 1\\ \vert \omega \vert \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> on en déduit <center>«<math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math>» c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal.</center> # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|En travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_oIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, «<math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{CIH}</math>, }}«<math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit «<math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, après simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, <br>{{Transparent|des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{a})}\;</math> réécrite selon <math>\;\color{transparent}{2\, \omega = \theta_i + \theta_o}</math>, on en déduit }}«<math>\;\dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;\vert \omega \vert\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#D.L._d'ordre_deux_de_quelques_fonctions_usuelles_au_voisinage_de_zéro|développements limités à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles au voisinage de zéro]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref> Voir aussi la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> d'où <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>», soit «<math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» ou finalement <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math>» ; {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center>«<math>\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier }}le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que }}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation <math>\;\big(</math>ou propriété<math>\big)\;</math> établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\;\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math><ref name="dioptrie"> Pour que la vergence s'exprime en dioptries, les abscisses doivent l'être en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V}\;</math>» }}exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave ou convexe<math>\big)</math>, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|7}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu dans les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Newton|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Newton]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Newton|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Newton]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] », nous obtenons la même relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big\{</math>ou de grandissement transverse<math>\big\}\;</math> de Descartes <math>\;\big[</math>ou de Newton<math>\big]\;</math> que celle d'une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours<math>\big)</math> <math>\;\big\{</math>revoir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] »<math>\big\}</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> « pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math>» <ref name="Ao autre que C et S"> <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que l'axe optique principal associé à <math>\;A_o\;</math> soit unique et <br>{{Al|3}}<math>\;\color{transparent}{A_o}</math><math>\;\neq S\;</math> pour que l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> ne soit pas nulle, ce qui permet à son inverse d'exister</ref> puisque, <br>{{Al|9}}{{Transparent|La relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique « }}pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\;\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la « vergence » du miroir sphérique selon <center>«<math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les « abscisses de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}dont l'image est confondue avec l'objet <math>\;\big(</math>c.-à-d. des points doubles<math>\big)</math>. {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> est applicable à <math>\;\color{transparent}{C}</math>, }}bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir <ref> Mais évidemment pas sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle <math>\;\ldots</math></ref>, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> puis <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}vérifier, sur cette dernière forme, que <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>«<math>\;S\;</math> est effectivement un point double » et <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>« il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C\;</math>». {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|600px|Schémas de vérification du fait que, pour <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, le miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math> est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i\;</math> l'image du point objet <math>\;C</math>, ce dernier étant d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, si on appelle <math>\;\color{transparent}{C_i}\;</math> l'image du point objet <math>\;\color{transparent}{C}</math>, ce dernier }}<math>\;C_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}\;</math>», nous obtenons, <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, }}en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, «<math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}\;</math> soit «<math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> «<math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation"> En effet quand on change le sens d'orientation d'un axe les abscisses sont changées en leurs opposées.</ref> prouvant que <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, en remplaçant <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> par <math>\;\color{transparent}{\dfrac{-2}{\overline{R}}}</math>, «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}}\;</math>» d'où <math>\;\color{transparent}{p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}}\;</math>» <math>\color{transparent}{\Leftrightarrow}</math> }}<math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que «<math>\;C\;</math> est un point double ». {{Al|5}}De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit «<math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}\;</math>» <math>\;\big(</math>forme permettant à l'abscisse objet d'être nulle<math>\big)</math> ; sous cette forme on vérifie que {{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» }}le point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(S) = 0\;</math> <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}a une image d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, a }}une image confondue avec <math>\;S</math>, prouvant que «<math>\;S\;</math> est bien un point double » ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> s'écrivant «<math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} =</math> <math>-\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" /> avec «<math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» obéissent à l'équation «<math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» c.-à-d. «<math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace\;</math>», <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> sommet du miroir et <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 2^ème équation conduisant à «<math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math>» c.-à-d. <math>\;C\;</math> centre du miroir ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis {{Al|5}}déterminer <math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|déterminer }}<math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant <math>\;\succ\;</math>la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal objet <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Définissant }}<math>\;\succ\;</math>la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal image <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal » car le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double <ref name="caractère non double du point à l'infini de l'axe optique principal"> En effet nous avons établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, voir la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Points_pour_lesquels_la_conjugaison_du_miroir_sphérique_est_rigoureuse_et_points_doubles|points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles]] » plus haut dans cet exercice.</ref>. * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, }}étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, étant l'image du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{o,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, }}étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Al|6}}{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, étant l'antécédent du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{i,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" />, on en déduit «<math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. {{Al|5}}<u>Notion de distances focales objet et image</u> : * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; <center>on en déduit la relation «<math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>» <ref name="interprétation de la vergence"> Pratiquement « la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math>», appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Pratiquement « la vergence <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}}\;</math>», }}appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur «<math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>».</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » <math>\;\big(</math>respectivement « négative »<math>\big)\;</math> est dit « convergent » <math>\;\big(</math>respectivement « divergent »<math>\big)\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)</math>.</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image suivant la nature <math>\;\big(</math>convergente ou divergente<math>\big)\;</math> du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir concave étant convergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)\;</math> le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir convexe étant divergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite dans la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss]] » plus haut dans cet exercice <ref> Plus exactement dans la solution des questions successives « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Établissement_de_la_relation_liant_θo,_θi_et_ω|établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Évaluation_des_angles_θo,_θi_et_ω_en_fonction_des_abscisses_de_Ao,_Ai_et_C_repérées_relativement_à_H|évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H]] » plus haut dans cet exercice.</ref> mais <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}en conservant les notations introduites dans « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|cette question]] » <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> <math>\big[</math>point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]\;</math> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> et par suite <br>{{Al|5}}{{Transparent|vérifier }}qu'il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math><ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <center><gallery mode="packed" heights="355px> Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal </gallery> </center> {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> et pour cela il suffit de montrer <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;\vert \omega \vert\; \cancel{\ll}\; 1\;</math><ref> Voir schéma ci-dessus.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement qu'un rayon incident <math>\;\color{transparent}{\parallel}\;</math> à l'axe optique principal, }}donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math><ref> En effet les angles sont alternes-internes, leurs mesures ont donc mêmes valeurs absolues mais <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors «<math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math>» <ref> En effet l'angle que fait <math>\;\left[ F_i(\omega)I(\omega) \right]\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal et celui que fait le rayon réfléchi en <math>\;I(\omega)\;</math> avec la <math>\;\parallel\;</math> en <math>\;I(\omega)\;</math> à la partie réfléchie à l'axe optique principal sont alternes-internes, la mesure de la valeur absolue du 1^er étant <math>\;\vert i \vert + \vert i' \vert = 2\;\vert \omega \vert\;</math> <math>\Rightarrow</math> la mesure de <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace}\;</math> sachant qu'il est <math>\;> 0\;</math> sur le schéma tout comme <math>\;\omega</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{H(\omega)I(\omega)} = CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\\ \sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)\end{array}\right\rbrace\;</math> et simplification par <math>\;\sin(\omega)</math>, <br>{{Al|18}}{{Transparent|<math>\;\color{transparent}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> se détermine par <math>\;\color{transparent}{\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}}\;</math>{{,}} <math>\color{transparent}{\Rightarrow}</math> }}«<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer «<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> d'où «<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center>«<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;\vert \omega \vert\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> <br><math>\Downarrow</math> <br><math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> et par suite <br>le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet <math>\;\big(</math>autre que le centre et le sommet<math>\big)\;</math> de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la 1^ère question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1^ère condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2^ème relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2^ème équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1^ère relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1^ère question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1^ère ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2^ème ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2^ème relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} ga240c9cpfmzx77tdkc5owc8niot004 880992 880981 2022-07-31T09:40:27Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : conditions de Gauss | idfaculté = physique | numéro = 13 | chapitre = [[../../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un miroir sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> <math>\big(</math>centre de courbure de la surface sphérique réfléchissante <ref> Si le miroir est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le miroir est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref><math>\big)</math>, * son rayon de courbure <math>\;\big(</math>non algébrisé<math>\big)</math> <math>\;R\;</math> <math>\big(</math>rayon de courbure de la surface sphérique réfléchissante<math>\big)</math>, * l'axe optique principal dont la partie incidente <math>\;\big(</math>ou son prolongement<math>\big)\;</math> passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>point objet dont on étudiera l'image éventuelle<math>\big)\;</math> et * son sommet <math>\;S\;</math> <math>\big(</math>intersection de l'axe optique principal et de la surface réfléchissante<math>\big)</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique"> Supposant l'axe optique principal horizontal avec les espaces objets réel et virtuel respectivement situés à gauche et à droite du miroir, <br>{{Al|3}}la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être {{Nobr|quelconque<math>\big)\;</math>}} mesurée dans ce sens, le sens étant rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}la partie réfléchie de l'axe optique principal est alors orientée dans le sens <math>\;\leftarrow\;</math> et tous ses points <math>\;\big(</math>qu'ils soient réels ou virtuels<math>\big)\;</math> ont une abscisse <math>\;\big(</math>comptée à partir d'une origine pouvant être quelconque et différente de celle des points de la partie incidente de l'axe<math>\big)\;</math> mesurée dans ce sens, le sens étant aussi rappelé en indice de l'abscisse ; <br>{{Al|3}}voir les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Repérage_d'un_point_objet_ou_d'un_point_image_sur_l'axe_optique_principal|repérage d'un point objet ou d'un point image sur l'axe optique principal]] (surface réfléchissante) » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> et, pour unifier l'étude des miroirs sphériques, algébrisons le rayon de courbure du miroir selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du miroir caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est virtuel, correspondant à un miroir « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est réel, correspondant à un miroir « concave ». <center> <gallery mode="packed" heights="330px> Miroir sphérique convexe - algébrisation.jpg|Miroir sphérique convexe : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé Miroir sphérique concave - algébrisation.jpg|Miroir sphérique concave : algébrisation de l'axe optique principal, définitions du centre, du sommet et du rayon de courbure algébrisé </gallery> </center> {{Al|5}}Dans la suite nous supposerons le miroir sphérique concave <ref> En précisant la modification des résultats pour un miroir sphérique convexe.</ref> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Dans la suite nous }}admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du miroir sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Stigmatisme_rigoureux_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du miroir <ref name="Définition sommet"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le miroir, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du miroir peut être considéré comme un sommet.</ref>. === Démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique concave - stigmatisme approché.jpg|thumb|350px|Schéma d'un miroir sphérique concave dans le but d'établir le stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_d'un_système_optique_pour_un_point_objet|stigmatisme d'un système optique pour un point objet]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour tout point objet autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math><ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du miroir ; <br>{{Al|3}}sur le schéma <math>\;[SA_o]\;</math> est <math>\;> [SC]</math>, ceci entraînant que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, est telle que <math>\;[SA_i]\;</math> est <math>\;< [SC]</math> ; <br>{{Al|3}}pour traiter le cas correspondant à <math>\;[SA_o] < [SC]</math>, ce qui entraînerait que <math>\;A_i</math>, l'image éventuelle de <math>\;A_o\;</math> par le miroir, serait telle que <math>\;[SA_i] > [SC]</math>, il suffirait de permuter l'objet et l'image pour retrouver le cas précédent aussi nous nous contenterons de traiter le cas du schéma <math>\;[SA_o] > [SC]</math>.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au miroir en <math>\;I\;</math> dans le sens incident avec la partie incidente de l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} =</math> <math>\omega\;</math> est tel que <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math><ref name="Paraxial"> Les rayons incidents sont donc paraxiaux, conditions de Gauss <math>\;\big(</math>admises<math>\big)\;</math> pour que le système recevant ces rayons soit stigmatique approché pour le point objet considéré, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes"> '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes <math>\;\big(</math>sans que ce soit {{Nobr|assuré<math>\big)</math>.}} <br>{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> de la réflexion <ref name="1ère loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Première_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|1^ère loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2^ème loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon réfléchi <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfléchi par rapport à la partie réfléchie de l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <math>\big(\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une 1^ère relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une 2^ème relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i'\;\big(</math>angle de réflexion du rayon réfléchi en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i\;</math> et <math>\;\omega</math> : <center>«<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Cette relation reste applicable quels que soient les ordres de grandeur de <math>\;\vert \theta_o \vert\;</math> et <math>\;\vert \omega \vert</math>, elle ne nécessite donc pas de se placer dans les conditions de Gauss de stigmatisme approché.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, «<math>\;\omega = \theta_o + (-i)\;</math>» <ref name="relation dans un triangle"> On utilise la propriété suivante : « dans un triangle, un angle extérieur est égal à la somme des deux autres angles intérieurs » <math>\;\big(</math>propriété utilisant des angles non algébrisés<math>\big)</math>.</ref>{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i)</math>.</ref> et {{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, «<math>\;\theta_i = \omega + i'\;</math>» <ref name="relation dans un triangle" />{{,}} <ref> On remarque, sur le schéma, que tous les angles <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega\;</math> et <math>\;i'\;</math> sont positifs.</ref> ; en utilisant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> «<math>\;i' = -i\;</math>» <math>\Rightarrow</math> la relation ci-dessus se réécrit <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}«<math>\;\theta_i = \omega - i\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIC}</math>, }}on élimine alors <math>\;i\;</math> entre ces deux relations en faisant la différence soit : <math>\;\omega - \theta_i = \theta_o - \omega\;</math> ou <math>\;2\,\omega = \theta_o + \theta_i\;</math> soit enfin «<math>\;\omega = \dfrac{\theta_o + \theta_i}{2}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>» <ref name="applicabilité hors conditions de Gauss de stigmatisme approché" />.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfléchi est peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H"> <math>\;H\;</math> étant le projeté orthogonal du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur l'axe optique principal.</ref> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre «<math>\;\overline{HA_o}_{\rightarrow}</math>, <math>\;\overline{HA_i}_{\leftarrow}\;</math> et <math>\;\overline{HC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <math>\big[</math>relation <math>\,(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = 2\, \omega - \theta_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\vert \theta_o \vert \ll 1\\ \vert \omega \vert \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> on en déduit <center>«<math>\;\vert \theta_i \vert \leqslant 2\, \vert \omega \vert + \vert \theta_o \vert \ll 1\;</math>» c.-à-d. que le rayon réfléchi est aussi peu incliné relativement à la partie réfléchie de l'axe optique principal.</center> # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|En travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_oIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_o \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, «<math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\theta_i > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i}_\leftarrow > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{A_iIH}</math>, }}«<math>\;\vert \theta_i \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, «<math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC}_\rightarrow < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; <br>{{Transparent|en travaillant dans le triangle <math>\;\color{transparent}{CIH}</math>, }}«<math>\;\vert \omega \vert \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles" /> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;2\, \omega = \theta_i + \theta_o</math>, on en déduit «<math>\;\dfrac{-2\, \overline{HI}}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}_\leftarrow} - \dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, après simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, <br>{{Transparent|des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{a})}\;</math> réécrite selon <math>\;\color{transparent}{2\, \omega = \theta_i + \theta_o}</math>, on en déduit }}«<math>\;\dfrac{-2}{\overline{HC_\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{{\mathrm{HA}_i}_\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{HA_o}_\rightarrow}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="H et S confondus"> Ceci nécessite que <math>\;[HS]\;</math> soit un infiniment petit au moins d'ordre deux en <math>\;\omega</math>.</ref> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math><ref name="ω infiniment petit d'ordre un"> <math>\;\vert \omega \vert\;</math> étant considéré comme un infiniment petit d'ordre un.</ref>, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» <ref name="D.L. à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles"> Voir le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#D.L._d'ordre_deux_de_quelques_fonctions_usuelles_au_voisinage_de_zéro|développements limités à l'ordre deux de quelques fonctions usuelles au voisinage de zéro]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref> Voir aussi la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#Développements_limités_à_l'ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|développements limités à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)|Outils mathématiques pour la physique (PCSI)]] ».</ref> d'où <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>», soit «<math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math>» ou finalement <br>{{Al|10}}{{Transparent|Montrons que <math>\;\color{transparent}{H}\;</math> peut être confondu avec <math>\;\color{transparent}{S}\;</math> à l'ordre un en <math>\;\color{transparent}{\omega}\;</math>}}«<math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math>» ; {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center>«<math>\; \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;\;(\mathfrak{b})\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du miroir.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du miroir sphérique (concave) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier }}le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que }}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature"> Nous admettrons que cette relation <math>\;\big(</math>ou propriété<math>\big)\;</math> établie dans le cas d'un miroir sphérique concave est encore applicable, sans modification, à un miroir sphérique convexe.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du miroir sphérique exprimée en dioptries <math>\;\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math><ref name="dioptrie"> Pour que la vergence s'exprime en dioptries, les abscisses doivent l'être en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier que la relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> pouvant être écrite selon «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V}\;</math>» }}exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave ou convexe<math>\big)</math>, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|7}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"> C.-à-d., comme cela sera vu dans les paragraphes « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Newton|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Newton]] », « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse)_de_Newton|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Newton]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] », nous obtenons la même relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big\{</math>ou de grandissement transverse<math>\big\}\;</math> de Descartes <math>\;\big[</math>ou de Newton<math>\big]\;</math> que celle d'une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que l'algébrisation de l'axe optique du miroir sphérique soit l'algébrisation physique adoptée dans ce cours<math>\big)</math> <math>\;\big\{</math>revoir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Algébrisation_physique_de_l'axe_optique_principal_(associé_à_un_objet_ponctuel)|algébrisation physique de l'axe optique principal (associé à un objet ponctuel)]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] »<math>\big\}</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> « pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math>» <ref name="Ao autre que C et S"> <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que l'axe optique principal associé à <math>\;A_o\;</math> soit unique et <br>{{Al|3}}<math>\;\color{transparent}{A_o}</math><math>\;\neq S\;</math> pour que l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> ne soit pas nulle, ce qui permet à son inverse d'exister</ref> puisque, <br>{{Al|9}}{{Transparent|La relation <math>\;\color{transparent}{(\mathfrak{b})}\;</math> établit le stigmatisme approché du miroir sphérique « }}pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\;\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} = V\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la « vergence » du miroir sphérique selon <center>«<math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> rayon algébrisé du miroir.</center> {{Al|5}}Avec les « abscisses de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique se réécrit <center>«<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du miroir sont des points <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}pour lesquels le miroir est stigmatique rigoureux et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que }}dont l'image est confondue avec l'objet <math>\;\big(</math>c.-à-d. des points doubles<math>\big)</math>. {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> est applicable à <math>\;C</math>, centre du miroir, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> est applicable à <math>\;\color{transparent}{C}</math>, }}bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du miroir <ref> Mais évidemment pas sous la forme «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle <math>\;\ldots</math></ref>, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> puis <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}vérifier, sur cette dernière forme, que <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>«<math>\;S\;</math> est effectivement un point double » et <br>{{Al|11}}{{Transparent|Admettant que la relation de conjugaison <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>approchée<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> de position de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> reste applicable à <math>\;\color{transparent}{S}</math>, vérifier, }}<math>\succ\;</math>« il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C\;</math>». {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - points doubles.jpg|thumb|600px|Schémas de vérification du fait que, pour <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, le miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math> est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir sphérique concave étant normal au miroir se réfléchit sur lui-même, donnant un ensemble de rayons réfléchis convergeant en un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le miroir sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave se réfléchissant en suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et l'ensemble des rayons réfléchis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du miroir sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> à <math>\;C</math>, centre du miroir, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons convergent également en <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la convergence des rayons réfléchis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i\;</math> l'image du point objet <math>\;C</math>, ce dernier étant d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_o(C) = \overline{SC}_{\rightarrow} = \overline{R}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, si on appelle <math>\;\color{transparent}{C_i}\;</math> l'image du point objet <math>\;\color{transparent}{C}</math>, ce dernier }}<math>\;C_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> «<math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow}\;</math>», nous obtenons, <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, }}en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>, «<math>\;\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>» d'où <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}\;</math> soit «<math>\;\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> «<math>\;\overline{SC_i}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation"> En effet quand on change le sens d'orientation d'un axe les abscisses sont changées en leurs opposées.</ref> prouvant que <br>{{Al|5}}{{Transparent|dans ce cas, en remplaçant <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> par <math>\;\color{transparent}{\dfrac{-2}{\overline{R}}}</math>, «<math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i(C_i)} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}}\;</math>» d'où <math>\;\color{transparent}{p_i(C_i) = \overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{R}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{\overline{SC_i}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}}\;</math>» <math>\color{transparent}{\Leftrightarrow}</math> }}<math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que «<math>\;C\;</math> est un point double ». {{Al|5}}De <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit «<math>\;p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}\;</math>» <math>\;\big(</math>forme permettant à l'abscisse objet d'être nulle<math>\big)</math> ; sous cette forme on vérifie que {{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» }}le point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(S) = 0\;</math> <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, }}a une image d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. <br>{{Al|5}}{{Transparent|De <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V}\;</math> on tire <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + V = \dfrac{1 + V\, p_o}{p_o}}\;</math> soit «<math>\;\color{transparent}{p_i = \dfrac{p_o}{1 + V\, p_o}}\;</math>» le point objet en <math>\;\color{transparent}{S}</math>, a }}une image confondue avec <math>\;S</math>, prouvant que «<math>\;S\;</math> est bien un point double » ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> s'écrivant «<math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d}_{\leftarrow} =</math> <math>-\overline{SA_d}_{\rightarrow} = -p_d\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" /> avec «<math>\;p_i(A_d) = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» obéissent à l'équation «<math>\;-p_d = \dfrac{p_d}{1 + V\, p_d}\;</math>» c.-à-d. «<math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ 1 + V\, p_d = -1\end{array}\right\rbrace\;</math>», <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> sommet du miroir et <br>{{Al|5}}{{Transparent|les points doubles <math>\;\color{transparent}{A_d}\;</math> }}la 2^ème équation conduisant à «<math>\;p_d = \dfrac{-2}{V} = \overline{R}\;</math>» c.-à-d. <math>\;C\;</math> centre du miroir ; <center>le centre et le sommet d'un miroir sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un miroir sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image === {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> d'un miroir sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal"> Un système « afocal » étant tel que le point à l'infini de l'axe optique principal est un point double, un système sera « focal » si le point à l'infini de l'axe optique principal est conjugué à un point de ce même axe optique principal à distance finie.</ref> puis {{Al|5}}déterminer <math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|déterminer }}<math>\;\succ\;</math>la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name ="Antécédent"> C.-à-d. pour point objet.</ref> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math> ; {{Al|5}}quelle particularité ces deux points possèdent-ils en ce qui concerne leurs positions absolues d'une part et leur position relative d'autre part ? {{Al|5}}Définissant <math>\;\succ\;</math>la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal objet <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Définissant }}<math>\;\succ\;</math>la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> du foyer principal image <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math> soit «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o\;</math> et distance focale image <math>\;f_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un miroir sphérique est un « système focal » car le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double <ref name="caractère non double du point à l'infini de l'axe optique principal"> En effet nous avons établi que les seuls points doubles du miroir sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, voir la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Points_pour_lesquels_la_conjugaison_du_miroir_sphérique_est_rigoureuse_et_points_doubles|points pour lesquels la conjugaison du miroir sphérique est rigoureuse et points doubles]] » plus haut dans cet exercice.</ref>. * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, }}étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Transparent|Le foyer principal image <math>\;\color{transparent}{F_i}</math>, étant l'image du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{o,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;\dfrac{1}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> <br>{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, }}étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)</math> <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, <br>{{Al|6}}{{Transparent|Le foyer principal objet <math>\;\color{transparent}{F_o}</math>, étant l'antécédent du point à l'infini <math>\;\color{transparent}{A_{i,\, \infty}}\;</math> de l'axe optique principal, }}on en déduit <math>\;0 - \dfrac{1}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />. * Les positions géométriques respectives des foyers principaux objet et image étant telles que «<math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} = - \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> et <br>le changement de sens d'algébrisation conduisant à <math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = -\overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="conséquence du changement de sens d'orientation" />, on en déduit «<math>\;\overline{SF_i}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> c.-à-d. la <u>coïncidence des positions géométriques des foyers principaux objet et image</u> <ref> Cette coïncidence n'est que géométrique, car ce sont des points d'espaces optiques différents, l'un est dans un espace objet et l'autre dans un espace image.</ref> ; * <u>leur position géométrique commune</u> étant telle que «<math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{R}}{2} = \dfrac{\overline{SC}_{\rightarrow}}{2}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> on vérifie qu'elle <u>coïncide avec le milieu du segment joignant le sommet et le centre du miroir</u>. {{Al|5}}<u>Notion de distances focales objet et image</u> : * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par «<math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_i = \dfrac{1}{V} = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par «<math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est liée à la vergence par «<math>\;f_o = -\dfrac{1}{V} = \dfrac{\overline{R}}{2}\;</math>» ; <center>on en déduit la relation «<math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>» <ref name="interprétation de la vergence"> Pratiquement « la vergence <math>\;V\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math>», appliquée au couple de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> on trouve <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} - 0\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Pratiquement « la vergence <math>\;\color{transparent}{V}\;</math> est la valeur de l'invariant <math>\;\color{transparent}{\dfrac{1}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}}\;</math>», }}appliquée au couple de points conjugués <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>, <math>\;V = 0 - \dfrac{1}{f_o}</math> ; <br>{{Al|3}}pour mémoire, <math>\;C\;</math> étant un point double, l'invariant en <math>\;C\;</math> donne la valeur «<math>\;V = \dfrac{1}{\overline{SC}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = -\dfrac{2}{\overline{SC}_{\rightarrow}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math>».</ref>.</center>}} === Quelques propriétés découlant du caractère focal d'un miroir sphérique === ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du miroir sphérique, caractère convergent ou divergent du miroir et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du miroir sphérique puis {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » <math>\;\big(</math>respectivement « négative »<math>\big)\;</math> est dit « convergent » <math>\;\big(</math>respectivement « divergent »<math>\big)\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Déterminer }}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence est de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du miroir sphérique, ainsi : * un miroir <u>concave</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} < 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C"> Correspondant au caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> d'un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)</math>.</ref>, donc une vergence <math>\;V > 0</math>, c'est un système « <u>convergent</u> », * un miroir <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC}_{\rightarrow} > 0\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref name="nature de C" />, donc une vergence <math>\;V < 0</math>, c'est un système « <u>divergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> on en déduit la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image suivant la nature <math>\;\big(</math>convergente ou divergente<math>\big)\;</math> du miroir sphérique : * un miroir <u>concave</u> étant convergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir concave étant convergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u> <ref name="nature des foyers"> Pour un miroir concave <math>\;\big(</math>respectivement convexe<math>\big)\;</math> le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> du centre <math>\;C\;</math> avec le fait que la position géométrique commune des foyers principaux est le milieu du segment joignant le centre et le sommet, entraîne le caractère réel <math>\;\big(</math>respectivement virtuel<math>\big)\;</math> des foyers principaux objet et image.</ref>, * un miroir <u>convexe</u> étant divergent, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et <br>{{Transparent|un miroir convexe étant divergent, }}la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u> <ref name="nature des foyers" />.}} ==== Démonstration de l'absence de conjugaison non rigoureuse du miroir sphérique (concave) pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal ==== {{Al|5}}En reprenant la démonstration faite dans la solution de la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss]] » plus haut dans cet exercice <ref> Plus exactement dans la solution des questions successives « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Établissement_de_la_relation_liant_θo,_θi_et_ω|établissement de la relation liant θ_o, θ_i et ω]] » et « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Évaluation_des_angles_θo,_θi_et_ω_en_fonction_des_abscisses_de_Ao,_Ai_et_C_repérées_relativement_à_H|évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H]] » plus haut dans cet exercice.</ref> mais <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}avec <math>\;A_o\;</math> situé à l'infini <math>\;\big(</math>ce qui correspond à <math>\;\theta_o = 0\big)\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|En reprenant la démonstration }}en conservant les notations introduites dans « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|cette question]] » <math>\;\big[</math>à l'exception de <math>\;A_i\;</math> qui sera noté <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω"> Fonction de <math>\;\omega\;</math> car ce point <math>-</math> hors condition de Gauss <math>-</math> en dépend effectivement <math>\big[</math>c'est d'ailleurs, en ce qui concerne <math>\;F_i</math>, le but de cette question<math>\big]</math>.</ref> et de <math>\;H\;</math> qui sera noté <math>\;H(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]</math>, {{Al|5}}déterminer la position de <math>\;F_i(\omega)\;</math> <math>\big[</math>point de l'axe optique principal par lequel passe le rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /><math>\big]\;</math> et {{Al|5}}vérifier que <math>\;F_i(\omega)\;</math> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> et par suite <br>{{Al|5}}{{Transparent|vérifier }}qu'il n'y a pas conjugaison rigoureuse du miroir sphérique <math>\;\big(</math>concave<math>\big)\;</math><ref name="indépendance de la nature" /> pour le point situé à l'infini de l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <center><gallery mode="packed" heights="355px> Miroir sphérique concave - absence stigmatisme rigoureux.jpg|Schéma de démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour le point objet à l'infini sur l'axe optique principal </gallery> </center> {{Al|5}}Montrons algébriquement qu'un miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas rigoureusement stigmatique pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> de l'axe optique principal <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> et pour cela il suffit de montrer <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}qu'un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, de point d'incidence <math>\;I(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" />, repéré par l'angle <math>\;\omega\;</math> que fait le rayon incident avec <math>\;\overrightarrow{CI}(\omega)\;</math> tel que <math>\;\vert \omega \vert\; \cancel{\ll}\; 1\;</math><ref> Voir schéma ci-dessus.</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement qu'un rayon incident <math>\;\color{transparent}{\parallel}\;</math> à l'axe optique principal, }}donne un réfléchi qui recoupe l'axe optique principal en <math>\;F_i(\omega)\;</math><ref name="dépendance de ω" /> dépendant effectivement de <math>\;\omega\;</math> d'où <br>{{Al|5}}{{Transparent|Montrons algébriquement }}l'absence de stigmatisme rigoureux du miroir pour <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; {{Al|5}}l'angle d'incidence étant <math>\;i = -\omega\;</math><ref> En effet les angles sont alternes-internes, leurs mesures ont donc mêmes valeurs absolues mais <math>\;i\;</math> est <math>\;< 0\;</math> sur le schéma alors que <math>\;\omega\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>, l'angle de réflexion est donc <math>\;i' = -i = \omega\;</math> d'après la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réflexion <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion" /> ; on en déduit alors «<math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace} = 2\; \omega\;</math>» <ref> En effet l'angle que fait <math>\;\left[ F_i(\omega)I(\omega) \right]\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal et celui que fait le rayon réfléchi en <math>\;I(\omega)\;</math> avec la <math>\;\parallel\;</math> en <math>\;I(\omega)\;</math> à la partie réfléchie à l'axe optique principal sont alternes-internes, la mesure de la valeur absolue du 1^er étant <math>\;\vert i \vert + \vert i' \vert = 2\;\vert \omega \vert\;</math> <math>\Rightarrow</math> la mesure de <math>\;\widehat{\left\lbrace\overrightarrow{H(\omega)S}, \overrightarrow{F_i(\omega)I(\omega)}\right\rbrace}\;</math> sachant qu'il est <math>\;> 0\;</math> sur le schéma tout comme <math>\;\omega</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> se détermine par <math>\;\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> Toutes les grandeurs étant positives sur le schéma.</ref> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}\, \cos(2\; \omega)}{\sin(2\; \omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{H(\omega)I(\omega)} = CI(\omega)\; \sin(\omega) = R\; \sin(\omega)\\ \sin(2\; \omega) = 2\; \sin(\omega)\; \cos(\omega)\end{array}\right\rbrace\;</math> et simplification par <math>\;\sin(\omega)</math>, <br>{{Al|18}}{{Transparent|<math>\;\color{transparent}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}\;</math> se détermine par <math>\;\color{transparent}{\tan(2\;\omega) = \dfrac{\overline{H(\omega)I(\omega)}}{\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}}}\;</math>{{,}} <math>\color{transparent}{\Rightarrow}</math> }}«<math>\;\overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ; {{Al|5}}on peut alors évaluer «<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} - \overline{F_i(\omega)H(\omega)}_{\rightarrow}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />, expression dans laquelle <math>\;\overline{CH(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega)\;</math><ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> d'où «<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = R\; \cos(\omega) - \dfrac{R\, \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)} = R\; \dfrac{2\; \cos^2(\omega)- \cos(2\; \omega)}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" /> ou, sachant que <math>\;\cos(2\; \omega) = 2\; \cos^2(\omega) - 1</math>, l'expression finale <center>«<math>\;\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math>» <ref name="orientation de l'axe optique principal d'un système catadioptrique" />{{,}} <ref> L'expression simple du résultat indique qu'il doit y avoir une méthode plus rapide pour sa détermination ; en effet les angles non algébrisés <math>\;\widehat{SCI(\omega)}\;</math> et <math>\;\widehat{CI(\omega)F_i(\omega)}\;</math> étant égaux <math>\;\big(</math>à <math>\;\vert \omega \vert\big)</math>, le triangle <math>\;F_i(\omega)CI(\omega)\;</math> est isocèle <math>\Rightarrow</math> la hauteur issue de <math>\;F_i(\omega)\;</math> est aussi médiatrice d'où, en notant <math>\;K(\omega)\;</math> son pied, <math>\;CK(\omega) = \dfrac{CI(\omega)}{2} = \dfrac{R}{2}\;</math> et <math>\;\dfrac{CK(\omega)}{\overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow}} = \cos(\omega) \Rightarrow \overline{CF_i(\omega)}_{\rightarrow} = \dfrac{CK(\omega)}{\cos(\omega)} =</math> <math>\dfrac{R}{2\; \cos(\omega)}\;</math> ce qui est indéniablement plus rapide.</ref> <br><math>\Downarrow</math> <br><math>\;F_i\;</math> dépend effectivement de <math>\;\omega\;</math> et par suite <br>le miroir sphérique concave <ref name="indépendance de la nature" /> n'est pas stigmatique rigoureux pour le point à l'infini <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math><ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> de l'axe optique principal <ref> La démonstration de l'absence de stigmatisme rigoureux d'un miroir sphérique concave pour n'importe quel point objet <math>\;\big(</math>autre que le centre et le sommet<math>\big)\;</math> de l'axe optique principal pourrait être faite en suivant une démarche analogue.</ref>.</center>}} === Aplanétisme approché d'un miroir sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On considère le miroir sphérique concave introduit à la question « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Démonstration_du_stigmatisme_approché_d'un_miroir_sphérique_concave_sous_conditions_de_Gauss|démonstration du stigmatisme approché d'un miroir sphérique concave sous conditions de Gauss]] » plus haut dans cet exercice et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On considère }}un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math><ref name="support axe optique principal"> Ce qui signifie que l'axe optique principal a pour support <math>\;(A_oC)</math>.</ref> tel qu'il y ait stigmatisme approché du miroir <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\;\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le miroir<math>\big]</math>.</ref> <math>\Rightarrow</math> {{Al|15}}{{Transparent|On considère un objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math> de pied <math>\;\color{transparent}{A_o \neq C}\;</math> tel qu'il y ait stigmatisme approché }}l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math><ref name="Nette"> L'image est qualifiée de « nette » car tous les points objets <math>\;M_o\;</math> ont une image ponctuelle <math>\;M_i</math>.</ref> mais a priori <ref> C.-à-d. hors conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché, voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> <br>{{Al|20}}{{Transparent|On considère un objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math> de pied <math>\;\color{transparent}{A_o \neq C}\;</math> tel qu'il y ait stigmatisme approché l'objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math> admet une image }}ni « linéique » <ref name="Linéique"> Linéique signifiant « rectiligne ».</ref> ni « transverse ». {{Al|5}}On suppose que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> est, quand l'objet n'est pas proche du miroir, vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et <br>{{Al|10}}{{Transparent|On suppose que l'objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math> est, }}quand l'objet est proche du miroir, vu du centre <math>\;C\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, <br>{{Al|10}}{{Transparent|On suppose que l'objet linéique transverse <math>\;\color{transparent}{A_oB_o}\;</math> est, }}ces deux exigences constituant les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> pour un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du miroir dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>. {{Al|5}}<u>Remarque</u> : Il existe deux exigences équivalentes pour définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> quelconque <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="façon plus simple"> C'est cette façon que nous adopterons car elle conduit à une démonstration plus rapide de l'aplanétisme.</ref> : <br>{{Al|5}}{{Transparent|Remarque : }}<math>\succ\;</math>si un objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir, il doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Remarque : }}<math>\succ\;</math>si un objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, il doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du miroir sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée"> Il est possible de se contenter de la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) mais la méthode est alors moins aisée.</ref> <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du miroir sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du miroir à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle"> <math>\;[CB_o]\;</math> étant l'hypoténuse du triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> rectangle en <math>\;A_o\;</math> et <math>\;[CA_o]\;</math> le côté adjacent à l'angle de mesure <math>\;\alpha</math>.</ref>, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux"> Revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) ».</ref> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire"> Cet axe optique secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\;</math> est en fait un axe optique principal relativement au point objet <math>\;M_o</math>.</ref>, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\,(CA_i)\,</math> <ref name="justification choix"> Il s'agit effectivement d'un choix car le segment aurait pu être choisi perpendiculaire à n'importe quel axe optique secondaire de support <math>\;(CM_i)</math>.</ref>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>nous avons donc établi l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du miroir</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un miroir sphérique concave pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du miroir et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du miroir pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfléchis, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens incident et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du miroir orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε"> L'abscisse de <math>\;M_o\;</math> est évidemment celle de <math>\;B_o\;</math> et son ordonnée sera notée <math>\;\varepsilon \times\;</math> l'ordonnée de <math>\;B_o</math>, <math>\;\varepsilon\;</math> variant entre <math>\;0\;</math> et <math>\;1</math> ;<br>{{Al|3}}ici intervient une 1^ère condition de Gauss d'aplanétisme approché <math>\;\beta \ll 1\;</math> qui assure que le point <math>\;M_o\;</math> est suffisamment proche de l'axe optique principal pour que deux rayons incidents judicieusement choisis travaillent dans les conditions de stigmatisme approché.</ref>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx'}\;</math> étant porté par l'axe optique principal, orienté dans le sens réfléchi <math>\;\big(</math>donc de sens contraire à celui de l'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\big)\;</math> et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant le même que précédemment à savoir porté par la représentation symbolique du miroir et orienté vers le haut.</ref> déterminer les équations des rayons réfléchis, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> de pied proche du centre du miroir. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied proche du centre d'un miroir sphérique concave pour démontrer l'aplanétisme approché du miroir pour cet objet]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}</math>, l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> du miroir sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\;</math> étant la distance focale image du miroir d'où : <center><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{f_i + p_o}{p_o\, f_i}\;</math> soit finalement <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{f_i}{p_o + f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes"> On vérifie sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;< 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;> 0</math>.</ref>,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du miroir sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{F_o} = f_o = -f_i\, , \, y_{F_o} = 0)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left( x + f_i \right)</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction symétrique de celle de ce dernier relativement à l'axe optique principal est de même pente <math>\;-\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi a une pente opposée à celle du rayon incident dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> mais, quand on passe dans le repère <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> correspondant à une inversion du sens de l'axe des abscisses sans que celui de l'axe des ordonnées ne soit changé, la pente doit être multipliée par un facteur <math>\;(-1)\;</math> d'où le rayon réfléchi a une pente identique à celle du rayon incident (la raison étant que les pentes sont définies dans deux repères différents).</ref> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x'\;</math> <ref name="vérification signes bis"> On vérifie bien sur le schéma que, lorsque <math>\;x\;</math> est <math>\;> 0</math>, <math>\;y\;</math> est <math>\;< 0</math>.</ref>,</center>{{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx'},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfléchi sur le miroir du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le miroir, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + f_i} \left[ x(I) + f_i \right] = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfléchi correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfléchis a pour abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o\, f_i}{p_o + f_i} = -\varepsilon\, \beta\, {x'}_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;{x'}_{M_i} = \dfrac{p_o\, f_i}{p_o + f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du miroir sphérique</u> (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du miroir</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== [[File:Miroir sphérique - symbole.jpg|thumb|Représentation symbolique (sans les foyers) d'un miroir sphérique concave et d'un miroir sphérique convexe]] {{Al|5}}Dès lors qu'un miroir sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce miroir sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de miroir perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers <math>\;C</math>, ainsi un miroir concave à centre <math>\;C\;</math> réel a des bords inclinés vers la gauche (c.-à-d. vers l'espace objet réel) et un miroir convexe à centre <math>\;C\;</math> virtuel a des bords inclinés vers la droite (c.-à-d. vers l'espace objet virtuel).</ref>, partie de miroir sur laquelle est rappelée l'algébrisation physique de l'axe optique principal <center>voir ci-contre à gauche pour un miroir concave et à droite pour un miroir convexe <ref name="Foyers à ajouter"> La position des foyers principaux seraient à ajouter une fois que vous les aurez déterminés.</ref>.</center> [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en S pour un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du miroir et qui se réfléchit sur lui-même <ref> En effet le rayon réfléchi doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le miroir c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du miroir et qui se réfléchit en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du miroir est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du miroir car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du miroir <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du miroir en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du miroir en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons réfléchis étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfléchis correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le miroir est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le miroir est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le miroir de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse [ou 2^ème relation de conjugaison (approchée)] de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée"> Elle ne peut évidemment pas s'appliquer sous la forme indiquée pour <math>\;A_o = S\;</math> car elle correspondrait à une forme indéterminée, <br>{{Al|3}}mais on vérifie, dans le paragraphe suivant, qu'elle s'applique sous cette forme pour <math>\;A_o = C</math>.</ref> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o\;</math> <ref> Bien que démontrée sur un miroir sphérique concave elle reste applicable à un miroir sphérique convexe.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i\;</math> devant être mesuré et reporté symétriquement par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i)\;</math> et <math>\;\tan(-i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}</math>, * <math>\;\tan(-i) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;(-i)\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;-i \simeq -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant les deux expressions de <math>\;i</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}} \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\\ p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le miroir sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du miroir c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le miroir<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, qu'elle est symétrique de <math>\;A_oB_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal et * comparer au résultat donné par l'application de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le miroir sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du miroir mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le miroir sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le miroir, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le miroir est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du miroir pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le miroir puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> de pied au centre d'un miroir sphérique concave]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique concave ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> a pour image, par le miroir, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour obtenir cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le sommet <math>\;S\;</math> qui se réfléchit suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal et recoupe le plan transverse passant par <math>\;C\;</math> au point <math>\;B_i</math>, symétrique de <math>\;B_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal <center>d'où <math>\;\overline{CB_i} = -\overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = -1</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{\overline{SC}_{\leftarrow}}{\overline{SC}_{\rightarrow}}</math>, soit, avec <math>\;\overline{SC}_{\leftarrow} = -\overline{SC}_{\rightarrow}</math>, on retrouve effectivement <math>\;G_t(C) = -1\;</math> <ref> Le centre est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> positionné en ce point admet une image linéique transverse inversée de même taille.</ref>. {{clr}} {{Al|5}}Tous les points du miroir sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du miroir jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le miroir est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math> <ref> Le sommet (et plus généralement tout point de la surface réfléchissante sphérique) est le seul point de l'espace objet d'un miroir sphérique en lequel un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> positionné en ce point admet une image linéique transverse droite de même taille.</ref>.}} ==== Construction de l'image par un miroir sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du miroir, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se réfléchissant sur elle-même pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur la partie réfléchie de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se réfléchit sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le miroir étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon réfléchi issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> s'est réfléchi sur lui-même, les parties incidente et réfléchie constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{M}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un miroir sphérique concave d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du miroir, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le miroir de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit"> Un seul rayon incident suffit car <math>\;A_o\;</math> appartenant à l'axe optique principal son image est sur cet axe.</ref> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir convexe. {{Solution|contenu = [[File:Miroir sphérique concave - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> utilisant deux des trois rayons incidents issus de <math>\;B_o</math> : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se réfléchissant sur lui-même, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et se réfléchissant en passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfléchis correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Miroir sphérique concave - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un miroir sphérique concave d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> utilisant un des deux incidents issus de <math>\;A_o</math> : passant par un foyer secondaire objet ou <math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et se réfléchissant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfléchie se superposant à la partie incidente mais orientée en sens contraire<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et se réfléchissant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfléchis correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un miroir sphérique convexe, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche, en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Miroir sphérique convexe - construction image.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> utilisant deux des trois rayons incidents issus de <math>\;B_o</math> : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal Miroir sphérique convexe - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un miroir sphérique convexe d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> utilisant un des deux incidents issus de <math>\;A_o</math> : passant par un foyer secondaire objet ou <math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}} - \dfrac{1}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = -V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C"> Cette relation est applicable à tout objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C</math>, le cas <math>\;A_o = C\;</math> conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SC}_{\rightarrow} + \overline{CA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SC}_{\leftarrow} + \overline{CA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = -\overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-2}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\pi_i - \overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\pi_o + \overline{R}) - (\pi_i - \overline{R})}{(\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens"> Quand on a l'égalité entre deux fractions <math>\;\dfrac{a}{b} = \dfrac{c}{d}\;</math> les grandeurs <math>\;(a\, ,\, d)\;</math> sont appelées « extrêmes » et <math>\;(b\, ,\, c)\;</math> « moyens », l'égalité des deux fractions étant équivalente à <math>\;a \; d = b \; c\;</math> c.-à-d. à l'égalité du produit des extrêmes et celui des moyens (on parle encore de l'égalité des produits en croix).</ref> <math>\;-2\, (\pi_i - \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = (\pi_o - \pi_i + 2\, \overline{R})\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + 2\, \overline{R}\, \pi_o - 2\, \overline{R}\, \pi_i + 2\, \overline{R}^2 =</math> <math>\pi_o\, \overline{R} - \pi_i\, \overline{R} + 2\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-2\, \pi_o\, \pi_i + \overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;\overline{R}\, \pi_o - \overline{R}\, \pi_i = 2\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N."> Cela nécessite que <math>\;\pi_o \neq 0\;</math> et <math>\;\pi_i \neq 0\;</math> c.-à-d. <math>\;A_o \neq C</math>.</ref> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = -V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} = -V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-2}{\overline{R}}\;</math> vergence du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> }} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> avec origine en C pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet"> Applicable en tout point <math>\;A_o \neq S</math>.</ref> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i - \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i - \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} - \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;\dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\pi_o} = \dfrac{2}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{1}{\pi_i} - \dfrac{1}{\overline{R}} = \dfrac{1}{\pi_o} + \dfrac{1}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du miroir ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS}_{\rightarrow} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS}_{\leftarrow} = \overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = -(-1) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui se réfléchit sur lui-même et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfléchit en <math>\;S\;</math> suivant une direction symétrique par rapport à l'axe optique principal, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés"> Les angles précités étant non algébrisés.</ref> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre"> On suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oC\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i}_{\leftarrow} < 0\;</math> <ref name="hors centre bis"> Ayant suppose <math>\;A_o \neq C\;</math> et <math>\;C\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq C\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iC</math>.</ref> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au centre)</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{CA_i}_{\leftarrow}}{\overline{CA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}_{\rightarrow}\\ \pi_i = \overline{CA_i}_{\leftarrow} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i + \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du miroir sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même miroir sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\; \overline{F_oA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow}\; \overline{SF_o}_{\rightarrow}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton"> Applicable pour tout point objet <math>\;A_o \neq F_o</math> et <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}</math>, ces cas conduisant à une forme indéterminée.</ref> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="relations de conjugaison communes miroir - lentille"/> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du miroir.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} = \overline{SF_o}_{\rightarrow} + \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -f_i + \sigma_o\;</math> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} = \overline{SF_i}_{\leftarrow} + \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{1}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{1}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{(\sigma_o - f_i) - (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;(\sigma_i + f_i)\, (\sigma_o - f_i)</math> <math>= (\sigma_o - \sigma_i - 2\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;\sigma_o\, \sigma_i + f_i\, \sigma_o - f_i\, \sigma_i - f_i^2 =</math> <math>\sigma_o\, f_i - \sigma_i\, f_i - 2\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = -f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -f_i\;</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;f_i\;</math> par <math>\;-f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du miroir <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> avec <math>\;f_i = -f_o = -\dfrac{\overline{R}}{2}\;</math> distance focale image du miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Miroir sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un miroir sphérique concave]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton"> Cette relation a deux formes possibles suivant qu'elle est exprimée en fonction de l'abscisse objet de Newton et de la distance focale objet ou en fonction de l'abscisse image de Newton et de la distance focale image.</ref> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement les deux formes de cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o - f_i \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o - f_i} = \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{(-f_i) \left( 1 - \dfrac{\sigma_o}{f_i} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o = -f_i^2 \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = -\dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 - \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}</math> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du miroir, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS}_{\rightarrow} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS}_{\leftarrow} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o} = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfléchis correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui se réfléchit parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfléchit en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;KF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" > On suppose <math>\;A_i \neq F_i\;</math> c.-à-d. que <math>\;A_o\;</math> n'est pas le point à l'infini de l'axe optique principal, pour que le triangle <math>\;A_iB_iF_i\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{F_iA_i}_{\leftarrow}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\sigma_i}{f_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}_{\leftarrow}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;HF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> <ref name="hors foyer"> On suppose <math>\;A_o \neq F_o\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oF_o\;</math> puisse être défini.</ref>, * <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o}_{\rightarrow} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_oS}) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}_{\rightarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un miroir sphérique (concave) <ref name="indépendance de la nature" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{SF_i}_{\leftarrow}}{\overline{F_oA_o}_{\rightarrow}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{f_i}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}_{\rightarrow}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Miroir sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine en S) pour un miroir sphérique concave]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec la partie incidente de l'axe optique principal, le pinceau se réfléchissant sur le miroir en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec la partie réfléchie de l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits"> Les angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\theta_i\;</math> sont de valeur absolue petite c.-à-d. <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>.</ref> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}_{\rightarrow}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}_{\leftarrow}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un miroir sphérique concave mais elle reste applicable pour un miroir sphérique convexe.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(</math>tous deux <math>\;> 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> <math>\big[</math>l'angle <math>\;\widehat{SA_iI}\;</math> étant égal à <math>\;\theta_i\big]</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}_{\rightarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}_{\leftarrow}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = \dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq \dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = -1\;</math> <ref> Cette relation est différente de celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, pour une lentille mince dans laquelle il n'y a aucune réflexion, la relation de Lagrange - Hemholtz sera <math>\;G_t(A_o)\; G_a(A_o) = +1</math>.</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <ref name="Descartes" /> (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <center><math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq -\dfrac{p_o}{p_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = -1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref> Il s'agit de la même relation de Lagrange - Helmholtz que celle explicitée pour un miroir plan mais contrairement à cette dernière dans laquelle les grandissements transverse et angulaire valent respectivement <math>\;+1\;</math> et <math>\;-1\;</math> quelle que soit la position du point objet <math>\;A_o</math>, dans un miroir sphérique les grandissements transverse et angulaire dépendent explicitement de la position de l'objet <math>\;A_o</math>, plus la valeur absolue du grandissement transverse est grande plus celle du grandissement angulaire est petite.</ref>.</center>}} == Stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss == {{Al|5}}Pour être défini, un dioptre sphérique nécessite la connaissance de : * sa nature « concave » ou « convexe », * son centre <math>\;C\;</math> (centre de courbure de la surface sphérique dioptrique <ref> Si le dioptre est « concave », <math>\;C\;</math> est réel, et si le dioptre est « convexe », <math>\;C\;</math> est virtuel.</ref>), * son rayon de courbure (non algébrisé) <math>\;R\;</math> (rayon de courbure de la surface sphérique dioptrique), * l'axe optique principal dont la partie incidente (ou son prolongement) passe par <math>\;C\;</math> et le point objet <math>\;A_o\;</math> (point objet dont on étudiera l'image éventuelle), * son sommet <math>\;S\;</math> (intersection de l'axe optique principal et de la surface dioptrique) et * l'indice de l'espace objet réel <math>\;n_o\;</math> ainsi que celui de l'espace image réelle <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Nous adoptons l'algébrisation physique de l'axe optique principal <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre"> Supposant l'axe optique principal horizontal, l'espace objet réel étant situé à gauche du dioptre, la partie incidente de l'axe optique principal est orientée dans le sens <math>\;\rightarrow</math> et l'espace image réelle étant alors situé à droite du dioptre, la partie émergente est orientée dans le même sens <math>\;\rightarrow</math> ; il est donc inutile de préciser en indice le sens de l'orientation de l'axe optique principal contrairement à ce qui doit être fait dans le cas d'un miroir sphérique.</ref> et, pour unifier l'étude des dioptres sphériques, algébrisons le rayon de courbure du dioptre selon <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> <ref name="orientation axe opt. princ. dioptre" /> avec pour conséquence la nature « concave » ou « convexe » du dioptre caractérisé par le signe du rayon de courbure algébrisé : * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à droite de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet virtuel, correspondant à un dioptre « convexe », * si <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0</math>, <math>\;C\;</math> étant à gauche de <math>\;S\;</math> est un point de l'espace objet réel, correspondant à un dioptre « concave ». <center> <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique concave air - verre.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique concave faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg|Justification du caractère divergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu plus réfringent vers un milieu moins réfringent Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg|Justification du caractère convergent d'un dioptre sphérique convexe faisant passer d'un milieu moins réfringent vers un milieu plus réfringent </gallery> Dans la suite nous supposerons le dioptre sphérique concave faisant passer d'un espace plus réfringent à un espace moins réfringent <ref> En précisant la modification des résultats pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref> et <br>admettrons qu'il n'y a pas stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> pour tous les points objets autres que <math>\;C\;</math> et tous les points du dioptre <ref name="Définition sommet dioptre"> Si le point objet <math>\;A_o\;</math> est sur le dioptre, l'axe optique principal associé à ce point objet ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, <math>\;A_o\;</math> joue le rôle de sommet <math>\;S\;</math> du miroir ; ainsi, dans la mesure où l'axe optique principal n'a pas été préalablement défini, tout point du dioptre peut être considéré comme un sommet.</ref>.</center> === Démonstration du stigmatisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique concave convergent - stigmatisme approché.jpg|thumb|Schéma d'un dioptre sphérique concave convergent dans le but d'établir le stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet autre que C et S]] {{Al|5}}Considérant un point objet réel <math>\;A_o \neq C\;</math> et l'axe optique principal correspondant de support <math>\;(A_oC)\;</math> <ref> Dès lors que <math>\;A_o\;</math> est <math>\;\neq C</math>, l'axe optique principal est parfaitement défini ainsi que le sommet <math>\;S\;</math> qui est l'intersection de l'axe optique principal et du dioptre.</ref>, nous envisageons des rayons incidents issus de <math>\;A_o</math>, peu inclinés par rapport à l'axe optique principal, d'angle d'inclinaison <math>\;\theta_o\;</math> tel que <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et dont le point d'incidence <math>\;I\;</math> reste proche du sommet <math>\;S\;</math> c.-à-d. tel que l'angle que fait la normale au dioptre en <math>\;I\;</math> avec l'axe optique principal <math>\;\widehat{(\overrightarrow{CS}\, ;\, \vec{N})} = \omega\;</math> soit petit en valeur absolue <math>\;\big(|\omega| \ll 1\big)\;</math> <ref name="Paraxial" />. {{Al|5}}Le rayon incident <math>\;A_oI\;</math> donnant, par utilisation des lois de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réfraction|2^ème loi de Snell - Descartes de la réfraction]] » du chap.<math>11</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le rayon émergent <math>\;IA_i\;</math> <math>\big(A_i \in</math> à l'axe optique principal<math>\big)</math>, appelons <math>\;\theta_i\;</math> l'angle d'inclinaison du rayon réfracté par rapport à l'axe optique principal ; nous nous proposons de démontrer que <math>\;A_i\;</math> est indépendant du rayon incident considéré <math>\big(</math>c.-à-d. indépendant de <math>\;\theta_o\;</math> et de <math>\;\omega\big)\;</math> dans la mesure où les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\big(\;|\theta_o| \ll 1\;</math> et <math>\;|\omega| \ll 1\big)\;</math> sont réalisées. ==== Établissement de la relation liant θ_o, θ_i, ω, n_o et n_i ==== # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIC\;</math> établir une première relation entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;i_o\;\big(</math>angle d'incidence du rayon incident en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIC\;</math> établir une deuxième relation entre <math>\;\theta_i</math>, <math>\;i_i\;\big(</math>angle de réfraction du rayon émergent en <math>\;I\big)\;</math> et <math>\;\omega</math>, # en utilisant la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> et les deux relations précédentes, déduire la relation suivante entre <math>\;\theta_o</math>, <math>\;\theta_i</math>, <math>\;\omega</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i\;</math> : <center> <math>\;\omega = \dfrac{n_o\; \theta_o - n_i\; \theta_i}{n_o - n_i}\;\;(\mathfrak{a})\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Dans le triangle <math>\;A_oIC</math>, <math>\;\omega = \theta_o + (-i_o)\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> et <math>\;\theta_o\;</math> sont positifs mais <math>\;i_o\;</math> étant négatif, sa valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_o)</math>.</ref> et <br>{{Al|5}}dans le triangle <math>\;A_iIC</math>, <math>\;-i_i = \omega - \theta_i\;</math> <ref name="relation dans un triangle" /> <ref> On remarque, sur le schéma, que <math>\;\omega\;</math> est positif mais <math>\;i_i\;</math> et et <math>\;\theta_i\;</math> étant négatifs, leur valeur absolue s'écrit <math>\;(-i_i)\;</math> et <math>\;(-\theta_i)</math>.</ref> ou, <br>{{Al|5}}en utilisation la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> pour la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> et, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle d'incidence (et donc aussi de l'angle de réfraction en valeur absolue) <math>\;n_o\, i_0 = n_i\, i_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>, la relation ci-dessus se réécrit <math>\; -\dfrac{n_o}{n_i}\, i_o = \omega - \theta_i</math> ; <br>{{Al|5}}on élimine alors <math>\;i_o\;</math> entre ces deux relations en formant la C.L. <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; (\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\; \omega = \dfrac{n_o}{n_i}\; \theta_o + \omega - \theta_i\;</math> ou <math>\;n_o\,\omega = n_o\, \theta_o + n_i\, \omega - n_i\, \theta_i\;</math> soit enfin, la relation <math>\;(\mathfrak{a}) \qquad \omega = \dfrac{n_o\, \theta_o - n_i\, \theta_i}{n_o - n_i}</math>.}} ==== Évaluation des angles θ_o, θ_i et ω en fonction des abscisses de A_o, A_i et C repérées relativement à H ==== {{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, montrer que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal c.-à-d. <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_o}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_o</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\theta_i)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HA_i}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\theta_i</math>, # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH\;</math> <ref name="définition de H" /> évaluer <math>\;\tan(\omega)\;</math> en fonction, entre autres, de <math>\;\overline{HC}\;</math> puis, en tenant compte de la petitesse de la valeur absolue de l'angle, <math>\;\omega</math>, # déduire des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math>, un lien entre <math>\;\overline{HA_o}</math>, <math>\;\overline{HA_i}\;</math> et <math>\;\overline{HC}\;</math> <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{b})\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> écrite sous la forme <math>\;\theta_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, \theta_o - \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, \omega\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega|\;</math> et des conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" /> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}|\theta_o| \ll 1\\ |\omega| \ll 1 \end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> d'où <math>\;|\theta_i| \leqslant \dfrac{n_o}{n_i}\, |\theta_o| + \dfrac{n_o - n_i}{n_i}\, |\omega| \ll 1\;</math> c.-à-d. que le rayon réfracté est aussi peu incliné relativement à l'axe optique principal. # En travaillant dans le triangle <math>\;A_oIH</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HA_o}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_o > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_o) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_o} < 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_o| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_o) \simeq \theta_o\;</math> on en déduit <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_o}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;A_iIH</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}\;</math> car sur le schéma <math>\;\theta_i < 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\theta_i) < 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HA_i} > 0\;</math> ou, <math>\;|\theta_i| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\theta_i) \simeq \theta_i\;</math> on en déduit <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HA_i}}</math> ; # en travaillant dans le triangle <math>\;CIH</math>, <math>\;\tan(\omega) = \dfrac{\overline{HI}}{-\overline{HC}_\rightarrow}\;</math> car sur le schéma <math>\;\omega > 0\;</math> d'où <math>\;\tan(\omega) > 0</math>, <math>\;\overline{HI} > 0\;</math> et <math>\;\overline{HC} < 0\;</math> ou, <math>\;|\omega| \ll 1\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\tan(\omega) \simeq \omega\;</math> on en déduit <math>\;\omega \simeq -\dfrac{\overline{HI}}{\overline{HC}}</math> ; # des trois évaluations précédentes et de la relation <math>\;(\mathfrak{a})\;</math> réécrite selon <math>\;(n_o - n_i)\, \omega = n_o\,\theta_o - n_i\, \theta_i</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)\, \overline{HI}}{\overline{HC}} =</math> <math>\dfrac{n_i\, \overline{HI}}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o\, \overline{HI}}{\overline{HA_o}}\;</math> ou, en simplifiant par <math>\;\overline{HI}</math>, on obtient la relation <math>\;(\mathfrak{b})\qquad \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{HC}} = \dfrac{n_i}{\overline{HA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{HA_o}}</math>.}} ==== Établissement de la confusion de H et de S à l'ordre un en ω ==== {{Al|5}}Établir que <math>\;H\;</math> <ref name="définition de H" /> peut être confondu avec le sommet <math>\;S\;</math> du miroir à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="H et S confondus" /> et {{Al|5}}réécrire que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> en tenant compte de cette confusion. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Montrons que <math>\;H\;</math> peut être confondu avec <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> <ref name="ω infiniment petit d'ordre un" />, en évaluant <math>\;[CH]\;</math> puis <math>\;[HS] = [CS] - [CH]\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, on obtient : <math>\;[CH] = [CI]\, \cos(\omega) = R\, \cos(\omega) \simeq R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> <math>\big(</math>revoir la remarque du paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable_au_voisinage_d'une_de_ses_valeurs#D.C3.A9veloppements_limit.C3.A9s_.C3.A0_l.27ordre_un_de_quelques_fonctions_usuelles|D.L. à l'ordre un de quelques fonctions usuelles]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) »<math>\big)\;</math> d'où <math>\;[HS] = [CS] - [CH] \simeq R - R \left( 1 - \dfrac{\omega^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega</math>, soit encore <math>\;[HS] \simeq R \dfrac{\omega^2}{2}\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\omega\;</math> ou finalement <center><math>\;[HS] \simeq 0\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega</math> ;</center> {{Al|5}}remplaçant <math>\;H\;</math> par <math>\;S\;</math> à l'ordre un en <math>\;\omega\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{b})</math>, on peut, sous les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme approché <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />, la réécrire selon <center><math>\;(\mathfrak{b})\; \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}}\;</math> <ref> Sous cette forme la relation nécessite que le point objet <math>\;A_o\;</math> soit <math>\;\neq S\;</math> sommet du dioptre.</ref>.</center>}} ==== Conclusion : stigmatisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour le point objet A_o et relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Vérifier que la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> définit, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> quelconque, un point image unique <math>\;A_i\;</math> et en déduire le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour le point objet <math>\;A_o</math> ; {{Al|5}}la relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> pouvant être écrite selon <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre"> Nous admettrons que cette relation (ou propriété) établie dans le cas d'un dioptre sphérique concave convergent est encore applicable, sans modification, à un dioptre sphérique concave divergent ou à un dioptre sphérique convexe convergent ou divergent.</ref> où <math>\;V\;</math> est une constante appelée « vergence » du dioptre sphérique exprimée en dioptries <math>\big(</math>de symbole <math>\;\delta\big)\;</math> dans la mesure où les abscisses le sont en <math>\;m\;\big(</math>la dioptrie étant liée au mètre par <math>\;1\, \delta = 1\,m^{-1}\big)</math>, exprimer <math>\;V\;</math> en fonction de <math>\;\overline{R} = \overline{SC}</math>, <math>\;n_o\;</math> et <math>\;n_i</math>. {{Al|5}}Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\big(</math>avec origine au sommet<math>\big)\;</math><ref> Pour le repérage de Descartes dans un dioptre sphérique concave ou convexe, convergent ou divergent, il y a deux origines utilisées : l'origine au sommet qui est la plus fréquemment utilisée et l'origine au centre qui l'est beaucoup moins.</ref> du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Par la suite notant l'abscisse de Descartes <math>\;\color{transparent}{\big(}</math>avec origine au sommet<math>\color{transparent}{\big)}\;</math> }}celle du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, <br>{{Al|5}}la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes d'un dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> établit le stigmatisme approché du dioptre sphérique <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tout point objet <math>\;A_o\;</math> autre que <math>\;C\;</math> et <math>\;S\;</math> puisque, pour un point objet <math>\;A_o\;</math> fixé, le point image <math>\;A_i\;</math> est déterminé de façon unique <math>\big(</math>indépendamment des variations des petits angles <math>\;\theta_o\;</math> et <math>\;\omega\big)</math>. {{Al|5}}La relation <math>\;(\mathfrak{b})\;</math> peut effectivement être écrite sous la forme <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <center><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{SC}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> avec <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> rayon algébrisé du dioptre.</center> {{Al|5}}Avec les abscisses de Descartes (avec origine au sommet) du point objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et du point image <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, la relation de conjugaison (approchée) de position [ou 1^ère relation de conjugaison (approchée)] de Descartes du dioptre sphérique se réécrit <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math>.</center>}} === Points pour lesquels la conjugaison du dioptre sphérique est rigoureuse et points doubles === {{Al|5}}Vérifier, par construction et pour une direction d'axe optique principal préalablement fixée, que le centre <math>\;C\;</math> et le sommet <math>\;S\;</math> <ref name="Définition sommet" /> du dioptre sont des points * pour lesquels le dioptre est stigmatique rigoureux et * dont l'image est confondue avec l'objet (c.-à-d. que ce sont des points doubles). {{Al|5}}Justifier la raison pour laquelle la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) est applicable à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse ; {{Al|5}}vérifier, en utilisant cette relation, que <math>\;C\;</math> est effectivement un point double. {{Al|5}}Admettant que la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) reste applicable à <math>\;S</math>, sommet du dioptre, pour lequel il y a conjugaison rigoureuse <math>\big[</math>mais évidemment pas sous cette forme qui est indéterminée quand on l'applique à <math>\;S</math>, son abscisse objet <math>\;p_o\;</math> y étant nulle<math>\big]</math>, évaluer <math>\;p_i\;</math> en fonction de <math>\;p_o\;</math> et de <math>\;V\;</math> et vérifier, sur cette dernière forme, * que <math>\;S\;</math> est effectivement un point double et * qu'il n'y a pas d'autres points doubles que <math>\;S\;</math> et <math>\;C</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - points doubles.jpg|thumb|Schémas de vérification du fait que, pour C et S, le dioptre sphérique (concave convergent) est stigmatique rigoureux et que ce sont des points doubles]] {{Al|5}}Voir ci-contre les constructions prouvant les propriétés particulières d'un point objet en <math>\;C\;</math> ou <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent <ref name="indépendance de la nature dioptre"/> : * à gauche tout rayon d'un faisceau incident issu du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent étant normal au dioptre poursuit son chemin sans changer de direction, donnant un ensemble de rayons transmis divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, c.-à-d. prouvant que le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux pour son centre ; de plus le point image de <math>\;C\;</math> étant <math>\;C\;</math> lui-même, ce dernier est un point double ; * à droite tout rayon d'un faisceau incident convergeant sur le sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent se réfractant à partir du point d'incidence <math>\;S\;</math> lui-même <ref> En suivant une direction plus rapprochée de l'axe optique principal que ne l'est celle du rayon incident.</ref> et l'ensemble des rayons réfractés divergeant à partir d'un point unique quelle que soit l'ouverture du faisceau incident, cela prouve le stigmatisme rigoureux du dioptre sphérique pour son sommet <ref name="stigmatisme rigoureux d'un système optique pour un point" /> ; de plus le point image de <math>\;S\;</math> étant <math>\;S\;</math> lui-même, ce dernier est un point double. {{Al|5}}Pour appliquer la relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) à <math>\;C</math>, centre du dioptre, bien que la conjugaison soit rigoureuse, il suffit de ne considérer que les rayons paraxiaux du faisceau incident issu de <math>\;C\;</math> et d'ouverture quelconque <ref> Le fait que les autres rayons divergent également à partir de <math>\;C\;</math> ne modifient en rien la divergence des rayons transmis provenant de rayons incidents paraxiaux.</ref>, condition d'applicabilité de la relation de conjugaison de position de Descartes ; {{Al|5}}dans ce cas, si on appelle <math>\;C_i</math>, d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(C_i) = \overline{SC_i}</math>, l'image du point objet <math>\;C</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(C) = \overline{SC} = \overline{R}</math>, nous obtenons, en remplaçant <math>\;V\;</math> par <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>, <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} - \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(C_i)} = \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;p_i(C_i) = \overline{R} = \overline{SC}</math> prouvant que <math>\;C_i\;</math> se confond avec <math>\;C\;</math> et par suite que <math>\;C\;</math> est un point double. <center>De <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> on tire <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} = \dfrac{n_o}{p_o} + V = \dfrac{n_o + V\, p_o}{p_o}\;</math> soit <math>\;p_i = n_i\, \dfrac{p_o}{n_o + V\, p_o}</math> ;</center> {{Al|5}}sous cette forme on vérifie qu'un point objet en <math>\;S</math>, d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(S) = 0\;</math> a une image d'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = 0</math>, c.-à-d. une image confondue avec <math>\;S\;</math> prouvant que <math>\;S\;</math> est bien un point double ; {{Al|5}}les points doubles <math>\;A_d\;</math> d'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_d\;</math> étant tels que leurs abscisses images de Descartes (avec origine au sommet) s'écrivant <math>\;p_i(A_d) = \overline{SA_d} = p_d\;</math> avec <math>\;p_i(A_d) = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> obéissent à l'équation <math>\;p_d = n_i\, \dfrac{p_d}{n_o + V\, p_d}\;</math> qui se décompose en <math>\;\left\lbrace\begin{array}{c}p_d = 0\;\;\; \text{ou}\\ n_o + V\, p_d = n_i\end{array}\right\rbrace</math>, la 1^ère solution donnant <math>\;S\;</math> point double et la 2^ème équation conduisant à <math>\;p_d = \dfrac{n_i - n_o}{V} = \overline{R}\;</math> c.-à-d. <math>\;C\;</math> point double ; <center>le centre et le sommet d'un dioptre sphérique sont donc les seuls points doubles de ce dernier.</center>}} === Caractère focal d'un dioptre sphérique, position des foyers principaux objet et image, lien de la vergence et des distances focales objet et image, signe de la vergence === ==== Caractère focal d'un dioptre sphérique, définition des foyers principaux objet et image, lien de la vergence avec les distances focales objet et image ==== {{Al|5}}Vérifier, sur la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'un dioptre sphérique, que ce dernier est nécessairement « focal » <ref name="définition focal" /> puis déterminer * la position du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> c.-à-d. le point objet de l'axe optique principal ayant pour image le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;F_o\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; A_{i,\,\infty}\big]\;</math> et * la position du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> c.-à-d. le point image de l'axe optique principal ayant pour antécédent <ref name="Antécédent" /> le point à l'infini de cet axe optique principal <math>\;\big[</math>ou <math>\;A_{o,\,\infty}\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; F_i\big]</math>. {{Al|5}}Définissant * la distance focale objet comme l'abscisse objet de Descartes du foyer principal objet (avec origine au sommet) soit <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> et * la distance focale image comme l'abscisse image de Descartes du foyer principal image (avec origine au sommet) soit <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math>, {{Al|5}}déterminer le lien entre vergence <math>\;V</math>, distance focale objet <math>\;f_o</math>, distance focale image <math>\;f_i</math>, indice espace objet <math>\;n_o\;</math> et indice espace image <math>\,n_i</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}Un dioptre sphérique est un « système focal », en effet pour qu'il soit « afocal », il faudrait que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, mais ayant établi que les seuls points doubles du dioptre sphérique sont <math>\;C\;</math> et <math>\;S</math>, et non le point à l'infini de l'axe optique principal on en déduit que le dioptre sphérique est bien un « système focal ». * Le foyer principal image <math>\;F_i</math>, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(F_i) = \overline{SF_i}\;</math> étant l'image du point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(A_{o,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_o}{p_o(A_{o,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(F_i)} - 0 = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. * Le foyer principal objet <math>\;F_o</math>, repéré par l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o(F_o) = \overline{SF_o}\;</math> étant l'antécédent <ref name ="Antécédent"/> du point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal, repéré par l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i(A_{i,\, \infty}) = \infty\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i(A_{i,\, \infty})} = 0</math>, on en déduit <math>\;0 - \dfrac{n_o}{p_o(F_o)} = V\;</math> soit <math>\;\overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math>. <center><u>Notion de distances focales objet et image</u> :</center> * la distance focale image <math>\;f_i\;</math> étant définie par <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_i = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; * la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant définie par <math>\;f_o = \overline{SF_o}\;</math> est liée à la vergence par <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}</math> ; <center>on en déduit la relation <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> <ref> Cette relation découle de la 1^ère relation de conjugaison de position de Descartes du dioptre sphérique appliquée aux couples de points conjugués <math>\;(A_{o,\, \infty}\, , \,F_i)\;</math> et <math>\;(F_o\, , \,A_{i,\, \infty})</math>.</ref>.</center>}} ==== Signe de la vergence suivant la nature concave ou convexe du dioptre sphérique et de l'indice de l'espace objet comparé à celui de l'espace image, caractère convergent ou divergent du dioptre et nature réelle ou virtuelle des foyers principaux ==== {{Al|5}}Déterminer le signe de la vergence suivant la nature « concave » ou « convexe » du dioptre sphérique et du signe de <math>\;n_o - n_i\;</math> puis {{Al|5}}son caractère « convergent » ou « divergent » sachant qu'un système focal à « vergence positive » (respectivement « négative ») est dit « convergent » (respectivement « divergent ») et enfin {{Al|5}}la nature « réelle » ou « virtuelle » des foyers principaux. {{Al|5}}Pour terminer, on précisera, dans chacun des quatre cas possibles, les positions absolues des foyers principaux objet et image relativement au centre et au sommet du dioptre considéré. {{Solution|contenu ={{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> on en déduit que la vergence <math>\;V\;</math> est * de signe contraire au rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\;\big(n_o > n_i\big)</math>, * de même signe que le rayon de courbure algébrisé du dioptre si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\;\big(n_o < n_i\big)</math> ; {{Al|5}}on en déduit les quatre possibilités suivant la nature du dioptre sphérique et le signe de <math>\;n_o - n_i</math> : * un dioptre sphérique <u>concave</u> ayant un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} < 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre"> Correspondant au caractère réel (resp. virtuel) du centre <math>\;C\;</math> d'un dioptre sphérique concave (resp. convexe).</ref>, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> », * un dioptre sphérique <u>convexe</u> a un rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R} = \overline{SC} > 0\;</math> <ref name="nature de C dioptre" />, a <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V < 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet eau, espace image air<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>divergent</u> » et <br>{{Al|5}}une vergence <math>\;V > 0\;</math> si la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent <math>\big(</math>exemple espace objet air, espace image eau<math>\big)\;</math> c'est alors un système « <u>convergent</u> ». {{Al|5}}De <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> on en déduit la nature (réelle ou virtuelle) des foyers principaux objet et image suivant la nature (convergente ou divergente) du dioptre sphérique : * pour un dioptre sphérique <u>concave convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent on a <math>\;n_o > n_i</math>.</ref> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>concave divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image"> La lumière passant d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent on a <math>\;n_o < n_i</math>.</ref> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe divergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> est <math>\;< 0\;</math> entraînant le caractère <u>virtuel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet inférieur à indice image" /> étant <math>\;> 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>virtuel</u>, * pour un dioptre sphérique <u>convexe convergent</u>, la distance focale image <math>\;f_i = \overline{SF_i} = \dfrac{n_i}{V} = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> est <math>\;> 0\;</math> entraînant le caractère <u>réel</u> du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et la distance focale objet <math>\;f_o = \overline{SF_o} = -\dfrac{n_o}{V} = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,\overline{R}\;</math> <ref name = "indice objet supérieur à indice image" /> étant <math>\;< 0</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est également <u>réel</u>. {{Al|5}}<u>Remarques</u> : Les distances focales objet et image étant, dans les quatre cas possibles, de signe contraire, les foyers principaux objet et image sont situés de part et d'autre de la surface dioptrique dans chacun des cas ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu plus réfringent à un milieu moins réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;>\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| < |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est plus éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche).</ref> ; {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}pour un dioptre sphérique pour lequel la lumière passe d'un milieu moins réfringent à un milieu plus réfringent, <math>\;n_o\;</math> étant <math>\;<\;</math> à <math>\;n_i</math>, le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est situé à une distance <math>\;|f_o| = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> à une distance <math>\;|f_i| = \dfrac{n_i}{n_o - n_i}\,R\;</math> de <math>\;S\;</math> avec <math>\;|f_i| > |f_o|\;</math> <math>\Rightarrow</math> le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> est moins éloigné du sommet <math>\;S\;</math> que le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> <ref> Avec, pour un dioptre concave, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet virtuel (c.-à-d. usuellement à droite) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image virtuelle (c.-à-d. usuellement à gauche),<br><span style="color:#ffffff;"><small>....</small>Avec, </span>pour un dioptre convexe, <math>\;F_o\;</math> du côté de l'espace objet réel (c.-à-d. usuellement à gauche) et <math>\;F_i\;</math> du côté de l'espace image réelle (c.-à-d. usuellement à droite).</ref>.}} === Aplanétisme approché d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss === {{Al|5}}Soit le dioptre sphérique concave convergent introduit à la 1^ère question et un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o \neq C\;</math> <ref name="support axe optique principal" /> tel qu'il y ait stigmatisme approché du dioptre <ref name="stigmatisme approché d'un système optique pour un point" /> pour tous les points <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> C.-à-d. que, pour un point quelconque <math>\;M_o\;</math> de <math>\;A_oB_o</math>, avec la définition de l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <math>\big(</math>cet axe jouant le rôle d'axe optique principal pour le point objet <math>\;M_o\;</math> est qualifié de secondaire relativement au point objet <math>\;A_o\big)</math>, les rayons incidents issus de <math>\;M_o\;</math> doivent être paraxiaux <math>\big[</math>peu inclinés relativement à l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> et à point d'incidence restant proche du sommet secondaire <math>\;S_{M_o}</math>, intersection de l'axe optique secondaire de support <math>\;(CM_o)\;</math> avec le dioptre<math>\big]</math>.</ref> ; <br>{{Al|5}}cette dernière condition entraîne que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> admet une image « nette » <math>\;A_iB_i\;</math> <ref name="Nette" /> mais a priori cette image n'est <math>-</math> hors conditions de Gauss d'aplanétisme approché <math>-</math> ni « linéique » <ref name="Linéique" /> ni « transverse » ; {{Al|5}}Supposant que l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> est, * quand l'objet n'est pas proche du dioptre, vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} S\big)\;</math> et * quand l'objet est proche du dioptre, vu du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq S\big)</math>, {{Al|5}}ces deux conditions sont une première façon de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <ref> C'est cette façon qui a été vue en cours, <math>\;S\;</math> étant en effet le point de l'axe optique principal appartenant à la face d'entrée du dioptre.</ref>. {{Al|5}}Il existe une deuxième façon équivalente de définir les conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> pour un objet linéique transverse quelconque <math>\;A_oB_o\;</math> <ref name="façon plus simple" /> : * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> n'est pas proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre, l'objet doit être vu du centre <math>\;C\;</math> sous un angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)\;</math> et * quand l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> est tel que son pied <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math>, l'objet doit être vu du sommet <math>\;S\;</math> du dioptre sous un angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\;</math> si <math>\;A_o\; \simeq C\big)</math>. ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre et vu de ce centre sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant d'abord supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq} C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\alpha</math>, sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, l'angle <math>\;\beta</math> sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, n'étant pas nécessairement petit, la démarche pour établir l'aplanétisme du dioptre pour un tel objet est rendue plus aisée si on a établi auparavant la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Relation_de_conjugaison_de_position_.28ou_1.C3.A8re_relation_de_conjugaison.29_de_Descartes_.28avec_origine_au_centre.29|relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre)]] <ref name="méthode moins aisée" /> <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> où <math>\;V\;</math> est la vergence précédemment introduite :</center> {{Al|5}}la démarche peut alors être décomposée en les étapes suivantes : * montrer qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * en utilisant la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre), montrer alors que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et vérifier que l'angle au centre associé est encore <math>\;\alpha</math>, * conclure qu'à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> peut être confondue avec un segment perpendiculaire à l'axe optique principal c.-à-d. qu'elle est linéique transverse <ref> Nous aurons donc établi qu'il y a aplanétisme approché du dioptre sphérique pour un objet linéique transverse de pied non proche du centre du dioptre à condition qu'il soit vu de ce centre sous un petit angle.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> étant supposé de pied <math>\;A_o\;</math> non proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o\; \cancel{\simeq}\; C\big)</math>, avec l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel il est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;\alpha \ll 1\big)</math>, * le caractère transverse de l'objet linéique <math>\Rightarrow</math> la longueur <math>\;[CB_o]\;</math> est plus grande que la longueur <math>\;[CA_o]\;</math> <ref name="définition des côtés triangle rectangle" />, soit plus précisément <math>\;[CA_o] =</math> <math>[CB_o]\, \cos(\alpha) \simeq [CB_o] \left( 1 - \dfrac{\alpha^2}{2} \right)\;</math> à l'ordre deux en <math>\;\alpha\;</math> <ref name="DL du cosinus à l'ordre deux" /> ou finalement <math>\;[CA_o] \simeq [CB_o]\;</math> à l'ordre un en <math>\;\alpha\;</math> prouvant, qu'à cet ordre, l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> peut être confondu avec un arc de cercle de centre <math>\;C</math>, d'angle au centre associé <math>\;\alpha</math>, * tous les points objets <math>\;M_o\;</math> de l'arc de cercle <math>\;A_oB_o\;</math> de centre <math>\;C\;</math> ayant une abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)\;</math> <ref name="axe optique secondaire" />, l'application de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes (avec origine au centre) donne donc des points images <math>\;M_i\;</math> à abscisse image de Descartes (avec origine au centre) indépendante de <math>\;M_o\;</math> sur l'axe optique secondaire associé de support <math>\;(CM_o)</math>, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est assimilable, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, à un arc de cercle de centre <math>\;C\;</math>, * l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'arc de cercle <math>\;A_iB_i\;</math> est vu du centre <math>\;C\;</math> étant petit, on peut faire l'opération inverse de celle faite au premier paragraphe, c.-à-d. assimiler l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> à un segment choisi perpendiculaire à l'axe optique principal de support <math>\;(CA_i)\;</math> <ref name="justification choix" />, c.-à-d. que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est, à l'ordre un en <math>\;\alpha</math>, linéique transverse ; <center>l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> a donc été établi <u>pour tout objet linéique de pied non proche du centre du dioptre</u>.</center>}} ==== Démonstration de l'aplanétisme approché d'un dioptre sphérique concave convergent pour un objet linéique transverse de pied proche du centre du dioptre et vu du sommet de ce dernier sous un petit angle ==== {{Al|5}}L'objet <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> étant maintenant supposé proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre <math>\;\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, nous considérons l'angle <math>\;\beta</math>, sous lequel il est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)</math> ; la démarche pour établir l'aplanétisme du miroir pour un tel objet nécessite l'utilisation de deux rayons paraxiaux issus de <math>\;M_o</math>, point objet quelconque de <math>\;A_oB_o\;</math> <ref> Le caractère paraxial étant indispensable pour satisfaire au stigmatisme approché du dioptre pour le point objet <math>\;M_o</math>, tous les rayons non paraxiaux issus de <math>\;M_o\;</math> seront arrêtés par un diaphragme centré sur <math>\;S</math> ;<br>{{Al|3}}on vérifie aisément que les rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> sont deux candidats respectant la paraxialité, par contre le rayon incident <math>\;M_oC\;</math> pouvant ne pas l'être car <math>\;A_o\;</math> est proche de <math>\;C</math> <math>\big(</math>et si tel était le cas il serait alors arrêté par le diaphragme centré en <math>\;S\big)</math>, nous ne l'utiliserons pas.</ref> et de montrer que le point image <math>\;M_i</math>, défini comme l'intersection des deux rayons réfractés, a pour projeté, sur l'axe optique principal, le point image <math>\;A_i</math> : * déterminer l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;p_i\;</math> en fonction de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * déterminer la longueur algébrique <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> en fonction de <math>\;\beta\;</math> et de l'abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;p_o</math>, * travaillant dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> <ref> L'axe <math>\;\overrightarrow{Sx}\;</math> étant porté par l'axe optique principal et l'axe <math>\;\overrightarrow{Sy}\;</math> étant porté par la représentation symbolique du dioptre orienté vers le haut, l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> étant lui aussi orienté vers le haut.</ref> déterminer l'équation des rayons incidents <math>\;M_oS\;</math> et <math>\;M_oF_o\;</math> <ref name="définition ε" />, * travaillant dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> déterminer les équations des rayons réfractés, puis leur intersection <math>\;M_i\;</math> ; * vérifier que l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal est égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, puis conclure à l'aplanétisme approché du dioptre sphérique (concave convergent) pour l'objet linéique <math>\;A_oB_o\;</math> de pied proche du centre du dioptre. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - aplanétisme.jpg|thumb|Schéma positionnant un objet linéique transverse de pied proche du centre d'un dioptre sphérique concave convergent pour démontrer l'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet <ref> Sur le schéma ci-dessus la distance focale objet vaut <math>\;\big(</math>avec <math>\;n_o \simeq 1,5\;</math> et <math>\;n_i \simeq 1,0\big)</math> <math>\;f_o = \dfrac{n_o}{n_o - n_i}\;\overline{R} = 3\;\overline{R} = -3\;R</math>, la distance focale image, quant à elle, valant <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o - n_i}\;\overline{R} = -2\;\overline{R} = 2\;R</math>.</ref>]] {{Al|5}}Soit <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o</math>, proche du centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;A_o \simeq C\big)</math>, vu du sommet <math>\;S\;</math> de ce dernier sous un angle <math>\;\beta\;</math> petit <math>\big(</math>c.-à-d. <math>\;\beta \ll 1\big)\;</math> correspondant à la condition de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> précitée ; # on détermine d'abord <math>\;p_i = \overline{SA_i}</math>, l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, image du point objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet <math>\;p_o = \overline{SA_o}</math>, par utilisation de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes du dioptre sphérique (avec origine au sommet) de vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i}</math>, <math>\;f_i = \overline{SF_i}\;</math> étant la distance focale image du dioptre d'où : <center><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i} \Rightarrow \dfrac{1}{p_i} = \dfrac{n_o}{n_i\, p_o} + \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{n_o\, f_i + n_i\, p_o}{n_i\, p_o\, f_i}\;</math> soit <math>\;p_i = p_o\, \dfrac{n_i\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math>.</center> # <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> <math>\;> 0\;</math> avec <math>\;\beta\;</math> non algébrisé <math>\;\ll 1</math>, on en déduit <math>\;\tan(\beta) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math> avec <math>\;\tan(\beta) \simeq \beta\;</math> d'où <center><math>\;\overline{A_oB_o} \simeq -\beta\; p_o</math> ;</center> # dans le repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})</math>, le rayon incident <math>\;M_oS\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = \varepsilon\, \overline{A_oB_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_S}{x_{M_o} - x_S} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o} = -\varepsilon\, \beta\;</math> a pour équation <math>\;y - y_S = -\varepsilon\, \beta \left( x - x_S \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = -\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> issu de <math>\;M_o\;</math> de coordonnées <math>\;(x_{M_o} = p_o\, , \, y_{M_o} = -\varepsilon\, \beta\, p_o)\;</math> et passant par le foyer principal objet du dioptre sphérique <math>\;F_o\;</math> de coordonnées <math>\;\left(x_{F_o} = f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\,f_i\, , \, y_{F_o} = 0\right)\;</math> étant de pente <math>\;\dfrac{y_{M_o} - y_{F_o}}{x_{M_o} - x_{F_o}} =</math> <math>\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, p_o}{p_o + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\,f_i}\;</math> a pour équation <math>\;y - y_{F_o} = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x - x_{F_o} \right)\;</math> soit finalement <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left( x + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right)</math> ;</center> # dans le même repère orthonormé <math>\;(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})\;</math> le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oS\;</math> étant de direction déterminée par la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> (écrite pour de petits angles) est de pente <math>\;-\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\;</math> <ref> En effet le rayon réfracté de pente égale à la tangente de l'angle de réfraction c.-à-d. encore égale à l'angle de réfraction <math>\;i_i\;</math> et le rayon incident étant de pente égale à la tangente de l'angle d'incidence c.-à-d. encore égale à l'angle d'incidence <math>\;i_o</math>, l'utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction (écrite pour de petits angles) conduisant à <math>\;n_i\, i_i = n_o\, i_o\;</math> d'où <math>\;i_i = \dfrac{n_o}{n_i}\, i_o</math>.</ref> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oS\;</math> <center><math>\;y = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x\;</math> <ref name="vérification signes bis" />,</center> {{Transparent|dans le repère orthonormé <math>\;\color{transparent}{(S,\, \overrightarrow{Sx},\, \overrightarrow{Sy})}</math>, }}le rayon réfracté sur le dioptre du rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> étant, à partir du point d'incidence <math>\;I\;</math> sur le dioptre, <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, son équation nécessite de déterminer au préalable l'ordonnée de <math>\;I\;</math> par <math>\;x_{I} = 0\;</math> dans l'équation du rayon incident soit <math>\;y(I) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_i\, p_o}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} \left[ x_I + \dfrac{n_o}{n_i}\,f_i \right) = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> d'où l'équation du rayon réfracté correspondant au rayon incident <math>\;M_oF_o\;</math> <center><math>\;y = \dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'intersection <math>\;M_i\;</math> de ces deux rayons réfractés a pour abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{-\varepsilon\, \beta\, n_o\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i} = -\dfrac{n_o}{n_i}\,\varepsilon\, \beta\, x_{M_i}\;</math> soit <center><math>\;x_{M_i} = \dfrac{n_i\, p_o\, f_i}{n_i\, p_o + n_o\, f_i}\;</math> identique à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du point image <math>\;A_i</math> ;</center> # l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) du projeté de <math>\;M_i\;</math> sur l'axe optique principal étant égale à l'abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) de <math>\;A_i</math>, on conclut à l'<u>aplanétisme approché du dioptre sphérique</u> (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <u>pour tout objet linéique</u> <math>\;A_oB_o\;</math> <u>de pied proche du centre du dioptre</u>.}} ==== Relation de conjugaison (approchée) de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) ==== {{Al|5}}Dès lors qu'un dioptre sphérique est utilisée sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" /> de stigmatisme et d'aplanétisme approchés <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché" />{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" />, l'usage est de représenter ce dioptre sous une forme symbolique dans laquelle figurent l'axe optique principal, le centre <math>\;C</math>, les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i</math>, le sommet <math>\;S\;</math> et la partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal <ref> Cette partie de dioptre perpendiculaire en <math>\;S\;</math> à l'axe optique principal est terminée par des bords inclinés vers la droite pour un dioptre convergent et vers la gauche pour un dioptre divergent.</ref> <center>voir ci-dessous en 1^ère ligne les quatre types de dioptres sphériques et en 2^ème ligne leur représentation symbolique <ref name="Foyers à ajouter" />. <gallery> Dioptre sphérique concave verre - air.jpg| Dioptre sphérique concave air - verre.jpg| Dioptre sphérique convexe verre - air.jpg| Dioptre sphérique convexe air - verre.jpg| </gallery> <gallery> Dioptre sphérique concave convergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave convergent Dioptre sphérique concave divergent - symbole.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique concave divergent Dioptre sphérique convexe divergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe divergent Dioptre sphérique convexe convergent.jpg|Représentation symbolique d'un dioptre sphérique convexe convergent </gallery> </center> [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en S pour un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Sur le schéma ci-contre on a construit l'image linéique transverse <math>\;A_iB_i\;</math> d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> <math>\;\neq S\;</math> et <math>\;\neq C\;</math> en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, l'un passant que le centre <math>\;C\;</math> du dioptre et qui poursuit dans l'espace image réel sans être dévié <ref> En effet le rayon émergent doit être issu du point d'incidence <math>\;I\;</math> du rayon incident et passer par l'image de <math>\;C\;</math> par le dioptre c.-à-d. <math>\;C\;</math> lui-même.</ref>, l'autre passant par le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre et qui se réfracte en obéissant à la 2^ème loi de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" />{{,}} <ref> Attention le sommet <math>\;S\;</math> du dioptre est le seul point d'incidence en lequel on peut appliquer la 2^ème loi de Snell - Descartes en travaillant sur la représentation symbolique du dioptre car c'est le seul point pour lequel la direction de cette représentation symbolique se confond avec la direction réelle du dioptre <math>\big(</math>autrement dit c'est le seul point où la normale réelle est perpendiculaire à la représentation symbolique, par exemple le rayon incident <math>\;B_oC\;</math> qui se confond avec la normale réelle du dioptre en <math>\;I\;</math> n'est pas perpendiculaire à la représentation symbolique du dioptre en <math>\;I\big)</math>.</ref>, le point d'intersection de ces deux rayons émergents étant le point de convergence <math>\;B_i\;</math> de tous les rayons réfractés correspondant à tous les rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> sous conditions de Gauss <ref name="Gauss" />{{,}} <ref> Car le dioptre est stigmatique approché pour <math>\;B_o</math>.</ref> et <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal <ref> Car le dioptre est aplanétique approché pour <math>\;A_oB_o</math>.</ref>. {{Al|5}}En comparant les triangles rectangles <math>\;A_iB_iS\;</math> et <math>\;A_oB_oS</math>, déterminer le grandissement transverse par le dioptre de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math> ; <center>cette relation définit la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour tout objet linéique transverse de pied <math>\;A_o \neq S\;</math> <ref name="forme indéterminée" />, elle caractérise quantitativement la propriété d'aplanétisme approché du miroir sphérique pour l'objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> <ref name="indépendance de la nature dioptre" />.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler"> On rappelle que les angles étant petits, la 2^ème relation de Snell - Descartes de la réfraction se réécrit en omettant les sinus (relation approchée de Kepler).</ref> <ref> Il est déconseillé de choisir ce rayon dans les constructions futures demandées car peu pratique <math>\;\big(</math>l'angle <math>\;i_o\;</math> devant être mesuré puis l'angle <math>\;i_i\;</math> calculé et enfin reporté par rapport à l'axe optique principal<math>\big)</math> ; ici nous l'utilisons dans la démonstration d'où ce choix.</ref>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(i_o)\;</math> et <math>\;\tan(i_i)\;</math> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oS\;</math> et <math>\;A_iB_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(i_o) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, <math>\;i_o\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_oB_o} > 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o} < 0\;</math> <ref> On suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> pour que le triangle <math>\;A_oB_oS\;</math> puisse être défini.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_o \simeq \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}}</math>, * <math>\;\tan(i_i) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math>, <math>\;i_i\;</math> étant <math>\;< 0</math>, <math>\;\overline{A_iB_i} < 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_i} > 0\;</math> <ref> Ayant suppose <math>\;A_o \neq S\;</math> et <math>\;S\;</math> étant un point double on en déduit <math>\;A_i \neq S\;</math> ce qui définit le triangle <math>\;A_iB_iS</math>.</ref>, et comme <math>\;|i|\;</math> est <math>\;\ll 1\;</math> on en déduit <math>\;i_i \simeq \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}</math> ; {{Al|5}}écrivant la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de la réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> pour les petits angles <math>\;n_i\, i_i \simeq n_o\, i_o\;</math> on en déduit : <math>\;n_o\, \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SA_o}} \simeq n_i\, \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au sommet)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq S\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}p_o = \overline{SA_o}\\ p_i = \overline{SA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;p_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;p_i = f_i\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;p_o = f_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = C\;</math> <ref> Le dioptre sphérique n'est stigmatique rigoureux que pour le pied <math>\;C\;</math> de l'objet linéique, pour tous les autres points objets constituant ce dernier on suppose le stigmatisme approché du dioptre c.-à-d. l'utilisation de rayons incidents issus de <math>\;M_o\; (\neq C)\; \in A_oB_o\;</math> paraxiaux <math>\big(</math>ce qui peut être réalisé en pratique avec un diaphragme centré en <math>\;S\;</math> collé contre le dioptre<math>\big)</math>.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\beta\;</math> sous lequel l'objet est vu du sommet <math>\;S</math>, petit <math>\;\big(\beta \ll 1\big)</math>, * vérifier, par construction de l'image <math>\;A_iB_i</math> et utilisation de la 2^ème relation de Snell - Descartes <ref name="Snell - Descartes" /> de réfraction <ref name="2ème loi de Snell - Descartes de la réfraction" /> dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss" />, qu'elle est se superpose à <math>\;A_oB_o\;</math> avec un cœfficient d'agrandissement dépendant du rapport des indices des espaces objet et image, * en déduire l'applicabilité de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = C</math>. {{Al|5}}Considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o = S\;</math> <ref> L'objet, collé contre le dioptre sphérique, de pied <math>\;A_o = S</math>, l'axe optique principal ayant pour support <math>\;(CA_o)</math>, ne peut être rigoureusement linéique (c.-à-d. rectiligne) car il suit la courbure du dioptre mais, s'il est vu de <math>\;C\;</math> sous un petit angle non algébrisé <math>\;\alpha</math>, on peut confondre l'arc de cercle de centre <math>\;C\;</math> et le segment correspondant lui étant tangent à l'ordre un <math>\;\alpha</math>, raison pour laquelle l'objet est qualifié de « linéique transverse » ; <br>{{Al|3}}le dioptre sphérique est stigmatique rigoureux que pour les points de l'objet linéique car tous ces points, étant sur le dioptre, jouent le rôle de sommet (secondaire) pour lequel le dioptre est stigmatique rigoureux.</ref> et la condition d'aplanétisme approché du dioptre pour cet objet c.-à-d. l'angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> sous lequel l'objet est vu du centre <math>\;C</math>, petit <math>\;\big(\alpha \ll 1\big)\;</math> <ref> Qui est aussi la condition pour que l'objet collé sur le dioptre puisse être considéré comme linéique.</ref>, * vérifier que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose à <math>\;A_oB_o</math>, le caractère linéique transverse de l'objet entraînant celui de l'image et * en déduire la valeur du grandissement transverse <math>\;G_t(S)\;</math> pour un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o = S</math>. {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - grandissement transverse au centre.jpg|thumb|Construction de l'image d'un objet linéique transverse de pied au centre d'un dioptre sphérique concave convergent]] {{Al|5}}Le centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique concave convergent ci-contre en étant un point double conjugué rigoureux, un objet linéique transverse <math>\;CB_o\;</math> a pour image, par le dioptre, une image linéique transverse de pied <math>\;C</math>, notée <math>\;CB_i</math> ; pour construire cette dernière il suffit de choisir pour rayon incident issu de <math>\;B_o</math>, le rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui se propage dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, le point image <math>\;B_i\;</math> étant alors l'intersection de ce rayon émergent avec le plan transverse passant par <math>\;C</math> ; on vérifierait graphiquement que <center> <math>\;\overline{CB_i} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \overline{CB_o}\;</math> et par suite <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math> ;</center> {{Al|5}}l'application de la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) nous conduit à <math>\;G_t(C) =</math> <math>\dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\overline{SC}}{\overline{SC}}</math>, soit effectivement <math>\;G_t(C) = \dfrac{n_o}{n_i}</math>. {{Al|5}}Tous les points du dioptre sphérique étant des points doubles de ce dernier <ref> Chaque point du dioptre jouant le rôle de sommet pour l'axe optique principal passant par ce point, c'est effectivement un point double.</ref>, un objet collé sur le dioptre est donc sa propre image ; dans la mesure où l'objet est de petite taille, on peut négliger sa courbure et le considérer comme linéique transverse, son image étant alors également linéique transverse ; comme <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SA_o}\;</math> on en déduit, par définition, <math>\;G_t(S) = +1\;</math>.}} ==== Construction de l'image par un dioptre sphérique d'un objet linéique transverse ==== {{Al|5}}<u>Définitions préliminaires</u> : On appelle plan focal objet le plan transverse passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}plan focal image le plan transverse passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math> ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle axe optique secondaire tout axe passant par le centre <math>\;C</math> du dioptre, il possède une partie incidence contenue dans l'espace objet réel se prolongeant sans être dévié pour donner sa partie émergente contenue dans l'espace image réelle ; {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : }}on appelle foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal objet et {{Al|5}}{{Transparent|Définitions préliminaires : On appelle }}foyer secondaire image <math>\;\varphi_i\;</math> associé à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> l'intersection de cet axe optique secondaire avec le plan focal image. {{Al|5}}<u>Propriétés</u> : Justifier les propriétés des foyers secondaires objet et image associés à un axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : # le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour image le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)\big]</math>, # le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> admet pour antécédent le point à l'infini de l'axe optique secondaire <math>\;\big[</math>soit <math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)\big]</math>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}<u>Propriétés des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire</u> : # foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet linéique transverse contenu dans le plan focal objet et de pied <math>\;F_o</math>, objet noté <math>\;F_o\varphi_o(\delta)</math>, <math>\;F_o\;</math> ayant pour image le point à l'infini <math>\;A_{i,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et l'image étant linéique transverse, le point <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> a une image également située à l'infini sur l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon incident issu de <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> se prolonge dans l'espace image sans déviation, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement <math>\;\varphi_o(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; B_{i,\, \infty}(\delta)</math>,</center> # foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> associé à l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math> : considérons un objet dont l'image associée est contenue dans le plan focal image et de pied <math>\;F_i</math>, image notée <math>\;F_i\varphi_i(\delta)</math>, <math>\;F_i\;</math> ayant pour antécédent le point à l'infini <math>\;A_{o,\, \infty}\;</math> de l'axe optique principal et le dioptre étant aplanétique, le point <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> a un antécédent également situé à l'infini sur la partie incidente de l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)\;</math> <ref> En effet le rayon émergent issu de <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> et passant par <math>\;C\;</math> est le prolongement d'un rayon incident sans changement de direction, les parties incidente et émergente constituant l'axe optique secondaire de support <math>\;(\delta)</math>.</ref>, <center>soit effectivement<math>\;B_{i,\, \infty}(\delta)\; \stackrel{\mathcal{D}}{\longrightarrow}\; \varphi_i(\delta)</math>.</center>}} {{Al|5}}Considérant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> réel, de pied <math>\;A_o\;</math> séparé du sommet <math>\;S\;</math> d'un dioptre sphérique concave convergent d'une distance supérieure au rayon non algébrisé du dioptre <ref> Pour la construction on prendra <math>\;n_o = 1,5\;</math> (indice du verre) et <math>\;n_i = 1,0\;</math> (indice de l'air).</ref>, construire son image <math>\;A_iB_i\;</math> par le dioptre de deux façons différentes : # en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> <math>\big[</math>choisis parmi les trois suivants : passant par <math>\;C</math>, passant par <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<math>\big]</math>, # en considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> <ref name="un seul rayon incident suffit" /> <math>\big[</math>choisi parmi les deux suivants : passant par <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> ou <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\big]</math>. {{Al|5}}Refaire les constructions précédentes avec un miroir concave divergent (obtenu en permutant les espaces objet et image). {{Solution|contenu = [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal]] # En considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> choisis parmi les trois suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;C\;</math> et se prolongeant sans déviation, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par <math>\;F_o\;</math> foyer principal objet et émergeant dans l'espace image parallèlement à l'axe optique principal, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal et émergeant dans l'espace image en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;B_i\;</math> étant à l'intersection des deux rayons réfractés correspondant aux deux rayons incidents choisis, <math>\;A_i\;</math> s'obtenant en projetant orthogonalement <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{clr}} [[File:Dioptre sphérique concave convergent - construction image - bis.jpg|thumb|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave convergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire]] # En considérant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> choisis parmi les deux suivants (voir schéma ci-contre) : <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>passant par un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection du rayon incident et du plan focal objet<math>\big]\;</math> et émergeant parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> <math>\big[</math>c.-à-d., pour la partie incidente <math>\;C\varphi_o(\delta)</math>, la partie réfractée en étant le prolongement sans déviation<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math><math>\;\parallel\;</math> à un axe optique secondaire a priori quelconque <math>\;(\delta)\;</math> et émergeant en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_i(\delta)\;</math> <math>\big[</math>point d'intersection de l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> et du plan focal image<math>\big]</math>, <br>{{Al|3}}<math>\;\succ\;</math>l'image <math>\;A_i\;</math> étant à l'intersection d'un des rayons réfractés correspondant au rayon incident choisi et de l'axe optique principal, <math>\;B_i\;</math> s'obtenant comme intersection de l'axe optique secondaire passant par <math>\;B_o\;</math> et du plan transverse passant par <math>\;A_i</math>. {{clr}} {{Al|5}}Ci-dessous les constructions refaites sur un dioptre sphérique concave divergent, en considérant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> à gauche puis en utilisant un rayon incident issu de <math>\;A_o\;</math> et la notion de foyers secondaires objet ou image à droite : <center> <gallery> Dioptre sphérique concave divergent - construction image.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant deux des trois rayons incidents issus de B_o : passant par C, passant par F_o ou parallèle à l'axe optique principal Dioptre sphérique concave divergent - construction image - bis.jpg|Construction de l'image par un dioptre sphérique concave divergent d'un objet linéique transverse A_oB_o utilisant un des deux incidents issus de A_o : passant par un foyer secondaire objet ou parallèle à un axe optique secondaire </gallery> </center>}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) sous conditions de Gauss === ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}On repère maintenant les points objet <math>\;A_o\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> relativement au centre <math>\;C\;</math> du dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}</math> ; {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\overline{CA_i}} - \dfrac{n_i}{\overline{CA_o}} = V\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" /> ou <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> vergence du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Descartes (origine au centre) utilisent <math>\;C\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> ou un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Descartes (avec origine au centre) du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\pi_o = \overline{CA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SC} + \overline{CA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = \overline{R} + \pi_o\;</math> et * l'abscisse image de Descartes (avec origine au centre) du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\pi_i = \overline{CA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SC} + \overline{CA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = \overline{R} + \pi_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au centre) en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{-(n_i - n_o)}{\overline{R}}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\pi_i + \overline{R}} - \dfrac{n_o}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i\,(\pi_o + \overline{R}) - n_o\, (\pi_i + \overline{R})}{(\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R})} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;-(n_o - n_i)\, (\pi_i + \overline{R})\, (\pi_o + \overline{R}) = [n_i\, \pi_o - n_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}]\, \overline{R}\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_o - (n_o - n_i)\, \overline{R}\, \pi_i - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2 = n_i\, \pi_o\, \overline{R} - n_o\, \pi_i\, \overline{R} - (n_o - n_i)\, \overline{R}^2\;</math> soit, après simplification <math>\;-(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i - n_o\, \overline{R}\, \pi_o + n_i\, \overline{R}\, \pi_i = 0\;</math> ou <math>\;n_o\, \overline{R}\, \pi_o - n_i\, \overline{R}\, \pi_i = -(n_o - n_i)\, \pi_o\, \pi_i\;</math> et enfin, en divisant les deux membres de l'équation par <math>\;\pi_o\, \pi_i\, \overline{R}\;</math> <ref name="C.N." /> <math>\;\big(</math>la raison en étant que l'on cherche à établir une équation faisant intervenir des inverses de longueur à partir d'une équation comportant des produits de deux longueurs<math>\big)\;</math> <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = V\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} = V</math>.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> vergence du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse.jpg|thumb|Schéma de démonstration de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes avec origine en C pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) ==== {{Al|5}}à partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au centre) <ref name="Applicabilité relation de Descartes origine en C" />. {{Al|5}}En utilisant le schéma ci-contre vérifier directement cette relation. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \pi_o + \overline{R} \\ p_i = \pi_i + \overline{R} \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\pi_i + \overline{R}}{\pi_o + \overline{R}} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}\left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_i} \right)}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}} \left( \dfrac{1}{\overline{R}} + \dfrac{1}{\pi_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître des inverses de longueur comme celles de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{n_o}{\pi_i} - \dfrac{n_i}{\pi_o} = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}} \Leftrightarrow \dfrac{n_o}{\pi_i} + \dfrac{n_o}{\overline{R}} = \dfrac{n_i}{\pi_o} + \dfrac{n_i}{\overline{R}}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\dfrac{\pi_i}{\overline{R}}}{\dfrac{\pi_o}{\overline{R}}}</math> ; la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au centre)</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le centre du dioptre ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au centre) est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\pi_o = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> et <math>\;\pi_i = \overline{CS} = -\overline{R}\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = 1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons émergents correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;C\;</math> qui est transmis sans déviation et le 2^ème de point d'incidence <math>\;S\;</math> qui se réfracte en <math>\;S\;</math> suivant une direction faisant l'angle <math>\;i_i\;</math> par rapport à l'axe optique principal, la direction du rayon incident, quant à elle, faisant l'angle <math>\;i_o\;</math> par rapport à l'axe optique principal telle que <math>n_i\,i_i = n_o\, i_o\;</math> <ref name="relation de Kepler" />, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oC\;</math> et <math>\;A_iB_iC\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o}) = -\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_o} < 0\;</math> <ref name="hors centre" />, * <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{CA_i} > 0\;</math> <ref name="hors centre bis" /> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oCA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{B_iCA_i})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{CA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{CA_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> d'où <center>la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Descartes (avec origine au centre)</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{CA_i}}{\overline{CA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\pi_i}{\pi_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq C\big)\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\pi_o = \overline{CA_o}\\ \pi_i = \overline{CA_i} \end{array}\right\rbrace</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\pi_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\pi_i = f_i - \overline{R}\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\pi_o = f_o - \overline{R}\;</math> et <math>\;p_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Newton sous conditions de Gauss === {{Al|5}}On repère maintenant le point objet <math>\;A_o\;</math> relativement au foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> du dioptre sphérique et le point image <math>\;A_i\;</math> relativement au foyer principal image <math>\;F_i\;</math> du même dioptre sphérique en définissant * l'abscisse objet de Newton de <math>\;A_o\;</math> par <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et * l'abscisse image de Newton de <math>\;A_i\;</math> par <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>. ==== Relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir que la relation de conjugaison de position (ou 1^ère relation de conjugaison) de Newton s'écrit <center><math>\; \overline{F_iA_i}\; \overline{F_oA_o} = \overline{SF_i}\; \overline{SF_o}\;</math> <ref name="Applicabilité relation de Newton" /> ou <math>\;\sigma_i \; \sigma_o = f_i\; f_o\;</math> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille"> On retrouve la forme commune vue pour un miroir sphérique et qui sera établie au chapitre suivant pour une lentille mince <math>\;\big(</math>à condition que les deux formes de la 2^ème relation de conjugaison de Newton soient explicitées uniquement en fonction des abscisses objets ou des abscisses images et non simultanément des deux<math>\big)</math>.</ref> avec <math>\;f_i\;</math> et <math>\;f_o\;</math> distances focales image et objet du dioptre.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Les relations de conjugaison de Newton utilisent <math>\;F_o\;</math> comme origine pour repérer un point objet <math>\;A_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> comme origine pour repérer un point image <math>\;A_i\;</math> sur l'axe optique principal : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> notée <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> est liée à son abscisse objet de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_o =</math> <math>\overline{SA_o}\;</math> par <math>\;\overline{SA_o} = \overline{SF_o} + \overline{F_oA_o}\;</math> ou <math>\;p_o = f_o + \sigma_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i + \sigma_o\;</math> <ref name="vergence dioptre"> On rappelle la vergence <math>\;V = \dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}\;</math> d'où <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math>.</ref> et * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> notée <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}\;</math> est liée à son abscisse image de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;p_i =</math> <math>\overline{SA_i}\;</math> par <math>\;\overline{SA_i} = \overline{SF_i} + \overline{F_iA_i}\;</math> ou <math>\;p_i = f_i + \sigma_i</math> ; {{Al|5}}on obtient la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Newton en reportant les changements d'origine des abscisses objet et image de Descartes précédemment définis, dans la 1^ère relation de conjugaison (approchée) de position de Descartes <math>\big(</math>avec origine en <math>\;S\big)</math> <math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> <ref> On rappelle que cette relation est applicable en tout point objet autre que le sommet, la vergence <math>\;V\;</math> valant <math>\;\dfrac{n_i}{f_i} = -\dfrac{n_o}{f_o}</math>.</ref> soit <math>\;\dfrac{n_i}{\sigma_i + f_i} - \dfrac{n_o}{\sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_i \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right) - n_o\, (\sigma_i + f_i)}{(\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)} = \dfrac{n_i}{f_i}\;</math> et, en égalant le produit des extrêmes et celui des moyens <ref name="produits des extrêmes et des moyens" /> <math>\;n_i\, (\sigma_i + f_i) \left( \sigma_o - \dfrac{n_o}{n_i}\, f_i \right)</math> <math>= (n_i\, \sigma_o - n_o\, \sigma_i - 2\, n_o\, f_i)\, f_i\;</math> ou, en développant chaque membre <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i + n_i\, f_i\, \sigma_o - n_o\, f_i\, \sigma_i - n_o\, f_i^2 =</math> <math>n_i\, \sigma_o\, f_i - n_o\, \sigma_i\, f_i - 2\, n_o\, f_i^2\;</math> soit, après simplification <math>\;n_i\, \sigma_o\, \sigma_i = -n_o\, f_i^2\;</math> et enfin, sachant que <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\, f_i</math> <ref> On remplacera une seule fois <math>\;n_o\, f_i\;</math> par <math>\;-n_i\, f_o\;</math> pour obtenir une forme symétrique de la relation puis on simplifiera l'équation obtenue par <math>\;n_i</math>.</ref>, <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> ; la <u>1^ère relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center> <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i\;</math> <ref> Applicable en tout point objet autre que le foyer principal objet du dioptre <math>\;\big(</math> en effet si <math>\;A_o\;</math> est en <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_i\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal et on obtient une forme indéterminée avec <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> valant <math>\;\infty\big)</math> ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de position de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que la relation de conjugaison de position de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\;</math> d'où <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_o\, f_i</math>.</ref> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> <br>avec <math>\;f_i = -\dfrac{n_i}{n_o}\,f_o = -\dfrac{(n_o - n_i)}{n_i}\,\overline{R}\;</math> distance focale image du dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \sigma_o = \overline{F_oA_o}\\ \sigma_i = \overline{F_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</center>}} [[File:Dioptre sphérique - grandissement transverse Newton.jpg|thumb|Schéma de démonstration des deux formes de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton ==== {{Al|5}}À partir de la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Descartes (avec origine au sommet) et par changement d'origine, établir la relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2^ème relation de conjugaison) de Newton <ref name="deux formes de grandissement transverse de Newton" /> <ref name="Applicabilité relation de Newton" />. {{clr}} {{Solution|contenu ={{Al|5}}La démonstration se fait en partant de la 2^ème relation de conjugaison (approchée) de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse origine au sommet" /> et en faisant le changement d'origines déjà exposé <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \sigma_o + f_o \\ p_i = \sigma_i + f_i \end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i + f_i}{\sigma_o + f_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i \left( 1 + \dfrac{f_i}{\sigma_i} \right)}{f_o \left( 1 + \dfrac{\sigma_o}{f_o} \right)}\;</math> <ref> Le but de cette opération étant de faire apparaître, au numérateur et au dénominateur, deux grandeurs égales découlant de la 1^ère relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_o\, \sigma_i = f_i\, f_o \Leftrightarrow \dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> ou encore <math>\;1 + \dfrac{\sigma_i}{f_i} = 1 + \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> d'où la simplification suivante.</ref> ou <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{\sigma_i}{f_o} =</math> <math>-\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="vergence dioptre" /> ; la 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> s'écrit <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton dioptre"> Applicable en tout point objet ;<br>{{Al|3}}bien que la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) qui a été utilisée au départ ne soit pas applicable au sommet du dioptre, on vérifie aisément que cette forme de relation de conjugaison de grandissement transverse de Newton est applicable en <math>\;A_o = S\;</math> en effet <math>\;\sigma_o = \overline{F_oS} = -f_o\;</math> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;\sigma_i = \overline{F_iS} = -f_i\big)\;</math> d'où <math>\;G_t(A_o) = +1\;</math>.</ref> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}comme la 1^ère relation de conjugaison de Newton s'écrivant <math>\;\sigma_i\, \sigma_o = f_i\, f_o\;</math> est équivalente à <math>\;\dfrac{\sigma_i}{f_i} = \dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> on en déduit aisément la 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison (approchée) de Newton</u> <center><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <ref name="applicabilité grandissement transverse de Newton" /> <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <ref name="Forme commune avec miroir et lentille" /> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}Ayant construit l'image <math>\;A_iB_i\;</math> de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> en positionnant <math>\;B_i\;</math> comme intersection des rayons réfractés correspondants à deux rayons incidents issus de <math>\;B_o</math>, le 1^er passant par <math>\;F_o\;</math> qui émerge en <math>\;K\;</math> parallèlement à l'axe optique principal et le 2^ème parallèle à l'axe optique principal qui se réfracte en <math>\;H\;</math> en passant par <math>\;F_i</math>, le point <math>\;A_i\;</math> étant le projeté orthogonal du point <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal ; {{Al|5}}le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_iB_iF_i\;</math> et <math>\;HF_iS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}}</math>, <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_iA_i} < 0\;</math> <ref name="hors foyer bis" />, * <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{SH}}{\overline{SF_i}}</math>, <math>\;\overline{SH}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SH} = \overline{A_oB_o}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{HF_iS}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_iF_iA_i})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{HF_iS})</math>, on en déduit : <math>\;-\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{F_iA_i}} = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> d'où <center>une 1^ère forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{F_iA_i}}{\overline{SF_i}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq A_{o,\,\infty}\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>.</center> {{Al|5}}de même le grandissement transverse étant défini par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}</math>, on le déterminera en exprimant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})\;</math> <ref name="Angles non algébrisés" /> respectivement dans les triangles rectangles <math>\;A_oB_oF_o\;</math> et <math>\;KF_oS\;</math> soit : * <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o}) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}}</math>, <math>\;\overline{A_oB_o}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{F_oA_o} > 0\;</math> <ref name="hors foyer" />, * <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{SK}}{\overline{SF_o}}</math>, <math>\;\overline{SK}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SF_o} < 0\;</math> ou, comme <math>\;\overline{SK} = \overline{A_iB_i}\;</math> on en déduit <math>\;\tan(\widehat{KF_oS}) = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}</math> ; {{Al|5}}égalant <math>\;\tan(\widehat{B_oF_oA_o})\;</math> et <math>\;\tan(\widehat{KF_oS})</math>, on en déduit : <math>\;\dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{F_oA_o}} = -\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{SF_o}}\;</math> ou encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> d'où <center>une 2^ème forme de la <u>2^ème relation de conjugaison</u> (approchée) [ou <u>relation de conjugaison</u> (approchée) <u>de grandissement transverse</u>] <u>de Newton</u> d'un dioptre sphérique (concave convergent) <ref name="indépendance de la nature dioptre" /> <br><math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\overline{SF_o}}{\overline{F_oA_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\;</math> <math>\;\big(</math>nécessitant <math>\;A_o \neq F_o\big)\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>.</center> {{Al|5}}<u>Remarques</u> : si <math>\;A_o\;</math> est le point à l'infini de l'axe optique principal, <math>\;\sigma_o\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> et <math>\;\sigma_i = 0\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du point à l'infini de l'axe optique principal étant le foyer principal image <math>\;F_i\big)\;</math> donnant un grandissement transverse nul, {{Al|5}}{{Transparent|Remarques : }}si <math>\;A_o\;</math> est le foyer principal objet, <math>\;\sigma_o = 0\;</math> et <math>\;\sigma_i\;</math> vaut <math>\;\infty\;</math> <math>\;\big(</math>l'image du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> étant le point à l'infini de l'axe optique principal<math>\big)\;</math> donnant un grandissement transverse infini.}} === Relations de Lagrange - Helmholtz sous conditions de Gauss === [[File:Dioptre sphérique - grandissement angulaire.jpg|thumb|Schéma de détermination du grandissement angulaire en repérage de Descartes (avec origine en S) pour un dioptre sphérique concave convergent]] ==== Expression de Descartes (avec origine au sommet) du grandissement angulaire d'un pinceau incident issu d'un point objet ==== {{Al|5}}On rappelle que le grandissement angulaire d'un pinceau lumineux incident issu d'un point objet <math>\;A_o\;</math>, de direction faisant un angle <math>\;\theta_o\;</math> avec l'axe optique principal, le pinceau se réfractant sur le dioptre en convergeant vers le point image <math>\;A_i\;</math>, avec une direction faisant un angle <math>\;\theta_i\;</math> avec l'axe optique principal, est défini selon <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> <ref name="Angles petits" /> ; {{Al|5}}en utilisant le schéma ci-contre, établir l'expression du grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o}\;</math> en fonction des abscisses objet et image de Descartes (avec origine au sommet), respectivement <math>\;p_o = \overline{SA_o}\;</math> et <math>\;p_i = \overline{SA_i}\;</math> <ref> L'expression du grandissement angulaire a été établie en utilisant un dioptre sphérique concave convergent mais elle reste applicable pour un dioptre sphérique des trois autres types.</ref>. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On détermine le grandissement angulaire par évaluation de <math>\;\tan(\theta_o)\;</math> et <math>\;\tan(\theta_i)</math>, <math>\big(\theta_o\;</math> <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\;</math> sur la figure ci-dessus<math>\big)</math> respectivement dans les triangles <math>\;A_oIS\;</math> et <math>\;A_iIS\;</math> soit : * dans le triangle <math>\;A_oIS</math>, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_o}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0\;</math> et <math>\;\overline{SA_o}_{\rightarrow} < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_o) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_o| \ll 1</math>, <math>\;\theta_o \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_o}</math> ; * dans le triangle <math>\;A_iIS</math>, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{\overline{SA_i}}\;</math> <math>\big[\overline{SI}\;</math> étant <math>\;> 0</math>, <math>\;\overline{SA_i}_{\leftarrow} > 0\;</math> et <math>\;\theta_i < 0\big]\;</math> ou, <math>\;\tan(\theta_i) = -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}\;</math> soit, avec <math>\;|\theta_i| \ll 1</math>, <math>\;\theta_i \simeq -\dfrac{\overline{SI}}{p_i}</math> ; {{Al|5}}on en déduit <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{\dfrac{-\overline{SI}}{p_i}}{-\dfrac{\overline{SI}}{p_o}}\;</math> soit, en simplifiant par <math>\;\overline{SI}</math>, l'expression souhaitée du <center>grandissement angulaire <math>\;G_a(A_o) = \dfrac{\theta_i}{\theta_o} \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>.</center>}} ==== Établissement de la relation de Lagrange - Helmholtz ==== {{Al|5}}Á l'aide des relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes (avec origine au sommet) et de l'expression du grandissement angulaire dans le même repérage, vérifier la relation de Lagrange - Helmholtz <center> <math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre"> Cette relation est la même que celle que l'on trouvera dans le chapitre suivant sur les lentilles minces, dans le cas usuel d'une lentille mince l'espace image étant de même indice que l'espace objet</ref>.</center> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Connaissant le grandissement transversal donné par la 2^ème relation de conjugaison de Descartes (avec origine au sommet) <math>\;G_t(A_o) \simeq \dfrac{n_o}{n_i}\, \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> et l'expression du grandissement angulaire précédemment trouvée <math>\;G_a(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i}</math>, on en déduit le lien entre grandissements angulaire et transversal indépendant de la position du point objet <math>\;A_o</math>, <math>\;G_a(A_o)\; G_t(A_o) \simeq \dfrac{p_o}{p_i} \times \dfrac{n_o}{n_i}\; \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{n_o}{n_i}\;</math> soit finalement <center><math>\;\dfrac{n_i}{n_o}\; G_t(A_o)\; G_a(A_o) = 1\;</math> ce qui constitue la relation de Lagrange - Helmholtz cherchée <ref name="Lagrange - Helmholtz dioptre" />.</center>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : miroir plan/]] | suivant = [[../Optique géométrique : lentilles minces/]] }} peztfocm8iyu5ggtrw4sc7s36j3ogkm 104 75146 880967 880955 2022-07-30T21:01:37Z Mekkiwik 5298 /* fps données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; fin;;CDS;1396013;1397368;;0; deb;;CDS;1409912;1410577;55;*; ;;misc_RNA;1410633;1410766;-113;*; fin;;CDS;1410654;1411628;;; deb;comp;CDS;1423241;1424434;92;*; ;comp;misc_RNA;1424527;1424683;83;*; fin;comp;CDS;1424767;1425546;;0; deb;;CDS;1425641;1426837;38;*; ;;misc_RNA;1426876;1426976;84;*; fin;;CDS;1427061;1428278;;; deb;;CDS;1438092;1439135;138;*; ;;misc_RNA;1439274;1439318;129;*; fin;;CDS;1439448;1440107;;; deb;;CDS;1456092;1456958;46;*; ;;misc_RNA;1457005;1457156;30;*; fin;;CDS;1457187;1459286;;; deb;;CDS;1482248;1483471;85;*; ;;misc_RNA;1483557;1483640;476;*; fin;;CDS;1484117;1484356;;; deb;comp;CDS;1533327;1533701;368;*; ;;misc_RNA;1534070;1534280;-161;*; fin;;CDS;1534120;1534239;;0; deb;;CDS;1568924;1569196;2;*; ;;misc_RNA;1569199;1569319;199;*; fin;;CDS;1569519;1570073;;; deb;;CDS;1606560;1607354;12;*; ;;misc_RNA;1607367;1607468;87;*; fin;;CDS;1607556;1608836;;; deb;;CDS;1612521;1613015;62;*; ;;misc_RNA;1613078;1613304;52;*; fin;;CDS;1613357;1616122;;; deb;;CDS;1617210;1618121;39;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;30;0;18;30;-1;2;172;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2823;total;1382;2823;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;30;3605;;;-50;0;11;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5092;216;;reste;5;1;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0 90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7 100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46 110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1 120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9 130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34 140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0 150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0 160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24 170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0 180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2 190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19 200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0 210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0 220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9 230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0 240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2 250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5 260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0 270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0 280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7 290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0 300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1 310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5 320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0 330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0 340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2 350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0 360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3 380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0 390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0 400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0 reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac 34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa 28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac ;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac ;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;; ;;;;;;;;;;;50;;;; ;;;;;;;;;;;167;;;; ;;;;;;;;;;;898;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;; ;;;;;;;;;;;481;;;; ;;;;;;;;;;;65;;;; ;;;;;;;;;;;437;;;; ;;;;;;;;;;;124;;;; ;;;;;;;;;;;100;;;; ;;;;;;;;;;;374;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> nfmvv5d13ujcdiedqxli1gu4h3nm24g 880969 880967 2022-07-30T21:55:57Z Mekkiwik 5298 /* npu données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;30;0;18;30;-1;2;172;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2823;total;1382;2823;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;30;3605;;;-50;0;11;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5092;216;;reste;5;1;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;40;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> fyx94l3lrk9yv3t0g11zp3ssirxuojn 880980 880969 2022-07-31T05:31:45Z Mekkiwik 5298 /* pmg données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;30;0;18;30;-1;2;172;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc 46;58;total;1382;2823;total;1382;2823;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg ;c;2793;782;30;3605;;;-50;0;11;1537;;35;;aaa;**;;ctg ;;;;;5092;216;;reste;5;1;588;;2;;gta;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;; ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;; ;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6 110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0 120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2 130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3 140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0 150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0 160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1 170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0 180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0 190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0 200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0 210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2 220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3 230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0 240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0 250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0 260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0 270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0 280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0 290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0 300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0 310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0 320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0 330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0 340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0 350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0 360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0 370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1 380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0 390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0 400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1 reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 7q5vh23wgxie2tjkk6gytnr9yoib087 880983 880980 2022-07-31T07:23:50Z Mekkiwik 5298 /* ecoN données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;33;;tac 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;tac ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;4;;gtc 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;**;;gtc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;4;;gtc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;**;;gtc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;12;;tta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;53;;tgc 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;**;;ggc 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;39;;gcc 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;gcc ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;43;;gta 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;46;;gta 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;4;;gta 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;**;;aaa ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;63;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;62;;cgt 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;62;;cgt 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;64;;cgt 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;3;;cgt ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;**;;agc 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;33;;atgf ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;33;;atgf 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;**;;atgf ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;58;;cgg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;20;;cac ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;42;;ctg 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;**;;cca 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;8;;aca 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;116;;tac 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;6;;gga ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;**;;acc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;36;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;35;;ggc 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;**;;ggc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;34;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;28;;ctg ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;**;;ctg 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;39;;gcc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;39;;gcc 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;**;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;44;;gta ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gta ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;28;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;ctg ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;tRNA tRNA;;contig ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;8;;gac ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;**;;tgg ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;1472;;gaa ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;42;;atc ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;2351;;atc ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;**;;gaa ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;42;;gca ;;;;;;;;;;;63;;;;;**;;atc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;; 12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 8miq852yuqg8lx8xpvmlejxvk15llqp 880987 880983 2022-07-31T08:51:52Z Mekkiwik 5298 /* vha1 données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;33;;tac 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;tac ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;4;;gtc 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;**;;gtc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;4;;gtc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;**;;gtc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;12;;tta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;53;;tgc 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;**;;ggc 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;39;;gcc 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;gcc ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;43;;gta 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;46;;gta 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;4;;gta 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;**;;aaa ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;63;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;62;;cgt 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;62;;cgt 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;64;;cgt 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;3;;cgt ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;**;;agc 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;33;;atgf ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;33;;atgf 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;**;;atgf ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;58;;cgg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;20;;cac ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;42;;ctg 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;**;;cca 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;8;;aca 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;116;;tac 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;6;;gga ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;**;;acc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;36;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;35;;ggc 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;**;;ggc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;34;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;28;;ctg ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;**;;ctg 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;39;;gcc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;39;;gcc 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;**;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;44;;gta ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gta ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;28;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;ctg ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;tRNA tRNA;;contig ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;8;;gac ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;**;;tgg ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;1472;;gaa ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;42;;atc ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;2351;;atc ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;**;;gaa ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;42;;gca ;;;;;;;;;;;63;;;;;**;;atc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2* 2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;52;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;149;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;tRNA tRNA;;intra ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;; 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;; ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9 110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0 120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0 130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10 140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0 150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1 160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7 170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0 180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2 190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1 200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0 210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0 220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0 230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0 240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0 250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1 260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0 270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1 280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0 290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0 300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1 310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0 320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0 330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0 340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0 350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0 360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0 370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0 380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0 390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0 400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0 reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6 110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0 120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2 130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3 140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0 150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0 160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1 170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0 180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0 190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0 200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0 210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2 220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3 230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0 240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0 250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0 260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0 270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0 280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0 290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0 300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0 310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0 320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0 330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0 340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0 350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0 360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0 370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1 380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0 390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0 400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1 reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> jh85n9157zfwww6kr8c7atdln9qh0z5 880995 880987 2022-07-31T10:08:14Z Mekkiwik 5298 /* pub données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;33;;tac 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;tac ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;4;;gtc 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;**;;gtc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;4;;gtc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;**;;gtc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;12;;tta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;53;;tgc 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;**;;ggc 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;39;;gcc 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;gcc ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;43;;gta 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;46;;gta 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;4;;gta 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;**;;aaa ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;63;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;62;;cgt 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;62;;cgt 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;64;;cgt 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;3;;cgt ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;**;;agc 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;33;;atgf ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;33;;atgf 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;**;;atgf ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;58;;cgg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;20;;cac ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;42;;ctg 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;**;;cca 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;8;;aca 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;116;;tac 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;6;;gga ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;**;;acc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;36;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;35;;ggc 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;**;;ggc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;34;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;28;;ctg ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;**;;ctg 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;39;;gcc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;39;;gcc 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;**;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;44;;gta ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gta ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;28;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;ctg ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;tRNA tRNA;;contig ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;8;;gac ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;**;;tgg ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;1472;;gaa ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;42;;atc ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;2351;;atc ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;**;;gaa ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;42;;gca ;;;;;;;;;;;63;;;;;**;;atc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2* 2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;; 12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;CDS 5s;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;; ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;; 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18 110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0 120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2 130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9 140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0 150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1 160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10 170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0 180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1 190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5 200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0 210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1 220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3 230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0 240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1 250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1 260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0 270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1 280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1 290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0 300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1 310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2 320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0 330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0 340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2 350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0 360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0 370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2 380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0 390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0 400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1 reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0 90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3 100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34 110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0 120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1 130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24 140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0 150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1 160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16 170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0 180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1 190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12 200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0 210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1 220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6 230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0 240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1 250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4 260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0 270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0 280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1 290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0 300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1 310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1 320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0 330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0 340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2 350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0 360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0 370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2 380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0 390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0 400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0 reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 4s4cxs44azzrl6u4m5m50gp91cc20ya 880996 880995 2022-07-31T11:34:11Z Mekkiwik 5298 /* psor données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;17;;cac 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;12;;ttc 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;11;;gac 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig ;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa ;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc ;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac ;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac ;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf ;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca ;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj ;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca ;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt ;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta ;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc ;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta ;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa ;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca ;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta ;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg ;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc ;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc ;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa ;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac ;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg ;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac ;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc ;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac ;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf ;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta ;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc ;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac ;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; ;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; 1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;; 10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;; 9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; 0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;; 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;; 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;; 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;34;;tac ;;;;;;;;-46;;1;;;**;;caa ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;6;;tca ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;7;;gac ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;4;;cac ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gta ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;5;;gta ;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;gaa ;;;;;;;;;;;;;8;;cgt ;;;;;;;;;;;;;**;;cca </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca ;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg ;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt ;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc ;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa ;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac ;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf ;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta ;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc ;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac ;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc ;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta ;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa ;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta ;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc ;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; ;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; ;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; ;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; ;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; ;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; ;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; ;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; ;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; ;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; ;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; ;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; 2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; 23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; 21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; 0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;793;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;377;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;533;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;321;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;272;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;302;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;365;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;230;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;16s 23s;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;2* 280;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;266;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;272;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;271;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;263;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa ;;;;;;;;-46;0;1;4* 269;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;268;;;;;1;;gga;5;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;259;;;;;**;;aga;**;;cca;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;267;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;270;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; 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deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;3;;gac;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;2;;gta;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;35;;cgt;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;19;;ggc;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;3;;cca;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;**;;aac;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA 16s;;;15;;atgf;13;;atgf ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 123;;atgi;9;;gaa;**;;tta ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;138;;atgj;6;;gga;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;tRNA tRNA;;intra;5;;gta;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;2* 9;;tta atgi;16;;gac;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;tRNA tRNA;;;4;;aac;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;12;;tgc;4;;aca;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;3;;aac;15;;tac;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;**;;aca;11;;cta;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;8;;gta;13;;ggc;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;20;;gaa;7;;aga;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;10;;aaa;11;;caa;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;10;;aca;6;;aaa;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;7;;gac;3;;tca;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;9;;gta;9;;ttc;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;5;;gaa;8;;atgj;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;**;;aaa;21;;atgi;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;; 7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;; ;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;; ;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; 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;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 23s;;;15;;tta;15;;tta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;376;;gca;7;;atgf;7;;atgf ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;390;;gca;9;;gaa;9;;gaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;5s tRNA;;;5;;gga;5;;gga ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;3* 6;;aac;5;;gta;5;;gta ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;7;;aac;9;;gac;9;;gac ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;2* 5;;tta;14;;aca;14;;aca ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;tRNA 5s;;;10;;tac;10;;tac ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;8;;gga;28;;cta;28;;cta ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;autres ts;;;7;;aga;7;;aga ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;tRNA 16s;;;89;;caa;89;;caa ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 110;;atgi;3;;tca;3;;tca ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;116;;atgj;6;;ttc;6;;ttc 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;23s tRNA;;;14;;atgj;14;;atgj ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;94;;aca;29;;atgi;29;;atgi ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;8;;gga;7;;cca;7;;cca ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;5s tRNA;;;8;;cac;8;;cac ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;-;353;aaa;7;;aaa;**;;aaa ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;tRNA tRNA;;intra;6;;tgc;4;;aac 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;2* 11;;atgi;6;;aac;5;;gaa ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;tta;15;;tta;5;;gta ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;tRNA tRNA;;;7;;atgf;11;;gac ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;33;;aca;9;;gaa;14;;aca ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;4;;gta;5;;gga;9;;tac 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;6;;gaa;5;;gta;10;;gga ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;**;;aaa;9;;gac;9;;aga ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;autres tt;;;14;;aca;11;;caa ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;autres ss;;;;;3;;tca;3;;atc ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;5s 16s;;;;;6;;ttc;7;;ttc ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;-;161;;;;14;;atgj;**;;atgj ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;16s CDS;;;;;17;;atgi;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;2;;;;;8;;cac;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;294;;;;;7;;aaa;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;23s CDS;87;;;;7;;tgc;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;6;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;15;;tta;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;7;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;8;;gaa;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;4;;gga;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;5;;gta;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;10;;gac;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;9;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; ;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;; 0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac 0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc 0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi 0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac 0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig 2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca 2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi 2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac 1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac 2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;; 0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt 0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc 0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca 0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc 2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca 1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;5;;tac 3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;**;;aca 1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;17;;gaa 1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;9;;gta 0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;4;;gac 0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;5;;aca 0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;18;;gaa 0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;7;;gta 1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;57;;gac 0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;17;;gaa 0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;9;;gta 0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;4;;gac 1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;**;;aca 0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;4;;tta 0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;53;;atgf 0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;10;;atgf 2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;**;;atgj 1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;18;;ggg 0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;**;;acc 0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;7;;cca 0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;6;;gga 0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;5;;aga 0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;26;;aag 2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;29;;cca 0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;24;;gga 6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;**;;cga 30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;5;;gta 24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;3;;gac 0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;4;;ttc ;;;;;;;-46;;0;363;;9;;ggc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;**;;tgc ;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;; c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;; ;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;; ;;;;;3674;;total;7;288;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;124;;gca;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;77;;gca;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;97;;atc;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;5s tRNA;;;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;7;;aac;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;13;;ttc;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;5;;aaa;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;4;;gaa;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;3;;atgi;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;tRNA 5s;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;336;;ttc;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;14;;aac;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;tRNA tRNA;;intra;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;7;;gca atc;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;3;;gca atc;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;tRNA tRNA;;contig;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;311;;aaa;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;**;;ttc;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;61;;gag;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;6;;caa;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;4;;aga;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;19;;gga;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;16;;cta;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;**;;gaa;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;4;;gca;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;CDS 16s;;**;;atgi;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;453;111;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;423;111;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;424;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;423;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;346;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;393;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;402;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;369;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;16s 23s;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;8* 237;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;2* 34;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;35;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;2* 98;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;2* 100;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;76;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;5s CDS;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;128;590;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;138;144;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13 110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0 120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2 130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7 140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0 150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3 160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10 170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0 180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2 190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7 200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0 210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1 220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2 230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0 240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1 250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2 260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0 270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1 280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5 290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0 300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1 310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1 320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0 330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0 340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2 350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0 360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0 370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0 380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0 390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0 400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1 reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;5s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;3* 4;;gca;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;5;;gca;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;89;;ggc;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;3* 7;;atc;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;4;;gaa;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3* 4;;ggc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;tRNA tRNA;;intra;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;2* 53;;atc;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;**;;gca;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;61;;gac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;7;;gta;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;34;;aca;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;12;;tac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;3;;atgj;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;3;;ttc;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;**;;aaa;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;9;;aaa;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;6;;gga;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;**;;aga;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;9;;aac;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;6;;gaa;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 23s;;;23;;tgc;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;531;;;58;;aac;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;563;;;**;;tgc;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;407;;;7;;atgj;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s CDS;;;9;;gta;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;313;188;;18;;tgg;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;237;260;;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;299;;;4;;aca;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;357;;;50;;cgt;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;188;;;27;;cgt;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;336;;;6;;tta;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;tRNA 16s;;;47;;gta;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;204;;agc;25;;gac;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;459;;gaa;23;;atgi;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;151;;tcc;14;;aca;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;23s tRNA;;;9;;gaa;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;56;;gac;**;;aac;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;476;;aaa;33;;tcc;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;2* 111;;aac;**;;tca;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;61;;aac;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;tRNA 23s;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;263;;gca;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;2* 283;;gca;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;284;;gca;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;262;;atc;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;2* 262;;gca;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;; ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite; ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;5* 339;;;3;;gca atc;17;;cca ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;502;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;2* 338;;;1;;atgi;6;;aga 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;503;;;**;;gca;16;;cca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;578;;;4;;ttc;35;;gga ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;2* 214;;;**;;tgc;5;;aga ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;213;;;6;;ttc;3;;cac ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;5s 16s;;;25;;gac;7;;caa ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;1107;;;**;;gaa;18;;aaa ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;1125;;;1;;gca;5;;cta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;5s CDS;;;**;;atgi;25;;ggc 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;552;69;;tRNA tRNA;;;5;;gga 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;315;188;;30;;tca;57;;aag ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;429;114;;241;;agc;7;;caa ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;90;;;18;;tca;18;;aaa ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;508;;;**;;agc;5;;cta ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;159;;;20;;tta;25;;ggc ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;661;;;7;;atgf;46;;gga 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;23s 5s;;;6;;atgj;**;;cga 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;70;;;22;;tta;9;;tac ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;204;;;7;;atgf;27;;gta ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;273;;;6;;atgj;12;;aca 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;205;;;21;;tta;9;;tac ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;202;;;70;;atgf;30;;gta ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;274;;;21;;tta;12;;aca 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;138;;;**;;atgf;**;;tac ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;138;;;234;;aac;3;;cac ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;139;;;439;;aac;5;;cag ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;138;;;**;;aac;**;;aaa ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;134;;;4;;cta;79;;aaa ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;139;;;**;;ggg;7;;cac ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;108;;;;;;35;;aga ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;16s tRNA;;;;;;**;;gga ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;140;;gca;;;;6;;gac 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;CDS 16s;;132;;atc;;;;14;;gta ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;390;548;137;;gca;;;;29;;gaa ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;565;;tRNA 23s;;;;;;10;;aca ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;709;;111;;atc;;;;6;;gac ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;727;;84;;atc;;;;16;;gta ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;667;;118;;gca;;;;29;;gaa 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;573;;23s tRNA;;;;;;10;;aca 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;282;;2* 140;;aac;;;;6;;gac 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;703;;71;;aac;;;;14;;gta 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;572;;5s tRNA;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;1;0;776;;3* 5;;ttc;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;507;;44;;atgi;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;753;;5;;aaa;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;501;;7;;aaa;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;14;;atgi;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;tRNA 5s;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;2* 3;;aac;;;;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;; ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x; ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite; ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;; ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;; 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;; ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra; ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;; ;;;;;;;;;;;;460;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x; ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;33;;tac 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;tac ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;4;;gtc 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;**;;gtc ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;4;;gtc ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;**;;gtc ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;12;;tta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;53;;tgc 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;**;;ggc 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;39;;gcc 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;gcc ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;43;;gta 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;46;;gta 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;4;;gta 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;**;;aaa ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;63;;cgt ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;62;;cgt 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;62;;cgt 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;64;;cgt 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;3;;cgt ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;**;;agc 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;33;;atgf ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;33;;atgf 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;**;;atgf ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;58;;cgg 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;20;;cac ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;42;;ctg 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;**;;cca 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;8;;aca 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;116;;tac 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;6;;gga ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;**;;acc 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;36;;ggc ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;35;;ggc 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;**;;ggc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;34;;ctg ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;28;;ctg ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;**;;ctg 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;39;;gcc 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;39;;gcc 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;**;;gcc 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;44;;gta ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gta ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;28;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;ctg ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;tRNA tRNA;;contig ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;8;;gac ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;**;;tgg ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;1472;;gaa ;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;42;;atc ;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;2351;;atc ;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;**;;gaa ;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;42;;gca ;;;;;;;;;;;63;;;;;**;;atc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;; </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2* 2;;aaa;**;;gtc 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac ;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;; ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;; ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;; ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;2* 224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac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reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;; 16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;173;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;; ;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;; ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;autre ss;;;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;16s CDS;;;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;-3;;;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;16s tRNA;;;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;116;;atc;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;tRNA 23s;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;240;;atc;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;243;;atc;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;5s tRNA;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;51;;atgf;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;52;;atgf;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;52;;atgf;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;51;;atgf;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;; ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193; ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999; 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;; 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130; 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;; ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;2* 119;; 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;; 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;; 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;347;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;5s tRNA;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;; 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999; ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;; 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;; ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;; ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;; 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;; ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;; ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;; 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;; ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;; 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;; 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;; ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;; ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;; ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;; ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;16s 23s;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;269;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;; 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;; ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;; ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;; 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;2* 272;;gca ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;; ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;; 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;; ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;; 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;; ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;; ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;561;714;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;; 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;; ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;; 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;;**;;gta 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;;8;;gcc 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;;11;;gaa 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;;**;;gcc 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;23s 5s;;;12;;gta 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;127;;;26;;gac 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;7* 124;;;12;;gta 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;5s CDS;;;26;;gac 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;280;137;;12;;gta 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;189;154;;26;;gac 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;415;101;;12;;gta 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;213;206;;27;;gac 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;5s 5s;;;6;;gta 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;89;;;27;;gac 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;16s tRNA;;;6;;gtg 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;6* 182;;atc;**;;gac 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;2* 82;;atc;51;;ctg 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;tRNA 23s;;;33;;ctg 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;3* 254;;gca;57;;ctg 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;5* 253;;gca;**;;ctg 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;tRNA tRNA;;intra;61;;acg 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;6* 86;;atc gca;78;;ccg 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;2* 12;;atc gca;;;ccg 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;tRNA tRNA;;;35;;atgj 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;6;;ttc;**;;atgj 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;**;;ttc;24;;acc 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;6;;agc;52;;gga 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;3;;cgt;**;;tac 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;**;;gaa;38;;aaa 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;3;;gaa;35;;aag 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;7;;cgt;28;;aaa 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;5;;gaa;37;;aag 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;**;;cgt;**;;aaa 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;23;;ggc;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;22;;ggc;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;24;;ggc;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;29;;ggc;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;45;;ggc;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;**;;tgc;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;32;;aac;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;31;;aac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;**;;aac;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;53;;tcc;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;**;;tcc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;26;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;45;;cac;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;27;;cac;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;18;;aga;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;**;;cca;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;; 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;; 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;; 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;; 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;; 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;; 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75; 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;; 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;; 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;; 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;134;;cga 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;5s CDS;;;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;4* 111;;atc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;2* 301;;gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;; ;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;CDS 5s;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;; ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;; 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;236;600;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;151;387;491;793;;**;;gca;14;;aag ;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;595;185;530;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;274;459;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;434;430;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;2* 352;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;42;262;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;1343;54;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg 1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;94;132;114;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;100;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;79;296;176;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;103;217;175;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;221;1132;245;377;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;203;131;983;122;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;247;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;83;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;315;345;35;1017;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;31;112;451;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;4;;ctc;;; ;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;1;;agc;;; 9;10;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;329;370;;;**;;atc;;; 45;56;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;408;524;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;; 2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;; ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518; ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;; ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;; ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;; ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;; ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;; 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;; 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;; ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;; 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;; ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188; ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251; ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;; ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;; ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852; ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675; ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;; 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;; 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;; 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;; ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;; 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;; 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;; 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;; 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;; 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114; 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;; 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;; 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;; 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;; 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;; 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;; ;;;;;;;;;;;;155;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; ;;;;;;;;;;;;76;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;; 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;; ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317; ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317; ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676; 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315; ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;; 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;; 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;; 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68; ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319; 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176; 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;; ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;; 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;; 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;4;;agc 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;7;;tac 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;62;;gaa 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;3;;tgg 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;11;;atgi ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;3;;tgc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;4;;other ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;**;;gac ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;88;;acc ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;**;;tac ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;16s tRNA;; ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;125;;atc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;; ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;258;;gca 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;10;;acc 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;CDS 16s;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;-;601;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;23s 5s;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;64;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;158;;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;279;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;81;;atc;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;3* 82;;atc;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;79;;atc;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;tRNA 23s;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;6*151;;gca;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;2* 119;;gca;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;tRNA 16s;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;90;;aac;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;7* 91;;atc gca;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;93;;atc gca;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;16s tRNA;; ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;; ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;; 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;268;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;114;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;; ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;; ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;; 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;; 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;; ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;; ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;; ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;; ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;; ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;; ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;; 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;; ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;36;;cta ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;**;;ggc 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;40;;tca ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;25;;agc 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;16;;cgc 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;40;;tcg 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;**;;tcc 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;CDS 16s;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;812;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;350;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;447;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;23s 5s;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;3* 72;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;5s CDS;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;350;175;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;447;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;; 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;; 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;; ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;; ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;; ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;; 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;; 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;; ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;; ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835; 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718; ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247; 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;; ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;; ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;; ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;; ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;; ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488; 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607; ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289; ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;; ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;; ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;; ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;; ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704; 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973; ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845; 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;; 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;; 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;; ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;; ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;; ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5; ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271; ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;; ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;; ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;; ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 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vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; 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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; ;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;; ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;; ;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11 ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> 3l3xuvk86ayfakgh02zzz95jxqmebtz 0 76482 880988 879340 2022-07-31T09:03:10Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 3-11 */ +1 : cns en dim 3 pour que 2 rotations commutent wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 3 | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | niveau = 15 }} {{Clr}} ==Exercice 3-1== Soit ''B'' une forme bilinéaire symétrique non dégénérée sur un ''K''-espace vectoriel de dimension ''n''. Soit <math>\varphi\in O(B)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\varphi:E\to E</math> une application linéaire telle que <math>B(\varphi(u),\varphi(v))=B(u,v)</math> pour tout <math>u,v\in E</math>. #Trouver une relation entre les matrices de ''φ'' et ''B'' dans une même base. #Montrer que det ''φ'' = ±1. #Soit <math>P_\varphi</math> le [[Réduction des endomorphismes/Valeurs et vecteurs_propres - Polynôme caractéristique#Polynôme caractéristique|polynôme caractéristique]] de ''φ''. Montrer que #:<math>P_\varphi(X)=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1}).</math> #:Indication. Soit ''A'' la matrice de ''φ''. En utilisant 1., montrer que <math>A^T</math> est [[Matrice/Relations entre matrices#Matrices semblables|semblable]] à <math>A^{-1}</math>. #Soit {{Surligner|''K''}} un corps contenant ''K'' tel que <math>P_\varphi</math> se décompose en facteurs linéaires sur <math>\overline K</math> (par exemple, si <math>K=\R</math> ou <math>\Q</math>, on peut supposer que <math>\overline K=\Complex</math>).<br>Montrer que si <math>\lambda\in\overline K</math> est racine de <math>P_\varphi</math>, alors <math>1/\lambda</math> est aussi une racine de <math>P_\varphi</math>, de la même multiplicité. {{Solution|contenu= Soient ''A'' la matrice de ''φ'' et ''M'' celle de ''B''. #On a <math>U^TMV=(AU)^TM(AV)=U^TA^TMAV</math> pour toutes matrices colonnes ''U'' et ''V'', donc <math>M=A^TMA</math>. #<math>\det M=\det(A^TMA)=(\det A)^2\det M</math> et <math>\det M\ne0</math> (car ''B'' est non dégénérée) donc <math>(\det A)^2=1</math>, c.-à-d. <math>\det A=\pm1</math>. #D'après 1., <math>MA^{-1}M^{-1}=A^T</math>, donc<br><math>P_\varphi(X)=\det(A-X\mathrm I_n)=\det((A-X\mathrm I_n)^T)=\det(A^T-X\mathrm I_n)=\det(MA^{-1}M^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(M(A^{-1}-X\mathrm I_n)M^{-1})</math><br><math>=\det(A^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(A^{-1})\det(\mathrm I_n-XA)=(\det A)^{-1}(-X)^n\det(-X^{-1}\mathrm I_n+A)=(\det\varphi)^{-1}(-X)^nP_\varphi(X^{-1})=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1})</math>,<br>la dernière égalité résultant de la question précédente. #Cette propriété est une conséquence immédiate de la précédente, d'après le fait général suivant :<br>si <math>P(X)=\prod_{i=1}^n(X-\lambda_i)</math> alors <math>X^nP(X^{-1})=\left((-1)^n\prod_{j=1}^n\lambda_j\right)\prod_{i=1}^n(X-1/\lambda_i)</math>. }} ==Exercice 3-2== #Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^2</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #On note <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^4</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #Soit ''P'' un polynôme à coefficients réels qui vérifie la condition de la question 4 de l'exercice précédent. Montrer qu'il existe une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' et un opérateur ''B''-orthogonal dont le polynôme caractéristique est ''P'' à un facteur constant près. {{Solution|contenu= #<math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #D'après l'hypothèse, et compte tenu du fait que si <math>\lambda</math> est racine de ''P'' alors <math>\overline\lambda</math> est aussi une racine de ''P'', de même multiplicité, ''P'' est produit de facteurs des quatre formes suivantes : #*<math>X-\varepsilon</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math> ; #*<math>(X-u)(X-\overline u)</math> avec <math>|u|=1</math> et <math>u\ne\pm1</math> ; #*<math>(X-t)(X-1/t)</math> avec <math>t\in\R\setminus\{1,-1\}</math> ; #*<math>(X-\lambda)(X-1/\lambda)(X-\overline\lambda)(X-1/\overline\lambda)</math> avec <math>|\lambda|\ne1</math> et <math>\lambda\notin\R</math>. En raisonnant par blocs, il suffit de prouver l'assertion dans le cas où ''P'' lui-même est de l'une de ces quatre formes. Pour les deux premières formes, l'assertion est immédiate, en prenant pour ''B'' le produit scalaire canonique. Pour les troisième et quatrième formes, il suffit d'utiliser les questions 1 et 2, respectivement. }} ==Exercice 3-3== #Existe-t-il une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' sur <math>\R^2</math> telle que la [[Réduction des endomorphismes/Réductions de Jordan et de Dunford#Réduction de Jordan|matrice de Jordan]] <math>\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> soit ''B''-orthogonale ? #Même question (sur <math>\R^3</math>) pour <math>\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Soient <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b\\b&c\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b\\a+b&a+2b+c\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, mais ''B'' est alors dégénérée. #Soient maintenant <math>A=\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b&c\\b&d&e\\c&e&f\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b&b+c\\a+b&a+2b+d&b+c+d+e\\b+c&b+c+d+e&d+2e+f\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, <math>d=-c</math> et <math>e=c/2</math>, c.-à-d. <math>B=\begin{pmatrix}0&0&c\\0&-c&c/2\\c&c/2&f\end{pmatrix}</math>, et ''B'' est alors non dégénérée si et seulement si <math>c\ne0</math>. }} ==Exercice 3-4== On rappelle (cf. [[Réduction des endomorphismes/Exercices/Diagonalisation et sous-espaces stables#Exercice 1-6]]) que pour tout endomorphisme d'un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension finie, il existe un sous-espace stable de dimension 1 ou 2. Soient ''E'' un espace euclidien et <math>\varphi\in O(E)</math>. #Montrer que toutes les valeurs propres de ''φ'' sont de module 1 (en particulier ses seules éventuelles valeurs propres réelles sont 1 et –1). #Montrer que pour tout sous-espace ''F'' stable par ''φ'', le sous-espace ''F''{{exp|⊥}} est aussi stable par ''φ''. #Montrer qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme #:<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} R_{\theta_1}& & \\ & \ddots & \\ & & R_{\theta_k} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} \pm 1 & & \\ & \ddots & \\ & & \pm 1 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. #Montrer que cette matrice est diagonalisable sur <math>\Complex</math>. {{Solution|contenu= #Soit un vecteur <math>u\ne0</math> tel que <math>\varphi(u)=\lambda u</math>. Alors, <math>\|u\|=\|\varphi(u)\|=|\lambda|\|u\|</math> donc <math>|\lambda|=1</math>. #Si ''F'' est stable par ''φ'' alors ''F''{{exp|⊥}} est évidemment stable par ''φ''* (ceci vaut pour n'importe quel endomorphisme ''φ''), c'est-à-dire ici par ''φ''{{exp|–1}}. Puisque ''φ''{{exp|–1}} préserve la dimension, l'inclusion <math>\varphi^{-1}(F^\perp)\subset F^\perp</math> est en fait une égalité, donc <math>F^\perp=\varphi(F^\perp)</math>. #On raisonne par récurrence sur ''n'' = dim ''E''. Si ''n'' = 0, il n'y a rien à démontrer. Supposons donc ''n'' > 0 et que l'assertion est vraie pour tout espace euclidien de dimension < ''n''. Si ''φ'' a une valeur propre (nécessairement égale à ±1 d'après la question 1), on choisit une droite propre associée ''F'', et l'on conclut grâce à la question 2 et à l'hypothèse de récurrence appliquée à ''F''{{exp|⊥}}. Si ''φ'' n'a pas de valeur propre alors, d'après le rappel, il existe dans ''E'' un plan ''F'' ''φ''-invariant. La restriction de ''φ'' à ''F'' est un automorphisme orthogonal du plan sans valeur propre ; c'est donc une rotation, et l'on conclut comme précédemment. #Si <math>\theta\notin\pi\Z</math>, les deux valeurs propres <math>\mathrm e^{\pm \mathrm i\theta}</math> de <math>R_\theta</math> sont distinctes. Si <math>\theta\in\pi\Z</math>, <math>R_\theta=\pm\mathrm I_2</math>. }} Soit ''φ'' un endomorphisme de ''E'' antisymétrique, c'est-à-dire tel que ''φ''* = –''φ''. Montrer de même qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme :<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} \lambda_1R_{\pi/2}& & \\ & \ddots & \\ & &\lambda_kR_{\pi/2} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} 0 & & \\ & \ddots & \\ & & 0 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>\lambda_k\in\R</math>. {{Solution|contenu= Pour tout sous-espace stable ''F'', comme déjà remarqué, ''F''{{exp|⊥}} est stable par ''φ''*, c'est-à-dire ici stable par –''φ'', donc par ''φ''. Ceci permet de raisonner par récurrence comme dans le cas où ''φ'' était orthogonal, pour aboutir ici à l'existence d'une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme <math>\operatorname{diag}(A_1,\dots,A_k,b_1,\dots,b_\ell)</math> les matrices carrées <math>A_i</math> et <math>b_j</math> (de tailles respectives 2 et 1) étant {{w|matrice antisymétrique|antisymétriques}}, ce qui se traduit par <math>b_j=0</math> et <math>A_i=\begin{pmatrix} 0 &-\lambda_i\\ \lambda_i& 0 \end{pmatrix}=\lambda_iR_{\pi/2}</math>. }} ==Exercice 3-5== À l'aide de l'exercice précédent, démontrer que tout endomorphisme orthogonal d'un espace euclidien est à la fois : #composé de réflexions (c.-à-d. symétries orthogonales par rapport à des hyperplans) ; #composé de deux symétries orthogonales. {{Solution|contenu= Il suffit de remarquer que le plan, toute rotation ''R'' est composée de deux réflexions. En effet, les réflexions du plan sont les isométries négatives, or pour toute isométrie négative ''S'', ''S''{{exp|–1}}∗''R'' est une isométrie négative ''T'' et ''R = S''∗''T''. }} ==Exercice 3-6== Soient ''E'' un plan euclidien et ''φ'' une similitude de ''E'' dont la matrice dans une certaine base (''u'', ''v'') est de la forme <math>A=\begin{pmatrix}a&-b\\b&a\end{pmatrix}</math> avec <math>b\ne0</math>. Montrer que ''u'' et ''v'' sont orthogonaux et de même norme. {{Solution|contenu= Remarquons d'abord que la similitude ''φ'' est directe (car det(''A'') > 0). Sa matrice dans une base orthonormée quelconque (''i'', ''j'') est donc égale soit à ''A'', soit à ''A''{{exp|T}}. Soit <math>P=\begin{pmatrix}p&q\\r&s\end{pmatrix}</math> la matrice de (''u'', ''v'') dans (''i'', ''j''). Si ''A = P''{{exp|–1}}''AP'', on trouve (par le calcul) que ''q = –r'' et ''s = p'', d'où la conclusion annoncée. Si ''A = P''{{exp|–1}}''A''{{exp|T}}''P'' alors ''q = r'' et ''s = –p'', d'où la même conclusion. }} ==Exercice 3-7== Déterminer la nature d'un endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> ainsi que l'angle de rotation, en fonction du déterminant et de la trace de ''φ''. {{Solution|contenu= D'après l'exercice 3-4, tout endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> a pour matrice, dans une certaine base orthonormée, <math>A=\begin{pmatrix}R_\theta&0\\0&\varepsilon\end{pmatrix}</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math>. On a det ''φ'' = <math>\varepsilon</math> et tr ''φ'' = <math>2\cos\theta+\varepsilon</math>. Donc si det ''φ'' = 1, ''φ'' est une rotation et si det ''φ'' = –1, ''φ'' est une rotation suivie (ou précédée) de la réflexion par rapport au plan orthogonal à l'axe de cette rotation. Dans les deux cas, l'angle de rotation a pour cosinus <math>\frac{\operatorname{tr}\varphi-\det\varphi}2</math>. }} ==Exercice 3-8== Pour chacune des quatre matrices orthogonales suivantes, trouver une base orthonormée dans laquelle la matrice prend la forme canonique de l’exercice 3-4 : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&-1&2\\2&2&-1\\-1&2&2\end{pmatrix},\quad B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&-\sqrt6\\1&3&\sqrt6\\\sqrt6&-\sqrt6&2\end{pmatrix},\quad C=\frac12\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&-1&-1\\1&-1&1&-1\\1&-1&-1&1\end{pmatrix},\quad D=\frac13\begin{pmatrix}1&1-\sqrt3&1+\sqrt3\\1+\sqrt3&1&1-\sqrt3\\1-\sqrt3&1+\sqrt3&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Aw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Au=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\1\\0\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Bw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\begin{pmatrix}0\\0\\1\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math>.<br><math>Bu=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc à nouveau, la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>a=\frac12\begin{pmatrix}-1\\1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Ca=-a</math> et l'hyperplan <math>a^\perp</math> est propre pour <math>1</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(a,b,c,d)</math> sera <math>\begin{pmatrix}-1&0\\0&\mathrm I_3\end{pmatrix}</math>, quel que soit le choix d'un triplet orthonormé <math>(b,c,d)</math> dans <math>a^\perp</math>.<br>Par exemple <math>b=\frac12\begin{pmatrix}1\\-1\\1\\1\end{pmatrix}</math>, <math>c=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\-1\\1\end{pmatrix}</math> et <math>d=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\1\\-1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Dw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Du=v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi2}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. }} Déterminer la nature des transformations de <math>\R^3</math> dont les matrices dans la base canonique sont : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix} 1 & -2 & -2\\ -2 & 1 & -2\\ 2 & 2 & -1\end{pmatrix}</math>, <math>B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&\sqrt6\\1&3&-\sqrt6\\-\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math>, <math>C=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ 1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>, <math>D=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ -1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>A,B,C,D</math> sont orthogonales, directes sauf <math>C</math>. <math>\ker(A-I)=\R(1,-1,0)</math>, <math>\ker(B-I)=\R(1,1,0)</math>, <math>\ker(-C-I)=\ker(C+I)=\R(1,-1,-1)</math>, <math>\ker(D-I)=\R(1,1,-1)</math> donc <math>A,B,-C,D</math> représentent des rotations d'axes ces droites. L'angle <math>\theta</math> est donné (au signe près) par <math>1+2\cos\theta=trace</math> et vaut respectivement <math>\pm\arccos(1/3),\pm\pi/3,\pm 2\pi/3,\pm 2\pi/3</math>. <math>C</math> est la composée de la rotation de même axe que <math>-C</math> et d'angle <math>\theta+\pi</math> par la symétrie orthogonale par rapport au plan orthogonal à cet axe. Pour préciser le <math>\theta=\pm\ldots</math> — dans <math>\R^3</math> muni de son orientation canonique et étant donné le choix d'une orientation de l'axe de rotation par un vecteur unitaire <math>u</math> — on peut utiliser que la partie antisymétrique de la rotation vaut <math>\sin\theta J_u</math>, où <math>J_u(x)=u\land x</math>. On trouve alors : *pour <math>A</math> avec <math>u=(1,-1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\arccos(1/3)</math> ; *pour <math>B</math> avec <math>u=(1,1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\pi/3</math> ; *pour <math>-C</math> avec <math>u=(1,-1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=-2\pi/3</math> ; *pour <math>D</math> avec <math>u=(1,1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=+2\pi/3</math>. }} Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}</math> une base orthonormée directe (b.o.n.d.) de <math>E</math>. Caractériser l'endomorphisme <math>f_i</math> de matrice <math>M_i</math> dans <math>{\cal B}</math>. :<math>M_1=\frac19\begin{pmatrix}8&-1&-4\\-1&8&-4\\-4&-4&-7\end{pmatrix}</math>, <math>M_2=\frac13\begin{pmatrix}2&1&2\\2&-2&-1\\-1&-2&2\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>f_1,f_2</math> sont deux endomorphismes orthogonaux car <math>M_1,M_2</math> sont deux matrices orthogonales car leurs trois colonnes sont de norme 1 et orthogonales 2 à 2. #<math>\ker(f_1-\mathrm{id})=</math> le plan <math>x+y+4z=0</math>, donc <math>f_1</math> est la symétrie orthogonale par rapport à ce plan. (On pourrait — mais ce n'est pas indispensable — vérifier que <math>\ker(f_1+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>u=(1,1,4)</math>, puisque le plan précédent est <math>u^\perp</math>, et calculer <math>\det(M_1)=-1</math>.) #<math>\ker(f_2+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>v=(-1,3,1)</math>, donc le plan <math>v^\perp</math> est stable par <math>f_2</math> et la restriction de <math>f_2</math> à ce plan est une isométrie n'admettant pas <math>-1</math> pour valeur propre, donc est une rotation, dont il reste à déterminer l'angle. Choisissons une b.o.n.d. <math>(i,j,k)</math> en posant <math>k=v/\sqrt{11}</math>, <math>i=(1,0,1)/\sqrt2</math>, <math>j=k\land i=(3,2,-3)/\sqrt{22}</math>. Alors <math>f_2(i)={5\over 6}i+{\sqrt{11}\over 6}j</math>, donc <math>f_2</math> est la composée de la symétrie orthogonale <math>\sigma</math> par rapport au plan <math>v^\perp=k^\perp</math>, et de la rotation <math>\rho</math> d'axe <math>k</math> et d'angle <math>\theta</math> avec <math>\cos\theta=\frac56</math> et <math>\sin\theta=\frac\sqrt{11}6</math>. En effet, l'égalité <math>f_2=\rho\sigma=\sigma\rho</math> est vraie sur <math>\R v</math> et sur <math>v^\perp</math>, donc sur leur somme directe <math>E</math>. (On pourrait vérifier que <math>\det(M_2)=-1</math>.) }} Trouver les réels <math>a,b,c</math> pour que la matrice suivante soit dans <math>\mathrm{SO}(3)</math> : :<math>U=\begin{pmatrix}1/\sqrt 3&-1/\sqrt 2&a\\1/\sqrt 3&1/\sqrt2&b\\1/\sqrt 3&0&c\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= (On vérifie d'abord que les deux premières colonnes sont bien de norme <math>1</math> et orthogonales). <math>\begin{pmatrix}a\\b\\c\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}\land\begin{pmatrix}-1\\1\\0\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}-1\\-1\\2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-9== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}=(i,j,k)</math> une base orthonormée directe de <math>E</math>. Écrire la matrice dans <math>{\cal B}</math> de la rotation d'axe <math>i+j-k</math> et d'angle <math>\pi/3</math>. {{Solution|contenu= (Une autre possibilité serait d'utiliser l'[[Produit vectoriel/Applications géométriques#Rotation|expression d'une rotation à l'aide du produit vectoriel]].) Soit <math>k'=(i+j-k)/\sqrt3</math>. <math>f(k')=k'</math>, et pour <math>Y\perp k', f(Y)=\cos(\pi/3)Y+\sin(\pi/3)k'\land Y</math>, donc pour <math>\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=X=\lambda k'+Y, f(X)=\lambda k'+\frac12Y+\frac\sqrt32k'\land Y</math>. Il reste à calculer (en fonction de <math>x,y,z</math>) <math>\lambda,Y,k'\land Y</math> : *<math>\lambda=\langle k',X\rangle=(x+y-z)/\sqrt3</math>, *<math>Y=X-\lambda k'=\frac13\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}</math>, *<math>k'\land Y=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}</math>, d'où <math>f(X)=(x+y-z)/3\begin{pmatrix}1\\1\\-1\end{pmatrix}+\frac16\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}+\frac12\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}=\frac16\begin{pmatrix}4x+4y+2z\\-2x+4y-4z\\-4x+2y+4z\end{pmatrix}</math>, d'où <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&2&1\\-1&2&-2\\-2&1&2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-10== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>q</math> et <math>a\in\mathrm L(E)</math> tel que <math>a^3=\mathrm{id}_E</math>. On définit alors la forme bilinéaire symétrique sur <math>E</math> : :<math>B(x,y)=\langle x,y\rangle+\langle a(x),a(y)\rangle+\langle a^2(x),a^2(y)\rangle</math>. #Montrer que <math>B</math> est un produit scalaire sur <math>E</math>. #Démontrer que <math>a</math> est orthogonal pour le produit scalaire <math>B</math>. #Montrer que <math>\det a=1</math>. Qu'en déduit-on sur la matrice de <math>a</math> dans une base orthonormée pour <math>B</math> ? #On suppose désormais <math>q=2</math> et <math>E=\R^2</math> euclidien canonique. On considère une matrice <math>A\in\mathrm M_2(\R)</math> telle que <math>A^3=\mathrm I_2</math> et <math>A\ne\mathrm I_2</math>. Soit <math>R(\theta)=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Déduire de la question précédente qu'il existe <math>P\in\mathrm {GL}_2(\R)</math> telle que <math>A=PR(\pm2\pi/3)P^{-1}</math>. {{Solution|contenu= #<math>B</math> est bilinéaire symétrique positive car pour tout <math>u\in\mathrm{GL}(E)</math>, <math>(x,y)\mapsto\langle u(x),u(y)\rangle</math> l'est. #<math>B(a(x),a(y))=B(x,y)</math>. #<math>(\det a)^3=\det\mathrm{id}_E=1</math>. Donc la matrice de <math>a</math> dans toute base orthonormée pour <math>B</math> appartient à <math>\mathrm{SO}(q)</math>. #Soit <math>P\in\mathrm{GL}_2(\R)</math> la matrice d'une base orthonormée pour <math>B</math>. Alors, <math>P^{-1}AP\in\mathrm{SO}(2)</math> donc <math>P^{-1}AP=R(\theta)</math> pour un certain angle non nul <math>\theta\in[-\pi,\pi]</math> tel que <math>3\theta\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc <math>\theta=\pm2\pi/3</math>. }} ==Exercice 3-11== Soient <math>E</math> euclidien de dimension 4 et <math>\varepsilon=(e_1,\ldots,e_4)</math> une base orthonormée de <math>E</math>. Soient <math>A=\frac14\begin{pmatrix}0&-2\sqrt2&2\sqrt2&0\\2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\-2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\0&\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math> et <math>u\in\mathrm L(E)</math> de matrice <math>A</math> dans <math>\varepsilon</math>. #Montrer que <math>u\in\mathrm O^+(E)</math>. #Soit <math>F</math> le plan engendré par <math>e_1</math> et <math>u(e_1)</math>. Montrer que <math>F</math> est stable par <math>u</math> et que la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est une rotation. #Montrer que le plan <math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> et est engendré par <math>e_4</math> et <math>u(e_4)</math>. La restriction de <math>u</math> à <math>F^\perp</math> est-elle une rotation ? {{Solution|contenu= #Calculs. #<math>u^2(e_1)=-e_1</math> donc <math>F</math> est stable. Dans la base <math>(e_1,u(e_1))</math>, la matrice de la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est <math>\begin{pmatrix}0&-1\\1&0\end{pmatrix}</math>, de déterminant <math>1</math>, donc c'est une rotation. #<math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> (cf. cours) et contient <math>e_4</math> donc aussi <math>u(e_4)</math>, qui forment donc une base de <math>F^\perp</math>. <math>1=\det(u)=\det(u_{|F})\det(u_{|F^\perp})=\det(u_{|F^\perp})</math> donc <math>u_{|F^\perp}</math> est une rotation. (Vérification : <math>u^2(e_4)=-e_4\dots</math>.) }} ==Exercice 3-12== Dans <math>\R^3</math> euclidien, soient <math>f,g</math> deux rotations, distinctes de l'identité. Montrer que <math>f\circ g=g\circ f</math> si et seulement si <math>f</math> et <math>g</math> sont soit deux rotations de même axe, soit deux retournements par rapport à deux droites orthogonales. Dans ce second cas, montrer que <math>f\circ g</math> est un retournement. {{Solution|contenu= Notons <math>\R x</math> l'axe de <math>f</math> et <math>\R y</math> celui de <math>g</math>, avec <math>x</math> et <math>y</math> unitaires. *Supposons <math>fg=gf</math>. Alors <math>f(y)=f(g(y))=g(f(y))</math> donc <math>f(y)\in\R y</math> donc <math>f(y)=\pm y</math>. Si <math>f(y)=y</math>, <math>y\in\R x</math> donc <math>f,g</math> ont même axe. Si <math>f,g</math> n'ont pas même axe alors <math>f(y)=-y</math>, donc <math>f</math> est un retournement (et <math>g</math> aussi en intervertissant <math>f,g</math> dans le raisonnement) et <math>y\perp\R x</math>. *Réciproque du premier cas : deux rotations de même axe commutent (et la composée est la rotation de même axe et d'angle la somme des deux angles). *Réciproque du second cas : deux retournements d'axes orthogonaux <math>\R x,\R y</math> commutent, et la composée est le retournement d'axe <math>\R(x\land y)</math> : on le voit géométriquement ou matriciellement. On peut aussi se contenter de prouver que <math>h:=f\circ g</math> est un retournement de <math>\R^3</math> (sans préciser son axe) en prouvant que <math>h^2={\rm id},h^*=h,\det(h)=1,h\ne{\rm id}</math>. *Raisonnement direct par équivalences, en utilisant l'exercice suivant. <math>fg=gf\Leftrightarrow gfg^{-1}=f\Leftrightarrow</math> (en notant <math>\alpha</math> l'angle de <math>f</math>) <math>g(x)=x</math> ou <math>(g(x)=-x</math> et <math>\alpha=-\alpha)\Leftrightarrow f</math> et <math>g</math> ont même axe ou sont deux retournements d'axes orthogonaux. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] }} gxshglexf7tsy7y7v5vqma2r90481ye 880989 880988 2022-07-31T09:13:38Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 3-12 */ +1 : conjugée d'une rotation par une rotation wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 3 | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | niveau = 15 }} {{Clr}} ==Exercice 3-1== Soit ''B'' une forme bilinéaire symétrique non dégénérée sur un ''K''-espace vectoriel de dimension ''n''. Soit <math>\varphi\in O(B)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\varphi:E\to E</math> une application linéaire telle que <math>B(\varphi(u),\varphi(v))=B(u,v)</math> pour tout <math>u,v\in E</math>. #Trouver une relation entre les matrices de ''φ'' et ''B'' dans une même base. #Montrer que det ''φ'' = ±1. #Soit <math>P_\varphi</math> le [[Réduction des endomorphismes/Valeurs et vecteurs_propres - Polynôme caractéristique#Polynôme caractéristique|polynôme caractéristique]] de ''φ''. Montrer que #:<math>P_\varphi(X)=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1}).</math> #:Indication. Soit ''A'' la matrice de ''φ''. En utilisant 1., montrer que <math>A^T</math> est [[Matrice/Relations entre matrices#Matrices semblables|semblable]] à <math>A^{-1}</math>. #Soit {{Surligner|''K''}} un corps contenant ''K'' tel que <math>P_\varphi</math> se décompose en facteurs linéaires sur <math>\overline K</math> (par exemple, si <math>K=\R</math> ou <math>\Q</math>, on peut supposer que <math>\overline K=\Complex</math>).<br>Montrer que si <math>\lambda\in\overline K</math> est racine de <math>P_\varphi</math>, alors <math>1/\lambda</math> est aussi une racine de <math>P_\varphi</math>, de la même multiplicité. {{Solution|contenu= Soient ''A'' la matrice de ''φ'' et ''M'' celle de ''B''. #On a <math>U^TMV=(AU)^TM(AV)=U^TA^TMAV</math> pour toutes matrices colonnes ''U'' et ''V'', donc <math>M=A^TMA</math>. #<math>\det M=\det(A^TMA)=(\det A)^2\det M</math> et <math>\det M\ne0</math> (car ''B'' est non dégénérée) donc <math>(\det A)^2=1</math>, c.-à-d. <math>\det A=\pm1</math>. #D'après 1., <math>MA^{-1}M^{-1}=A^T</math>, donc<br><math>P_\varphi(X)=\det(A-X\mathrm I_n)=\det((A-X\mathrm I_n)^T)=\det(A^T-X\mathrm I_n)=\det(MA^{-1}M^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(M(A^{-1}-X\mathrm I_n)M^{-1})</math><br><math>=\det(A^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(A^{-1})\det(\mathrm I_n-XA)=(\det A)^{-1}(-X)^n\det(-X^{-1}\mathrm I_n+A)=(\det\varphi)^{-1}(-X)^nP_\varphi(X^{-1})=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1})</math>,<br>la dernière égalité résultant de la question précédente. #Cette propriété est une conséquence immédiate de la précédente, d'après le fait général suivant :<br>si <math>P(X)=\prod_{i=1}^n(X-\lambda_i)</math> alors <math>X^nP(X^{-1})=\left((-1)^n\prod_{j=1}^n\lambda_j\right)\prod_{i=1}^n(X-1/\lambda_i)</math>. }} ==Exercice 3-2== #Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^2</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #On note <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^4</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #Soit ''P'' un polynôme à coefficients réels qui vérifie la condition de la question 4 de l'exercice précédent. Montrer qu'il existe une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' et un opérateur ''B''-orthogonal dont le polynôme caractéristique est ''P'' à un facteur constant près. {{Solution|contenu= #<math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #D'après l'hypothèse, et compte tenu du fait que si <math>\lambda</math> est racine de ''P'' alors <math>\overline\lambda</math> est aussi une racine de ''P'', de même multiplicité, ''P'' est produit de facteurs des quatre formes suivantes : #*<math>X-\varepsilon</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math> ; #*<math>(X-u)(X-\overline u)</math> avec <math>|u|=1</math> et <math>u\ne\pm1</math> ; #*<math>(X-t)(X-1/t)</math> avec <math>t\in\R\setminus\{1,-1\}</math> ; #*<math>(X-\lambda)(X-1/\lambda)(X-\overline\lambda)(X-1/\overline\lambda)</math> avec <math>|\lambda|\ne1</math> et <math>\lambda\notin\R</math>. En raisonnant par blocs, il suffit de prouver l'assertion dans le cas où ''P'' lui-même est de l'une de ces quatre formes. Pour les deux premières formes, l'assertion est immédiate, en prenant pour ''B'' le produit scalaire canonique. Pour les troisième et quatrième formes, il suffit d'utiliser les questions 1 et 2, respectivement. }} ==Exercice 3-3== #Existe-t-il une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' sur <math>\R^2</math> telle que la [[Réduction des endomorphismes/Réductions de Jordan et de Dunford#Réduction de Jordan|matrice de Jordan]] <math>\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> soit ''B''-orthogonale ? #Même question (sur <math>\R^3</math>) pour <math>\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Soient <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b\\b&c\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b\\a+b&a+2b+c\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, mais ''B'' est alors dégénérée. #Soient maintenant <math>A=\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b&c\\b&d&e\\c&e&f\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b&b+c\\a+b&a+2b+d&b+c+d+e\\b+c&b+c+d+e&d+2e+f\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, <math>d=-c</math> et <math>e=c/2</math>, c.-à-d. <math>B=\begin{pmatrix}0&0&c\\0&-c&c/2\\c&c/2&f\end{pmatrix}</math>, et ''B'' est alors non dégénérée si et seulement si <math>c\ne0</math>. }} ==Exercice 3-4== On rappelle (cf. [[Réduction des endomorphismes/Exercices/Diagonalisation et sous-espaces stables#Exercice 1-6]]) que pour tout endomorphisme d'un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension finie, il existe un sous-espace stable de dimension 1 ou 2. Soient ''E'' un espace euclidien et <math>\varphi\in O(E)</math>. #Montrer que toutes les valeurs propres de ''φ'' sont de module 1 (en particulier ses seules éventuelles valeurs propres réelles sont 1 et –1). #Montrer que pour tout sous-espace ''F'' stable par ''φ'', le sous-espace ''F''{{exp|⊥}} est aussi stable par ''φ''. #Montrer qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme #:<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} R_{\theta_1}& & \\ & \ddots & \\ & & R_{\theta_k} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} \pm 1 & & \\ & \ddots & \\ & & \pm 1 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. #Montrer que cette matrice est diagonalisable sur <math>\Complex</math>. {{Solution|contenu= #Soit un vecteur <math>u\ne0</math> tel que <math>\varphi(u)=\lambda u</math>. Alors, <math>\|u\|=\|\varphi(u)\|=|\lambda|\|u\|</math> donc <math>|\lambda|=1</math>. #Si ''F'' est stable par ''φ'' alors ''F''{{exp|⊥}} est évidemment stable par ''φ''* (ceci vaut pour n'importe quel endomorphisme ''φ''), c'est-à-dire ici par ''φ''{{exp|–1}}. Puisque ''φ''{{exp|–1}} préserve la dimension, l'inclusion <math>\varphi^{-1}(F^\perp)\subset F^\perp</math> est en fait une égalité, donc <math>F^\perp=\varphi(F^\perp)</math>. #On raisonne par récurrence sur ''n'' = dim ''E''. Si ''n'' = 0, il n'y a rien à démontrer. Supposons donc ''n'' > 0 et que l'assertion est vraie pour tout espace euclidien de dimension < ''n''. Si ''φ'' a une valeur propre (nécessairement égale à ±1 d'après la question 1), on choisit une droite propre associée ''F'', et l'on conclut grâce à la question 2 et à l'hypothèse de récurrence appliquée à ''F''{{exp|⊥}}. Si ''φ'' n'a pas de valeur propre alors, d'après le rappel, il existe dans ''E'' un plan ''F'' ''φ''-invariant. La restriction de ''φ'' à ''F'' est un automorphisme orthogonal du plan sans valeur propre ; c'est donc une rotation, et l'on conclut comme précédemment. #Si <math>\theta\notin\pi\Z</math>, les deux valeurs propres <math>\mathrm e^{\pm \mathrm i\theta}</math> de <math>R_\theta</math> sont distinctes. Si <math>\theta\in\pi\Z</math>, <math>R_\theta=\pm\mathrm I_2</math>. }} Soit ''φ'' un endomorphisme de ''E'' antisymétrique, c'est-à-dire tel que ''φ''* = –''φ''. Montrer de même qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme :<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} \lambda_1R_{\pi/2}& & \\ & \ddots & \\ & &\lambda_kR_{\pi/2} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} 0 & & \\ & \ddots & \\ & & 0 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>\lambda_k\in\R</math>. {{Solution|contenu= Pour tout sous-espace stable ''F'', comme déjà remarqué, ''F''{{exp|⊥}} est stable par ''φ''*, c'est-à-dire ici stable par –''φ'', donc par ''φ''. Ceci permet de raisonner par récurrence comme dans le cas où ''φ'' était orthogonal, pour aboutir ici à l'existence d'une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme <math>\operatorname{diag}(A_1,\dots,A_k,b_1,\dots,b_\ell)</math> les matrices carrées <math>A_i</math> et <math>b_j</math> (de tailles respectives 2 et 1) étant {{w|matrice antisymétrique|antisymétriques}}, ce qui se traduit par <math>b_j=0</math> et <math>A_i=\begin{pmatrix} 0 &-\lambda_i\\ \lambda_i& 0 \end{pmatrix}=\lambda_iR_{\pi/2}</math>. }} ==Exercice 3-5== À l'aide de l'exercice précédent, démontrer que tout endomorphisme orthogonal d'un espace euclidien est à la fois : #composé de réflexions (c.-à-d. symétries orthogonales par rapport à des hyperplans) ; #composé de deux symétries orthogonales. {{Solution|contenu= Il suffit de remarquer que le plan, toute rotation ''R'' est composée de deux réflexions. En effet, les réflexions du plan sont les isométries négatives, or pour toute isométrie négative ''S'', ''S''{{exp|–1}}∗''R'' est une isométrie négative ''T'' et ''R = S''∗''T''. }} ==Exercice 3-6== Soient ''E'' un plan euclidien et ''φ'' une similitude de ''E'' dont la matrice dans une certaine base (''u'', ''v'') est de la forme <math>A=\begin{pmatrix}a&-b\\b&a\end{pmatrix}</math> avec <math>b\ne0</math>. Montrer que ''u'' et ''v'' sont orthogonaux et de même norme. {{Solution|contenu= Remarquons d'abord que la similitude ''φ'' est directe (car det(''A'') > 0). Sa matrice dans une base orthonormée quelconque (''i'', ''j'') est donc égale soit à ''A'', soit à ''A''{{exp|T}}. Soit <math>P=\begin{pmatrix}p&q\\r&s\end{pmatrix}</math> la matrice de (''u'', ''v'') dans (''i'', ''j''). Si ''A = P''{{exp|–1}}''AP'', on trouve (par le calcul) que ''q = –r'' et ''s = p'', d'où la conclusion annoncée. Si ''A = P''{{exp|–1}}''A''{{exp|T}}''P'' alors ''q = r'' et ''s = –p'', d'où la même conclusion. }} ==Exercice 3-7== Déterminer la nature d'un endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> ainsi que l'angle de rotation, en fonction du déterminant et de la trace de ''φ''. {{Solution|contenu= D'après l'exercice 3-4, tout endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> a pour matrice, dans une certaine base orthonormée, <math>A=\begin{pmatrix}R_\theta&0\\0&\varepsilon\end{pmatrix}</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math>. On a det ''φ'' = <math>\varepsilon</math> et tr ''φ'' = <math>2\cos\theta+\varepsilon</math>. Donc si det ''φ'' = 1, ''φ'' est une rotation et si det ''φ'' = –1, ''φ'' est une rotation suivie (ou précédée) de la réflexion par rapport au plan orthogonal à l'axe de cette rotation. Dans les deux cas, l'angle de rotation a pour cosinus <math>\frac{\operatorname{tr}\varphi-\det\varphi}2</math>. }} ==Exercice 3-8== Pour chacune des quatre matrices orthogonales suivantes, trouver une base orthonormée dans laquelle la matrice prend la forme canonique de l’exercice 3-4 : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&-1&2\\2&2&-1\\-1&2&2\end{pmatrix},\quad B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&-\sqrt6\\1&3&\sqrt6\\\sqrt6&-\sqrt6&2\end{pmatrix},\quad C=\frac12\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&-1&-1\\1&-1&1&-1\\1&-1&-1&1\end{pmatrix},\quad D=\frac13\begin{pmatrix}1&1-\sqrt3&1+\sqrt3\\1+\sqrt3&1&1-\sqrt3\\1-\sqrt3&1+\sqrt3&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Aw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Au=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\1\\0\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Bw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\begin{pmatrix}0\\0\\1\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math>.<br><math>Bu=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc à nouveau, la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>a=\frac12\begin{pmatrix}-1\\1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Ca=-a</math> et l'hyperplan <math>a^\perp</math> est propre pour <math>1</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(a,b,c,d)</math> sera <math>\begin{pmatrix}-1&0\\0&\mathrm I_3\end{pmatrix}</math>, quel que soit le choix d'un triplet orthonormé <math>(b,c,d)</math> dans <math>a^\perp</math>.<br>Par exemple <math>b=\frac12\begin{pmatrix}1\\-1\\1\\1\end{pmatrix}</math>, <math>c=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\-1\\1\end{pmatrix}</math> et <math>d=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\1\\-1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Dw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Du=v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi2}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. }} Déterminer la nature des transformations de <math>\R^3</math> dont les matrices dans la base canonique sont : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix} 1 & -2 & -2\\ -2 & 1 & -2\\ 2 & 2 & -1\end{pmatrix}</math>, <math>B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&\sqrt6\\1&3&-\sqrt6\\-\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math>, <math>C=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ 1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>, <math>D=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ -1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>A,B,C,D</math> sont orthogonales, directes sauf <math>C</math>. <math>\ker(A-I)=\R(1,-1,0)</math>, <math>\ker(B-I)=\R(1,1,0)</math>, <math>\ker(-C-I)=\ker(C+I)=\R(1,-1,-1)</math>, <math>\ker(D-I)=\R(1,1,-1)</math> donc <math>A,B,-C,D</math> représentent des rotations d'axes ces droites. L'angle <math>\theta</math> est donné (au signe près) par <math>1+2\cos\theta=trace</math> et vaut respectivement <math>\pm\arccos(1/3),\pm\pi/3,\pm 2\pi/3,\pm 2\pi/3</math>. <math>C</math> est la composée de la rotation de même axe que <math>-C</math> et d'angle <math>\theta+\pi</math> par la symétrie orthogonale par rapport au plan orthogonal à cet axe. Pour préciser le <math>\theta=\pm\ldots</math> — dans <math>\R^3</math> muni de son orientation canonique et étant donné le choix d'une orientation de l'axe de rotation par un vecteur unitaire <math>u</math> — on peut utiliser que la partie antisymétrique de la rotation vaut <math>\sin\theta J_u</math>, où <math>J_u(x)=u\land x</math>. On trouve alors : *pour <math>A</math> avec <math>u=(1,-1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\arccos(1/3)</math> ; *pour <math>B</math> avec <math>u=(1,1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\pi/3</math> ; *pour <math>-C</math> avec <math>u=(1,-1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=-2\pi/3</math> ; *pour <math>D</math> avec <math>u=(1,1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=+2\pi/3</math>. }} Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}</math> une base orthonormée directe (b.o.n.d.) de <math>E</math>. Caractériser l'endomorphisme <math>f_i</math> de matrice <math>M_i</math> dans <math>{\cal B}</math>. :<math>M_1=\frac19\begin{pmatrix}8&-1&-4\\-1&8&-4\\-4&-4&-7\end{pmatrix}</math>, <math>M_2=\frac13\begin{pmatrix}2&1&2\\2&-2&-1\\-1&-2&2\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>f_1,f_2</math> sont deux endomorphismes orthogonaux car <math>M_1,M_2</math> sont deux matrices orthogonales car leurs trois colonnes sont de norme 1 et orthogonales 2 à 2. #<math>\ker(f_1-\mathrm{id})=</math> le plan <math>x+y+4z=0</math>, donc <math>f_1</math> est la symétrie orthogonale par rapport à ce plan. (On pourrait — mais ce n'est pas indispensable — vérifier que <math>\ker(f_1+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>u=(1,1,4)</math>, puisque le plan précédent est <math>u^\perp</math>, et calculer <math>\det(M_1)=-1</math>.) #<math>\ker(f_2+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>v=(-1,3,1)</math>, donc le plan <math>v^\perp</math> est stable par <math>f_2</math> et la restriction de <math>f_2</math> à ce plan est une isométrie n'admettant pas <math>-1</math> pour valeur propre, donc est une rotation, dont il reste à déterminer l'angle. Choisissons une b.o.n.d. <math>(i,j,k)</math> en posant <math>k=v/\sqrt{11}</math>, <math>i=(1,0,1)/\sqrt2</math>, <math>j=k\land i=(3,2,-3)/\sqrt{22}</math>. Alors <math>f_2(i)={5\over 6}i+{\sqrt{11}\over 6}j</math>, donc <math>f_2</math> est la composée de la symétrie orthogonale <math>\sigma</math> par rapport au plan <math>v^\perp=k^\perp</math>, et de la rotation <math>\rho</math> d'axe <math>k</math> et d'angle <math>\theta</math> avec <math>\cos\theta=\frac56</math> et <math>\sin\theta=\frac\sqrt{11}6</math>. En effet, l'égalité <math>f_2=\rho\sigma=\sigma\rho</math> est vraie sur <math>\R v</math> et sur <math>v^\perp</math>, donc sur leur somme directe <math>E</math>. (On pourrait vérifier que <math>\det(M_2)=-1</math>.) }} Trouver les réels <math>a,b,c</math> pour que la matrice suivante soit dans <math>\mathrm{SO}(3)</math> : :<math>U=\begin{pmatrix}1/\sqrt 3&-1/\sqrt 2&a\\1/\sqrt 3&1/\sqrt2&b\\1/\sqrt 3&0&c\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= (On vérifie d'abord que les deux premières colonnes sont bien de norme <math>1</math> et orthogonales). <math>\begin{pmatrix}a\\b\\c\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}\land\begin{pmatrix}-1\\1\\0\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}-1\\-1\\2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-9== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}=(i,j,k)</math> une base orthonormée directe de <math>E</math>. Écrire la matrice dans <math>{\cal B}</math> de la rotation d'axe <math>i+j-k</math> et d'angle <math>\pi/3</math>. {{Solution|contenu= (Une autre possibilité serait d'utiliser l'[[Produit vectoriel/Applications géométriques#Rotation|expression d'une rotation à l'aide du produit vectoriel]].) Soit <math>k'=(i+j-k)/\sqrt3</math>. <math>f(k')=k'</math>, et pour <math>Y\perp k', f(Y)=\cos(\pi/3)Y+\sin(\pi/3)k'\land Y</math>, donc pour <math>\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=X=\lambda k'+Y, f(X)=\lambda k'+\frac12Y+\frac\sqrt32k'\land Y</math>. Il reste à calculer (en fonction de <math>x,y,z</math>) <math>\lambda,Y,k'\land Y</math> : *<math>\lambda=\langle k',X\rangle=(x+y-z)/\sqrt3</math>, *<math>Y=X-\lambda k'=\frac13\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}</math>, *<math>k'\land Y=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}</math>, d'où <math>f(X)=(x+y-z)/3\begin{pmatrix}1\\1\\-1\end{pmatrix}+\frac16\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}+\frac12\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}=\frac16\begin{pmatrix}4x+4y+2z\\-2x+4y-4z\\-4x+2y+4z\end{pmatrix}</math>, d'où <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&2&1\\-1&2&-2\\-2&1&2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-10== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>q</math> et <math>a\in\mathrm L(E)</math> tel que <math>a^3=\mathrm{id}_E</math>. On définit alors la forme bilinéaire symétrique sur <math>E</math> : :<math>B(x,y)=\langle x,y\rangle+\langle a(x),a(y)\rangle+\langle a^2(x),a^2(y)\rangle</math>. #Montrer que <math>B</math> est un produit scalaire sur <math>E</math>. #Démontrer que <math>a</math> est orthogonal pour le produit scalaire <math>B</math>. #Montrer que <math>\det a=1</math>. Qu'en déduit-on sur la matrice de <math>a</math> dans une base orthonormée pour <math>B</math> ? #On suppose désormais <math>q=2</math> et <math>E=\R^2</math> euclidien canonique. On considère une matrice <math>A\in\mathrm M_2(\R)</math> telle que <math>A^3=\mathrm I_2</math> et <math>A\ne\mathrm I_2</math>. Soit <math>R(\theta)=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Déduire de la question précédente qu'il existe <math>P\in\mathrm {GL}_2(\R)</math> telle que <math>A=PR(\pm2\pi/3)P^{-1}</math>. {{Solution|contenu= #<math>B</math> est bilinéaire symétrique positive car pour tout <math>u\in\mathrm{GL}(E)</math>, <math>(x,y)\mapsto\langle u(x),u(y)\rangle</math> l'est. #<math>B(a(x),a(y))=B(x,y)</math>. #<math>(\det a)^3=\det\mathrm{id}_E=1</math>. Donc la matrice de <math>a</math> dans toute base orthonormée pour <math>B</math> appartient à <math>\mathrm{SO}(q)</math>. #Soit <math>P\in\mathrm{GL}_2(\R)</math> la matrice d'une base orthonormée pour <math>B</math>. Alors, <math>P^{-1}AP\in\mathrm{SO}(2)</math> donc <math>P^{-1}AP=R(\theta)</math> pour un certain angle non nul <math>\theta\in[-\pi,\pi]</math> tel que <math>3\theta\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc <math>\theta=\pm2\pi/3</math>. }} ==Exercice 3-11== Soient <math>E</math> euclidien de dimension 4 et <math>\varepsilon=(e_1,\ldots,e_4)</math> une base orthonormée de <math>E</math>. Soient <math>A=\frac14\begin{pmatrix}0&-2\sqrt2&2\sqrt2&0\\2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\-2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\0&\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math> et <math>u\in\mathrm L(E)</math> de matrice <math>A</math> dans <math>\varepsilon</math>. #Montrer que <math>u\in\mathrm O^+(E)</math>. #Soit <math>F</math> le plan engendré par <math>e_1</math> et <math>u(e_1)</math>. Montrer que <math>F</math> est stable par <math>u</math> et que la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est une rotation. #Montrer que le plan <math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> et est engendré par <math>e_4</math> et <math>u(e_4)</math>. La restriction de <math>u</math> à <math>F^\perp</math> est-elle une rotation ? {{Solution|contenu= #Calculs. #<math>u^2(e_1)=-e_1</math> donc <math>F</math> est stable. Dans la base <math>(e_1,u(e_1))</math>, la matrice de la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est <math>\begin{pmatrix}0&-1\\1&0\end{pmatrix}</math>, de déterminant <math>1</math>, donc c'est une rotation. #<math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> (cf. cours) et contient <math>e_4</math> donc aussi <math>u(e_4)</math>, qui forment donc une base de <math>F^\perp</math>. <math>1=\det(u)=\det(u_{|F})\det(u_{|F^\perp})=\det(u_{|F^\perp})</math> donc <math>u_{|F^\perp}</math> est une rotation. (Vérification : <math>u^2(e_4)=-e_4\dots</math>.) }} ==Exercice 3-12== Dans <math>\R^3</math> euclidien, soient <math>f,g</math> deux rotations, distinctes de l'identité. Montrer que <math>f\circ g=g\circ f</math> si et seulement si <math>f</math> et <math>g</math> sont soit deux rotations de même axe, soit deux retournements par rapport à deux droites orthogonales. Dans ce second cas, montrer que <math>f\circ g</math> est un retournement. {{Solution|contenu= Notons <math>\R x</math> l'axe de <math>f</math> et <math>\R y</math> celui de <math>g</math>, avec <math>x</math> et <math>y</math> unitaires. *Supposons <math>fg=gf</math>. Alors <math>f(y)=f(g(y))=g(f(y))</math> donc <math>f(y)\in\R y</math> donc <math>f(y)=\pm y</math>. Si <math>f(y)=y</math>, <math>y\in\R x</math> donc <math>f,g</math> ont même axe. Si <math>f,g</math> n'ont pas même axe alors <math>f(y)=-y</math>, donc <math>f</math> est un retournement (et <math>g</math> aussi en intervertissant <math>f,g</math> dans le raisonnement) et <math>y\perp\R x</math>. *Réciproque du premier cas : deux rotations de même axe commutent (et la composée est la rotation de même axe et d'angle la somme des deux angles). *Réciproque du second cas : deux retournements d'axes orthogonaux <math>\R x,\R y</math> commutent, et la composée est le retournement d'axe <math>\R(x\land y)</math> : on le voit géométriquement ou matriciellement. On peut aussi se contenter de prouver que <math>h:=f\circ g</math> est un retournement de <math>\R^3</math> (sans préciser son axe) en prouvant que <math>h^2={\rm id},h^*=h,\det(h)=1,h\ne{\rm id}</math>. *Raisonnement direct par équivalences, en utilisant l'exercice suivant. <math>fg=gf\Leftrightarrow gfg^{-1}=f\Leftrightarrow</math> (en notant <math>\alpha</math> l'angle de <math>f</math>) <math>g(x)=x</math> ou <math>(g(x)=-x</math> et <math>\alpha=-\alpha)\Leftrightarrow f</math> et <math>g</math> ont même axe ou sont deux retournements d'axes orthogonaux. }} ==Exercice 3-13== Dans <math>\R^3</math> euclidien orienté, soient <math>r</math> la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour d'un vecteur non nul <math>x</math>, et <math>g</math> une rotation quelconque. Montrer que <math>g\circ r\circ g^{-1}</math> est la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour de <math>g(x)</math>. {{Solution|contenu= Posons <math>x'=g(x)</math> et <math>r'=g\circ r\circ g^{-1}</math>. Quitte à diviser <math>x</math> et <math>x'</math> par leur norme (commune), on peut les supposer unitaires. La rotation <math>r</math> est caractérisée par <math>r(x)=x</math> et <math>\forall y\perp x\quad r(y)=(\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y</math>. On en déduit <math>r'(x')=g(r(x))=g(x)=x'</math> et <math>\forall y'\perp x'</math>, en posant <math>y=g^{-1}(y')</math>, <math>0=\langle g(y),g(x)\rangle=\langle y,x\rangle</math> donc <math>r'(y')=g(r(y))=g((\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y)=(\cos\alpha)g(y)+(\sin\alpha)g(x\land y)=(\cos\alpha)y'+(\sin\alpha)x'\wedge y'</math>, d'où le résultat. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] }} 8qrjpr8ca6kvlu7yz5n0tzyjqosnzm4 880990 880989 2022-07-31T09:33:39Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 3-13 */ +1 : simplicité de SO3 wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 3 | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | niveau = 15 }} {{Clr}} ==Exercice 3-1== Soit ''B'' une forme bilinéaire symétrique non dégénérée sur un ''K''-espace vectoriel de dimension ''n''. Soit <math>\varphi\in O(B)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\varphi:E\to E</math> une application linéaire telle que <math>B(\varphi(u),\varphi(v))=B(u,v)</math> pour tout <math>u,v\in E</math>. #Trouver une relation entre les matrices de ''φ'' et ''B'' dans une même base. #Montrer que det ''φ'' = ±1. #Soit <math>P_\varphi</math> le [[Réduction des endomorphismes/Valeurs et vecteurs_propres - Polynôme caractéristique#Polynôme caractéristique|polynôme caractéristique]] de ''φ''. Montrer que #:<math>P_\varphi(X)=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1}).</math> #:Indication. Soit ''A'' la matrice de ''φ''. En utilisant 1., montrer que <math>A^T</math> est [[Matrice/Relations entre matrices#Matrices semblables|semblable]] à <math>A^{-1}</math>. #Soit {{Surligner|''K''}} un corps contenant ''K'' tel que <math>P_\varphi</math> se décompose en facteurs linéaires sur <math>\overline K</math> (par exemple, si <math>K=\R</math> ou <math>\Q</math>, on peut supposer que <math>\overline K=\Complex</math>).<br>Montrer que si <math>\lambda\in\overline K</math> est racine de <math>P_\varphi</math>, alors <math>1/\lambda</math> est aussi une racine de <math>P_\varphi</math>, de la même multiplicité. {{Solution|contenu= Soient ''A'' la matrice de ''φ'' et ''M'' celle de ''B''. #On a <math>U^TMV=(AU)^TM(AV)=U^TA^TMAV</math> pour toutes matrices colonnes ''U'' et ''V'', donc <math>M=A^TMA</math>. #<math>\det M=\det(A^TMA)=(\det A)^2\det M</math> et <math>\det M\ne0</math> (car ''B'' est non dégénérée) donc <math>(\det A)^2=1</math>, c.-à-d. <math>\det A=\pm1</math>. #D'après 1., <math>MA^{-1}M^{-1}=A^T</math>, donc<br><math>P_\varphi(X)=\det(A-X\mathrm I_n)=\det((A-X\mathrm I_n)^T)=\det(A^T-X\mathrm I_n)=\det(MA^{-1}M^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(M(A^{-1}-X\mathrm I_n)M^{-1})</math><br><math>=\det(A^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(A^{-1})\det(\mathrm I_n-XA)=(\det A)^{-1}(-X)^n\det(-X^{-1}\mathrm I_n+A)=(\det\varphi)^{-1}(-X)^nP_\varphi(X^{-1})=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1})</math>,<br>la dernière égalité résultant de la question précédente. #Cette propriété est une conséquence immédiate de la précédente, d'après le fait général suivant :<br>si <math>P(X)=\prod_{i=1}^n(X-\lambda_i)</math> alors <math>X^nP(X^{-1})=\left((-1)^n\prod_{j=1}^n\lambda_j\right)\prod_{i=1}^n(X-1/\lambda_i)</math>. }} ==Exercice 3-2== #Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^2</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #On note <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^4</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #Soit ''P'' un polynôme à coefficients réels qui vérifie la condition de la question 4 de l'exercice précédent. Montrer qu'il existe une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' et un opérateur ''B''-orthogonal dont le polynôme caractéristique est ''P'' à un facteur constant près. {{Solution|contenu= #<math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #D'après l'hypothèse, et compte tenu du fait que si <math>\lambda</math> est racine de ''P'' alors <math>\overline\lambda</math> est aussi une racine de ''P'', de même multiplicité, ''P'' est produit de facteurs des quatre formes suivantes : #*<math>X-\varepsilon</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math> ; #*<math>(X-u)(X-\overline u)</math> avec <math>|u|=1</math> et <math>u\ne\pm1</math> ; #*<math>(X-t)(X-1/t)</math> avec <math>t\in\R\setminus\{1,-1\}</math> ; #*<math>(X-\lambda)(X-1/\lambda)(X-\overline\lambda)(X-1/\overline\lambda)</math> avec <math>|\lambda|\ne1</math> et <math>\lambda\notin\R</math>. En raisonnant par blocs, il suffit de prouver l'assertion dans le cas où ''P'' lui-même est de l'une de ces quatre formes. Pour les deux premières formes, l'assertion est immédiate, en prenant pour ''B'' le produit scalaire canonique. Pour les troisième et quatrième formes, il suffit d'utiliser les questions 1 et 2, respectivement. }} ==Exercice 3-3== #Existe-t-il une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' sur <math>\R^2</math> telle que la [[Réduction des endomorphismes/Réductions de Jordan et de Dunford#Réduction de Jordan|matrice de Jordan]] <math>\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> soit ''B''-orthogonale ? #Même question (sur <math>\R^3</math>) pour <math>\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Soient <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b\\b&c\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b\\a+b&a+2b+c\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, mais ''B'' est alors dégénérée. #Soient maintenant <math>A=\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b&c\\b&d&e\\c&e&f\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b&b+c\\a+b&a+2b+d&b+c+d+e\\b+c&b+c+d+e&d+2e+f\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, <math>d=-c</math> et <math>e=c/2</math>, c.-à-d. <math>B=\begin{pmatrix}0&0&c\\0&-c&c/2\\c&c/2&f\end{pmatrix}</math>, et ''B'' est alors non dégénérée si et seulement si <math>c\ne0</math>. }} ==Exercice 3-4== On rappelle (cf. [[Réduction des endomorphismes/Exercices/Diagonalisation et sous-espaces stables#Exercice 1-6]]) que pour tout endomorphisme d'un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension finie, il existe un sous-espace stable de dimension 1 ou 2. Soient ''E'' un espace euclidien et <math>\varphi\in O(E)</math>. #Montrer que toutes les valeurs propres de ''φ'' sont de module 1 (en particulier ses seules éventuelles valeurs propres réelles sont 1 et –1). #Montrer que pour tout sous-espace ''F'' stable par ''φ'', le sous-espace ''F''{{exp|⊥}} est aussi stable par ''φ''. #Montrer qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme #:<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} R_{\theta_1}& & \\ & \ddots & \\ & & R_{\theta_k} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} \pm 1 & & \\ & \ddots & \\ & & \pm 1 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. #Montrer que cette matrice est diagonalisable sur <math>\Complex</math>. {{Solution|contenu= #Soit un vecteur <math>u\ne0</math> tel que <math>\varphi(u)=\lambda u</math>. Alors, <math>\|u\|=\|\varphi(u)\|=|\lambda|\|u\|</math> donc <math>|\lambda|=1</math>. #Si ''F'' est stable par ''φ'' alors ''F''{{exp|⊥}} est évidemment stable par ''φ''* (ceci vaut pour n'importe quel endomorphisme ''φ''), c'est-à-dire ici par ''φ''{{exp|–1}}. Puisque ''φ''{{exp|–1}} préserve la dimension, l'inclusion <math>\varphi^{-1}(F^\perp)\subset F^\perp</math> est en fait une égalité, donc <math>F^\perp=\varphi(F^\perp)</math>. #On raisonne par récurrence sur ''n'' = dim ''E''. Si ''n'' = 0, il n'y a rien à démontrer. Supposons donc ''n'' > 0 et que l'assertion est vraie pour tout espace euclidien de dimension < ''n''. Si ''φ'' a une valeur propre (nécessairement égale à ±1 d'après la question 1), on choisit une droite propre associée ''F'', et l'on conclut grâce à la question 2 et à l'hypothèse de récurrence appliquée à ''F''{{exp|⊥}}. Si ''φ'' n'a pas de valeur propre alors, d'après le rappel, il existe dans ''E'' un plan ''F'' ''φ''-invariant. La restriction de ''φ'' à ''F'' est un automorphisme orthogonal du plan sans valeur propre ; c'est donc une rotation, et l'on conclut comme précédemment. #Si <math>\theta\notin\pi\Z</math>, les deux valeurs propres <math>\mathrm e^{\pm \mathrm i\theta}</math> de <math>R_\theta</math> sont distinctes. Si <math>\theta\in\pi\Z</math>, <math>R_\theta=\pm\mathrm I_2</math>. }} Soit ''φ'' un endomorphisme de ''E'' antisymétrique, c'est-à-dire tel que ''φ''* = –''φ''. Montrer de même qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme :<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} \lambda_1R_{\pi/2}& & \\ & \ddots & \\ & &\lambda_kR_{\pi/2} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} 0 & & \\ & \ddots & \\ & & 0 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>\lambda_k\in\R</math>. {{Solution|contenu= Pour tout sous-espace stable ''F'', comme déjà remarqué, ''F''{{exp|⊥}} est stable par ''φ''*, c'est-à-dire ici stable par –''φ'', donc par ''φ''. Ceci permet de raisonner par récurrence comme dans le cas où ''φ'' était orthogonal, pour aboutir ici à l'existence d'une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme <math>\operatorname{diag}(A_1,\dots,A_k,b_1,\dots,b_\ell)</math> les matrices carrées <math>A_i</math> et <math>b_j</math> (de tailles respectives 2 et 1) étant {{w|matrice antisymétrique|antisymétriques}}, ce qui se traduit par <math>b_j=0</math> et <math>A_i=\begin{pmatrix} 0 &-\lambda_i\\ \lambda_i& 0 \end{pmatrix}=\lambda_iR_{\pi/2}</math>. }} ==Exercice 3-5== À l'aide de l'exercice précédent, démontrer que tout endomorphisme orthogonal d'un espace euclidien est à la fois : #composé de réflexions (c.-à-d. symétries orthogonales par rapport à des hyperplans) ; #composé de deux symétries orthogonales. {{Solution|contenu= Il suffit de remarquer que le plan, toute rotation ''R'' est composée de deux réflexions. En effet, les réflexions du plan sont les isométries négatives, or pour toute isométrie négative ''S'', ''S''{{exp|–1}}∗''R'' est une isométrie négative ''T'' et ''R = S''∗''T''. }} ==Exercice 3-6== Soient ''E'' un plan euclidien et ''φ'' une similitude de ''E'' dont la matrice dans une certaine base (''u'', ''v'') est de la forme <math>A=\begin{pmatrix}a&-b\\b&a\end{pmatrix}</math> avec <math>b\ne0</math>. Montrer que ''u'' et ''v'' sont orthogonaux et de même norme. {{Solution|contenu= Remarquons d'abord que la similitude ''φ'' est directe (car det(''A'') > 0). Sa matrice dans une base orthonormée quelconque (''i'', ''j'') est donc égale soit à ''A'', soit à ''A''{{exp|T}}. Soit <math>P=\begin{pmatrix}p&q\\r&s\end{pmatrix}</math> la matrice de (''u'', ''v'') dans (''i'', ''j''). Si ''A = P''{{exp|–1}}''AP'', on trouve (par le calcul) que ''q = –r'' et ''s = p'', d'où la conclusion annoncée. Si ''A = P''{{exp|–1}}''A''{{exp|T}}''P'' alors ''q = r'' et ''s = –p'', d'où la même conclusion. }} ==Exercice 3-7== Déterminer la nature d'un endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> ainsi que l'angle de rotation, en fonction du déterminant et de la trace de ''φ''. {{Solution|contenu= D'après l'exercice 3-4, tout endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> a pour matrice, dans une certaine base orthonormée, <math>A=\begin{pmatrix}R_\theta&0\\0&\varepsilon\end{pmatrix}</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math>. On a det ''φ'' = <math>\varepsilon</math> et tr ''φ'' = <math>2\cos\theta+\varepsilon</math>. Donc si det ''φ'' = 1, ''φ'' est une rotation et si det ''φ'' = –1, ''φ'' est une rotation suivie (ou précédée) de la réflexion par rapport au plan orthogonal à l'axe de cette rotation. Dans les deux cas, l'angle de rotation a pour cosinus <math>\frac{\operatorname{tr}\varphi-\det\varphi}2</math>. }} ==Exercice 3-8== Pour chacune des quatre matrices orthogonales suivantes, trouver une base orthonormée dans laquelle la matrice prend la forme canonique de l’exercice 3-4 : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&-1&2\\2&2&-1\\-1&2&2\end{pmatrix},\quad B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&-\sqrt6\\1&3&\sqrt6\\\sqrt6&-\sqrt6&2\end{pmatrix},\quad C=\frac12\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&-1&-1\\1&-1&1&-1\\1&-1&-1&1\end{pmatrix},\quad D=\frac13\begin{pmatrix}1&1-\sqrt3&1+\sqrt3\\1+\sqrt3&1&1-\sqrt3\\1-\sqrt3&1+\sqrt3&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Aw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Au=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\1\\0\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Bw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\begin{pmatrix}0\\0\\1\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math>.<br><math>Bu=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc à nouveau, la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>a=\frac12\begin{pmatrix}-1\\1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Ca=-a</math> et l'hyperplan <math>a^\perp</math> est propre pour <math>1</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(a,b,c,d)</math> sera <math>\begin{pmatrix}-1&0\\0&\mathrm I_3\end{pmatrix}</math>, quel que soit le choix d'un triplet orthonormé <math>(b,c,d)</math> dans <math>a^\perp</math>.<br>Par exemple <math>b=\frac12\begin{pmatrix}1\\-1\\1\\1\end{pmatrix}</math>, <math>c=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\-1\\1\end{pmatrix}</math> et <math>d=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\1\\-1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Dw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Du=v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi2}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. }} Déterminer la nature des transformations de <math>\R^3</math> dont les matrices dans la base canonique sont : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix} 1 & -2 & -2\\ -2 & 1 & -2\\ 2 & 2 & -1\end{pmatrix}</math>, <math>B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&\sqrt6\\1&3&-\sqrt6\\-\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math>, <math>C=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ 1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>, <math>D=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ -1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>A,B,C,D</math> sont orthogonales, directes sauf <math>C</math>. <math>\ker(A-I)=\R(1,-1,0)</math>, <math>\ker(B-I)=\R(1,1,0)</math>, <math>\ker(-C-I)=\ker(C+I)=\R(1,-1,-1)</math>, <math>\ker(D-I)=\R(1,1,-1)</math> donc <math>A,B,-C,D</math> représentent des rotations d'axes ces droites. L'angle <math>\theta</math> est donné (au signe près) par <math>1+2\cos\theta=trace</math> et vaut respectivement <math>\pm\arccos(1/3),\pm\pi/3,\pm 2\pi/3,\pm 2\pi/3</math>. <math>C</math> est la composée de la rotation de même axe que <math>-C</math> et d'angle <math>\theta+\pi</math> par la symétrie orthogonale par rapport au plan orthogonal à cet axe. Pour préciser le <math>\theta=\pm\ldots</math> — dans <math>\R^3</math> muni de son orientation canonique et étant donné le choix d'une orientation de l'axe de rotation par un vecteur unitaire <math>u</math> — on peut utiliser que la partie antisymétrique de la rotation vaut <math>\sin\theta J_u</math>, où <math>J_u(x)=u\land x</math>. On trouve alors : *pour <math>A</math> avec <math>u=(1,-1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\arccos(1/3)</math> ; *pour <math>B</math> avec <math>u=(1,1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\pi/3</math> ; *pour <math>-C</math> avec <math>u=(1,-1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=-2\pi/3</math> ; *pour <math>D</math> avec <math>u=(1,1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=+2\pi/3</math>. }} Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}</math> une base orthonormée directe (b.o.n.d.) de <math>E</math>. Caractériser l'endomorphisme <math>f_i</math> de matrice <math>M_i</math> dans <math>{\cal B}</math>. :<math>M_1=\frac19\begin{pmatrix}8&-1&-4\\-1&8&-4\\-4&-4&-7\end{pmatrix}</math>, <math>M_2=\frac13\begin{pmatrix}2&1&2\\2&-2&-1\\-1&-2&2\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>f_1,f_2</math> sont deux endomorphismes orthogonaux car <math>M_1,M_2</math> sont deux matrices orthogonales car leurs trois colonnes sont de norme 1 et orthogonales 2 à 2. #<math>\ker(f_1-\mathrm{id})=</math> le plan <math>x+y+4z=0</math>, donc <math>f_1</math> est la symétrie orthogonale par rapport à ce plan. (On pourrait — mais ce n'est pas indispensable — vérifier que <math>\ker(f_1+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>u=(1,1,4)</math>, puisque le plan précédent est <math>u^\perp</math>, et calculer <math>\det(M_1)=-1</math>.) #<math>\ker(f_2+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>v=(-1,3,1)</math>, donc le plan <math>v^\perp</math> est stable par <math>f_2</math> et la restriction de <math>f_2</math> à ce plan est une isométrie n'admettant pas <math>-1</math> pour valeur propre, donc est une rotation, dont il reste à déterminer l'angle. Choisissons une b.o.n.d. <math>(i,j,k)</math> en posant <math>k=v/\sqrt{11}</math>, <math>i=(1,0,1)/\sqrt2</math>, <math>j=k\land i=(3,2,-3)/\sqrt{22}</math>. Alors <math>f_2(i)={5\over 6}i+{\sqrt{11}\over 6}j</math>, donc <math>f_2</math> est la composée de la symétrie orthogonale <math>\sigma</math> par rapport au plan <math>v^\perp=k^\perp</math>, et de la rotation <math>\rho</math> d'axe <math>k</math> et d'angle <math>\theta</math> avec <math>\cos\theta=\frac56</math> et <math>\sin\theta=\frac\sqrt{11}6</math>. En effet, l'égalité <math>f_2=\rho\sigma=\sigma\rho</math> est vraie sur <math>\R v</math> et sur <math>v^\perp</math>, donc sur leur somme directe <math>E</math>. (On pourrait vérifier que <math>\det(M_2)=-1</math>.) }} Trouver les réels <math>a,b,c</math> pour que la matrice suivante soit dans <math>\mathrm{SO}(3)</math> : :<math>U=\begin{pmatrix}1/\sqrt 3&-1/\sqrt 2&a\\1/\sqrt 3&1/\sqrt2&b\\1/\sqrt 3&0&c\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= (On vérifie d'abord que les deux premières colonnes sont bien de norme <math>1</math> et orthogonales). <math>\begin{pmatrix}a\\b\\c\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}\land\begin{pmatrix}-1\\1\\0\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}-1\\-1\\2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-9== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}=(i,j,k)</math> une base orthonormée directe de <math>E</math>. Écrire la matrice dans <math>{\cal B}</math> de la rotation d'axe <math>i+j-k</math> et d'angle <math>\pi/3</math>. {{Solution|contenu= (Une autre possibilité serait d'utiliser l'[[Produit vectoriel/Applications géométriques#Rotation|expression d'une rotation à l'aide du produit vectoriel]].) Soit <math>k'=(i+j-k)/\sqrt3</math>. <math>f(k')=k'</math>, et pour <math>Y\perp k', f(Y)=\cos(\pi/3)Y+\sin(\pi/3)k'\land Y</math>, donc pour <math>\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=X=\lambda k'+Y, f(X)=\lambda k'+\frac12Y+\frac\sqrt32k'\land Y</math>. Il reste à calculer (en fonction de <math>x,y,z</math>) <math>\lambda,Y,k'\land Y</math> : *<math>\lambda=\langle k',X\rangle=(x+y-z)/\sqrt3</math>, *<math>Y=X-\lambda k'=\frac13\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}</math>, *<math>k'\land Y=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}</math>, d'où <math>f(X)=(x+y-z)/3\begin{pmatrix}1\\1\\-1\end{pmatrix}+\frac16\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}+\frac12\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}=\frac16\begin{pmatrix}4x+4y+2z\\-2x+4y-4z\\-4x+2y+4z\end{pmatrix}</math>, d'où <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&2&1\\-1&2&-2\\-2&1&2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-10== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>q</math> et <math>a\in\mathrm L(E)</math> tel que <math>a^3=\mathrm{id}_E</math>. On définit alors la forme bilinéaire symétrique sur <math>E</math> : :<math>B(x,y)=\langle x,y\rangle+\langle a(x),a(y)\rangle+\langle a^2(x),a^2(y)\rangle</math>. #Montrer que <math>B</math> est un produit scalaire sur <math>E</math>. #Démontrer que <math>a</math> est orthogonal pour le produit scalaire <math>B</math>. #Montrer que <math>\det a=1</math>. Qu'en déduit-on sur la matrice de <math>a</math> dans une base orthonormée pour <math>B</math> ? #On suppose désormais <math>q=2</math> et <math>E=\R^2</math> euclidien canonique. On considère une matrice <math>A\in\mathrm M_2(\R)</math> telle que <math>A^3=\mathrm I_2</math> et <math>A\ne\mathrm I_2</math>. Soit <math>R(\theta)=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Déduire de la question précédente qu'il existe <math>P\in\mathrm {GL}_2(\R)</math> telle que <math>A=PR(\pm2\pi/3)P^{-1}</math>. {{Solution|contenu= #<math>B</math> est bilinéaire symétrique positive car pour tout <math>u\in\mathrm{GL}(E)</math>, <math>(x,y)\mapsto\langle u(x),u(y)\rangle</math> l'est. #<math>B(a(x),a(y))=B(x,y)</math>. #<math>(\det a)^3=\det\mathrm{id}_E=1</math>. Donc la matrice de <math>a</math> dans toute base orthonormée pour <math>B</math> appartient à <math>\mathrm{SO}(q)</math>. #Soit <math>P\in\mathrm{GL}_2(\R)</math> la matrice d'une base orthonormée pour <math>B</math>. Alors, <math>P^{-1}AP\in\mathrm{SO}(2)</math> donc <math>P^{-1}AP=R(\theta)</math> pour un certain angle non nul <math>\theta\in[-\pi,\pi]</math> tel que <math>3\theta\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc <math>\theta=\pm2\pi/3</math>. }} ==Exercice 3-11== Soient <math>E</math> euclidien de dimension 4 et <math>\varepsilon=(e_1,\ldots,e_4)</math> une base orthonormée de <math>E</math>. Soient <math>A=\frac14\begin{pmatrix}0&-2\sqrt2&2\sqrt2&0\\2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\-2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\0&\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math> et <math>u\in\mathrm L(E)</math> de matrice <math>A</math> dans <math>\varepsilon</math>. #Montrer que <math>u\in\mathrm O^+(E)</math>. #Soit <math>F</math> le plan engendré par <math>e_1</math> et <math>u(e_1)</math>. Montrer que <math>F</math> est stable par <math>u</math> et que la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est une rotation. #Montrer que le plan <math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> et est engendré par <math>e_4</math> et <math>u(e_4)</math>. La restriction de <math>u</math> à <math>F^\perp</math> est-elle une rotation ? {{Solution|contenu= #Calculs. #<math>u^2(e_1)=-e_1</math> donc <math>F</math> est stable. Dans la base <math>(e_1,u(e_1))</math>, la matrice de la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est <math>\begin{pmatrix}0&-1\\1&0\end{pmatrix}</math>, de déterminant <math>1</math>, donc c'est une rotation. #<math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> (cf. cours) et contient <math>e_4</math> donc aussi <math>u(e_4)</math>, qui forment donc une base de <math>F^\perp</math>. <math>1=\det(u)=\det(u_{|F})\det(u_{|F^\perp})=\det(u_{|F^\perp})</math> donc <math>u_{|F^\perp}</math> est une rotation. (Vérification : <math>u^2(e_4)=-e_4\dots</math>.) }} ==Exercice 3-12== Dans <math>\R^3</math> euclidien, soient <math>f,g</math> deux rotations, distinctes de l'identité. Montrer que <math>f\circ g=g\circ f</math> si et seulement si <math>f</math> et <math>g</math> sont soit deux rotations de même axe, soit deux retournements par rapport à deux droites orthogonales. Dans ce second cas, montrer que <math>f\circ g</math> est un retournement. {{Solution|contenu= Notons <math>\R x</math> l'axe de <math>f</math> et <math>\R y</math> celui de <math>g</math>, avec <math>x</math> et <math>y</math> unitaires. *Supposons <math>fg=gf</math>. Alors <math>f(y)=f(g(y))=g(f(y))</math> donc <math>f(y)\in\R y</math> donc <math>f(y)=\pm y</math>. Si <math>f(y)=y</math>, <math>y\in\R x</math> donc <math>f,g</math> ont même axe. Si <math>f,g</math> n'ont pas même axe alors <math>f(y)=-y</math>, donc <math>f</math> est un retournement (et <math>g</math> aussi en intervertissant <math>f,g</math> dans le raisonnement) et <math>y\perp\R x</math>. *Réciproque du premier cas : deux rotations de même axe commutent (et la composée est la rotation de même axe et d'angle la somme des deux angles). *Réciproque du second cas : deux retournements d'axes orthogonaux <math>\R x,\R y</math> commutent, et la composée est le retournement d'axe <math>\R(x\land y)</math> : on le voit géométriquement ou matriciellement. On peut aussi se contenter de prouver que <math>h:=f\circ g</math> est un retournement de <math>\R^3</math> (sans préciser son axe) en prouvant que <math>h^2={\rm id},h^*=h,\det(h)=1,h\ne{\rm id}</math>. *Raisonnement direct par équivalences, en utilisant l'exercice suivant. <math>fg=gf\Leftrightarrow gfg^{-1}=f\Leftrightarrow</math> (en notant <math>\alpha</math> l'angle de <math>f</math>) <math>g(x)=x</math> ou <math>(g(x)=-x</math> et <math>\alpha=-\alpha)\Leftrightarrow f</math> et <math>g</math> ont même axe ou sont deux retournements d'axes orthogonaux. }} ==Exercice 3-13== Dans <math>\R^3</math> euclidien orienté, soient <math>r</math> la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour d'un vecteur non nul <math>x</math>, et <math>g</math> une rotation quelconque. Montrer que <math>g\circ r\circ g^{-1}</math> est la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour de <math>g(x)</math>. {{Solution|contenu= Posons <math>x'=g(x)</math> et <math>r'=g\circ r\circ g^{-1}</math>. Quitte à diviser <math>x</math> et <math>x'</math> par leur norme (commune), on peut les supposer unitaires. La rotation <math>r</math> est caractérisée par <math>r(x)=x</math> et <math>\forall y\perp x\quad r(y)=(\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y</math>. On en déduit <math>r'(x')=g(r(x))=g(x)=x'</math> et <math>\forall y'\perp x'</math>, en posant <math>y=g^{-1}(y')</math>, <math>0=\langle g(y),g(x)\rangle=\langle y,x\rangle</math> donc <math>r'(y')=g(r(y))=g((\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y)=(\cos\alpha)g(y)+(\sin\alpha)g(x\land y)=(\cos\alpha)y'+(\sin\alpha)x'\wedge y'</math>, d'où le résultat. }} ==Exercice 3-14== ([[Théorie des groupes/Sous-groupe distingué et groupe quotient#Notion de groupe simple|Simplicité]] de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>) Soit <math>G</math> un [[Théorie des groupes/Sous-groupe distingué et groupe quotient|sous-groupe distingué]] du groupe <math>{\rm SO}(\R^3)</math> des rotations de <math>\R^3</math>. On suppose <math>G</math> non réduit au neutre (l'identité de <math>\R^3</math>) et l'on va montrer qu'alors <math>G</math> contient au moins un retournement (c), puis qu'il les contient tous (d), puis finalement que <math>G={\rm SO}(\R^3)</math> tout entier (e). '''a)''' Soit <math>f</math> un élément de <math>G</math> différent de l'identité. En considérant les <math>f^n=f\circ f\circ\ldots f</math>, montrer qu'il existe dans <math>G</math> au moins une rotation <math>g</math> d'angle <math>\theta</math> tel que <math>\cos\theta<0</math>. '''b)''' Montrer qu'il existe un vecteur non nul <math>x</math> tel que <math>g(x)\perp x</math>. '''c)''' On note <math>r</math> le retournement autour de <math>\R x</math> et <math>R=r\circ g\circ r\circ g^{-1}</math>. '''i)''' Montrer que <math>R\in G</math>. '''ii)''' Montrer que <math>R</math> est un retournement (utiliser le résultat des deux exercices précédents). '''d)''' Soit <math>s</math> un retournement arbitraire. '''i)''' Montrer qu'il existe une rotation <math>t</math> telle que <math>t\circ R\circ t^{-1}=s</math> (utiliser le résultat de l'exercice précédent). '''ii)''' En déduire que <math>s\in G</math>. '''iii)''' En déduire que <math>G</math> contient tous les retournements. '''e)''' '''i)''' Démontrer que toute rotation dans <math>\R^3</math> est un produit de deux retournements. '''ii)''' En déduire que <math>G={\rm SO}(\R^3)</math>. {{Solution|contenu= '''a)''' Soit <math>\alpha\in[-\pi,\pi]</math> l'angle de la rotation <math>f</math>. Il s'agit de prouver qu'il existe <math>n\in\N^*</math> tel que <math>\cos(n\alpha)<0</math>. Si un tel <math>n</math> n'existait pas on aurait (par récurrence sur <math>k</math>) <math>\forall k\in\N\quad2^k\alpha\in[-\pi/2,\pi/2]</math>, d'où <math>\alpha=0</math>, ce qui est exclu par l'hypothèse <math>f\ne{\rm id}</math>. '''b)''' Soient <math>k</math> un vecteur unitaire de l'axe de la rotation <math>g</math>, et <math>i</math> un vecteur unitaire orthogonal à <math>k</math>. Posons <math>x=i+tk</math> avec <math>t\in\R</math>. Alors <math>\langle x,g(x)\rangle=\langle i+tk,g(i)+tk\rangle=\langle i,g(i)\rangle +t^2=\cos\theta+t^2</math> est nul pour <math>t=\pm\sqrt{-\cos\theta}</math>. '''c)''' '''i)''' <math>r=r^{-1}</math> donc <math>R=(r^{-1}gr)g^{-1}</math> donc <math>R\in G</math> car <math>g\in G</math>, <math>r\in{\rm SO}(\R^3)</math> et <math>G</math> est un sous-groupe distingué de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>. '''ii)''' D'après l'exercice précédent (appliqué à <math>\alpha=\pi</math>), <math>g\circ r\circ g^{-1}</math> est le retournement d'axe <math>\R g(x)</math>. D'après la fin de l'exercice 3-12, <math>R</math> est donc un retournement. '''d)'' '''i)''' Soient <math>\Delta</math> l'axe de <math>R</math> et <math>D</math> celui de <math>s</math>. D'après l'exercice précédent, il s'agit de trouver une rotation <math>t</math> telle que <math>t(\Delta)=D</math>. Si <math>D=\Delta</math>, <math>t=\rm id</math> est une solution. Si <math>D\ne\Delta</math>, on peut par exemple choisir pour <math>t</math> le retournement par rapport à l'une des deux bissectrices de <math>D</math> et <math>\Delta</math>. '''ii)''' <math>R\in G</math>, <math>t\in{\rm SO}(\R^3)</math> et <math>G</math> est un sous-groupe distingué de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>. '''iii)''' On vient de prouver que n'importe quel retournement <math>s</math> appartient à <math>G</math>. '''e)''' '''i)''' Soient <math>f</math> une rotation dans <math>\R^3</math> et <math>D</math> son axe. Pour décomposer <math>f</math> en produit de deux retournements d'axes <math>D_1,D_2</math> il suffit de décomposer, dans le plan <math>D^\perp</math>, la rotation plane restriction de <math>f</math> en produit de deux symétries orthogonales d'axes <math>D_1,D_2</math>. Une telle décomposition est toujours possible (on peut même choisir arbitrairement, dans le plan <math>D^\perp</math>, l'une des deux droites <math>D_1,D_2</math>). '''ii)''' Résulte de d.iii et e.i. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] }} m1fj0qcvtmc71rijjzr5ugqygi5hbp5 880991 880990 2022-07-31T09:34:25Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 3-14 */ wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 3 | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | niveau = 15 }} {{Clr}} ==Exercice 3-1== Soit ''B'' une forme bilinéaire symétrique non dégénérée sur un ''K''-espace vectoriel de dimension ''n''. Soit <math>\varphi\in O(B)</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\varphi:E\to E</math> une application linéaire telle que <math>B(\varphi(u),\varphi(v))=B(u,v)</math> pour tout <math>u,v\in E</math>. #Trouver une relation entre les matrices de ''φ'' et ''B'' dans une même base. #Montrer que det ''φ'' = ±1. #Soit <math>P_\varphi</math> le [[Réduction des endomorphismes/Valeurs et vecteurs_propres - Polynôme caractéristique#Polynôme caractéristique|polynôme caractéristique]] de ''φ''. Montrer que #:<math>P_\varphi(X)=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1}).</math> #:Indication. Soit ''A'' la matrice de ''φ''. En utilisant 1., montrer que <math>A^T</math> est [[Matrice/Relations entre matrices#Matrices semblables|semblable]] à <math>A^{-1}</math>. #Soit {{Surligner|''K''}} un corps contenant ''K'' tel que <math>P_\varphi</math> se décompose en facteurs linéaires sur <math>\overline K</math> (par exemple, si <math>K=\R</math> ou <math>\Q</math>, on peut supposer que <math>\overline K=\Complex</math>).<br>Montrer que si <math>\lambda\in\overline K</math> est racine de <math>P_\varphi</math>, alors <math>1/\lambda</math> est aussi une racine de <math>P_\varphi</math>, de la même multiplicité. {{Solution|contenu= Soient ''A'' la matrice de ''φ'' et ''M'' celle de ''B''. #On a <math>U^TMV=(AU)^TM(AV)=U^TA^TMAV</math> pour toutes matrices colonnes ''U'' et ''V'', donc <math>M=A^TMA</math>. #<math>\det M=\det(A^TMA)=(\det A)^2\det M</math> et <math>\det M\ne0</math> (car ''B'' est non dégénérée) donc <math>(\det A)^2=1</math>, c.-à-d. <math>\det A=\pm1</math>. #D'après 1., <math>MA^{-1}M^{-1}=A^T</math>, donc<br><math>P_\varphi(X)=\det(A-X\mathrm I_n)=\det((A-X\mathrm I_n)^T)=\det(A^T-X\mathrm I_n)=\det(MA^{-1}M^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(M(A^{-1}-X\mathrm I_n)M^{-1})</math><br><math>=\det(A^{-1}-X\mathrm I_n)=\det(A^{-1})\det(\mathrm I_n-XA)=(\det A)^{-1}(-X)^n\det(-X^{-1}\mathrm I_n+A)=(\det\varphi)^{-1}(-X)^nP_\varphi(X^{-1})=(-X)^n(\det\varphi)P_\varphi(X^{-1})</math>,<br>la dernière égalité résultant de la question précédente. #Cette propriété est une conséquence immédiate de la précédente, d'après le fait général suivant :<br>si <math>P(X)=\prod_{i=1}^n(X-\lambda_i)</math> alors <math>X^nP(X^{-1})=\left((-1)^n\prod_{j=1}^n\lambda_j\right)\prod_{i=1}^n(X-1/\lambda_i)</math>. }} ==Exercice 3-2== #Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^2</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #On note <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Montrer que l'endomorphisme de <math>\R^4</math> donné par la matrice <math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}</math> est ''B''-orthogonal pour <math>B=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #Soit ''P'' un polynôme à coefficients réels qui vérifie la condition de la question 4 de l'exercice précédent. Montrer qu'il existe une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' et un opérateur ''B''-orthogonal dont le polynôme caractéristique est ''P'' à un facteur constant près. {{Solution|contenu= #<math>\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}t&0\\0&t^{-1}\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&1\\1&0\end{pmatrix}</math>. #<math>\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}^T\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}\begin{pmatrix}tR_\theta&0\\0&t^{-1}R_\theta\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}0&\mathrm I_2\\\mathrm I_2&0\end{pmatrix}</math>. #D'après l'hypothèse, et compte tenu du fait que si <math>\lambda</math> est racine de ''P'' alors <math>\overline\lambda</math> est aussi une racine de ''P'', de même multiplicité, ''P'' est produit de facteurs des quatre formes suivantes : #*<math>X-\varepsilon</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math> ; #*<math>(X-u)(X-\overline u)</math> avec <math>|u|=1</math> et <math>u\ne\pm1</math> ; #*<math>(X-t)(X-1/t)</math> avec <math>t\in\R\setminus\{1,-1\}</math> ; #*<math>(X-\lambda)(X-1/\lambda)(X-\overline\lambda)(X-1/\overline\lambda)</math> avec <math>|\lambda|\ne1</math> et <math>\lambda\notin\R</math>. En raisonnant par blocs, il suffit de prouver l'assertion dans le cas où ''P'' lui-même est de l'une de ces quatre formes. Pour les deux premières formes, l'assertion est immédiate, en prenant pour ''B'' le produit scalaire canonique. Pour les troisième et quatrième formes, il suffit d'utiliser les questions 1 et 2, respectivement. }} ==Exercice 3-3== #Existe-t-il une forme bilinéaire symétrique non dégénérée ''B'' sur <math>\R^2</math> telle que la [[Réduction des endomorphismes/Réductions de Jordan et de Dunford#Réduction de Jordan|matrice de Jordan]] <math>\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> soit ''B''-orthogonale ? #Même question (sur <math>\R^3</math>) pour <math>\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Soient <math>A=\begin{pmatrix}1&1\\0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b\\b&c\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b\\a+b&a+2b+c\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, mais ''B'' est alors dégénérée. #Soient maintenant <math>A=\begin{pmatrix}1&1&0\\0&1&1\\0&0&1\end{pmatrix}</math> et <math>B=\begin{pmatrix}a&b&c\\b&d&e\\c&e&f\end{pmatrix}</math>. La matrice <math>A^TBA=\begin{pmatrix}a&a+b&b+c\\a+b&a+2b+d&b+c+d+e\\b+c&b+c+d+e&d+2e+f\end{pmatrix}</math> est égale à ''B'' si et seulement si <math>a=b=0</math>, <math>d=-c</math> et <math>e=c/2</math>, c.-à-d. <math>B=\begin{pmatrix}0&0&c\\0&-c&c/2\\c&c/2&f\end{pmatrix}</math>, et ''B'' est alors non dégénérée si et seulement si <math>c\ne0</math>. }} ==Exercice 3-4== On rappelle (cf. [[Réduction des endomorphismes/Exercices/Diagonalisation et sous-espaces stables#Exercice 1-6]]) que pour tout endomorphisme d'un <math>\R</math>-espace vectoriel de dimension finie, il existe un sous-espace stable de dimension 1 ou 2. Soient ''E'' un espace euclidien et <math>\varphi\in O(E)</math>. #Montrer que toutes les valeurs propres de ''φ'' sont de module 1 (en particulier ses seules éventuelles valeurs propres réelles sont 1 et –1). #Montrer que pour tout sous-espace ''F'' stable par ''φ'', le sous-espace ''F''{{exp|⊥}} est aussi stable par ''φ''. #Montrer qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme #:<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} R_{\theta_1}& & \\ & \ddots & \\ & & R_{\theta_k} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} \pm 1 & & \\ & \ddots & \\ & & \pm 1 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>R_\theta=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. #Montrer que cette matrice est diagonalisable sur <math>\Complex</math>. {{Solution|contenu= #Soit un vecteur <math>u\ne0</math> tel que <math>\varphi(u)=\lambda u</math>. Alors, <math>\|u\|=\|\varphi(u)\|=|\lambda|\|u\|</math> donc <math>|\lambda|=1</math>. #Si ''F'' est stable par ''φ'' alors ''F''{{exp|⊥}} est évidemment stable par ''φ''* (ceci vaut pour n'importe quel endomorphisme ''φ''), c'est-à-dire ici par ''φ''{{exp|–1}}. Puisque ''φ''{{exp|–1}} préserve la dimension, l'inclusion <math>\varphi^{-1}(F^\perp)\subset F^\perp</math> est en fait une égalité, donc <math>F^\perp=\varphi(F^\perp)</math>. #On raisonne par récurrence sur ''n'' = dim ''E''. Si ''n'' = 0, il n'y a rien à démontrer. Supposons donc ''n'' > 0 et que l'assertion est vraie pour tout espace euclidien de dimension < ''n''. Si ''φ'' a une valeur propre (nécessairement égale à ±1 d'après la question 1), on choisit une droite propre associée ''F'', et l'on conclut grâce à la question 2 et à l'hypothèse de récurrence appliquée à ''F''{{exp|⊥}}. Si ''φ'' n'a pas de valeur propre alors, d'après le rappel, il existe dans ''E'' un plan ''F'' ''φ''-invariant. La restriction de ''φ'' à ''F'' est un automorphisme orthogonal du plan sans valeur propre ; c'est donc une rotation, et l'on conclut comme précédemment. #Si <math>\theta\notin\pi\Z</math>, les deux valeurs propres <math>\mathrm e^{\pm \mathrm i\theta}</math> de <math>R_\theta</math> sont distinctes. Si <math>\theta\in\pi\Z</math>, <math>R_\theta=\pm\mathrm I_2</math>. }} Soit ''φ'' un endomorphisme de ''E'' antisymétrique, c'est-à-dire tel que ''φ''* = –''φ''. Montrer de même qu'il existe une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme :<math>\begin{pmatrix} \begin{matrix} \lambda_1R_{\pi/2}& & \\ & \ddots & \\ & &\lambda_kR_{\pi/2} \end{matrix} & 0 \\ 0 & \begin{matrix} 0 & & \\ & \ddots & \\ & & 0 \end{matrix}\\ \end{pmatrix}</math>, avec <math>\lambda_k\in\R</math>. {{Solution|contenu= Pour tout sous-espace stable ''F'', comme déjà remarqué, ''F''{{exp|⊥}} est stable par ''φ''*, c'est-à-dire ici stable par –''φ'', donc par ''φ''. Ceci permet de raisonner par récurrence comme dans le cas où ''φ'' était orthogonal, pour aboutir ici à l'existence d'une base orthonormée de ''E'' dans laquelle la matrice de ''φ'' est de la forme <math>\operatorname{diag}(A_1,\dots,A_k,b_1,\dots,b_\ell)</math> les matrices carrées <math>A_i</math> et <math>b_j</math> (de tailles respectives 2 et 1) étant {{w|matrice antisymétrique|antisymétriques}}, ce qui se traduit par <math>b_j=0</math> et <math>A_i=\begin{pmatrix} 0 &-\lambda_i\\ \lambda_i& 0 \end{pmatrix}=\lambda_iR_{\pi/2}</math>. }} ==Exercice 3-5== À l'aide de l'exercice précédent, démontrer que tout endomorphisme orthogonal d'un espace euclidien est à la fois : #composé de réflexions (c.-à-d. symétries orthogonales par rapport à des hyperplans) ; #composé de deux symétries orthogonales. {{Solution|contenu= Il suffit de remarquer que le plan, toute rotation ''R'' est composée de deux réflexions. En effet, les réflexions du plan sont les isométries négatives, or pour toute isométrie négative ''S'', ''S''{{exp|–1}}∗''R'' est une isométrie négative ''T'' et ''R = S''∗''T''. }} ==Exercice 3-6== Soient ''E'' un plan euclidien et ''φ'' une similitude de ''E'' dont la matrice dans une certaine base (''u'', ''v'') est de la forme <math>A=\begin{pmatrix}a&-b\\b&a\end{pmatrix}</math> avec <math>b\ne0</math>. Montrer que ''u'' et ''v'' sont orthogonaux et de même norme. {{Solution|contenu= Remarquons d'abord que la similitude ''φ'' est directe (car det(''A'') > 0). Sa matrice dans une base orthonormée quelconque (''i'', ''j'') est donc égale soit à ''A'', soit à ''A''{{exp|T}}. Soit <math>P=\begin{pmatrix}p&q\\r&s\end{pmatrix}</math> la matrice de (''u'', ''v'') dans (''i'', ''j''). Si ''A = P''{{exp|–1}}''AP'', on trouve (par le calcul) que ''q = –r'' et ''s = p'', d'où la conclusion annoncée. Si ''A = P''{{exp|–1}}''A''{{exp|T}}''P'' alors ''q = r'' et ''s = –p'', d'où la même conclusion. }} ==Exercice 3-7== Déterminer la nature d'un endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> ainsi que l'angle de rotation, en fonction du déterminant et de la trace de ''φ''. {{Solution|contenu= D'après l'exercice 3-4, tout endomorphisme orthogonal ''φ'' de <math>\R^3</math> a pour matrice, dans une certaine base orthonormée, <math>A=\begin{pmatrix}R_\theta&0\\0&\varepsilon\end{pmatrix}</math> avec <math>\varepsilon=\pm1</math>. On a det ''φ'' = <math>\varepsilon</math> et tr ''φ'' = <math>2\cos\theta+\varepsilon</math>. Donc si det ''φ'' = 1, ''φ'' est une rotation et si det ''φ'' = –1, ''φ'' est une rotation suivie (ou précédée) de la réflexion par rapport au plan orthogonal à l'axe de cette rotation. Dans les deux cas, l'angle de rotation a pour cosinus <math>\frac{\operatorname{tr}\varphi-\det\varphi}2</math>. }} ==Exercice 3-8== Pour chacune des quatre matrices orthogonales suivantes, trouver une base orthonormée dans laquelle la matrice prend la forme canonique de l’exercice 3-4 : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&-1&2\\2&2&-1\\-1&2&2\end{pmatrix},\quad B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&-\sqrt6\\1&3&\sqrt6\\\sqrt6&-\sqrt6&2\end{pmatrix},\quad C=\frac12\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&-1&-1\\1&-1&1&-1\\1&-1&-1&1\end{pmatrix},\quad D=\frac13\begin{pmatrix}1&1-\sqrt3&1+\sqrt3\\1+\sqrt3&1&1-\sqrt3\\1-\sqrt3&1+\sqrt3&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Aw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Au=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\1\\0\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Bw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\begin{pmatrix}0\\0\\1\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math>.<br><math>Bu=\frac12u+\frac\sqrt32v</math> donc à nouveau, la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi3}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>a=\frac12\begin{pmatrix}-1\\1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Ca=-a</math> et l'hyperplan <math>a^\perp</math> est propre pour <math>1</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(a,b,c,d)</math> sera <math>\begin{pmatrix}-1&0\\0&\mathrm I_3\end{pmatrix}</math>, quel que soit le choix d'un triplet orthonormé <math>(b,c,d)</math> dans <math>a^\perp</math>.<br>Par exemple <math>b=\frac12\begin{pmatrix}1\\-1\\1\\1\end{pmatrix}</math>, <math>c=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\-1\\1\end{pmatrix}</math> et <math>d=\frac12\begin{pmatrix}1\\1\\1\\-1\end{pmatrix}</math>. #Le vecteur unitaire <math>w=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}</math> vérifie <math>Dw=w</math> et <math>-1</math> n'est pas valeur propre. On complète en choisissant un couple orthonormé <math>(u,v)</math> dans le plan stable <math>w^\perp</math>, par exemple <math>u=\frac1\sqrt2\begin{pmatrix}1\\-1\\0\end{pmatrix}</math> et <math>v=\frac1\sqrt6\begin{pmatrix}1\\1\\-2\end{pmatrix}</math>.<br><math>Du=v</math> donc la matrice de l'endomorphisme orthogonal dans la nouvelle base <math>(u,v,w)</math> est <math>\begin{pmatrix}R_{\frac\pi2}&0\\0&1\end{pmatrix}</math>. }} Déterminer la nature des transformations de <math>\R^3</math> dont les matrices dans la base canonique sont : :<math>A=\frac13\begin{pmatrix} 1 & -2 & -2\\ -2 & 1 & -2\\ 2 & 2 & -1\end{pmatrix}</math>, <math>B=\frac14\begin{pmatrix}3&1&\sqrt6\\1&3&-\sqrt6\\-\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math>, <math>C=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ 1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>, <math>D=\begin{pmatrix} 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & -1\\ -1 & 0 & 0\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>A,B,C,D</math> sont orthogonales, directes sauf <math>C</math>. <math>\ker(A-I)=\R(1,-1,0)</math>, <math>\ker(B-I)=\R(1,1,0)</math>, <math>\ker(-C-I)=\ker(C+I)=\R(1,-1,-1)</math>, <math>\ker(D-I)=\R(1,1,-1)</math> donc <math>A,B,-C,D</math> représentent des rotations d'axes ces droites. L'angle <math>\theta</math> est donné (au signe près) par <math>1+2\cos\theta=trace</math> et vaut respectivement <math>\pm\arccos(1/3),\pm\pi/3,\pm 2\pi/3,\pm 2\pi/3</math>. <math>C</math> est la composée de la rotation de même axe que <math>-C</math> et d'angle <math>\theta+\pi</math> par la symétrie orthogonale par rapport au plan orthogonal à cet axe. Pour préciser le <math>\theta=\pm\ldots</math> — dans <math>\R^3</math> muni de son orientation canonique et étant donné le choix d'une orientation de l'axe de rotation par un vecteur unitaire <math>u</math> — on peut utiliser que la partie antisymétrique de la rotation vaut <math>\sin\theta J_u</math>, où <math>J_u(x)=u\land x</math>. On trouve alors : *pour <math>A</math> avec <math>u=(1,-1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\arccos(1/3)</math> ; *pour <math>B</math> avec <math>u=(1,1,0)/\sqrt2</math> : <math>\theta=+\pi/3</math> ; *pour <math>-C</math> avec <math>u=(1,-1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=-2\pi/3</math> ; *pour <math>D</math> avec <math>u=(1,1,-1)/\sqrt3</math> : <math>\theta=+2\pi/3</math>. }} Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}</math> une base orthonormée directe (b.o.n.d.) de <math>E</math>. Caractériser l'endomorphisme <math>f_i</math> de matrice <math>M_i</math> dans <math>{\cal B}</math>. :<math>M_1=\frac19\begin{pmatrix}8&-1&-4\\-1&8&-4\\-4&-4&-7\end{pmatrix}</math>, <math>M_2=\frac13\begin{pmatrix}2&1&2\\2&-2&-1\\-1&-2&2\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>f_1,f_2</math> sont deux endomorphismes orthogonaux car <math>M_1,M_2</math> sont deux matrices orthogonales car leurs trois colonnes sont de norme 1 et orthogonales 2 à 2. #<math>\ker(f_1-\mathrm{id})=</math> le plan <math>x+y+4z=0</math>, donc <math>f_1</math> est la symétrie orthogonale par rapport à ce plan. (On pourrait — mais ce n'est pas indispensable — vérifier que <math>\ker(f_1+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>u=(1,1,4)</math>, puisque le plan précédent est <math>u^\perp</math>, et calculer <math>\det(M_1)=-1</math>.) #<math>\ker(f_2+\mathrm{id})=</math> la droite engendrée par <math>v=(-1,3,1)</math>, donc le plan <math>v^\perp</math> est stable par <math>f_2</math> et la restriction de <math>f_2</math> à ce plan est une isométrie n'admettant pas <math>-1</math> pour valeur propre, donc est une rotation, dont il reste à déterminer l'angle. Choisissons une b.o.n.d. <math>(i,j,k)</math> en posant <math>k=v/\sqrt{11}</math>, <math>i=(1,0,1)/\sqrt2</math>, <math>j=k\land i=(3,2,-3)/\sqrt{22}</math>. Alors <math>f_2(i)={5\over 6}i+{\sqrt{11}\over 6}j</math>, donc <math>f_2</math> est la composée de la symétrie orthogonale <math>\sigma</math> par rapport au plan <math>v^\perp=k^\perp</math>, et de la rotation <math>\rho</math> d'axe <math>k</math> et d'angle <math>\theta</math> avec <math>\cos\theta=\frac56</math> et <math>\sin\theta=\frac\sqrt{11}6</math>. En effet, l'égalité <math>f_2=\rho\sigma=\sigma\rho</math> est vraie sur <math>\R v</math> et sur <math>v^\perp</math>, donc sur leur somme directe <math>E</math>. (On pourrait vérifier que <math>\det(M_2)=-1</math>.) }} Trouver les réels <math>a,b,c</math> pour que la matrice suivante soit dans <math>\mathrm{SO}(3)</math> : :<math>U=\begin{pmatrix}1/\sqrt 3&-1/\sqrt 2&a\\1/\sqrt 3&1/\sqrt2&b\\1/\sqrt 3&0&c\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= (On vérifie d'abord que les deux premières colonnes sont bien de norme <math>1</math> et orthogonales). <math>\begin{pmatrix}a\\b\\c\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}1\\1\\1\end{pmatrix}\land\begin{pmatrix}-1\\1\\0\end{pmatrix}={1\over\sqrt 6}\begin{pmatrix}-1\\-1\\2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-9== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension 3 orienté, et <math>{\cal B}=(i,j,k)</math> une base orthonormée directe de <math>E</math>. Écrire la matrice dans <math>{\cal B}</math> de la rotation d'axe <math>i+j-k</math> et d'angle <math>\pi/3</math>. {{Solution|contenu= (Une autre possibilité serait d'utiliser l'[[Produit vectoriel/Applications géométriques#Rotation|expression d'une rotation à l'aide du produit vectoriel]].) Soit <math>k'=(i+j-k)/\sqrt3</math>. <math>f(k')=k'</math>, et pour <math>Y\perp k', f(Y)=\cos(\pi/3)Y+\sin(\pi/3)k'\land Y</math>, donc pour <math>\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=X=\lambda k'+Y, f(X)=\lambda k'+\frac12Y+\frac\sqrt32k'\land Y</math>. Il reste à calculer (en fonction de <math>x,y,z</math>) <math>\lambda,Y,k'\land Y</math> : *<math>\lambda=\langle k',X\rangle=(x+y-z)/\sqrt3</math>, *<math>Y=X-\lambda k'=\frac13\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}</math>, *<math>k'\land Y=\frac1\sqrt3\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}</math>, d'où <math>f(X)=(x+y-z)/3\begin{pmatrix}1\\1\\-1\end{pmatrix}+\frac16\begin{pmatrix}2x-y+z\\-x+2y+z\\x+y+2z\end{pmatrix}+\frac12\begin{pmatrix}y+z\\-x-z\\-x+y\end{pmatrix}=\frac16\begin{pmatrix}4x+4y+2z\\-2x+4y-4z\\-4x+2y+4z\end{pmatrix}</math>, d'où <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&2&1\\-1&2&-2\\-2&1&2\end{pmatrix}</math>. }} ==Exercice 3-10== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>q</math> et <math>a\in\mathrm L(E)</math> tel que <math>a^3=\mathrm{id}_E</math>. On définit alors la forme bilinéaire symétrique sur <math>E</math> : :<math>B(x,y)=\langle x,y\rangle+\langle a(x),a(y)\rangle+\langle a^2(x),a^2(y)\rangle</math>. #Montrer que <math>B</math> est un produit scalaire sur <math>E</math>. #Démontrer que <math>a</math> est orthogonal pour le produit scalaire <math>B</math>. #Montrer que <math>\det a=1</math>. Qu'en déduit-on sur la matrice de <math>a</math> dans une base orthonormée pour <math>B</math> ? #On suppose désormais <math>q=2</math> et <math>E=\R^2</math> euclidien canonique. On considère une matrice <math>A\in\mathrm M_2(\R)</math> telle que <math>A^3=\mathrm I_2</math> et <math>A\ne\mathrm I_2</math>. Soit <math>R(\theta)=\begin{pmatrix}\cos\theta&-\sin\theta\\\sin\theta&\cos\theta\end{pmatrix}</math>. Déduire de la question précédente qu'il existe <math>P\in\mathrm {GL}_2(\R)</math> telle que <math>A=PR(\pm2\pi/3)P^{-1}</math>. {{Solution|contenu= #<math>B</math> est bilinéaire symétrique positive car pour tout <math>u\in\mathrm{GL}(E)</math>, <math>(x,y)\mapsto\langle u(x),u(y)\rangle</math> l'est. #<math>B(a(x),a(y))=B(x,y)</math>. #<math>(\det a)^3=\det\mathrm{id}_E=1</math>. Donc la matrice de <math>a</math> dans toute base orthonormée pour <math>B</math> appartient à <math>\mathrm{SO}(q)</math>. #Soit <math>P\in\mathrm{GL}_2(\R)</math> la matrice d'une base orthonormée pour <math>B</math>. Alors, <math>P^{-1}AP\in\mathrm{SO}(2)</math> donc <math>P^{-1}AP=R(\theta)</math> pour un certain angle non nul <math>\theta\in[-\pi,\pi]</math> tel que <math>3\theta\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc <math>\theta=\pm2\pi/3</math>. }} ==Exercice 3-11== Soient <math>E</math> euclidien de dimension 4 et <math>\varepsilon=(e_1,\ldots,e_4)</math> une base orthonormée de <math>E</math>. Soient <math>A=\frac14\begin{pmatrix}0&-2\sqrt2&2\sqrt2&0\\2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\-2\sqrt2&1&1&-\sqrt6\\0&\sqrt6&\sqrt6&2\end{pmatrix}</math> et <math>u\in\mathrm L(E)</math> de matrice <math>A</math> dans <math>\varepsilon</math>. #Montrer que <math>u\in\mathrm O^+(E)</math>. #Soit <math>F</math> le plan engendré par <math>e_1</math> et <math>u(e_1)</math>. Montrer que <math>F</math> est stable par <math>u</math> et que la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est une rotation. #Montrer que le plan <math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> et est engendré par <math>e_4</math> et <math>u(e_4)</math>. La restriction de <math>u</math> à <math>F^\perp</math> est-elle une rotation ? {{Solution|contenu= #Calculs. #<math>u^2(e_1)=-e_1</math> donc <math>F</math> est stable. Dans la base <math>(e_1,u(e_1))</math>, la matrice de la restriction de <math>u</math> à <math>F</math> est <math>\begin{pmatrix}0&-1\\1&0\end{pmatrix}</math>, de déterminant <math>1</math>, donc c'est une rotation. #<math>F^\perp</math> est stable par <math>u</math> (cf. cours) et contient <math>e_4</math> donc aussi <math>u(e_4)</math>, qui forment donc une base de <math>F^\perp</math>. <math>1=\det(u)=\det(u_{|F})\det(u_{|F^\perp})=\det(u_{|F^\perp})</math> donc <math>u_{|F^\perp}</math> est une rotation. (Vérification : <math>u^2(e_4)=-e_4\dots</math>.) }} ==Exercice 3-12== Dans <math>\R^3</math> euclidien, soient <math>f,g</math> deux rotations, distinctes de l'identité. Montrer que <math>f\circ g=g\circ f</math> si et seulement si <math>f</math> et <math>g</math> sont soit deux rotations de même axe, soit deux retournements par rapport à deux droites orthogonales. Dans ce second cas, montrer que <math>f\circ g</math> est un retournement. {{Solution|contenu= Notons <math>\R x</math> l'axe de <math>f</math> et <math>\R y</math> celui de <math>g</math>, avec <math>x</math> et <math>y</math> unitaires. *Supposons <math>fg=gf</math>. Alors <math>f(y)=f(g(y))=g(f(y))</math> donc <math>f(y)\in\R y</math> donc <math>f(y)=\pm y</math>. Si <math>f(y)=y</math>, <math>y\in\R x</math> donc <math>f,g</math> ont même axe. Si <math>f,g</math> n'ont pas même axe alors <math>f(y)=-y</math>, donc <math>f</math> est un retournement (et <math>g</math> aussi en intervertissant <math>f,g</math> dans le raisonnement) et <math>y\perp\R x</math>. *Réciproque du premier cas : deux rotations de même axe commutent (et la composée est la rotation de même axe et d'angle la somme des deux angles). *Réciproque du second cas : deux retournements d'axes orthogonaux <math>\R x,\R y</math> commutent, et la composée est le retournement d'axe <math>\R(x\land y)</math> : on le voit géométriquement ou matriciellement. On peut aussi se contenter de prouver que <math>h:=f\circ g</math> est un retournement de <math>\R^3</math> (sans préciser son axe) en prouvant que <math>h^2={\rm id},h^*=h,\det(h)=1,h\ne{\rm id}</math>. *Raisonnement direct par équivalences, en utilisant l'exercice suivant. <math>fg=gf\Leftrightarrow gfg^{-1}=f\Leftrightarrow</math> (en notant <math>\alpha</math> l'angle de <math>f</math>) <math>g(x)=x</math> ou <math>(g(x)=-x</math> et <math>\alpha=-\alpha)\Leftrightarrow f</math> et <math>g</math> ont même axe ou sont deux retournements d'axes orthogonaux. }} ==Exercice 3-13== Dans <math>\R^3</math> euclidien orienté, soient <math>r</math> la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour d'un vecteur non nul <math>x</math>, et <math>g</math> une rotation quelconque. Montrer que <math>g\circ r\circ g^{-1}</math> est la rotation d'angle <math>\alpha</math> autour de <math>g(x)</math>. {{Solution|contenu= Posons <math>x'=g(x)</math> et <math>r'=g\circ r\circ g^{-1}</math>. Quitte à diviser <math>x</math> et <math>x'</math> par leur norme (commune), on peut les supposer unitaires. La rotation <math>r</math> est caractérisée par <math>r(x)=x</math> et <math>\forall y\perp x\quad r(y)=(\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y</math>. On en déduit <math>r'(x')=g(r(x))=g(x)=x'</math> et <math>\forall y'\perp x'</math>, en posant <math>y=g^{-1}(y')</math>, <math>0=\langle g(y),g(x)\rangle=\langle y,x\rangle</math> donc <math>r'(y')=g(r(y))=g((\cos\alpha)y+(\sin\alpha)x\land y)=(\cos\alpha)g(y)+(\sin\alpha)g(x\land y)=(\cos\alpha)y'+(\sin\alpha)x'\wedge y'</math>, d'où le résultat. }} ==Exercice 3-14== ([[Théorie des groupes/Sous-groupe distingué et groupe quotient#Notion de groupe simple|Simplicité]] de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>) Soit <math>G</math> un [[Théorie des groupes/Sous-groupe distingué et groupe quotient|sous-groupe distingué]] du groupe <math>{\rm SO}(\R^3)</math> des rotations de <math>\R^3</math>. On suppose <math>G</math> non réduit au neutre (l'identité de <math>\R^3</math>) et l'on va montrer qu'alors <math>G</math> contient au moins un retournement (c), puis qu'il les contient tous (d), puis finalement que <math>G={\rm SO}(\R^3)</math> tout entier (e). '''a)''' Soit <math>f</math> un élément de <math>G</math> différent de l'identité. En considérant les <math>f^n=f\circ f\circ\ldots f</math>, montrer qu'il existe dans <math>G</math> au moins une rotation <math>g</math> d'angle <math>\theta</math> tel que <math>\cos\theta<0</math>. '''b)''' Montrer qu'il existe un vecteur non nul <math>x</math> tel que <math>g(x)\perp x</math>. '''c)''' On note <math>r</math> le retournement autour de <math>\R x</math> et <math>R=r\circ g\circ r\circ g^{-1}</math>. '''i)''' Montrer que <math>R\in G</math>. '''ii)''' Montrer que <math>R</math> est un retournement (utiliser le résultat des deux exercices précédents). '''d)''' Soit <math>s</math> un retournement arbitraire. '''i)''' Montrer qu'il existe une rotation <math>t</math> telle que <math>t\circ R\circ t^{-1}=s</math> (utiliser le résultat de l'exercice précédent). '''ii)''' En déduire que <math>s\in G</math>. '''iii)''' En déduire que <math>G</math> contient tous les retournements. '''e)''' '''i)''' Démontrer que toute rotation dans <math>\R^3</math> est un produit de deux retournements. '''ii)''' En déduire que <math>G={\rm SO}(\R^3)</math>. {{Solution|contenu= '''a)''' Soit <math>\alpha\in[-\pi,\pi]</math> l'angle de la rotation <math>f</math>. Il s'agit de prouver qu'il existe <math>n\in\N^*</math> tel que <math>\cos(n\alpha)<0</math>. Si un tel <math>n</math> n'existait pas on aurait (par récurrence sur <math>k</math>) <math>\forall k\in\N\quad2^k\alpha\in[-\pi/2,\pi/2]</math>, d'où <math>\alpha=0</math>, ce qui est exclu par l'hypothèse <math>f\ne{\rm id}</math>. '''b)''' Soient <math>k</math> un vecteur unitaire de l'axe de la rotation <math>g</math>, et <math>i</math> un vecteur unitaire orthogonal à <math>k</math>. Posons <math>x=i+tk</math> avec <math>t\in\R</math>. Alors <math>\langle x,g(x)\rangle=\langle i+tk,g(i)+tk\rangle=\langle i,g(i)\rangle +t^2=\cos\theta+t^2</math> est nul pour <math>t=\pm\sqrt{-\cos\theta}</math>. '''c)''' '''i)''' <math>r=r^{-1}</math> donc <math>R=(r^{-1}gr)g^{-1}</math> donc <math>R\in G</math> car <math>g\in G</math>, <math>r\in{\rm SO}(\R^3)</math> et <math>G</math> est un sous-groupe distingué de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>. '''ii)''' D'après l'exercice précédent (appliqué à <math>\alpha=\pi</math>), <math>g\circ r\circ g^{-1}</math> est le retournement d'axe <math>\R g(x)</math>. D'après la fin de l'exercice 3-12, <math>R</math> est donc un retournement. '''d)''' '''i)''' Soient <math>\Delta</math> l'axe de <math>R</math> et <math>D</math> celui de <math>s</math>. D'après l'exercice précédent, il s'agit de trouver une rotation <math>t</math> telle que <math>t(\Delta)=D</math>. Si <math>D=\Delta</math>, <math>t=\rm id</math> est une solution. Si <math>D\ne\Delta</math>, on peut par exemple choisir pour <math>t</math> le retournement par rapport à l'une des deux bissectrices de <math>D</math> et <math>\Delta</math>. '''ii)''' <math>R\in G</math>, <math>t\in{\rm SO}(\R^3)</math> et <math>G</math> est un sous-groupe distingué de <math>{\rm SO}(\R^3)</math>. '''iii)''' On vient de prouver que n'importe quel retournement <math>s</math> appartient à <math>G</math>. '''e)''' '''i)''' Soient <math>f</math> une rotation dans <math>\R^3</math> et <math>D</math> son axe. Pour décomposer <math>f</math> en produit de deux retournements d'axes <math>D_1,D_2</math> il suffit de décomposer, dans le plan <math>D^\perp</math>, la rotation plane restriction de <math>f</math> en produit de deux symétries orthogonales d'axes <math>D_1,D_2</math>. Une telle décomposition est toujours possible (on peut même choisir arbitrairement, dans le plan <math>D^\perp</math>, l'une des deux droites <math>D_1,D_2</math>). '''ii)''' Résulte de d.iii et e.i. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Coniques/]] | suivant = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] }} b9cpc2dxprnik726bakoadm9obfx8v3 1 76503 880993 813043 2022-07-31T09:55:54Z Anne Bauval 6580 /* Cette page est liée sur Wikipédia */ et [[w:Groupe simple]] wikitext text/x-wiki ==Cette page est liée sur Wikipédia== dans [[w:Automorphisme orthogonal]] et [[w:Groupe simple]]. Merci d'en tenir compte en cas de renommage. [[Discussion utilisateur:Anne Bauval|Anne]], 31/7/2022 pqejtzw6mk1afs566alvef5ovai5mof 104 76768 880963 879957 2022-07-30T18:57:35Z Ambre Troizat 8860 Collection complète des œuvres de Grétry wikitext text/x-wiki === 1883 === * 1883 - {{bibliographie|Q59308885}} <!-- G. Souquet-Basiège, Le Préjugé de race aux Antilles françaises. Etude historique --> * [[d:Q113355305|1883]] - {{bibliographie|Q113355305}} <!-- Collection complète des œuvres de Grétry --> ** 1883 - {{bibliographie|Q113355829}} <!-- Collection complète des œuvres de Grétry, XVIIème livraison : Le jugement de Midas, 1778 --> mr03yr2pzzjquc5sjqmdtqszt27q31q 880964 880963 2022-07-30T19:01:36Z Ambre Troizat 8860 Annulation des modifications 880963 de [[Special:Contributions/Ambre Troizat|Ambre Troizat]] ([[User talk:Ambre Troizat|discussion]]) wikitext text/x-wiki == 1850 - 1859 == === 1850 === * 1850 - {{bibliographie|Q28790530}} <!-- Révolution de février 1848 --> * 1850 - {{bibliographie|Q27698593}} <!-- Alphonse de Lamartine, Tousaint Louverture, --> * 1850 - {{bibliographie|Q28361506}} <!-- Daniel Defoe et Ange-Louis Janet (dir.), La vie et les aventures de Robinson Crusoé --> * 1850 - {{bibliographie|Q72414955}} <!-- Guillaume de Félice, Histoire des protestants de France --> * 1850 - {{bibliographie|Q96384630}} <!-- François-André Isambert, Lettre de M. Isambert contenant le rétablissement de faits importants --> * 1850 - {{bibliographie|Q108633302}} <!-- Histoire du droit des gens et des relations internationales ** 1850 - {{bibliographie|Q108633441}} <!-- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Tome 1--> ** 1850 - {{bibliographie|Q108633834}} <!-- Histoire du droit des gens et des relations internationales, Tome 2--> * 1850 - {{bibliographie|Q108762377}} <!-- Toussaint Louverture, poême dramatique, 1850 --> * *1857 - {{bibliographie|Q108762438}} <!-- Toussaint Louverture, poême dramatique, 1857 --> === 1852 === * 1852-1856 - {{bibliographie|Q26845760}} <!-- Alexandre Dumas, Mes mémoires --> * 1852 - {{bibliographie|Q28464762}} <!-- George Dubourg, The Violin --> * 1852 - {{bibliographie|Q66817543}} <!-- Alexandre Dumas, Conscience l'innocent, 1852 --> ** 1861 - {{bibliographie|Q66817572}} <!-- Alexandre Dumas, Conscience l'innocent : suivi de Marianna, 1861 --> * 1852 - {{bibliographie|Q77593795}} <!-- France et Deuxième République, Bulletin annoté des lois, ordonnances, décrets, arrêtés, etc. Tome VI, Années 1848, 1849 et 1850 --> * 1852 - {{bibliographie|Q56480161}} <!-- Les Noirs libres et les noirs esclaves aux Antilles, aux Etats-Unis et à Liberia (Les anti-slavistes) --> * 1852 - {{bibliographie|Q81403274}} <!-- Victor Schœlcher, Histoire des crimes du 2 décembre --> ** 1852 - {{bibliographie|Q81403619}} <!-- Victor Schœlcher, Histoire des crimes du 2 décembre, Volume I --> ** 1852 - {{bibliographie|Q81931897}} <!-- Victor Schœlcher, Histoire des crimes du 2 décembre, Volume II --> * 1852 - {{bibliographie|Q56480161}} <!-- Henry Charles Carey, Les Noirs libres et les noirs esclaves aux Antilles, aux Etats-Unis et à Liberia --> === 1853 === ; Twelve Years a Slave, 1853 * 1853 - {{bibliographie|Q15912314}}, première édition <!-- Twelve Years a Slave --> ** 1853 - {{bibliographie|Q7857661}} <!-- Twelve Years a Slave --> ** 1859 - {{bibliographie|Q60447823}} <!-- Twelve Years a Slave --> ** 1869 - {{bibliographie|Q56535188}} <!-- Twelve Years a Slave, review --> ** 30 août 2013 - {{bibliographie|Q3023357}} film <!-- Twelve Years a Slave, film --> ** 30 août 2013 - {{bibliographie|Q15982571}} album<!-- Twelve Years a Slave, album --> ; Ingénue, roman de Dumas père * 1853 - {{bibliographie|Q61451190}} * 1855 - {{bibliographie|Q61451751}} * [[d:Q61454982|1864]] - {{bibliographie|Q61454982}} * 1873 - {{bibliographie|Q61451454}} === 1854 === * 1854 - {{bibliographie|Q27928959}} <!-- --> * [[d:Q27978422|1854-1856]] - {{bibliographie|Q27978422}} * 1854 - {{bibliographie|Q28050418}} <!-- --> * 1854 - {{bibliographie|Q28153327}} <!-- --> === 1855 === * Février 1855 - [[w:Léon de Laborde|Léon Emmanuel Simon Joseph de Laborde]] dit {{bibliographie|Q80341311}} ** [[d:Q1765935|Château de Madrid]], [[w:Château de Madrid|Château de Madrid]] : [[w:Château de Madrid|château de Boulogne]], Château du Bois de Boulogne, Boulongne dit Madrid * 1855-1857 - {{bibliographie|Q62068127}} <!-- Catalogues de la Bibliothèque Impériale, série --> ** 1855 - {{bibliographie|Q62067845}} <!-- Catalogues de la Bibliothèque Impériale, Vol. II --> ** 1857 - {{bibliographie|Q34655661}} <!-- Catalogues de la Bibliothèque Impériale, Vol. IV --> * 1855 - {{bibliographie|Q73658645}} <!-- Auguste Lacour, Histoire de la Guadeloupe --> ** 1855 - {{bibliographie|Q26237285}} <!-- Auguste Lacour, Histoire de la Guadeloupe, I --> ** 1855 - {{bibliographie|Q26237437}} <!-- Auguste Lacour, Histoire de la Guadeloupe, II --> ** 1855 - {{bibliographie|Q26245371}} <!-- Auguste Lacour, Histoire de la Guadeloupe, III --> ** 1855 - {{bibliographie|Q26245907}} <!-- Auguste Lacour, Histoire de la Guadeloupe, IV --> ** 1995 - {{bibliographie|Q73653735}} <!-- Alain Buffon et Auguste Lacour, Regard d’un historien créole sur la révolution. 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URL : http://journals.openedition.org/communication/6572 ; DOI : https://doi.org/10.4000/communication.6572 <!-- --> 1865 - Louis-Antoine Dessaulles, La guerre américaine, son origine et ses vraies causes. Lecture publique faite à l'Institut-Canadien, le 14 décembre 1864, Montréal, Le Pays (OCLC 3022818, lire sur Wikisource, lire en ligne)Voir et modifier les données sur Wikidata Depending on the edition, may contains two lectures only ; another edition may contain six lectures and 538 pages ; another edition has one lecture and 75 pages. See (Philippe Fortin, « Les sources de renseignement du journal Le Pays lors de la guerre de Sécession (1861-1865) », Communication [Online], vol. 20/2 | 2001, Online since 12 August 2016, connection on 11 June 2020. 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Le prêt de chevaux à [[w:Georges Jacques Danton|Georges Jacques Danton]]. ==== 1866 ==== * 1866 - {{bibliographie|Q29045060}} <!-- Le Tour Du Monde : Nouveau Journal Des Voyages, Volume XIII, 1866 --> ** 1866 - {{bibliographie|Q29045086}} <!-- Le Tour Du Monde : Nouveau Journal Des Voyages, Volume XIII, 1866 --> * 1866 - {{bibliographie|Q102145785}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour --> ** 1866 - {{bibliographie|Q102226525}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour, I --> ** 1866 - {{bibliographie|Q102226054}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour, II --> * 1866 - {{bibliographie|Q110967498}} <!-- Notice biographique sur Jean-Louis et son école --> ==== 1867 ==== * 1867 - {{bibliographie|Q60298262}} <!-- Maurice, comte de Saxe et Marie-Josephe de Saxe, dauphine de France --> * 1867-1871 - {{bibliographie|Q65475139}} <!-- Wilhelm Adolf Schmidt, Tableaux de la Révolution Française --> ** 1867 - {{bibliographie|Q65475471}} <!-- Wilhelm Adolf Schmidt, Tableaux de la Révolution Française, volume I --> * 1867 - {{bibliographie|Q82507975}} <!-- André de Bellecombe et Jean Louis Armand de Quatrefages de Bréau, Polygénisme et Monogénisme --> ==== 1868 ==== * 1868 - {{bibliographie|Q634447}} <!-- --> * 1868-1873-1878 - {{bibliographie|Q27950242}} <!-- --> === Articles === * 1860 - {{bibliographie|Q28610078}} == 1870 - 1879 == == 1870 == * 1870 - {{bibliographie|Q28168270}}<!-- Catalogue de l'histoire de France publié par ordre de l'Empereur, tome dixième --> * 1870 - {{bibliographie|Q19197016}}<!-- Auguste-Jean-Marie Vermorel, Le Parti socialiste --> * 1870 - {{bibliographie|Q29477542}}<!-- Alexandre Hesse, L'Administration provinciale et communale en France et en Europe, 1785-1870 --> * 1870 - {{bibliographie|Q95387808}}<!-- Edmond Poullet, Histoire du droit pénal dans le duché de Brabant --> === 1871 === * 1871 - {{bibliographie|Q28167749}} === 1872 === * 1872 - {{bibliographie|Q27777556}} <!-- Karl Marx (trad. 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Vuillemot) --> * 1873 - {{bibliographie|Q28019732}} <!-- Alexandre Dumas, Le Collier de la Reine --> * 1873 - {{bibliographie|Q81808585}} <!-- Juliette Adam, Le siège de Paris --> * 1873 - {{bibliographie|Q99903533}} <!-- Jean Demesvar Delorme, La Misère au sein des richesses, réflexions diverses sur Haïti --> * 1873 - {{bibliographie|Q109750930}} <!-- Procès des Dantoniens, 1873 -->, publié dans 1873 - {{bibliographie|Q109750203}} <!-- La politique positive, Revue occidentale, 1873 --> ** Première lettre de Delacroix à Danton de Lille le mars 1793, {{Google Livres|id=PTmToZJTkUsC|titre= La politique positive, Revue occidentale, 1873|page= 255|surligne=Première lettre de Delacroix à Danton de Lille le mars 1793}}, [https://www.google.fr/books/edition/La_politique_positive/PTmToZJTkUsC?hl=fr&gbpv=1&dq=Premi%C3%A8re%20lettre%20de%20Delacroix%20%C3%A0%20Danton%20de%20Lille%20le%20%2025%20mars%201793%20&pg=PA255&printsec=frontcover p. 255] ** Deuxième lettre de Delacroix à Danton de Lille le 28 mars 1793, {{Google Livres|id=PTmToZJTkUsC|titre= La politique positive, Revue occidentale, 1873|page= 255|surligne=Deuxième lettre de Delacroix à Danton de Lille le 28 mars 1793}}, [https://www.google.fr/books/edition/La_politique_positive/PTmToZJTkUsC?hl=fr&gbpv=1&dq=Deuxi%C3%A8me%20lettre%20de%20Delacroix%20%C3%A0%20Danton%20de%20Lille%20le%2028%20mars%201793%20&pg=PA256&printsec=frontcover p. 256] === 1874 === * 1874 - {{bibliographie|Q20165012}} <!-- --> * 1874 - {{bibliographie|Q66494317}} <!-- Pierre-Victor Malouet et Victor Malouet (dir.), Mémoires de Malouet publiées par son petit-fils --> === 1875 === * 1875-1876 - {{bibliographie|Q30015069}} <!-- The lost continent or slavery and the slave-trade in Africa --> === 1876 === * 1876 - {{bibliographie|Q28216728}} <!-- --> ** 1876 - {{bibliographie|Q28217209}}, [https://books.google.fr/books?id=wG_NAAAAMAAJ&hl=fr&pg=RA2-PA259-IA2#v=onepage&q=Fran%C3%A7ois-Joseph%20Gossé&f=false page 265] * 1878 - {{bibliographie|Q27996719}} <!-- --> * 1876 - {{bibliographie|Q66831321}} <!-- Paul Allard, Les Esclaves chrétiens --> === 1877 === * 1877 - {{bibliographie|Q84768893}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84768919}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française, Deuxième édition, volume I --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84769539}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française, Deuxième édition, volume II --> * <b>1877-1889 - {{bibliographie|Q84850013}} Œuvre écrite</b>. <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84954792}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique --> ** 1889 - {{bibliographie|Q84850639}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique, volume 1 --> ** 1889 - {{bibliographie|Q84850659}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique, volume 2 --> * 1877 - {{bibliographie|Q110714741}} <!-- Louis Guibert.- Une page de l'histoire du clergé français au XVIIIe siècle --> ** 1877 - {{bibliographie|Q110715252}} <!-- Une page de l'histoire du clergé français au XVIIIe siècle, compte-rendu de lecture --> === 1878 === * 1878 - {{bibliographie|Q98108041}}</b> [https://catalog.hathitrust.org/Record/001167862?type%5B%5D=title&lookfor%5B%5D=A%20dictionary%20of%20books%20relating%20to%20America&ft= Œuvre écrite]. <!-- A dictionary of books relating to America --> ** 1878 - {{bibliographie|Q98073260}} <!-- A Dictionary of Books Relating to America, from Its Discovery to the Present Time, Volume 10 --> === 1879 === Loménie, Louis de, 1815-1878.- Les Mirabeau : nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle, Continué, à partir du tome III, par son fils Charles de Loménie * 1879-1891 - {{bibliographie|Q110483597}}, Œuvre littéraire <!-- Les Mirabeau : nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q110483804}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve01lomuoft/page/n9/mode/2up Tome Premier] ** 1879 - {{bibliographie|Q113086453}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve02lomuoft/page/n11/mode/2up Tome Second] <!-- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q113087389}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve03lomuoft/page/n11/mode/2up Tome Troisième] <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle--> ** 1879 - {{bibliographie|Q113087555}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve04lomuoft/page/n9/mode/2up Tome Quatrième], <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q113088138}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve05lomuoft/page/n7/mode/2up Tome Cinquième], <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> === Articles === * 1870 - {{bibliographie|Q17362972}} * 1873 - {{bibliographie|Q19210776}} <!-- Les États-généraux avant 1789 --> * 1877 - {{bibliographie|Q66314341}} <!-- La traite des Nègres par Louis Delgeur (Asiento) --> === Œuvres romanesques === * 1872 - {{bibliographie|Q26923751}} == 1880 - 1889 == === 1880 === * 1880 - {{bibliographie|Q64787991}} In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XI - Du 24 décembre 1789 au 1er mars 1790. <!-- Joseph-Michel Pellerin, Discours non prononcé de M. 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URL : http://journals.openedition.org/communication/6572 ; DOI : https://doi.org/10.4000/communication.6572 <!-- --> 1865 - Louis-Antoine Dessaulles, La guerre américaine, son origine et ses vraies causes. Lecture publique faite à l'Institut-Canadien, le 14 décembre 1864, Montréal, Le Pays (OCLC 3022818, lire sur Wikisource, lire en ligne)Voir et modifier les données sur Wikidata Depending on the edition, may contains two lectures only ; another edition may contain six lectures and 538 pages ; another edition has one lecture and 75 pages. See (Philippe Fortin, « Les sources de renseignement du journal Le Pays lors de la guerre de Sécession (1861-1865) », Communication [Online], vol. 20/2 | 2001, Online since 12 August 2016, connection on 11 June 2020. URL : http://journals.openedition.org/communication/6572 ; DOI : https://doi.org/10.4000/communication.6572 * 1865 - {{bibliographie|Q106781910}} <!-- 1865 - Revue critique de législation et de jurisprudence --> * 1865 - {{bibliographie|Q109756280}} <!-- Jean-François Robinet, Georges Jacques Danton, mémoire sur sa vie privée -->. Signale la présence et l'activité de Saint-Georges à Lille. Le prêt de chevaux à [[w:Georges Jacques Danton|Georges Jacques Danton]]. ==== 1866 ==== * 1866 - {{bibliographie|Q29045060}} <!-- Le Tour Du Monde : Nouveau Journal Des Voyages, Volume XIII, 1866 --> ** 1866 - {{bibliographie|Q29045086}} <!-- Le Tour Du Monde : Nouveau Journal Des Voyages, Volume XIII, 1866 --> * 1866 - {{bibliographie|Q102145785}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour --> ** 1866 - {{bibliographie|Q102226525}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour, I --> ** 1866 - {{bibliographie|Q102226054}}, œuvre littéraire <!-- Alexandre Dumas, Louis XV et sa cour, II --> * 1866 - {{bibliographie|Q110967498}} <!-- Notice biographique sur Jean-Louis et son école --> ==== 1867 ==== * 1867 - {{bibliographie|Q60298262}} <!-- Maurice, comte de Saxe et Marie-Josephe de Saxe, dauphine de France --> * 1867-1871 - {{bibliographie|Q65475139}} <!-- Wilhelm Adolf Schmidt, Tableaux de la Révolution Française --> ** 1867 - {{bibliographie|Q65475471}} <!-- Wilhelm Adolf Schmidt, Tableaux de la Révolution Française, volume I --> * 1867 - {{bibliographie|Q82507975}} <!-- André de Bellecombe et Jean Louis Armand de Quatrefages de Bréau, Polygénisme et Monogénisme --> ==== 1868 ==== * 1868 - {{bibliographie|Q634447}} <!-- --> * 1868-1873-1878 - {{bibliographie|Q27950242}} <!-- --> === Articles === * 1860 - {{bibliographie|Q28610078}} == 1870 - 1879 == == 1870 == * 1870 - {{bibliographie|Q28168270}}<!-- Catalogue de l'histoire de France publié par ordre de l'Empereur, tome dixième --> * 1870 - {{bibliographie|Q19197016}}<!-- Auguste-Jean-Marie Vermorel, Le Parti socialiste --> * 1870 - {{bibliographie|Q29477542}}<!-- Alexandre Hesse, L'Administration provinciale et communale en France et en Europe, 1785-1870 --> * 1870 - {{bibliographie|Q95387808}}<!-- Edmond Poullet, Histoire du droit pénal dans le duché de Brabant --> === 1871 === * 1871 - {{bibliographie|Q28167749}} === 1872 === * 1872 - {{bibliographie|Q27777556}} <!-- Karl Marx (trad. Joseph Roy), Le Capital --> * 1872-1979 - {{bibliographie|Q29050644}} <!-- Histoire des états-généraux --> * 1872-1989 - {{bibliographie|Q60582869}} <!-- André Chénier et Becq de Fouquières (dir.), De l'Utopie à la Terreur : 1789-1793 --> * 1872 - {{bibliographie|Q83969221}} <!-- Thomas Balch, Les Français en Amérique pendant la guerre de l'indépendance des États-Unis 1777-1783 --> * 1872 - {{bibliographie|Q97353558}} <!-- Frédéric Passy, L'histoire du travail --> ;1872-1887 - Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) * 1872 - {{bibliographie|Q110280556}}, œuvre littéraire <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> ** 1872 - {{bibliographie|Q110280592}} <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> ** 1872 - {{bibliographie|Q110316130}} <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> ** 1881 - {{bibliographie|Q110316200}} <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> ** 1881 - {{bibliographie|Q110316366}} <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> ** 1887 - {{bibliographie|Q110280114}} <!-- Ludovic Sciout.- Histoire de la Constitution civile du clergé (1790-1801) --> === 1873 === * 1873 - {{bibliographie|Q65028671}} <!-- Grand dictionnaire de cuisine par Alexandre Dumas (& D.-J. Vuillemot) --> * 1873 - {{bibliographie|Q28019732}} <!-- Alexandre Dumas, Le Collier de la Reine --> * 1873 - {{bibliographie|Q81808585}} <!-- Juliette Adam, Le siège de Paris --> * 1873 - {{bibliographie|Q99903533}} <!-- Jean Demesvar Delorme, La Misère au sein des richesses, réflexions diverses sur Haïti --> * 1873 - {{bibliographie|Q109750930}} <!-- Procès des Dantoniens, 1873 -->, publié dans 1873 - {{bibliographie|Q109750203}} <!-- La politique positive, Revue occidentale, 1873 --> ** Première lettre de Delacroix à Danton de Lille le mars 1793, {{Google Livres|id=PTmToZJTkUsC|titre= La politique positive, Revue occidentale, 1873|page= 255|surligne=Première lettre de Delacroix à Danton de Lille le mars 1793}}, [https://www.google.fr/books/edition/La_politique_positive/PTmToZJTkUsC?hl=fr&gbpv=1&dq=Premi%C3%A8re%20lettre%20de%20Delacroix%20%C3%A0%20Danton%20de%20Lille%20le%20%2025%20mars%201793%20&pg=PA255&printsec=frontcover p. 255] ** Deuxième lettre de Delacroix à Danton de Lille le 28 mars 1793, {{Google Livres|id=PTmToZJTkUsC|titre= La politique positive, Revue occidentale, 1873|page= 255|surligne=Deuxième lettre de Delacroix à Danton de Lille le 28 mars 1793}}, [https://www.google.fr/books/edition/La_politique_positive/PTmToZJTkUsC?hl=fr&gbpv=1&dq=Deuxi%C3%A8me%20lettre%20de%20Delacroix%20%C3%A0%20Danton%20de%20Lille%20le%2028%20mars%201793%20&pg=PA256&printsec=frontcover p. 256] === 1874 === * 1874 - {{bibliographie|Q20165012}} <!-- --> * 1874 - {{bibliographie|Q66494317}} <!-- Pierre-Victor Malouet et Victor Malouet (dir.), Mémoires de Malouet publiées par son petit-fils --> === 1875 === * 1875-1876 - {{bibliographie|Q30015069}} <!-- The lost continent or slavery and the slave-trade in Africa --> === 1876 === * 1876 - {{bibliographie|Q28216728}} <!-- --> ** 1876 - {{bibliographie|Q28217209}}, [https://books.google.fr/books?id=wG_NAAAAMAAJ&hl=fr&pg=RA2-PA259-IA2#v=onepage&q=Fran%C3%A7ois-Joseph%20Gossé&f=false page 265] * 1878 - {{bibliographie|Q27996719}} <!-- --> * 1876 - {{bibliographie|Q66831321}} <!-- Paul Allard, Les Esclaves chrétiens --> === 1877 === * 1877 - {{bibliographie|Q84768893}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84768919}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française, Deuxième édition, volume I --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84769539}} <!-- Maurice Block, Dictionnaire de l’administration française, Deuxième édition, volume II --> * <b>1877-1889 - {{bibliographie|Q84850013}} Œuvre écrite</b>. <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique --> ** 1877 - {{bibliographie|Q84954792}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique --> ** 1889 - {{bibliographie|Q84850639}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique, volume 1 --> ** 1889 - {{bibliographie|Q84850659}} <!-- Edme Rameau de Saint-Père, Une colonie féodale en Amerique, volume 2 --> * 1877 - {{bibliographie|Q110714741}} <!-- Louis Guibert.- Une page de l'histoire du clergé français au XVIIIe siècle --> ** 1877 - {{bibliographie|Q110715252}} <!-- Une page de l'histoire du clergé français au XVIIIe siècle, compte-rendu de lecture --> === 1878 === * 1878 - {{bibliographie|Q98108041}}</b> [https://catalog.hathitrust.org/Record/001167862?type%5B%5D=title&lookfor%5B%5D=A%20dictionary%20of%20books%20relating%20to%20America&ft= Œuvre écrite]. <!-- A dictionary of books relating to America --> ** 1878 - {{bibliographie|Q98073260}} <!-- A Dictionary of Books Relating to America, from Its Discovery to the Present Time, Volume 10 --> === 1879 === Loménie, Louis de, 1815-1878.- Les Mirabeau : nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle, Continué, à partir du tome III, par son fils Charles de Loménie * 1879-1891 - {{bibliographie|Q110483597}}, Œuvre littéraire <!-- Les Mirabeau : nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q110483804}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve01lomuoft/page/n9/mode/2up Tome Premier] ** 1879 - {{bibliographie|Q113086453}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve02lomuoft/page/n11/mode/2up Tome Second] <!-- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q113087389}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve03lomuoft/page/n11/mode/2up Tome Troisième] <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle--> ** 1879 - {{bibliographie|Q113087555}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve04lomuoft/page/n9/mode/2up Tome Quatrième], <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> ** 1879 - {{bibliographie|Q113088138}}, [https://archive.org/details/lesmirabeaunouve05lomuoft/page/n7/mode/2up Tome Cinquième], <!-- Louis & Charles de Loménie.- Les Mirabeau; nouvelles études sur la société française au XVIIIe siècle --> === Articles === * 1870 - {{bibliographie|Q17362972}} * 1873 - {{bibliographie|Q19210776}} <!-- Les États-généraux avant 1789 --> * 1877 - {{bibliographie|Q66314341}} <!-- La traite des Nègres par Louis Delgeur (Asiento) --> === Œuvres romanesques === * 1872 - {{bibliographie|Q26923751}} == 1880 - 1889 == === 1880 === * 1880 - {{bibliographie|Q64787991}} In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XI - Du 24 décembre 1789 au 1er mars 1790. <!-- Joseph-Michel Pellerin, Discours non prononcé de M. 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Ourousov, Résumé historique des principaux traités de paix conclus entre les puissances européennes--> === 1885 === * 1885-1905 - {{bibliographie|Q27908763}}, [http://gallica.bnf.fr/services/engine/search/sru?operation=searchRetrieve&version=1.2&collapsing=disabled&query=dc.relation%20all%20%22cb341004873%22 Lire en ligne] * 1885 - {{bibliographie|Q3020385}} <!-- --> ** [[d:Q23978369|2012]] - {{bibliographie|Q23978369}} <!-- --> * 1885 - {{bibliographie|Q66004512}} <!-- Bertrand du Pouget de Nadaillac, Catalogue d'une collection de livres --> * 1885 - {{bibliographie|Q69028614}} <!-- Salles et Maîtres d'armes. De l'époque médiévale au XVIIIème siècle, trois éditions 1885, 1910, 1969 --> ** 1969 - {{bibliographie|Q68559595}} <!-- Salles et Maîtres d'armes. 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Du siège de Lille en 1708 au 14 août 1872 --> * 1890-1902 - {{bibliographie|Q112999900}} <!-- Nos Créoles --> === 1891 === === 1892 === * 1892 - {{bibliographie|Q92596799}} <!-- Joachim Ambert, Les généraux de la Révolution (1792-1804) --> * 1892 - {{bibliographie|Q17358035}} <!-- Jacques-Victor-Albert de Broglie, Fin de la Guerre de la succession d’Autriche - Paix d’Aix-la-Chapelle --> ** 1892 - {{bibliographie|Q17358036}} <!-- Jacques-Victor-Albert de Broglie, Etudes diplomatiques – Fin de la guerre de la succession d’Autriche – Paix d’Aix-La-Chapelle (1746) - I. Les Préliminaires du congrès--> ** 1892 - {{bibliographie|Q17358038}} <!-- acques-Victor-Albert de Broglie, « Etudes diplomatiques – Fin de la guerre de la succession d’Autriche – Paix d’Aix-La-Chapelle (1746) - II. Signature des préliminaires de paix --> ** 1892 - {{bibliographie|Q17358039}} <!-- Etudes diplomatiques – Fin de la guerre de la succession d’Autriche – Traité d’Aix-la-Chapelle (1748) - III. Dernières négociations - Le traité » --> * 1892 - {{bibliographie|Q112232739}} <!-- Le Gallicanisme au XVIIIe siècle : La France et Rome de 1700 à 1715 --> === 1893 === * 1893 - {{bibliographie|Q64785151}} <!-- Henri Castonnet des Fossés, La perte d'une colonie : La Révolution de Saint-Domingue --> * 1893-1904 - {{bibliographie|Q79085680}} <!-- Église catholique, Lettres apostoliques de S. S. Léon XIII --> ** 1893 - {{bibliographie|Q79123180}} <!-- Église catholique, Lettres apostoliques de S. S. Léon XIII, tome 2 --> *** [[d:Q600619|5 mai 1888]] -{{bibliographie|Q600619}} <!-- 5 mai 1888 -Léon XIII, Léon XIII, Encyclique In Plurimis, Lettre de N. S. P. Léon XIII aux évêques brésiliens, --> * 1893 - {{bibliographie|Q109647703}} <!-- Dictionnaire de la Révolution française, institutions, hommes et faits --> ** 1893 - {{bibliographie|Q109796458}} <!-- Légions. Légion des Américains --> === 1894 === * 1894-1942 - {{bibliographie|Q26933732}} ** [http://gallica.bnf.fr/services/engine/search/sru?operation=searchRetrieve&version=1.2&startRecord=0&maximumRecords=15&page=1&collapsing=disabled&query=arkPress%20all%20%22cb344836924_date%22%20and%20%28gallica%20adj%20%22Gratien%20Candace%22%29 "Gratien Candace", 2 résultats] ** [http://gallica.bnf.fr/services/engine/search/sru?operation=searchRetrieve&version=1.2&startRecord=0&maximumRecords=15&page=1&collapsing=disabled&query=arkPress%20all%20%22cb344836924_date%22%20and%20%28gallica%20all%20%22Gratien%20Candace%22%29 Gratien Candace, 13 résultats] ** [http://gallica.bnf.fr/services/engine/search/sru?operation=searchRetrieve&version=1.2&startRecord=0&maximumRecords=15&page=1&collapsing=disabled&query=arkPress%20all%20%22cb344836924_date%22%20and%20%28gallica%20all%20%22Guadeloupe%22%29 Guadeloupe, 37 résultats] * 1894 - {{bibliographie|Q28320927}} <!-- --> * 1894 - {{bibliographie|Q28658886}} <!-- --> * 1894 - {{bibliographie|Q28939099}} <!-- --> * 1894 - {{bibliographie|Q30119097}} <!-- Histoire des caciques de Haïti --> * 1894 - {{bibliographie|Q37490557}} <!--Augustin Challamel, Les Clubs contre-révolutionnaires, --> * 1894 - {{bibliographie|Q111247790}} <!--1894 - Jules Ballet, La Guadeloupe --> === 1895 === * 1895 - {{bibliographie|Q37490557}} <!-- Augustin Challamel, Les Clubs contre-révolutionnaires --> * 1895 - {{bibliographie|Q66371218}} <!-- Élie Berger, Histoire de Blanche de Castille, reine de France, thèse pour le doctorat --> * 1895 - {{bibliographie|Q109817315}} <!-- Ernest Lavisse.- Histoire générale du IVe siècle à nos jours --> * 1895-1902 - {{bibliographie|Q111279086}} <!-- Montalembert , biographie, ouvrage en 3 volumes publiés entre 1895 et 1902 --> * 1895 - {{bibliographie|Q112282627}} <!-- Bibliographie générale de l'escrime --> === 1896 === * 1896 - {{bibliographie|Q26951493}} <!-- Émile-Ambroise Thirion, La politique au village --> * 1896 - {{bibliographie|Q52338884}} <!-- Auguste Lacaussade, Le Siège de Paris --> * 1896 - {{bibliographie|Q110315876}} <!-- Henry de Poyen-Bellisle.- Les guerres des Antilles de 1793 à 1815 --> * 1896 - {{bibliographie|Q110525632}} <!-- Paris en 1790, voyage de Halem --> * 1896 - {{bibliographie|Q113005211}} <!-- La vie à Paris pendant une année de la Révolution, 1791-1792 --> === 1897 === * 1897 - {{bibliographie|Q23636265}} <!-- L'esclavage aux Antilles françaises avant 1789 --> * 1897 - {{bibliographie|Q113005694}} <!-- Une loge maçonnique d'avant 1789 --> === 1898 === * 1898 - {{bibliographie|Q73018271}} <!-- Léon Deschamps, Les Colonies pendant la Révolution. La Constituante et la réforme coloniale --> * 1898 - {{bibliographie|Q110966096}} <!-- L'escrime à travers les âges --> === 1899 === 1899 - {{bibliographie|Q84703595}} <!-- F.-Pierre Clément, (notice BnF no FRBNF104304148).- La Corvée des chemins en France et spécialement en Poitou --> == Notes & Références == {{Références}} a0s88xvam4mpyjocrlvus41xjfbwlyb 104 76856 880966 880358 2022-07-30T20:58:23Z Ambre Troizat 8860 /* 1793 */ Décret qui ordonne l’arrestation, des Gens suspects du 17 Septembre 1793 wikitext text/x-wiki == 1750 == * 1750 - {{Bibliographie|Q110846472}} <!-- Extrait du registre des délibérations du conseil général de la commune de Paris --> == Jacques Pierre Brissot, 1754-1793 == [[Fichier:François Bonneville - Portrait de Jacques-Pierre Brissot de Warville (1754-1793), journaliste et conventionnel - P2608 - Musée Carnavalet.jpg|100px|vignette|gauche|François Bonneville.- Portrait de Jacques-Pierre Brissot de Warville (1754-1793 - [[D:Q314984|Q314984]] ), journaliste et conventionnel ]] === Liste des oeuvres de Jacques Pierre Brissot === * [[D:Q20730540|Q20730540]] - {{Bibliographie|Q20730540}} <!-- Brissot, Jacques Pierre --> * [[w:Jacques Pierre Brissot|Jacques Pierre Brissot]], homme politique français, chef de file des Girondins pendant la Révolution * {{Bibliographie|Q24038893}} <!-- Adresse à l'Assemblée nationale, pour l'abolition de la traite des Noirs --> * {{Bibliographie|Q106956364}} <!-- Un Défenseur du peuple à l'Empereur Joseph II, sur son règlement concernant l'émigration, ses diverses réformes pétition de Jacques-Pierre Brissot de Warville --> * {{Bibliographie|Q56156469}}, Du pyrrhonisme universel au scepticisme révolutionnaire <!-- From Universal Pyrrhonism to Revolutionary Scepticism: Jacques-Pierre Brissot de Warville --> * {{Bibliographie|Q58544152}} <!-- Jacques-Pierre Brissot: From Scepticism to Conviction --> * {{Bibliographie|Q60501178}} <!-- THE INNOCENCE OF JACQUES-PIERRE BRISSOT --> * {{Bibliographie|Q60723569}} <!-- Étienne Clavière, Jacques-Pierre Brissot et les fondations intellectuelles de la politique des girondins --> * {{Bibliographie|Q60723572}} <!-- Etienne Clavière, Jacques-Pierre Brissot et les fondations intellectuelles de la poli­tique des Girondins --> * {{Bibliographie|Q107024432}} <!-- Point de banqueroute, ou Lettre à un créancier de l'État sur l'impossibilité de la banqueroute nationale et sur les moyens de ramener le crédit et la paix par J.-P. Brissot de Warville --> *{{Bibliographie|Q103871150}} <!-- Jacques Pierre Brissot de Warville [brissjacqu000436 article in Electronic Enlightenment --> * {{Bibliographie|Q3225318}}, [[D:Q3225318|Le Patriote français]]journal fondé par Jacques-Pierre Brissot de Warville, 28 juillet 1789-2 juin 1793 <!-- Le Patriote français--> * {{Bibliographie|Q61821815}},[[w:en:Pyrrhonism|Pyrrhonism]] is a school of philosophical skepticism founded by Pyrrho in the fourth century BCE. It is best known through the surviving works of Sextus Empiricus, writing in the late second century or early third century CE <!-- From Universal Pyrrhonism to Revolutionary Scepticism: Jacques-Pierre Brissot de Warville --> * {{Bibliographie|Q107024349}} <!-- Discours sur la nécessité d'établir à Paris une société pour concourir, avec celle de Londres, à l'abolition de la traité & de l'esclavage des Nègres prononcé à Paris le 19 février 1788 à la prière du comité de Londres --> * {{Bibliographie|Q107024644}} <!-- Discours sur la nécessité de maintenir le décret rendu le 13 mai 1791, en faveur des hommes de couleur libresprononcé le 12 septembre 1791, à la séance de la Société des Amis de la Constitution, séante aux Jacobins --> * {{Bibliographie|Q106975195}} <!-- Examen critique des voyages dans l'Amérique Septentrionale, de M. le marquis de Chatellux ou, Lettre a M. le marquis de Chatellux, dans laquelle on réfute principalement ses opinions sur les Quakers, sur les nègres, sur le peuple, & sur l'homme --> * {{Bibliographie|Q61534647}} <!-- Brissot, Jacques Pierre (1754-1793) --> === 1755 === * 1755 - {{bibliographie|Q110815664}}, ''1677 - Capitularia regum francorum in duos tomos distributa. Stephanus Baluzius Tutelensis in unum colelgit, ad vetustissimos codices MSS. emendavit, magnam partem nunc primùm eruit, & Notis illustravit {{BNF|422675174}}'' <!-- Histoire des capitulaires des rois françois sous la première et seconde race --> ** 1779 - Étienne Baluze.- Histoire des Capitulaires des rois françois de la premiére et seconde race, ou traduction de la Préface mise par-à la tête de son édition des Capitulaires, avec la vie de Baluze, [Google Livre] === 1756 === * 1756 - {{bibliographie|Q109947684}} <!-- Lettre d'un patriote sur la tolérance civile des protestans de France --> * 1756 - {{bibliographie|Q112214717}} <!-- Les Rêveries, ou Mémoires sur l'art de la guerre, dédiés à Messieurs les officiers généraux --> === 1757 === * [[d:Q3222842|1757]] - {{bibliographie|Q3222842}} <!-- Diderot.- Le Fils naturel --> === 1760 === ==== Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681, 1760-1841 ==== * 1716 - {{bibliographie|Q107118213}} <!-- déclarations, édits, lettres patentes, et arrets enregistrés au Parlement de Dijon --> * 1738 - Louis XV.- [http://www.manioc.org/patrimon/ADG18211 Edit du Roy concernant les esclaves nègres des colonies donné à Paris au mois d'octobre 1716], tiré à part ** Edit du roi concernant les esclaves nègres des colonies, [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k9618765s/f212.item.r=%C3%89dit%20royal%20d'octobre%201716%20concernant%20les%20esclaves%20n%C3%A8gres%20des%20colonies A créer sur Wikidata] * 1760 - {{bibliographie|Q107110827}}, [[d:Q107110827|oeuvre littéraire]] <!-- Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681 --> ** 1760 - {{bibliographie|Q22679697}} <!-- Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681 --> ** 1760 - {{bibliographie|Q22679701}} <!-- Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681 --> * 1760 - {{bibliographie|Q87921376}} <!-- Edit concernant les Esclaves des Colonies de 1685 & 1716 --> ** 1760 - {{bibliographie|Q108572953}} <!-- Edit touchant la police des Isles de l'Amérique françoise --> ** 1760 - {{bibliographie|Q108573126}} <!-- Edit concernant les Esclaves des Colonies. Du mois d'octobre 1716 --> * 1766 - {{bibliographie|Q107112367}} <!-- Nouveau commentaire sur l'ordonnance de la marine du mois d'août 1681 --> ** 1766 - {{bibliographie|Q107115183}}, publié dans {{bibliographie|Q107112367}} <!-- Édit concernant les Esclaves des colonies du mois d'octobre 1716 --> == 1761 == * 1761 - {{bibliographie|Q113146489}} <!-- Ordonnance du Roi, qui accorde le fourrage en entier aux officiers des régimens qui servent dans ses armées --> == Traité de Paris, 1763-1783 == * 2016 - {{bibliographie|Q96972095}} <!-- Vers un nouveau monde atlantique : Les traités de Paris, 1763-1783 --> ===1764 === * 1764 - {{bibliographie|Q107975296}} [https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Jean-Jacques_Burlamaqui Voir Média dans la catégorie « Jean-Jacques Burlamaqui » sur Wikimedia Commons] <!-- Principes du droit naturel et politique --> * 1764 - {{bibliographie|Q108310041}} <!-- Mémoire pour le sieur (Georges) Bologne de Saint-Georges, ancien gentilhomme ordinaire du roi --> * 1764 - {{bibliographie|Q26212503}} <!-- J. Bellon de Saint-Quentin.- Dissertation sur la traite et le commerce des nègres, 1764 --> === 1765 === * 1765 - {{bibliographie|Q109410066}} <!-- Montesquieu.- Lettres Persannes --> * 1765 - {{bibliographie|Q113089930}} <!-- Ordonnance Du Roi, Concernant La Marine du 25 Mars 1765 --> ** 1765 - {{bibliographie|Q113089703}} <!-- Ordonnance du Roi, concernant les officiers d'administration de la Marine et les écrivains du 25 Mars 1765 --> === 1766 === * 1766 - {{bibliographie|Q111488588}} <!-- L'Art des armes, ou la Maniere la plus certaine de se servir utilement de l'epée --> ** 1766 - {{bibliographie|Q111589335}} <!-- Observations sur le Traité de l'art des armes --> === 1770 === * 1770-1786 - {{bibliographie|Q105764134}} <!-- François-Alexandre Aubert de La Chesnaye Des Bois et Jacques Badier.- Dictionnaire de la noblesse, 2e édition --> * 1770 - {{bibliographie|Q110859078}} Volume 1 & 2 <!-- Code matrimonial, ou Recueil complet de toutes les loix canoniques et civiles de France --> === 1771 === * 1772 - {{bibliographie|Q108697776}} <!-- Arrest du Conseil d'État du Roi, qui condamne le sieur Berger Dumesnil à payer au Bureau de contrôle de Guiscard --> === 1772 === * 1772 - {{bibliographie|Q107125115}} <!-- Christin, Dissertation sur l'établissement de l'abbaye de Saint-Claude --> * *1772 - {{bibliographie|Q107125756}}, publié dans {{bibliographie|Q107125115}}, Voir : <https://www.google.fr/books/edition/Recueil_des_arr%C3%AAt%C3%A9s_de_monsieur_le_pre/T1VAAAAAcAAJ?hl=fr&gbpv=1&dq=inauthor%3A%22Lamoignon%22%20%20%2B%20Nous%20voulons%20%C3%A0%20l'exemple%20du%20roi%20St-Louis%20notre%20ayeul&pg=PA1&printsec=frontcover>. <!-- Projet d'édit du premier président de Lamoignon --> === 1773 === * [[d:Q7207384|1773]] - {{bibliographie|Q7207384}} <!-- Phillis Wheatley, Poems on Various Subjects, Religious and Moral --> * 1773 - {{bibliographie|Q110311545}} <!-- Journal de Pierre le Grand --> * 1773 - {{bibliographie|Q110816634}} <!--Traités sur différentes matières de droit civil --> === 1777 === * 1777 - {{bibliographie|Q110636902}} <!-- Arrêt du Conseil d'état du Roi, concernant le retour des noirs, mulâtres ou autres gens de couleur aux colonies --> === 1779 === [[Fichier:Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779.png|100px|vignette|droite|Édit portant suppression du droit de mainmorte, et de la servitude personnelle, dans les domaines du Roi, 1779]] * 1777 - {{bibliographie|Q110636902}} <!-- Arrêt du Conseil d'état du Roi, concernant le retour des noirs, mulâtres ou autres gens de couleur aux colonies --> * 1779 - {{bibliographie|Q108062064}} <!-- Ordonnance pour attacher aux régimens de chasseurs à cheval les officiers des légions supprimées --> * 1779 - {{bibliographie|Q23937513}} <!-- Édit portant suppression du droit de main-morte et de servitude --> ** 1996 - {{bibliographie|Q26158057}} <!--Un épisode important et méconnu du procès du régime seigneurial en France --> === 1780 === * 1780 - {{bibliographie|Q111319104}} <!-- Illustrations de Abrégé de l'histoire générale des voyages --> === 1785 === * 1785 - {{bibliographie|Q110059609}}, L'imprimeur est alors Charles-Louis Dufour de Rians, <!-- Statuts du Cercle des philadelphes --> === 1786 === * 1786 - {{bibliographie|Q107140340}}, "''Les premières Loix sur cet objet faites sous Louis XIII renouvellées et étendues sous son Successeur en 1685 fixe la quantité de vivres que le Maître doit leur fournir|p. 73''". <!-- Discours sur l'esclavage des nègres, et sur l'idée de leur affranchissement dans les colonies --> * 1786 - {{bibliographie|Q109644868}} <!-- Réglemens de la loge et Société Olympique (Q109644868) --> * 1786 - {{bibliographie|Q109646122}}, Nombreuses indications ms. d'analyse. Mêmes main, encre et papier... <!-- Six Simphonies composées pour le Concert de la Loge Olympique de Paris --> * 1786 - {{bibliographie|Q111081300}} <!-- Vies de Jean d' Estrées, duc et pair, maréchal de France, vice-amiral, et vice-roi de l'Amérique --> * 1786 - {{bibliographie|Q111795021}} <!-- La France et l'Angleterre. Dialogue à l'occasion du voyage de Louis XVI à Cherbourg --> * 1786 - {{bibliographie|Q85676549}} <!-- Galerie du Palais-royal gravée d'après les tableaux des différentes écoles qui la composent --> === 1787 === * 1787 - {{fr|FR}} {{bibliographie|Q108115738}} , œuvre littéraire <!-- Icosameron ou Histoire d'Édouard et d'Élisabeth --> ** 1787 - {{fr|FR}} {{bibliographie|Q108115777}} , Vol. I <!-- Icosameron ou Histoire d'Édouard et d'Élisabeth --> ** 1787 - {{en|EN}} {{bibliographie|Q16564602}} , Vol. I <!-- Icosameron ou Histoire d'Édouard et d'Élisabeth (anglais) --> * 1787 - {{bibliographie|Q108734387}} <!-- Dictionnaire de danse, contenant l'histoire, les règles et les principes de cet art --> * 1787 - {{bibliographie|Q37334812}} <!-- Jean Olivier De Meude-Monpas, Dictionnaire de musique --> - * 1787 - {{bibliographie|Q113131422}} <!--Liste des principaux personnages, qui doivent composer l'Assemblée des notables du royaume --> * 1787 - {{bibliographie|Q110646856}} <!-- Discours prononcés à la dernière séance de l'Assemblée des notables tenue à Versailles le 25 mai 1787 --> === 1788 === * 1788 - {{bibliographie|Q108487155}} <!-- Ordonnance portant règlement sur la formation et la solde des régimens de hussards --> === 1789 === * 1789 - {{bibliographie|Q107166932}} <!-- Tableau de la situation actuelle des colonies, présenté à l'Assemblée nationale --> * 1789 - {{bibliographie|Q107379495}} <!-- Réclamations et observations des colons sur l'idée de l'abolition de la traite et de l'affranchissement des nègres, 2e ed --> * 1789 - {{bibliographie|Q107379747}} <!-- Précis sur l'esclavage des nègres --> * [[d:Q109388411|1789]] - {{bibliographie|Q109388411}} <!-- Mémoire pour les négocians de Rheims, sur le projet d'abandon des colonies --> ** 1784-1792 - {{bibliographie|Q73524638}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant les colonies Guyane, Martinique, Guadeloupe, Saint Domingue, 1784-1792, collection d'archives, France ; Antilles, --> ** 1785 - {{bibliographie|Q80206927}} <!-- Mémoire d'un Français qui sort de l'esclavage. Par M Follie, officier d'administration dans les colonies --> ** 1788 - {{bibliographie|Q64450025}} <!-- Cercle des Philadelphes, Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, 1ere série, 1788, Recueils de plublication concernant les colonies & provenant de la Bibliothèque de Moreau de Saint-Méry --> ** 1788-1789 - {{bibliographie|Q106674716}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, 1788-1789, Saint Domingue, Antilles, Noirs --> ** 1790 - {{bibliographie|Q107004744}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant Saint Domingue, 1790, Assemblée provinciale du Nord, Assemblée générale de la partie française, 1ere série --> ** 1791-1804 - {{bibliographie|Q107074622}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, 1ere série, 1791-1804, Recueil de documents imprimés liés aux colonies de la France dans les Antilles, 275 volumes --> ** 1791 - {{bibliographie|Q107075740}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant les colonies, 1791, 1ere série, Courrier politique et littéraire du Cap Français, Saint Domingue --> * 1789 - {{bibliographie|Q110044535}} <!-- Précis de la première séance de l'Assemblée nationale de 1789 --> * 1789 - {{Bibliographie|Q111062238}} <!-- Opinion de M. Rabaut de Saint-Étienne sur quelques points de la constitution --> === 1790 === * 1790 - {{bibliographie|Q19220704}} <!-- Nous sommes donc trois ? ou le Provincial à Paris : Signé : Saint-Georges, soldat citoyen de la ville de*** --> ** 1790 - {{bibliographie|Q112254887}} <!-- Annonces de bibliographie moderne --> ** 1790 - {{bibliographie|Q112255469}} <!-- Nous sommes donc trois ? ou le Provincial à Paris. Notices bibliographiques --> * 1790 - {{bibliographie|Q111364853}} <!-- Philippe d'Orléans traité comme il le mérite --> * 1790 - {{bibliographie|Q110846472}} <!-- Extrait du registre des délibérations du conseil général de la commune de Paris --> * 1790 - {{bibliographie|Q110367804}} <!-- Rapport du Comité militaire, sur les adjudants-généraux et les aides-de-camp --> 1790 - César Henri comte de La Luzerne.- [https://books.google.fr/books?id=kKjqNJBHEl0C&printsec=frontcover&hl=fr#v=onepage&q&f=false Mémoire envoyé le 18 Juin 1790 au Comité des Rapports de l'Assemblée Nationale, ''concerning the Colony of Saint Domingo''. Pièces justificatives, etc.], 1790<br>Voir [https://books.google.fr/books?id=kKjqNJBHEl0C&hl=fr&pg=PA82#v=onepage&q&f=false Etat des Pièces remises par M. le Comte de la Luzerne au Comité des Rapports le 18 Juin 1790, page 82]. * 1788 - Ordonnance de Messieurs les administrateurs, du 26 Décembre 1788. Extrait des Registres du Conseil Supérieur de Saint Domingue * 1790 - {{bibliographie|Q112166501}}, 9 avril - 10 mars - 28 mars 1790 <!-- Proclamation du roi sur un décret de l'Assemblée nationale, concernant l'île de Saint-Domingue. Du 9 avril 1790 --> * 1790 - {{bibliographie|Q112175048}} <!-- Lettre de M. le comte de La Luzerne, ministre de la Marine du 10 avril 1790 --> ==== Journal militaire ==== * 1790-? - {{bibliographie|Q113145392}} <!-- Journal militaire : contenant... les ordonnances... les nominations... l'annonce ou extrait des ouvrages... --> * 1793 - {{bibliographie|Q113152090}} <!-- Journal militaire numéro premier --> === 1791 === ==== Constitutions de la France & des colonies, 1791 ==== * 1791 - décret du 15 Mai 1791, en faveur des hommes libres de couleur ** 1791 - {{bibliographie|Q19215087}} <!-- Louis Monneron, Lettre de M. Louis Monneron, député des Indes orientales, sur le décret du 15 Mai 1791, Constitution de 1791 --> ** 1791 - {{bibliographie|Q107024644}} <!-- Brissot, Discours sur la nécessité de maintenir le décret rendu le 13 mai 1791 --> * 1791 (8 juin 1791) - {{bibliographie|Q24008261}}, {{Gallica|d=bpt6k97905830|f=589|pp=1-15}} <!-- Lettre aux citoyens de couleur et nègres libres de Saint-Domingue --> ** 1789 - {{bibliographie|Q96146720}} <!-- Lettre aux citoyens de couleur et nègres libres de Saint-Domingue --> ** 1789 - {{bibliographie|Q96146861}} <!-- Lettre aux citoyens de couleur et nègres libres de Saint-Domingue --> ** 2019 - {{bibliographie|Q96149619}}, avec bibliographie <!-- Le débat sur les droits des "hommes de couleur libres" --> * 1791 - {{bibliographie|Q971176}}, 3 septembre 1791 <!-- Constitution de 1791 --> ** 1792 - {{bibliographie|Q95397665}}, publié dans {{bibliographie|Q95394303}}, pp. [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k65322706/f317.item.texteImage 297]-[https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k65322706/f373.item.texteImage 353] <!-- Charles Andre Rémi Arnoult (dir.), Collection des décrets de l'Assemblée nationale constituante, tome premier --> * 1791 (28 septembre 1791) - {{bibliographie|Q95400787}} <!-- A propos de la constitution des colonies de 1791 --> ==== 1791 - Décret d'abolition de l'esclavage du 16 octobre 1791 promulgué par l'Assemblée constituante de 1789-1791 ==== * 1791 - {{bibliographie|Q27569217}} Loi N.° 1396, 28 septembre 1791 & 16 octobre 1791, portant : Article premier : "''Tout individu eſt libre auſſitôt qu’il eſt entré en France''" ; Article II : tout homme eſt libre en France, & que, quelleque ſoit ſa couleur, il y jouit de tous les droits de Citoyen, s’il a les qualités preſcrites par la Conſtitution. ;Décret Abolition de l'esclavage en France, loi contre le préjugé de couleur <gallery> File:Tout homme est libre aussitôt qu'il est entré en France.png|Tout homme est libre en France et, quelle que soit sa couleur, il y jouit de tous les droits de citoyen.|Entrée bibliographique File:Loi n° 1396 portant que tout homme eſt libre en France, Paris, 16 octobre 1791.png|Copie de l'original File:Loi portant que tout homme est libre en France, Paris, 16 octobre 1791.png| Copie du [https://archive.org/details/relativecolonie00unse décret de l'Assemblée constituante de 1789-1791, signée par Louis XVI]. </gallery> - * 1790-1791 - {{bibliographie|Q95914296}}, [https://archive.org/details/dcretconcernantl00fran_13 Décret concernant le code pénal : du 25 septembre 1791]. <!-- Code Pénal donnée à Paris le 6 octobre 1791 --> - * 1791 - {{bibliographie|Q27916981}} <!-- --> * 1791 - {{bibliographie|Q19165792}} <!-- Robespierre.- Sur l’abolition de la peine de mort, 1791 --> * 1791 - {{bibliographie|Q54621074}} <!-- Au sujet de la situation politique de la Colonie de St-Domingue, 16 juin 1791 --> * [[d:Q61747346|1791]] - {{bibliographie|Q61747346}}, traité d'économie du Système colonial de l'école physiocratique. <!-- 1791 - Alexandre Cazeau de Roumillac, Argumens pour et contre le commerce des colonies --> * [[d:Q62702257|1791]] - {{bibliographie|Q62702257}} <!-- Etta Palm d'Aelders.- Sur l'injustice des loix en faveur des Hommes, au dépend des Femmes, lu à l'Assemblée Fédérative des Amis de la Vérité, le 30 décembre 1790 --> ** [[d:Q62694045|1791]] - {{bibliographie|Q62694045}} <!-- Etta Palm d'Aelders.- Discours de Mme Palme d'Aelders, Hollandaise, lu à la Confédération des amis de la vérité de Caen, par un de MM. les secrétaires --> * 1791 - {{bibliographie|Q64414874}} <!-- Olympe de Gouges, Les droits de la femme. A la Reine --> * 1791 - {{bibliographie|Q65132218}} <!-- --> ** 1791 - {{bibliographie|Q65137050}} <!-- (en) John Long, Voyages and travels of an Indian interpreter and trader --> ** 1980 - {{bibliographie|Q65129581}} Bibliothèque personnelle. <!-- John Long (trad. Jean Baptiste Louis Joseph Billecocq), Voyages chez différentes nations sauvages de l'Amérique septentrionale --> * 1791 - {{bibliographie|Q77786147}} <!-- Julien Raimond et Louis-Élie Moreau de Saint-Méry, Réponse aux considérations de M. Moreau, dit de Saint-Méry --> * 1791 - {{bibliographie|Q78992264}} <!-- Louis-Élie Moreau de Saint-Méry (ill. Nicolas Ponce), Recueil de vues des lieux principaux de la colonie françoise de Saint-Domingue --> * 1791 - {{bibliographie|Q96096382}} <!-- Traité de paix entre les citoyens blancs et de couleur --> * 1791 - {{bibliographie|Q96097574}} Cf. {{bibliographie|Q96098375}} <!-- Pétition nouvelle des citoyens de couleur des îles françaises --> * 1791 - {{bibliographie|Q112066470}} <!-- Recueils de pièces imprimées concernant les débats à l'Assemblée Nationale, mai 1791 --> * 1791 - {{bibliographie|Q113006037}} <!-- Crimes de Lafayette en France --> - ;Félicité de Genlis, Leçons d'une gouvernante à ses élèves * 1791 - {{bibliographie|Q110532670}} <!-- Leçons d'une gouvernante à ses élèves, Tome premier --> - ;Louis Marie de Narbonne-Lara * 1791 - {{bibliographie|Q110645535}} <!-- Upon the appointment of Louis de Narbonne Lara as commandant of the troops in the district of Paris --> === 1792 === * 1792 - {{bibliographie|Q107248558}} <!-- Décret relatif aux moyens d'apaiser les troubles dans les colonies --> * 1792 - {{bibliographie|Q110163785}} <!-- Pétition en faveur des enfants naturels reconnus et nés de père et mère libres --> ** 1793 - {{bibliographie|Q110164281}} <!-- Réponse d'un enfant naturel à l'adresse présenté à la Convention nationale --> * 1792 - {{bibliographie|Q110331641}} <!-- Discours du citoyen Brissot à la Convention nationale concernant la République de Genève --> * 1792 - {{bibliographie|Q110569121}} <!-- Relation de l'assassinat de M. Théobald Dillon, maréchal de camp --> * 1792 - {{bibliographie|Q112876279}} <!-- Pétition, faite a l’Assemblée nationale, le 22 janvier 1792 --> === 1793 === ;Décret relatif à la formation d'un tribunal criminel extraordinaire ou Tribunal criminel révolutionnaire * 1793 - {{bibliographie|Q110551317}} Instituant le Tribunal criminel révolutionnaire <!-- Décret relatif à la formation d'un tribunal criminel extraordinaire, du 10 Mars 1793, l'an second de la république française, Scellé le 12 Mars 1793 --> ;Bulletin du Tribunal criminel révolutionnaire, établi au Palais, à Paris, par la loi du 10 mars 1793 * 1793 - {{bibliographie|Q110550443}} <!-- Bulletin du Tribunal criminel révolutionnaire, établi au Palais, à Paris, par la loi du 10 mars 1793 --> ** Voir <inauthor:"Frankreich Tribunal Révolutionnaire">, Bulletin du Tribunal criminel révolutionnaire, établi au Palais, à Paris, par la loi du 10 mars 1793, sur Google livres * 1793 - {{bibliographie|Q27554981}} <!-- Gazette des nouveaux tribunaux, volume 7 --> * 1793 - {{bibliographie|Q110521494}} <!-- Rapport du comité de défense générale et pièces qui constatent la trahison du général Dumouriez --> * 1793 - {{bibliographie|Q29649456}} <!-- Plaidoyer pour le général Miranda, accusé de haute trahison & de complicité avec le général en chef Dumourier --> * 1793 - {{bibliographie|Q111482750}} Publié dans {{bibliographie|Q19221639}} <!-- Œuvres de Robespierre : Discours de Robespierre sur la propriété. Suivi du projet complet de déclaration des droits de l’homme --> * 1793 - Robespierre, {{bibliographie|Q19226519}} <!-- Rapport du 5 nivôse an II sur les principes du Gouvernement révolutionnaire --> * 1793 - {{bibliographie|Q110640486}} <!-- Déclaration de M. Louis de Narbonne, ancien ministre de la Guerre en France, dans le procès du roi --> * 1793 - {{bibliographie|Q113361543}}, publié dans {{bibliographie|Q26932991}} <!-- Décret qui ordonne l’arrestation, des Gens suspects du 17 Septembre 1793 --> -*-*-*-* 1793-1801 - Histoire du clergé pendant la Révolution française, édition de 1794, ouvrage de Augustin Barruel, Sur [https://archive.org/search.php?query=Histoire%20du%20clerg%C3%A9%20pendant%20la%20R%C3%A9volution%20fran%C3%A7aise Internet Archive] & BnF * 1793 - [http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb317674373 Histoire du clergé pendant la Révolution française, ouvrage dédié à la nation anglaise par l'abbé Barruel], {{BNF|317674373}} * 1794 - [https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb34044375f Histoire du clergé pendant la révolution française par l'abbé Barruel, Ferrare : imp. de Fr. Pomatelli, 1794. 2e éd. conforme à celle de Londres], {{BNF|34044375f}} * 1794 - [https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb30060584v Histoire du Clergé pendant la Révolution française, par M. l'abbé Barruel,... 2e édition, A Londres, et se vend à Anvers : chez C.-H. de Vos, 1794], {{BNF|30060584v}} * 1794 - [https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb36336540d Histoire du clergé pendant la révolution française, par M. l'abbé Barruel,... Seconde édition, revue, corrigée et augmentée par l'auteur lui-même, Londres ; Anvers : C.-H. de Vos, 1794], {{BNF|36336540d }} * 1797 - {{bibliographie|Q110548375}} <!-- Histoire du clergé pendant la Révolution française, ouvrage de Augustin Barruel --> ** 1797 - [https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb340443743 Histoire du clergé pendant la révolution française par l'abbé Barruel, Londres ; Paris : chez les libraires, 1797], {{BNF|340443743}} ** 1797 - {{bibliographie|Q110548381}} <!-- Histoire du clergé pendant la révolution française, ouvrage de Augustin Barruel,Tome premier --> ** 1797 - {{bibliographie|Q110548397}} <!-- Histoire du clergé pendant la révolution française, ouvrage de Augustin Barruel, Tome second --> * 1801- https://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb416225854 Histoire du Clergé pendant la Révolution française, Londres, 1801]{{BNF|416225854}} === 1794 === * 1794 - {{Bibliographie|Q110534593}} <!-- Charles Cochon de Lapparent, Proclamation des commissaires de la Convention pour les frontières du Nord --> * 1794 - {{Bibliographie|Q111154510}} <!-- Pétition adressée à la Convention nationale, le 15 nivôse an II, par André, mulâtre de Cayenne --> === 1796 === * 1796 - {{bibliographie|Q110526957}} <!-- Précis de la conduite de Madame de Genlis depuis la Révolution --> * 1796 - {{bibliographie|Q111370257}} <!-- Histoire de la conjuration de Louis Philippe Joseph d'Orléans, 1796 --> ** 1796 - {{bibliographie|Q29789419}} <!-- Histoire de la conjuration de Louis Philippe Joseph d'Orléans --> === 1797 === * 1797 - {{bibliographie|Q108527628}} <!-- Réponse d'Étienne Laveaux, général de division, ex-gouverneur de St-Domingue --> * 1794-1801 - du clergé pendant la Révolution française, ouvrage de Augustin Barruel [https://archive.org/search.php?query=Histoire%20du%20clerg%C3%A9%20pendant%20la%20R%C3%A9volution%20fran%C3%A7aise Sur Internet Archive] et sur BnF * 1797 - {{bibliographie|Q110548375}} <!-- Histoire du clergé pendant la Révolution française, ouvrage de Augustin Barruel --> ** 1797 - {{bibliographie|Q110548381}} <!-- Histoire du clergé pendant la révolution française, ouvrage de Augustin Barruel,Tome premier --> ** 1797 - {{bibliographie|Q110548397}} <!-- Histoire du clergé pendant la révolution française, ouvrage de Augustin Barruel, Tome second --> * 1801 - {{bibliographie|Q110548689}} <!-- Histoire du clergé pendant la Révolution française, édition de 1801, ouvrage de Augustin Barruel --> === 1798 === === 1799 === * 1799 - {{bibliographie|Q108652048}} <!-- Manuel du garde national, ou Recueil des lois et arrêtés du directoire exécutif --> 0ga2kerl3in93rj48ztnuqnmkq2nbwh 0 76887 880985 878886 2022-07-31T07:48:18Z Anne Bauval 6580 /* Exercice 5-7 */ remplacé une question numérique par un calcul général des matrices de projections et symétries orthogonales en dim 3 wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 5 | précédent = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | suivant = [[../Adjoints et réduction spectrale/]] | niveau = 15 }} ==Exercice 5-1== Soit <math>\mathcal B=(e_1,e_2,e_3)</math> une base orthonormée d'un espace vectoriel euclidien <math>E</math>. Soit <math>p</math> l'endomorphisme dont la matrice dans la base <math>\mathcal B</math> est :<math>M=\frac1{11}\begin{pmatrix}2&-3&3\\-3&10&1\\3&1&10\end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>p</math> est une [[Application linéaire/Projecteurs, symétries|projection]] orthogonale et préciser sa « base » <math>\operatorname{Im}p</math>. {{Solution|contenu= L'ensemble des vecteurs fixes par <math>p</math> est le plan <math>F</math> d'équation <math>3x+y-z=0</math> et le vecteur normal <math>3e_1+e_2-e_3</math> appartient à <math>\ker p</math>. Donc <math>p</math> est la projection orthogonale sur <math>F</math>. }} Même question pour :<math>M=\frac16\begin{pmatrix}1&2&-1\\2&4&-2\\-1&-2&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>p(x,y,z)=\frac{x+2y-z}6(1,2,-1)=\langle w,x\rangle w/\|w\|^2</math> avec <math>w=(1,2,-1)</math>, donc <math>p</math> est la projection orthogonale sur <math>\R w</math>. }} ==Exercice 5-2== Soit <math>\mathcal B=(e_1,e_2,e_3)</math> une base orthonormée d'un espace vectoriel euclidien <math>E</math>. Soit <math>F\subset E</math> le plan d'équation <math>x+2y-z=0</math> dans la base <math>\mathcal B</math>. Montrer que la projection orthogonale sur <math>F</math> a pour matrice dans la base <math>\mathcal B</math> : :<math>M=\frac16\begin{pmatrix} 5 & -2 & 1 \\ -2 & 2 & 2 \\ 1 & 2 & 5\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= L'endomorphisme de matrice <math>M</math> dans <math>\mathcal B</math> fixe tous les vecteurs de <math>F</math> et envoie le vecteur normal <math>e_1+2e_2-e_3</math> sur <math>0</math>. }} ==Exercice 5-3== On munit <math>E=\R_n[X]</math> du produit scalaire <math>\varphi(P,Q)=\int_0^1P(x)Q(x)\,\mathrm dx</math>. Soit <math>D\in E</math> un polynôme de degré <math>d</math>, avec <math>0<d\le n</math>. Pour tout <math>P\in E</math>, on note <math>f(P)</math> le reste de la division euclidienne de <math>P</math> par <math>D</math>. <!--On rappelle que par définition, c'est l'unique polynôme de degré <d tel que P-f(P) soit divisible par D--> #Montrer que <math>f</math> est un projecteur de <math>E</math>. Déterminer son noyau et son image. #On suppose que <math>d<n</math> et que <math>f</math> est une projection orthogonale. Montrer que pour tout <math>i\le n-d</math> et pour tout <math>j<d</math>, on a <math>\varphi(DX^i,X^j)=0</math>. En déduire que <math>\varphi(D,D)=0</math> et donc <math>D=0</math>. #On suppose que <math>d=n</math>. Donner une condition nécessaire et suffisante pour que <math>f</math> soit une projection orthogonale. {{Solution|contenu= #<math>f\circ f=f</math>, <math>\ker f=\operatorname{Vect}(D,XD,X^2D,\dots,X^{n-d}D)</math> (l'ensemble des polynômes divisibles par <math>D</math> et de degré <math>\le n</math>) et <math>\operatorname{im}f=\R_{d-1}[X]</math>. # Par hypothèse, <math>\ker f\perp\operatorname{im}f</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\forall i\le n-d,\forall j<d\quad0=\varphi(X^iD,X^j)=\int_0^1x^{i+j}D(x)\,\mathrm dx</math> donc <math>\forall k<n\quad\int_0^1x^kD(x)\,\mathrm dx=0</math>, autrement dit <math>D\perp\R_{n-1}[X]</math>. En particulier (si <math>d<n</math>) <math>\varphi(D,D)=0</math> donc <math>D=0</math> (ce qui est absurde puisque par hypothèse, <math>D</math> est de degré <math>d>0</math> ; donc dans le cas <math>d<n</math>, <math>f</math> n'est jamais une projection orthogonale). # Si <math>d=n</math>, les calculs précédent montrent que <math>f</math> est une projection orthogonale si et seulement si <math>\forall k<n\quad\int_0^1x^kD(x)\,\mathrm dx=0</math>. }} ==Exercice 5-4== Soit <math>E=\mathrm M_4(\R)</math> muni du produit scalaire <math>\varphi(P,Q)=\frac14\operatorname{trace}({}^{\mathrm t}\!P\,Q)</math>. Soient :<math>U=\begin{pmatrix} 0& 1 &0 & 0 \\ 0 & 0 & 1& 0 \\ 0&0&0 & 1\\ 1& 0&0&0\end{pmatrix}, \qquad F=\operatorname{Vect}(I,U,U^2,U^3), \qquad V=\begin{pmatrix} 1& 0 &0 & 0 \\ 1 &0 & 0 & 0 \\ 1&0&0&0 \\ 1& 0&0&0\end{pmatrix}</math>. # Montrer que <math>(I,U,U^2,U^3)</math> est une base orthonormale de <math>F</math>. # Déterminer la projection orthogonale de <math>V</math> sur <math>F</math>. # En déduire la distance de <math>V</math> à <math>F</math>. {{Solution|contenu= #<math>U</math> est la matrice d'une permutation circulaire d'ordre <math>4</math> donc pour tous <math>i,j\in\{0,1,2,3\}</math>, le réel <math>\varphi(U^i,U^j)=\frac14\operatorname{trace}(U^{j-i})</math> vaut <math>1</math> si <math>i=j</math> et <math>0</math> sinon. #<math>p(V)=\sum_{i=0}^3\varphi(U^i,V)U^i</math>.<br><math>{}^{\mathrm t}\!U^iV=V</math> donc <math>p(V)=\frac14\sum_{i=0}^3U^i=\frac14\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&1&1\\1&1&1&1\\1&1&1&1\end{pmatrix}</math>. #<math>d(V,F)=\|p(V)-V\|=\frac14\left\|\begin{pmatrix}-3&1&1&1\\-3&1&1&1\\-3&1&1&1\\-3&1&1&1\end{pmatrix}\right\|=\frac14\sqrt{4(9+1+1+1)}=\sqrt3</math>. }} ==Exercice 5-5== On se place dans <math>\R^3</math> muni de son produit scalaire usuel. Pour quelles valeurs de <math>t\ne 0</math> la matrice :<math>M=-\frac23\begin{pmatrix}-\frac12&t&1\\t^{-1}&-\frac12&t^{-1}\\1&t&-\frac12\end{pmatrix}</math> représente-t-elle (dans la base canonique de <math>\R^3</math>) une symétrie orthogonale ? {{Solution|contenu= <math>\ker(M-\mathrm I_3)</math> est le plan d'équation <math>x+ty+z=0</math> et <math>\ker(M+\mathrm I)</math> est la droite de vecteur directeur <math>(t,1,t)</math>. <math>M</math> représente une symétrie orthogonale si et seulement si ces deux sous-espaces sont orthogonaux, c.-à-d. <math>(t,1,t)</math> colinéaire à <math>(1,t,1)</math>, ce qui équivaut à <math>t=\pm1</math>. }} ==Exercice 5-6== Diagonaliser dans une base orthonormale (pour le produit scalaire canonique de <math>\R^3</math>) la matrice <math>A=\begin{pmatrix} 5 & -1 & 2\\ -1 & 5 & 2\\ 2 & 2 & 2\end{pmatrix}</math>. Interpréter géométriquement la transformation de <math>\R^3</math> représentée par cette matrice. {{Solution|contenu= <math>\det(A-\lambda I)=-\lambda(\lambda-6)^2</math> et <math>\ker(A)=\R(1,1,-2)</math> donc (puisque <math>A</math> est symétrique) <math>\ker(A-6I)=</math> le plan d'équation <math>x+y-2z=0</math>. <math>A</math> est la composée de la projection orthogonale sur ce plan par l'homothétie de rapport <math>6</math>. }} ==Exercice 5-7== Soient <math>E</math> un espace euclidien, <math>F</math> un sous-espace, <math>(e_1,\ldots,e_m)</math> une base orthonormée de <math>F</math>, <math>p</math> la projection orthogonale sur <math>F</math>, <math>q</math> celle sur <math>F^\perp</math>, <math>s</math> la symétrie orthogonale par rapport à <math>F</math> et <math>t</math> celle par rapport à <math>F^\perp</math>. Montrer que <math>\forall x\in E\quad p(x)=\sum_{i=1}^m\langle x,e_i\rangle e_i</math>, puis exprimer de même <math>q,s,t</math>. {{Solution|contenu= <math>p(x)\in F</math> et <math>p(x)-x\perp F</math> donc <math>p(x)=\sum\lambda_ie_i</math> et <math>\forall i\quad\lambda_i=\langle p(x),e_i\rangle=\langle x,e_i\rangle</math>, d'où <math>p(x)=\sum\langle x,e_i\rangle e_i</math>. On en déduit facilement l'expression de <math>q(x)=x-p(x)</math>, de <math>s(x)=2p(x)-x</math>, et de <math>t(x)=2q(x)-x=x-2p(x)=-s(x)</math>. }} Dans <math>\R^3</math> euclidien, soit <math>D</math> une droite vectorielle dirigée par un vecteur unitaire <math>u=(a,b,c)</math>. Former les matrices <math>P</math> et <math>S</math>, dans la base canonique, de la projection orthogonale <math>p</math> sur <math>D</math> et du retournement <math>s</math> autour de <math>D</math>. Justifier les égalités suivantes : <math>P^2=P</math>, <math>S^2=\rm I</math>, <math>P^t=P</math>, <math>S^t=S</math>, <math>PS=SP=P</math>. {{Solution|contenu= *Soit <math>v=(x,y,z)</math>, <math>p(v)=\langle v,u\rangle u=(ax+by+cz)(a,b,c)=(x',y',z')</math> donné par <math>\begin{pmatrix}x'\\y'\\z'\end{pmatrix}=P\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}</math> avec <math>P=\begin{pmatrix}a^2&ab&ac\\ab&b^2&bc\\ac&bc&c^2\end{pmatrix}</math>.<br><math>s=2p-{\rm id}</math> donc <math>S=2P-{\rm I}=\begin{pmatrix}2a^2-1&2ab&2ac\\2ab&2b^2-1&2bc\\2ac&2bc&2c^2-1\end{pmatrix}</math>. *Toute projection <math>p</math> vérifie <math>p\circ p=p</math> et toute symétrie <math>s</math> vérifie <math>s\circ s={\rm id}</math>, d'où <math>P^2=P,S^2=\rm I</math>. *De plus <math>P^t=P</math> et <math>S^t=S</math> car les projections orthogonales et les symétries orthogonales sont autoadjointes (l'un se déduit de l'autre via la relation <math>s=2p-{\rm id}</math> ; redémontrons que <math>\langle p(x),y\rangle=\langle x,p(y)\rangle</math> (bien qu'ici on constate directement que <math>P^t=P</math>) : <math>\langle p(x),y\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle+\langle p(x),y-p(y)\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle+0</math> et de même en intervertissant <math>x,y</math>, d'où <math>\langle p(x),y\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle=\langle p(y),p(x)\rangle=\langle p(y),x\rangle=\langle x,p(y)\rangle</math>. *Enfin, <math>PS=SP=P</math> car <math>p\circ s=p\circ(2p-{\rm id})=2p\circ p-p=p</math> et de même <math>s\circ p=p</math>. }} ==Exercice 5-8== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>\ge2</math> et <math>x,y\in E</math>. Montrer que : #s'il existe une symétrie orthogonale <math>s</math> par rapport à un hyperplan telle que <math>y=s(x)</math> alors <math>\|y\|=\|x\|</math> ; #s'il existe une projection orthogonale <math>p</math> sur un hyperplan telle que <math>y=p(x)</math> alors <math>\|y\|^2=\langle x,y\rangle</math> ; #les réciproques sont vraies. {{Solution|contenu= #<math>y-x\perp{x+y\over 2}\Leftrightarrow\|y\|^2-\|x\|^2=0</math>. #<math>x-y\perp y\Leftrightarrow\|y\|^2-\langle x,y\rangle=0</math>. #L'hyperplan <math>(y-x)^\perp</math> convient si <math>x\ne y</math>, et n'importe quel hyperplan si <math>x=y</math>. }} ==Exercice 5-9== Soient <math>E</math> un espace euclidien et <math>f</math> un endomorphisme de <math>E</math>. #Démontrer que pour tout polynôme <math>P\in\R[X]</math>, <math>\left(P(f)\right)^*=P(f^*)</math>. En déduire que <math>f</math> et <math>f^*</math> ont même polynôme minimal. Prouver que <math>f^*</math> est diagonalisable si et seulement si <math>f</math> l'est. #On rappelle (cf. [[w:Opérateur adjoint#Orthogonalité]]) que pour tout <math>u\in\mathrm L(E)</math>, <math>\ker(u^*)=(\mathrm{im}(u))^\perp</math>. Soient <math>F</math> et <math>G</math> deux sous-espaces supplémentaires dans <math>E</math> et <math>p</math> la projection sur <math>F</math> parallèlement à <math>G</math>. ##Montrer, à l'aide du rappel et de la question 1, que <math>p^*</math> est la projection sur <math>G^\perp</math> parallèlement à <math>F^\perp</math>. ##En déduire que <math>p^*=p</math> si et seulement si <math>F</math> et <math>G</math> sont orthogonaux. #<math>E</math> est dans cette question l'espace <math>\R^3</math> muni de son produit scalaire usuel. Soient <math>F=\{(x,y,z)\in\R^3\mid x-y+z=0\}</math> et <math>\pi</math> l'opérateur de projection orthogonale sur <math>F</math>. Donner la matrice <math>A</math> de <math>\pi</math> dans la base canonique de <math>\R^3</math>. Quelle propriété possède <math>A</math> et pouvait-on la prévoir ? {{Solution|contenu= #<math>\left(\sum a_kf^k\right)^*=\sum a_k(f^k)^*</math> (car <math>*</math> est linéaire sur <math>\mathrm L(E)</math>) <math>= \sum a_k(f^*)^k</math> (car <math>(fg)^*=g^*f^*</math>), d'où <math>\left(P(f)\right)^*=P(f^*)</math>. On en déduit que si <math>P(f)=0</math> alors <math>P(f^*)=0^*=0</math>, donc le polynôme minimal de <math>f</math> divise celui de <math>f^*</math>, et idem en échangeant les rôles de <math>f</math> et <math>f^*</math>, d'où l'égalité. En particulier, <math>f^*</math> est diagonalisable si et seulement si son polynôme minimal n'a que des racines réelles et simples, donc si et seulement si celui de <math>f</math> — puisque c'est le même — vérifie cette propriété, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] si et seulement si <math>f</math> est diagonalisable. # ##D'après 1, <math>(p^*)^2=p^*</math> et d'après le rappel, <math>\ker(p^*)=F^\perp</math> et <math>\mathrm{im}(p^*)=G^\perp</math>. ##D'après 2.1, <math>p^*=p</math> si et seulement si ces deux projections ont mêmes noyaux et images, c.-à-d. si et seulement si <math>F^\perp=G</math> et (<math>\Leftrightarrow</math>) <math>G^\perp=F</math>, c.-à-d. si et seulement si les deux supplémentaires <math>F,G</math> sont orthogonaux. #<math>F=\varepsilon^\perp</math> avec <math>\varepsilon=(1,-1,1)</math> et pour tout <math>X=(x,y,z)\in E</math>, <math>\pi(X)</math> est caractérisé par : <math>\pi (X)\in F,X-\pi(X)\perp F</math>, c.-à-d. <math>\pi(X)=X-\lambda\varepsilon</math> avec <math>\lambda=\langle\varepsilon,X\rangle/\|\varepsilon\|^2</math>, d'où <math>A\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}-{x-y+z\over 3}\begin{pmatrix}1\\-1\\1\end{pmatrix}=\frac13\begin{pmatrix}2x+y-z\\x+2y+z\\-x+y+2z\end{pmatrix}</math> donc <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&1&-1\\1&2&1\\-1&1&2\end{pmatrix}</math>.<br><math>A</math> est symétrique, ce qui était prévisible car d'après (2.2), <math>\pi^*=\pi<\begin{pmatrix}math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | suivant = [[../Adjoints et réduction spectrale/]] }} huu4wb943b0he1nhp2bdpndoevp4r22 880994 880985 2022-07-31T10:01:22Z Anne Bauval 6580 supprimé l'exo 2 (à présent redondant) et remplacé par l'exo 9 wikitext text/x-wiki {{Exercice | idfaculté = mathématiques | numéro = 5 | précédent = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | suivant = [[../Adjoints et réduction spectrale/]] | niveau = 15 }} ==Exercice 5-1== Soit <math>\mathcal B=(e_1,e_2,e_3)</math> une base orthonormée d'un espace vectoriel euclidien <math>E</math>. Soit <math>p</math> l'endomorphisme dont la matrice dans la base <math>\mathcal B</math> est :<math>M=\frac1{11}\begin{pmatrix}2&-3&3\\-3&10&1\\3&1&10\end{pmatrix}</math>. Montrer que <math>p</math> est une [[Application linéaire/Projecteurs, symétries|projection]] orthogonale et préciser sa « base » <math>\operatorname{Im}p</math>. {{Solution|contenu= L'ensemble des vecteurs fixes par <math>p</math> est le plan <math>F</math> d'équation <math>3x+y-z=0</math> et le vecteur normal <math>3e_1+e_2-e_3</math> appartient à <math>\ker p</math>. Donc <math>p</math> est la projection orthogonale sur <math>F</math>. }} Même question pour :<math>M=\frac16\begin{pmatrix}1&2&-1\\2&4&-2\\-1&-2&1\end{pmatrix}</math>. {{Solution|contenu= <math>p(x,y,z)=\frac{x+2y-z}6(1,2,-1)=\langle w,x\rangle w/\|w\|^2</math> avec <math>w=(1,2,-1)</math>, donc <math>p</math> est la projection orthogonale sur <math>\R w</math>. }} ==Exercice 5-2== Soient <math>E</math> un espace euclidien et <math>f</math> un endomorphisme de <math>E</math>. #Démontrer que pour tout polynôme <math>P\in\R[X]</math>, <math>\left(P(f)\right)^*=P(f^*)</math>. En déduire que <math>f</math> et <math>f^*</math> ont même polynôme minimal. Prouver que <math>f^*</math> est diagonalisable si et seulement si <math>f</math> l'est. #On rappelle (cf. [[w:Opérateur adjoint#Orthogonalité]]) que pour tout <math>u\in\mathrm L(E)</math>, <math>\ker(u^*)=(\mathrm{im}(u))^\perp</math>. Soient <math>F</math> et <math>G</math> deux sous-espaces supplémentaires dans <math>E</math> et <math>p</math> la projection sur <math>F</math> parallèlement à <math>G</math>. ##Montrer, à l'aide du rappel et de la question 1, que <math>p^*</math> est la projection sur <math>G^\perp</math> parallèlement à <math>F^\perp</math>. ##En déduire que <math>p^*=p</math> si et seulement si <math>F</math> et <math>G</math> sont orthogonaux. #<math>E</math> est dans cette question l'espace <math>\R^3</math> muni de son produit scalaire usuel. Soient <math>F=\{(x,y,z)\in\R^3\mid x-y+z=0\}</math> et <math>\pi</math> l'opérateur de projection orthogonale sur <math>F</math>. Donner la matrice <math>A</math> de <math>\pi</math> dans la base canonique de <math>\R^3</math>. Quelle propriété possède <math>A</math> et pouvait-on la prévoir ? {{Solution|contenu= #<math>\left(\sum a_kf^k\right)^*=\sum a_k(f^k)^*</math> (car <math>*</math> est linéaire sur <math>\mathrm L(E)</math>) <math>= \sum a_k(f^*)^k</math> (car <math>(fg)^*=g^*f^*</math>), d'où <math>\left(P(f)\right)^*=P(f^*)</math>. On en déduit que si <math>P(f)=0</math> alors <math>P(f^*)=0^*=0</math>, donc le polynôme minimal de <math>f</math> divise celui de <math>f^*</math>, et idem en échangeant les rôles de <math>f</math> et <math>f^*</math>, d'où l'égalité. En particulier, <math>f^*</math> est diagonalisable si et seulement si son polynôme minimal n'a que des racines réelles et simples, donc si et seulement si celui de <math>f</math> — puisque c'est le même — vérifie cette propriété, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] si et seulement si <math>f</math> est diagonalisable. # ##D'après 1, <math>(p^*)^2=p^*</math> et d'après le rappel, <math>\ker(p^*)=F^\perp</math> et <math>\mathrm{im}(p^*)=G^\perp</math>. ##D'après 2.1, <math>p^*=p</math> si et seulement si ces deux projections ont mêmes noyaux et images, c.-à-d. si et seulement si <math>F^\perp=G</math> et (<math>\Leftrightarrow</math>) <math>G^\perp=F</math>, c.-à-d. si et seulement si les deux supplémentaires <math>F,G</math> sont orthogonaux. #<math>F=\varepsilon^\perp</math> avec <math>\varepsilon=(1,-1,1)</math> et pour tout <math>X=(x,y,z)\in E</math>, <math>\pi(X)</math> est caractérisé par : <math>\pi (X)\in F,X-\pi(X)\perp F</math>, c.-à-d. <math>\pi(X)=X-\lambda\varepsilon</math> avec <math>\lambda=\langle\varepsilon,X\rangle/\|\varepsilon\|^2</math>, d'où <math>A\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}=\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}-{x-y+z\over 3}\begin{pmatrix}1\\-1\\1\end{pmatrix}=\frac13\begin{pmatrix}2x+y-z\\x+2y+z\\-x+y+2z\end{pmatrix}</math> donc <math>A=\frac13\begin{pmatrix}2&1&-1\\1&2&1\\-1&1&2\end{pmatrix}</math>.<br><math>A</math> est symétrique, ce qui était prévisible car d'après (2.2), <math>\pi^*=\pi</math>. }} ==Exercice 5-3== On munit <math>E=\R_n[X]</math> du produit scalaire <math>\varphi(P,Q)=\int_0^1P(x)Q(x)\,\mathrm dx</math>. Soit <math>D\in E</math> un polynôme de degré <math>d</math>, avec <math>0<d\le n</math>. Pour tout <math>P\in E</math>, on note <math>f(P)</math> le reste de la division euclidienne de <math>P</math> par <math>D</math>. <!--On rappelle que par définition, c'est l'unique polynôme de degré <d tel que P-f(P) soit divisible par D--> #Montrer que <math>f</math> est un projecteur de <math>E</math>. Déterminer son noyau et son image. #On suppose que <math>d<n</math> et que <math>f</math> est une projection orthogonale. Montrer que pour tout <math>i\le n-d</math> et pour tout <math>j<d</math>, on a <math>\varphi(DX^i,X^j)=0</math>. En déduire que <math>\varphi(D,D)=0</math> et donc <math>D=0</math>. #On suppose que <math>d=n</math>. Donner une condition nécessaire et suffisante pour que <math>f</math> soit une projection orthogonale. {{Solution|contenu= #<math>f\circ f=f</math>, <math>\ker f=\operatorname{Vect}(D,XD,X^2D,\dots,X^{n-d}D)</math> (l'ensemble des polynômes divisibles par <math>D</math> et de degré <math>\le n</math>) et <math>\operatorname{im}f=\R_{d-1}[X]</math>. # Par hypothèse, <math>\ker f\perp\operatorname{im}f</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>\forall i\le n-d,\forall j<d\quad0=\varphi(X^iD,X^j)=\int_0^1x^{i+j}D(x)\,\mathrm dx</math> donc <math>\forall k<n\quad\int_0^1x^kD(x)\,\mathrm dx=0</math>, autrement dit <math>D\perp\R_{n-1}[X]</math>. En particulier (si <math>d<n</math>) <math>\varphi(D,D)=0</math> donc <math>D=0</math> (ce qui est absurde puisque par hypothèse, <math>D</math> est de degré <math>d>0</math> ; donc dans le cas <math>d<n</math>, <math>f</math> n'est jamais une projection orthogonale). # Si <math>d=n</math>, les calculs précédent montrent que <math>f</math> est une projection orthogonale si et seulement si <math>\forall k<n\quad\int_0^1x^kD(x)\,\mathrm dx=0</math>. }} ==Exercice 5-4== Soit <math>E=\mathrm M_4(\R)</math> muni du produit scalaire <math>\varphi(P,Q)=\frac14\operatorname{trace}({}^{\mathrm t}\!P\,Q)</math>. Soient :<math>U=\begin{pmatrix} 0& 1 &0 & 0 \\ 0 & 0 & 1& 0 \\ 0&0&0 & 1\\ 1& 0&0&0\end{pmatrix}, \qquad F=\operatorname{Vect}(I,U,U^2,U^3), \qquad V=\begin{pmatrix} 1& 0 &0 & 0 \\ 1 &0 & 0 & 0 \\ 1&0&0&0 \\ 1& 0&0&0\end{pmatrix}</math>. # Montrer que <math>(I,U,U^2,U^3)</math> est une base orthonormale de <math>F</math>. # Déterminer la projection orthogonale de <math>V</math> sur <math>F</math>. # En déduire la distance de <math>V</math> à <math>F</math>. {{Solution|contenu= #<math>U</math> est la matrice d'une permutation circulaire d'ordre <math>4</math> donc pour tous <math>i,j\in\{0,1,2,3\}</math>, le réel <math>\varphi(U^i,U^j)=\frac14\operatorname{trace}(U^{j-i})</math> vaut <math>1</math> si <math>i=j</math> et <math>0</math> sinon. #<math>p(V)=\sum_{i=0}^3\varphi(U^i,V)U^i</math>.<br><math>{}^{\mathrm t}\!U^iV=V</math> donc <math>p(V)=\frac14\sum_{i=0}^3U^i=\frac14\begin{pmatrix}1&1&1&1\\1&1&1&1\\1&1&1&1\\1&1&1&1\end{pmatrix}</math>. #<math>d(V,F)=\|p(V)-V\|=\frac14\left\|\begin{pmatrix}-3&1&1&1\\-3&1&1&1\\-3&1&1&1\\-3&1&1&1\end{pmatrix}\right\|=\frac14\sqrt{4(9+1+1+1)}=\sqrt3</math>. }} ==Exercice 5-5== On se place dans <math>\R^3</math> muni de son produit scalaire usuel. Pour quelles valeurs de <math>t\ne 0</math> la matrice :<math>M=-\frac23\begin{pmatrix}-\frac12&t&1\\t^{-1}&-\frac12&t^{-1}\\1&t&-\frac12\end{pmatrix}</math> représente-t-elle (dans la base canonique de <math>\R^3</math>) une symétrie orthogonale ? {{Solution|contenu= <math>\ker(M-\mathrm I_3)</math> est le plan d'équation <math>x+ty+z=0</math> et <math>\ker(M+\mathrm I)</math> est la droite de vecteur directeur <math>(t,1,t)</math>. <math>M</math> représente une symétrie orthogonale si et seulement si ces deux sous-espaces sont orthogonaux, c.-à-d. <math>(t,1,t)</math> colinéaire à <math>(1,t,1)</math>, ce qui équivaut à <math>t=\pm1</math>. }} ==Exercice 5-6== Diagonaliser dans une base orthonormale (pour le produit scalaire canonique de <math>\R^3</math>) la matrice <math>A=\begin{pmatrix} 5 & -1 & 2\\ -1 & 5 & 2\\ 2 & 2 & 2\end{pmatrix}</math>. Interpréter géométriquement la transformation de <math>\R^3</math> représentée par cette matrice. {{Solution|contenu= <math>\det(A-\lambda I)=-\lambda(\lambda-6)^2</math> et <math>\ker(A)=\R(1,1,-2)</math> donc (puisque <math>A</math> est symétrique) <math>\ker(A-6I)=</math> le plan d'équation <math>x+y-2z=0</math>. <math>A</math> est la composée de la projection orthogonale sur ce plan par l'homothétie de rapport <math>6</math>. }} ==Exercice 5-7== Soient <math>E</math> un espace euclidien, <math>F</math> un sous-espace, <math>(e_1,\ldots,e_m)</math> une base orthonormée de <math>F</math>, <math>p</math> la projection orthogonale sur <math>F</math>, <math>q</math> celle sur <math>F^\perp</math>, <math>s</math> la symétrie orthogonale par rapport à <math>F</math> et <math>t</math> celle par rapport à <math>F^\perp</math>. Montrer que <math>\forall x\in E\quad p(x)=\sum_{i=1}^m\langle x,e_i\rangle e_i</math>, puis exprimer de même <math>q,s,t</math>. {{Solution|contenu= <math>p(x)\in F</math> et <math>p(x)-x\perp F</math> donc <math>p(x)=\sum\lambda_ie_i</math> et <math>\forall i\quad\lambda_i=\langle p(x),e_i\rangle=\langle x,e_i\rangle</math>, d'où <math>p(x)=\sum\langle x,e_i\rangle e_i</math>. On en déduit facilement l'expression de <math>q(x)=x-p(x)</math>, de <math>s(x)=2p(x)-x</math>, et de <math>t(x)=2q(x)-x=x-2p(x)=-s(x)</math>. }} Dans <math>\R^3</math> euclidien, soit <math>D</math> une droite vectorielle dirigée par un vecteur unitaire <math>u=(a,b,c)</math>. Former les matrices <math>P</math> et <math>S</math>, dans la base canonique, de la projection orthogonale <math>p</math> sur <math>D</math> et du retournement <math>s</math> autour de <math>D</math>. Justifier les égalités suivantes : <math>P^2=P</math>, <math>S^2=\rm I</math>, <math>P^t=P</math>, <math>S^t=S</math>, <math>PS=SP=P</math>. {{Solution|contenu= *Soit <math>v=(x,y,z)</math>, <math>p(v)=\langle v,u\rangle u=(ax+by+cz)(a,b,c)=(x',y',z')</math> donné par <math>\begin{pmatrix}x'\\y'\\z'\end{pmatrix}=P\begin{pmatrix}x\\y\\z\end{pmatrix}</math> avec <math>P=\begin{pmatrix}a^2&ab&ac\\ab&b^2&bc\\ac&bc&c^2\end{pmatrix}</math>.<br><math>s=2p-{\rm id}</math> donc <math>S=2P-{\rm I}=\begin{pmatrix}2a^2-1&2ab&2ac\\2ab&2b^2-1&2bc\\2ac&2bc&2c^2-1\end{pmatrix}</math>. *Toute projection <math>p</math> vérifie <math>p\circ p=p</math> et toute symétrie <math>s</math> vérifie <math>s\circ s={\rm id}</math>, d'où <math>P^2=P,S^2=\rm I</math>. *De plus <math>P^t=P</math> et <math>S^t=S</math> car les projections orthogonales et les symétries orthogonales sont autoadjointes (l'un se déduit de l'autre via la relation <math>s=2p-{\rm id}</math> ; redémontrons que <math>\langle p(x),y\rangle=\langle x,p(y)\rangle</math> (bien qu'ici on constate directement que <math>P^t=P</math>) : <math>\langle p(x),y\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle+\langle p(x),y-p(y)\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle+0</math> et de même en intervertissant <math>x,y</math>, d'où <math>\langle p(x),y\rangle=\langle p(x),p(y)\rangle=\langle p(y),p(x)\rangle=\langle p(y),x\rangle=\langle x,p(y)\rangle</math>. *Enfin, <math>PS=SP=P</math> car <math>p\circ s=p\circ(2p-{\rm id})=2p\circ p-p=p</math> et de même <math>s\circ p=p</math>. }} ==Exercice 5-8== Soient <math>E</math> un espace euclidien de dimension <math>\ge2</math> et <math>x,y\in E</math>. Montrer que : #s'il existe une symétrie orthogonale <math>s</math> par rapport à un hyperplan telle que <math>y=s(x)</math> alors <math>\|y\|=\|x\|</math> ; #s'il existe une projection orthogonale <math>p</math> sur un hyperplan telle que <math>y=p(x)</math> alors <math>\|y\|^2=\langle x,y\rangle</math> ; #les réciproques sont vraies. {{Solution|contenu= #<math>y-x\perp{x+y\over 2}\Leftrightarrow\|y\|^2-\|x\|^2=0</math>. #<math>x-y\perp y\Leftrightarrow\|y\|^2-\langle x,y\rangle=0</math>. #L'hyperplan <math>(y-x)^\perp</math> convient si <math>x\ne y</math>, et n'importe quel hyperplan si <math>x=y</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Orthonormalisation de Gram-Schmidt/]] | suivant = [[../Adjoints et réduction spectrale/]] }} m1mid352guqbu5xx4n8g413lzqfao20 0 79082 880986 858532 2022-07-31T07:57:02Z Anne Bauval 6580 /* Notes et références */ -section vide wikitext text/x-wiki {{Chapitre | niveau = 14 | idfaculté = mathématiques | numéro = 10 | précédent = [[../Produit direct et somme restreinte/]] | suivant = [[../Théorèmes de Sylow/]] | page_liée = Exercices/Groupes linéaires }} __TOC__ {{Clr}} Dans ce chapitre, nous allons définir les groupes linéaires, qui relèvent de l'algèbre linéaire, et démontrer certaines de leurs propriétés qui nous serviront dans le chapitre [[../Théorèmes de Sylow/]]. Toutefois, nous verrons que les théorèmes de Sylow peuvent également se démontrer sans utiliser l'algèbre linéaire, de sorte que le lecteur peut omettre le présent chapitre en première lecture. Nous retrouverons les groupes linéaires au chapitre [[../Simplicité des groupes linéaires spéciaux projectifs/]]. == Conventions et rappels sur les matrices == On définira une matrice à ''r'' lignes et à ''s'' colonnes (''r'' et ''s'' étant des nombres naturels) comme une famille (« double ») indexée par le produit cartésien <math>\{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}</math>. Si <math>(a_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}}</math> est une telle matrice, les <math>a_{i,j}</math> sont appelés les coefficients de la matrice; plus précisément, on dit que <math>a_{i,j}</math> est le coefficient de la i-ième ligne et de la j-ième colonne. Dans ce qui précède, les mots « ligne » et « colonne » ont un sens purement conventionnel. L'usage de ces mots s'explique par le fait qu'on représente couramment une matrice à ''r'' « lignes » et ''s'' « colonnes » par un tableau rectangulaire à ''r'' lignes et ''s'' colonnes, cette fois au sens courant des mots « ligne » et « colonne ». Les lignes de ce tableau étant numérotées de haut en bas et les colonnes de gauche à droite, on met le coefficient <math>a_{i,j}</math> de la matrice à l'intersection de la i-ième ligne et de la j-ièmes colonne. Au lieu de « matrice à ''r'' lignes et ''s'' colonnes », nous dirons parfois « matrice <math>r \times s</math> ». Si M et N sont deux matrices <math>r \times s</math> dont les coefficients appartiennent à un même anneau A, on définit la somme M + N des matrices M et N (relativement à l'anneau A) de la façon suivante : si <math>M = (a_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}}</math>, si <math>N = (b_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}}</math>, alors :<math>M + N = (a_{i,j} + b_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}},</math> où la somme <math>a_{i,j} + b_{i,j}</math> est prise dans l'anneau A. Si M est une matrice à ''r'' lignes et ''s'' colonnes à coefficients dans l'anneau A, si N est une matrice à ''s'' lignes et ''t'' colonnes à coefficients dans le même anneau A (N a donc autant de lignes que M de colonnes), nous définirons le produit MN des matrices M et N (relativement à l'anneau A) de la façon suivante : si <math>M = (a_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}}</math>, si si <math>N = (b_{j,k})_{(j,k) \in \{1, \ldots , s\} \times \{1, \ldots , t\}}</math>, alors :<math>MN = (c_{i,k})_{(i,k) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , t\}}</math>, où <math>c_{i,k} = \sum_{j=1}^{s} a_{i,j} b_{j,k},</math> le calcul de <math>c_{i,k}</math> se faisant dans l'anneau A. Les seules matrices que nous rencontrerons dans ce chapitre seront des matrices à coefficients dans des corps commutatifs. (Nous éviterons les corps non commutatifs pour ne pas devoir distinguer entre espaces vectoriels à gauche et espaces vectoriels à droite.) Soit F un corps commutatif, soient V, W des F-espaces vectoriels de dimensions finies ''s'' et ''r'' respectivement, soit <math>(v_{1}, \ldots , v_{s})</math> une base numérotée de V (on entendra par là une famille basique de V indexée par l'ensemble {1, ... , s}), soit <math>(w_{1}, \ldots , w_{r})</math> une base numérotée de W; soit ''f'' un F-homomorphisme de V dans W; nous définirons la matrice de ''f'' dans les bases <math>(v_{1}, \ldots , v_{s})</math> et <math>(w_{1}, \ldots , w_{r})</math> comme la matrice <math>M = (a_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , r\} \times \{1, \ldots , s\}}</math>, où <math>a_{i,j}</math> désigne la i-ième composante de <math>f(v_{j})</math> dans la base <math>(w_{1}, \ldots , w_{s})</math>. Si ''f'' et ''g'' sont deux F-homomorphismes de V dans W, si M (resp. N) désigne la matrice de ''f'' (resp. ''g'') dans les bases <math>(v_{1}, \ldots , v_{r})</math> et <math>(w_{1}, \ldots , w_{s})</math>, alors la matrice de f + g dans ces bases est M + N. Soit F un corps commutatif, soient <math>V_{1}</math>, <math>V_{2}</math>, <math>V_{3}</math> des F-espaces vectoriels de dimensions finies, soient respectivement <math>B_{1}</math>, <math>B_{2}</math>, <math>B_{3}</math> des bases numérotées de <math>V_{1}</math>, <math>V_{2}</math> et <math>V_{3}</math>. Si ''f'' est un F-homomorphisme de <math>V_{1}</math> dans <math>V_{2}</math>, si ''g'' est un F-homomorphisme de <math>V_{2}</math> dans <math>V_{3}</math>, si M désigne la matrice de ''f'' dans les bases <math>B_{1}</math> et <math>B_{2}</math>, si N désigne la matrice de ''g'' dans les bases <math>B_{2}</math> et <math>B_{3}</math>, alors la matrice de <math>g \circ f</math> dans les bases <math>B_{1}</math> et <math>B_{3}</math> est NM. Les auteurs qui, contrairement au choix fait dans le présent cours, préfèrent les opérations de groupes à droite aux opérations à gauche, composent habituellement les applications de gauche à droite alors que nous les composons de droite à gauche. Autrement dit, ces auteurs écrivent <math> f g</math> là où nous écrivons <math>g \circ f</math>. Ces auteurs définissent en général la matrice d'un F-homomorphisme de V dans W dans une base <math>(v_{1}, \ldots , v_{s})</math> de V et une base <math>(w_{1}, \ldots , w_{r})</math> de W comme la matrice <math>M = (a_{i,j})_{(i,j) \in \{1, \ldots , s\} \times \{1, \ldots , r\}}</math>, où <math>a_{i,j}</math> désigne la j-ième composante de <math>f(v_{i})</math> dans la base <math>(w_{1}, \ldots , w_{r})</math>. Cette matrice est la transposée de celle que nous avons définie comme la matrice de ''f'' dans les bases <math>(v_{1}, \ldots , v_{s})</math> de V et <math>(w_{1}, \ldots , w_{r})</math> de W. Avec la définition donnée par les auteurs en question, on peut énoncer : « Soit F un corps commutatif, soient V, W, U des F-espaces vectoriels de dimensions finies, soit <math>B_{V}</math> une base numérotée de V, soit <math>B_{W}</math> une base numérotée de W, soit <math>B_{U}</math> une base numérotée de U. Si ''f'' est un F-homomorphisme de V dans W, si ''g'' est un F-homomorphisme de W dans U, si M désigne la matrice de ''f'' dans les bases <math>B_{V}</math> et <math>B_{W}</math>, si N désigne la matrice de ''g'' dans les bases <math>B_{W}</math> et <math>B_{U}</math>, alors la matrice de <math>f g</math> dans les bases <math>B_{V}</math> et <math>B_{U}</math> est MN. » C'est en raison de l'existence de ces conventions différentes qu'on a fait la présente mise au point. == Groupes linéaires == {{Wikipédia|Groupe linéaire}} {{Définition | titre = Définition : groupe linéaire relatif à un espace vectoriel. | contenu = Soit V un espace vectoriel. L'ensemble des automorphismes de V, muni de la loi <math>(f, g) \mapsto f \circ g</math>, est un groupe, qu'on appelle le groupe linéaire relatif à V, ou encore le groupe linéaire de V, et qu'on note GL(V). }} Le groupe GL(V) est donc un sous-groupe du groupe symétrique <math>S_{V}</math> (groupe des permutations de V, ou, plus exactement, de l'ensemble sous-jacent de V). {{Définition | titre = Définition : groupe linéaire GL(n, K). | contenu = Soit K un corps commutatif, soit <math>n</math> un nombre naturel. L'ensemble des matrices carrées inversibles de taille <math>n</math> à coefficients dans K, muni de la loi <math>(M, N) \mapsto MN</math>, est un groupe, qu'on note GL(n, K) et qu'on appelle parfois le groupe linéaire GL(n, K). }} {{Théorème | titre = Énoncé 1 | contenu = Soit K un corps commutatif, soient V et W deux K-espaces vectorels isomorphes. Alors GL(V) et GL(W) sont isomorphes. }} {{Démonstration déroulante | titre = Démonstration | contenu = Choisissons un isomorphisme <math>\sigma</math> de V sur W. Pour tout automorphisme <math>\varphi</math> de V, <math>\sigma \circ \varphi \circ \sigma^{-1}</math> est un automorphisme de W et on vérifie facilement que <math>\varphi \mapsto \sigma \circ \varphi \circ \sigma^{-1}</math> définit un isomorphisme de GL(V) sur GL(W). }} {{Théorème | titre = Énoncé 2 | contenu = Soit K un corps commutatif, soit V un K-espace vectorel de dimension finie <math>n</math>. Alors GL(V) est isomorphe à GL(n, K). Plus précisément, si B est une base de V, l’application qui fait correspondre à un automorphisme de V sa matrice dans la base B est un isomorphisme de GL(V) sur GL(n, K). }} Démonstration : c'est un résultat classique d'algèbre linéaire. {{Théorème | titre = Énoncé 3 | contenu = Soient <math>K_{1}</math> et <math>K_{2}</math> des corps commutatifs isomorphes. Pour tout nombre naturel <math>n</math>, le groupe <math>GL(n, K_{1})</math> et le groupe <math>GL(n, K_{2})</math> sont isomorphes. }} {{Démonstration déroulante | titre = Démonstration | contenu = Choisissons un isomorphisme <math>\sigma</math> du corps <math>K_{1}</math> sur le corps <math>K_{2}.</math> Pour toute matrice M appartenant à <math>GL(n, K_{1})</math>, c'est-à-dire pour toute matrice inversible <math>n \times n</math> à coefficients dans <math>K_{1}</math>, désignons (abusivement) par <math>\sigma(M)</math> la matrice obtenue en remplaçant dans M chaque coefficient par son image par <math>\sigma</math>. On vérifie facilement que <math>\sigma(M)</math> appartient à <math>GL(n, K_{2})</math> et que <math>M \mapsto \sigma(M)</math> définit un isomorphisme de <math>GL(n, K_{1})</math> sur <math>GL(n, K_{2}).</math> }} {{Théorème | titre = Énoncé 4 | contenu = Soit V un espace vectoriel non nul de dimension finie ''n'' sur un corps commutatif fini K à ''q'' éléments. Alors :<math>\vert \mathrm{GL}(V) \vert = (q^{n} - 1) (q^{n} - q) \ldots (q^{n} - q^{n-1})</math> }} {{Démonstration déroulante | titre = Démonstration | contenu = On sait (algèbre linéaire) que les éléments de GL(V) (automorphismes de V) sont en correspondance biunivoque avec les n-uplets de vecteurs linéairement indépendants de Kⁿ. Pour construire un tel n-uplet, nous avons qⁿ - 1 choix possibles pour le premier vecteur (tous les vecteurs non nuls). À un choix du premier vecteur correspondent qⁿ - q choix possibles pour le second vecteur (tous les vecteurs n'appartenant pas au sous-espace de dimension 1 de Kⁿ engendré par le premier vecteur choisi). Il y a donc (qⁿ - 1) (qⁿ - q) choix possibles pour les deux premiers vecteurs. À un choix des deux premiers vecteurs correspondent qⁿ - q{{exp|2}} choix possibles pour le troisième vecteur (tous les vecteurs n'appartenant pas au sous-espace de dimension 2 de Kⁿ engendré par les deux premiers vecteurs choisis). En poursuivant, on obtient la valeur de <math>\vert \mathrm{GL}(V) \vert </math> donnée dans l'énoncé. }} == Notation numérique GL(n, q) == On démontre en algèbre que :1° tout corps fini est commutatif; :2° deux corps finis de même cardinal sont toujours isomorphes; :3° tout corps fini a pour cardinal un nombre de la forme <math>p^{r}</math>, avec <math>p</math> premier et <math>r \geq 1</math>; :4° pour tout nombre premier <math>p</math> et tout nombre naturel <math>r \geq 1</math>, il existe des corps de cardinal <math>p^{r}</math> (tous isomorphes d'après le point 2°). De cela et de l'énoncé 3, il résulte que si <math>q</math> est un nombre de la forme <math>p^{r}</math>, où <math>p</math> est un nombre premier et <math>r </math> un nombre naturel <math>\geq 1</math>, si <math>n</math> est un nombre naturel, tous les groupes linéaires GL(n, K), où K parcourt les corps de cardinal <math>q</math>, sont isomorphes.<br /> Donc on peut définir, à isomorphisme près, un groupe <math>GL(n, q)</math>, dont on se contente de savoir qu'il est isomorphe à GL(n, K) pour tout corps K de cardinal <math>q</math>. D'après l'énoncé 2, le groupe <math>GL(n, q)</math> est isomorphe à GL(V) pour n'importe quel espace vectoriel V de dimension <math>n</math> sur n'importe quel corps de cardinal <math>q</math>.<br /> L'énoncé 4 s'écrit alors :<math>\vert \mathrm{GL(n, q)} \vert = (q^{n} - 1) (q^{n} - q) \ldots (q^{n} - q^{n-1}).</math> {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | leçon = [[Théorie des groupes]] | précédent = [[../Produit direct et somme restreinte/]] | suivant = [[../Théorèmes de Sylow/]] }} ro06gl70ur5ncmlthbzcao5soh1x8d6 104 80278 880973 879609 2022-07-31T01:19:40Z Solstag 13856 mise en forme wikitext text/x-wiki __TOC__ ''Cette journée s’inscrit dans un travail transdisciplinaire débuté depuis plusieurs années afin de mieux comprendre l’institutionnalisation de partenariats entre organisations du tiers secteur et établissements d’enseignement supérieur et de recherche dans des dispositifs de co recherche. Elle a pour objectifs de répondre aux questions suivantes :'' * ''Nouvelles fonctions et nouveaux métiers : légitimité et reconnaissance'' * ''Quel rôle pour le tiers secteur ?'' ''L'enjeu est de discuter les cadres d'analyse de ces co-recherches et d'équiper les acteurs pour la fabrique de lien.'' ----'''Date :''' Le 4 octobre 2022 '''Lieu :''' Amphithéâtre d'INRAE – 147 rue de l’Université, Paris '''Repas''' : Sur place à la cantine d'INRAE '''Organisation (αβ) :''' Marc Barbier, Elise Demeulenaere, Alexandre Hannud Abdo, Evelyne Lhoste, Allison Loconto <blockquote>'''Inscription gratuite mais obligatoire par mail à intermediations@umr-lisis.fr avant le 15 septembre'''</blockquote> = Contexte = L’institutionnalisation des partenariats de co-recherche résulte d’une double dynamique initiée par des acteurs émergents (groupes concernés, mouvements du libre, open source,...) et de l’économie sociale et solidaire (éducation populaire, innovation sociale....), puis relayée par les établissements publics d’enseignement supérieur et de recherche autour de concepts normatifs tels que les « sciences en société », open science, recherches participatives, ...sans oublier l’utilisation des savoirs de contributeurs bénévoles (bird watchers, collecteurs de tiques...). Cette institutionnalisation se traduit dans des politiques publiques. Pour refléter cette double dynamique, nous nommons co-recherches, toutes ces activités qui impliquent des acteurs du tiers secteur<ref group="Notes">La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021).</ref> et des chercheurs académiques. Ces acteurs se mettent ensemble pour résoudre un problème mal ou non pris en charge par le marché ou les pouvoirs publics (Barré, 2020). Il s’agit alors de produire et utiliser des connaissances dans des situations incertaines et sujettes à controverses (Loconto, 2021). Ces connaissances sont variées mais elles ont toutes en commun de produire des changements : connaissances scientifiques, apprentissages organisationnels, innovations élargies dans leurs processus et leurs objectifs, normes et règles, politiques publiques, marchés, pratiques sociétales, et bien sûr l'encapacitation des acteurs (éducation populaire, université, éducation nationale).   Cette journée a été précédée de plusieurs autres journées de travail. D'une part, une série de séminaires organisés par le groupe de travail « intermédiations en recherche » de l’Alliss entre 2016 et 2018 ont fait l'objet d'un numéro thématique des Cahiers de l’action (2020). Ils ont montré que ces intermédiations jouaient un rôle crucial dans les processus de co-recherche : mise en lien et animation d'un collectif autour d'un problème commun ; traduction, capitalisation et transfert des résultats ; entrepreneuriat institutionnel...Ces activités diverses sont portées par des personnes différentes travaillant en étroite collaboration. Ces personnes partagent des valeurs sur la façon dont se font les liens entre science et société et une éthique de ce que doivent être les rapports au sein du collectif (Barré, 2020). D'autre part, un colloque organisé par l'IFRIS les 29 et 30 septembre 2019 s’est penché sur les besoins et limites actuels de l’institutionnalisation des recherches participatives : déficit d’acculturation réciproque provoquant des incompréhensions, voire de la défiance, et impactant la qualité des données recueillies et l’efficacité de la résolution des problèmes traités ; besoin d’outiller les acteurs et de structurer le champ, de reconnaitre la légitimité du tiers secteur et d’inciter les chercheurs à s’impliquer. Ces besoins et limites s’inscrivent dans un contexte de stabilisation d’un champ d’action stratégique des recherches participatives qu’il convient d’interroger (Lhoste, 2022). [[Utilisateur:Solstag/Journée d'études Intermédiation et dispositifs de co-recherche#sdfootnote1anc|1]] La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021). = Programme = === '''9:30 Accueil''' === Jean-Baptiste Merilhou-Goudard (INRAE - DISPSO) === '''9:45 Introduction :''' Participation – policies – foresight === Matthias Weber (Center for Innovation Systems and Policy, Vienna, Austria) === '''10:30 Atelier 1 :''' L’institutionnalisation des recherches participatives dans les Établissements publics scientifiques et techniques (EPST) === Animation et organisation : Elise et Marc Fil rouge : nouveaux métiers, nouvelles fonctions et nouveaux statuts dans les dynamiques de co-recherche Intervenants : * Co-construction des connaissances dans et pour les circuits alimentaires courts et de proximité : Yuna Chiffoleau (INRAE) * Les nouveaux métiers des sciences participatives dans le domaine de la biodiversité : Romain Julliard (directeur du [https://mosaic.mnhn.fr/ Programme Mosaic]), Mathieu de Flores (Chargé de mission sciences participatives à l'Office pour les insectes et leur environnement - OPIE) (confirmé) * Les multiples figures (nouveaux avatars ?) du patient-expert dans la recherche médicale : Janine Barbot (INSERM, CERMES3 (sous réserve) === '''12:00 Atelier 2''' : L’affirmation du tiers secteur dans les co-recherches === Animation et organisation : Evelyne et Ale (LISIS) Fil rouge : de l’auto-organisation à l’institutionnalisation du TSR : enjeux et limites Intervenants : * Agro-alimentaire : Juliette Peres – Responsable développement - [https://fablim.org/fablim/ FAB'LIM], Le Labo des territoires alimentaires méditerranéens. * Socio-culturel : Jules Desgouttes – [https://www.lafriche.org/ Friche de la Belle de Mai], lieux culturels à Marseille * Économie circulaire : Geneviève Fontaine - [http://scic-tetris.org/ SCIC TETRIS] * Energie : Claire Manfredi - [https://www.enercoop.fr/nos-cooperatives/languedoc-roussillon Enercoop Languedoc-Roussillon] === 13:30 Déjeuner === === '''14:45 Atelier 3''' : Les agents intermédiaires dans les transitions environnementales et sociales === Animation: Amina Béji-Bécheur - I[https://www.u-pec.fr/fr/recherche/laboratoires/institut-de-recherche-en-gestion-irg-ea-2354 nstitut de Recherche en Gestion], Univ. Eiffel Fil rouge : conseiller pour les transitions : freins et succès Intervenants : * [http://collectif-cc.com/?team=isabelle-richard Isabelle Richard] – Bureau de recherche en psychologie environnementale * Ewa Zlotek-Zlotkiewicz ­– [https://www.linkedin.com/company/klask-innovation-sociale/?originalSubdomain=fr KLASK] « docteurs au service de l’innovation sociale » * Christophe Besson-Léaud – [https://sens-eco.org/ Alliance sens et économie], communauté des (co)producteurs d’une économie responsable et de territoires résilients === '''16:15 Wrap up''' : Grand témoin === Rachid Cherkaoui - [https://institutgodin.com/ Institut Godin] === 17:00 Conclusions et fin de la journée === == Pour en savoir plus == [https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01607413 Prendre au sérieux la société de la connaissance : livre blanc] . Akrich M. et al. (2017) Les dispositifs de co-recherche et intermédiations : [https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-l-action-2020-1.htm Construire la recherche avec la société civile : les enjeux de la démarche d’intermédiation], Cahiers de l’action 2020/1 (N° 55) Les recherches participatives et co-recherches : [https://www.openscience.fr/Trajectoire-d-un-champ-d-action-strategique-les-recherches-participatives-sont Trajectoire d’un champ d’action stratégique : les recherches participatives sont-elles solubles dans la science ?] Lhoste (2022, Technologie et innovation, volume 7) De la standardisation à l’intermédiation : une sociologie des interactions. ''Vade me cum'': L’Intermédiation de la consommation et production durables (Vol. 2): Loconto (2021) == Notes == <references group="Notes" /> iafrq7umxrupjjol4okgln7mjs1guri 880974 880973 2022-07-31T01:22:39Z Solstag 13856 déplace la table de matières wikitext text/x-wiki ''Cette journée s’inscrit dans un travail transdisciplinaire débuté depuis plusieurs années afin de mieux comprendre l’institutionnalisation de partenariats entre organisations du tiers secteur et établissements d’enseignement supérieur et de recherche dans des dispositifs de co recherche. Elle a pour objectifs de répondre aux questions suivantes :'' * ''Nouvelles fonctions et nouveaux métiers : légitimité et reconnaissance'' * ''Quel rôle pour le tiers secteur ?'' ''L'enjeu est de discuter les cadres d'analyse de ces co-recherches et d'équiper les acteurs pour la fabrique de lien.'' ----'''Date :''' Le 4 octobre 2022 '''Lieu :''' Amphithéâtre d'INRAE – 147 rue de l’Université, Paris '''Repas''' : Sur place à la cantine d'INRAE '''Organisation (αβ) :''' Marc Barbier, Elise Demeulenaere, Alexandre Hannud Abdo, Evelyne Lhoste, Allison Loconto <blockquote>'''Inscription gratuite mais obligatoire par mail à intermediations@umr-lisis.fr avant le 15 septembre'''</blockquote> = Contexte = L’institutionnalisation des partenariats de co-recherche résulte d’une double dynamique initiée par des acteurs émergents (groupes concernés, mouvements du libre, open source,...) et de l’économie sociale et solidaire (éducation populaire, innovation sociale....), puis relayée par les établissements publics d’enseignement supérieur et de recherche autour de concepts normatifs tels que les « sciences en société », open science, recherches participatives, ...sans oublier l’utilisation des savoirs de contributeurs bénévoles (bird watchers, collecteurs de tiques...). Cette institutionnalisation se traduit dans des politiques publiques. Pour refléter cette double dynamique, nous nommons co-recherches, toutes ces activités qui impliquent des acteurs du tiers secteur<ref group="Notes">La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021).</ref> et des chercheurs académiques. Ces acteurs se mettent ensemble pour résoudre un problème mal ou non pris en charge par le marché ou les pouvoirs publics (Barré, 2020). Il s’agit alors de produire et utiliser des connaissances dans des situations incertaines et sujettes à controverses (Loconto, 2021). Ces connaissances sont variées mais elles ont toutes en commun de produire des changements : connaissances scientifiques, apprentissages organisationnels, innovations élargies dans leurs processus et leurs objectifs, normes et règles, politiques publiques, marchés, pratiques sociétales, et bien sûr l'encapacitation des acteurs (éducation populaire, université, éducation nationale).   Cette journée a été précédée de plusieurs autres journées de travail. D'une part, une série de séminaires organisés par le groupe de travail « intermédiations en recherche » de l’Alliss entre 2016 et 2018 ont fait l'objet d'un numéro thématique des Cahiers de l’action (2020). Ils ont montré que ces intermédiations jouaient un rôle crucial dans les processus de co-recherche : mise en lien et animation d'un collectif autour d'un problème commun ; traduction, capitalisation et transfert des résultats ; entrepreneuriat institutionnel...Ces activités diverses sont portées par des personnes différentes travaillant en étroite collaboration. Ces personnes partagent des valeurs sur la façon dont se font les liens entre science et société et une éthique de ce que doivent être les rapports au sein du collectif (Barré, 2020). D'autre part, un colloque organisé par l'IFRIS les 29 et 30 septembre 2019 s’est penché sur les besoins et limites actuels de l’institutionnalisation des recherches participatives : déficit d’acculturation réciproque provoquant des incompréhensions, voire de la défiance, et impactant la qualité des données recueillies et l’efficacité de la résolution des problèmes traités ; besoin d’outiller les acteurs et de structurer le champ, de reconnaitre la légitimité du tiers secteur et d’inciter les chercheurs à s’impliquer. Ces besoins et limites s’inscrivent dans un contexte de stabilisation d’un champ d’action stratégique des recherches participatives qu’il convient d’interroger (Lhoste, 2022). [[Utilisateur:Solstag/Journée d'études Intermédiation et dispositifs de co-recherche#sdfootnote1anc|1]] La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021). = Programme = === '''9:30 Accueil''' === Jean-Baptiste Merilhou-Goudard (INRAE - DISPSO) === '''9:45 Introduction :''' Participation – policies – foresight === Matthias Weber (Center for Innovation Systems and Policy, Vienna, Austria) === '''10:30 Atelier 1 :''' L’institutionnalisation des recherches participatives dans les Établissements publics scientifiques et techniques (EPST) === Animation et organisation : Elise et Marc Fil rouge : nouveaux métiers, nouvelles fonctions et nouveaux statuts dans les dynamiques de co-recherche Intervenants : * Co-construction des connaissances dans et pour les circuits alimentaires courts et de proximité : Yuna Chiffoleau (INRAE) * Les nouveaux métiers des sciences participatives dans le domaine de la biodiversité : Romain Julliard (directeur du [https://mosaic.mnhn.fr/ Programme Mosaic]), Mathieu de Flores (Chargé de mission sciences participatives à l'Office pour les insectes et leur environnement - OPIE) (confirmé) * Les multiples figures (nouveaux avatars ?) du patient-expert dans la recherche médicale : Janine Barbot (INSERM, CERMES3 (sous réserve) === '''12:00 Atelier 2''' : L’affirmation du tiers secteur dans les co-recherches === Animation et organisation : Evelyne et Ale (LISIS) Fil rouge : de l’auto-organisation à l’institutionnalisation du TSR : enjeux et limites Intervenants : * Agro-alimentaire : Juliette Peres – Responsable développement - [https://fablim.org/fablim/ FAB'LIM], Le Labo des territoires alimentaires méditerranéens. * Socio-culturel : Jules Desgouttes – [https://www.lafriche.org/ Friche de la Belle de Mai], lieux culturels à Marseille * Économie circulaire : Geneviève Fontaine - [http://scic-tetris.org/ SCIC TETRIS] * Energie : Claire Manfredi - [https://www.enercoop.fr/nos-cooperatives/languedoc-roussillon Enercoop Languedoc-Roussillon] === 13:30 Déjeuner === === '''14:45 Atelier 3''' : Les agents intermédiaires dans les transitions environnementales et sociales === Animation: Amina Béji-Bécheur - I[https://www.u-pec.fr/fr/recherche/laboratoires/institut-de-recherche-en-gestion-irg-ea-2354 nstitut de Recherche en Gestion], Univ. Eiffel Fil rouge : conseiller pour les transitions : freins et succès Intervenants : * [http://collectif-cc.com/?team=isabelle-richard Isabelle Richard] – Bureau de recherche en psychologie environnementale * Ewa Zlotek-Zlotkiewicz ­– [https://www.linkedin.com/company/klask-innovation-sociale/?originalSubdomain=fr KLASK] « docteurs au service de l’innovation sociale » * Christophe Besson-Léaud – [https://sens-eco.org/ Alliance sens et économie], communauté des (co)producteurs d’une économie responsable et de territoires résilients === '''16:15 Wrap up''' : Grand témoin === Rachid Cherkaoui - [https://institutgodin.com/ Institut Godin] === 17:00 Conclusions et fin de la journée === == Pour en savoir plus == [https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01607413 Prendre au sérieux la société de la connaissance : livre blanc] . Akrich M. et al. (2017) Les dispositifs de co-recherche et intermédiations : [https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-l-action-2020-1.htm Construire la recherche avec la société civile : les enjeux de la démarche d’intermédiation], Cahiers de l’action 2020/1 (N° 55) Les recherches participatives et co-recherches : [https://www.openscience.fr/Trajectoire-d-un-champ-d-action-strategique-les-recherches-participatives-sont Trajectoire d’un champ d’action stratégique : les recherches participatives sont-elles solubles dans la science ?] Lhoste (2022, Technologie et innovation, volume 7) De la standardisation à l’intermédiation : une sociologie des interactions. ''Vade me cum'': L’Intermédiation de la consommation et production durables (Vol. 2): Loconto (2021) == Notes == <references group="Notes" /> hvykm4irnavrbqopj69kj97bf65qat6 880975 880974 2022-07-31T01:26:08Z Solstag 13856 wikitext text/x-wiki ''Cette journée s’inscrit dans un travail transdisciplinaire débuté depuis plusieurs années afin de mieux comprendre l’institutionnalisation de partenariats entre organisations du tiers secteur et établissements d’enseignement supérieur et de recherche dans des dispositifs de co recherche. Elle a pour objectifs de répondre aux questions suivantes :'' * ''Nouvelles fonctions et nouveaux métiers : légitimité et reconnaissance'' * ''Quel rôle pour le tiers secteur ?'' ''L'enjeu est de discuter les cadres d'analyse de ces co-recherches et d'équiper les acteurs pour la fabrique de lien.'' ----'''Date :''' Le 4 octobre 2022 '''Lieu :''' Amphithéâtre d'INRAE – 147 rue de l’Université, Paris '''Repas''' : Sur place à la cantine d'INRAE '''Organisation (αβ) :''' Marc Barbier, Elise Demeulenaere, Alexandre Hannud Abdo, Evelyne Lhoste, Allison Loconto '''Inscription:''' gratuite mais obligatoire par mail à <code>intermediations@umr-lisis.fr</code> avant le 15 septembre = Contexte = L’institutionnalisation des partenariats de co-recherche résulte d’une double dynamique initiée par des acteurs émergents (groupes concernés, mouvements du libre, open source,...) et de l’économie sociale et solidaire (éducation populaire, innovation sociale....), puis relayée par les établissements publics d’enseignement supérieur et de recherche autour de concepts normatifs tels que les « sciences en société », open science, recherches participatives, ...sans oublier l’utilisation des savoirs de contributeurs bénévoles (bird watchers, collecteurs de tiques...). Cette institutionnalisation se traduit dans des politiques publiques. Pour refléter cette double dynamique, nous nommons co-recherches, toutes ces activités qui impliquent des acteurs du tiers secteur<ref group="Notes">La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021).</ref> et des chercheurs académiques. Ces acteurs se mettent ensemble pour résoudre un problème mal ou non pris en charge par le marché ou les pouvoirs publics (Barré, 2020). Il s’agit alors de produire et utiliser des connaissances dans des situations incertaines et sujettes à controverses (Loconto, 2021). Ces connaissances sont variées mais elles ont toutes en commun de produire des changements : connaissances scientifiques, apprentissages organisationnels, innovations élargies dans leurs processus et leurs objectifs, normes et règles, politiques publiques, marchés, pratiques sociétales, et bien sûr l'encapacitation des acteurs (éducation populaire, université, éducation nationale).   Cette journée a été précédée de plusieurs autres journées de travail. D'une part, une série de séminaires organisés par le groupe de travail « intermédiations en recherche » de l’Alliss entre 2016 et 2018 ont fait l'objet d'un numéro thématique des Cahiers de l’action (2020). Ils ont montré que ces intermédiations jouaient un rôle crucial dans les processus de co-recherche : mise en lien et animation d'un collectif autour d'un problème commun ; traduction, capitalisation et transfert des résultats ; entrepreneuriat institutionnel...Ces activités diverses sont portées par des personnes différentes travaillant en étroite collaboration. Ces personnes partagent des valeurs sur la façon dont se font les liens entre science et société et une éthique de ce que doivent être les rapports au sein du collectif (Barré, 2020). D'autre part, un colloque organisé par l'IFRIS les 29 et 30 septembre 2019 s’est penché sur les besoins et limites actuels de l’institutionnalisation des recherches participatives : déficit d’acculturation réciproque provoquant des incompréhensions, voire de la défiance, et impactant la qualité des données recueillies et l’efficacité de la résolution des problèmes traités ; besoin d’outiller les acteurs et de structurer le champ, de reconnaitre la légitimité du tiers secteur et d’inciter les chercheurs à s’impliquer. Ces besoins et limites s’inscrivent dans un contexte de stabilisation d’un champ d’action stratégique des recherches participatives qu’il convient d’interroger (Lhoste, 2022). [[Utilisateur:Solstag/Journée d'études Intermédiation et dispositifs de co-recherche#sdfootnote1anc|1]] La notion de « Tiers Secteur de la Recherche », désigne le secteur non marchand (associations, syndicats, collectivités locales), le secteur marchand à but non lucratif (économie sociale et solidaire, groupements professionnels), les organisations à but lucratif de petite taille (auto-entrepreneurs, groupements agricoles ou artisanaux) (sources Akrich et col. 2017 et recommandation du conseil scientifique du CNRS pour une stratégie de recherches participatives. 15 octobre 2021). = Programme = === '''9:30 Accueil''' === Jean-Baptiste Merilhou-Goudard (INRAE - DISPSO) === '''9:45 Introduction :''' Participation – policies – foresight === Matthias Weber (Center for Innovation Systems and Policy, Vienna, Austria) === '''10:30 Atelier 1 :''' L’institutionnalisation des recherches participatives dans les Établissements publics scientifiques et techniques (EPST) === Animation et organisation : Elise et Marc Fil rouge : nouveaux métiers, nouvelles fonctions et nouveaux statuts dans les dynamiques de co-recherche Intervenants : * Co-construction des connaissances dans et pour les circuits alimentaires courts et de proximité : Yuna Chiffoleau (INRAE) * Les nouveaux métiers des sciences participatives dans le domaine de la biodiversité : Romain Julliard (directeur du [https://mosaic.mnhn.fr/ Programme Mosaic]), Mathieu de Flores (Chargé de mission sciences participatives à l'Office pour les insectes et leur environnement - OPIE) (confirmé) * Les multiples figures (nouveaux avatars ?) du patient-expert dans la recherche médicale : Janine Barbot (INSERM, CERMES3 (sous réserve) === '''12:00 Atelier 2''' : L’affirmation du tiers secteur dans les co-recherches === Animation et organisation : Evelyne et Ale (LISIS) Fil rouge : de l’auto-organisation à l’institutionnalisation du TSR : enjeux et limites Intervenants : * Agro-alimentaire : Juliette Peres – Responsable développement - [https://fablim.org/fablim/ FAB'LIM], Le Labo des territoires alimentaires méditerranéens. * Socio-culturel : Jules Desgouttes – [https://www.lafriche.org/ Friche de la Belle de Mai], lieux culturels à Marseille * Économie circulaire : Geneviève Fontaine - [http://scic-tetris.org/ SCIC TETRIS] * Energie : Claire Manfredi - [https://www.enercoop.fr/nos-cooperatives/languedoc-roussillon Enercoop Languedoc-Roussillon] === 13:30 Déjeuner === === '''14:45 Atelier 3''' : Les agents intermédiaires dans les transitions environnementales et sociales === Animation: Amina Béji-Bécheur - I[https://www.u-pec.fr/fr/recherche/laboratoires/institut-de-recherche-en-gestion-irg-ea-2354 nstitut de Recherche en Gestion], Univ. Eiffel Fil rouge : conseiller pour les transitions : freins et succès Intervenants : * [http://collectif-cc.com/?team=isabelle-richard Isabelle Richard] – Bureau de recherche en psychologie environnementale * Ewa Zlotek-Zlotkiewicz ­– [https://www.linkedin.com/company/klask-innovation-sociale/?originalSubdomain=fr KLASK] « docteurs au service de l’innovation sociale » * Christophe Besson-Léaud – [https://sens-eco.org/ Alliance sens et économie], communauté des (co)producteurs d’une économie responsable et de territoires résilients === '''16:15 Wrap up''' : Grand témoin === Rachid Cherkaoui - [https://institutgodin.com/ Institut Godin] === 17:00 Conclusions et fin de la journée === == Pour en savoir plus == [https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01607413 Prendre au sérieux la société de la connaissance : livre blanc] . Akrich M. et al. (2017) Les dispositifs de co-recherche et intermédiations : [https://www.cairn.info/revue-cahiers-de-l-action-2020-1.htm Construire la recherche avec la société civile : les enjeux de la démarche d’intermédiation], Cahiers de l’action 2020/1 (N° 55) Les recherches participatives et co-recherches : [https://www.openscience.fr/Trajectoire-d-un-champ-d-action-strategique-les-recherches-participatives-sont Trajectoire d’un champ d’action stratégique : les recherches participatives sont-elles solubles dans la science ?] Lhoste (2022, Technologie et innovation, volume 7) De la standardisation à l’intermédiation : une sociologie des interactions. ''Vade me cum'': L’Intermédiation de la consommation et production durables (Vol. 2): Loconto (2021) == Notes == <references group="Notes" /> 85ffvke5fko7s31mk4klxanqb309p3i 104 80721 880962 880028 2022-07-30T16:36:55Z Mekkiwik 5298 wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 7 | précédent = [[../../|Aactino]] | suivant = [[../Abacilli/]] }} Paris 16.7.22 *apal <pre> npu apal mfe mfi fps Nostoc punctiforme PCC 73102 Alteracholeplasma palmae J233 Methanosarcina sp. WH1 chromosome Methanobacterium formicicum genome assembly DSM1535, chromosome : chrI Flavobacterium psychrophilum JIP02/86 date NCBI 6.2.22 date NCBI 14.12.21 date NCBI 11.12.21 date NCBI 25.9.19 date NCBI 14.12.21 8234322 bp 1554229 bp 3914091 bp 2478074 bp 2860382 bp CDS <1578716..1578844 CDS <655973..>656668 CDS <1352553..>1352708 CDS; <1990345..1990531 CDS <2038264..2038467 CDS <1977616..1978047 CDS 100335..101405 CDS <167070..>167243 CDS; 100088..100963 CDS 1001063..1001470 CDS <2017083..2017322 CDS 1011571..1012692 CDS <2368504..2369067 CDS; 1003235..1005937 CDS 1001535..1001765 CDS <236896..>237012 CDS 101529..101975 CDS <2585768..2586021 CDS; 1006329..1008095 CDS 1001749..1001934 CDS <2375577..>2375654 CDS 102034..102366 CDS <2617868..2618689 CDS; 101208..102437 CDS 1001938..1002795 CDS <2415622..2416020 CDS 102380..103045 CDS <2663313..2663552 CDS; 102589..104199 CDS 1030433..1030744 CDS <2427086..>2427184 CDS 1028066..1028926 CDS <2710042..2710221 CDS; 1027935..1028960 CDS 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Montrer que <math>a\overrightarrow{AA'}+b\overrightarrow{BB'}+c\overrightarrow{CC'}=0</math> si et seulement si <math>G</math> est barycentre de <math>(A',a),(B',b),(C',c)</math>. {{Solution|contenu= (Quitte à diviser <math>a,b,c</math> par leur somme, on peut les supposer de somme 1, ce qui simplifie les notations.) Soient <math>G'=aA'+bB'+cC'</math> et <math>M</math> un point arbitraire, alors <math>\overrightarrow{GG'}=\overrightarrow{MG'}-\overrightarrow{MG}=(a\overrightarrow{MA'}+b\overrightarrow{MB'}+c\overrightarrow{MC'})-(a\overrightarrow{MA}+b\overrightarrow{MB}+c\overrightarrow{MC})=a\overrightarrow{AA'}+b\overrightarrow{BB'}+c\overrightarrow{CC'}</math>. }} ==Exercice 3-2== Soient <math>A,B,C</math> un triangle non aplati et <math>\alpha\beta\gamma</math> le triangle obtenu en menant par chacun des sommets <math>A,B,C</math> la parallèle à <math>BC,CA,AB</math> (<math>\alpha</math> opposé à <math>A</math>, etc.) Montrer que ces deux triangles ont même isobarycentre. {{Solution|contenu= Cette figure est pleine de parallélogrammes (dans un quadrilatère <math>(M,N,P,Q)</math>, si <math>\overrightarrow{MN}=\overrightarrow{QP}</math> — ou, ce qui est équivalent, si <math>\overrightarrow{MQ}=\overrightarrow{NP}</math> — alors les côtés opposés sont évidemment parallèles deux à deux, mais c'est la réciproque — pour un quadrilatère non aplati — qu'on utilise ici ; exercice subsidiaire : la (re-)démontrer). Deux d'entre eux donnent <math>\overrightarrow{B\gamma}=\overrightarrow{CA}=\overrightarrow{\alpha B}</math>, donc <math>B=\frac{\alpha+\gamma}2</math>. De même, <math>C=\frac{\alpha+\beta}2</math> et <math>A=\frac{\beta+\gamma}2</math>. Donc (par « associativité des barycentres ») <math>{A+B+C\over 3}=\frac{2\alpha+2\beta+2\gamma}6=\frac{\alpha+\beta+\gamma}3</math>. }} ==Exercice 3-3== Soit <math>ABC</math> un triangle ; on suppose que <math>A'</math> divise le segment <math>BC</math> dans le rapport <math>2</math> à <math>3</math> ([[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] <math>{\overline{BA'}\over\overline{BC}}=2/3</math>), que <math>B'</math> divise le segment <math>AC</math> dans le rapport <math>3/5</math>, et que <math>(AA')</math> et <math>(BB')</math> se coupent en <math>G</math>. Déterminer <math>a</math> et <math>c</math> tels que <math>G</math> soit le barycentre de <math>(A,a),(B,1),(C,c)</math>. {{Solution|contenu= (Vues les hypothèses, le triangle est non aplati). Il existe un unique <math>s\in\R</math> tel que <math>G=sA'+(1-s)A=s{2C+B\over 3}+(1-s)A</math> et un unique <math>t\in\R</math> tel que <math>G=tB'+(1-t)B=t{3C+2A\over 5}+(1-t)B</math>. Par unicité des coordonnées barycentriques de <math>G</math> dans <math>(A,B,C)</math>, <math>1-s=2t/5,s/3=1-t,2s/3=3t/5</math>, d'où <math>t=10/13</math> (et <math>s=9/13</math>), donc <math>G={4A+3B+6C\over 13}</math> est barycentre de <math>(A,a),(B,1),(C,c)</math> pour <math>a=4/3</math> et <math>c=6/3=2</math>. }} ==Exercice 3-4== Soient <math>A,B,C</math> non alignés, et <math>a,b,c</math> trois réels non nuls de somme nulle. On désigne par <math>A'</math> le barycentre de <math>(B,b),(C,c)</math>, <math>B'</math> celui de <math>(C,c),(A,a)</math> et <math>C'</math> celui de <math>(A,a),(B,b)</math>. Montrer que les trois droites <math>(AA'),(BB'),(CC')</math> sont parallèles. {{Solution|contenu= Exprimons <math>\overrightarrow{AA'}</math>, <math>\overrightarrow{BB'}</math> et <math>\overrightarrow{CC'}</math> en fonction par exemple de <math>b,c,\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC}</math> : <math>\overrightarrow{AA'}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over b+c}</math>, <math>\overrightarrow{BB'}={c\overrightarrow{BC}+a\overrightarrow{BA}\over c+a}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over-b}</math> et <math>\overrightarrow{CC'}={a\overrightarrow{CA}+b\overrightarrow{CB}\over a+b}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over-c}</math>, d'où <math>a\overrightarrow{AA'}=b\overrightarrow{BB'}=c\overrightarrow{CC'}</math>. }} ==Exercice 3-5== Soient <math>A,B,C</math> trois points non alignés d'un plan affine. On se propose de déterminer, par trois méthodes différentes, l'ensemble des points ayant mêmes coordonnées dans le repère <math>{\cal R}=(A,\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC})</math> et dans le repère <math>{\cal R}'=(B,\overrightarrow{BA},\overrightarrow{BC})</math>. Les trois questions sont donc indépendantes. #Exprimer les coordonnées <math>(x',y')</math> dans <math>{\cal R}'</math> d'un point quelconque du plan en fonction de ses coordonnées <math>(x,y)</math> dans <math>{\cal R}</math>, puis résoudre <math>x'=x,y'=y</math> et conclure. #Montrer qu'un point <math>M</math> de coordonnées barycentriques <math>(\alpha,\beta,\gamma)</math> dans <math>(A,B,C)</math> est solution du problème si et seulement si <math>\alpha=\beta</math>. Montrer que ceci équivaut à « <math>M</math> est un barycentre de <math>I</math> et de <math>C</math> », où <math>I</math> désigne le milieu de <math>(A,B)</math>, puis conclure. #Soit <math>s</math> l'unique application affine qui fixe <math>C</math> et intervertit <math>A</math> et <math>B</math>. Montrer que <math>M</math> est solution du problème si et seulement si <math>s(M)=M</math>. Interpréter <math>s</math> géométriquement, puis conclure. {{Solution|contenu= #<math>A+x\overrightarrow{AB}+y\overrightarrow{AC}=B+x'\overrightarrow{BA}+y'\overrightarrow{BC}\Leftrightarrow(x-1+x'+y')\overrightarrow{AB}+(y-y')\overrightarrow{AC}=0\Leftrightarrow y'=y,x'=1-x-y</math>, donc l'ensemble des solutions est la droite d'équation <math>2x+y=1</math> dans le premier repère. #Les points ayant mêmes coordonnées barycentriques dans <math>(A,B,C)</math> et dans <math>(B,A,C)</math> sont ceux de la forme <math>aA+bB+cC</math> avec <math>a+b+c=1</math> et <math>a=b</math>, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] les <math>(1-c)I+cC</math> où <math>I={A+B\over 2}</math>, c.-à-d. la droite <math>(IC)</math>. #<math>s</math> est une symétrie par rapport à <math>(IC)</math> (parallèlement à <math>(AB)</math>). Les points cherchés sont ceux fixes par <math>s</math>, c.-à-d. <math>(IC)</math>. }} ==Exercice 3-6== Dans un plan affine, soient <math>(A,B,C)</math> un repère affine et <math>M</math> un point de coordonnées barycentriques <math>(x,y,z)</math> dans ce repère (donc <math>x+y+z=1</math>). On désigne par <math>P,Q,R</math> les symétriques de <math>M</math> par rapport aux milieux de <math>(B,C),(C,A),(A,B)</math> respectivement. #Donner les coordonnées barycentriques de <math>P,Q,R</math>. #Montrer que <math>(AP),(BQ),(CR)</math> sont concourantes en un point <math>M'</math> aligné avec <math>M</math> et l'isobarycentre de <math>(A,B,C)</math>. {{Solution|contenu=[https://idpoisson.fr/berglund/m42td02.pdf (Énoncé dans Université de Toulon, Deug 2 M42, 2003-4)] #Soient <math>(x',y',z')</math> les coordonnées barycentriques de <math>P</math>. En identifiant <math>{M+P\over 2}</math> avec <math>{B+C\over 2}</math>, on trouve <math>(x+x')/2=0,(y+y')/2=1/2,(z+z')/2=1/2</math>, d'où <math>x'=-x,y'=1-y,z'=1-z</math>, donc les coordonnées barycentriques de <math>P</math> sont <math>(-x,1-y,1-z)</math>. De même (par permutation circulaire) celles de <math>Q</math> sont <math>(1-x,-y,1-z)</math> et celles de <math>R</math> sont <math>(1-x,1-y,-z)</math>. #Soit <math>G={A+B+C\over 3}</math>. Calculons <math>(AP)\cap(MG)</math>.<br><math>\begin{align}(1-s)A+sP=(1-t)G+tM&\Leftrightarrow(1-s)(1,0,0)+s(-x,1-y,1-z)=(1-t)(1/3,1/3,1/3)+t(x,y,z)\\&\Leftrightarrow1-s(1+x)=(1-t)/3+tx,s(1-y)=(1-t)/3+ty,s(1-z)=(1-t)/3+tz\\&\Leftarrow s=1/2,t=-1/2\end{align}</math><br> (la dernière implication est même une équivalence, sauf si <math>y=z</math>). Le point <math>M':={3G-M\over 2}</math> appartient donc à <math>(AP)</math>. Par permutation circulaire, il appartient aussi à <math>(BQ)</math> et <math>(CR)</math>. }} ==Exercice 3-7== On se place dans un plan affine. Soient <math>(A,B,C)</math> un triangle non aplati et <math>k</math> un réel différent de <math>1</math>. Démontrer qu'il existe un unique triangle <math>(A',B',C')</math> tel que :<math>\overrightarrow{AC'}=k\overrightarrow{AB'},\qquad\overrightarrow{BA'}=k\overrightarrow{BC'}\qquad{\rm et}\qquad\overrightarrow{CB'}=k\overrightarrow{CA'},</math>, en précisant les coordonnées barycentriques de <math>A',B',C'</math> dans le repère <math>(A,B,C)</math>. {{Solution|contenu= Remarquons d'abord que ces équations équivalent à :<math>C'=kB'+(1-k)A,\qquad A'=kC'+(1-k)B,\qquad{\rm et}\qquad B'=kA'+(1-k)C</math>. Unicité : de ces trois équations on tire :<math>B'=k(kC'+(1-k)B)+(1-k)C=k^2(kB'+(1-k)A)+k(1-k)B+(1-k)C=k^3B'+k^2(1-k)A+k(1-k)B+(1-k)C</math>, d'où :<math>B'={k^2(1-k)\over 1-k^3}A+{k(1-k)\over 1-k^3}B+{1-k\over 1-k^3}C</math>, et par suite :<math>C'={k^3(1-k)\over 1-k^3}A+{k^2(1-k)\over 1-k^3}B+{k(1-k)\over 1-k^3}C+(1-k)A= {1-k\over 1-k^3}A+{k^2(1-k)\over 1-k^3}B+{k(1-k)\over 1-k^3}C</math> et :<math>A'={k(1-k)\over 1-k^3}A+{k^3(1-k)\over 1-k^3}B+{k^2(1-k)\over 1-k^3}C+(1-k)B= {k(1-k)\over 1-k^3}A+{1-k\over 1-k^3}B+{k^2(1-k)\over 1-k^3}C</math>. Existence : réciproquement, ces trois points <math>A',B',C'</math> vérifient bien :<math>C'=kB'+(1-k)A</math> et <math>A'=kC'+(1-k)B</math> (par construction), et :<math>kA'+(1-k)C={k^2(1-k)\over 1-k^3}A+{k(1-k)\over 1-k^3}B+{k^3(1-k)\over 1-k^3}C+(1-k)C= {k^2(1-k)\over 1-k^3}A+{k(1-k)\over 1-k^3}B+{1-k\over 1-k^3}C=B'</math>. Remarques : *on peut remplacer partout <math>{1-k\over 1-k^3}</math> par <math>{1\over 1+k+k^2}</math> ; *les formules dans le cas <math>k=0</math> donnent bien la solution (immédiate) <math>(A',B',C')=(B,C,A)</math>. }} ==Exercice 3-8== Dans un plan affine, soient <math>(A,B,C)</math> un triangle (non aplati), <math>I</math> le milieu de <math>(B,C)</math>, <math>\cal D</math> une parallèle à <math>(AI)</math>, <math>\{B'\}={\cal D}\cap(AB)</math>, <math>\{C'\}={\cal D}\cap(AC)</math> et <math>I'</math> l'intersection de <math>\cal D</math> avec la parallèle à <math>(BC)</math> passant par <math>A</math>. On se propose de démontrer, par trois méthodes différentes, que <math>I'</math> est le milieu de <math>(B',C')</math>. '''1.''' (1{{re}} méthode) Soit <math>J</math> le milieu de <math>(B',C')</math>. a) Démontrer qu'il existe <math>\alpha,\beta,\gamma\in\R</math> (uniques) tels que :<math>\overrightarrow{B'C'}=\alpha(\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{AC}),\qquad \overrightarrow{AB'}=\beta\overrightarrow{AB},\qquad\overrightarrow{AC'}=\gamma\overrightarrow{AC}</math>. b) Prouver que <math>\gamma=-\beta=\alpha</math>. c) Déduire de a) et b) que <math>(AJ)</math> est parallèle à <math>(BC)</math>. d) En déduire que <math>I'=J</math>. '''2.''' (2{{e}} méthode) Soit <math>C''</math> le point (unique) tel que <math>I'</math> soit le milieu de <math>(B',C'')</math>. a) Soit <math>s</math> la symétrie par rapport à <math>(AI)</math>, parallèlement à <math>(AI')</math>. Démontrer que <math>s</math> envoie <math>(AC)</math> sur <math>(AB)</math>. b) Soit <math>s'</math> la symétrie par rapport à <math>(AI')</math>, parallèlement à <math>(AI)</math>. Démontrer que <math>s'</math> envoie <math>(AB')</math> sur <math>(AC'')</math>. c) Déduire de a) et b) que la symétrie par rapport à <math>A</math> envoie <math>(AC)</math> sur <math>(AC'')</math>. d) En déduire que <math>A,C,C''</math> sont alignés, puis, que <math>C'=C''</math>. '''3.''' (3{{e}} méthode) Soit <math>\{P\}={\cal D}\cap(BC)</math>. a) Démontrer (en utilisant deux fois Thalès) que :<math>{\overline{I'P}\over\overline{I'C'}}={\overline{IC}\over\overline{IP}}</math>. b) Démontrer de même que :<math>{\overline{I'P}\over\overline{I'B'}}={\overline{IB}\over\overline{IP}}</math>. c) En déduire que <math>{\overline{I'B'}\over\overline{I'C'}}=-1</math> et conclure. {{Solution|contenu= '''1.''' a) Comme <math>B',C'\in{\cal D}</math>, <math>\overrightarrow{B'C'}\in \overrightarrow{\cal D}=\R\overrightarrow{AI}</math>, or <math>\overrightarrow{AI}=(\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{AC})/2</math>, d'où <math>\alpha</math>. Comme <math>B'\in(AB)</math>, <math>\overrightarrow{AB'}\in\R\overrightarrow{AB}</math>, d'où <math>\beta</math>. Idem pour <math>\gamma</math> en remplaçant <math>B</math> par <math>C</math> et <math>B'</math> par <math>C'</math>. b) <math>\alpha(\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{AC})=\gamma\overrightarrow{AC}-\beta\overrightarrow{AB}</math> et <math>(\overrightarrow{AB },\overrightarrow{AC})</math> est libre, donc <math>\gamma=-\beta=\alpha</math>. c) <math>\overrightarrow{AJ}=(\overrightarrow{AB'}+\overrightarrow{AC'})/2=(-\alpha\overrightarrow{AB}+\alpha\overrightarrow{AC})/2=(\alpha/2)\overrightarrow{BC}</math> donc <math>(AJ)</math> est parallèle à <math>(BC)</math>. d) D'après c), <math>J</math> appartient à la parallèle à <math>(BC)</math> passant par <math>A</math>. D'autre part, <math>J\in(B'C')=D</math>. Donc <math>J=I'</math>. '''2.''' a) <math>s(A)=A</math> car <math>A\in(AI)</math>. <math>s(B)=C</math> car <math>(BC)</math> est parallèle à <math>(AI')</math> et le milieu <math>I</math> de <math>(B,C)</math> appartient à <math>(AI)</math>. Donc <math>s(AC)=(AB)</math>. b) <math>s'(A)=A</math> car <math>A\in(AI')</math>. <math>s'(B')=C''</math> car <math>(B'C'')=(B'I')=D</math> parallèle à <math>(AI)</math> et le milieu <math>I'</math> de <math>(B',C'')</math> appartient à <math>(AI')</math>. Donc <math>s'(AB')=(AC'')</math>. c) D'après a) et b), comme <math>(AB)=(AB')</math>, <math>(s'\circ s)(AC)=(AC'')</math>. Or <math>s'\circ s</math> est la symétrie par rapport à <math>A</math>. d) D'après c), <math>(AC'')=(AC)</math> donc <math>C''\in(AC)</math>. Par ailleurs, <math>C''\in(B'I')=D</math>. Donc <math>C''=C'</math> (donc <math>I'</math> est le milieu de <math>(B',C')</math>). '''3.''' a) D'une part, <math>(AI')</math> est parallèle à <math>(CB)=(CP)</math> et <math>(AC)\cap(I'P)=(AC)\cap D=\{C'\}</math> donc <math>{\overline{I'P}\over\overline{I'C'}}={\overline{AC}\over\overline{AC'}}</math>. D'autre part, <math>(AI)</math> est parallèle à <math>D=(C'P)</math> et <math>(C'A)\cap(PI)=(AC)\cap(BC)=\{C\}</math> donc <math>{\overline{AC}\over\overline{AC'}}={\overline{IC}\over\overline{IP}}</math>. b) Par le même raisonnement (en remplaçant <math>C</math> par <math>B</math> et <math>C'</math> par <math>B'</math>), <math>{\overline{I'P}\over\overline{I'B'}}={\overline{AB}\over\overline{AB'}}={\overline{IB}\over\overline{IP}}</math>. c) D'après a) et b), <math>{\overline{I'B'}\over\overline{I'C'}}={\overline{IC}\over\overline{IB}}=-1</math> donc <math>I'</math> est le milieu de <math>(B',C')</math>. '''Remarques''' *Variantes de formulations de l'énoncé, plus « autoduales » : **<math>(A,B,C)</math> et <math>(A',B',C')</math> deux triangles, <math>I</math> le milieu de <math>(B,C)</math>, <math>I'</math> le milieu de <math>(B',C')</math>. On suppose <math>A,B,B'</math> alignés et <math>A,C,C'</math> alignés. Montrer que <math>(AI)</math> est parallèle à <math>(BC)</math> si et seulement si <math>(AI')</math> est parallèle à <math>(B'C')</math>. (Cf. 1{{re}} solution.) **<math>(A,B,C)</math> et <math>(A',B',C')</math> deux triangles, <math>I</math> le milieu de <math>(B,C)</math>, <math>I'</math> le milieu de <math>(B',C')</math>. On suppose que <math>(AI)</math> est parallèle à <math>(BC)</math> et <math>(AI')</math> est parallèle à <math>(B'C')</math>. Montrer que <math>A,B,B'</math> sont alignés si et seulement si <math>A,C,C'</math> sont alignés. (Cf. 2{{e}} solution.) *Généralisation. On peut (dans tous les énoncés et toutes les solutions) remplacer milieu (pour <math>I</math> et <math>I'</math>) par n'importe quel barycentre (de <math>(B,C)</math> et <math>(C',B')</math>). Plus précisément si <math>I=tB+(1-t)C</math>, <math>I'=tC'+(1-t)B'</math>. Dans la 1{{re}} solution, on trouve <math>\overrightarrow{AJ}=t(1-t)\alpha\overrightarrow{BC}</math>. Dans la 2{{e}}, on remplace les deux symétries par des affinités, de même rapport <math>k={\overline{IB}\over\overline{IC}}={\overline{I'C''}\over\overline{I'B'}}</math>, et la symétrie par rapport à <math>A</math> par l'homothétie de centre <math>A</math> et de rapport <math>k</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Applications affines/]] | suivant = [[../Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues/]] }} tw044xtjrefakqwqarx18zsfgcyuz6q 0 80747 880956 880930 2022-07-30T12:12:39Z Anne Bauval 6580 fin du corrigé wikitext text/x-wiki {{Devoir | idfaculté = mathématiques | numéro = 2 | niveau = 15 | précédent = [[../Triangles et courbe/]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} Dans tout ce devoir, <math>\cal E</math> désigne un plan affine, et <math>\overrightarrow E</math> son espace vectoriel directeur. On suppose cet espace vectoriel muni d'une structure euclidienne et d'une orientation. On note <math>{\rm O}(\overrightarrow E)</math> le sous-groupe de <math>{\rm GL}(\overrightarrow E)</math> constitué des isométries, et <math>{\rm O}^+(\overrightarrow E)</math> le sous-groupe des isométries directes, c'est-à-dire des rotations vectorielles. '''I. Préliminaires''' '''I.1 Isométries affines.''' '''1.''' Montrer que l'application suivante est surjective : :<math>\Pi :\begin{array}{ccc} {\rm GA}({\cal E}) & \to & {\rm GL}(\overrightarrow E) \\ u & \mapsto & \overrightarrow u. \end{array}</math> On rappelle que c'est un morphisme de groupes dont le noyau est par définition <math>T_{\cal E}</math>, le sous-groupe des translations de <math>\cal E</math>. On notera <math>t_{\overrightarrow v}</math> la translation de vecteur <math>\overrightarrow v</math>. '''2.''' Montrer que <math>\Pi^{-1}({\rm O}^+(\overrightarrow E))</math> est un sous-groupe de <math>{\rm GA}({\cal E})</math>. On notera <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> le groupe <math>\Pi^{-1}(O^+(\overrightarrow E))</math> (groupe des isométries affines directes). On appelle rotation (affine) tout élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> ayant un point fixe. On appelle angle d'une rotation affine l'angle, dans <math>\left[0,2\pi\right[</math>, de sa partie vectorielle. '''3.''' Montrer qu'une rotation distincte de l'identité admet un unique point fixe. On appelle centre de la rotation ce point fixe. '''4.''' Soit <math>u</math> un élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math>. Montrer que pour tout point <math>C\in\cal E</math>, il existe un unique couple <math>(t_{\overrightarrow v},r)</math>, où <math>t_{\overrightarrow v}</math> est une translation et <math>r</math> une rotation de centre <math>C</math>, tels que <math>u=t_{\overrightarrow v}\circ r</math>. Montrer qu'un point <math>M=C+\overrightarrow x</math> est fixe par <math>u</math> si et seulement si <math>\overrightarrow{u-{\rm id}}(\overrightarrow x)=-\overrightarrow v</math>. En déduire que tout élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> est soit une rotation, soit une translation. '''I.2 Composition de rotations.''' Soient <math>r</math> et <math>r'</math> deux rotations non triviales, de centres respectifs <math>C</math> et <math>C'</math>, d'angles respectifs <math>\theta</math> et <math>\theta'</math>. '''5.''' Décrire <math>r'\circ r</math> si <math>C=C'</math>. On suppose désormais <math>C\ne C'</math>. '''6.''' Montrer que si <math>\theta+\theta'\equiv0\bmod{2\pi}</math>, alors <math>r'\circ r</math> et <math>r\circ r'</math> sont des translations. Exprimer les vecteurs de ces translations sous la forme <math>\overrightarrow{CM}</math> (avec <math>M</math> à préciser). En déduire que <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''7.''' Montrer qu'il existe un couple <math>(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)</math> de vecteurs unitaires, formant un angle orienté <math>\widehat{(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)}=\theta</math>, et tels que la droite dirigée par <math>\overrightarrow{CC'}</math> ''passant par <math>C</math>'' soit bissectrice de cet angle. Montrer que le couple <math>({\cal D}_1,{\cal D}_2)</math>, où <math>{\cal D}_i</math> est la droite dirigée par <math>\overrightarrow u_i</math> passant par <math>C</math>, est unique. On se donne ce couple de droites, et le couple analogue <math>({\cal D}'_1,{\cal D}'_2)</math> centré en <math>C'</math>, d'angle orienté <math>\theta'</math>. '''8.''' Montrer que les assertions suivantes sont équivalentes : (i) <math>t_{\overrightarrow{CC'}}({\cal D}_2)={\cal D}'_1</math> ; (i') <math>t_{\overrightarrow{CC'}}({\cal D}_1)={\cal D}'_2</math> ; (ii) <math>{\cal D}_2</math> et <math>{\cal D}'_1</math> sont parallèles ; (ii') <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> sont parallèles ; (iii) <math>\theta+\theta'\equiv 0\mod (2\pi)</math>. '''9.''' On suppose maintenant <math>\theta+\theta'\not\equiv0\bmod{2\pi}</math>, et l'on se donne des points d'intersection <math>A={\cal D}_1\cap {\cal D}'_2</math> et <math>B={\cal D}_2\cap {\cal D}'_1</math>. Montrer que <math>r'\circ r</math> et <math>r\circ r'</math> sont des rotations, dont on précisera les centres et angles. En déduire qu'ici aussi, <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''10.''' Montrer que le commutateur <math>r\circ r'\circ r^{-1}\circ r'^{-1}</math> de deux rotations non triviales n'ayant pas même centre est une translation non triviale. '''I.3 Conjugaison.''' '''11.''' Soient <math>t_{\overrightarrow v}</math> une translation et <math>u\in{\rm Is}^+({\cal E})</math>. Montrer que <math>u\circ t\circ u^{-1}</math> est une translation de vecteur <math>\overrightarrow u(\overrightarrow v)</math>. '''12.''' Soient <math>u\in{\rm Is}^+({\cal E})</math> et <math>r</math> une rotation non triviale de centre <math>C</math>, montrer que <math>u\circ r\circ u^{-1}</math> est une rotation de centre <math>u(C)</math> et de même angle que <math>r</math>. {{Corrigé|contenu= '''1.''' Soit <math>\overrightarrow u\in{\rm GL}(\overrightarrow E)</math>. Soit <math>O\in\cal E</math>. Un antécédent de <math>\overrightarrow u</math> par <math>\Pi</math> est <math>u(O+\overrightarrow x)=O+\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math>. '''2.''' L'image réciproque d'un sous-groupe par un morphisme de groupes est un sous-groupe. '''3.''' Si <math>C</math> est un point fixe, l'équation aux points fixes est <math>C+\overrightarrow x=u(C+\overrightarrow x)=C+\overrightarrow u(\overrightarrow x)\Leftrightarrow\overrightarrow u(\overrightarrow x)=\overrightarrow x</math>, qui n'a pas de solution non nulle puisque <math>\overrightarrow u</math> est une rotation vectorielle non triviale (et n'admet pas <math>1</math> comme valeur propre). '''4.''' On choisit pour <math>r</math> la rotation de centre <math>C</math> : <math>r(C+\overrightarrow x)=C+\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math>. On pose <math>t=u\circ r^{-1}</math>. Un calcul direct montre <math>\overrightarrow t=\overrightarrow{\rm id}</math> ; c'est donc une translation. Ceci montre l'existence. L'unicité provient de l'égalite <math>\overrightarrow u=\overrightarrow r</math> : <math>r</math> est l'unique application affine fixant <math>C</math> et de partie vectorielle <math>\overrightarrow u</math>. Et <math>t</math> est uniquement déterminé à partir de <math>u</math> et <math>r</math>. Un point <math>M=C+\overrightarrow x</math> est fixe par <math>u</math> si et seulement si <math>C+\overrightarrow x=u(C)+\overrightarrow u(\overrightarrow x)=C+\overrightarrow t+\overrightarrow u(\overrightarrow x)\Leftrightarrow \overrightarrow u(\overrightarrow x)-\overrightarrow x=-\overrightarrow t</math>. Supposons que <math>u</math> n'est pas une translation, alors <math>\overrightarrow u</math> est une rotation vectorielle non triviale, n'admet pas <math>1</math> comme valeur propre, donc <math>\overrightarrow{u-{\rm id}}</math> est un isomorphisme. L'équation précédente admet une (unique) solution, et donc <math>u</math> admet un (unique) point fixe. <math>u</math> est alors une rotation de centre ce point fixe. '''5.''' Si <math>r</math> et <math>r'</math> sont deux rotations de même centre <math>C</math> et d'angles <math>\theta</math> et <math>\theta'</math>, alors <math>r'\circ r</math> est la rotation de centre <math>C</math> d'angle <math>\theta+\theta'</math>. '''6.''' On calcule la partie vectorielle : <math>\overrightarrow{r'\circ r}=\overrightarrow{r'}\circ \overrightarrow r</math> est une rotation vectorielle d'angle <math>\theta+\theta'\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc l'identité ici. Ainsi <math>r'\circ r</math> est une translation. De même pour <math>r\circ r'</math>. <math>r'\circ r(C)=r'(C)</math> donc <math>r'\circ r</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Cr'(C)}</math>, alors que <math>r\circ r'</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Cr\circ r'(C)}</math>. Si <math>r</math> et <math>r'</math> commutaient, on aurait <math>r'(C)=r\circ r'(C)</math>, donc <math>r'(C)</math> serait égal à <math>C</math>, l'unique point fixe de <math>r</math>, puis <math>r'(C)=C</math> donnerait <math>C=C'</math>, l'unique point fixe de <math>r'</math>. C'est exclu par hypothèse. '''7.''' On se place dans un (le) repère orthonormé direct dont la première composante est portée (et dirigée) par <math>\overrightarrow{CC'}</math> ; soient <math>(\alpha_1,\beta_1)</math>, <math>(\alpha_2,\beta_2)</math> les coordonnées de <math>\overrightarrow u_1</math> et <math>\overrightarrow u_2</math> dans ce repère. Le couple <math>\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)</math> est solution si et seulement si : :<math>\left(\begin{array} {cc} 1 & 0 \\ 0 & -1 \end{array}\right) \left(\begin{array}{c} \alpha_1 \\ \beta_1\end{array}\right) =\left(\begin{array}{c} \alpha_2 \\ \beta_2 \end{array}\right) \,\text{et}\, \left(\begin{array}{cc} \cos \theta & -\sin\theta \\ \sin\theta & \cos\theta \end{array}\right) \left(\begin{array} {c}\alpha_1 \\ \beta_1\end{array}\right) =\left(\begin{array}{c}\alpha_2 \\ \beta_2\end{array}\right).</math> La première relation donne <math>\alpha_1=\alpha_2</math> et <math>\beta_1=-\beta_2</math>. La deuxième devient alors un système linéaire de deux équations à deux inconnues, non trivial, de déterminant nul. Il existe donc une droite vectorielle de solutions. Puisque <math>\overrightarrow u_1</math> est unitaire, cela donne deux solutions (qui sont en fait échangées par symétrie centrale), chacune engendrant la même droite vectorielle. '''8.''' *<math>(i)\Leftrightarrow (ii)</math> : <math>t_{\overrightarrow{CC'}}{\cal D}_2</math> est la droite de direction <math>\overrightarrow D_2</math> passant par <math>C'</math>. Puisque <math>\overrightarrow D'_1</math> passe par <math>C'</math>, on a bien l'équivalence souhaitée. *De même, <math>(i')\Leftrightarrow (ii')</math>. *<math>(i)\Leftrightarrow (i')</math> se montre en appliquant aux parties vectorielles la symétrie orthogonale d'axe <math>(CC')</math>. *<math>(ii)+(ii)'\Rightarrow (iii)</math> : on a le calcul <math>\overrightarrow r_{-\theta}(\overrightarrow D_2)=\overrightarrow D_1=\overrightarrow D'_2=\overrightarrow r_{\theta'}\overrightarrow D'_1=\overrightarrow r_{\theta'}\overrightarrow D_2</math>, qui montre que la rotation d'angle <math>\theta+\theta'</math> est l'identité, d'où <math>(iii)</math>. *<math>(iii)\Rightarrow (ii)</math> : puisque <math>\theta'=-\theta\bmod{2\pi}</math>, <math>\widehat{(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)}=\theta</math>, on a l'égalité <math>\widehat{(\overrightarrow u_2,\overrightarrow u_1)}=\theta'</math>, la propriété de bissection est vérifiée, et le couple de vecteurs <math>(\overrightarrow u_2,\overrightarrow u_1)</math> est solution au problème de la question 8 adapté à <math>C'</math>. Par unicité, le parallélisme s'en déduit. '''9.''' En considérant la partie vectorielle, qui est non triviale, on voit que <math>r\circ r'</math> et <math>r'\circ r</math> sont des rotations. On trouve <math>r(A)=B</math>. En effet, puisque <math>s({\cal D}_1)={\cal D}_2</math>, <math>s({\cal D}'_1)={\cal D}'_2</math>, et par les définitions de <math>A</math> et <math>B</math>, on voit que <math>s(A)=B</math>. Or, par définition des droites <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}_2</math>, <math>s</math> et <math>r</math> coïncident sur ces droites, donc <math>r(A)=s(A)=B</math>. De même, <math>r'(B)=A</math>, ce qui montre que <math>A</math> est le centre de <math>r'\circ r</math>, et <math>B</math> celui de <math>r\circ r'</math>. Les angles sont <math>\theta+\theta'</math> pour les deux rotations. <math>A</math> est distinct de <math>B</math> (sinon, le quadrilatère <math>(ACBC')</math> serait aplati, et l'on aurait <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> confondues). Deux rotations n'ayant pas même centre sont distinctes ; cela montre que <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''10.''' <math>r\circ r'</math> est une rotation d'angle <math>\theta+\theta'</math> et <math>r^{-1}\circ r'^{-1}</math> une rotation d'angle <math>-(\theta+\theta')</math>. Leurs centres sont distincts, d'après la question 6, leur composée est une translation non triviale. '''11.''' Le calcul suivant montre la propriété attendue : <math>u\circ t\circ u^{-1} (C+\overrightarrow x)=u\circ t (u^{-1}(C)+\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x))=u(u^{-1}(C)+\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x)+\overrightarrow t)=u\circ u^{-1}(C)+\overrightarrow u\circ\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x)+\overrightarrow u(\overrightarrow t)=C+\overrightarrow x+\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>. '''12.''' On voit que <math>u\circ r\circ u^{-1}</math> a pour partie vectorielle <math>\overrightarrow r</math>, donc est une rotation. Un simple calcul montre que <math>u(C)</math> est fixe. }} '''II. Les groupes de paveurs.''' L'espace affine <math>\cal E</math> peut être identifié à <math>\R^2</math> muni de sa topologie usuelle, et a donc une structure topologique. On rappelle qu'une partie est compacte si et seulement si elle est fermée et bornée. On rappelle qu'une partie est discrète si elle n'intersecte chaque compact qu'en un nombre fini de points. On suppose dorénavant donné <math>P</math>, un compact connexe de <math>\cal E</math>, d'intérieur <math>\stackrel\circ P</math> non vide, et un sous-groupe <math>G\subset{\rm Is}^+({\cal E})</math> agissant sur <math>\cal E</math> et vérifiant : :<math>\begin{matrix} \cup_{g\in G}g(P) ={\cal E}& \text{recouvrement}\; \mathrm{(A)} \\ \forall g,h\in G, g({\stackrel\circ P})\cap h({\stackrel\circ P})\ne\varnothing\Rightarrow g=h& \text{non chevauchement}\;\mathrm{(B)}\\ \forall A\in{\cal E}, \{g(A)\mid g\in G\}\,\, \text{est une partie discrète et fermée de }{\cal E}.& \mathrm{(C)} \end{matrix}</math> Dans une telle situation, on dit que le couple <math>(P,G)</math> est un '''{{w|pavage du plan}}'''. L'objet du problème est d'obtenir des informations sur les sous-groupes de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> qui peuvent être un groupe de paveurs. ''On admettra que le point <math>\mathrm{(C)}</math> est en fait une conséquence des points <math>\mathrm{(A)}</math> et <math>\mathrm{(B)}</math>.'' '''13.''' Soient <math>P=(ABCD)</math> un parallélogramme dans <math>\cal E</math>, et <math>G</math> le groupe de translations engendré par les translations de vecteur <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AD}</math>. Montrer que <math>(P,G)</math> est bien un pavage du plan (''indication : on pensera à la partie entière''). '''II.1 Le sous-groupe des translations.''' On note <math>\Gamma</math> le sous-groupe <math>G\cap T_{\cal E}</math> des translations de <math>G</math>. On l'identifiera librement au sous-groupe de <math>\overrightarrow E</math> des vecteurs de ces translations. '''II.1.1 Montrons que <math>\Gamma</math> est non trivial.''' Supposons au contraire que <math>\Gamma</math> est trivial. '''14.''' En utilisant <math>\mathrm{(A)}</math>, montrer que <math>G</math> contient deux rotations n'ayant pas même centre. '''12.''' Conclure (''indication : question 10''). '''II.1.2 Montrons que <math>\Gamma</math> contient deux vecteurs linéairement indépendants.''' Supposons au contraire que les vecteurs de <math>\Gamma</math> appartiennent à une droite vectorielle <math>\overrightarrow D</math> de <math>\overrightarrow E</math>. '''16.''' Si <math>G=\Gamma</math>, montrer que <math>\cup_{g\in G}g(P)</math> est inclus dans une bande de direction <math>\overrightarrow D</math>. En déduire que <math>\Gamma\subsetneq G</math> (par <math>\mathrm{(A)}</math>). '''17.''' Soient <math>u\in G\setminus\Gamma</math> et <math>t\in\Gamma</math> non trivial. Montrer que <math>\overrightarrow u</math> est une symétrie centrale (rotation d'angle <math>\pi</math>) (''indication : question 11''). Montrer que les centres des éléments de <math>G\setminus\Gamma</math> sont alignés (''indication : question 6''). '''18.''' En déduire que <math>\cup_{g\in G}g(P)</math> est inclus dans une bande de direction <math>\overrightarrow D</math>, et conclure par <math>\mathrm{(A)}</math>. '''II.1.3 Montrons que le groupe <math>\Gamma</math> est discret.''' '''19.''' Par l'hypothèse <math>\mathrm{(C)}</math>, montrer qu'il existe un vecteur <math>\overrightarrow x</math> de plus petite norme parmi les vecteurs non nuls de <math>\Gamma</math>, et <math>\overrightarrow y</math> un vecteur de plus petite norme parmi les vecteurs de <math>\Gamma</math> non colinéaires à <math>\overrightarrow x</math>. '''20.''' Supposons qu'il existe une translation <math>t\in\Gamma</math> qui n'est pas dans <math>\Z\overrightarrow x+\Z\overrightarrow y</math>. Par un argument de division euclidienne, obtenir une contradiction avec la définition du couple <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math>. En déduire : :<math>\Gamma=\Z\overrightarrow x+\Z\overrightarrow y</math>. '''II.2 Les rotations de <math>G</math>.''' '''21.''' Soit <math>u\in G\setminus\Gamma</math>. En utilisant la question 11, montrer que la matrice de <math>\overrightarrow u</math> dans la base <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math> de <math>\overrightarrow E</math> est à coefficients entiers. En déduire que la trace de <math>\overrightarrow u</math> est un entier. Quelle est la trace d'une rotation en fonction de son angle ? En déduire que <math>\overrightarrow u</math> est d'ordre fini égal à <math>2</math>, <math>3</math>, <math>4</math> ou <math>6</math>, puis qu'il en est de même de <math>u</math>. '''22.''' On se place dans le cas particulier où <math>\overrightarrow x</math> et <math>\overrightarrow y</math> n'ont pas même norme. Montrer que <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)=-\overrightarrow x</math>, et en déduire que <math>\overrightarrow u=-\overrightarrow{\rm id}</math>. '''II.2.1 Groupe <math>\Z^2\ltimes\Z/2\Z</math>.''' On suppose ici que toutes les rotations de <math>G</math> sont des symétries centrales. '''23.''' Soit <math>C</math> un centre d'une symétrie de <math>G</math>. Montrer que l'ensemble des centres des symétries de <math>G</math> est <math>C+\frac12\Gamma</math> (''indication : on procédera par double inclusion, et l'on utilisera la question 4 pour l'inclusion réciproque''). '''II.2.2 Les autres cas.''' Soit <math>r\in G</math> une rotation, de centre <math>A</math>, d'ordre <math>\alpha\ge3</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\alpha</math>. On admet qu'il existe une rotation <math>s\in G</math>, de centre <math>B</math>, d'ordre <math>\beta</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\beta</math>, telle que le centre <math>B</math> soit le plus proche de <math>A</math> parmi les centres des rotations non triviales de <math>G</math>. ''Attention, dans cette partie, <math>t</math> désignera une rotation, qu'on introduit à la question suivante.''' '''24.''' Montrer que <math>t:=(r\circ s)^{-1}\in G</math> est une rotation, dont on note <math>C</math> le centre. Montrer que les angles (non orientés) du triangle <math>(ABC)</math> sont moitié de ceux des rotations <math>r</math>, <math>s</math> et <math>t</math> (''indication : questions 7 et 9''). '''25.''' Soit <math>\gamma</math> l'ordre de <math>t</math>. On veut montrer que l'angle de <math>t</math> est <math>\frac{2\pi}\gamma</math>. Supposons qu'il soit de la forme <math>\frac{2n\pi}\gamma</math> avec <math>2\le n<\gamma</math>, et <math>\operatorname{pgcd}(n,\gamma)=1</math>. Montrer que la rotation <math>t'</math> de centre <math>C</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\gamma</math> appartient à <math>G</math>. Construire le centre de la rotation <math>t'\circ r</math> et en déduire une contradiction avec le choix de <math>B</math>. '''26.''' Déduire des deux questions précédentes : :<math>\frac1\alpha+\frac1\beta+\frac1\gamma=1</math>. Donner tous les triplets <math>(\alpha,\beta,\gamma)</math> d'entiers naturels avec <math>\alpha\ge3</math>, <math>\alpha\ge\beta\ge\gamma\ge2</math> et vérifiant cette relation. On se limite dorénavant au cas <math>\alpha=\beta=\gamma=3</math>. On suppose que les vecteurs <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AC}</math> sont de norme <math>1</math>. Quelle est la nature du triangle <math>(ABC)</math> ? '''27.''' Montrer que <math>s^2\circ r</math> et <math>t^2\circ r</math> sont des translations, dont on écrira les vecteurs <math>T_1</math> et <math>T_2</math> dans la base <math>\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC}</math>. '''28.''' On souhaite montrer que <math>\Gamma=\Z T_1+\Z T_2</math>. Pour cela, montrer que l'application <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> est une similitude vectorielle, c'est-à-dire conserve l'orthogonalité. En calculant son déterminant dans la base <math>(\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC})</math>, trouver son rapport. Conclure en utilisant la question 4, la section 2.1 et la définition de <math>B</math>. '''29.''' Montrer que <math>((ABCD),\langle\Gamma,t\rangle)</math> vérifie l'axiome <math>\mathrm{(A)}</math> (''indication : on note <math>E</math> et <math>H</math> les sommets non encore introduits de l'hexagone régulier centré en <math>C</math> dont <math>A</math>, <math>B</math>, <math>D</math> et <math>F</math> sont des sommets. On commencera par recouvrir cet hexagone''). '''30.''' On souhaite montrer que toutes les rotations d'ordre <math>\ge3</math> sont obtenues comme conjuguées d'une des rotations <math>r</math>, <math>r^2</math>, <math>s</math>, <math>s^2</math>, <math>t</math> ou <math>t^2</math> par un élément de <math>\Gamma</math>. Soit donc une telle rotation <math>W</math>. Montrer qu'il existe une rotation <math>W_1</math> conjuguée à <math>W</math> par des éléments de <math>\Gamma</math>, et dont le centre <math>C_1</math> est dans <math>(ABDEFH)</math>. Montrer qu'une telle rotation est <math>t</math>, <math>r</math>, <math>s</math>, une puissance de celles-ci, ou une conjuguée de celles-ci par <math>T_1</math> ou <math>T_2</math> et conclure. '''31.''' En déduire que toute rotation dans <math>G</math> est d'ordre <math>3</math>. Montrer qu'il existe un morphisme surjectif <math>G\twoheadrightarrow\Z/3\Z</math> dont le noyau est isomorphe à <math>\Z^2</math>. {{Corrigé|contenu= '''13.''' Notons <math>t_1</math> et <math>t_2</math> les translations de vecteurs respectifs <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AD}</math>. Montrons que le point <math>(\mathrm A)</math> est vérifié. Soient <math>M</math> un point de <math>\cal E</math> et <math>(x,y)</math> ses coordonnées dans le repère affine <math>(A,\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AD})</math>. Alors <math>M</math> est l'image d'un point de <math>P</math> par <math>[x]t_1+[y]t_2</math>, où <math>[.]</math> désigne la partie entière. Soirnt maintenant <math>T_1=x_1 t_1 +y_1 t_2\in G</math> et <math>T_2=x_2t_1+y_2\in G</math> (avec donc <math>x_i,y_i\in\Z</math>) tels qu'il y ait un point <math>M</math> dans <math>T_1(\stackrel\circ P)\cap T_2(\stackrel\circ P)</math>. Les coordonnées de <math>M</math> sont donc d'une part de la forme <math>(x_1+a_1,y_1+b_1)</math>, avec <math>0< a_1<1</math>, et <math>0<b_1<1</math>, d'autre part de la forme <math>(x_2+a_2,y_2+b_2)</math>, avec <math>0<a_2<1</math>, et <math>0<b_2<1</math>. On a donc l'égalité <math>x_1+a_1=x_2+a_2</math>, puis <math>x_1-x_2=a_2-a_1</math> est entier. D'après les inégalités sur les <math>a_i</math>, il est nul, donc <math>x_1=x_2</math>. De même, <math>y_1=y_2</math>, et donc <math>T_1=T_2</math>. '''14.''' Si toutes les rotations de <math>G</math> avaient même centre <math>C</math>, les images de <math>P</math> par ces rotations seraient incluses dans une certaine boule centrée en <math>C</math> (en fait, dans n'importe quelle boule centrée en <math>C</math> contenant <math>P</math>), et ne pourraient pas recouvrir <math>\cal E</math>. '''15.''' Le commutateur de deux rotations n'ayant pas même centre est une translation non triviale, ce qui est une contradiction. '''16.''' Sous les hypothèses faites, <math>\cup_{g\in G}g(P)\subset P+\cal D</math>, qui est une bande de direction <math>\cal D</math> strictement incluse dans <math>\cal E</math>. La déduction est claire. '''17.''' <math>u\circ t\circ u^{-1}</math> est une translation de vecteur <math>\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>, contenue dans <math>\Gamma</math>, donc <math>\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math> est colinéaire à <math>\overrightarrow t</math>. La rotation <math>\overrightarrow u</math> admet donc une valeur propre réelle ; elle est non triviale, c'est donc <math>-\overrightarrow{\rm id}</math>. La composée de deux symétries centrales dans <math>G</math> (de centres <math>C</math> et <math>C'</math>) est une translation de <math>G</math> de vecteur <math>2\overrightarrow{CC'}</math>, ces centres sont sur la droite passant par <math>C</math> de direction <math>\overrightarrow D</math>. '''18.''' On considère une bande centrée sur <math>C+\overrightarrow D</math> et suffisamment large pour contenir <math>P</math>. Alors <math>G</math> conserve cette bande, donc les images de <math>P</math> restent incluses dans cette bande et ne peuvent recouvrir <math>\cal E</math>. '''19.''' Pour tout <math>A\in\cal E</math>, <math>\{t(A)\mid t\in\Gamma\}</math> est discret et fermé comme partie d'un espace discret et fermé. Soit une boule fermée centrée en <math>A</math> et contenant au moins un autre point de cet ensemble. Par compacité et discrétude, la boule contient un nombre fini de points de cet ensemble ; il en est donc un tel que la norme <math>\|\overrightarrow{AB}\|</math> soit minimale. Ceci donne <math>\overrightarrow x</math>. De même pour l'obtention de <math>\overrightarrow y</math>. '''20.''' Puisque <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math> est libre, c'est une base de <math>\overrightarrow E</math>. Un vecteur <math>\overrightarrow t</math> d'une translation <math>t\in\Gamma</math> s'écrit <math>a\overrightarrow x+b\overrightarrow y</math>. Alors <math>\overrightarrow u=(a-[a])\overrightarrow x+(b-[b])\overrightarrow y\in\Gamma</math>. Prenons un point <math>A</math>, et <math>B=A+\overrightarrow x</math>, <math>C=A+\overrightarrow y</math>, <math>D=A+\overrightarrow x+\overrightarrow y</math>. Alors, soit <math>A+\overrightarrow u</math> est dans le triangle <math>(ABC)</math> (c'est-à-dire barycentre de <math>A,B,C</math> à coefficients positifs), et c'est une contradiction avec la définition de <math>\overrightarrow x</math> ou de <math>\overrightarrow y</math>, soit il est dans le triangle <math>(BCD)</math>, et dans ce cas <math>A+\overrightarrow u-\overrightarrow x-\overrightarrow y</math> est dans le symétrique par rapport à <math>A</math> du triangle <math>(ABC)</math> et c'est une contradiction. '''21.''' La question 11 montre que <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math> et <math>\overrightarrow u(\overrightarrow y)</math> sont encore des vecteurs de translation de <math>G</math>, et s'écrivent donc <math>a\overrightarrow x+b\overrightarrow y</math> et <math>c\overrightarrow x+d\overrightarrow y</math> respectivement, avec <math>a,b,c,d</math> entiers. La matrice de <math>\overrightarrow u</math> dans cette base est <math>\left(\begin{array}{cc} a & c \\ b& d\end{array}\right)</math>. La trace de <math>\overrightarrow u</math> est donc entière. Or, la trace d'une rotation est <math>2\cos\theta</math>, où <math>\theta</math> est l'angle de la rotation. Puisque la trace est invariante par conjugaison, on en déduit que <math>2\cos\theta</math> est entier, donc <math>\cos\theta\in\left\{-1,-\frac12,0,\frac12,1\right\}</math>, et donc <math>\theta\in\left\{-\pi,\pm\frac{2\pi}3,\pm\frac\pi2,\pm\frac\pi3,0\right\}</math> (on exclut <math>0</math> comme <math>u\not\in\Gamma</math> est non triviale), puis que l'ordre de <math>\overrightarrow u</math> est <math> 2,3,4</math> ou <math>6</math>. '''22.''' Si <math>\overrightarrow x</math> et <math>\overrightarrow y</math> n'ont pas même norme, alors <math>\overrightarrow x</math> et <math>-\overrightarrow x</math> sont les seuls vecteurs de norme minimale parmi les vecteurs de <math>\Gamma</math>. Comme <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math> est un vecteur de <math>\Gamma</math> de même norme que <math>\overrightarrow x</math>, il s'agit de <math>\pm\overrightarrow x</math>. Puisque la rotation <math>\overrightarrow u</math> admet <math>\pm1</math> comme valeur propre, on a <math>\overrightarrow u=\pm \overrightarrow{\rm id}</math>, et donc <math>\overrightarrow u=-\overrightarrow{\rm id}</math> puisque <math>u\notin\Gamma</math>. '''23.''' En composant deux symétries centrales de centres <math>C</math> et <math>C'</math>, on obtient une translation de vecteur <math>2\overrightarrow{CC'}\in\Gamma</math>. Ainsi, <math>C'\in C+\frac12\Gamma</math>. Réciproquement, soit <math>\overrightarrow v</math> le vecteur d'une translation <math>t</math> dans <math>\Gamma</math>. On souhaite montrer que <math>C+\frac12\overrightarrow v</math> est le centre d'une symétrie centrale de <math>G</math> : d'après la question 4, <math>t\circ s</math> convient (c'est une symétrie centrale et son centre est <math>C+\frac12\overrightarrow v</math>). '''24.''' La somme des angles de <math>r</math> et <math>s</math> vérifie <math>0<\frac{2\pi}\alpha+\frac{2\pi}\beta<2\pi</math> donc, d'après la question 9, <math>r\circ s</math>, et donc <math>t</math> sont des rotations. D'après la question 9, les angles <math>\hat A</math> et <math>\hat B</math> du triangle <math>(ABC)</math> sont moitié de ceux des rotations <math>r</math> et <math>s</math>. En échangeant les rôles, on déduit la même propriété sur l'angle <math>\hat C</math> et la rotation <math>t</math>. '''25.''' Si <math>t</math> est d'ordre <math>\gamma</math>, alors toutes les rotations de même centre et d'angle <math>\frac{2k\pi}\gamma</math>, pour <math>\gamma</math> entier, sont une puissance de <math>t</math> (car les puissances de <math>t</math> sont de cette forme, et il y en a <math>\gamma</math> distinctes). En particulier, la rotation <math>t'</math> d'angle <math>\frac{2\pi}\gamma</math> et de centre <math>C</math> est dans <math>G</math>. Mais alors, en appliquant la construction des questions 7 et 9 à la composée <math>t'\circ r</math>, on obtient deux droites <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}_2</math> passant par <math>C</math> et deux droites <math>{\cal D}'_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> passant par <math>A</math>. La droite <math>{\cal D}_2</math> est tracée dans le secteur angulaire centré en <math>C</math> et délimité par <math>(AC)</math> et <math>(BC)</math>, donc coupe la droite <math>(BC)</math> en un point situé sur le segment <math>[BC]</math>. Ce point est le centre de la rotation <math>t'\circ r</math>. On a donc exhibé un centre d'une rotation de <math>G</math> qui est plus proche de <math>A</math> que <math>B</math> : c'est une contradiction. '''26.''' La somme des angles d'un triangle est <math>\pi</math>. La relation <math>\frac1\alpha+\frac1\beta+\frac1\gamma=1</math> montre qu'au plus un des entiers vaut <math>2</math>. Si <math>\gamma=2</math>, <math>\alpha=\beta=4</math> et <math>\alpha=6</math>, <math>\beta=3</math> sont solutions, et l'on remarque qu'il n'y a pas de solution pour les autres valeurs de <math>\alpha</math>. Si <math>\gamma=3</math>, on voit que <math>\alpha=\beta=3</math> est solution, et qu'il n'y a pas de solution pour les autres valeurs de <math>\alpha</math>. Les triplets sont donc <math>(3,3,3)</math>, <math>(4,4,2)</math> et <math>(6,3,2)</math>. '''27.''' Le triangle <math>(ABC)</math> est équilatéral. Leurs parties linéaires sont triviales donc <math>s^2\circ r</math> et <math>t^2\circ r</math> sont des translations. <math>s^2\circ r(A)</math> est l'image de <math>A</math> par la rotation centrée en <math>C</math> et d'angle <math>\frac{4\pi}3</math>. C'est donc l'unique point <math>D</math> tel que <math>ABDC</math> soit un losange. Ainsi <math>s^2\circ r</math> a pour vecteur <math>T_1=\overrightarrow{A(s^2\circ r)(A)}=\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{AC}</math>. De même, <math>t^2\circ r</math> a pour vecteur <math>T_2=2\overrightarrow{AC}-\overrightarrow{AB}</math>. '''28.''' Si <math>\langle x,y\rangle=0</math>, alors : :<math>\langle\overrightarrow{r-{\rm id}}(x),\overrightarrow{r-{\rm id}}(y)\rangle=-\langle\overrightarrow r(x),y\rangle-\langle x,\overrightarrow r(y)\rangle=-\langle x,\overrightarrow r(y)+\overrightarrow r^2(y)\rangle=-\langle x,-y\rangle=0</math>, en se servant de ce que <math>\overrightarrow r</math> est une isométrie donc admet pour adjoint <math>\overrightarrow r^{-1}</math>, et des relations <math>\overrightarrow r^{-1}=\overrightarrow r^2</math> et <math>\overrightarrow r^2+\overrightarrow r+\overrightarrow{id}=0</math>, qui proviennent de l'angle de <math>r</math>. La matrice de <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> dans <math>(\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC})</math> est <math>\left(\begin{array}{cc} -2 & 1 \\ -1& -1\end{array}\right)</math> qui a pour déterminant <math>3</math>. Le rapport de la similitude est donc <math>\sqrt3</math>. Soit <math>T_{\overrightarrow v}</math> une translation dans <math>\Gamma</math>. Puisque <math>\Gamma</math> est engendré par n'importe quel couple de vecteurs non liés de normes minimales (partie 2.1), il suffit de voir que la norme de <math>\overrightarrow v</math> est plus grande que celles de <math>T_1</math> et <math>T_2</math>. Mais, d'après la question 4, le vecteur <math>-\overrightarrow v</math> est l'image par <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> d'un vecteur <math>\overrightarrow x</math> tel que <math>A+\overrightarrow x</math> est centre de <math>T\circ r</math>. D'après la définition de <math>B</math>, on a <math>\|\overrightarrow x\|\ge1</math> donc, puisque <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> est une similitude de rapport <math>\sqrt3</math>, on a <math>\|\overrightarrow v\|\ge\sqrt3</math>. Un calcul direct (hauteur d'un triangle équilatéral) montre <math>\|T_1\|=\|T_2\|=\sqrt3</math>, et l'on conclut. '''29.''' En posant <math>F'=A+T_1+T_2</math>, les images par <math>\Gamma</math> du parallélogramme <math>(ADF'F)</math> recouvrent <math>\cal E</math> par la question 13. Or, les images de l'hexagone <math>(ABDEFH)</math> par <math>\rm id</math>, <math>T_1</math> et <math>T_2</math> recouvrent ce parallélogramme. Enfin, cet hexagone est exactement l'union des images de <math>(ABDC)</math> par <math>\rm id</math>, <math>t</math> et <math>t^2</math>. '''30.''' D'après la question 29, il existe un élément de <math>\Gamma</math> qui translate le centre de <math>W</math> dans <math>(ABDEFH)</math>. Cette translation conjugue <math>W</math> à une rotation <math>W_0</math> dont le centre est dans <math>(ABDEFH)</math> d'après la question 12. Les rotations <math>t</math>, <math>t^2</math>, <math>r</math>, <math>s</math>, <math>r^2</math>, <math>s^2</math>, et les conjugués de ces quatre dernières par <math>T_1</math> et <math>T_2</math> répondent effectivement à la question. S'il y a une rotation centrée en un autre point de l'hexagone que <math>A,B,C,D,E,F,H</math>, ce point est strictement plus proche de <math>C</math> que <math>A</math> et <math>B</math>, et par conjugaison par une translation, on en déduit un centre de rotation strictement plus proche de <math>A</math> que <math>B</math>, ce qui est en contradiction avec la définition de <math>B</math>. S'il y a dans <math>G</math> une rotation non triviale centrée en un des sommets ou en le centre de l'hexagone et d'ordre <math>\ne3</math>, on en déduit une rotation d'ordre <math>>3</math>, et toujours quitte à translater, on construit comme à la question 25 un centre de rotation strictement plus proche de <math>A</math> que <math>B</math> et c'est encore une contradiction. '''31.''' L'ordre d'un élément est stable par conjugaison, et toutes les rotations listées précédemment sont d'ordre <math>3</math>. L'image de <math>G</math> par <math>\Pi</math> est donc constituée uniquement de l'identité et des rotations vectorielles d'angles respectifs <math>\frac{2\pi}3</math> et <math>\frac{4\pi}3</math> : c'est un groupe isomorphe à <math>\Z/3\Z</math>. Le noyau de <math>\Pi</math> restreint à <math>G</math> est le groupe <math>\Gamma</math> dont on a vu qu'il est isomorphe à <math>\Z^2</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Triangles et courbe/]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} erkpktkn35au4quz6wht1k7iq944x28 880958 880956 2022-07-30T14:53:02Z Anne Bauval 6580 typo wikitext text/x-wiki {{Devoir | idfaculté = mathématiques | numéro = 2 | niveau = 15 | précédent = [[../Triangles et courbe/]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} Dans tout ce devoir, <math>\cal E</math> désigne un plan affine, et <math>\overrightarrow E</math> son espace vectoriel directeur. On suppose cet espace vectoriel muni d'une structure euclidienne et d'une orientation. On note <math>{\rm O}(\overrightarrow E)</math> le sous-groupe de <math>{\rm GL}(\overrightarrow E)</math> constitué des isométries, et <math>{\rm O}^+(\overrightarrow E)</math> le sous-groupe des isométries directes, c'est-à-dire des rotations vectorielles. '''I. Préliminaires.''' '''I.1 Isométries affines.''' '''1.''' Montrer que l'application suivante est surjective : :<math>\Pi :\begin{array}{ccc} {\rm GA}({\cal E}) & \to & {\rm GL}(\overrightarrow E) \\ u & \mapsto & \overrightarrow u. \end{array}</math> On rappelle que c'est un morphisme de groupes dont le noyau est par définition <math>T_{\cal E}</math>, le sous-groupe des translations de <math>\cal E</math>. On notera <math>t_{\overrightarrow v}</math> la translation de vecteur <math>\overrightarrow v</math>. '''2.''' Montrer que <math>\Pi^{-1}({\rm O}^+(\overrightarrow E))</math> est un sous-groupe de <math>{\rm GA}({\cal E})</math>. On notera <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> le groupe <math>\Pi^{-1}(O^+(\overrightarrow E))</math> (groupe des isométries affines directes). On appelle rotation (affine) tout élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> ayant un point fixe. On appelle angle d'une rotation affine l'angle, dans <math>\left[0,2\pi\right[</math>, de sa partie vectorielle. '''3.''' Montrer qu'une rotation distincte de l'identité admet un unique point fixe. On appelle centre de la rotation ce point fixe. '''4.''' Soit <math>u</math> un élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math>. Montrer que pour tout point <math>C\in\cal E</math>, il existe un unique couple <math>(t_{\overrightarrow v},r)</math>, où <math>t_{\overrightarrow v}</math> est une translation et <math>r</math> une rotation de centre <math>C</math>, tels que <math>u=t_{\overrightarrow v}\circ r</math>. Montrer qu'un point <math>M=C+\overrightarrow x</math> est fixe par <math>u</math> si et seulement si <math>\overrightarrow{u-{\rm id}}(\overrightarrow x)=-\overrightarrow v</math>. En déduire que tout élément de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> est soit une rotation, soit une translation. '''I.2 Composition de rotations.''' Soient <math>r</math> et <math>r'</math> deux rotations non triviales, de centres respectifs <math>C</math> et <math>C'</math>, d'angles respectifs <math>\theta</math> et <math>\theta'</math>. '''5.''' Décrire <math>r'\circ r</math> si <math>C=C'</math>. On suppose désormais <math>C\ne C'</math>. '''6.''' Montrer que si <math>\theta+\theta'\equiv0\bmod{2\pi}</math>, alors <math>r'\circ r</math> et <math>r\circ r'</math> sont des translations. Exprimer les vecteurs de ces translations sous la forme <math>\overrightarrow{CM}</math> (avec <math>M</math> à préciser). En déduire que <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''7.''' Montrer qu'il existe un couple <math>(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)</math> de vecteurs unitaires, formant un angle orienté <math>\widehat{(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)}=\theta</math>, et tels que la droite dirigée par <math>\overrightarrow{CC'}</math> ''passant par <math>C</math>'' soit bissectrice de cet angle. Montrer que le couple <math>({\cal D}_1,{\cal D}_2)</math>, où <math>{\cal D}_i</math> est la droite dirigée par <math>\overrightarrow u_i</math> passant par <math>C</math>, est unique. On se donne ce couple de droites, et le couple analogue <math>({\cal D}'_1,{\cal D}'_2)</math> centré en <math>C'</math>, d'angle orienté <math>\theta'</math>. '''8.''' Montrer que les assertions suivantes sont équivalentes : (i) <math>t_{\overrightarrow{CC'}}({\cal D}_2)={\cal D}'_1</math> ; (i') <math>t_{\overrightarrow{CC'}}({\cal D}_1)={\cal D}'_2</math> ; (ii) <math>{\cal D}_2</math> et <math>{\cal D}'_1</math> sont parallèles ; (ii') <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> sont parallèles ; (iii) <math>\theta+\theta'\equiv 0\bmod{2\pi}</math>. '''9.''' On suppose maintenant <math>\theta+\theta'\not\equiv0\bmod{2\pi}</math>, et l'on se donne des points d'intersection <math>A={\cal D}_1\cap {\cal D}'_2</math> et <math>B={\cal D}_2\cap {\cal D}'_1</math>. Montrer que <math>r'\circ r</math> et <math>r\circ r'</math> sont des rotations, dont on précisera les centres et angles. En déduire qu'ici aussi, <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''10.''' Montrer que le commutateur <math>r\circ r'\circ r^{-1}\circ r'^{-1}</math> de deux rotations non triviales n'ayant pas même centre est une translation non triviale. '''I.3 Conjugaison.''' '''11.''' Soient <math>t_{\overrightarrow v}</math> une translation et <math>u\in{\rm Is}^+({\cal E})</math>. Montrer que <math>u\circ t\circ u^{-1}</math> est une translation de vecteur <math>\overrightarrow u(\overrightarrow v)</math>. '''12.''' Soient <math>u\in{\rm Is}^+({\cal E})</math> et <math>r</math> une rotation non triviale de centre <math>C</math>, montrer que <math>u\circ r\circ u^{-1}</math> est une rotation de centre <math>u(C)</math> et de même angle que <math>r</math>. {{Corrigé|contenu= '''1.''' Soit <math>\overrightarrow u\in{\rm GL}(\overrightarrow E)</math>. Soit <math>O\in\cal E</math>. Un antécédent de <math>\overrightarrow u</math> par <math>\Pi</math> est <math>u(O+\overrightarrow x)=O+\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math>. '''2.''' L'image réciproque d'un sous-groupe par un morphisme de groupes est un sous-groupe. '''3.''' Si <math>C</math> est un point fixe, l'équation aux points fixes est <math>C+\overrightarrow x=u(C+\overrightarrow x)=C+\overrightarrow u(\overrightarrow x)\Leftrightarrow\overrightarrow u(\overrightarrow x)=\overrightarrow x</math>, qui n'a pas de solution non nulle puisque <math>\overrightarrow u</math> est une rotation vectorielle non triviale (et n'admet pas <math>1</math> comme valeur propre). '''4.''' On choisit pour <math>r</math> la rotation de centre <math>C</math> : <math>r(C+\overrightarrow x)=C+\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math>. On pose <math>t=u\circ r^{-1}</math>. Un calcul direct montre <math>\overrightarrow t=\overrightarrow{\rm id}</math> ; c'est donc une translation. Ceci montre l'existence. L'unicité provient de l'égalite <math>\overrightarrow u=\overrightarrow r</math> : <math>r</math> est l'unique application affine fixant <math>C</math> et de partie vectorielle <math>\overrightarrow u</math>. Et <math>t</math> est uniquement déterminé à partir de <math>u</math> et <math>r</math>. Un point <math>M=C+\overrightarrow x</math> est fixe par <math>u</math> si et seulement si <math>C+\overrightarrow x=u(C)+\overrightarrow u(\overrightarrow x)=C+\overrightarrow t+\overrightarrow u(\overrightarrow x)\Leftrightarrow \overrightarrow u(\overrightarrow x)-\overrightarrow x=-\overrightarrow t</math>. Supposons que <math>u</math> n'est pas une translation, alors <math>\overrightarrow u</math> est une rotation vectorielle non triviale, n'admet pas <math>1</math> comme valeur propre, donc <math>\overrightarrow{u-{\rm id}}</math> est un isomorphisme. L'équation précédente admet une (unique) solution, et donc <math>u</math> admet un (unique) point fixe. <math>u</math> est alors une rotation de centre ce point fixe. '''5.''' Si <math>r</math> et <math>r'</math> sont deux rotations de même centre <math>C</math> et d'angles <math>\theta</math> et <math>\theta'</math>, alors <math>r'\circ r</math> est la rotation de centre <math>C</math> d'angle <math>\theta+\theta'</math>. '''6.''' On calcule la partie vectorielle : <math>\overrightarrow{r'\circ r}=\overrightarrow{r'}\circ \overrightarrow r</math> est une rotation vectorielle d'angle <math>\theta+\theta'\equiv0\bmod{2\pi}</math>, donc l'identité ici. Ainsi <math>r'\circ r</math> est une translation. De même pour <math>r\circ r'</math>. <math>r'\circ r(C)=r'(C)</math> donc <math>r'\circ r</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Cr'(C)}</math>, alors que <math>r\circ r'</math> est la translation de vecteur <math>\overrightarrow{Cr\circ r'(C)}</math>. Si <math>r</math> et <math>r'</math> commutaient, on aurait <math>r'(C)=r\circ r'(C)</math>, donc <math>r'(C)</math> serait égal à <math>C</math>, l'unique point fixe de <math>r</math>, puis <math>r'(C)=C</math> donnerait <math>C=C'</math>, l'unique point fixe de <math>r'</math>. C'est exclu par hypothèse. '''7.''' On se place dans un (le) repère orthonormé direct dont la première composante est portée (et dirigée) par <math>\overrightarrow{CC'}</math> ; soient <math>(\alpha_1,\beta_1)</math>, <math>(\alpha_2,\beta_2)</math> les coordonnées de <math>\overrightarrow u_1</math> et <math>\overrightarrow u_2</math> dans ce repère. Le couple <math>\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)</math> est solution si et seulement si : :<math>\left(\begin{array} {cc} 1 & 0 \\ 0 & -1 \end{array}\right) \left(\begin{array}{c} \alpha_1 \\ \beta_1\end{array}\right) =\left(\begin{array}{c} \alpha_2 \\ \beta_2 \end{array}\right) \,\text{et}\, \left(\begin{array}{cc} \cos \theta & -\sin\theta \\ \sin\theta & \cos\theta \end{array}\right) \left(\begin{array} {c}\alpha_1 \\ \beta_1\end{array}\right) =\left(\begin{array}{c}\alpha_2 \\ \beta_2\end{array}\right).</math> La première relation donne <math>\alpha_1=\alpha_2</math> et <math>\beta_1=-\beta_2</math>. La deuxième devient alors un système linéaire de deux équations à deux inconnues, non trivial, de déterminant nul. Il existe donc une droite vectorielle de solutions. Puisque <math>\overrightarrow u_1</math> est unitaire, cela donne deux solutions (qui sont en fait échangées par symétrie centrale), chacune engendrant la même droite vectorielle. '''8.''' *<math>(i)\Leftrightarrow (ii)</math> : <math>t_{\overrightarrow{CC'}}{\cal D}_2</math> est la droite de direction <math>\overrightarrow D_2</math> passant par <math>C'</math>. Puisque <math>\overrightarrow D'_1</math> passe par <math>C'</math>, on a bien l'équivalence souhaitée. *De même, <math>(i')\Leftrightarrow (ii')</math>. *<math>(i)\Leftrightarrow (i')</math> se montre en appliquant aux parties vectorielles la symétrie orthogonale d'axe <math>(CC')</math>. *<math>(ii)+(ii)'\Rightarrow (iii)</math> : on a le calcul <math>\overrightarrow r_{-\theta}(\overrightarrow D_2)=\overrightarrow D_1=\overrightarrow D'_2=\overrightarrow r_{\theta'}\overrightarrow D'_1=\overrightarrow r_{\theta'}\overrightarrow D_2</math>, qui montre que la rotation d'angle <math>\theta+\theta'</math> est l'identité, d'où <math>(iii)</math>. *<math>(iii)\Rightarrow (ii)</math> : puisque <math>\theta'=-\theta\bmod{2\pi}</math>, <math>\widehat{(\overrightarrow u_1,\overrightarrow u_2)}=\theta</math>, on a l'égalité <math>\widehat{(\overrightarrow u_2,\overrightarrow u_1)}=\theta'</math>, la propriété de bissection est vérifiée, et le couple de vecteurs <math>(\overrightarrow u_2,\overrightarrow u_1)</math> est solution au problème de la question 8 adapté à <math>C'</math>. Par unicité, le parallélisme s'en déduit. '''9.''' En considérant la partie vectorielle, qui est non triviale, on voit que <math>r\circ r'</math> et <math>r'\circ r</math> sont des rotations. On trouve <math>r(A)=B</math>. En effet, puisque <math>s({\cal D}_1)={\cal D}_2</math>, <math>s({\cal D}'_1)={\cal D}'_2</math>, et par les définitions de <math>A</math> et <math>B</math>, on voit que <math>s(A)=B</math>. Or, par définition des droites <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}_2</math>, <math>s</math> et <math>r</math> coïncident sur ces droites, donc <math>r(A)=s(A)=B</math>. De même, <math>r'(B)=A</math>, ce qui montre que <math>A</math> est le centre de <math>r'\circ r</math>, et <math>B</math> celui de <math>r\circ r'</math>. Les angles sont <math>\theta+\theta'</math> pour les deux rotations. <math>A</math> est distinct de <math>B</math> (sinon, le quadrilatère <math>(ACBC')</math> serait aplati, et l'on aurait <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> confondues). Deux rotations n'ayant pas même centre sont distinctes ; cela montre que <math>r</math> et <math>r'</math> ne commutent pas. '''10.''' <math>r\circ r'</math> est une rotation d'angle <math>\theta+\theta'</math> et <math>r^{-1}\circ r'^{-1}</math> une rotation d'angle <math>-(\theta+\theta')</math>. Leurs centres sont distincts, d'après la question 6, leur composée est une translation non triviale. '''11.''' Le calcul suivant montre la propriété attendue : <math>u\circ t\circ u^{-1} (C+\overrightarrow x)=u\circ t (u^{-1}(C)+\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x))=u(u^{-1}(C)+\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x)+\overrightarrow t)=u\circ u^{-1}(C)+\overrightarrow u\circ\overrightarrow u^{-1}(\overrightarrow x)+\overrightarrow u(\overrightarrow t)=C+\overrightarrow x+\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>. '''12.''' On voit que <math>u\circ r\circ u^{-1}</math> a pour partie vectorielle <math>\overrightarrow r</math>, donc est une rotation. Un simple calcul montre que <math>u(C)</math> est fixe. }} '''II. Les groupes de paveurs.''' L'espace affine <math>\cal E</math> peut être identifié à <math>\R^2</math> muni de sa topologie usuelle, et a donc une structure topologique. On rappelle qu'une partie est compacte si et seulement si elle est fermée et bornée. On rappelle qu'une partie est discrète si elle n'intersecte chaque compact qu'en un nombre fini de points. On suppose dorénavant donné <math>P</math>, un compact connexe de <math>\cal E</math>, d'intérieur <math>\stackrel\circ P</math> non vide, et un sous-groupe <math>G\subset{\rm Is}^+({\cal E})</math> agissant sur <math>\cal E</math> et vérifiant : :<math>\begin{matrix} \cup_{g\in G}g(P) ={\cal E}& \text{recouvrement}\; \mathrm{(A)} \\ \forall g,h\in G, g({\stackrel\circ P})\cap h({\stackrel\circ P})\ne\varnothing\Rightarrow g=h& \text{non chevauchement}\;\mathrm{(B)}\\ \forall A\in{\cal E}, \{g(A)\mid g\in G\}\,\, \text{est une partie discrète et fermée de }{\cal E}.& \mathrm{(C)} \end{matrix}</math> Dans une telle situation, on dit que le couple <math>(P,G)</math> est un '''{{w|pavage du plan}}'''. L'objet du problème est d'obtenir des informations sur les sous-groupes de <math>{\rm Is}^+({\cal E})</math> qui peuvent être un groupe de paveurs. ''On admettra que le point <math>\mathrm{(C)}</math> est en fait une conséquence des points <math>\mathrm{(A)}</math> et <math>\mathrm{(B)}</math>.'' '''13.''' Soient <math>P=(ABCD)</math> un parallélogramme dans <math>\cal E</math>, et <math>G</math> le groupe de translations engendré par les translations de vecteur <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AD}</math>. Montrer que <math>(P,G)</math> est bien un pavage du plan (''indication : on pensera à la partie entière''). '''II.1 Le sous-groupe des translations.''' On note <math>\Gamma</math> le sous-groupe <math>G\cap T_{\cal E}</math> des translations de <math>G</math>. On l'identifiera librement au sous-groupe de <math>\overrightarrow E</math> des vecteurs de ces translations. '''II.1.1 Montrons que <math>\Gamma</math> est non trivial.''' Supposons au contraire que <math>\Gamma</math> est trivial. '''14.''' En utilisant <math>\mathrm{(A)}</math>, montrer que <math>G</math> contient deux rotations n'ayant pas même centre. '''12.''' Conclure (''indication : question 10''). '''II.1.2 Montrons que <math>\Gamma</math> contient deux vecteurs linéairement indépendants.''' Supposons au contraire que les vecteurs de <math>\Gamma</math> appartiennent à une droite vectorielle <math>\overrightarrow D</math> de <math>\overrightarrow E</math>. '''16.''' Si <math>G=\Gamma</math>, montrer que <math>\cup_{g\in G}g(P)</math> est inclus dans une bande de direction <math>\overrightarrow D</math>. En déduire que <math>\Gamma\subsetneq G</math> (par <math>\mathrm{(A)}</math>). '''17.''' Soient <math>u\in G\setminus\Gamma</math> et <math>t\in\Gamma</math> non trivial. Montrer que <math>\overrightarrow u</math> est une symétrie centrale (rotation d'angle <math>\pi</math>) (''indication : question 11''). Montrer que les centres des éléments de <math>G\setminus\Gamma</math> sont alignés (''indication : question 6''). '''18.''' En déduire que <math>\cup_{g\in G}g(P)</math> est inclus dans une bande de direction <math>\overrightarrow D</math>, et conclure par <math>\mathrm{(A)}</math>. '''II.1.3 Montrons que le groupe <math>\Gamma</math> est discret.''' '''19.''' Par l'hypothèse <math>\mathrm{(C)}</math>, montrer qu'il existe un vecteur <math>\overrightarrow x</math> de plus petite norme parmi les vecteurs non nuls de <math>\Gamma</math>, et <math>\overrightarrow y</math> un vecteur de plus petite norme parmi les vecteurs de <math>\Gamma</math> non colinéaires à <math>\overrightarrow x</math>. '''20.''' Supposons qu'il existe une translation <math>t\in\Gamma</math> qui n'est pas dans <math>\Z\overrightarrow x+\Z\overrightarrow y</math>. Par un argument de division euclidienne, obtenir une contradiction avec la définition du couple <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math>. En déduire : :<math>\Gamma=\Z\overrightarrow x+\Z\overrightarrow y</math>. '''II.2 Les rotations de <math>G</math>.''' '''21.''' Soit <math>u\in G\setminus\Gamma</math>. En utilisant la question 11, montrer que la matrice de <math>\overrightarrow u</math> dans la base <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math> de <math>\overrightarrow E</math> est à coefficients entiers. En déduire que la trace de <math>\overrightarrow u</math> est un entier. Quelle est la trace d'une rotation en fonction de son angle ? En déduire que <math>\overrightarrow u</math> est d'ordre fini égal à <math>2</math>, <math>3</math>, <math>4</math> ou <math>6</math>, puis qu'il en est de même de <math>u</math>. '''22.''' On se place dans le cas particulier où <math>\overrightarrow x</math> et <math>\overrightarrow y</math> n'ont pas même norme. Montrer que <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)=-\overrightarrow x</math>, et en déduire que <math>\overrightarrow u=-\overrightarrow{\rm id}</math>. '''II.2.1 Groupe <math>\Z^2\ltimes\Z/2\Z</math>.''' On suppose ici que toutes les rotations de <math>G</math> sont des symétries centrales. '''23.''' Soit <math>C</math> un centre d'une symétrie de <math>G</math>. Montrer que l'ensemble des centres des symétries de <math>G</math> est <math>C+\frac12\Gamma</math> (''indication : on procédera par double inclusion, et l'on utilisera la question 4 pour l'inclusion réciproque''). '''II.2.2 Les autres cas.''' Soit <math>r\in G</math> une rotation, de centre <math>A</math>, d'ordre <math>\alpha\ge3</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\alpha</math>. On admet qu'il existe une rotation <math>s\in G</math>, de centre <math>B</math>, d'ordre <math>\beta</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\beta</math>, telle que le centre <math>B</math> soit le plus proche de <math>A</math> parmi les centres des rotations non triviales de <math>G</math>. ''Attention, dans cette partie, <math>t</math> désignera une rotation, qu'on introduit à la question suivante.'' '''24.''' Montrer que <math>t:=(r\circ s)^{-1}\in G</math> est une rotation, dont on note <math>C</math> le centre. Montrer que les angles (non orientés) du triangle <math>(ABC)</math> sont moitié de ceux des rotations <math>r</math>, <math>s</math> et <math>t</math> (''indication : questions 7 et 9''). '''25.''' Soit <math>\gamma</math> l'ordre de <math>t</math>. On veut montrer que l'angle de <math>t</math> est <math>\frac{2\pi}\gamma</math>. Supposons qu'il soit de la forme <math>\frac{2n\pi}\gamma</math> avec <math>2\le n<\gamma</math>, et <math>\operatorname{pgcd}(n,\gamma)=1</math>. Montrer que la rotation <math>t'</math> de centre <math>C</math> et d'angle <math>\frac{2\pi}\gamma</math> appartient à <math>G</math>. Construire le centre de la rotation <math>t'\circ r</math> et en déduire une contradiction avec le choix de <math>B</math>. '''26.''' Déduire des deux questions précédentes : :<math>\frac1\alpha+\frac1\beta+\frac1\gamma=1</math>. Donner tous les triplets <math>(\alpha,\beta,\gamma)</math> d'entiers naturels avec <math>\alpha\ge3</math>, <math>\alpha\ge\beta\ge\gamma\ge2</math> et vérifiant cette relation. On se limite dorénavant au cas <math>\alpha=\beta=\gamma=3</math>. On suppose que les vecteurs <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AC}</math> sont de norme <math>1</math>. Quelle est la nature du triangle <math>(ABC)</math> ? '''27.''' Montrer que <math>s^2\circ r</math> et <math>t^2\circ r</math> sont des translations, dont on écrira les vecteurs <math>T_1</math> et <math>T_2</math> dans la base <math>\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC}</math>. '''28.''' On souhaite montrer que <math>\Gamma=\Z T_1+\Z T_2</math>. Pour cela, montrer que l'application <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> est une similitude vectorielle, c'est-à-dire conserve l'orthogonalité. En calculant son déterminant dans la base <math>(\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC})</math>, trouver son rapport. Conclure en utilisant la question 4, la section 2.1 et la définition de <math>B</math>. '''29.''' Montrer que <math>((ABCD),\langle\Gamma,t\rangle)</math> vérifie l'axiome <math>\mathrm{(A)}</math> (''indication : on note <math>E</math> et <math>H</math> les sommets non encore introduits de l'hexagone régulier centré en <math>C</math> dont <math>A</math>, <math>B</math>, <math>D</math> et <math>F</math> sont des sommets. On commencera par recouvrir cet hexagone''). '''30.''' On souhaite montrer que toutes les rotations d'ordre <math>\ge3</math> sont obtenues comme conjuguées d'une des rotations <math>r</math>, <math>r^2</math>, <math>s</math>, <math>s^2</math>, <math>t</math> ou <math>t^2</math> par un élément de <math>\Gamma</math>. Soit donc une telle rotation <math>W</math>. Montrer qu'il existe une rotation <math>W_1</math> conjuguée à <math>W</math> par des éléments de <math>\Gamma</math>, et dont le centre <math>C_1</math> est dans <math>(ABDEFH)</math>. Montrer qu'une telle rotation est <math>t</math>, <math>r</math>, <math>s</math>, une puissance de celles-ci, ou une conjuguée de celles-ci par <math>T_1</math> ou <math>T_2</math> et conclure. '''31.''' En déduire que toute rotation dans <math>G</math> est d'ordre <math>3</math>. Montrer qu'il existe un morphisme surjectif <math>G\twoheadrightarrow\Z/3\Z</math> dont le noyau est isomorphe à <math>\Z^2</math>. {{Corrigé|contenu= '''13.''' Notons <math>t_1</math> et <math>t_2</math> les translations de vecteurs respectifs <math>\overrightarrow{AB}</math> et <math>\overrightarrow{AD}</math>. Montrons que le point <math>(\mathrm A)</math> est vérifié. Soient <math>M</math> un point de <math>\cal E</math> et <math>(x,y)</math> ses coordonnées dans le repère affine <math>(A,\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AD})</math>. Alors <math>M</math> est l'image d'un point de <math>P</math> par <math>[x]t_1+[y]t_2</math>, où <math>[.]</math> désigne la partie entière. Soirnt maintenant <math>T_1=x_1 t_1 +y_1 t_2\in G</math> et <math>T_2=x_2t_1+y_2\in G</math> (avec donc <math>x_i,y_i\in\Z</math>) tels qu'il y ait un point <math>M</math> dans <math>T_1(\stackrel\circ P)\cap T_2(\stackrel\circ P)</math>. Les coordonnées de <math>M</math> sont donc d'une part de la forme <math>(x_1+a_1,y_1+b_1)</math>, avec <math>0< a_1<1</math>, et <math>0<b_1<1</math>, d'autre part de la forme <math>(x_2+a_2,y_2+b_2)</math>, avec <math>0<a_2<1</math>, et <math>0<b_2<1</math>. On a donc l'égalité <math>x_1+a_1=x_2+a_2</math>, puis <math>x_1-x_2=a_2-a_1</math> est entier. D'après les inégalités sur les <math>a_i</math>, il est nul, donc <math>x_1=x_2</math>. De même, <math>y_1=y_2</math>, et donc <math>T_1=T_2</math>. '''14.''' Si toutes les rotations de <math>G</math> avaient même centre <math>C</math>, les images de <math>P</math> par ces rotations seraient incluses dans une certaine boule centrée en <math>C</math> (en fait, dans n'importe quelle boule centrée en <math>C</math> contenant <math>P</math>), et ne pourraient pas recouvrir <math>\cal E</math>. '''15.''' Le commutateur de deux rotations n'ayant pas même centre est une translation non triviale, ce qui est une contradiction. '''16.''' Sous les hypothèses faites, <math>\cup_{g\in G}g(P)\subset P+\cal D</math>, qui est une bande de direction <math>\cal D</math> strictement incluse dans <math>\cal E</math>. La déduction est claire. '''17.''' <math>u\circ t\circ u^{-1}</math> est une translation de vecteur <math>\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math>, contenue dans <math>\Gamma</math>, donc <math>\overrightarrow u(\overrightarrow t)</math> est colinéaire à <math>\overrightarrow t</math>. La rotation <math>\overrightarrow u</math> admet donc une valeur propre réelle ; elle est non triviale, c'est donc <math>-\overrightarrow{\rm id}</math>. La composée de deux symétries centrales dans <math>G</math> (de centres <math>C</math> et <math>C'</math>) est une translation de <math>G</math> de vecteur <math>2\overrightarrow{CC'}</math>, ces centres sont sur la droite passant par <math>C</math> de direction <math>\overrightarrow D</math>. '''18.''' On considère une bande centrée sur <math>C+\overrightarrow D</math> et suffisamment large pour contenir <math>P</math>. Alors <math>G</math> conserve cette bande, donc les images de <math>P</math> restent incluses dans cette bande et ne peuvent recouvrir <math>\cal E</math>. '''19.''' Pour tout <math>A\in\cal E</math>, <math>\{t(A)\mid t\in\Gamma\}</math> est discret et fermé comme partie d'un espace discret et fermé. Soit une boule fermée centrée en <math>A</math> et contenant au moins un autre point de cet ensemble. Par compacité et discrétude, la boule contient un nombre fini de points de cet ensemble ; il en est donc un tel que la norme <math>\|\overrightarrow{AB}\|</math> soit minimale. Ceci donne <math>\overrightarrow x</math>. De même pour l'obtention de <math>\overrightarrow y</math>. '''20.''' Puisque <math>(\overrightarrow x,\overrightarrow y)</math> est libre, c'est une base de <math>\overrightarrow E</math>. Un vecteur <math>\overrightarrow t</math> d'une translation <math>t\in\Gamma</math> s'écrit <math>a\overrightarrow x+b\overrightarrow y</math>. Alors <math>\overrightarrow u=(a-[a])\overrightarrow x+(b-[b])\overrightarrow y\in\Gamma</math>. Prenons un point <math>A</math>, et <math>B=A+\overrightarrow x</math>, <math>C=A+\overrightarrow y</math>, <math>D=A+\overrightarrow x+\overrightarrow y</math>. Alors, soit <math>A+\overrightarrow u</math> est dans le triangle <math>(ABC)</math> (c'est-à-dire barycentre de <math>A,B,C</math> à coefficients positifs), et c'est une contradiction avec la définition de <math>\overrightarrow x</math> ou de <math>\overrightarrow y</math>, soit il est dans le triangle <math>(BCD)</math>, et dans ce cas <math>A+\overrightarrow u-\overrightarrow x-\overrightarrow y</math> est dans le symétrique par rapport à <math>A</math> du triangle <math>(ABC)</math> et c'est une contradiction. '''21.''' La question 11 montre que <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math> et <math>\overrightarrow u(\overrightarrow y)</math> sont encore des vecteurs de translation de <math>G</math>, et s'écrivent donc <math>a\overrightarrow x+b\overrightarrow y</math> et <math>c\overrightarrow x+d\overrightarrow y</math> respectivement, avec <math>a,b,c,d</math> entiers. La matrice de <math>\overrightarrow u</math> dans cette base est <math>\left(\begin{array}{cc} a & c \\ b& d\end{array}\right)</math>. La trace de <math>\overrightarrow u</math> est donc entière. Or, la trace d'une rotation est <math>2\cos\theta</math>, où <math>\theta</math> est l'angle de la rotation. Puisque la trace est invariante par conjugaison, on en déduit que <math>2\cos\theta</math> est entier, donc <math>\cos\theta\in\left\{-1,-\frac12,0,\frac12,1\right\}</math>, et donc <math>\theta\in\left\{-\pi,\pm\frac{2\pi}3,\pm\frac\pi2,\pm\frac\pi3,0\right\}</math> (on exclut <math>0</math> comme <math>u\not\in\Gamma</math> est non triviale), puis que l'ordre de <math>\overrightarrow u</math> est <math> 2,3,4</math> ou <math>6</math>. '''22.''' Si <math>\overrightarrow x</math> et <math>\overrightarrow y</math> n'ont pas même norme, alors <math>\overrightarrow x</math> et <math>-\overrightarrow x</math> sont les seuls vecteurs de norme minimale parmi les vecteurs de <math>\Gamma</math>. Comme <math>\overrightarrow u(\overrightarrow x)</math> est un vecteur de <math>\Gamma</math> de même norme que <math>\overrightarrow x</math>, il s'agit de <math>\pm\overrightarrow x</math>. Puisque la rotation <math>\overrightarrow u</math> admet <math>\pm1</math> comme valeur propre, on a <math>\overrightarrow u=\pm \overrightarrow{\rm id}</math>, et donc <math>\overrightarrow u=-\overrightarrow{\rm id}</math> puisque <math>u\notin\Gamma</math>. '''23.''' En composant deux symétries centrales de centres <math>C</math> et <math>C'</math>, on obtient une translation de vecteur <math>2\overrightarrow{CC'}\in\Gamma</math>. Ainsi, <math>C'\in C+\frac12\Gamma</math>. Réciproquement, soit <math>\overrightarrow v</math> le vecteur d'une translation <math>t</math> dans <math>\Gamma</math>. On souhaite montrer que <math>C+\frac12\overrightarrow v</math> est le centre d'une symétrie centrale de <math>G</math> : d'après la question 4, <math>t\circ s</math> convient (c'est une symétrie centrale et son centre est <math>C+\frac12\overrightarrow v</math>). '''24.''' La somme des angles de <math>r</math> et <math>s</math> vérifie <math>0<\frac{2\pi}\alpha+\frac{2\pi}\beta<2\pi</math> donc, d'après la question 9, <math>r\circ s</math>, et donc <math>t</math> sont des rotations. D'après la question 9, les angles <math>\hat A</math> et <math>\hat B</math> du triangle <math>(ABC)</math> sont moitié de ceux des rotations <math>r</math> et <math>s</math>. En échangeant les rôles, on déduit la même propriété sur l'angle <math>\hat C</math> et la rotation <math>t</math>. '''25.''' Si <math>t</math> est d'ordre <math>\gamma</math>, alors toutes les rotations de même centre et d'angle <math>\frac{2k\pi}\gamma</math>, pour <math>\gamma</math> entier, sont une puissance de <math>t</math> (car les puissances de <math>t</math> sont de cette forme, et il y en a <math>\gamma</math> distinctes). En particulier, la rotation <math>t'</math> d'angle <math>\frac{2\pi}\gamma</math> et de centre <math>C</math> est dans <math>G</math>. Mais alors, en appliquant la construction des questions 7 et 9 à la composée <math>t'\circ r</math>, on obtient deux droites <math>{\cal D}_1</math> et <math>{\cal D}_2</math> passant par <math>C</math> et deux droites <math>{\cal D}'_1</math> et <math>{\cal D}'_2</math> passant par <math>A</math>. La droite <math>{\cal D}_2</math> est tracée dans le secteur angulaire centré en <math>C</math> et délimité par <math>(AC)</math> et <math>(BC)</math>, donc coupe la droite <math>(BC)</math> en un point situé sur le segment <math>[BC]</math>. Ce point est le centre de la rotation <math>t'\circ r</math>. On a donc exhibé un centre d'une rotation de <math>G</math> qui est plus proche de <math>A</math> que <math>B</math> : c'est une contradiction. '''26.''' La somme des angles d'un triangle est <math>\pi</math>. La relation <math>\frac1\alpha+\frac1\beta+\frac1\gamma=1</math> montre qu'au plus un des entiers vaut <math>2</math>. Si <math>\gamma=2</math>, <math>\alpha=\beta=4</math> et <math>\alpha=6</math>, <math>\beta=3</math> sont solutions, et l'on remarque qu'il n'y a pas de solution pour les autres valeurs de <math>\alpha</math>. Si <math>\gamma=3</math>, on voit que <math>\alpha=\beta=3</math> est solution, et qu'il n'y a pas de solution pour les autres valeurs de <math>\alpha</math>. Les triplets sont donc <math>(3,3,3)</math>, <math>(4,4,2)</math> et <math>(6,3,2)</math>. '''27.''' Le triangle <math>(ABC)</math> est équilatéral. Leurs parties linéaires sont triviales donc <math>s^2\circ r</math> et <math>t^2\circ r</math> sont des translations. <math>s^2\circ r(A)</math> est l'image de <math>A</math> par la rotation centrée en <math>C</math> et d'angle <math>\frac{4\pi}3</math>. C'est donc l'unique point <math>D</math> tel que <math>ABDC</math> soit un losange. Ainsi <math>s^2\circ r</math> a pour vecteur <math>T_1=\overrightarrow{A(s^2\circ r)(A)}=\overrightarrow{AD}=\overrightarrow{AB}+\overrightarrow{AC}</math>. De même, <math>t^2\circ r</math> a pour vecteur <math>T_2=2\overrightarrow{AC}-\overrightarrow{AB}</math>. '''28.''' Si <math>\langle x,y\rangle=0</math>, alors : :<math>\langle\overrightarrow{r-{\rm id}}(x),\overrightarrow{r-{\rm id}}(y)\rangle=-\langle\overrightarrow r(x),y\rangle-\langle x,\overrightarrow r(y)\rangle=-\langle x,\overrightarrow r(y)+\overrightarrow r^2(y)\rangle=-\langle x,-y\rangle=0</math>, en se servant de ce que <math>\overrightarrow r</math> est une isométrie donc admet pour adjoint <math>\overrightarrow r^{-1}</math>, et des relations <math>\overrightarrow r^{-1}=\overrightarrow r^2</math> et <math>\overrightarrow r^2+\overrightarrow r+\overrightarrow{id}=0</math>, qui proviennent de l'angle de <math>r</math>. La matrice de <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> dans <math>(\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC})</math> est <math>\left(\begin{array}{cc} -2 & 1 \\ -1& -1\end{array}\right)</math> qui a pour déterminant <math>3</math>. Le rapport de la similitude est donc <math>\sqrt3</math>. Soit <math>T_{\overrightarrow v}</math> une translation dans <math>\Gamma</math>. Puisque <math>\Gamma</math> est engendré par n'importe quel couple de vecteurs non liés de normes minimales (partie 2.1), il suffit de voir que la norme de <math>\overrightarrow v</math> est plus grande que celles de <math>T_1</math> et <math>T_2</math>. Mais, d'après la question 4, le vecteur <math>-\overrightarrow v</math> est l'image par <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> d'un vecteur <math>\overrightarrow x</math> tel que <math>A+\overrightarrow x</math> est centre de <math>T\circ r</math>. D'après la définition de <math>B</math>, on a <math>\|\overrightarrow x\|\ge1</math> donc, puisque <math>\overrightarrow{r-{\rm id}}</math> est une similitude de rapport <math>\sqrt3</math>, on a <math>\|\overrightarrow v\|\ge\sqrt3</math>. Un calcul direct (hauteur d'un triangle équilatéral) montre <math>\|T_1\|=\|T_2\|=\sqrt3</math>, et l'on conclut. '''29.''' En posant <math>F'=A+T_1+T_2</math>, les images par <math>\Gamma</math> du parallélogramme <math>(ADF'F)</math> recouvrent <math>\cal E</math> par la question 13. Or, les images de l'hexagone <math>(ABDEFH)</math> par <math>\rm id</math>, <math>T_1</math> et <math>T_2</math> recouvrent ce parallélogramme. Enfin, cet hexagone est exactement l'union des images de <math>(ABDC)</math> par <math>\rm id</math>, <math>t</math> et <math>t^2</math>. '''30.''' D'après la question 29, il existe un élément de <math>\Gamma</math> qui translate le centre de <math>W</math> dans <math>(ABDEFH)</math>. Cette translation conjugue <math>W</math> à une rotation <math>W_0</math> dont le centre est dans <math>(ABDEFH)</math> d'après la question 12. Les rotations <math>t</math>, <math>t^2</math>, <math>r</math>, <math>s</math>, <math>r^2</math>, <math>s^2</math>, et les conjugués de ces quatre dernières par <math>T_1</math> et <math>T_2</math> répondent effectivement à la question. S'il y a une rotation centrée en un autre point de l'hexagone que <math>A,B,C,D,E,F,H</math>, ce point est strictement plus proche de <math>C</math> que <math>A</math> et <math>B</math>, et par conjugaison par une translation, on en déduit un centre de rotation strictement plus proche de <math>A</math> que <math>B</math>, ce qui est en contradiction avec la définition de <math>B</math>. S'il y a dans <math>G</math> une rotation non triviale centrée en un des sommets ou en le centre de l'hexagone et d'ordre <math>\ne3</math>, on en déduit une rotation d'ordre <math>>3</math>, et toujours quitte à translater, on construit comme à la question 25 un centre de rotation strictement plus proche de <math>A</math> que <math>B</math> et c'est encore une contradiction. '''31.''' L'ordre d'un élément est stable par conjugaison, et toutes les rotations listées précédemment sont d'ordre <math>3</math>. L'image de <math>G</math> par <math>\Pi</math> est donc constituée uniquement de l'identité et des rotations vectorielles d'angles respectifs <math>\frac{2\pi}3</math> et <math>\frac{4\pi}3</math> : c'est un groupe isomorphe à <math>\Z/3\Z</math>. Le noyau de <math>\Pi</math> restreint à <math>G</math> est le groupe <math>\Gamma</math> dont on a vu qu'il est isomorphe à <math>\Z^2</math>. }} {{Bas de page | idfaculté = mathématiques | précédent = [[../Triangles et courbe/]] | suivant = [[../../|Sommaire]] }} ml5lq17hwfu9ooggvmybxwn41hhcset